Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux. Réunion Conseil des Tutelles 24 Juin

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1 Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux Réunion Conseil des Tutelles 24 Juin

2 Génomique Fonctionnelle Bordeaux Objectifs : structurer les demandes d équipements lourds et les recrutements au regard des évolutions technologiques en sciences du vivant 1998 : Préparation du CPER (Université de Bordeaux 2) CPER : CPER : - 10 Millions d pour l équipement - Construction d un bâtiment - 6 Millions d pour l équipement 2

3 Génomique Fonctionnelle Bordeaux Bioinformatique (RIO) Protéomique (RIO) Transcriptome Génotypageséquençage (RIO émergent) M. Électronique (RIO) M. Photonique (RIO) Métabolome (RIO émergent) Biologie Structurale Inauguration

4 Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux 6 plates formes technologiques Bioinformatique Protéomique Biologie Structurale CGFB Génome- Transcriptome Microscopie 4 Métabolome 4

5 Génomique Fonctionnelle Bordeaux Missions des plateformes technologiques Mutualisation des équipements lourds Mettre en commun les moyens et les savoir faire Assurer un développement coordonné des PF Prestations de service Structurer une offre de services de qualité Devenir des partenaires incontournables de la recherche et de l industrie Formation Promouvoir la connaissance des nouvelles technologies Assurer une offre de formation Développement méthodologique et technologique Introduire les nouvelles technologies du domaine Développer de nouvelles méthodes et technologies 5

6 Génomique Fonctionnelle Bordeaux Mode de pilotage du Centre GFB (2009) A. Groppi Chargé de mission M. Nazabal Secrétariat D. Rolin Directeur Scientifique M. Bonneu Directeur Administratif ]Bureau Comité de Coordination des Plateformes Responsables des 6 Plateformes Responsables Aquitaine Valo Vices Présidents de UB2 Plateformes Génome - Transcriptome Bioinformatique Protéome Biologie Structurale Métabolome Microscopie Conseil Scientifique P. Glaser (I. Pasteur) D. Thomas (U. Rennes) M. Copey (I.J. Monod) B. Monsarrat (CNRS, Toulouse) C. Gaspin (INRA, Toulouse) D. Milan (INRA, Toulouse) J-P. Renou (INRA, Evry) J-Y. Lallemand (CNRS, Gif / Yvettes) J-C Portais (INSA, Toulouse) Conseil des Tutelles Représentants Universités UB1 et UB2 IPB CNRS INRA INSERM CHU de Bordeaux Bergonié Région Aquitaine CUB Pour chaque Plateforme: - Conseil de gestion - Conseil scientifique 6

7 Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux 6 plates formes technologiques Bioinformatique Protéomique Biologie Structurale CGFB Génome- Transcriptome Microscopie 7 Métabolome 7

8 Plateforme Bioinformatique Prestations de service : Traitement des données Développement de logiciel Centre de calcul et stockage Recherche méthodologique : Méthodes et outils pour gérer les données de métabolomique Méthodes et outils pour gérer les données issues des séquenceurs haut débit Matériels : 0,3 M Le CBiB dispose d une capacité de calcul assurée par un total de 32 CPUs et d un espace de stockage d environ 5,2 To Personnels : - 2,5 ETP statutaires - 4 ETP contractuels + réseau de correspondants bioinformatiques (labos et autres plateformes)

9 Plateforme Génome-Transcriptome Prestations de service : Séquençage d ADN y compris génomes Détection de polymorphismes Recherche de mutations nouvelles Dosage génique Transcriptomique Matériels : 3 M Personnels : 8 ingénieurs et techniciens

10 Plateforme Protéome : Prestations de service : séparation et identification des protéines quantification des protéines recherche des modifications post-traductionnelles Spécificité technologique : nouvelle technologie pour la mise en évidence d interaction protéine-protéine (spécificité bordelaise en protéomique) Matériels : 3 M Orbitrap MALDI-TOF-TOF ESI-Q-TOF MALDI-Q-TOF Trappe 3D Personnels : 4 ingénieurs et techniciens

11 Plateforme Métabolome : Prestations de service : - Séparation et identification de métabolites - Réalisation et interprétation de profils et empreintes métaboliques - Analyse chimiométrique des données - Analyse et phénotypage enzymatiques à haut débit Matériels : 1,8 M RMN 500 et 600 MHz 2 LC-MS/MS, 1 GC-MS 6 HPLC Personnel : 5,5 ETP

12 Plateforme Imagerie : Bordeaux Imaging Center Prestation de service : Microscopie électronique: - Préparation d échantillons animaux et végétaux - Cryofixation, Haute Pression, Cryosubstitution - Microscopie électronique à transmission et à balayage Microscopie photonique: - Macro et microscopie de fluorescence - Microscopie STED, confocale et multi-photonique, - Vidéo-microscopie, FRAP, FRET, FLIM et FCS - Analyse d image Spécificité technologique : Technologies de nanoscopie Matériels : 4,9 M 9 Microscopes photoniques 4 Microscopes électroniques Personnels : 11 ingénieurs et techniciens 5

13 Plateforme Biologie Structurale : Prestations de service et collaborations : - Détermination de la structure de macromolécules biologiques Personnels : 9 ingénieurs et techniciens Matériels : 5 M - cristallographie, diffraction/diffusion RX - RMN haut champ liquide et solide - spectrométrie de masse - microscopie électronique - résonance plasmonique de surface (SPR) - dichroïsme circulaire,

14 Génomique Fonctionnelle Bordeaux Laboratoires utilisateurs des prestations de GFB France 114 Laboratoires Europe et Monde 15 Laboratoires Tsukuba U. Région Aquitaine 95 Laboratoires Bordeaux (95) Paris et Région (4) Orléans (1) Poitiers (1) Toulouse (3) Reims (1) Avignon (2) Montpellier (3) Nancy (1) Cadarache (2) Marseile (1) Bologna U. Ottawa U. Tunis U. (2) New York U. Kentuky U. Almeria U. Quito U. Louvain U. Norwich U. Exeter U. London U. Cambridge U. Bangor U. 14

15 Génomique Fonctionnelle Bordeaux Entreprises utilisatrices des prestations de GFB 27 Entreprises privées 15

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