Master Mention Biologie et Environnement. Spécialité Recherche et Professionnelle FREMAC

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1 Master Mention Biologie et Environnement Spécialité Recherche et Professionnelle FREMAC Fonctionnement et Restauration des Milieux Aquatiques Continentaux Mademoiselle, Monsieur, Vous trouverez ci-inclus : - un dossier de candidature pour l accès en 2ème année de la spécialité FREMAC - la liste des stages de recherche proposés dans la spécialité FREMAC pour l année universitaire Cette liste n intéresse que les étudiants se destinant aux métiers de la recherche. Dans ce cas, il est indispensable que vous preniez très rapidement contact avec les responsables des sujets de stage recherche de votre choix. - Pour les étudiants qui se destinent à un métier dans une entreprise, bureau d étude, ou collectivité territoriale, vous choisirez, au cours du premier semestre, votre stage professionnel, soit dans une liste qui vous sera fournie, soit par vous-même. Le dossier de candidature est à retourner par voie postale et impérativement avant le 15 juin Vous serez prévenu(e) par courrier du résultat de votre candidature à partir du 22 juin 2009 et si vous êtes retenu(e) sur la liste principale ou complémentaire vous serez convoqué(e) à un entretien qui aura lieu le 29 ou le 30 juin Nous vous prions d agréer, Mademoiselle, Monsieur, l expression de nos sentiments les meilleurs. Christian DESVILETTES et Jean-François CARRIAS Responsables de la spécialité FREMAC 1

2 UNIVERSITE BLAISE PASCAL (Clermont-Ferrand II) UFR SCIENCES ET TECHNOLOGIES Ensemble Universitaire des Cézeaux AUBIERE Cedex DOSSIER DE CANDIDATURE MASTER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT Accès en M2, spécialité Fonctionnement et Restauration des Milieux Aquatiques Continentaux (FREMAC) N de dossier Photo d identité (ne pas remplir) NOM : Prénom :.... (en majuscules) Date et lieu de naissance :. Nationalité :.. Adresse (où doit être envoyée la correspondance) : Situation de famille : Tél : Fax :. Mail :... (où le candidat est joignable à tout moment) Cursus universitaire à dominante (préciser l orientation générale: microbiologie, physiologie végétale, écologie, etc).. Dernière formation suivie et Etablissement fréquenté :.... Orientation du M2 choisie (nature du stage) : (rayer la mention inutile) : Stage en Unité de Recherche (CNRS, INRA, Université, ) Indiquer par ordre de préférence 3 sujets de stage de recherche parmi la liste jointe à ce dossier - choix N 1 : - choix N 2 : - choix N 3 : Stage en milieu professionnel (entreprise, industrie, bureau d études, ) 2

3 Scolarité depuis le Baccalauréat Année d étude Ecole ou Université Diplôme préparé Résultat Mention et/ou classement Préciser les modules, UE, EC en rapport avec la Spécialité Envisagée : Stages intégrés dans le cursus : Titre du stage Organisme d accueil Responsable Stages hors cursus : Intitulé-thème Organisme d accueil Durée Rédaction d un rapport (répondre par oui ou non) Fait à : le :. Signature : 3

4 Master Mention Biologie et Environnement Spécialité : Fonctionnement et Restauration des Ecosystèmes Aquatiques (FREMAC) LISTE DES SUJETS DE STAGE DE RECHERCHE PROPOSÉS 1 Identification des niches trophiques zooplanctoniques des bras-morts de l Allier par empreinte procaryotique Encadrant : BEC Alexandre (MCF) Alexandre.Bec@univ-bpclermont.fr ; Lieu du stage : UBP Clermont-Ferrand, UMR CNRS 6023 Laboratoire Microorganismes Génome Environnement (LMGE). 2 Utilisation de modèles de PVA (Population Viability Analysis) en vue de simuler et valider différentes stratégies de conservation et de restauration des populations natives de truite commune (Salmo trutta) en Haute- Savoie. Encadrant: CAUDRON Arnaud a.caudron@wanadoo.fr Lieu du stage : UMR CARRTEL - INRA THONON, Station d Hydrobiologie Lacustre, 75 av. de Corzent - BP Thonon-les-Bains Cedex. 3 Titre : Importance quantitative et fonctionnelle des virus dans les sédiments lacustres. Encadrants : Télesphore SIME-NGANDO (DR) et Delphine LATOUR (MC) s : telesphore.sime-ngando@univ-bpclermont.fr, delphine.latour@univ-bpclermont.fr Lieu du stage : UBP Clermont-Ferrand, UMR CNRS 6023 Laboratoire Microorganismes Génome Environnement (LMGE). 4 - Titre : Diversité au sein du phytoplancton: étude des algues de petite taille (picoplancton eucaryote autotrophe) Encadrant: Marie CHARPIN (MCF) marie.charpin@univ-bpclermont.fr Lieu du stage : UBP Clermont-Ferrand, UMR CNRS 6023 Laboratoire Microorganismes Génome Environnement (LMGE). 5 Titre : Diversité des communautés virales (le métagénome viral) dans les écosystèmes lacustres Encadrants : Télesphore Sime-Ngando (DR) et Didier Debroas (PR) s : telesphore.sime-ngando@univ-bpclermont.fr didier.debroas@univ-bpclermont.fr Lieu du stage : UBP Clermont-Ferrand, UMR CNRS 6023 Laboratoire Microorganismes Génome Environnement (LMGE). 4

5 6 Titre : Diversité des communautés procaryotes d une broméliacée épiphyte carnivore à réservoirs, Catopsis berteroniana Encadrants : FONTY G (DR) et CARRIAS JF (PR) s : gerard.fonty@univ-bpclermont.fr - j-francois.carrias@univ-bpclermont.fr Lieu du stage : UBP Clermont-Ferrand, UMR CNRS 6023 Laboratoire Microorganismes Génome Environnement (LMGE). 7- Titre: Relations entre diversité virale et lysogénie bactérienne dans les lac péri-alpins Encadrant: JACQUET S (CR) jacquet@thonon.inra.fr Lieu du stage : UMR CARRTEL - INRA THONON, Station d Hydrobiologie Lacustre, 75 av. de Corzent - BP Thonon-les-Bains Cedex. 8 Titre : Parasitisme dans les écosystèmes lacustres : rôle des Pekinsozoa dans la dynamique des communautés planctoniques. Encadrants : DOMAIZON I (MCF) et DEBROAS D (PR) isabelle.domaizon@univ-savoie.fr Lieu du stage : UMR CARRTEL - INRA THONON, Station d Hydrobiologie Lacustre, 75 av. de Corzent - BP Thonon-les-Bains Cedex. 9 Titre : Métagénomique et biogéographie des communautés microbiennes Encadrants : BRONNER G (MCF) gisele.bronner@univ-bpclermont.fr Lieu du stage : UBP Clermont-Ferrand, UMR CNRS 6023 Laboratoire Microorganismes Génome Environnement (LMGE) 5

6 Master Mention Biologie et Environnement Spécialité : Fonctionnement et Restauration des Ecosystèmes Aquatiques (FREMAC) Pièces à joindre au dossier pour un accès en M2 : Lettre de motivation : - Dans une lettre de motivation manuscrite, vous expliquerez les raisons de votre choix concernant ce master, - Vous indiquerez, le cas échéant, vos centres d intérêt pour le stage de recherche ou pour un stage à vocation professionnelle, - Enfin, vous justifierez, le cas échéant, les motifs de redoublement ou d interruption d études. Photocopies des Diplômes de Licence et de Master 1 ère année ou de Diplômes équivalents. Dans le cas où le Master M1 est en cours, joindre une attestation provisoire ou un relevé de note intermédiaire et nous envoyer ensuite les résultats définitifs dès leur publication. Copies des relevés de notes des deux dernières années universitaires. Une lettre d appréciation sous plis cacheté et établie par un enseignant du dernier établissement fréquenté. Dossier à retourner à : Université Blaise Pascal Madame Nicole Benay Secrétariat Master Biologie et Environnement spécialité FREMAC Bâtiment de Biologie A Ensemble Universitaire des Cézeaux AUBIERE Cedex Pour tout renseignement administratif complémentaire, s adresser à : Mlle Claire PONCET Téléphone : Fax : Courriel : Claire.PONCET@univ-bpclermont.fr Ce dossier ne peut-être retourné que par voie postale impérativement avant le 15 juin, délai de rigueur TOUT DOSSIER INCOMPLET OU NON CONFORME NE SERA PAS PRIS EN COMPTE LES DOSSIERS NON RETENUS NE SERONT PAS RETOURNES 6

7 Nom du laboratoire d accueil : UMR CNRS 6023 LMGE Directeur : Christian Amblard Nom et fonction de l encadrant : Alexandre Bec (MC) Equipe de recherche : Biodiversité microbienne et fonctionnement des réseaux trophiques aquatiques Titre : Identification des niches trophiques zooplanctoniques des bras-morts de l Allier par empreinte procaryotique Présentation du sujet -La variabilité de la production du zooplancton dans les zones littorales à macrophytes détermine grandement le recrutement piscicole. L hétérogénéité de ces milieux favorise un peuplement zooplanctonique fortement diversifié exploitant différentes niches trophiques. Les différentes espèces se nourrissent de particules planctoniques (Daphnidae, Bosminidae) mais certaines peuvent en outre tirer profit des biofilms neustoniques (Scapholeberis), benthiques et epiphytiques (Chydoridae). Ce stage propose de caractériser en premier lieu ces différentes niches trophiques par leur composition procaryotique spécifique. Il s'agira ensuite de comparer cette «empreinte procaryotique» à celle du tube digestif des espèces zooplanctoniques afin d identifier, quantifier et qualifier les sources de carbone déterminant la production zooplanctonique. Cette étude prévoit une approche couplée milieu expérimental-milieu naturel où l étudiant sera amené à utiliser différentes techniques : cultures d organismes, expériences de nutrition, biologie moléculaire (empreinte génétique: PCR-TT/DGGE), analyses lipidiques en chromatographie phase gazeuse. Mots clés (5) : biodiversité - zooplancton - Allier - frayère - procaryote Références bibliographiques récentes de l équipe (3 maximum) - Koussoroplis A, Lemarchand C, Bec A, Desvilettes C, Amblard C, Fournier C, Berny P, Bourdier G (2008) From Aquatic to Terrestrial Food Webs: Decrease of the Docosahexaenoic Acid/Linoleic Acid Ratio. Lipids 43: Bec, A., Martin-Creuzburg, D. and Von Elert, E. (2006) Trophic upgrading of autotrophic picoplankton by the heterotrophic flagellate Paraphysomonas sp. Limnol. Oceanogr. 51: Contact : Alexandre Bec Tél : Alexandre.bec@univ-bpclermont.fr

8 Nom du laboratoire d accueil : UMR 42 CARRTEL Directeur : Jean-Marcel DORIOZ Nom et fonction de l encadrant : Arnaud Caudron (DR) Equipe de recherche : Ressources Ichtyologiques et écotoxicologie (RITOXE) Titre : Utilisation de modèles de PVA (Population Viability Analysis) en vue de simuler et valider différentes stratégies de conservation et de restauration des populations natives de truite commune (Salmo trutta) en Haute- Savoie. Le sujet s inscrit dans le cadre d un champ de recherche finalisée développée depuis plusieurs années en collaboration avec l UMR CARRTEL et la Fédération de Pêche de Haute-Savoie dans le domaine de la biologie de la conservation et de l ingénierie de la restauration appliquée aux populations natives de salmonidés. -Dans un premier temps, une importante étude génétique a permis de localiser et de décrire la diversité intra-spécifique de Salmo trutta au sein du réseau hydrographique haut-savoyard (Caudron 2008). -Parallèlement, des premières mesures de conservation et de restauration des populations natives identifiées ont été mises en place et évaluées par suivis temporels en vraie grandeur. -Complémentairement à cette approche in situ, le sujet de recherche se propose d utiliser des modèles d analyses de viabilité de population (PVA) comme un outil d évaluation des risques d extinction actuels et futurs des différentes populations natives de truites identifiées. -A partir de données fiables de dynamique et de génétique des populations déjà collectées, l étudiant testera, en utilisant le logiciel de simulation stochastique VORTEX, la viabilité à long terme de 11 populations natives sous différents scénarii et stratégies de restauration. -L analyse de ces résultats et celles des premiers tests in situ permettra d orienter les choix de gestion à mettre en place pour garantir à terme la conservation de la diversité intra-spécifique de l espèce sur le territoire étudié. Mots clés (5) : - Conservation - Population native -Truite commune PVA - Diversité génétique Références bibliographiques récentes de l équipe (3 maximum) - Caudron A., Champigneulle A. & Guyomard R Evidence of two contrasting brown trout populations spatially separated in the River Borne and shift in ma,agement towards conservation of the native lineage. Journal of Fish Biology 74: Caudron A Etude pluridisciplinaire des populations de truite commune (Salmo trutta) des torrents hautssavoyards soumises à repeuplements : diversité intra-spécifique, évaluation de pratiques de gestion et ingénierie de la conservation de populations natives. Thèse de doctorat, Université de Savoie, 180p - Caudron A., Champigneulle A. & Guyomard R Assessment of restocking as a strategy for rehabiliting a native population of brown trout (Salmo trutta) in a fast flowing mountain stream in the northern French Alps. Journal of Fish Biology 69: Contact : Arnaud Caudron Tél : a.caudron@wanadoo.fr

9 MAST ER BIOLOGIE ET ENVIRONNEMENT Nom du laboratoire d accueil : UMR CNRS 6023 LMGE Directeur : C. Amblard Nom et fonction de l encadrant : Télesphore Sime-Ngando (DR) et Delphine Latour (MC) Equipe Virus et métabolismes bactériens en milieu aquatique Titre : Importance quantitative et fonctionnelle des virus dans les sédiments lacustres Présentation du sujet (incluant les techniques et approches à mettre en œuvre) : On considère que les virus représentent un des plus grands réservoirs de la diversité génétique non caractérisée de notre planète. Ils sont omniprésents dans les écosystèmes aquatiques où ils sont généralement 10 à 100 fois plus abondants que les procaryotes dont l activité conditionne leur prolifération. D un point de vue fonctionnel, le rôle des virus est essentiel dans divers processus structurant la dynamique de la biodiversité microbienne aquatique : mortalité cellulaire, cycles biogéochimiques, transferts horizontaux de gènes. Cependant, malgré le fait que la majeure partie des virus aquatiques se retrouvent dans les sédiments (10 7 à virus ml -1 vs 10 4 à 10 8 virus ml -1 dans le plancton libre), peu d études ont été menées dans la phase benthique aquatique. Dans le cadre du programme ANR Biodiversité AQUAPHAGE, la diversité et l importance quantitative et fonctionnelle des virus benthiques seront étudiées dans le réservoir Grangent, en rapport avec la problématique du recrutement benthique de communautés pélagiques (cyanobactéries ), faisant l objet d une campagne d échantillonnage intense et de datation des sédiments. Les approches à mettre en œuvre sont les techniques d analyse des particules (microscopie, cytométrie ), de biochimie (ultrafiltration, ultracentrifugation, PEGylation...), et de biologie moléculaire (Electrophorèse, PCR, RAPD ). Stage susceptible d'être rémunéré suivant les modalités propres au LMGE. Références bibliographiques récentes de l équipe (3 maximum) LEPAGE P, COLOMBET J, MARTEAU P, SIME-NGANDO T, DORE J, LECLERC MC (2008): Dysbiosis in Inflammatory Bowel Disease: a role for bacteriophages? GUT 57: COLOMBET J, ROBIN A, LAVIE L, BETTAREL Y, CAUCHIE HM, SIME-NGANDO T (2007): Virioplankton pegylation : use of PEG (polyethylene glycol) to concentrate and purify viruses in pelagic ecosystems. Journal of Microbiological Methods, 71: PRADEEP RAM AS, SABART M, LATOUR D, SIME-NGANDO T (in press): Low effect of viruses on bacteria in deep anoxic water and sediment of a productive freshwater reservoir (Lake Grangent, France). Aquatic Microbial Ecology Contact : Télesphore Sime-Ngando Tél : telesphore.sime-ngando@univ-bpclermont.fr, Delphine Latour delphine.latour@univ-bpclermont.fr

10 Nom du laboratoire d accueil : UMR CNRS 6023 LMGE Directeur : C AMBLARD Nom et fonction de l encadrant : M CHARPIN (MC) Equipe de recherche : Virus et Métabolismes microbiens en milieu aquatique Titre : Diversité au sein du phytoplancton: étude des algues de petite taille (picoplancton eucaryote autotrophe) Présentation du sujet (incluant les techniques et approches à mettre en œuvre) : La diversité du picoplancton eucaryote autotrophe est encore mal connue, en particulier dans les écosystèmes lacustres où la contribution du picoplancton autotrophe à la biomasse phytoplanctonique totale est relativement faible. Néanmoins cette fraction peut représenter un élément fonctionnel important des réseaux trophiques aquatiques microbiens notamment pendant la période printanière. De plus, les travaux initiés récemment au laboratoire sur les communautés du lac Pavin à l aide de méthodes moléculaires (séquençage de l ARN 16S plastidial) ont révélé une diversité taxonomique importante de ces organismes, insoupçonnable à l aide des approches morphologiques ou fluorimétriques classiques. L objectif de ce travail de M2 R consistera à établir la diversité globale du picoplancton autotrophe eucaryote dans des écosystèmes lacustres de différents niveaux trophiques, à l aide de méthode moléculaires. Ces approches moléculaires devraient être menées en parallèle avec des approches culturales permettant, potentiellement, d isoler des organismes appartenant à des groupes peu étudiés en milieu lacustre comme les Prasinophyceae ou les Haptophyceae. Mots clés (5) : -picoplancton eucaryote -autotrophe ARN plastidial 16S -culture Références bibliographiques récentes de l équipe (3 maximum) Le Jeune, A-H., Charpin, M., Sargos, D., Lenain, J-F., Deluchat, V., Ngayila, N., Baudu, M., Amblard, C. Planktonic microbial community responses to added copper. (Aquatic Toxicology) Le Jeune, A-H., Charpin M., Briand, J-F., Deluchat, V., Amblard, C., Baudu, M., Effect of copper sulphate treatment on natural phytoplanktonic communities. (Aquatic Toxicology) Contact : Nom : CHARPIN Marie Tél: marie.charpin@univ-bpclermont.fr

11 Nom du laboratoire d accueil : UMR CNRS 6023 LMGE Directeur : C. Amblard Nom et fonction de l encadrant : Télesphore Sime-Ngando (DR) et Didier Debroas (PR) Equipe Virus et métabolismes bactériens en milieu aquatique Titre : Diversité des communautés virales (le métagénome viral) dans les écosystèmes lacustres Présentation du sujet (incluant les techniques et approches à mettre en œuvre) : L'abondance virale dans les écosystèmes aquatiques varie entre 10 4 et 10 8 ml -1 (Wommack et Colwell, 2000). Parmi ces virus, la majorité serait des bactériophages qui semblent avoir une énorme influence sur les cycles biogéochimiques (Fuhrman, 1999), sur la diversité microbienne (Bratbak et al. 1996) et dans les transferts horizontaux de gènes (Paul, 1999). Cependant, malgré cette importance, très peu de données concernent la diversité de ces virus dans les écosystèmes en général, et lacustres en particulier. Dans le cadre du programme EC2CO METAVIR (Metagenomique Virale), la diversité des communautés virales sera étudiée par une approche métagénomique, qui nous permettra 1) d'identifier les principaux clades viraux dans les écosystèmes lacustres soumis ou non à une action anthropique et 2) de déterminer l'importance des prophages dans les génomes procaryotiques lacustres. Une attention particulière sera accordée à l optimisation du protocole de purification de l ADN viral à partir d échantillons naturels. Les approches à mettre en œuvre sont les techniques de biochimie (ultrafiltration, ultracentrifugation, PEGylation...) et de biologie moléculaire (extraction d'adn, PCR...). Stage susceptible d'être rémunéré suivant les modalités propres au LMGE. Références bibliographiques récentes de l équipe (3 maximum) LEPAGE P, COLOMBET J, MARTEAU P, SIME-NGANDO T, DORE J, LECLERC MC (2008): Dysbiosis in Inflammatory Bowel Disease: a role for bacteriophages? GUT 57: COLOMBET J, ROBIN A, LAVIE L, BETTAREL Y, CAUCHIE HM, SIME-NGANDO T (2007): Virioplankton pegylation : use of PEG (polyethylene glycol) to concentrate and purify viruses in pelagic ecosystems. Journal of Microbiological Methods, 71: JARDILLIER L, BETTAREL Y, BARDOT C, AMBLARD C, SIME-NGANDO T & DEBROAS D (2005): Effects of viruses and predators on the prokaryotic community composition. Microbial Ecology 50: Contact : Nom : Télesphore Sime-Ngando Tél : telesphore.sime-ngando@univ-bpclermont.fr, Didier Debroas didier.debroas@univ-bpclermont.fr

12 Nom du laboratoire d accueil : UMR CNRS 6023 LMGE Directeur : Christian Amblard Nom et fonction de l encadrant : CARRIAS J-F (PR) & G. FONTY (DR) Equipe de recherche : Diversité spécifique et fonctionnelle des réseaux trophiques aquatiques Titre : Diversité des communautés procaryotes d une broméliacée épiphyte carnivore à réservoirs, Catopsis berteroniana Présentation du sujet : Catopsis berteroniana est une broméliacée épiphyte d Amérique, à répartition tropicale et subtropicale, qui se développe préférentiellement sur des sites bien exposés tel que les inselbergs ou au niveau de la canopée. Les racines de cette plante ont un rôle d encrage et l assimilation des nutriments se fait à partir de la base des feuilles qui forment un micro-écosytème aquatique compartimenté. Cette plante insectivore dispose d un système de leurre visuel pour les insectes volants qui sont attirés au centre de la rosette et, ne pouvant se maintenir sur la cire blanche qui recouvre les feuilles, glissent et se noient dans le réservoir. La présence d enzymes digestifs n a pas été établie et c est uniquement à partir de l activité des organismes détritivores et des microorganismes décomposeurs du réservoir que la matière organique est transformée en éléments minéraux pouvant être alors assimilés par les trichomes à la base des feuilles. La composition, la diversité et la structure des communautés microbiennes de son réservoir n ont jamais été étudiées. Le sujet proposé consistera à caractériser les communautés procaryotes d une 50 aine de plantes échantillonnées dans le cadre du programme Amazonie du CNRS. Les densités des microorganismes seront estimées par cytométrie en flux et microscopie à épifluorescence. Une analyse des communautés procaryotes par des techniques moléculaires d empreintes génétiques (TTGE, DGGE) permettra d estimer la diversité des communautés dominantes microbiennes de chaque plante individuellement. Une étude plus fine de la diversité microbienne sera ensuite réalisée par clonageséquençage. Les données seront ensuite analysées en considérant la structure du réseau trophique de chaque plante. Mots clés (5) : Phytotelme, microorganismes, broméliacées, diversité microbienne, Catopsis berteroniana Références bibliographiques récentes de l équipe (3 maximum) Lehours AC, Batisson I, Guedon A, Mailhot G & Fonty G (2009) Diversity of Culturable Bacteria, from the Anaerobic Zone of the Meromictic Lake Pavin, Able to Perform Dissimilatory-Iron Reduction in Different in Vitro Conditions. Geomicrobiology Journal 26: Carrias J-F & Sime-Ngando T (2009) Bacteria, Attached to Surfaces. In: Gene E. Likens, (Editor) Encyclopedia of inland waters. Volume 3, pp Oxford: Elsevier. Contact : Fonty Gérard, Tél : gerard.fonty@univ-bpclermont.fr Carrias J-F, Tél : j-francois.carrias@univ-bpclermont.fr

13 Nom du laboratoire d accueil : UMR 42 CARRTEL Directeur : Jean-Marcel DORIOZ Nom et fonction de l encadrant : Stéphan JACQUET (CR HDR) Equipe de recherche : BioFEEL Titre : Relations entre diversité virale et lysogénie bactérienne dans les lac péri-alpins Présentation du sujet (incluant les techniques et approches à mettre en œuvre) : Il existe approximativement 10 millions de virus par millilitre d eau dans les écosystèmes aquatiques. Ces virus constituent donc l entité biologique la plus abondante de la planète et sont majoritairement composés par des bactériophages. Ceux-ci constituent un compartiment extrêmement dynamique et diversifié qui reste très largement méconnu, particulièrement dans les lacs péri-alpins. Le cycle lysogénique est une stratégie vitale des virus encore largement inexplorée et ce sujet de Master2 consistera à l explorer plus avant. Si, les phages tempérés semblent dominer les phages lytiques, la proportion de bactéries lysogéniques est hautement variable et évolue inversement avec la productivité des écosystèmes. La lysogénie serait ainsi une forme d adaptation pour les phages, leur permettant de se maintenir dans des conditions de développement défavorables à leurs hôtes bactériens, alors en activité métabolique réduite ou sous un seuil de densité ne permettant pas le maintien d un cycle lytique seul. Nous n avons encore que peu de connaissances sur ce processus lysogénique au sein des eaux douces et il reste à déterminer si la diversité et la prépondérance des phages libres au sein de l environnement sont dues à des phages lytiques ou tempérés. Les techniques employées seront la cytométrie en flux, la PCR-DGGE et la PFGE. Deux lacs et différentes profondeurs seront examinés. Mots clés (5) : lacs virus bactéries - diversité - cycle de vie Références bibliographiques récentes de l équipe Sime-Ngando, T., J. Colombet, S. Personnic, I. Domaizon, U. Dorigo, P. Perney, J.-C. Hustache, E. Viollier and S. Jacquet Short-term variations in abundances and potential activities of viruses, bacteria and nanoprotists in Lake Bourget. Ecol. Res. 23: Miki, T. and S. Jacquet Complex interactions in the aquatic microbial world: under-explored relationships between viruses, bacteria and heterotrophic flagellates. Aquat. Microb. Ecol. 51: Jacquet, S., I. Domaizon, S. Personnic and T. Sime-Ngando Do small grazers influence viral-induced bacterial mortality in Lake Bourget? Fund. Appl. Limnol. 170: Contact : Nom : JACQUET Tél : jacquet@thonon.inra.fr

14 Nom du laboratoire d accueil : UMR 42 CARRTEL Directeur : JM Dorioz Nom et fonction de l encadrant : Isabelle DOMAIZON (MC) Didier DEBROAS (PR) Equipe de recherche : BIOFEEL Titre : Parasitisme dans les écosystèmes lacustres : rôle des Pekinsozoa dans la dynamique des communautés planctoniques. Présentation du sujet (incluant les techniques et approches à mettre en œuvre) : -Les questions posées s inscrivent dans une problématique générale d étude du fonctionnement des réseaux trophiques planctoniques lacustres. L objectif principal de ce projet est l étude de la dynamique et la diversité de micro-organismes eucaryotes potentiellement parasites, groupes qui ont récemment été révélés par des analyses moléculaires, mais pour lesquels on ne possède encore aucune information quant à leur importance quantitative, leur distribution et leur rôle fonctionnel dans les écosystèmes lacustres. Les parasites eucaryotes lacustres sont habituellement peu pris en compte dans les modèles de fonctionnement des réseaux trophiques, or ils sont susceptibles d impacter significativement les communautés phytoplanctoniques et zooplanctoniques. Ce travail s appuie sur l utilisation d outils moléculaires couplés aux méthodes d investigation dites plus classiques (microscopie, isolement et mise en culture,..) afin de progresser dans la connaissance de la diversité, de la dynamique et du rôle de ces micro-organismes eucaryotes parasites. Mots clés (5) : Lacs - Parasitisme - Perkinsozoa - - Références bibliographiques récentes de l équipe (3 maximum) -Lepère C, Domaizon I, Debroas D. (2008) Composition of freshwater small eukaryotes community : unexpected importance of potential parasites. Appl. Environ. Microbiol. 74 : Lepère C, Domaizon I, Debroas D (2007). Community composition of lacustrine small eucaryotes in hyper eutrophic conditions in relation to top-down and bottom-up factors. FEMS Microbiol. Ecol. 61, Lepère C., D. Boucher, L. Jardillier, I. Domaizon, D. Debroas (2006). Succession and regulation factors of small eukaryote community composition in a lacustrine ecosystem (Lake Pavin). Appl. Environ. Microbiol. 72, Contact : Tél : isabelle.domaizon@univ-savoie.fr

15 Nom du laboratoire d accueil : UMR CNRS 6023 LMGE Directeur : C. Amblard Nom et fonction de l encadrant : Gisèle Bronner (MC) Equipe de recherche : Microbiologie de l'environnement et Bioinformatique Titre : Métagénomique et biogéographie des communautés microbiennes Présentation du sujet (incluant les techniques et approches à mettre en œuvre) : -Les schémas de distribution de la biodiversité microbienne à différentes échelles géographiques (locale, régionale, globale) n'ont été que peu étudiés, limitant ainsi notre compréhension des processus qui gouvernent la distribution de la biodiversité microbienne à ces différentes échelles. Il a toutefois été suggéré que la majorité des organismes microbiens seraient cosmopolites et que les espèces endémiques devaient être rares. Les avancées dans l'utilisation des techniques moléculaires ont permis de remettre en cause cette idée. Ces études, principalement basées sur l'analyse des séquences d'arn 16S des communautés bactériennes ont toutefois porté le plus souvent sur des groupes taxonomiques particuliers (actinobactéries, bactéries pourpres, AAnP,...), ou des écosystèmes limités (zones océaniques profondes). La publication en 2007 de près de 70 métagénomes marins collectés sur un transect de plusieurs milliers de kilomètres (depuis l'atlantique nord, jusqu'au pacifique sud) nous offre l'opportunité de réaliser des études approfondies de la relation entre la distribution géographique de la biodiversité des micro-organismes marins et les facteurs majeurs de l'environnement qui participent au modelage de la composition microbienne des océans à l'échelle du globe. Il est proposé dans le cadre de ce sujet de master, d'étudier la relation entre la biodiversité microbienne des eaux océaniques et des caractéristiques environnementales à travers l'analyse bioinformatique des séquences d'arn 16S extraites des métagénomes publiés. Compétences souhaitées : écologie microbienne, analyse de séquence. phylogénie moléculaire. Mots clés (5) : Diversité bactérienne, biogéographie, Métagénomique. Références bibliographiques récentes de l équipe (3 maximum) 1- Lepère C, Domaizon I, Debroas D (2007). Community composition of lacustrine small eucaryotes in hyper eutrophic conditions in relation to top-down and bottom-up factors. FEMS Microbiol. Ecol. 61, Ludwig Jardillier, Delphine Boucher, Sébastien Personnic, Stéphan Jacquet, Aurélie Thénot, Denis Sargos, Christian Amblard and Didier Debroas (2005). Relative importance of nutrients and mortality factors on prokaryotic community composition in two lakes of different trophic status: Microcosm experiments. FEMS Microbiol. Ecol. 53, Lefranc M., Thénot A., Lepère C. Debroas D. (2005) Genetic diversity of small eukaryotes in lakes differing by their trophic status. Appl. Environ. Microbiol. 71, Contact : Nom : G. Bronner Tél : gisele.bronner@univ-bpclermont.fr (ou Didier Debroas didier.debroas@univ-bpclermont.fr)

16 Nom du laboratoire d accueil : Inter-university Research center WasserKluster Lunz Biologische Station (Autriche) ( Nom et fonction de l encadrant : Dr Martin Kainz (Directeur d équipe) Equipe de recherche : LIPTOX (Lipides et Ecotoxicologie en milieux aquatiques) Titre : Nutriments essentiels des organismes en aquaculture et dans les écosystèmes lotiques et lacustres de l Autriche des pré-alpes (Essential nutrients in organisms of riverine, lacustrine, and aquaculture ecosystems in pre-alpine Austria). Présentation du sujet Les nutriments essentiels comme les acides gras polyinsaturés (AGPI) sont indispensables à la croissance et au développement de nombreux organismes aquatiques. Ces AGPI sont majoritairement synthétisés par les algues à la base du réseau trophique et sélectivement retenus par les consommateurs, tout au long de la chaîne alimentaire. Les concepts écologiques de niveaux et de positionnements trophiques dans les écosystèmes aquatiques continentaux résultent principalement des études menées en milieu lacustre. Récemment l utilisation des isotopes stables de l azote (δ 15 N) s est avéré être un paramètre clé pour apprécier le positionnement trophique de certains organismes aquatiques. L utilisation de l azote stable ( 15 N) repose cependant sur une hypothèse de base qui prévoit que la signature en δ 15 N de chaque organisme augmente d environ 3 par niveau trophique. Toutefois on ne sait pas si: a) Ce paradigme est applicable en aquaculture et en milieu fluvial b) Il existe des variations saisonnières de δ 15 N pour un même organisme et donc de niveau trophique c) Les changements de positionnement trophique affectent la rétention des AGPI en aquaculture et dans les écosystèmes lotiques et lacustres L étudiant de Master 2 travaillera sur ces questionnements qui font parties d un projet financé par le gouvernement Autrichien. Le logement est assuré pour la durée du stage à la Station de Recherches de Lunz. Niveau correct en langue Anglaise nécessaire (Allemand facultatif) Mots clés (5) : AGPI- Isotope 15N- Ecosystèmes Aquatiques des Pré-Alpes - Niveaux trophiques Contact (France) : Alexandre Bec Tél : Contact (France) : Christian Desvilettes Tél : Contact (Autriche) : Martin Kainz Tél : 43-(0) Alexandre.bec@univ-bpclermont.fr Christian.desvilettes@univ-bpclermont.fr martin.kainz@donau-uni.ac.at