Dartrose: état des lieux des essais en cours (au champ et au laboratoire)

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1 Dartrose: état des lieux des essais en cours (au champ et au laboratoire) Alice PASDELOU Karima BOUCHEK Guillaume BEAUVALLET ARVALIS Institut du végétal

2 Objectifs Réaliser une collection d isolats de Colletotrichum coccodes français Evaluer l efficacité de plusieurs fongicides au champ et en laboratoire Détecter et quantifier le champignon dans le sol Suivi épidémiologique de C. coccodes au champ

3 Réalisation d une collection d isolats de C. coccodes français

4 En 2012 et 2013 : 58 lots de tubercules contaminés 18 échantillons de sol 1 fiche descriptive: itinéraire cultural, description de la parcelle Collection d échantillons

5 Présentation de la maladie Symptômes sur tubercules Observation macroscopique Ponctuations noires (microsclérotes)

6 Isolement du champignon Colletotrichum coccodes Mise en culture du champignon sur un milieu PDA Isolement monospore Obtenir une culture pure du champignon à partir d une seule spore Environ 280 isolats en collection

7 Conservation des isolats Conserver les isolats sur une longue période Tests commencés en 2012: Dans le l huile minérale à 4 C Dans du glycérol à 80 C Après 18 mois: les isolats restent viables avec les deux méthodes

8 Efficacité des produits fongicides en laboratoire et au champ

9 Principe du test en laboratoire Détermination de la CI50 Concentration en matière active qui va inhiber 50% de la croissance du champignon Repiquage du champignon sur un milieu de culture avec différentes concentrations en fongicide Témoin 0,01 0, mg/l

10 Principe du test en laboratoire Calcul du pourcentage d inhibition : è é è è é Après 10 jours de culture, mesure du diamètre moyen

11 Principe du test en laboratoire CI50 Droite de régression linéaire

12 3 isolats de C. coccodes Doses: 10/1/0,1/0,01 mg/l Ajustement des doses CI50 > 0,5 mg/l La molécule est considérée comme non efficace Principe du test en laboratoire 8 isolats CI50 < 0,5 mg/l Test réalisé sur l ensemble de la collection (75 isolats)

13 Test d antagonisme Confrontation de 2 microorganismes Un microorganisme est mis en culture sur le même milieu que C. coccodes Témoin (C. coccodes seul) Avec un autre champignon Calcul du pourcentage d inhibition Avec une bactérie

14 Efficacités des produits fongicides en laboratoire Au total (2012 et 2013) 24 fongicides ont été testés : 1 fongicide homologué contre la dartrose: Amistar Des fongicides homologués sur pommes de terre Des fongicides homologués sur céréales Différentes familles chimiques: strobilurine; triazole; chloronitrile; SDHI 2 produits contenant des microorganismes

15 Efficacités des produits fongicides en laboratoire 5 produits présentent une efficacité contre la dartrose : Produit CI50 (mg/l) A 0,3 B 0,1 C 0,1 D 0,04 E 0, produits ne présentent pas d efficacité (CI50 >> 0,5 mg/l) Absence d inhibition avec les 2 microorganismes

16 5 produits présentent une efficacité variable contre la dartrose : Amistar Produits F, G et H Efficacités des produits fongicides en laboratoire Famille des strobilurines Produit I (Usage retiré en France en 2013)

17 Produit Amistar : Test réalisé sur 75 isolats : Bilan des essais en laboratoire 3 niveaux de sensibilité Même observation avec les 3 autres strobilurines Variabilité de sensibilité d isolats provenant d une même parcelle

18 Bilan des essais en laboratoire 5 produits présentent une efficacité sur l ensemble des isolats français Efficacités variables des produits appartenant à la famille des strobilurines Possibilité de résistance partielle

19 Perspectives 2014 Actuellement en France: Absence de connaissance sur la diversité génétique de C. coccodes Les isolats C. coccodes sont repartis en différents groupes de compatibilité végétative (VGC) identifiés à l étranger (Etats Unis, Israël, Australie) Identification des groupes en France Mise en relation des différents groupes VGC français et des groupes présentant différentes sensibilités face aux strobilurines (et autres fongicides) Evaluer toute nouvelle molécule arrivant sur le marché

20 Sévérité en % Sévérité et fréquence d attaque de la Dartrose sur tubercules 2013 Notation à la récolte fréquence d'attaque %

21 Détection et quantification de Colletotrichum coccodes dans le sol

22 Détection et quantification de Colletotrichum coccodes dans le sol Objectif Prédiction du taux de contamination d une parcelle Echantillonnage du sol Echantillon représentatif d une parcelle Extraction d ADN Extraire une quantité d ADN suffisante Elimination des inhibiteurs Quantification de l ADN de C. coccodes Spécificité Sensibilité Quantification

23 Colletotrichum coccodes Distribution homogène du pathogène dans le sol Méthode employée pour les nématodes à kyste : 1 g de sol sur 100 points en suivant la forme d un W Echantillon d 1 kg Parcelle Echantillonnage Transect en W

24 Mise au point d une méthode d extraction d ADN dans le sol Choix d une méthode d extraction : Comparaison de 2 kits d extraction spécifiques au sol Extraire une quantité d ADN quantifiable Elimination des inhibiteurs contenus dans le sol

25 Amplification de l ADN de C. coccodes 1 molécule d ADN synthétisée = 1 molécule de fluorescence émise Quantification à partir d une gamme étalon : 0,05 pg Détection et quantification de l ADN de C. coccodes 0,1 pg 0,5 pg 1pg 5 pg ADN extrait à partir d isolat pur

26 Spécificité Sol : présence de différents pathogènes Mélange d ADN La méthode ne doit détecter que Colletotrichum coccodes Validation de la spécificité en testant différents pathogènes : R. solani A. solani H. solani C. lini Détection et quantification de l ADN de C. coccodes Sclerotinia sp.;.

27 Sensibilité : Une faible quantité d ADN de C. coccodes est détectée et quantifiée (0,05 pg) La méthode donne des résultats reproductibles sur isolats purs Détection et quantification de l ADN de C. coccodes

28 Détection et quantification de l ADN de C. coccodes dans le sol 21 échantillons de sols analysés Détection de C. coccodes dans 19 sols Différents taux de contamination

29 Pourcentage Comparaison entre la contamination du sol et les symptômes (Résultats préliminaires) Quantité d'adn de C. coccodes (pg/g de sol) Fréquence (%) Intensité (%)

30 Perspectives Une nouvelle campagne de prélèvement de sol et notation à plus grande échelle (même lot de plants) Analyse de corrélation entre le taux de contamination et la fréquence et l intensité des symptômes Identifier des facteurs à risques en analysant les résultats d enquêtes

31 Suivi épidémiologique de C. coccodes au champ

32 Suivi épidémiologique de C. coccodes au champ Objectif : Suivre la progression de la maladie sur les différents organes de la pomme de terre sur un cycle de culture Essai au champ (Mesnil La Comtesse) Prélèvement et notation des échantillons tous les 15 jours Observations visuelles des symptômes : racines, tiges et tubercules En absence de symptômes : détection des infections latentes mise en incubation en chambre humide : observation visuelle et loupe détection par PCRq

33 Observation visuelle Suivi épidémiologique de C. coccodes au champ Mise en incubation en chambre humide Observation à la loupe Lyophilisation, extraction d ADN, PCRq Prélèvement

34 Suivi épidémiologique de C. coccodes au champ Observation visuelle des symptômes Défanage Récolte S30 S36 S38 S32 S36 S26 S30

35 Suivi épidémiologique de C. coccodes au champ Détection des infections latentes : Incubation en chambre humide Détection par qpcr Semaines Tiges Tubercules Observation qpcr Observation qpcr % % 92 % 0 % 100 % % 100 % 0 % 100 % % 32 Symptômes visibles

36 Bilan Installation très rapide du pathogène sur la plante Tous les organes sont sensibles PCR quantitative Outil rapide pour détecter les contaminations latentes de C. coccodes

37 Perspectives Étudier les caractéristiques biologiques/épidémiologiques de C. coccodes en tenant compte de la diversité génétique des isolats (VCG): type et quantité de symptômes vitesse de colonisation des organes optima thermiques comportement de certaines variétés Utiliser l outil qpcr pour suivre l installation de la maladie au cours d une culture

38 Remerciements Aux partenaires qui ont envoyé les échantillons Au personnel de l INRA Le Rheu

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