Institut National de la Recherche Agronomique Centre de Toulouse CASTANET TOLOSAN CAHIER DES CLAUSES TECHNIQUES PARTICULIERES (C.C.T.P.

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1 Institut National de la Recherche Agronomique Centre de Toulouse CASTANET TOLOSAN CAHIER DES CLAUSES TECHNIQUES PARTICULIERES (C.C.T.P.) Personne publique contractante : INRA, Centre de Toulouse OBJET : Acquisition d un appareil d électrophorèse capillaire pour le contrôle qualité des échantillons et des librairies NGS

2 SOMMAIRE SOMMAIRE... 2 ARTICLE 1 CONTEXTE GENERAL Présentation de l INRA Présentation de GeT-PlaGe 3 ARTICLE 2 INTERET SCIENTIFIQUE ET DEFINITION DES BESOINS... 3 ARTICLE 3 CAHIER DES CHARGES Objet du marché Forme de la réponse Caractéristiques techniques Livraison sur site... 5 ARTICLE 4 CONTACTS

3 ARTICLE 1 CONTEXTE GENERAL 1.1 Présentation de l INRA L Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) est un organisme de recherche scientifique publique finalisée, placé sous la double tutelle du ministère de l Enseignement supérieur et de la Recherche et du ministère de l Alimentation, de l Agriculture, et de la Pêche. Ses recherches concernent les questions liées { l agriculture, { l alimentation et { la sécurité des aliments, { l environnement et { la gestion des territoires, avec un accent tout particulier en faveur du développement durable. Ses missions générales sont : de produire et de diffuser des connaissances scientifiques ; de concevoir des innovations et des savoir-faire pour la société ; d éclairer, par son expertise, les décisions des acteurs publics et privés ; de développer la culture scientifique et technique et participer au débat science/société ; de former à la recherche et par la recherche. 1.2 Présentation de GeT-PlaGe Le GeT est le regroupement des plateformes de Génomique et de Transcriptomique toulousaines. L évolution de la technologie rapproche de plus en plus génomique et transcriptomique. Les plateformes et plateaux toulousains se regroupent pour gagner en lisibilité et apporter de façon coordonnée l une des offres les plus complètes de France dans le domaine de la génomique et de la transcriptomique : différentes technologies de puces à ADN, PCR quantitative haut débit en microfluidique, technologie de génotypage adaptées à différents débits, séquenceurs classiques et nouvelles générations. Ce regroupement donne naissance à la plateforme Génome et Transcriptome de GenoToul, dont l acronyme est GeT. GeT-PlaGe (INRA) et GeT-Biopuces (INSA), les deux plateformes IBiSA certifiées ISO9001, sont ainsi rejointes par GeT-Purpan et GeT-TQ, plateaux situés sur les campus des CHU de Purpan et Rangueil, ainsi que par GeT-TriX, plateau transcriptome du pôle INRA Toxalim de Saint Martin du Touch. La plateforme GeT-PlaGe travaille sur le Génotypage de marqueurs génétiques, le séquençage sanger et nouvelle génération, l analyse de l'expression des gènes en temps réel, l extraction automatique d ADN génomique, la mise { disposition de robots de pointe, le conseil et l expertise dans le domaine de la génomique. La montée en puissance du séquençage nouvelle génération pour le reséquençage de génome et la caractérisation de la variabilité génétique, l'étude du transcriptome, de la méthylation de l'adn, des interactions protéines-adn (chipseq), des études de métagénomique vont amener la plateforme à acquérir de nouvelles technologies dans le domaine du séquençage très haut débit et séquençage de 3ème génération. ARTICLE 2 INTERET SCIENTIFIQUE ET DEFINITION DES BESOINS 3

4 Le séquençage d Acides nucléiques (ADN, ARN) par des machines de nouvelle-génération repose sur la préparation de librairies de qualités et quantités connues. La qualité des données produites dépend de la qualité des échantillons en amont. De plus, avec l achat par la plateforme d un robot pipeteur en post-pcr, la chaine de production de librairies est maintenant entièrement automatisée et haut-débit, sauf au niveau de l analyse qualité et quantitative des échantillons en début de chaine et des librairies en fin de processus. Nous avons donc besoin d un système d analyse quantitative et qualitative haut-débit. ARTICLE 3 CAHIER DES CHARGES 3.1 Objet du marché Le présent marché a pour objet l achat et la livraison d un appareil d analyse quantitative et qualitative à grande échelle et en parallèle pour : - Dosage d'échantillons d'adn génomique et ARN, - Evaluation de la taille des fragments d'adn, ADN génomiques et ARN, - Evaluation qualitative d'échantillons d'adn et ARN - Dosage, détermination de la taille et analyse qualitative de librairies NGS en vue d un séquençage sur plateformes Illumina (Hiseq2000/2500 et MiSeq). 3.2 Forme de la réponse Le candidat au présent marché fournira les éléments suivants : Les caractéristiques techniques et le prix de l équipement proposé, périphériques inclus Les conditions de fonctionnement (température, hygrométrie, atmosphère ambiante ) Les périphériques essentiels au bon fonctionnement ou à la préparation des échantillons Les protocoles validés sur l instrument : programmation détaillée et solutions utilisées Un schéma du matériel ainsi que les caractéristiques d'encombrement de celui-ci Les conditions de raccordement électrique des éléments fournis Les informations stockées, leur format ainsi que la documentation de la programmation des protocoles La configuration, les conditions de stockage et d'analyse des données Informations et types de format des fichiers logs La liste des logiciels, leurs caractéristiques et la documentation rattachée Les modalités d'information concernant les mises à jour des logiciels Les modalités de maintenances Une offre de prix du consommable spécifique de l automate Une évaluation des consommables plastiques et réactifs nécessaire à la réalisation des manipulations Délais de livraison, 4

5 Tout document que le candidat jugera utile pour la compréhension de son offre 3.3 Caractéristiques techniques L automate devra permettre : - La détermination de la taille et l analyse quantitative de fragments d ADN et ADNg - L analyse quantitative et qualitative d ARN - La quantification et la détermination de la taille d ADN fragmenté utilisé pour le séquençage nouvelle génération, - L analyse d échantillons concentrés en sels et divers contaminants (chimiques ou nucléiques), - La détection d échantillons très faiblement concentrés (5pg/µl pour l ADN génomique et les fragments d ADN, et 5 ng/μl pour l ARN) - L analyse des échantillons en «plaque 96 puits» qui pourront être préparées sur un robot pipeteur, - L analyse d un seul échantillon au minimum, jusqu a plusieurs multiples de 96, - La migration de 12 points doit se faire en moins d une heure quelle que soit l application en cours, - L utilisation de volumes d échantillons inférieurs ou égaux à 2µl - La possibilité d analyser un grand nombre d échantillons (supérieur à 100) sans intervention humaine - Disponibilité de kits pour la visualisation des ADN génomique ou de grande taille, des ADN issus de restriction enzymatique, des librairies NGS, des ARN de différentes tailles - L analyse de l intégrité d ARNs procaryotes et eucaryotes, - La possibilité de lancer plusieurs applications différentes (ADN ou ARN) séquentielles sans intervention humaine. - Les logiciels fournis avec la machine doivent être capables de donner les résultats sous formes écrite, graphique, et sous la forme d image «simulée» de migration sur gel. - Possibilité de comparer un ou plusieurs runs indépendants Contraintes qualité (cf 3.1.2) Reproductibilité Intra run : un échantillon passé plusieurs fois sur un même run a un profil de migration, une taille et une concentration identique Reproductibilité Inter run : un échantillon passé sur plusieurs runs différents a un profil de migration, une taille et une concentration identique Accessibilité aux données brutes quelques soient les applications 3. 4 Livraison sur site Le matériel sera acheminé et livré { l adresse suivante : 5

6 GeT-PlaGe (Plateforme Génomique) Campus INRA La livraison de la machine s effectuera 10 à 15 jours à compter de la date de réception du bon de commande. La mis en service interviendra dans la semaine suivant la livraison. 3.5 Formation du personnel de la plateforme Une proposition de formation du personnel à l'utilisation du matériel sera proposée et chiffrée. Celle-ci interviendra après la mise en service. Cette formation s effectuera sur site et formera le personnel { l utilisation des instruments et du logiciel d acquisition et de pilotage (une intervention pour 8 personnes). Cette formation aura pour objet de permettre au personnel concerné d assurer : La mise en fonctionnement de l ensemble du système : appareil, ordinateur et logiciel de pilotage; La conduite des appareils et du logiciel d acquisition ; L entretien régulier du matériel ; Le traitement des résultats. La formation fera l objet d un PV intégré dans le PV d admission. 3.6 Garantie et maintenance Offre de base : Pour cet équipement, la garantie contractuelle comprend pièces, main d'œuvre et déplacements sur une période d un an. Option 1 : Le fournisseur devra proposer une extension de garantie pièces, déplacement et main d œuvre d une année supplémentaire. Option 2 : Le fournisseur devra fournir un devis ou une proposition commerciale indiquant les tarifs appliqués, au jour de la proposition, pour une année de maintenance avec des visites préventive et corrective sur le site au-delà de la période des deux ans. 3.7 Admission du matériel L admission de la solution se fera dans un délai maximum de 10 jours. L'admission fera l objet d une décision établie par l Inra. La procédure validera le bon fonctionnement du matériel. 6

7 La validation de l admission se fera { l aide de profils préalablement obtenus sur BioAnalyzer de chez Agilent (Système d electrophorèse sur puce), en comparant les profils de migration obtenus sur l appareil (Un même échantillon devra avoir le même profil de migration sur puce Bioanalyzer et sur l appareil). De plus les estimations de concentration données par l appareil seront comparées avec notre Nanodrop et avec un dosage avec intercalant (pour l ADN double brin). ARTICLE 4 CONTACTS Informations techniques : GeT-PlaGe (Plateforme Génomique) Campus INRA Johanna Barbieri Mail : johanna.barbieri@toulouse.inra.fr Tel : Informations administratives : GeT-PlaGe (Plateforme Génomique) Campus INRA Anne FLEURBE Mail : anne.fleurbe@toulouse.inra.fr Tel :