Virus respiratoires communautaires émergents Patient immunodéprimé non VIH. Anne Bergeron Pneumologie Hôpital Saint Louis

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1 Virus respiratoires communautaires émergents Patient immunodéprimé non VIH Anne Bergeron Pneumologie Hôpital Saint Louis

2 Evolution des techniques de détection des virus Culture virale Immunofluorescence Influenza A Virus respiratoire syncytial Biologie moléculaire

3 Influenza Para-influenza VRS Adénovirus CMV EBV

4 Virus non enveloppés Capside icosaédrique Picornaviridae Enterovirus Rhinovirus A, B et C Parechovirus ARN monocaténaire Non segmenté Segmenté Virus enveloppés Capside tubulaire Coronaviridae Paramyxoviridae Coronavirus 229E Coronavirus OC43 Coronavirus NL63 Coronavirus HKU1 Parainfluenzavirus 1 à 4 Virus respiratoire syncytial Metapneumovirus humain Virus enveloppés Capside tubulaire Orthomyxoviridae Influenzavirus A, B et C ADN Bicaténaire Monocaténaire Virus non enveloppés Capside icosaédrique Virus non enveloppés Capside icosaédrique Adenoviridae Polyomaviridae Parvoviridae Adénovirus Polyomavirus KI Polyomavirus WU Mimivirus Bocavirus

5 RespiFinder(Plus) : composition RespiFinder (viral) RespiFinder Plus (microbial) 500 IC IC Rhino 454 InfA 415 InfB 403 InfA H5N1 394 HMPV Rhino 454 C. pneu 443 InfA 415 InfB 403 InfA H5N1 394 M. pneu 385 HMPV 364 Adeno 345 Adeno Para Para Para Para Para Para Para Para L. pneu 280 RSV-A 256 RSV-B 247 RSV-A 256 RSV-B 247 B. per NL OC E NL OC E

6 100 patients ID, DRA Réanimation Saint Louis Hémato, 22 IS iatrogénique, 13 cancers solides

7 Problématiques Que faire d une PCR positive dans un prélèvement respiratoire? Quel prélèvement respiratoire? Est-ce qu une infection respiratoire virale haute peut évoluer vers une infection respiratoire basse? Est-ce une pneumopathie virale? Quel traitement? Quel pronostic?

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9 Problématiques Que faire d une PCR positive dans un prélèvement respiratoire? Quel prélèvement respiratoire? Est-ce qu une infection respiratoire virale haute peut évoluer vers une infection respiratoire basse? Est-ce une pneumopathie virale? Quel traitement? Quel pronostic?

10 Limites de l interprétation et de la comparaison des études Le plus souvent études rétrospectives Partent des prélèvements virologiques et non des patients Définition non consensuelle des types d infection respiratoire Techniques virologiques utilisées variables

11 Limites de l interprétation et de la comparaison des études Populations de patients étudiées limitées Greffes de CSH++ essentiellement < J100 (même équipe/leucémies) Prélèvements systématiques ou seulement chez patients symptomatiques Les études ne s intéressent pas aux mêmes virus (influenza, VRS ) Prélèvements respiratoires étudiés différents: ANP, LBA, écouvillon de gorge, expectoration Les études mêlent IRH et IRB (impact clinique différent)

12 Problèmes de définition Clinique Infection respiratoire haute Au dessus du larynx (nez, pharynx, sinus) Infection respiratoire basse Au dessous du larynx (trachée, bronches, bronchioles, parenchyme) Opacité RP ou TDM++ TDM Bronchite/Bronchiolite Pneumonie Toux, dyspnée, hypoxémie ECIL 4

13 Problématiques Que faire d une PCR positive dans un prélèvement respiratoire? Type de virus Anamnèse (contage?) Symptomatologie Portage asymptomatique Portage prolongé Modification du traitement probabiliste?

14 Problématiques Est-ce qu une infection respiratoire virale haute peut évoluer vers une infection respiratoire basse?

15 Facteurs de risque de l évolution vers une pneumonie Allogreffe de CSH myélo-ablative (non apparentée) VRS > PIV3 et influenza; hmpv 80 à 90% des pneumonies virales à VRS sont précédées de symptômes d IRH 1/3 des IRH à VRS vont progresser vers une IRB dans les 7 jours 18% des IRH à PIV ou influenza vont progresser vers une IRB 27-41% IRH à MPV évoluent vers IRB Age > 65 ans CS (PIV3); CS protecteurs pour influenza Lymphopénie profonde (< 500/mm 3 ) Nichols, Clin Microbiol Rev, 2008 Renaud, BBMT, 2013

16 Problématiques Est-ce une pneumopathie virale? Type de virus: VRS, PIV, Influenza, MPV Terrain favorisant, Lymphopénie, Allogreffé de CSH

17 Saisonnalité Printemps Eté Automne Hiver VRS PIV 3 (1-2) Rhinovirus Coronavirus PIV 3 (1-2) Rhinovirus PIV 3 (1-2) Rhinovirus VRS PIV 3 (1-2) Influenza Rhinovirus Coronavirus Métapneumovirus Adenovirus Bocavirus KIV WUV Adenovirus Bocavirus KIV WUV Adenovirus Bocavirus KIV WUV Adenovirus Bocavirus KIV WUV

18 Micronodules centro-lobulaires MPV PIV VRS

19 Problématiques Quel traitement? Influenza: - Inhibiteurs neuraminidase - Inhibiteurs M2 VRS, PIV, MPV? - Ribavirine (tôt) - Gammaglobulines - Palivizumab Adenovirus - Cidofovir

20 Quel pronostic? Problématiques

21 Potentielle gravité PROUVEE DISCUTEE Influenza (20%) VRS (45%) Metapneumovirus (45) PIV3 (35%) Adenovirus (50%) Rhinovirus Coronavirus Bocavirus KIV WUV? (mortalité chez les patients receveurs de greffe de CSH ayant une pneumonie) Boeckh, Br J Haematol, 2008 Renaud, BBMT, 2013

22 Facteurs de risque de mortalité Pneumonie 100% Ventilation mécanique Présence de co-pathogènes Charge virale importante dans prélèvement respiratoire? CV dans le plasma ++

23 Co-pathogènes Fréquence: 30% pour VRS, MPV, coronavirus 50% pour PIV, influenza, adénovirus 20% pour rhinovirus, enterovirus Virus Bactéries Champignons ++ Boeckh, Br J Haematol, 2008

24 Virus respiratoire commmunautaire du patient immunodéprimé non VIH «Mots clés» Contage Toux Saisonnalité Lymphopénie Micronodules centro-lobulaires Co-pathogènes Prévention

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26 Incidence GCSH VRS 2-10% Metapneumovirus 5% Influenza 1-3% PIV3 4-7% Coronavirus 10% Rhinovirus 21% Bocavirus?