Utilisation de PubMed

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1 Utilisation de PubMed Cours donné en Bibliothèque de médecine par Christine Lanners Un Portail? un portail? site Web de référence dans un domaine précis site qui offre une porte d'entrée unique sur un large panel de ressources et de services centrés sur un domaine ou une communauté particulière 1

2 PubMed est un portail = accès à des ressources des ressources du domaine biomédical la base de données Medline d autres bases de données des outils comme: Journals Database, MeSH Database, Single Citation Matcher, Clinical Queries, My NCBI (Cubby), accès à des DB des services : commande d articles attention on commande aux USA!!! PubMed.org Zone de saisie des requêtes Entrez Pubmed Pubmed Services Related ressources 2

3 Le portail de l UCL 3

4 Une Base de données = information définie (ex:références bibliographiques) information organisée (structure) information contrôlée (indexation) =>règles d utilisation du système =>structure : enregistrements champs Les champs PubMed Syntaxe : terme [champ] Brown[Au] Tooth Extraction[mesh] French[la] vitamin b1[text Word] Voir FAQ clic sur PubMed Help dans les annexes 4

5 Les opérateurs booléens AND/et OR/ou NOT/pas La troncature * remplace un caractère ou une chaîne de caractères exemple: hydrog* hydrogen, hydrogenation, hydrogenair, hydrogenated, Hydrogenophilales, Hydrogéologie etc 5

6 Medline est une base de données Une base de données bibliographiques 18 millions de références à des articles accès gratuit par Internet (depuis 1997) Développée par: NCBI (National Center for Biotechnology Information - USA) NLM (National Library of Medicine - USA) des éditeurs de revues biomédicales!! des articles de 1950 à cette semaine une mise à jour quotidienne Comment est fait Medline? Des spécialistes : étudient les articles pour chaque article: attribuent des mots qui décrivent le contenu de l article : = langage contrôlé = des descripteurs ou mots-clés de 15 à 25 par article 6

7 ?. des données complémentaires le genre: homme, femme Études: homme, animal tranche d'âge le type de publication: études cliniques, rapport, article MeSH = Medical Subject Headings Le MeSH est un thésaurus un thésaurus est un ensemble => de termes contrôlés (des descripteurs) => organisés (du général au particulier) => de relations (synonymie, association,renvois ) 7

8 Comment se présente un thésaurus? Végétaux Fruits Pomme Golden Cox Orange Reinette Terme générique Reine des Reinettes Reinette Grise (du Canada) Gala Fraise Melon Légumes Carotte Oignon du général au particulier Termes spécifiques A quoi ressemble le MeSH? 8

9 UTILISER les MeSH dans PubMed Pourquoi?? => gain de temps => précision Recherches dans le MeSH :3 cas 1. Terme = descripteur MeSH 2. Terme = synonyme de descripteur 3. Terme descripteur synonyme Ouvrir la base de données du MesH 9

10 asthma Clic = pour voir le détail Détail du terme Le terme et sa définition Les synonymes Termes associés = voir aussi Termes spécifiques 10

11 Vitamine B1, b1, aneurine, thiamine? aneurin Avec une faute d orthographe 11

12 Outils d aide La traduction du MeSH en français le site de l INSERM : Dictionnaire : grand dictionnaire terminologique Canada asp Chercher un auteur taper son nom? => trop peu préciser le champ Auteur : [AU] => nom[au] taper «nom et initales» [Au] => "Wheeler D"[Au] Mais D? = Donna, David, Denis etc => " Wheeler Donna "[Au] 12

13 Chercher un auteur??? Wang ( réf) Parkinson ( réf) Body Trouver des références rences? Sans entrer la phrase 1.Identifier les termes de recherche 2.Traduire => en anglais 3. Vérifier dans le Mesh 4. Utiliser le portail PubMed pour écrire la requête 5. Envoyer la requête dans Medline et dans le Portail PubMed 13

14 Chercher par sujet «le traitement des maladies nosocomiales par l hygiène des mains» 1. Les termes de recherche? 2. Traduire les termes en anglais 3. Quels termes? Nosocomial Hand hand disinfection - handwashing Hygiene Ouvrir le MeSH Ouvrir la base de données du MesH 14

15 Nosocomial? 15

16 search box 16

17 UTILISER LE MESH 1. Chercher le mot 2. Ouvrir la définition 3. Cocher le carré et envoyer dans la boîte de recherche (search box) 4. Relancer le processus 5. Envoyer dans PubMed à l aide du bouton La fonction Limits =>limiter une recherche : à un champ de recherche particulier =>on peut choisir : type de publication (Publication Types) une langue spécifique (Languages) un groupe d âge (Ages) études sur l homme ou l animal (Human or Animal) un genre : male ou female (Gender) une date ou un intervalle de date de publication (Publication Date) une date d entrée des références dans PubMed (Entrez Date) les références qui ont un résumé (Only items with abstracts) 17

18 18

19 Filtrer la date d édition 19

20 Pour voir les résultats : les FORMATS d AFFICHAGE Format ABSTRACT 20

21 Format ABSTRACT Plus Format CITATION 21

22 FORMAT Medline Tous les champs: résumé auteurs, langue, type de publication descripteurs Mesh Etc Par défaut : format summary 22

23 Icones Pas d abstract Abstract Texte complet gratuit par PubMed Central (PMC) Lien vers le texte complet disponible sans paiement ni abonnement Les résultats de recherche Différents types de références [PubMed AS SUPPLIED BY PUBLISHERS] références fournies par des éditeurs = non traitées [PubMed - IN PROCESS] références d articles en cours de traitement mise à jour du ma. au sam. = il manque encore des éléments [ Indexed for MEDLINE] = complètes 23

24 références d articles fournies par des éditeurs = non traitées références d articles en cours de traitement Références complètes History voir toutes les requêtes faites reprendre une requête pour la revoir Retravailler une requête avec de nouveaux termes combiner plusieurs requêtes entre-elles 24

25 History = historique de mes recherches Football AND knee injuries Se positionner sur le chiffre et cliq de souris pour faire apparaître le menu Football AND knee injuries 25

26 Exploiter mes données File = mémoriser sur mon PC Printer = pour imprimer Clipboard = zone de travail My NCBI = mémoriser les recherches et/ou les données Exploiter mes données 26

27 Send to clipboard = zone «bureau» Single Citation Matcher Référence incomplète Problème d orthographe Imprécision 27

28 On cherche l article suivant écrit par : Price D, Thomas M. parlant de : asthma guidelines, publié en

29 MeSH ou pas? Tout dépend de la précision de la recherche à effectuer. Précision = MeSH Recherche plus intuitive = texte libre IL FAUT ANALYSER LES RESULTATS CONCLUSIONS 1. D abord bien définir sa recherche 2. Traduire les termes en anglais 3. Vérifier dans les MeSH leur existence 4. Utiliser PubMed et ses ressources de façon structurée/organisée en allant d un concept général vers le particulier en étant imaginatif 29

30 5. Tout noter, garder une trace des recherches! mail des résultats de recherches outils de mémorisation: My NCBI (Atelier PubMed avancé) imprimer 6. Les langages utilisés dans PubMed: Langage contrôlé (thésaurus) Langage naturel (notre langage courant) 7. ETRE persévérant!! 8.Se former en continu littérature - ateliers Bibliographie utile 1. LIVRES Lire les chroniques de M. Eveillard dans «la revue du praticien» 2. LIENS Le site de la BMD : Tutoriel PubMed fait pas l URFIST : didacticiel traduit par Cécile Guarin stagiaire de l'itiri et par Jacques Reibel responsable de l'urfist de Strasbourg. Les guides de la NLM : 3. OUTILS de Méthodologie documentaire 30