PLAN. Documents : 10H

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1 PLAN Documents : 10H - L'arborescence du serveur Galaxy (15 mn) - L'ajout d'outil dans Galaxy (2mn) - Les descripteurs et la syntaxe (15mn) - TP0 : L'environnement de travail (15mn) - TP1 -> 5 : Intégration d'outils simples (1h45) 12H30 REPAS 14H - TP6 : Intégration d'un outil complexe (1h) - Présentation du toolshed (15mn) - TP7 : Déploiement d'un toolshed (30mn) - TP8 : Intégration d'un outil dans un toolshed (15mn) - TP9 : Intégration d'un outil avec des dépendances (45 mn) - Présentation du système de gestion des banques (intervenant : Anthony Brétaudeau, 15mn) - TP10 : Intégration d'un outil utilisant des banques (30 mn) 17H30 1

2 TP0. L'environnement de travail Premiers pas avec le Genocloud 1 Découverte de sa machine Allez sur : Connexion au Genocloud via vos identifiants TP Dans la partie Virtual Machines : - Votre VM apparaît et change de statut jusqu'à RUNNING - Une adresse IP associée à votre machine -> X 2 Accès à la machine SSH : - Connection au genocloud (via putty) : - hostname : genocloud.genouest.org - port : 22 - username : tpn - Connection au genocloud (via terminal) : ssh tpn@genocloud.genouest.org - Connection à votre machine : ssh root@ x HTTP : cloud-x.genouest.org 2

3 3 Importation du dépôt git git clone Configuration de son serveur Galaxy 1 Configuration de l'administrateur Mettre la liste des mails des personnes (au moins vous) qui seront admin sur l'instance Dans /opt/galaxy-dist/config/galaxy.ini : admin_users = MonAdresse@mail.fr 2 Premier accès S enregistrer avec son adresse mail (la même que celle mise dans le fichier de configuration) Admin -> Search and browse tool sheds -> MyOwnToolShed 3

4 TP7 : Déploiement d'un toolshed 1 Configuration de l'host et du proxy dans le fichier de configuration cp /opt/galaxy-dist/config/tool_shed.ini.sample /opt/galaxy-dist/config/tool_shed.ini Dans /opt/galaxy-dist/config/tool_shed.ini host = #host = Dans la section située juste avant [app:main], ajouter ces 3 lignes : [filter:proxy-prefix] use = egg:pastedeploy#prefix prefix = /toolshed et sous [app:main], ajouter ses 2 lignes filter-with = proxy-prefix cookie_path = /toolshed mettre la liste des mails des personnes (au moins vous) qui seront admin sur l'instance # this should be a comma-separated list of valid Galaxy users admin_users = MonAdresse@mail.fr 2 Configuration d'apache A la fin du fichier /etc/apache2/sites-available/default juste avant </virtualhost> : RewriteRule ^/toolshed$ /toolshed/ [R] RewriteRule ^/toolshed/static/style/(.*) /opt/galaxy-dist/static/style/blue/$1 [L] RewriteRule ^/toolshed/static/(.*) /opt/galaxy-dist/static/$1 [L] RewriteRule ^/toolshed/images/(.*) /opt/galaxy-dist/static/images/$1 [L] RewriteRule ^/toolshed/favicon.ico /opt/galaxy-dist/static/favicon.ico [L] RewriteRule ^/toolshed/robots.txt /opt/galaxy-dist/static/robots.txt [L] RewriteRule ^/toolshed(.*) [P] A la première ligne du fichier /etc/hosts : localhost cloud-x.genouest.org 4

5 Redémarrage d'apache : sudo /etc/init.d/apache2 restart Démarrage du serveur toolshed : sh /opt/galaxy-dist/run_tool_shed.sh --daemon Voir fichier de log pour vérifier le lancement correct : tail -f /opt/galaxy-dist/tool_shed_webapp.log 3 Premier accès à son toolshed S enregistrer avec son adresse mail (la même que celle mise dans le fichier de configuration) Création d'une catégorie dans le menu 'admin' : - Admin - Manage categories - Add new category - Remplir les infos et bouton save 4 Enregistement de son toolshed dans son instance Galaxy Dans /opt/galaxy-dist/config/tool_sheds_conf.xml : <tool_shed name="myowntoolshed" url=" Redémarrage du serveur Galaxy sh /opt/galaxy-dist/run.sh stop-daemon sh /opt/galaxy-dist/run.sh daemon Voir fichier de log pour vérifier le lancement correct tail -f /opt/galaxy-dist/paster.log 5

6 TP8. Intégration d'un outil dans le toolshed Création du repository dans le toolshed Repositories -> Create new repository Remplissez les informations (Repository type = Unrestricted) Choisissez votre catégorie Save Sur la page après création : hg clone /repository Clonage dans le repertoire de travail Sur n'importe quelle machine ayant mercurial d'installé : mkdir /opt/dev cd /opt/dev hg clone Développement de l'outil Création des fichiers xml / wrappers / datatypes / etc. dans ce repertoire. hg add. hg commit -m my first commit -u username Mise à jour de l'outil dans le toolshed hg push 6

7 Installation de l'outil dans Galaxy Dans l'instance de Galaxy: Admin -> Search and browse tool sheds -> MyOwnToolShed -> Myrepo -> Preview ad install -> Install to Galaxy Sélectionnez où positionner l'outil dans le panel contenant les outils : Bouton «Install» 7

8 Pense-bête : Redémarrage du serveur toolshed : sh /opt/galaxy-dist/run_tool_shed.sh stop-daemon sh /opt/galaxy-dist/run_tool_shed.sh daemon Redémarrage du serveur toolshed : sh /opt/galaxy-dist/run.sh stop-daemon sh /opt/galaxy-dist/run.sh daemon Fichier de configuration du serveur Galaxy : /opt/galaxy-dist/config/galaxy.ini Fichier de log du serveur Galaxy : /opt/galaxy-dist/paster.log 8