a- Caractères bactériologiques Bacille à Gram négatif Aéro-anaérobie Mobile ou immobile, Non sporulés, +/- Capsulés : Klebsiella, E.

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1 TAXONOMIE BACTERIENNE Cours N 3 Bacilles à Gram négatif a- Caractères bactériologiques Bacille à Gram négatif Aéro-anaérobie Bâtonnet de 2 à 3 µm sur 0,6µm Mobile ou immobile, Non sporulés, IV- ENTÉROBACTÉRIES +/- Capsulés : Klebsiella, E. coli Caractérisation antigénique Antigène O = paroi «Antigène H = flagellaire» «Antigène K = capsule ou enveloppe» Cours n 3 bactériologie 1

2 b- Classification Famille des Enterobacteriaceae Escherichia coli (plusieurs pathovars et sérotypes) Salmonella enterica (nombreux sérotypes) Proteus mirabilis, Klebsiella pneumoniae Enterobacter, Serratia sp, Citrobacter sp c- HABITAT Famille des Entérobacteries Commensaux normaux Tube digestif Homme et animal Coliformes Contamination fécale Saprophytes Environnement Sol -eaux Tractus respiratoire Dégradation organique Associés aux plantes Altération (pourriture, dégénérescence) Cours n 3 bactériologie 2

3 d- MODE DE TRANSMISSION Contamination oro-fécale : Absorption d'eau ou aliments contaminés par des selles de malades ou de porteurs sains e- POUVOIR PATHOGÈNE Entérobacteries 1 *Bactéries commensales **Bactéries 2 opportunistes ***Bactéries pathogènes Infections urinaires : E. coli, P. mirabilis Infections digestives : E. coli Infection respiratoire : Klebsiella pneumoniae Infections nosocomiales : Enterobacter cloacae Serratia Sp Citrobacter sp Cours n 3 bactériologie 3

4 e- POUVOIR PATHOGÈNE Enterobacteriaceae Bactéries Commensales Bactéries opportunistes 3 Bactéries pathogènes Syndrome dysentérique +/- bactériémie a Fièvres typhoïdes et paratyphoïdes Dysenterie bacillaire (shigellose) b Entéropathogènes E. coli Shigella sp Salmonelles mineures (TIA) Yersinia enterocolitica c Peste Yersinia pestis (rongeur-puce) A- Escherichia coli ou colibacille i) HABITAT 10 8 gr/selles : 80 % de la flore intestinale aérobie (<1% flore totale) 5-20% de portage vaginale dont 50% de coli K1 Dans l environnement : témoin d une contamination fécale (critère de non potabilité) Cours n 3 bactériologie 4

5 ii) POUVOIR PATHOGÈNE Plusieurs facteurs de pathogénicité : Les adhésines Adhésivité sur les cellules de l épithélium Les toxines +++ Infections intestinales Antigène K (capsulaire) -> résistance à la phagocytose Facteurs liés à l hôte iii) MANIFESTATIONS CLINIQUES 2 grands types d infections 1. Infections digestives plusieurs souches = «pathovar» ECEP ECEP: Epidémie de diarrhée dans les collectivités de nourrisson. ECEH : E. coli O157:H7 ECET (turista) ECEI Cours n 3 bactériologie 5

6 iii) MANIFESTATIONS CLINIQUES 2- Les infections extra-intestinales : 1er pathogène des infections communautaires Infections urinaires (IU): 80% ("colibacillose") basses (vésicales) ou hautes (pyélonéphrites) Autres manifestations cliniques: septicémies (20 % des septicémies) infections des voies génitales et biliaires, suppurations diverses Les infections néonatales 2ème germe responsables d infections MF Incidence : 0,2 à 0,6 Facteurs de risques des IMF précoces : Prématurité ++, RPM Colonisation massive IU maternelles avec bactériémies, Septicémies, Méningites précoce et tardive Complications Mortalité des INN précoces : 20 à 30% Séquelles neurosensorielles : 30 à 50% Cours n 3 bactériologie 6

7 Epidémiologie des INN Mode de transmission In utero Voie hématogène = bactériémie maternelle (pyélonéphrite) Voie ascendante avec ou sans RPM, chorioamniotite Passage de la filière génitale (50-70%) portage vaginal E. coli = 10-20% des femmes E. coli K1 = 5-7% 20-30% des nouveau-nés nés colonisés à la naissance/k1 Pathogenèse des méningites à Escherichia coli 1- Colonisation digestive 2- Multiplication Intravasculaire ++ adhésion 3-Traversée de la BHE TD E. coli Capsule K1 S fimbriae (opéron sfa) Protéine invasion Ibe A (activation GTPases) ompa Sfa A Ibe A Espaces sous arachnoidiens Plexus choroides translocation LCR Cours n 3 bactériologie 7

8 Méningites néonatales à Escherichia coli Colonisation pili type 1, pili type P, Facteurs de pathogénicité Prolifération dans le sang capsule sérotype K1 (80% des méningites) R phagocytose R activité bactéricide du sérum (complément) «camouflage immunologique» O-LPS, OmpA importance du taux de bactéries dans le sang < 10 3/ml 5% de méningite > 10 3/ml 60% de méningite Facteurs liés à l hôte déficit physiologique du NNé en complément Méningites néonatales à Escherichia coli Facteurs de pathogénicité : invasion méningée Adhésion aux cellules de la BHE adhésines Traversée de la BHE endocytose transport intravacuolaire exocytose à travers la membrane basale phase invasion associée à : sérotype K1 2 protéines de membrane : OmpA et Ibe Cours n 3 bactériologie 8

9 Traitement Sensibilité aux antibiotiques : E.coli dans l'ensemble est sensible à tous les antibiotiques. Attention 50% de résistance acquise à l amoxicilline => ANTIBIOGRAMME Méningite : Céphalosporine 3ème G (céfotaxime) + aminoside En bref 5-20% des femmes sont porteuses au niveau vaginal avec 50% de K1 Pas de recommandations pour le dépistage Taux d infections : 0,2 à 0,6 Taux d infections NNés colonisés : 1/250 Soit 150 à 400 cas par en France Mortalité 20% à 30% 30% à 50% de séquelles au cours de méningites Cours n 3 bactériologie 9

10 Autres Entérobactéries Entérobactéries pathogènes Responsables de gastro-entérites Salmonelloses Shigelloses Yersinia enterocolitica Entérobactéries pathogènes opportunistes Responsables d infections nosocomiales Klebsiella pneumoniae, K. oxytoca Enterobacter cloacae, E. aerogenes Serratia sp Le genre Salmonella ii) Les Salmonelles Une seule espèce : Salmonella enterica Différents sérovars : antigénes somatique/flagellaire Salmonelles majeures : fièvres typhoïde et paratyphoïdes Salmonella Typhi, Samonella Paratyphi A (strictement humain) Cas importé Salmonella Paratyphi B et C Contamination alimentaire, aliments souillés par selles malades ou porteurs sains. Salmonelles mineures : Salmonelloses (Entérites et Toxi infections alimentaire TIAC) Salmonella Typhimurium, Enteritidis ubiquitaires, rupture chaine du froid Cours n 3 bactériologie 10

11 iii) Shigelloses 4 espèces Shigella dysenteriae : dysenterie bacillaire Shigella flexneri, S. boydii, S. sonnei Agents de diarrhées sanglantes et mucopurulentes aiguës ou chroniques Habitat : Le seul réservoir: le tube digestif de l homme Très rares porteurs sains (Adulte) (dissémination) Les shigelloses sont les plus transmissibles des infections bactériennes intestinales: 10 à 100 bactéries (DI) Cas sporadiques ou petites épidémies Forte promiscuité (collectivités d enfants, famille) Maximum = sept. et octobre V- Haemophilus a-caractères bactériologiques très petit bacille Gram négatif (coccobacille), Bactérie exigeante en facteur de croissance présents dans les globules rouges immobile, parfois capsulé : Souches invasives capsulées de type b les plus virulentes (Haemophilus influenzae b = Hib) 16 espèces : H. influenzae, H. parainfluenzae... Cours n 3 bactériologie 11

12 b- HABITAT Haemophilus influenzae Commensal Voie aérienne supérieure Homme Voie digestive 0,4 à 1,5% tractus génital (portage 0,2 à 2%) (90% de biotype II) flore oropharyngée 75% jeune enfant 35% adulte Pas de dépistage systématique c- Pouvoir pathogène chez l'adulte Surinfections pulmonaires Septicémies chez l'enfant Infections sphère ORL +++: otites 80% souches non capsulées, épiglottite de 2 à 6 ans (Hib). Conjonctivites Méningite (3 mois et 3 ans) souches capsulées de type b.. Cours n 3 bactériologie 12

13 Pouvoir pathogène Infections néonatales 3 ème place des INN (42% de Hi biotype IV) Place de + en + importante (12% bactériémies en 1996) Souches non capsulées Voies de contamination Hématogène Voie ascendante+++ Portage asymptomatique ou cervicovaginite Pouvoir pathogène Infections néonatales Clinique : Bactériémies, méningites, articulaires, pneumonies, conjonctivites et lésions cutanées Facteurs de risques : prématurité <31 sem Mortalité 7 à 18% Cours n 3 bactériologie 13

14 Haemophilus influenzae Sensibilité aux antibiotiques Recherche de ßlactamase : 20% des souches ont une ßlactamase : R Pénicilline G et Amoxicilline mais Sensible à l association AMOXICILLINE + ac. clavulanique (=Augmentin ). En bref Nombre croissant d infections MF liées à H. influenzae Portage vaginal: entre 0,2 et 2 % Voie de contamination du Nné : voie ascendante ++ Septicémies : 45% Nné avant 31 semaines, 18% NNé de 37 semaines Mortalité : 7 à 18 % Cours n 3 bactériologie 14

15 VI- Genre PSEUDOMONAS 160 espèces rencontrées dans le sol, l'eau, les plantes; 13 ont un intérêt médical. a- Habitat Saprophyte : eau, fleurs, support humide. Commensal transitoire : tube digestif (et peau) hommes et animaux ->porteurs sains (pas en grande quantité), germes de l hospitalisme Contamination des solutions antiseptiques PSEUDOMONAS AERUGINOSA (= bacille pyocyanique) Bacille à Gram négatif très mobile déplacement en ligne droite, aérobie stricte colonies "vertes" (production de pigments ) Multirésistance aux antibiotiques Cours n 3 bactériologie 15

16 B-POUVOIR PATHOGÈNE Pseudomonas aeruginosa Bactérie opportuniste Mode de transmission : Mode de transmission : environnement via personnel soignant, matériel souillé, alimentation du nouveau-né. Malades fragilisés svt hospitalisés mucoviscidoses Infections néonatales secondaires : prématurité, prothéses (KT, intubation) Otites, conjonctivites Septicémies. Cours n 3 bactériologie 16