Le gène du trot : handicap ou atout de l élevage français?

Transcription

1 Le gène du trot : handicap ou atout de l élevage français?.01

2 Arrivés après la bataille Publication dans la revue «nature»: L. Andersson et al. (2012) Le gène DMRT3 a un rôle central dans le contrôle des circuits neurologiques de la moelle épinière responsables de la coordination des membres chez les vertébrés. Trouvé d abord chez le Poney Islandais (GWAS) Le génotype au SNP BIEC divisait la population en 2 groupes: Chevaux capables de marcher, trotter, tölter et galoper Chevaux capables en plus de marcher l amble La mutation est un seul SNP sur le chromosome 23 dans le gène DMRT3 : A versus C, codon stop, protéine tronquée (174 acides animés manquants).02

3 mais un vrai problème pour le Trotteur Français.03

4 mais un vrai problème pour le Trotteur Français Pur Sang 100% 80% 60% 40% 20% 0% AA CA CC.04

5 mais un vrai problème pour le Trotteur Français Standardbred Pur Sang 100% 80% 60% 40% 20% 0% AA CA CC.05

6 mais un vrai problème pour le Trotteur Français Trotteur Français Standardbred Pur Sang 100% 80% 60% 40% 20% 0% AA CA CC.06

7 mais un vrai problème pour le Trotteur Français BLUP (ref. 100) AA AC Gènotype DMRT3 Gains ($US) AA AC Gènotype DMRT3 Séminaire du Département de Génétique Animale Fréjus, 7-10 avril 2014 ANNE RICARD/ AGENAE-- Nantes.07

8 Deux questions Comment expliquer le maintien du polymorphisme? Véritable effet sur les différentes facettes de la performance? Et finalement quel conseil donner?.08

9 Recyclage GENEQUIN (ostéochondrose) : 630 TF génotypés 54K, donc pour le SNP BIEC (dl >0.90)? Analyse très soignée (analyse d un fichier de TF nés de 1994 à 2008): Précorrection pour la cohorte (progrès génétique) Multi caractère avec bons paramètres génétiques.09

10 Résultats : Test de Qualification (avant les courses) Probabilité d être qualifié 60% 50% 40% 48% 40% ** 30% 20% 10% 0% 20% AA AC CC Gènotype DMRT3 *** Séminaire du Département de Génétique Animale Fréjus, 7-10 avril ANNE RICARD/ AGENAE-- Nantes

11 Résultat : Disqualification dans la course Probabilité d être disqualifié (rompre le trot) dans une course 60% 50% 40% 30% 20% 10% 44% ** 35% *** 26% 0% AA AC CC Genotype DMRT3 Séminaire du Département de Génétique Animale Fréjus, 7-10 avril ANNE RICARD/ AGENAE-- Nantes

12 Résultat : Gain par course non disqualifiée Gain, écart type= AA -5 AC ANS AGE Séminaire du Département de Génétique Animale Fréjus, 7-10 avril ANNE RICARD/ AGENAE-- Nantes

13 Résultat : Gain par course non disqualifiée Gain, écart type= AC AC AA ANS 4 ANS AGE Séminaire du Département de Génétique Animale Fréjus, 7-10 avril ANNE RICARD/ AGENAE-- Nantes

14 Résultat : Gain par course non disqualifiée Gain, écart type= AC *** 0-5 AC * AC AA ANS 4 ANS 5 ANS AGE Séminaire du Département de Génétique Animale Fréjus, 7-10 avril ANNE RICARD/ AGENAE-- Nantes

15 Soyons prudent Et si ce n était qu un artefact? P. Julienne Modélisation du schéma de sélection Etape 1 : Qualification précoce avec effet de DMRT3 estimé Etape 2 : Gain à maturité avec différentes hypothèses pour DMRT3.015

16 Modélisation plan sélection Naissance Poulinière (30%) Seuil de qualification qui dépend la performance r g =0.0 à 0.5 r e =0.0 à 0.5 Qualification (h 2 =0.56) 40% Poulinière (70%) Performance en course (h 2 =0.26) Etalon : 2% Effet du génotype CC CT TT 0.00 Effet du génotype REEL HOMO NULL CC CT TT

17 Espérance des performances des CA Résultats: performances en course espérées des chevaux qualifiés AC / AA Risque relatif de qualification pour un cheval ayant potentiellement un meilleure aptitude en course (un écart type phénotypique) La supériorité des performances des AC /AA due au effets de la sélection sur la qualification n excède pas 19% de la valeur estimée Séminaire du Département de Génétique Animale Fréjus, 7-10 avril ANNE RICARD/ AGENAE-- Nantes

18 Résultat : évolution de la fréquence de C Frequence de l'allèle C 90% 80% 70% 60% 50% 40% 30% 20% 10% 0% Générations Pas d effet de DMRT3 sur le gain.018

19 Résultat : évolution de la fréquence de C Frequence de l'allèle C 90% 80% 70% 60% 50% 40% 30% Pas d effet de DMRT3 sur le gain 20% 10% 0% Générations Effet de DMRT3 sur le gain Identique pour CA et AA.019

20 Résultat : évolution de la fréquence de C Frequence de l'allèle C 90% 80% 70% 60% 50% Pas d effet de DMRT3 sur le gain Effet de DMRT3 sur le gain estimé 40% 30% 20% 10% 0% Générations Effet de DMRT3 sur le gain Identique pour CA et AA.020

21 Conclusion Un cas difficile pour un généticien Avantage à l hétérozygote Une population polymorphe pour un gène majeur Une multitude de techniques et pas seulement GWAS Mais pour donner un conseil Explication biologique Amble / Trot.021

22 Conclusion Standardbred Trotteur Français.022

23 Conclusion Un cas difficile pour un généticien Avantage à l hétérozygote Une population polymorphe pour un gène majeur Une multitude de techniques et pas seulement GWAS Mais pour donner un conseil Explication biologique Amble / Trot Rôle des autres gènes?.023

24 Autres gènes? Des tests statistiques ont été réalisés en d autres endroits du gènome sur les 32 chromosomes Résultat original du Poney Islandais sur la note à l amble Test Statistique Résultats Trotteur Français gain carrière/nombre de place Chromosome Séminaire du Département de Génétique Animale Fréjus, 7-10 avril ANNE RICARD/ AGENAE-- Nantes

25 Conclusion Un cas excitant pour un généticien Avantage à l hétérozygote Une population polymorphe pour un gène majeur Une multitude de techniques et pas seulement GWAS Mais pour donner un conseil Projet Explication biologique Amble / Trot Rôle des autres gènes? Regenotypage / phénotype + précis Modélisation de l évolution de la population avec génotypage «libre».025

26 Conclusion Un cas excitant pour un généticien Avantage à l hétérozygote Une population polymorphe pour un gène majeur Une multitude de techniques et pas seulement GWAS Mais pour donner un conseil Projet Explication biologique Amble / Trot Rôle des autres gènes? Regenotypage / phénotype + précis Modélisation de l évolution de la population avec génotypage «libre».026

27 .027