Pertinence de la prescription et de l interprétation des prélèvements biologiques

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1 Pertinence de la prescription et de l interprétation des prélèvements biologiques Albert Sotto Smit -CHU Nîmes Inserm U1047 UFR de Médecine Montpellier Nîmes Agde le 5 novembre Absence de conflits d intérêt

2 Les difficultés Le diagnostic clinique d une infection / colonisation Le diagnostic para-clinique d une infection / colonisation Les prélèvements biologiques se font sur prescription médicale Le prescripteur se doit de «récupérer» le résultat L interprétation devrait prendre en compte Les modalités de prélèvement La clinique Revenons sur quelques notions Colonisation / infection Colonisation critique?

3 Infection ou colonisation bactérienne? Hypothèse de travail Colonisation Infection Phénomène «normal» Peu virulent Flore bactérienne résidente (Flore commensale) Flore bactérienne transitoire Modification de flore Microorganismes virulents Retard cicatrisation Extension Et d abord quelques notions Colonisation / infection Colonisation critique?

4 Colonisation critique : l exemple des plaies Identification d un seuil de charge bactérienne frontière (> 10 5 UFC/g de tissus) Seuil entre colonisation et infection Prédiction de l évolution vers l infection et antibio-prévention?? Mais Cutting K, Nurs Times 1994; Kingsley A, Ostom Wound Manag 2003; Edwards R & Harding KG, Curr Opin Infect Dis 2004 La colonisation critique Concept quantitatif et non pas qualitatif

5 Gènes de virulence Sotto et al, Diabetes Care, 2007; Grade 1 Grade 2 Grade 3 Grade 4 luks lukf luks-pv/lukf-pv sea seb sec seq sek eta etb tsst Aucun Bactérie infectante/bactérie colonisante : modèle du S. aureus Les souches isolées des plaies chroniques infectées sont significativement plus virulentes que les souches isolées des plaies colonisées Bactérie infectante Bactérie colonisante Marqueurs génétiques cap8 : bactéries colonisantes sea, sei, lukde, hlgv : bactéries infectantes Sotto et al, Diabetes Care, 2007; Sotto et al, Diabetes Care, 2008; Sotto et al, Diabetes Care 2012; Richard et al, Diabetes Metab, 2008

6 Il existe des recommandations de bonnes pratiques des prélèvements Pour les plaies Pour les urines Pour les sécrétions trachéo-bronchiques Comment obtenir des données microbiologiques fiables? Quelles sont les méthodes d isolement microbiologique? Des protocoles conçus conjointement par les cliniciens et les microbiologistes sont indispensables Définir les objectifs de l analyse, la manière de prélever selon les différentes présentations cliniques, le matériel de prélèvement à utiliser, les conditions de transport, les techniques analytiques l interprétation des résultats de la culture Il n existe pas de consensus quant à la meilleure technique à appliquer

7 Comment obtenir des données microbiologiques fiables? Quelles sont les méthodes d isolement microbiologique? Avant tout prélèvement, il faut PREPARER LA PLAIE - débridement mécanique au moyen d une curette ou d un scalpel stériles - un nettoyage doit être réalisé avec une gaze imbibée de sérum physiologique stérile - utilisation d antiseptiques possible, mais à éliminer par du sérum physiologique stérile avant de réaliser le prélèvement Différents types de prélèvements Écouvillonnage superficiel Curetage-écouvillonnage Aspiration à l aiguille fine Biopsie tissulaire Fonction du type de plaie Préférer les prélèvements profonds

8 Evolution of the different microbiological parameters measured between 2003 and 2007 on diabetic foot infections Sotto A et al, Diabetologia 2010 Characteristics Number of patients 2003 n= n= n= n= n=77 Total n=405 p 2003 vs 2007 Total number of samples Number of samples per patient Total number of bacteria Number of bacteria per sample < < < <0.001 Prevalence of MDRO a <0.001 Prevalence of MRSA among S. aureus Number of commensal bacteria Prevalence of commensal bacteria Number of low-virulence bacteria Prevalence of low-virulence bacteria among all bacteria < < < < <0.001 Interprétation Pas de Signes cliniques Pas de traitement (mais pas de prélèvement) Signes cliniques + bactérie(s) pathogène(s) Traitement antibiotique Signes cliniques + bactérie(s) pathogène(s) + bactérie(s) commensale(s) Traitement bactérie(s) pathogène(s) Signes cliniques + bactérie(s) commensale(s) ou peu virulente(s)? Prendre en compte si: Prélèvements fiables, Isolements répétés

9 Il existe des recommandations de bonnes pratiques des prélèvements Pour les plaies Pour les urines Pour les sécrétions trachéo-bronchiques Le Prélèvement = ECBU 1Prendre en compte la situation : 1Patient continent 1Patient incontinent 1Patient sondé 1Patient dément 1Enfant 2Respect des conditions de prélèvement 2Hygiène des mains du préleveur 2Toilette périnéale 2Élimination du 1 er jet 2 Donner les informations au laboratoire Avant tout traitement antibiotique Acheminement rapide au laboratoire ( 2h à T re amb. et 12-24h à 4 C) Stabilisateurs

10 Prélèvement Examen Cytologique Examen Bactériologique J 0 Quantitatif Qualitatif L U 10 4 /ml Gram Ensemencement J 1-2 Bu + Dénombrement J 2-4 Identification Antibiogramme Conf Consensus nov 2002 IUAS «La limite de quantification des bactéries par la méthode usuelle est égale à 10 3 UFC/ml. En conséquence, une bactériurie est à prendre en considération si elle est supérieure ou égale à 10 3 UFC/ml sous respect strict des conditions de prélèvement, de transport et d analyse des urines.» Classement en 4 catégories de micro-organismes isolés: -G1: E. coli et S. saprophyticus -G2: P. mirabilis, Klebsiella spp., Enterobacter spp., P. vulgaris, M. morganii, Serratia spp., Citrobacter spp., P. stuartii, P. aeruginosa, Enterococcus spp., S. aureus -G3: S. agalactiae, Staphylocoques coagulase négative, Acinetobacter spp., S. maltophilia, Candida spp. -G4: Lactobacilles, streptocoques alpha-hémolytiques, Gardnerella vaginalis, Bifidobacterium spp., bacilles diphtériformes G1: 10 3 /ml G2: 10 3 /ml (dans le cadre d infections urinaires nosocomiales avec facteurs anatomiques ou iatrogènes) G3: 10 5 /ml G4: Contaminants (sf si isolées de ponction sus pubienne)

11 Suspicion Inf Urinaire BU - + ECBU L U 10 4 /ml L U 10 4 /ml L U 10 4 /ml L U 10 4 /ml Bu + Bu - Bu + Bu - Inf Urinaire Lu aseptique Pas Inf Urinaire ATB Inf Urin Traitée Etio. Infectieuses Etio. Non Infectieuses Médicaments Causes Urologiques Causes Néphrologiques Contamination Inf U débutante ImmunoDépression Infection Chronique

12 Il existe des recommandations de bonnes pratiques des prélèvements Pour les plaies Pour les urines Pour les sécrétions trachéo-bronchiques Les différents types de prélèvements Expectoration ou crachat (ECBC) : non conseillé, risque de contamination par la salive Aspiration endotrachéale (ou bronchique) : risque de contamination par flore salivaire Prélèvement distal protégé («brosse») au cours d une fibroscopie Liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA) au cours d une fibroscopie Le mieux : prélèvements distaux protégés Non réalisables en ambulatoire Discutables dans certaines situations / AB probabiliste Non discutables chez l ID ; dans des situations de réanimation

13 Quelques règles Préparation du matériel Protection du soignant Donner les informations au laboratoire ECBC après rinçage bucco-dentaire à l eau au cours d un effort de toux aidé si besoin d une kinésithérapie Acheminement le plus rapidement possible au laboratoire afin d éviter la prolifération des bactéries commensales aux dépens des bactéries pathogènes fragiles Culture / Seuils de pathogénicité Expectoration : 10 7 UFC /ml PNN > 25 / champ Cellules épithéliales < 10 / champ Aspiration trachéale : 10 5 UFC /ml Lavage bronchoalvéolaire : 10 4 UFC /ml Br bronchique - Prvt distal protégé : 10 3 UFC /ml Ces seuils peuvent être abaissés en fonction du contexte clinique (antibiothérapie préalable, immunodépression )

14 ECBC? Pas d indications en ambulatoire et en routine Dans les pneumonies (PAC, ) Dans les EABPCO : «dans certaines situations d échec et pour certains patients bénéficiant d antibiothérapies fréquentes ou ayant un stade de BPCO sévère à la recherche notamment d une bactérie multirésistante ou de Pseudomonas aeruginosa» (recommandations Afssaps octobre 2005) Discuter sa valeur : difficultés de compréhension, absence d expectoration, gériatrie, patient confus, Il existe des définitions cliniques Pour les infections de plaies Pour les urines Pour les sécrétions trachéo-bronchiques

15 Classification du Consensus International du Pied Diabétique: Classification de l infection des plaies Grade 1 Pas de symptôme, ni de signe d infection Grade 2 Atteinte cutanée uniquement (sans atteinte des tissus sous-cutanés, ni systémique) avec au moins deux des signes suivants : - chaleur locale - érythème > 0,5-2 cm autour de l ulcère - sensibilité locale ou douleur - tuméfaction locale ou induration - décharge purulente (sécrétion épaisse, opaque à blanchâtre ou sanguinolente) Les autres causes de réaction inflammatoire de la peau doivent être éliminées (par exemple : traumatisme, goutte, pied de Charcot aigu, fracture, thrombose, stase veineuse) Grade 3 Érythème > 2 cm et une des constatations décrites ci-dessus ou Infection atteignant les structures au-delà de la peau et du tissu sous-cutané, comme un abcès profond, une lymphangite, une ostéite, une arthrite septique ou une fasciite Il ne doit pas y avoir de réponse inflammatoire systémique (Cf. grade 4) Grade 4 Quelle que soit l infection locale, si présence de signes systémiques manifestées par au moins deux des caractéristiques suivantes : - température > 39 C ou < 36 C - fréquence cardiaque > 90 battements/min - fréquence respiratoire > 20 cycles/min - PaCO 2 < 32 mmhg - leucocytes > ou < /mm 3-10 % de formes leucocytaires immatures

16 Il existe des définitions cliniques Pour les plaies Pour les infections urinaires Pour les sécrétions trachéo-bronchiques Spécificités médullo-lésés Spécificités cérébro-lésés? CTINILS 2007

17 Il existe des définitions cliniques Pour les plaies Pour les urines Pour les infections broncho-pulmonaires

18 Il existe des exceptions Recherche d une colonisation pré-opératoire ECBU / chirurgie urologique Prélèvement nasal / Dépistage Recommandations EPC Situations épidémiques mais cela est une autre histoire