VI. Domaines protéiques

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Dimension: px
Commencer à balayer dès la page:

Download "VI. Domaines protéiques"

Transcription

1 Chapitre 1 Structure des protéines I. Rappels Définitions II. La Protein Data Bank (PDB) III. Angles dièdres et diagramme de ramachandran IV. Structures secondaires V. Structures supersecondaires VI. Domaines protéiques

2 Protéines > 150 résidus => une ou plusieurs unités structurales => domaines protéiques

3 Domaines protéiques = structures compactes indépendantes ou = unités de repliement autonome ou = régions structurellement conservées entre différentes protéines dans tous les cas = structure tertiaire (repliement d'une seule chaîne) Grosses protéines => plusieurs domaines => souvent une fonction précise / domaine Zones de jonction => structures moins compactes => pas de structure ordonnée => potentiellement cible de protéases Duplication et fusion de gènes => répétitions de domaines similaires ou plusieurs domaines à fonction très différentes

4 Exemple de domaines protéiques à fonctions différentes 2 domaines Glyceraldehyde 3 phosphate deshydrogenase

5 Exemple de protéines multi-domaines

6 Niveaux de structuration des domaines

7 Niveaux de structuration des domaines

8 Niveaux de structuration des domaines

9 Niveaux de structuration des domaines

10 4 classes de protéines Tout α Tout β α+β α/β

11 Chapitre 1 Structure des protéines I. Rappels Définitions II. La Protein Data Bank (PDB) III. Angles dièdres et diagramme de ramachandran IV. Structures secondaires V. Structures supersecondaires VI. Domaines protéiques VII. Structures quaternaires

12 Structures quaternaires = arrangement spatial de plusieurs sous-unités Hémoglobine : homotétramère

13

14

15

16 Chapitre 1 Structure des protéines I. Rappels Définitions II. La Protein Data Bank (PDB) III. Angles dièdres et diagramme de ramachandran IV. Structures secondaires V. Structures supersecondaires VI. Domaines protéiques VII. Structures quaternaires VIII. Classification hiérarchique des structures de protéines

17 => Classification hiérarchique des domaines structuraux: Les structures sont découpées en domaines puis regroupées 1. selon leur similarité de séquence 2. selon leur similarité de structure 3. selon leur similarité en composition et organisation des structures secondaires A partir de l'analyse de la PDB => 2 bases de données SCOP et CATH : SCOP : Structural Classification of Proteins CATH : Class Architecture Topology Homology

18 SCOP : Classification manuelle (par inspection visuelle) => informations structurales + informations fonctionnelles Quatre niveaux de classification : 1. Class : composition en structures secondaires similaire 4 classes principales : tout α, tout β, α+β, α/β + 3 classes mineures : protéines multi-domaines protéines membranaires petites protéines + 4 classes ~ artéfactuelles : protéines ayant une faible résolution protéines artificielles Fold : composition en structures supersecondaires similaires 3. Superfamily : l identité de séquence peut être faible mais les structures et les fonctions suggèrent une origine évolutive commune 4. Family : les structures protéiques ont au moins 30% d identité de séquence, ou bien possèdent des fonctions et des structures très similaires.

19 SCOP : Structural Classification of proteins

20 SCOP : Structural Classification of proteins

21 SCOP : Structural Classification of proteins

22 SCOP : Structural Classification of proteins

23 SCOP : Structural Classification of proteins

24 SCOP : Structural Classification of proteins

25 SCOP : Structural Classification of proteins

26 SCOP : Structural Classification of proteins

27

28 CATH : Classification automatique + manuelle (par inspection visuelle) => 3 algorithmes indépendants pour découper les structures en domaines Si les trois méthodes s accordent => découpage automatique Sinon => découpage manuel (47% des cas) Assignation automatique à une classe : Détermination des éléments de structure secondaire => algorithme qui calcule la distance et les angles entre atomes Détermination des distances internes entre deux structures secondaires => structures secondaires représentées par des vecteurs Détermination du nombre de structures secondaires et des contacts entre structures => classification dans l une des quatre classes de CATH (automatique dans 90 % des cas)

29 Niveaux de classification : 1. Class : composition et contacts entre structures secondaires similaires 4 classes principales : tout α, tout β, α&β (= α+β et α/β), few secondary structures 2. Architecture : organisation générale des structures secondaires similaire Cette classification est faite manuellement. 3. Topology : composition en structures supersecondaires similaires Classification automatique par comparaison de structures 4. Homology (homologous superfamily): structures et fonctions très similaires, suggérant un ancêtre commun Classification automatique par comparaison de structures 5. Niveaux supplémentaires S, O, L, I, D : Regroupent les domaines ayant une identité de séquence > 35% (Séquence Family S) > 60% (Niveau O) > 95% (Non identiques L) = 100% (Identiques I) D (Domaines individuels) => algorithme d alignement des séquences

30 CATH : Protein Structure Classification Classe (4) Protéines peu structurées

31 CATH : Protein Structure Classification Classes Architectures

32 CATH : Protein Structure Classification Classes Architectures Topologies

33 CATH : Protein Structure Classification C Classes A Architectures T Topologies H Homologies

34 CATH : Protein Structure Classification C Classes A Architectures T Topologies H Homologies

35 CATH : Protein Structure Classification

36 Comparaison SCOP / CATH Classes principales : SCOP CATH Class : Class (C) : 11 dont 4 majeures 4 dont 3 majeures α, β, α+β, α/β α, β, α&β Architecture (A) Organisation générale : Fold Topology (T) Composition en structures => même repliement global, ± même nb de SSE, supersecondaires : même topologie de connection Notion d'homologie : => ancètre commun Identités de séquence : Superfamily Homology (H) Family Sequence family (S) > 30% > 35%

37 Chapitre 1 Structure des protéines I. Rappels Définitions II. La Protein Data Bank (PDB) III. Angles dièdres et diagramme de ramachandran IV. Structures secondaires V. Structures supersecondaires VI. Domaines protéiques VII. Structures quaternaires VIII. Classification hiérarchique des structures de protéines Chapitre 2 Le repliement des protéines

38 Structure native? FONCTION Comment la séquence de la protéine détermine sa structure 3D? La dernière partie, non encore résolue, du code génétique...

39 Chapitre 1 Structure des protéines Chapitre 2 Le repliement des protéines I. Expérience d'anfinsen

40 Certaines petites protéines adoptent spontanément leur structure native en solution Toute l information nécessaire et suffisante pour leur repliement est contenue dans la séquence primaire de ces protéines La séquence de la protéine code à la fois pour sa structure finale et pour le chemin réactionnel de repliement

41 RiboNucléase (RNase) 124 acides aminés, 4 pont S-S

42 Contre exemples : Insuline in vitro : nécessite le peptide C de la preproprotéine Nécessité d enzymes catalysant la formation des ponts S-S Protéines chaperonnes in vivo

43 Chapitre 1 Structure des protéines Chapitre 2 Le repliement des protéines I. Expérience d'anfinsen II. Facteurs déterminant le repliement des protéines

Annotation de protéines

Annotation de protéines JS Varré Université Lille 1 jean-stephane.varre@lifl.fr http://www.lifl.fr/~varre jean-stephane.varre@lifl.fr 1 / Pourquoi faire de l annotation automatique de protéines? Il est difficile de trouver expérimentalement

Plus en détail

Chapitre 4 Les Protéines : définitions et Structures. Professeur Michel SEVE

Chapitre 4 Les Protéines : définitions et Structures. Professeur Michel SEVE UE1: Biomolécules (1) : Acides aminés et protéines Chapitre 4 Les Protéines : définitions et Structures Professeur Michel SEVE Année universitaire 2011/2012 Université Joseph Fourier de Grenoble - Tous

Plus en détail

Structure des protéines

Structure des protéines Structure des protéines Importance de la structure des protéines Structure primaire : la séquence d acides aminés Structure secondaire : structure tridimensionnelle locale Structure tertiaire : structure

Plus en détail

Molécules du Vivant 3- Protéines

Molécules du Vivant 3- Protéines Molécules du Vivant 3- Protéines Polymères d acides aminés 1 Rôles des protéines Catalyseur enzymatiques Transport et stockage o Hˇm oglobine transporte l'oxyg ne dans les ˇ rythrocytes o Myoglobine transporte

Plus en détail

Partie 2, Chapitre 1, TD1 : PROPRIETE DES PROTEINES A PARTIR D UN EXEMPLE : L HEMOGLOBINE

Partie 2, Chapitre 1, TD1 : PROPRIETE DES PROTEINES A PARTIR D UN EXEMPLE : L HEMOGLOBINE Partie 2, Chapitre 1, TD1 : PROPRIETE DES PROTEINES A PARTIR D UN EXEMPLE : L HEMOGLOBINE L analyse chimique d une cellule montre qu elle est constituée de 70% d eau et de 30% de molécules organiques (dont

Plus en détail

Cours 4 : Python, listes et boucles

Cours 4 : Python, listes et boucles Cours 4 : Python, listes et boucles Listes Les listes contiennent un tableau de données : patients = ["Jean Dupont", "Paul Dubois", "Marianne Y"] Il est possible de mélanger des types différents : chromosomes_recombines

Plus en détail

IMMUNOLOGIE. La spécificité des immunoglobulines et des récepteurs T. Informations scientifiques

IMMUNOLOGIE. La spécificité des immunoglobulines et des récepteurs T. Informations scientifiques IMMUNOLOGIE La spécificité des immunoglobulines et des récepteurs T Informations scientifiques L infection par le VIH entraîne des réactions immunitaires de l organisme qui se traduisent par la production

Plus en détail

TD5 : Prédiction de la structure tridimensionnelle d une protéine Modélisation moléculaire

TD5 : Prédiction de la structure tridimensionnelle d une protéine Modélisation moléculaire TD5 : Prédiction de la structure tridimensionnelle d une protéine Modélisation moléculaire Avant de commencer le TD, installer (ou vérifier qu ils le sont) sur la partition K: du poste de travail, les

Plus en détail

Généralités sur les structures de protéines

Généralités sur les structures de protéines Généralités sur les structures de protéines Le Paradoxe de Levinthal: En 1969 Cyrus Levinthal a noté qu'à cause du grand nombre de degrés de liberté dans un polypeptide déplié, une protéine a un nombre

Plus en détail

Modélisation de la structure 3D des protéines

Modélisation de la structure 3D des protéines Modélisation de la structure 3D des protéines We are drowning in data and starving for knowledge -R.D. Roger Unité Mathématique Informatique et Génome Séminaire AGENAE, Seignosse-le-Pénon, 20-21 mai 2003

Plus en détail

Prédiction de la Structure des Protéines. touzet@lifl.fr

Prédiction de la Structure des Protéines. touzet@lifl.fr Prédiction de la Structure des Protéines Hélène TOUZET touzet@lifl.fr Structure Structure Structure Structure primaire secondaire tertiaire quaternaire Exemple : la structure secondaire de la transthyretine

Plus en détail

Ce sont les macromolécules les plus abondantes dans les cellules vivantes.

Ce sont les macromolécules les plus abondantes dans les cellules vivantes. Les protéines Ce sont les macromolécules les plus abondantes dans les cellules vivantes. Au cours du temps l idée de la fonction biologique des protéines a évolué au fur et à mesure que leurs structure

Plus en détail

Structure et fonction des protéines

Structure et fonction des protéines Structure et fonction des protéines 2012-2013 Partie 1 : Repliement et structure tertiaire marie-line.garron@afmb.univ-mrs.fr L2 Structures des polypeptides Structure Primaire: séquence linéaire des acides

Plus en détail

Identification de nouveaux membres dans des familles d'interleukines

Identification de nouveaux membres dans des familles d'interleukines Identification de nouveaux membres dans des familles d'interleukines Nicolas Beaume Jérôme Mickolajczak Gérard Ramstein Yannick Jacques 1ère partie : Définition de la problématique Les familles de gènes

Plus en détail

Les protéines et les enzymes. http://emonie.e.m.pic.centerblog.net/x9fx3yd1.jpg

Les protéines et les enzymes. http://emonie.e.m.pic.centerblog.net/x9fx3yd1.jpg Les protéines et les enzymes http://emonie.e.m.pic.centerblog.net/x9fx3yd1.jpg Les protéines Fonctions: - Soutien (ex: collagène dans les tissus conjonctifs) http://www.rimpelbehandelingen.be/userfiles/image/hylaform.jpg

Plus en détail

Recherche de parenté entre les vertébrés

Recherche de parenté entre les vertébrés 1 CHAPITRE A Recherche de parenté entre les vertébrés 2 Chapitre A : Recherche de parentés entre les êtres vivants Tous les êtres vivants présentent des structures cellulaires et un fonctionnement commun

Plus en détail

Il s'agit d'une proposition de plan, tout autre plan intégrant les idées maîtresses énoncées ci-dessous étant également valable.

Il s'agit d'une proposition de plan, tout autre plan intégrant les idées maîtresses énoncées ci-dessous étant également valable. Rapport concernant le sujet d'écrit de biologie Traiter un sujet de ce type nécessite à la fois : une construction de l'exposé dégageant les idées maîtresses, avec un plan structuré apparent et comportant

Plus en détail

Quelques termes-clef de biologie moléculaire et leur définition

Quelques termes-clef de biologie moléculaire et leur définition Acide aminé (AA) Quelques termes-clef de biologie moléculaire et leur définition Isabelle Quinkal INRIA Rhône-Alpes Septembre 2003 Petite molécule dont l enchaînement compose les protéines - on dit qu

Plus en détail

Macromolécules et la Cellule

Macromolécules et la Cellule Macromolécules et la Cellule Macromolécules Campbell chapitre 5 Macromolécules Définition: Molécule géante formée par l assemblage de plusieurs petites molécules organiques Macromolécules Définition:

Plus en détail

Chap.1 : Phénotypes en relation avec l activité de protéines spécifiques.

Chap.1 : Phénotypes en relation avec l activité de protéines spécifiques. Chap.1 : Phénotypes en relation avec l activité de protéines spécifiques. Le phénotype est l ensemble des caractères observables d une cellule, d un organisme. Le génotype est l ensemble des gènes d une

Plus en détail

Design patterns par la pratique

Design patterns par la pratique Alan SHALLOWAY James TROTT Design patterns par la pratique Groupe Eyrolles, 2002 ISBN : 2-212-11139 Table des matières Préface.................................................... XV SECTION I Introduction

Plus en détail

Algorithmes pour la comparaison de structures moléculaires tridimensionnelles

Algorithmes pour la comparaison de structures moléculaires tridimensionnelles U N I V E R S I T É P A R I S V I I THÈSE DE DOCTORAT Spécialité : Informatique présentée par VINCENT ESCALIER Pour l obtention du titre de Docteur d Université Algorithmes pour la comparaison de structures

Plus en détail

Les milieux biologiques tamponnés et leur intérêt

Les milieux biologiques tamponnés et leur intérêt Les milieux biologiques tamponnés et leur intérêt 1 Position de la séquence Thème n 1: les systèmes vivants présentent une organisation particulière de la matière. 1.5 Les molécules des organismes vivants

Plus en détail

Utilisation des diagrammes de Voronoï et des algorithmes génétiques pour l'étude des complexes protéine-protéine.

Utilisation des diagrammes de Voronoï et des algorithmes génétiques pour l'étude des complexes protéine-protéine. Utilisation des diagrammes de Voronoï et des algorithmes génétiques pour l'étude des complexes protéine-protéine. Anne Poupon Biologie et Bioinformatique des Systèmes de Signalisation INRA - Nouzilly France

Plus en détail

Structure et repliement des protéines

Structure et repliement des protéines 1 / 129 Structure et repliement des protéines Dirk Stratmann (dirk.stratmann@upmc.fr) http://www.impmc.upmc.fr/~stratmann/ IMPMC, Université Pierre et Marie Curie (Paris VI) septembre 2015 Dirk Stratmann

Plus en détail

Méthodes d apprentissage :

Méthodes d apprentissage : Méthodes d apprentissage : application au tri de complexes protéines-protéines Jérôme Azé Apprentissage: tâches Apprentissage non supervisé (Eisen, ) Apprentissage supervisé (arbres de décision, k-ppv,

Plus en détail

Simulation des mouvements de protéines membranaires Application aux Complexes II et III de la chaine respiratoire

Simulation des mouvements de protéines membranaires Application aux Complexes II et III de la chaine respiratoire Simulation des mouvements de protéines membranaires Application aux Complexes II et III de la chaine respiratoire M. Beurton-Aimar 1 N. Parisey 2 F. Vallée 1 1 UMR 5800 - LaBRI - Université de Bordeaux

Plus en détail

DEVOIR A LA MAISON. BMGG (temps recommandé : 2H00)

DEVOIR A LA MAISON. BMGG (temps recommandé : 2H00) Pour jeudi 12/02/2014 DEVOIR A LA MAISON BMGG (temps recommandé : 2H00) Calculatrice non autorisée Dictionnaire anglais/français autorisé. Clonage et PCR En 1983, Kary Mullis conçut l'idée de la réaction

Plus en détail

leur solubilité dans des solutions salines leur forme leur fonction biologique leur mobilité électrophorétique ou leur coefficient de sédimentation

leur solubilité dans des solutions salines leur forme leur fonction biologique leur mobilité électrophorétique ou leur coefficient de sédimentation Les protéines peuvent être classées sur la base de: leur solubilité dans des solutions salines leur forme leur fonction biologique leur mobilité électrophorétique ou leur coefficient de sédimentation leur

Plus en détail

Chapitre 4 Structures covalentes des protéines

Chapitre 4 Structures covalentes des protéines Chapitre 4 Structures covalentes des protéines 1.Détermination de la structure primaire des protéines A. Coupure des ponts disulfure et séquençage d'edman B. Réactions d'hydrolyse spécifiques de liaisons

Plus en détail

TD5 : Prédiction de la structure tridimensionnelle d une protéine Modélisation moléculaire

TD5 : Prédiction de la structure tridimensionnelle d une protéine Modélisation moléculaire TD5 : Prédiction de la structure tridimensionnelle d une protéine Modélisation moléculaire Vous aurez besoin des programmes suivant : d un éditeur de séquence d un visualiseur de structure 3D (PyMOL) Avant-propos

Plus en détail

III-Les Protéines. III-Les Protéines

III-Les Protéines. III-Les Protéines Les protéines sont des peptides de plus de 50 aa Rôles des protéines TOUTES les activités cellulaires Rôle physiologique Rôle pathogène 1 1 2 3 4 2 Dr. Jérôme AUSSEIL 1 1) Les liaisons intervenant dans

Plus en détail

Fiche technique : utilisation d Anagène (logiciel d étude des données moléculaires).

Fiche technique : utilisation d Anagène (logiciel d étude des données moléculaires). Fiche technique : utilisation d Anagène (logiciel d étude des données moléculaires). Objectifs de la fiche : 1. Ouvrir des séquences (ADN ou protéine). 2. Changer de règle de numérotation & faire apparaître

Plus en détail

IFT2255 : Génie logiciel

IFT2255 : Génie logiciel IFT2255 : Génie logiciel Chapitre 6 - Analyse orientée objets Section 1. Introduction à UML Julie Vachon et Houari Sahraoui 6.1. Introduction à UML 1. Vers une approche orientée objet 2. Introduction ti

Plus en détail

Le peptide signal est éliminé de la plupart des protéines solubles après la translocation

Le peptide signal est éliminé de la plupart des protéines solubles après la translocation Le peptide signal est éliminé de la plupart des protéines solubles après la translocation Quand l extrémité Ct de la protéine a traversé la membrane, le peptide signal est éliminé par coupure par une signal

Plus en détail

La structure des protéines

La structure des protéines La structure des protéines Hervé Darbon herve.darbon@afmb.univ-mrs.fr http://www.afmb.univ-mrs.fr/ Supports de cours: http://master.afmb.univ-mrs.fr/ f/ Rubrique: «supports de cours/bio71 La liaison peptidique

Plus en détail

Eléments primordiaux de biologie moléculaire

Eléments primordiaux de biologie moléculaire Eléments primordiaux de biologie moléculaire Pourquoi s intéresser au matériel génétique? Base de l information génétique Tissu Cellule Noyau Organisme entier Lieu où est localisé l ADN Mol d ADN qui est

Plus en détail

L3 CBPS Biochimie Structurale. Partie «Protéines»

L3 CBPS Biochimie Structurale. Partie «Protéines» Partie Ce symbole signifie que la diapositive est disponible dans le fascicule de cours. LE PLAN A- RAPPELS DE L1 Introduction I- RAPPELS : STRUCTURES ET PRPRIÉTÉS DES ACIDES AMINES 1- Structures des acides

Plus en détail

Les protéines fibreuses:

Les protéines fibreuses: D- Hiérarchie dans la conformation des protéines Les protéines fibreuses: Le collagène: Le derme de la peau est formé d'un dense treillis de fibres de collagène La kératine : Les ongles, la couche cornée

Plus en détail

Etude du transcriptome et du protéome en Neurooncologie

Etude du transcriptome et du protéome en Neurooncologie Etude du transcriptome et du protéome en Neurooncologie Principes, aspects pratiques, applications cliniques François Ducray Neurologie Mazarin, Unité Inserm U711 Groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière Etude

Plus en détail

Chapitre III: Structure spatiale des protéines III.1. Conformation des protéines. La séquence des acides aminés est déterminée par les gènes.

Chapitre III: Structure spatiale des protéines III.1. Conformation des protéines. La séquence des acides aminés est déterminée par les gènes. III.1. Conformation des protéines La séquence des acides aminés est déterminée par les gènes. La séquence des acides aminés détermine la structure tridimensionnelle. Une séquence d acides aminés conduit

Plus en détail

Comparaison et alignement de séquences 2

Comparaison et alignement de séquences 2 Comparaison et alignement de séquences 2 LV348 -BI Sophie Pasek sophie.pasek@upmc.fr Comment comparer une séquence contre une banque? Comparaison séquence/banque Pourquoi? : Réunir un échantillon taxonomique

Plus en détail

Naviga&on)de)robots)mobiles)) par)vision)omnidirec&onnelle) )

Naviga&on)de)robots)mobiles)) par)vision)omnidirec&onnelle) ) Naviga&on)de)robots)mobiles)) par)vision)omnidirec&onnelle) ) El)Mustapha)Mouaddib)(mouaddib@u:picardie.fr)) O.)Labbani:Igbida,)P.)Merveilleux)et)R.)Marie) Contexte' Projet'ANR'R.Discover' Travaux'soutenus'par':'

Plus en détail

Expression des gènes Comparatif entre procaryotes et eucaryotes

Expression des gènes Comparatif entre procaryotes et eucaryotes Comparaison procaryotes/ 2TSbc Expression des gènes Comparatif entre procaryotes et eucaryotes La majeure partie des connaissances de biologie moléculaire a d'abord débuté par l'étude des phénomènes chez

Plus en détail

CHAPITRE 3 LA SYNTHESE DES PROTEINES

CHAPITRE 3 LA SYNTHESE DES PROTEINES CHAITRE 3 LA SYNTHESE DES ROTEINES On sait qu un gène détient dans sa séquence nucléotidique, l information permettant la synthèse d un polypeptide. Ce dernier caractérisé par sa séquence d acides aminés

Plus en détail

Soutenance de mi-stage

Soutenance de mi-stage Supervisée par : Mireille RÉGNIER & Yann PONTY 30 juin 2015 1/29 1 Structure 3D de l ARN et objectifs Notions sur la structure 3D de l ARN Intérêts de la comparaison de structures 3D Qu est ce que la comparaison

Plus en détail

Stage de Pré-Rentrée de Biochimie. Chapitre 1 : Structure et fonctions des protéines. Cours

Stage de Pré-Rentrée de Biochimie. Chapitre 1 : Structure et fonctions des protéines. Cours Stage de Pré-Rentrée de Biochimie Chapitre 1 : Structure et fonctions des protéines Cours 26 août 2013 1 Mais déjà, ça sert à quoi une protéine? Créer et maintenir une structure Transformer Reconnaître

Plus en détail

STRUCTURE DES PROTEINES

STRUCTURE DES PROTEINES STRUCTURE DES PRTEIES STRUCTURE DES PRTEIES!Les protéines sont formées à partir d un répertoire (alphabet) de 20 acides α-aminés naturels (configuration L) Chaine Latérale Amine primaire R 2 carbone α

Plus en détail

Propriétés et fonctions des molécules du vivant.

Propriétés et fonctions des molécules du vivant. Propriétés et fonctions des molécules du vivant. Comment la structure des protéines explique-t-elle leurs fonctions? I) DE L'ACIDE AMINE A LA PROTEINE 1) Structures et propriétés des acides aminés 2) La

Plus en détail

TD Bioinformatique : Sequence Alignment. Pourquoi faire une recherche par similarité?

TD Bioinformatique : Sequence Alignment. Pourquoi faire une recherche par similarité? TD Bioinformatique : Sequence lignment Pourquoi faire une recherche par similarité? - Savoir si ma séquence ressemble à d'autres déjà connues. - Trouver toutes les séquences d'une même famille. - Rechercher

Plus en détail

La forme 3D des protéines

La forme 3D des protéines TPE La forme 3D des protéines Lycée Charlie Chaplin Lucile 1ère S5 La structure tridimensionnelle des protéines Si l'adn (Acide Désoxyribo Nucléique) correspond à la recette, au mode d'emploi à partir

Plus en détail

Acides Nucléiques. ADN et ARN Unités de base : les nucléotides donc les nucléotides = monomères ADN et ARN = polynucléotides = polymères

Acides Nucléiques. ADN et ARN Unités de base : les nucléotides donc les nucléotides = monomères ADN et ARN = polynucléotides = polymères Acides Nucléiques ADN et ARN Unités de base : les nucléotides donc les nucléotides = monomères ADN et ARN = polynucléotides = polymères Structure d un nucléotide Tous composés d une base azotée, d un sucre

Plus en détail

FLHD301 - TP séance 8 : La Bio- informa:que

FLHD301 - TP séance 8 : La Bio- informa:que FLHD301 - TP séance 8 : La Bio- informa:que Objec:fs La bio-informatique est un champ de recherche multi-disciplinaire où travaillent de concert biologistes, médecins, informaticiens, mathématiciens et

Plus en détail

Prédiction de la structure d une

Prédiction de la structure d une Prédiction de la structure d une protéine Soluscience Guillaume Chakroun guillaume chakroun@hotmail.com Copyright c 2004 Guillaume Chakroun TABLE DES MATIÈRES Table des matières 1 Les structures protéiques

Plus en détail

Classification : a) Les acides aminés à chaîne aliphatique : Glycine Alanine Valine Leucine Isoleucine

Classification : a) Les acides aminés à chaîne aliphatique : Glycine Alanine Valine Leucine Isoleucine LES PROTEINES Objectifs : - Indiquer la structure des acides aminés et leurs propriétés. - Indiquer la structure de la liaison peptidique. - Différencier structure 1, 2, 3 et 4 des protéines. - Citer les

Plus en détail

Dr. Christophe Geourjon

Dr. Christophe Geourjon Prédiction de la structure 3D Dr. Christophe Geourjon Pôle de BioInformatique Lyonnais PBIL - Site de Lyon-Gerland IBCP - CNRS UMR 5086 Bioinformatique et RMN structurales 7, passage du Vercors 69367 Lyon

Plus en détail

I) CLASSIFICATION DES PROTIDES. 1) Constitution des protides. A partir du document 1, nommer l élément de base qui constitue les protéines.

I) CLASSIFICATION DES PROTIDES. 1) Constitution des protides. A partir du document 1, nommer l élément de base qui constitue les protéines. L E S P R O T I D E S Introduction : Aliments source de protides? Les protides sont trouvés principalement dans deux groupes d aliments : les viandes, poissons et œufs les légumes secs (lentilles, haricots

Plus en détail

Chapitre 7 Structures tridimensionnelles des protéines

Chapitre 7 Structures tridimensionnelles des protéines Chapitre 7 Structures tridimensionnelles des protéines Stabilité des protéines - Forces électrostatiques - Forces des liaisons hydrogène -Interactions hydrophobes - Ponts disulfure - Dénaturation des protéines

Plus en détail

Comparaison et alignement. de séquences 2 LV348 -BI. sophie.pasek@upmc.fr. Sophie Pasek

Comparaison et alignement. de séquences 2 LV348 -BI. sophie.pasek@upmc.fr. Sophie Pasek Comparaison et alignement de séquences 2 LV348 -BI Sophie Pasek sophie.pasek@upmc.fr Comment comparer une séquence contre une banque? Comparaison séquence/banque Pourquoi? : Réunir un échantillon taxonomique

Plus en détail

Les lipides, les protéines et les acides nucléiques

Les lipides, les protéines et les acides nucléiques Les lipides, les protéines et les acides nucléiques Les lipides Les lipides sont, dans le langage commun, des gras. Mais le monde de la graisse est beaucoup plus complexe qu on peut se l imaginer. Tout

Plus en détail

Université du Québec à Montréal

Université du Québec à Montréal RECUEIL D EXERCICES DE BICHIMIE 6. Les acides nucléiques 6.2. Réplication, transcription et traduction P P P CH 2 H N H N N NH NH 2 Université du Québec à Montréal 6.2. Réplication, transcription et traduction

Plus en détail

THEME 1 A EXPRESSION, STABILITE ET VARIATION DU PATRIMOINE GENETIQUE

THEME 1 A EXPRESSION, STABILITE ET VARIATION DU PATRIMOINE GENETIQUE THEME 1 A EXPRESSION, STABILITE ET VARIATION DU PATRIMOINE GENETIQUE CHAPITRE 3 L EXPRESSION DU PATRIMOINE GENETIQUE I. LA RELATION GENES-PROTEINES Les protéines interviennent dans le fonctionnement d

Plus en détail

THÈME 3 : DU GÉNOTYPE AU PHÉNOTYPE. CHAPITRE 1 : la relation entre ADN et protéines

THÈME 3 : DU GÉNOTYPE AU PHÉNOTYPE. CHAPITRE 1 : la relation entre ADN et protéines THÈME 3 : DU GÉNOTYPE AU PHÉNOTYPE CHAPITRE 1 : la relation entre ADN et protéines Les caractères d un individu dépendent de plusieurs facteurs : certains dépendent des caractères présents dans la famille

Plus en détail

Data Mining. Rapport de Projet

Data Mining. Rapport de Projet Université Bordeaux I 2011 Nicolas FONTAINE Florence MAURIER Jonathan MERCIER Data Mining Rapport de Projet M2 Bioinformatique Responsable : P. Desbarat Table des matières Introduction 1 1 Choix des données

Plus en détail

TD de Biochimie 4 : Coloration.

TD de Biochimie 4 : Coloration. TD de Biochimie 4 : Coloration. Synthèse de l expérience 2 Les questions posées durant l expérience 2 Exposé sur les méthodes de coloration des molécules : Générique Spécifique Autres Questions Pourquoi

Plus en détail

PACES - UE ED 3 Biochimie. Acides aminés et peptides

PACES - UE ED 3 Biochimie. Acides aminés et peptides PACES - UE1-2013-14 ED 3 Biochimie Acides aminés et peptides QCM 1 Soit l acide aminé le tryptophane A - C est un acide aminé basique B - C est un acide aminé aromatique C - Il présente un pic d absorption

Plus en détail

Chapitre 1 Acides aminés Protéines Méthodes d étude

Chapitre 1 Acides aminés Protéines Méthodes d étude Chapitre 1 Acides aminés Protéines Méthodes d étude Q1 - Parmi la liste des acides aminés cités ci-dessous, précisez ceux dont la chaîne latérale peut participer dans une structure peptidique, et à ph

Plus en détail

MABioVis. Bio-informatique et la

MABioVis. Bio-informatique et la MABioVis Modèles et Algorithmes pour la Bio-informatique et la Visualisation Visite ENS Cachan 5 janvier 2011 MABioVis G GUY MELANÇON (PR UFR Maths Info / EPI GRAVITE) (là, maintenant) - MABioVis DAVID

Plus en détail

Conception et réalisation d un tableau de bord sécurité

Conception et réalisation d un tableau de bord sécurité Conception et réalisation d un tableau de bord sécurité Une approche innovante www.conixsecurity.fr 1 Agenda Définir le «tableau de bord» : mission impossible? Le tableau de bord «sécurité» Notre démarche

Plus en détail

Bioinformatique fonctionnelle des protéines et analyse structurale de réseaux d'interactions

Bioinformatique fonctionnelle des protéines et analyse structurale de réseaux d'interactions Bioinformatique fonctionnelle des protéines et analyse structurale de réseaux d'interactions intégration Populations Organismes Tissus, organes Relations inter-espèces, Équilibres écologiques Développement,

Plus en détail

Prédiction de structures 2D

Prédiction de structures 2D Prédiction de structures 2D Prédiction de structures secondaires et tertiaires «All of the information necessary for folding the peptide chain into its "native" structure is contained in the amino acid

Plus en détail

- la transcription permet de copier l'adn en ARNm au niveau du noyau. Elle est réalisée grâce à l ARN polymérase.

- la transcription permet de copier l'adn en ARNm au niveau du noyau. Elle est réalisée grâce à l ARN polymérase. La synthèse des protéines comprend deux étapes: - la transcription permet de copier l'adn en ARNm au niveau du noyau. Elle est réalisée grâce à l ARN polymérase. -la traduction correspond au décodage de

Plus en détail

L analyse architecturale. Pr. S. Mazouz

L analyse architecturale. Pr. S. Mazouz L analyse architecturale Pr. S. Mazouz L analyse architecturale L analyse architecturale doit s appuyer sur les outils graphiques et sur les maquettes analytiques aux fins d interpréter des œuvres. Cette

Plus en détail

LA BIOLOGIE SYNTHETIQUE. Qu est-ce que c est?

LA BIOLOGIE SYNTHETIQUE. Qu est-ce que c est? LA BIOLOGIE SYNTHETIQUE Qu est-ce que c est? L ADN Qu est-ce: L ADN Molécule renfermant l'ensemble des informations nécessaires au développementet au fonctionnementd'un organisme. Support de l'hérédité:

Plus en détail

Topologie du web - Valentin Bourgoin - http://www.valentinbourgoin.net. Méthodes agiles & SCRUM

Topologie du web - Valentin Bourgoin - http://www.valentinbourgoin.net. Méthodes agiles & SCRUM Méthodes agiles & SCRUM 1/ Pourquoi les méthodes agiles? Définition d une méthode agile. Fondamentaux. Quand les utiliser? 2/ SCRUM En quoi est-ce une méthode agile? Sprints et releases. Le Product Owner.

Plus en détail

Plan. Comparaison de 2 séquences. Dotplot, alignement optimal Recherche de similarité. Alignement multiple. Phylogénie moléculaire

Plan. Comparaison de 2 séquences. Dotplot, alignement optimal Recherche de similarité. Alignement multiple. Phylogénie moléculaire Plan 1 Banques de données 2 Comparaison de 2 séquences Dotplot, alignement optimal Recherche de similarité 3 Alignement multiple l 4 Phylogénie moléculaire Recherche de similarité 1 séquence (Query) comparée

Plus en détail

5-1. Introduction 5-2. L appareil de traduction et son fonctionnement - Les ribosomes - Les ARNt - Les ARNt Synthétases

5-1. Introduction 5-2. L appareil de traduction et son fonctionnement - Les ribosomes - Les ARNt - Les ARNt Synthétases 5 - la traduction 5-1. Introduction 5-2. L appareil de traduction et son fonctionnement - Les ribosomes - Les ARNt - Les ARNt Synthétases 5-3. Les étapes de la synthèse protéiques -Initiation - Élongation

Plus en détail

FLUX D INFORMATION GÉNÉTIQUE

FLUX D INFORMATION GÉNÉTIQUE FLUX D INFORMATION GÉNÉTIQUE 3 TRADUCTION C est le mécanisme par lequel le flux d information va passer de la forme acide nucléique (alphabet à 4 lettres) à la forme protéine (alphabet à 20 lettres) selon

Plus en détail

Data Mining : la classification non supervisée

Data Mining : la classification non supervisée Data Mining : la classification non supervisée Clustering : une affaire de distance. Etude préliminaire. Valeurs discrètes. Soient les deux individus suivants correspondant à des séquences ADN : X = AGGGTGGC

Plus en détail

Stage de Pré-Rentrée de Biochimie. Chapitre 1 : Structure et fonctions des protéines. Correction des exercices

Stage de Pré-Rentrée de Biochimie. Chapitre 1 : Structure et fonctions des protéines. Correction des exercices Stage de Pré-Rentrée de Biochimie Chapitre 1 : Structure et fonctions des protéines Correction des exercices 28 août 2013 1 Question 1 A. Les acides aminés sont les acteurs principaux du monde du vivant.

Plus en détail

Cycle de Découverte n 1 VISUALISER Créer la prochaine application innovante

Cycle de Découverte n 1 VISUALISER Créer la prochaine application innovante Cycle de Découverte n 1 VISUALISER Créer la prochaine application innovante 1 Data Driven Summit 2014 Paris Mardi 18 novembre Visualisation efficace du Big Data Bonne pratique de l expérience utilisateur

Plus en détail

Activité physique et Santé : sur quelles bases physiologiques et biologiques?

Activité physique et Santé : sur quelles bases physiologiques et biologiques? Activité physique et Santé : sur quelles bases physiologiques et biologiques? AX Bigard Institut de Recherche Biomédicale des Armées 38702 La Tronche - 91220 Brétigny / Orge Activité physique et prévention

Plus en détail

Fiche technique : étudier les protéines avec UniProt

Fiche technique : étudier les protéines avec UniProt Fiche technique : étudier les protéines avec UniProt http://www.uniprot.org/ Objectifs : ce site en ligne «UniProt», pour Universal Protein Resource, permet d étudier les protéines dans un cadre évolutionniste.

Plus en détail

Conception assistée par ordinateur de molécules thérapeutiques

Conception assistée par ordinateur de molécules thérapeutiques Conception assistée par ordinateur de molécules thérapeutiques D. Gilis Bioinformatique génomique et structurale Faculté des sciences appliquées Université Libre de Bruxelles Objectif: illustrer en quoi

Plus en détail

COMMENT DÉFINIR L ORIENTÉ OBJET

COMMENT DÉFINIR L ORIENTÉ OBJET COMMENT DÉFINIR L ORIENTÉ OBJET De manière superficielle, le terme «orienté objet», signifie que l on organise le logiciel comme une collection d objets dissociés comprenant à la fois une structure de

Plus en détail

Analyse in silico de génomes, protéomes et transcriptomes. «Génomique comparative» V.2012.1. Protocole TD

Analyse in silico de génomes, protéomes et transcriptomes. «Génomique comparative» V.2012.1. Protocole TD Magistère Biotechnologies Analyse in silico de génomes, protéomes et transcriptomes «Génomique comparative» V.2012.1 Protocole TD Notes : Scripts et données sur : http://rna.igmors.u-psud.fr/gautheret/cours/analinsilico

Plus en détail

Cours en ligne. Paris 5. Pasteur. ABI Marseille. http://www.dsi.univ-paris5.fr/bio2/autof2/accueil2.htm

Cours en ligne. Paris 5. Pasteur. ABI Marseille. http://www.dsi.univ-paris5.fr/bio2/autof2/accueil2.htm Cours en ligne Paris 5 http://www.dsi.univ-paris5.fr/bio2/autof2/accueil2.htm Pasteur http://www.pasteur.fr/formation/infobio/infobio.html ABI Marseille http://www.up.univ-mrs.fr/wabim/biologie/tech.html

Plus en détail

Ecole Centrale Paris Année 2009-2010 1 ère année. Cours «Biologie». Vendredi 28 mai 2010

Ecole Centrale Paris Année 2009-2010 1 ère année. Cours «Biologie». Vendredi 28 mai 2010 Ecole Centrale Paris Année 2009-2010 1 ère année. Cours «Biologie». Vendredi 28 mai 2010 Contrôle des Connaissances. 2 ème session) (Durée : 1h30, tous documents autorisés, ordinateur interdit) Important

Plus en détail

Chapitre 14: La génétique

Chapitre 14: La génétique Chapitre 14: La génétique A) Les gènes et les protéines, ça te gêne? 1) a) Quel est l élément de base des vivants? Les cellules b) Qu a-t-elle en son centre? Un noyau c) Qu y retrouve-t-on sous forme de

Plus en détail

Génie de la biocatalyse et génie des procédés. «Production d enzymes industrielles»

Génie de la biocatalyse et génie des procédés. «Production d enzymes industrielles» Ministère de l Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique Université Virtuelle de Tunis Génie de la biocatalyse et génie des procédés «Production d enzymes industrielles» Concepteur du cours:

Plus en détail

Design Patterns. Pourquoi utiliser des patterns? Pourquoi utiliser des patterns? Les patterns vue de loin. D où viennent les design patterns?

Design Patterns. Pourquoi utiliser des patterns? Pourquoi utiliser des patterns? Les patterns vue de loin. D où viennent les design patterns? Noël NOVELLI ; Université de la Méditerranée ; LIF et Département d Informatique Case 901 ; 163 avenue de Luminy 13 288 MARSEILLE cedex 9 Design Patterns D où viennent les design patterns? D où viennent

Plus en détail

LES CONSTITUANTS MOLÉCULAIRES DU VIVANT

LES CONSTITUANTS MOLÉCULAIRES DU VIVANT Préparation à l Agrégation Interne Paris VI 2009-2010 Séances des 19 et 23 septembre LES CONSTITUANTS MOLÉCULAIRES DU VIVANT Les mots clés : Lipide, glucide, protide, acide nucléique, monomère, polymère,

Plus en détail

CHAPITRE 1: ROLE DES ENZYMES DANS L'APPORT DU GLUCOSE SANGUIN

CHAPITRE 1: ROLE DES ENZYMES DANS L'APPORT DU GLUCOSE SANGUIN CHAPITRE 1: ROLE DES ENZYMES DANS L'APPORT DU GLUCOSE SANGUIN Les enzymes sont une catégorie particulière de protéines qui interviennent dans la plupart des réaction chimique qui se déroulent à l'intérieur

Plus en détail

Introduction à la bioinformatique

Introduction à la bioinformatique Faculté des Sciences - Rabat Laboratoire de Microbiologie et Biologie Moléculaire -------------------------------------- Université Mohamed V - Agdal Faculté des Sciences B.P. 1014 - Rabat - MAROC TD Biologie

Plus en détail

Le vivant est complexe: - 30 millions de types d organismes - 100 000 protéines différentes chez l homme

Le vivant est complexe: - 30 millions de types d organismes - 100 000 protéines différentes chez l homme Introduction Le vivant est complexe: - 30 millions de types d organismes - 100 000 protéines différentes chez l homme Informatique: - stocker les données - éditer les données - analyser les données (computational

Plus en détail

FLUX D INFORMATION GÉNÉTIQUE

FLUX D INFORMATION GÉNÉTIQUE FLUX D INFORMATION GÉNÉTIQUE 2 MÉCANISME GÉNÉRAL DE LA TRANSCRIPTION La transcription est une biosynthèse d ARN qui repose, comme celle de l ADN, sur la complémentarité des bases. Ce processus présente

Plus en détail

A- Formation de la liaison peptidique

A- Formation de la liaison peptidique A- Formation de la liaison peptidique Un peptide : combinaison de 2 ou plusieurs AA par des liaisons amides particulières = liaisons peptidiques Liaison peptidique Nt O Ct Chaîne peptidique :( réaction

Plus en détail

LES FAMILLES MULTIGÉNIQUES : L'EXEMPLE DES CHAÎNES DE L'HÉMOGLOBINE

LES FAMILLES MULTIGÉNIQUES : L'EXEMPLE DES CHAÎNES DE L'HÉMOGLOBINE Fiche sujet-élève Les similitudes entre gènes sont interprétées comme le résultat d une ou plusieurs duplications d un gène ancestral. Des molécules homologues appartiennent à la même famille multigénique

Plus en détail

Introduction. La bioinformatique : Traitement des informations biologiques par des méthodes informatiques et/ou mathématiques.

Introduction. La bioinformatique : Traitement des informations biologiques par des méthodes informatiques et/ou mathématiques. Introduction La bioinformatique : Traitement des informations biologiques par des méthodes informatiques et/ou mathématiques. Interdisciplinaire par nature, la bioinformatique est fondée sur les acquis

Plus en détail

Introduction + Molécules du vivant

Introduction + Molécules du vivant 101-NE1 Physiologie du vivant Introduction + Molécules du vivant Julie Lavoie, C. Lionel-Groulx 1 Niveaux d organisation structurale des êtres vivants Comment, de quoi est fait un être vivant? 2 Niveaux

Plus en détail