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3 PRESENTATION DU COURS Cycle de conférences Programme scientifique et encadrement : Chantal Le Bouguénec et Christophe Beloin (Institut Pasteur). Cet enseignement comporte des conférences généralistes de microbiologie procaryote et eucaryote ayant pour but d'actualiser les connaissances sur les différents domaines de la microbiologie et des conférences plus spécialisées ayant pour objectif d'identifier les thématiques en plein essor et les nouveaux outils permettant leur développement. TP.I. Biodiversité des communautés aquatiques microbiennes Programme scientifique et encadrement : Jean-François Humbert (UMR Bioemco, site de l'ens) et Martine Kiredjian (Institut Pasteur). Grâce à leur diversité spécifique et fonctionnelle résultant d'une histoire évolutive longue de 3,5 milliards d'années, les microorganismes ont colonisé l ensemble des écosystèmes aquatiques, même les plus extrêmes. Ils interviennent dans tous les processus fondamentaux qui vont de la dégradation de la matière organique à la régulation de la composition de l'atmosphère terrestre (équilibres O 2 -CO 2, CH 4...). Malgré ce rôle primordial, l'essentiel de nos connaissances sur les communautés microbiennes reste encore très limité notamment parce que la plupart des données disponibles ont été acquises sur les seules espèces cultivables, ces dernières ne représentant que 0,1 % des bactéries et Archaea présentes dans la biosphère. Depuis deux décennies, l'utilisation des techniques basées sur l étude de l'arn ribosomal (ARNr) a cependant révolutionné nos connaissances sur les microorganismes présents dans les écosystèmes. Les travaux sur la diversité microbienne sont maintenant dominés par des études faisant appel aux techniques de clonage-séquençage, d'hybridation in situ (FISH) et d'empreintes génétiques (DGGE, T-RFLP...) mais aussi par les nouvelles approches de post-génomique et en particulier par la métagénomique. Tous ces travaux ont mis en évidence une grande diversité dans les communautés microbiennes. La reconstruction phylogénétique basée sur l'arnr a permis de révéler l'existence de nouveaux clades propres à certains écosystèmes. Une très faible proportion des procaryotes ainsi caractérisés est associée à des bactéries préalablement cultivées. Si les approches basées sur l étude de l opéron ribosomal nous ont permis d accéder enfin à la connaissance de la diversité des communautés microbiennes et d identifier une partie des facteurs et processus environnementaux agissant sur cette diversité, en revanche elles ne nous renseignent guère sur le rôle fonctionnel des espèces présentes. C est pourquoi, il s avère toujours nécessaire actuellement d isoler puis de mettre en culture les microorganismes et d utiliser des méthodes permettant de caractériser les potentiels fonctionnels des souches ainsi isolées. Objectif Le but de ces Travaux Pratiques est de vous initier aux démarches méthodologiques des deux types d approche (isolement/biologie moléculaire) utilisées dans le cadre de travaux portant sur l étude comparée de la composition et de la diversité de communautés microbiennes de différents écosystèmes continentaux. Vous mènerez donc en parallèle ces deux approches au cours de ces deux semaines de TP afin de déterminer les intérêts et limites de chacune d'elles. Par ailleurs, vous procéderez à une analyse approfondie de vos résultats pour déterminer s'il existe différents profils dans la composition des communautés bactériennes en fonction des caractéristiques des écosystèmes dont elles sont issues.

4 TP.II. Caractérisation des voies de réponse aux antibiotiques en concentration sub-inhibitrice chez Vibrio cholerae Programme scientifique et encadrement : Unité Plasticité du Génome bactérien dirigée par Didier Mazel (Institut Pasteur). Depuis la découverte de la pénicilline par Alexander Fleming en 1928, les antibiotiques ont constitué le principal moyen de lutte contre les infections microbiennes. L utilisation extensive des antibiotiques, qu ils soient naturels (isolés à partir de bactéries ou champignons), ou synthétiques, a donné lieu à l émergence de bactéries multi-résistantes. Ce phénomène rend aujourd hui difficile le traitement de diverses infections, notamment en milieu hospitalier où certaines bactéries multi-résistantes sont impliquées dans les infections nosocomiales. Les mécanismes sous-jacents à l échappement des microorganismes aux anti-infectieux résident dans la grande plasticité des génomes bactériens. Cette plasticité reflète les mutations spontanées ou les réarrangements qui peuvent survenir lors de la croissance bactérienne, mais aussi l acquisition de gènes, notamment de gènes de résistance, grâce à des échanges d ADN entre bactéries. Les mutations peuvent survenir lors de la réplication de l ADN, par exemple lorsque la bactérie subit un stress. Certains stress engendrent une réaction de la bactérie appelée la réponse SOS déclenchant l expression d un groupe d une trentaine de gènes rassemblant les ADN-polymérases mutagènes qui vont répliquer l ADN en incorporant des «erreurs» (les mutations), mais aussi les gènes de la recombinaison homologue, ce qui peut provoquer des réarrangements chromosomiques. Il a été montré que certains antibiotiques tels que les fluoro-quinolones ou les betalactames induisent la réponse SOS chez les bactéries traitées. De plus, certains gènes de résistance aux antibiotiques sont régulés par cette même réponse, ce qui relie directement l utilisation d antibiotiques à l émergence de résistances, et donc au phénomène de multirésistances. Si l on sait maintenant que les fluoro-quinolones et beta-lactamines induisent la réponse SOS, l effet d autres antibiotiques, tels que les aminosides, est moins bien connu, en particulier chez les bactéries pathogènes comme Vibrio cholerae. De manière surprenante notre groupe a pu montré que des aminoglycosides, le chloramphénicol et la tétracycline induisent la réponse SOS chez V. cholerae et pas chez E. coli. Objectif L'objectif de ce TP est de construire et cribler une banque de mutants de Vibrio cholerae pour rechercher des facteurs qui lui seraient spécifiques et qui font que les antibiotiques tétracycline, chloramphénicol et aminoglycosides (kanamycine, tobramycine, streptomycine, gentamicine) induisent SOS chez V. cholerae et pas chez la bactérie modèle E. coli. Ce travail contribuera à une meilleure compréhension des multiples mécanismes permettant d'induire la réponse SOS.

5 TP.III. Etude de l effet des ions calcium sur la formation de biofilms bactériens Programme scientifique et encadrement : Unité de Génétique des biofilms dirigée par Jean-Marc Ghigo (Institut Pasteur). Bien que l origine de la bactériologie soit associée à la mise en évidence d organismes microscopiques agrégés à la surface de ses dents par Antonie Van Leeuwenhoek au XVII e siècle, l essentiel des connaissances acquises dans ce domaine résulte de travaux principalement réalisés sur des organismes unicellulaires, flottant librement dans des milieux nutritifs liquides. Il faudra attendre les travaux de William Costerton dans les années 1980 pour redécouvrir que l essentiel de la biomasse microbienne est fixée sur des surfaces et constitue des populations hétérogènes englobées dans une matrice extracellulaire, riche en eau, en sucres, en protéines que l on appelle de nos jours des biofilms. Présents dans tous les environnements les biofilms jouent un rôle écologique majeur et contribuent très largement au bon fonctionnement de la plupart des écosystèmes en participant notamment au cycle du carbone, de l eau et la bioremédiation en générale. D autre part, les flores commensales se développant sur les muqueuses animales peuvent être considérées comme des biofilms bénéfiques pour l hôte. A l inverse, les biofilms constituent également une importante source de nuisance dans les environnements industriels posant des problèmes d encrassage («biofouling»), de corrosion ou de contamination microbienne (eau potable, industrie agro-alimentaire). Les biofilms sont également à l origine d infections chroniques et nosocomiales liées, entre autres, au développement de biofilms sur divers dispositifs médicaux (sondes urinaires, cathéters veineux, tubes de ventilation artificielle, prothèses etc.). Les biofilms ont donc un impact écologique et économique considérable. De nombreuses équipes de recherche s intéressent au mode de développement des biofilms et aux facteurs d adhésion impliqués dans les différentes étapes de sa formation. Les travaux issus de ces recherches ont permis de faire progresser considérablement notre compréhension de ce mode de vie dans ses aspects les plus moléculaires et de mettre en évidence des fonctions et réponses physiologiques caractéristiques de cet environnement (échanges génétiques, adhésion, communication inter bactériennes, modalités de résistance aux antibiotiques). La caractérisation de tels facteurs devrait fournir des pistes pour le développement de stratégies destinées à prévenir ou contrôler la formation de biofilms bactériens dans des situations où ceux-ci constituent un problème sanitaire, industriel ou écologique. Le calcium est un ion divalent de fonction importante chez les eucaryotes. Son rôle chez les bactéries est moins bien connu. Plusieurs travaux suggèrent que le calcium extracellulaire pourrait influencer l adhésion bactérienne et une étude préliminaire réalisée dans notre laboratoire indique que la présence d'une concentration non toxique de calcium dans le milieu de croissance induit la formation de biofilm chez de nombreuses bactéries. Cette réponse à la présence de calcium extracellulaire pourrait être médiée par une interaction avec des protéines de surface impliquées dans l adhésion, la formation de ponts ioniques entre les polysaccharides de la matrice extracellulaire ou encore l induction (ou le démasquage) de structures d adhésion. Objectif L objectif des travaux pratiques proposés par notre Unité est d explorer les conséquences et les déterminants de la formation de biofilm en présence de calcium en utilisant la bactérie Escherichia coli K-12 comme modèle d étude. Une analyse combinant microbiologie classique, microscopie, biochimie et génétique sera mise en œuvre pour cerner progressivement les déterminants moléculaires à l origine de ce phénotype. L ensemble de ces approches devrait permettre de mieux comprendre comment le calcium influence la formation de biofilm chez E. coli et de formuler quelques hypothèses concernant le rôle biologique de nos observations.

6 Lundi 03 Septembre 2012 COURS DE MICROBIOLOGIE GENERALE CONFERENCES 1 ère Semaine 9:00-10:30 Accueil des Participants - Formalités administratives Secrétariat de la Scolarité Introduction Chantal LE BOUGUÉNEC Présentation du Centre d Enseignement Christophe BELOIN Hervé WAXIN Isabelle LEQUEUTRE 10:30-12:30 (2 h 00) Les Archaea : troisième domaine du vivant Patrick FORTERRE 14:00-15:30 (1 h 30) Les bactéries en tant que modèles pour étudier Tâm MIGNOT l'évolution des machines macromoléculaires : (UPR 9043 CNRS - MARSEILLE) le cas de la machinerie de motilité de Myxococcus xanthus 15:45-17:15 (1 h 30) Interactions entre Plasmodium et ses hôtes Robert MENARD Mardi 04 Septembre :00 10:30 (1 h 30) Dynamique moléculaire des séquences répétées Guy-Franck RICHARD en tandem dans les génomes de levures 10:45-12:15 (1 h 30) Recherche partenariale et transfert de technologies Daniel LARZUL Propriété intellectuelle Corinne SARRAZIN Création d'entreprise : PathoQuest, une société Marc ELOIT dédiée à l'identification d'agents pathogènes 14:00-15:30 (1 h 30) Candida albicans: quelques aspects de la biologie Christophe D'ENFERT d'une levure pathogène 15:45-17:15 (1 h 30) Rôle des peptides antimicrobiens dans la défense Lhouseine TOUQUI antibactérienne : utilisation thérapeutique potentielle dans le contexte de la résistance aux antibiotiques Mercredi 05 Septembre :00 10:30 (1 h 30) Métagénome intestinal humain - vers des biomarqueurs Joel DORE de grandes pathologies (INRA 78 JOUY-EN-JOSAS) 10:45-12:45 (2 h 00) Le peptidoglycane : une macromolécule fascinante Ivo BONECA Introduction/Thématique pour la Table ronde 14:00-15:30 (1 h 30) De l identification des gènes essentiels à la construction Christine CITTI d une vie artificielle : la quête «du» génome minimal (ENVT 31 TOULOUSE) 15:45-17:15 (1 h 30) Evolution Darwinienne au long terme Dominique SCHNEIDER chez la bactérie Escherichia coli (INSTITUT JEAN ROGET - 38 GRENOBLE) Jeudi 06 Septembre :00 11:00 (2 h 00) La phagothérapie : du rêve à la réalité Laurent DEBARBIEUX Introduction/Thématique pour la Table ronde 11:15 12:45 (1 h 30) Préparation Table Ronde en deux demi-groupes Laurent DEBARBIEUX Ivo BONECA 14:15-16:15 (2 h 00) Table ronde sur les deux thématiques choisies (2x1h00) Laurent DEBARBIEUX Ivo BONECA Vendredi 07 Septembre :00 10:30 (1 h 30) Recherche industrielle ou académique, Michael MOUREZ en France ou à l'étranger... Quelles différences? (SANOFI-AVENTIS - 31 TOULOUSE) 10:45-12:15 (1 h 30) Eléments génétiques mobiles et leur rôle dans l adaptabilité Didier MAZEL génétique chez les bactéries 14:00-15:30 (1 h 30) Visite du Musée de l'institut Pasteur

7 2 ème Semaine Lundi 10 Septembre :00 10:30 (1 h 30) Le processus infectieux Imad KANSAU (FAC. DE PHARMACIE Paris XI 92 CHATENAY-MALABRY) 10:45-12:15 (1 h 30) Structure et dynamique des populations de Salmonella François-Xavier WEILL 14:00-15:30 (1 h 30) Biofilms bactériens : les dessous de la vie Jean-Marc GHIGO sur les surfaces 15:45-17:15 (1 h 30) Commensaux et pathogènes: Philippe SANSONETTI Guerre et Paix aux surfaces muqueuses Mardi 11 Septembre :00-10:30 (1 h 30) Le genre Bordetella : évolution depuis l introduction Nicole GUISO de la vaccination coquelucheuse 10:45-12:15 (1 h 30) Microbiota symbiotique et développement Gérard EBERL du système immunitaire 14:00-16:00 (2 h 00) Assemblage des systèmes de sécrétion de Type VI Eric CASCALES (IMM 13 MARSEILLE) Mercredi 12 Septembre :00-10:30 (1 h 30) ARNs et régulations RNA dépendantes Pascale COSSART chez la bactérie Listeria 10:45-12:15 (1 h 30) La résistance générale au stress chez Françoise NOREL-BOZOUKLIAN Salmonella et Escherichia coli 14:00-15:30 (1 h 30) Les stratégies de la bactérie Helicobacter pylori Hilde DE REUSE pour la colonisation persistante de l estomac 15:45-17:15 (1 h 30) L'arbre universel de la vie : diversité et histoire évolutive Simonetta GRIBALDO du vivant Jeudi 13 Septembre :00-10:30 (1 h 30) SEPSIS Jean-Marc CAVAILLON 10:45-12:15 (1 h 30) Mécanismes impliqués dans l exceptionnelle radiorésistance de la bactérie Deinococcus radiodurans Suzanne SOMMER (IGM 91 ORSAY) 14:00-15:30 (1 h 30) Pathogénie moléculaire des infections Claire POYART streptococciques (GROUPE HOSPITALIER COCHIN - St VINCENT DE PAUL 75 PARIS) 15:45-17:15 (1 h 30) The complex life of Photorhabdus David CLARKE (University College Cork IRELAND) Vendredi 14 Septembre :00-10:30 (1 h 30) Les cyanobactéries, the good and the bad Jean-François HUMBERT (INRA - UMR Bioemco, Site de l ENS 75 PARIS) 10:45-12:15 (1 h 30) Introduction aux travaux pratiques de Jean-François HUMBERT Biodiversité (INRA - UMR Bioemco, Site de l ENS 75 PARIS) 14:00-15:45 (1 h 45) Caenorhabditis elegans : modèle d étude des interactions Léopold KURZ hôtes-pathogènes (C.I.M.L. 13 MARSEILLE)

8 TRAVAUX PRATIQUES Travaux Pratiques I : Biodiversité des communautés aquatiques microbiennes 3 ème Semaine Lundi 17 Septembre 2012 Matin : Départ en train pour Foljuif - CEREEP-Ecotron Ile-de-France Après-midi : Prélèvements d eau, examens au microscope, filtrations, étalements sur boîtes Soir : Retour sur Paris Mardi 18 Septembre 2012 Matin : o Extraction des ADN sur filtres, PCR, préparation des gels pour l électrophorèse o Présentation de la partie isolement, caractérisation phénotypique par M. Kiredjian Après-midi : o Comptage des bactéries après coloration au DAPI o Migration des PCR sur gels Mercredi 19 Septembre 2012 Matin : Clonage des fragments PCR (Kit TOPO TA Cloning) Après-midi : Analyse bactériologique (observations microscopiques) Jeudi 20 Septembre 2012 Matin : Identification bactérienne Après-midi (début) : PCR sur colonies suite au clonage Après-midi : Identification bactérienne Vendredi 21 Septembre 2012 Matin (début) : PCR sur colonies suite aux étalements Matin : Vérification sur gels des PCR résultant de l approche «biologie moléculaire» et de l approche «bactériologie» Après-midi : Premier bilan sur la semaine et choix des galeries Les conférences du Cours de Microbiologie Générale ont lieu dans la SALLE DE COURS 1 Les travaux pratiques ont lieu dans la salle TP du 1 er étage du Centre d Enseignement (PLM, Bât. 09, Institut Pasteur)

9 Travaux Pratiques I : Biodiversité des communautés aquatiques microbiennes 4 ème Semaine Lundi 24 Septembre 2012 Matin : Ensemencement des galeries Matin (fin) : Répartition des séquences entre les différents binômes 14h00 Conférence de S. Brisse Après-midi : Constitution d un fichier dans GeneDoc et création des séquences consensus à partir des lectures sur les deux brins. Mardi 25 Septembre 2012 Matin : Lecture des galeries Matin (fin) : Recherche des séquences chimériques 11h00 Conférence de S. Gribaldo : Les méthodes de reconstruction phylogénétique Après-midi : Alignement des séquences dans ClustalW ; Approche phylogénétique ; Définition des OTUs Mercredi 26 Septembre 2012 Matin : Lecture des galeries Matin (fin) : Définition des OTUs (fin) 11h00 Conférence de L. Frangeul : Les banques de séquences et blast Après-midi : Assignation taxonomique des OTUs (Blast et RdP) ; Analyse de la diversité ; courbes de raréfaction ; estimateur de Chao1 Jeudi 27 Septembre 2012 Comparaison de la composition des communautés bactériennes obtenues dans les quatre échantillons par trois méthodes d analyse Vendredi 28 Septembre 2012 Bilan comparé des deux approches mise en culture/bio mol Discussion générale, critique sur les approches utilisées et réflexion sur les méthodologies d avenir Les conférences du Cours de Microbiologie Générale ont lieu dans la SALLE DE COURS 1 Les travaux pratiques ont lieu dans la salle TP du 1 er étage du Centre d Enseignement (PLM, Bât. 09, Institut Pasteur)

10 Travaux Pratiques II : Induction de la réponse SOS par des antibiotiques ne produisant pas de dommages à l ADN, chez Vibrio cholerae : Recherche des facteurs spécifiques de cette réponse. 5 ème Semaine Lundi 1 er Octobre 2012 Présentation de la réponse SOS, V. cholerae, l effet des antibiotiques (Zeynep Baharoglu) Conjugaison mariner et étalement sur milieu sélectif PCR sur colonie pour surexpression et purification (Kit Qiagen) Migration sur gel et purification Mardi 2 Octobre 2012 Séminaire Jeannette Winter (11h00) Conjugaison du vecteur de sélection SOS-toxique Clonage du gène dans ptopo et transformation (choc thermique) PCR des fragments PCR assemblage sur plasmide Mercredi 3 Octobre 2012 Enrichissement grâce à une culture de jour contenant des antibiotiques et étalement sur milieu sélectif de mutants SOS PCR sur colonie et migration sur gel pour identifier les vecteurs contenant un insert Purification sur gel et assemblage par PCR des 3 fragments Jeudi 4 Octobre 2012 Présentation de l'outil MaGe (José Escudero) Re-striages des grosses spec-résistantes Miniprep (Qiagen) des ptopo-insert et migration sur gel Transformation naturelle V. cholerae Sensibilité au peroxyde d hydrogène : gouttes V. cholerae et E. coli sauvages Vendredi 5 Octobre 2012 Séminaire Ivan Matic (11h00) 2 séries de PCR semi-aléatoires sur colonies, migration et purification sur gel. Préparation des échantillons pour séquençage Les conférences du Cours de Microbiologie Générale ont lieu dans la SALLE DE COURS 1 Les travaux pratiques ont lieu dans la salle TP du 1 er étage du Centre d Enseignement (PLM, Bât. 09, Institut Pasteur)

11 Travaux Pratiques II : Induction de la réponse SOS par des antibiotiques ne produisant pas de dommages à l ADN, chez Vibrio cholerae : Recherche des facteurs spécifiques de cette réponse. Lundi 8 Octobre ème Semaine Préparation de E. coli sauvage (avec et sans le plasmide Pint-GFP) CaCl2 compétentes et transformation par le vecteur de sur-expression PCR sur colonie pour vérifier la délétion, migration sur gel Sensibilité au peroxyde d hydrogène : gouttes V. cholerae sauvage et différents mutants fournis Mardi 9 Octobre 2012 Oraux Biodiversité Courbes de croissance V. cholerae (tobramycine) Analyse des résultats de séquence (Informatique) Analyse, Blast, bibliographie... Mercredi 10 Octobre 2012 Analyse des résultats de séquence (Informatique) Analyse, Blast, bibliographie... Détection de la fréquence de mutations sur rifampicine après traitements antibiotique, différents mutants fournis. Courbes de croissance E. coli (tobramycine) Jeudi 11 Octobre 2012 Cytométrie de flux (par groupes) pour voir l'effet des surexpressions sur SOS en présence d'antibiotiques Sensibilité au peroxyde d hydrogène : gouttes V. cholerae et mutants obtenus Tests de motilité V. cholerae et mutants obtenus Tests UV V. cholerae et reca et autres mutants obtenus Vendredi 12 Octobre 2012 Détection de la fréquence de mutations sur rifampicine après traitements antibiotique, V. cholerae et mutants obtenus Courbes de croissance V. cholerae (tobramycine) différents mutants fournis Les conférences du Cours de Microbiologie Générale ont lieu dans la SALLE DE COURS 1 Les travaux pratiques ont lieu dans la salle TP du 1 er étage du Centre d Enseignement (PLM, Bât. 09, Institut Pasteur)

12 Travaux Pratiques II : Induction de la réponse SOS par des antibiotiques ne produisant pas de dommages à l ADN, chez Vibrio cholerae : Recherche des facteurs spécifiques de cette réponse. 7 ème Semaine Lundi 15 Octobre 2012 Bilan Mardi 16 Octobre 2012 Réponses aux questions Travaux Pratiques III : Etude de l effet des ions calcium sur la formation de biofilms bactériens APRES_MIDI : Début des Travaux Pratiques III Intervention Jean-Marc Ghigo sur les biofilms bactériens Observation de l'effet de la présence d'ions divalents sur la formation de biofilm dans un modèle en tube Mercredi 17 Octobre 2012 Conclusion sur le rôle du calcium Effet du calcium sur la croissance de E. coli Extension du phénotype anneau dans un modèle en microplaques Jeudi 18 Octobre 2012 Effet de chélateurs sur le phénotype anneau Localisation du calcium dans l'anneau formé (utilisation de terbium et microscopie) Détermination de la présence de bactéries ou non dans l'anneau par observation au microscope et comptage de CFU Préparation des produits de PCR pour construction de fusions lacz Vendredi 19 Octobre 2012 Effet du calcium sur l'adhésion initiale de E. coli (test d'adhésion sur lame) Effet du calcium sur le morphotype de E. coli sur boite Préparation de cellules compétentes, transformation des produits de PCR correspondant aux fusions lacz Préparation d'extraits membranaires de E. coli en présence ou absence de calcium Les conférences du Cours de Microbiologie Générale ont lieu dans la SALLE DE COURS 1 Les travaux pratiques ont lieu dans la salle TP du 1 er étage du Centre d Enseignement (PLM, Bât. 09, Institut Pasteur)

13 Travaux Pratiques III : Etude de l effet des ions calcium sur la formation de biofilms bactériens 8 ème Semaine Lundi 22 Octobre 2012 Analyse des protéines membranaires de E. coli avec ou sans calcium Analyse par PCR des candidats portant les fusions lacz Mardi 23 Octobre 2012 Effet du calcium sur l'agrégation des cellules de E. coli entre elles Caractérisation biochimique de l'anneau par des traitements enzymatiques Vérification par PCR de la délétion présente dans différents mutants de facteurs d'adhésion Mercredi 24 Octobre 2012 Intervention sur les facteurs d adhésion présents chez E. coli, C. Beloin Analyse du phénotype anneau calcium dépendant dans des mutants de facteurs d'adhésion Préparation d'extraits protéiques totaux pour immunodétection de la beta-galactosidase (fusions lacz) Vérification par PCR de la délétion présente dans différents mutants du LPS Jeudi 25 Octobre 2012 Migration des échantillons protéiques (fusions lacz) et transfert Mesure des activités beta-galactosidase Préparation des LPS des mutants LPS fournis Vérification par PCR de la délétion présente dans différents mutants de régulateurs Vendredi 26 Octobre 2012 Migration et révélation des LPS Révélation par immunodétection de la protéine beta-galactosidase (fusions lacz) Analyse de l'implication de régulateurs connus dans le phénotype anneau Ensemencement collection Keio afin d'analyser l'implication de l'ensemble des gènes de E. coli dans le phénotype anneau Les conférences du Cours de Microbiologie Générale ont lieu dans la SALLE DE COURS 1 Les travaux pratiques ont lieu dans la salle TP du 1 er étage du Centre d Enseignement (PLM, Bât. 09, Institut Pasteur)

14 Travaux Pratiques III : Etude de l effet des ions calcium sur la formation de biofilms bactériens 9 ème Semaine Lundi 29 Octobre 2012 Révélation des biofilms en microplaques de la Keio collection Lancement des cultures pour observation phénotype mutants Keio et LPS Lancement des cultures d'autres bactéries Mardi 30 Octobre 2012 Généralisation de l'effet calcium sur d'autres bactéries Analyse du phénotype anneau dans les mutants LPS et les mutants choisis de la Keio collection Préparation du Bilan et de l'examen final Mercredi 31 Octobre 2012 Examen final Les conférences du Cours de Microbiologie Générale ont lieu dans la SALLE DE COURS 1 Les travaux pratiques ont lieu dans la salle TP du 1 er étage du Centre d Enseignement (PLM, Bât. 09, Institut Pasteur)

15 MODALITES DES EXAMENS Examen sur la partie "conférences" (note sur 20) Un compte-rendu écrit doit être remis en 4 exemplaires au secrétariat des Enseignements avant le 1 er octobre 2012 à 16h. Format : le document de 4 pages maximum doit être écrit en Times new roman 11, interligne 1,5, marges de 2 cm. La langue sera l anglais ou le français. Contenu : le texte doit traiter un des sujets proposés par les encadrants (chaque sujet correspond à un thème abordé dans au moins trois conférences). Il s agit de faire une synthèse sur un sujet, en aucun cas le résumé d une ou de plusieurs conférences. Le compte-rendu comprendra : le titre du sujet, le nom des conférences et des conférenciers évoqués un résumé synthétique de 5 lignes en anglais une introduction à la thématique, une présentation des éléments provenant de chacune des conférences sélectionnées, une partie de discussion/perspectives sur le sujet. Une page de figures pourra être fournie en annexe (pas obligatoire). Quelques références bibliographiques pourront être citées. Examens sur la partie Travaux Pratiques de laboratoire (note sur 60) Contrôle continu: note attribuée par les équipes de TP note sur 15 (3 x 5) Partie I : Biodiversité Examen oral le mardi 9 octobre 2012 (note sur 15) Il s agit de présenter, sous forme de communication orale, les résultats obtenus, de les analyser, d en faire une synthèse et de les discuter. Proposer dans la dernière diapositive un projet de recherche pour poursuivre cette étude. Durée: 10 mn Questions du jury: 5 mn Organisation de la présentation:. exposé non public de chaque étudiant devant le jury. diapositives (logiciel Power Point) en anglais Partie II : Induction de la réponse SOS par des antibiotiques ne produisant pas de dommages à l'adn, chez Vibrio cholerae : recherche de facteurs spécifiques de cette réponse. Le cahier de laboratoire sera noté (note sur 5) Un compte rendu écrit doit être remis en 4 exemplaires au secrétariat des Enseignements avant le 9 novembre 2012 (note sur 10) Format : le document de 4 pages maximum doit être écrit en Times new roman 11, interligne 1,5, marges de 2 cm. La langue sera l anglais ou le français. Contenu : Un article scientifique en français relatant les résultats obtenus dans les TP Le compte-rendu comprendra : Titre et auteurs Résumé (6 à 10 lignes maximum) Introduction (1/2 page) Matériel et méthodes (1/2 page) Résultats (propres au binôme) (2 pages) Discussion (1 page) Bibliographie (10 références maximum) Figures (3 pages maximum de figures et tableaux accompagnés de légendes) Partie III : Etude de l'effet des ions calcium sur la formation de biofilms bactériens Le cahier de laboratoire sera noté (note sur 5) Examen oral le mercredi 31 octobre 2012 matin (note sur 10) Il s'agit de répondre à l'une des 10 questions sur les travaux pratiques qui seront posées par les encadrants (liste des questions diffusée le 4 octobre 2011). Un document Power Point sera préparé par l'ensemble des étudiants et servira de support à la réponse aux questions. Chaque binôme tirera au sort une question au moment de l'oral et y répondra devant le jury. L'ensemble des étudiants assistera à la session d'oral. Durée : 6 mn (2 x 3 mn) Question du jury : 5 mn