Classer et nommer les végétaux : Un peu de systématique et de nomenclature. Présentation du 26/02/2015 Pierre Cellier Hugo Fontes

Transcription

1 Classer et nommer les végétaux : Un peu de systématique et de nomenclature. Présentation du 26/02/2015 Pierre Cellier Hugo Fontes

2 Classification Définition : "Répartition systématique en classes, en catégories, d'êtres, de choses ou de notions ayant des caractères communs notamment afin d'en faciliter l'étude; résultat de cette opération" (CNRTL-CNRS)

3 Classification Mise en garde : Dans la nature il n'y a que des individus Classification = faire des ensembles argumentés, les nommer, rattacher des éléments dans ces ensembles Répond à un "cahier des charges préalablement fixé" Nomination d'attribus, de traits communs. Notion de hiérarchie Clefs de détermination = outil pratique Trier Classer Ranger

4 Un peu de pratique! Atelier : concevoir une classification des plantes présentées

5 Trier Classer

6 Classification Différents types de classifications : -> Ecologique Ex: les plantes aquatiques -> Architecturale Ex: modèles architecturaux -> Culinaires Ex: fruits, légumes Et bien d'autres...

7 Classification Ici, on parlera de classification évolutive selon les degrés de parentés (= cahier des charges) De l'origine des espèces (Darwin 1859) : "L'arrangement des groupes dans chaque classe, d'après leurs relations et leur degré de subordination mutuelle, doit, pour être naturel, être rigoureusement généalogique"

8 Bref historique des classifications Classification des plantes 371 av J.C. 4 types de plantes : Arbre : plante à un seul tronc partant de la racine, ayant de nombreux rameaux, des nœuds (branches charpentières) et qu il n est pas facile d arracher Arbrisseau : plusieurs troncs partent de la racine et portant de nombreux rameaux Sous arbrisseau : nombreux rameaux partant de la racine Herbe : plante qui s élève de la racine, avec des feuilles, sans souche. Théophraste

9 Bref historique des classifications L histoire des animaux 343 av J.C. Animaux sans sang : 1- Animaux à peau couverte de coquilles (gastéropodes) II - Animaux découpé en segments (Arthropodes) III - Animaux à coquilles molles (crustacés) IV - Animaux mous (céphalopodes) Animaux avec sang : I - Poissons II - Reptiles et Amphibiens III - Oiseaux IV - Mammifères Aristote

10 Taxinomie Nomenclature Régle et étude de la classification + classification elle même (Cronquist 1991) Dénomination homogène des animaux et des plantes, établie selon des règles faisant l'objet de codes en zoologie et en botanique (Larousse) ordonner la diversité, la comprendre Taxon : unité quelconque (genre, famille, espèce, sous-espèce, etc.) des classifications hiérarchiques des êtres besoin d'un dénomination compréhensible par tous

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12 Taxinomie

13 Comment classer? Comparaison de caractères communs on classe sur la base des ressemblances! Ex: comparaison de caractères morphologiques et anatomiques.

14 Plus on se ressemble, plus on est proche parents La ressemblance traduit la parenté Donc, plus deux êtres possèdent de caractères communs, plus ils sont proches (évolutivement) Méthode des distances Attention : traduit parfois plus les ressemblance que la parantée

15 Comment classer? Comparaison de caractères communs différentiation des caractères communs ancestraux et dérivés. Ex : les ailes des oiseaux et des chauves-souris Homologie Analogie Convergence morphologique

16 Les êtres les plus proches sont ceux qui partagent le plus de caractères ancestraux. Ici, le partage de mêmes caratères ne traduit pas de proximité évolutive si ces caractères sont dérivés. Hypothése : au cours de l'évolution, le nombre de changements d'états de caractères est minimisé. Méthode parcimonique

17 Comment classer? Comparaison de différentes classifications (différents scénarios évolutifs) Vraisemblance d'un modéle selon probabilitée d'un événement méthode probabiliste La plus utilisée actuellement en phylogénie

18 Un peu de pratique! Ateliers : - Créer une classification sur la base d'une matrice de caractères - Créer un arbre sur la base d'une matrice de caractères - Sélectionner un arbre parmi différents scénarios évolutifs

19 Créer une classification sur la base d'une matrice de caractères

20 Créer une classification sur la base d'une matrice de caractères

21 Créer un arbre sur la base d'une matrice de caractères

22 Créer un arbre sur la base d'une matrice de caractères

23 Créer un arbre sur la base d'une matrice de caractères Ulve Polytric Chêne Pissenlit Epicéa Polypode Fougère aigle

24 Créer une classification sur la base d'une matrice de caractères

25 Créer un arbre sur la base d'une matrice de caractères Ulve Polytric Chêne Pissenlit Epicéa Graines Feuilles nervurées Ancétre commun hypothétique Tige Pigment vert Polypode Fougère aigle Fronde

26 Sélectionner l'arbre le plus parcimonieux

27 Sélectionner l'arbre le plus parcimonieux Caractères non informatfs

28 Sélectionner l'arbre le plus parcimonieux

29 Sélectionner l'arbre le plus parcimonieux

30 La phylogénie moléculaire Définition : la genèse (genesis) des lignées (phylum) + moléculaire utilisation des séquences de l'adn pour l'établissement d'une classification

31 Présentation de la classification moderne des plantes ou lignée verte

32 Présentation de la classification moderne de la lignée verte

33 Présentation de la classification moderne de la lignée verte

34 Présentation de la classification moderne de la lignée verte

35 Attention! Vision linéaire de l'évolution avec des êtres peu évolués et des êtres évolués : Faux!

36 Attention! Vision linéaire de l'évolution avec des êtres peu évolués et des êtres évolués : Faux!

37 Attention! Vision linéaire de l'évolution avec des êtres peu évolués et des êtres évolués : Faux! L'Homme ne déscend pas du singe, l'homme est un singe

38 Nomenclature

39 Nomenclature binomiale Carl von Linné ( ) Systema Naturae,1735 (1758) Nomenclature binomiale Ex : Homo sapiens Linné, 1758 «Homo» constitue le nom de genre (au nominatif latin, avec première lettre en majuscule et mot en italique) «sapiens» désigne ici l'espèce (en minuscule italique) «Linné» identifie le nom du naturaliste qui a nommé et décrit l'espèce «1758» situe l'année de publication de la diagnose, ou de sa validation

40 Nomenclature

41 Découverte d'une espèce inconnue pour la science La description Le nom La classification Ex :

42 Découverte d'une espèce inconnue pour la science La description Le nom La classification Ex : Asclepia syriaca L. 1753

43 Lien entre les classifications évolutives et critères d'identification morphologiques ou anatomiques

44 Clef de détermination dichotomique De l'arbre philogénétique à la clef de détermination

45 Nommer, classer, Identifier? Clé dichotomique

46 Autres moyens de détermination des plantes Tableau d'identification Identification assisté par ordiateur Gene barcoding

47 Nommer, classer, Identifier? Tableau d identification

48 Nommer, classer, Identifier? Tableau d identification

49 Nommer, classer, Identifier? Tableau d identification

50 Quelques références La classification du vivant, mode d'emploi. Guillaume Lecointre (Professeur au Muséum National d'histoire Naturelle de Paris, Département Systématique et Evolution, Laboratoire "Systématique, Adaptation, Evolution" UMR 7138 CNRS-UPMC-MNHN-IRD-ENS). Adaptation et mise en ligne : Gilles Camus Classification phylogénétique du vivant Guillaume Lecointre, Hervé Le Guyader Aux origines des plantes, des plantes anciennes à l abotanique du XXIe siècle. Francis Hallé (sous la dirrection de), p.