sac emer/l. Louber Ifr

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1 Rapport annuel 2013

2 Ifremer/L. Loubersac

3 Avant-propos...4 Quelques faits marquants de l année...6 L Ifremer : histoire, enjeux, missions, organisation...12 Les activités scientifiques de l institut...24 Outre-mer, Europe et international...50 Les infrastructures de recherche...58 L appui aux politiques publiques...72 Les activités de valorisation...82 Le dialogue entre science et société...86 La vie de l établissement...94 Annexes...112

4 Avant-propos 2013 aura été pour l Ifremer une année placée sous le signe de la préparation de l avenir. L institut a ainsi L année mené la révision de son plan stratégique. Ce travail, fruit d une large concertation interne, clarifie le positionnement de l institut. Présenté en juin au conseil d administration, ce nouveau plan stratégique a été la base du travail mené pour la contractualisation future avec l État. L Ifremer est un organisme de recherche. C est dire à quel point les moments où il se soumet à une évaluation extérieure et où il définit ses orientations stratégiques sont des rendez-vous importants. En effet, l excellence ou la pertinence scientifique ne se décrète pas ; elle se démontre sous l œil extérieur des pairs. Les années 2012 et 2013 ont été l occasion d un passage en revue d une très large part des unités de recherche de l institut et d un examen d ensemble de la politique scientifique de ce dernier. Cette évaluation de l institut, menée par l Agence d évaluation de la recherche et de l enseignement supérieur (Aeres), souligne la qualité des travaux menés, la reconnaissance internationale des équipes, la capacité à couvrir de manière intégrée le champ des sciences marines et à se déployer sur un large spectre d activités, allant de la recherche académique à l appui aux politiques publiques. Elle met aussi en évidence des pistes de progrès : vigilance quant à la possible dispersion des travaux et recherches, conséquence directe des multiples sollicitations auxquelles doit répondre l Ifremer, insuffisante formalisation de la doctrine en matière de transfert de valorisation. Ces conclusions inspireront les évolutions à venir de l institut, qui s appuieront sur la très forte motivation des équipes, elle aussi soulignée par l Aeres. Autre illustration de ce dynamisme : en 2013, plus de quatre cent cinquante publications scientifiques référencées au niveau mondial dans le Web of Science sont issues de l Ifremer ; elles n étaient que deux cent soixante-seize en L année a aussi vu la préparation par les unités de recherche de la région Languedoc-Roussillon de leurs nouveaux projets, qui démarreront en janvier Ce sera l occasion de changements importants pour l Ifremer. Trois laboratoires jusqu ici distincts (le laboratoire Environnement Ressources de Sète, le laboratoire de recherche halieutique de l actuelle UMR Écosystèmes marins exploités de Sète et l équipe Biologie des organismes marins exploités de l actuelle UMR Intensification raisonnée pour une pisciculture durable à Montpellier) ont décidé de se regrouper au sein d une future unité mixte de recherche associant le CNRS, l IRD et l université de Montpellier II, qui constituera un pôle régional majeur dans le domaine des sciences marines. L année 2013 aura également connu l évaluation de l institut Carnot Edrome, formé au sein de l Ifremer. Cette expertise a souligné à la fois l excellent niveau atteint par l institut, avec la satisfaction des objectifs initialement impartis, mais aussi une réelle capacité de ressourcement scientifique. La position de l Ifremer à l interface entre recherche et appui aux politiques publiques l amène à intervenir en appui de la puissance publique dans la gestion des crises, comme pour l épisode de surmortalité d huîtres, qui a touché cette année non seulement les juvéniles, mais aussi les adultes. L institut a été sollicité

5 tant dans le domaine de la collecte d information que dans celui de la recherche, avec la caractérisation des effets de la bactérie Vibrio aestuarianus associée aux mortalités d huîtres adultes. Ce volet des travaux de l institut est exemplaire à la fois de la pertinence de son approche, des difficultés associées et des précautions à prendre : le caractère sensible du sujet soumet les équipes à des débats nourris. Face à ces controverses, il incombe à l institut de restituer jour après jour la connaissance dont il dispose, en explicitant comment elle se bâtit sur le long terme et quelles sont ses incertitudes. C est une ascèse alors que le secteur professionnel concerné est en attente, de façon bien compréhensible, de réponses définitives et immédiates qui ne sont pas disponibles. Dans le domaine de l appui aux politiques publiques, l institut a largement contribué à l élaboration du programme de surveillance voulu par la directive cadre Stratégie pour le milieu marin (DCSMM). S appuyant sur ses recherches, l institut identifie les paramètres et les processus de contrôle et de surveillance de l environnement marin. Il est ainsi en situation de définir au mieux l outil le plus performant pour répondre aux attentes de la puissance publique, tout en faisant valoir ce que sont ses responsabilités et son champ d intervention. Un tel processus devrait faire école. L Ifremer, l un des quatre organismes fondateurs de l unité mixte de services Flotte océanographique française, a contribué en 2013 à l élaboration conjointe d un plan pluriannuel d évolution de la flotte, afin que celle-ci continue à soutenir une recherche de qualité. C est la première fois que les quatre opérateurs de flotte finalisaient ainsi une telle synthèse. L année aura aussi été une période de transition pour la direction de l institut. Jean-Yves PERROT a quitté la présidence de l Ifremer en août 2013 après avoir dirigé l institut pendant près de huit ans. Qu il soit ici remercié de son action. Enfin, le dernier trimestre de l année 2013 aura permis d entrer dans la préparation du futur contrat d objectifs entre l État et l Ifremer. Un bilan d ensemble de la situation de l institut a été dressé, des pistes de progrès et des priorités identifiées, qui nourrissent le texte du futur contrat qui sera soumis aux ministres de tutelle de l institut en Ce contrat est avant tout un outil et non une solution. Il est l occasion d un partage entre les ministères et le personnel de l institut. Il offre une opportunité de concentrer les efforts de l institut sur ses domaines d intervention essentiels, de développer ses partenariats, de clarifier les attentes et de faire en sorte qu elles soient en adéquation avec les ressources. À nous de fixer ce cap, de relever collectivement les nombreux défis qui se profilent et de bâtir ainsi l Ifremer des dix prochaines années. François JACQ Président-directeur général de l Ifremer

6 6 Quelques faits marquants de l année L évaluation de l institut par l Aeres : un encouragement vis-à-vis du travail des équipes et un apport précieux pour le prochain contrat d objectifs. L I f r e m e r u n i q e s t u e u a n u o u p l t a i l n e u r o p é e n

7 7 L es unités de recherche de l Ifremer sont régulièrement évaluées par l Agence d évaluation de la recherche et de l enseignement supérieur (Aeres). Les évaluations menées en ont mis en évidence l excellence scientifique des unités et la contribution des unités de recherche et de leurs laboratoires aux enjeux sociaux. Ceci constitue un motif de satisfaction pour l institut, qui y voit la reconnaissance de la qualité de ses équipes et de la pertinence de leurs problématiques de recherche. Au-delà de l évaluation des unités, celle de l établissement, qui concerne son pilotage, a également été menée en 2012 et Ses conclusions rejoignent celles concernant les unités de recherche sur la grande qualité globale des travaux, la reconnaissance internationale des équipes. Le bilan dressé Ifremer/S. Vandoolaeghe de la nouvelle organisation mise en place en 2011 est également jugé positif. Toutefois, des points de vigilance ou des pistes de progrès ont été identifiés. Le rapport met ainsi en évidence l implication encore inégale dans le partenariat académique, la dispersion des activités qui apparaît comme une conséquence directe des multiples commandes et sollicitations que reçoit l Ifremer, l absence d une politique de transfert et de valorisation suffisamment formalisée. L Aeres suggère ainsi de mieux veiller au contrôle de cette dispersion. La poursuite de l insertion dans le tissu académique est également recommandée, l une des voies étant d allouer de plus amples moyens à la politique doctorale et à l incitation partenariale. Le comité de visite a également noté la complexité de gouvernance interne, en partie héritée d un spectre très large d activités, assorti d une répartition géographique très dispersée. L analyse de l Aeres a identifié des pistes de réflexion sur l orientation et les modalités de partenariat académique pour plusieurs unités afin de faire évoluer leur projet scientifique. L Ifremer s est saisi de ces conclusions et a engagé une réflexion interne, au sujet de laquelle le comité scientifique de l institut sera consulté quant aux suites à donner. L Ifremer est, du fait de son continuum d activités et de la diversité de ses compétences, un outil unique au plan européen. Dans la période actuelle, c est bien ce continuum qu il convient de mieux organiser et exploiter, alors même que des tendances centrifuges peuvent se faire jour. L évaluation de l Aeres vient doublement conforter la politique menée par l institut : en saluant la qualité des travaux menés et la reconnaissance gagnée par l institut aux plans national et international ; en identifiant quelques chantiers importants pour les années à venir : régulation de la commande publique, formalisation de la stratégie de valorisation, renforcement du partenariat académique et adaptation de la stratégie scientifique de quelques unités. L institut a ainsi bénéficié, avec cette évaluation, d un apport précieux pour le travail de préparation du contrat d objectifs entre l État et l Ifremer, qui devra être conclu au cours de l année 2014.

8 8 La connaissance de l océan, une des clés pour la compréhension du climat est le principal réservoir qui modère l accumulation du dioxyde de carbone (CO 2 ) L océan dans l atmosphère, facteur majeur du réchauffement climatique. La compréhension des mécanismes à l origine du stockage du CO 2 dans l océan est donc essentielle pour mieux prévoir l évolution du climat. Aujourd hui, environ un quart du CO 2 émis par l homme est absorbé par l océan et l océan Atlantique Nord (jusqu aux mers arctiques) qui ne représente que 13 % de la surface de l océan mondial, en absorbe environ un tiers. Entre 1990 et 2006, une diminution des capacités l absorption de CO 2 atmosphérique par l océan Atlantique Nord subpolaire a été constatée. Des travaux, menés dans le cadre du projet international Ovide et impliquant des chercheurs de l Ifremer, du CNRS et de son homologue espagnol, le CSIC, ont permis d acquérir des données au cours de campagnes transocéaniques répétées d observation de l océan. > Circulation schématique et taux d accumulation moyen du CO 2 anthropique dans l océan Atlantique Nord en molc par m 2 et par an (couleur). Les flèches noires indiquent les courants de surface (GS : Gulf Stream ; NAC : courant Nord Atlantique), les grises les courants intermédiaires (LSW : eau du Labrador) et les blanches les courants profonds (DSOW et ISOW : eaux passant les seuils Groenland-Écosse vers le sud). Celles-ci ont contribué à déterminer les changements de circulation et du transport du CO 2 et à évaluer le bilan de CO 2 dans l Atlantique Nord à partir de son accumulation et de son transport par les courants. Dans cette étude, l Atlantique Nord a été décomposé en deux régions principales : subtropicale et subpolaire, pour comprendre où le CO 2, en particulier le surplus anthropique (d origine humaine), est absorbé. Pl usieurs conclusions ont pu être proposées pour la période L absorption du CO 2 anthropique a eu lieu presque exclusivement dans le gyre subtropical (un gyre océanique est un tourbillon d eau formé d un ensemble de courants marins. Il est provoqué par la force de Coriolis), mais il est transporté vers le gyre subpolaire par la circulation méridienne. Le ralentissement de la circulation méridienne est le principal responsable de la diminution du transport du CO 2 anthropique du gyre subtropical vers le gyre subpolaire, ce qui contribue à limiter le stockage du CO 2 anthropique dans les eaux profondes. La circulation méridienne apporte de l eau non saturée en CO 2 en provenance de l Atlantique Sud. Son ralentissement contribue à augmenter la teneur de CO 2 en surface dans l Atlantique Nord et donc à limiter le transfert du CO 2 de l atmosphère vers l océan. Ces résultats aident à comprendre les interactions entre océan et atmosphère et leur impact éventuel sur les phénomènes climatiques, en mettant en évidence l importance des transformations en cours dans le domaine climatique. Ces travaux sont une contribution au programme mondial de recherche sur le climat et au projet européen Carbochange. Ils sont emblématiques des efforts de l institut pour apporter sa connaissance de l océan au service des grands enjeux scientifiques et politiques, dont le changement global et climatique constitue un exemple majeur. Le travail mené s est concrétisé par une publication : Atlantic Ocean CO 2 uptake reduced by weakening of the meridional overturning circulation, Nature Geosciences, 6,

9 Quelques faits marquants de l année 9 Le renouvellement des instances de conseil de l institut P our progresser dans ses travaux, l Ifremer dispose d instances de conseil à même de l orienter. Les deux principales sont le conseil scientifique et le comité technique et industriel. En 2012, le comité technique et industriel a été mis en place sous la présidence de Jacqueline LECOURTIER, qui était jusqu à peu directrice générale de l Agence nationale pour la recherche (ANR). Ce comité a pour tâche de conseiller l institut en matière de développement technologique et industriel, afin qu il puisse déterminer les domaines potentiellement les plus pertinents pour rechercher des partenariats et afin de valoriser ses compétences. Son rôle est d autant plus important que l institut entend, conformément aux recommandations de l Aeres, mieux formaliser sa stratégie en matière de valorisation. En 2013, le conseil scientifique a été entièrement renouvelé. Sa composition essaie de refléter au mieux la diversité des champs disciplinaires de l Ifremer et de ses partenaires. Présidé par Pascale DELÉCLUSE, directrice de recherche au CNRS et directrice ajointe de la recherche de Météo-France, le nouveau conseil s est réuni pour la première fois en novembre Il a défini son programme de travail : exploitation de l évaluation Aeres et examen des suites à donner, évaluation des unités technologiques, réflexion sur le réseau des laboratoires Environnement Ressources, politique scientifique et contrat d objectifs État-Ifremer. Cette contribution sera majeure alors que l Ifremer doit élaborer son futur contrat avec l État et revisiter les projets scientifiques de nombre de ses unités. Par ailleurs, le conseil scientifique est associé aux travaux du conseil d administration par l intermédiaire de sa présidente, qui y présente régulièrement ses travaux. Lancement d un programme de recherches de cinq ans associant Total, l Ifremer et la communauté scientifique sur l exploration des marges continentales U n programme de recherche pluriannuel a été élaboré entre Total et Ifremer. Intitulé Pamela (Passive Margin Exploration Laboratories), il vise l exploration des marges en intégrant des sujets comme la structure géologique, la distribution des corps sédimentaires, les instabilités, les fluides et les écosystèmes. L objectif est d explorer des thèmes scientifiques d intérêt commun : l évolution thermique d une marge, la répartition spatiale et temporelle des dépôts d un système sédimentaire au cours d un cycle climatique, la caractérisation des systèmes carbonatés, l enregistrement du niveau marin, la connexion au pied de pente de lobes et levées sédimentaires, la part relative de divers facteurs (profil du canyon, nature et volume des sédiments) sur l efficacité de transport des canyons, l influence de la nature des sédiments sur le comportement des hydrates, la détection de panaches dans la colonne d eau, les écosystèmes associés aux sorties de fluides, la biodiversité des plateformes carbonatées sous-marines, etc. Au-delà des deux partenaires, Total et Ifremer, ce projet associe beaucoup plus largement la communauté académique et universitaire via le CNRS et plusieurs universités, en particulier celles qui participent au groupement de recherche Marges. Pour l Ifremer, le 16 juillet 2013, Jean-Yves PERROT, président-directeur général et Yves-Louis DARRICARRIÈRE, directeur général Upstream de Total, ont signé un accord-cadre, Pamela, qui définit le cadre de coopération entre les deux acteurs. Deux premières déclinaisons sont à noter : le projet Pamela-Gazcogne, qui porte sur la cartographie et la caractérisation d émanations de fluides avec des campagnes océanographiques réalisées dès 2013 ; le projet Pamela-Paprica, qui se focalise sur les interactions entre dépôts turbiditiques, gravitaires et contouritiques. Le programme se poursuivra en 2014 avec des campagnes d exploration dans l océan Indien. Ce programme souligne l intérêt de coopération de long terme sur des thèmes scientifiques partagés, associant industriels, universités et établissements de recherche et permettant de donner une visibilité pluriannuelle aux laboratoires.

10 10 Une année marquée par une forte implication dans le domaine de la conchyliculture D ans un contexte de mortalités massives de coquillages constatées ces dernières années, l Ifremer a apporté son soutien à la profession ostréicole au travers de l observation de ces événements et de la surveillance des agents infectieux grâce à ses réseaux, mais également de travaux de recherche spécifiques concernant les processus impliqués dans les interactions hôte/environnement/agents infectieux conduisant à ces mortalités massives. En 2013, des mortalités anormales d huîtres creuses adultes, Crassostrea gigas, ont été rapportées dans plusieurs bassins de production. Un premier signal avait déjà été enregistré au cours de l été Le caractère inhabituel de ces mortalités avait amené l Ifremer à proposer au ministère chargé de l Agriculture un programme spécifique de recherche dès L Ifremer a analysé en 2013 des échantillons d huîtres marchandes en vue d une recherche d agents infectieux (bactéries, virus, parasites). Sur les échantillons analysés, la bactérie Vibrio aestuarianus a été retrouvée dans tous les lots d huîtres adultes. Cette bactérie est déjà connue comme capable d induire des mortalités chez l huître creuse au stade adulte. Elle est présente dans le milieu marin et fait l objet d une surveillance depuis une dizaine d années. En outre, plusieurs programmes de recherche de l Ifremer ou impliquant l institut incluent des études sur cette bactérie (projets Aestu, Bivalife, Gigassat, Gimepec). Si la bactérie est sans doute responsable de la mort des animaux, l explication du phénomène est probablement plus complexe, faisant intervenir des interactions entre l huître, la bactérie et l environnement, dans un cadre de changement global. En 2013, le contexte climatique particulier a pu favoriser la multiplication de la bactérie dans l environnement ou rendre les huîtres plus sensibles à l infection. L Ifremer a également comparé des souches bactériennes collectées en 2012 et en 2013 avec des souches collectées au cours des années Les analyses réalisées suggèrent qu il n y a > Table et poches d huîtres En 2013, le contexte climatique particulier a pu favoriser la multiplication de la bactérie dans l environnement ou rendre les huîtres plus sensibles à l infection. pas eu émergence d une souche particulièrement plus virulente ces deux dernières années. Dans le contexte des épisodes de mortalités massives liées à divers agents infectieux (virus OsHV-1, bactéries du genre Vibrio), observés chez l huître creuse ces dernières années, l Ifremer s est montré un acteur proactif en proposant une refonte de la surveillance des maladies infectieuses. Les objectifs de la surveillance ont été recentrés sur la détection précoce des phénomènes émergents afin d optimiser les chances de maîtriser leur propagation, difficilement contrôlable en milieu aquatique. L Ifremer poursuit également des travaux de recherche dans des domaines variés (génétique, reproduction, nutrition, zootechnie, pathologie, immunité, santé publique ou économie) au travers de différents projets financés. Ifremer/C. Montagnani

11 Quelques faits marquants de l année 11 Il est aussi intéressant de mentionner les travaux effectués plus en amont menés par l Ifremer au sein de l unité mixte de recherches 5119 (Écosym, unité BOME, université Montpellier II), sur le rôle des différents pathogènes viraux ou bactériens (Vibrio splendidus, V. aesturianus et OsHV-1 µvar) dans l induction de l immunité innée aboutissant à une réponse efficace ou non lors des épisodes infectieux. Les mécanismes moléculaires impliqués dans la réponse antivirale sont encore largement méconnus chez les mollusques. Des études in vivo ont été réalisées afin de mettre en évidence l existence d une réponse antivirale inductible chez l huître. Lors de deux expériences indépendantes, un homologue synthétique d ARN double brin (poly I:C) a été injecté vingtquatre heures avant celle d une suspension du virus OsHV-1 µvar. Cette expérience a montré la possibilité d induire une protection des huîtres contre l infection (diminution significative de la charge virale de 89 %). Cette stimulation de l immunité est indépendante de la séquence ARN injectée, mais spécifique de la réponse antivirale. L analyse de l expression de gènes candidats connus pour leur implication dans la réponse antivirale a par ailleurs montré que la réponse initiée présentait des similitudes avec celle de la voie de production des interférons, caractéristique de la réponse antivirale chez les vertébrés. Green T. J., Montagnani, C., Poly I:C induces a protective antiviral immune response in the Pacific oyster (Crassostrea gigas) against subsequent challenge with Ostreid herpesvirus (OsHV-1 muvar). Fish Shellfish Immunol., 35, > Prélèvements sur huîtres juvéniles pour l étude de la réponse antivirale à OsHV-1 Ifremer/C. Montagnani

12 12 L Ifremer : histoire, enjeux, missions, organisation Historique de l institut de l Ifremer mêle deux traditions différentes. La première, liée au domaine des pêches maritimes, remonte au service technique des pêches maritimes, dont l origine se situe dans la L histoire seconde moitié du XIX ème siècle. Aboutissement de ce processus, l Office scientifique et technique des pêches maritimes fut créé par la loi de finances du 31 décembre 1918, puis prit, le 14 octobre 1953, L I f r e m l a f u s i o n e r d u e s t C n n e é x o l e e t 5 j d e u i n l 1 9 I S 8 4 d e T P M

13 13 la dénomination d Institut scientifique et technique des pêches maritimes (ISTPM). La seconde est liée à l essor de l océanographie. Elle renvoie au développement, voici plus d un siècle, de mesures et de campagnes d exploration océaniques. Après la seconde guerre mondiale, quand émergèrent de grands organismes de recherche spécialisés comme le CNES ou le CEA, fut créé un Comité d exploitation des océans, le Comexo, qui donna ensuite naissance au Cnexo, créé par la loi 67-7 du 3 janvier 1967 et appelé à devenir un organisme spécialisé en charge de l exploration des océans, doté d une forte composante technologique. L Ifremer est né le 5 juin 1984 de la fusion du Cnexo et de l ISTPM. De par son décret de création, l Institut français de recherche pour l exploitation de la mer a pour missions de conduire et de promouvoir des recherches fondamentales et appliquées, des actions d expertise et des actions de développement technologique et industriel destinées à : connaître, évaluer et mettre en valeur les ressources des océans et permettre leur exploitation durable ; améliorer les méthodes de surveillance, de prévision d évolution, de protection et de mise en valeur du milieu marin et côtier ; favoriser le développement socio-économique du monde maritime. Ifremer/O. Dugornay

14 14 Enjeux scientifiques et techniques D ans un contexte marqué par le changement global et le développement des usages de la mer, le milieu marin est soumis à des pressions croissantes : demandes fortes en matières premières ou en nourriture d origine marine, démographie croissante sur les littoraux, imprégnation par des polluants et des déchets. Ces évolutions, et les risques de dommages irréversibles qui peuvent en résulter, suscitent une forte demande sociale. Un défi majeur doit être relevé : la capacité de la Terre à supporter la présence de 9 milliards d êtres humains à l horizon Plus de 60 % de la population mondiale vivent aujourd hui à moins de 150 km des côtes, avec un impact direct sur les zones littorales sensibles. D autres interrogations concernent la capacité de la planète à nourrir ses habitants, son modèle de développement et les besoins qui vont l accompagner, notamment en énergies et en matières premières, enfin la capacité des milieux à supporter les conséquences de ces choix. Tous ces facteurs, locaux et globaux, contribuent à faire des océans et du milieu marin une «nouvelle frontière» pour l humanité. La France possède une place singulière, en particulier du fait de l étendue de son plateau continental, le deuxième au monde, qui lui permet d être présente sur trois océans. Elle possède aussi un atout avec l Ifremer, qui s est affirmé comme l un des instituts les plus intégrés dans le domaine des sciences marines. Cela est particulièrement crucial dans un contexte où les besoins d expertise, de connaissance et de développement apparaissent de plus en plus importants, nécessitant de surcroît une intégration des savoirs. Les sciences marines jouent un rôle essentiel pour éclairer les politiques publiques. Ce faisant, elles ouvrent une voie pour réconcilier protection et exploitation du milieu. La compréhension des écosystèmes, des processus qui les régissent et des services qu ils proposent, constitue en effet la condition sine qua non pour répondre aux défis auxquels nous sommes confrontés. Plus de 60 % de la population mondiale vivent aujourd hui à moins de 150 km des côtes, avec un impact direct sur les zones littorales sensibles. L AUV Aster X <

15 L Ifremer : histoire, enjeux, missions, organisation 15 Vocation de l Ifremer institut de recherche intégré en sciences marines, contribue au système L Ifremer, de recherche et d innovation national, ainsi qu à l espace européen de la recherche, par la production de : connaissances fondamentales dans une approche systémique qui permet de mieux appréhender les processus qui régissent les écosystèmes et de comprendre les changements qui les affectent ; résultats plus finalisés en réponse aux questions posées par la société, sur la base de ses capacités d observation, de surveillance et d expertise et venant nourrir l appui aux politiques publiques en matière de gestion de l environnement marin et de ses ressources ; résultats et technologies contribuant au développement économique, dans le cadre d un partenariat équilibré avec les différents acteurs économiques, dont le monde industriel. Pour répondre à cette vocation, l institut est impliqué dans une grande diversité de dispositifs de recherche et de partenariats. Ifremer/S. Vandoolaeghe > Intérieur du sous-marin Nautile il s investit dans une recherche d excellence, fondée sur des disciplines ou thématiques clefs. la recherche de l institut vient en appui au déploiement des politiques maritimes, qu il s agisse de la mise en œuvre de la directive cadre sur l eau (DCE), de la directive cadre Stratégie pour le milieu marin (DCSMM), de la politique commune des pêches (PCP), des stratégies nationales en matière de biodiversité. l institut s inscrit dans une logique de valorisation économique grâce à de nombreux partenariats avec le monde industriel ou économique, ce qui se traduit notamment par l existence d un institut Carnot Ifremer Edrome en son sein. la recherche en sciences marines se nourrit d une technologie de haut niveau dans de nombreux domaines comme l intervention sous-marine, les systèmes instrumentaux, les observatoires (côtiers, hauturiers, de fond de mer), les ressources minérales et énergétiques, la pêche et l aquaculture. L Ifremer intervient en tant qu ensemblier et intégrateur (architecture navires et engins, capteurs, matériaux, hydrodynamique). l institut est en charge d une grande partie de la flotte océanographique française, désormais rassemblée dans une unité mixte de service (UMS) avec les navires d autres partenaires. La qualité de l équipement scientifique de la flotte de l Ifremer est indissociable de l investissement technologique, réalisé en lien étroit avec les chercheurs et ingénieurs de l institut et ses partenaires industriels. Ifremer/S. Vandoolaeghe

16 16 L institut s appuie, au niveau national, sur un partenariat équilibré avec les universités et les organismes de recherche (notamment le CNRS et l IRD). Il est partenaire, depuis leur création, des alliances AllEnvi et Ancre. Il est moteur, aux niveaux européen et international, des initiatives de programmation concertée, qu il s agisse de recherche (par exemple l IPC Océans) ou d infrastructures (par exemple la flotte, les observatoires de fond de mer, les bases de données marines, les flotteurs Argo, etc.). Pour atteindre ses objectifs scientifiques et répondre pleinement à ses missions de formation et de diffusion des connaissances, l Ifremer développe une stratégie de coopération avec les universités et les organismes de recherche nationaux, au travers d unités mixtes de recherche (UMR), de fédérations de recherche (FR) et d une politique incitative dynamique de soutien aux groupements de recherche (GDR). Chacun de ces modes d association répond, de façon adaptée, à la recherche de complémentarités des compétences, des missions et des moyens. Institut national, l Ifremer est implanté sur le littoral métropolitain et ultra-marin, dans une logique de proximité avec ses partenaires académiques, mais aussi avec les acteurs du monde socio-économique maritime. La concentration d une partie importante de ses moyens et de ses effectifs sur le site de Brest a permis à l institut de s investir très fortement dans le labex Mer. Cette dynamique de coopération sera poursuivie par le soutien à la politique de rayonnement international du labex afin d accroître la visibilité et l attractivité de l Ifremer. > Bassin d essais du centre Ifremer Bretagne Organisation de l institut Son organisation territoriale repose sur : un siège social situé à Issy-les-Moulineaux (Hauts-de-Seine), cinq centres, couvrant une ou plusieurs régions ou territoires : Atlantique (géré depuis Nantes), Bretagne (géré depuis Brest), Manche-mer du Nord (géré depuis Boulognesur-Mer), Méditerranée (géré depuis La Seyne-sur-Mer), Pacifique (géré depuis Tahiti). Ifremer/O. Dugornay L océan offre un gisement de croissance pour l industrie. L une des ambitions de l Ifremer est de diffuser ses résultats scientifiques et développements technologiques vers les acteurs socio-économiques. À ce titre, un effort continu doit être soutenu par l institut pour réunir les conditions pérennes de la création de valeur, en confortant le processus de sensibilisation des équipes scientifiques au développement et à la valorisation économique, la détection des pistes à fort potentiel, la protection juridique, leur maturation, leur industrialisation et leur transfert vers le secteur privé pour aboutir à la fois à la création de valeur économique pour l institut et à la consolidation de l industrie nationale.

17 L Ifremer : histoire, enjeux, missions, organisation 17 À ces centres sont rattachées une vingtaine de stations situées le long des côtes métropolitaines et d outre-mer. Les cinq centres (Manche-mer du Nord, Bretagne, Atlantique, Méditerranée et Pacifique) assurent au plan local le support aux équipes scientifiques et techniques et les relations avec les partenaires locaux, contribuant au montage de projets et au développement des coopérations. Depuis la mise en place de la nouvelle organisation en 2011, l institut est structuré en trois composantes principales : le volet scientifique et technologique, composé de la direction scientifique, de quatre départements thématiques qui rassemblent le personnel scientifique et technique et d une direction des moyens et opérations navals ; le volet appui à la recherche et l expertise, composé de six directions fonctionnelles (ressources humaines, finances, affaires juridiques, valorisation, communication, affaires européennes, internationales et outre-mer) et de l agence comptable ; le volet territorial, qui accueille les équipes dans son réseau d implantations. La direction scientifique Sous l autorité de la direction générale, la direction scientifique propose et met en œuvre la politique scientifique de l institut. Elle organise et anime sa prospective scientifique et technologique. Elle définit et met en œuvre la politique en matière de partenariat scientifique et technologique, la politique doctorale. Elle assure une veille scientifique et technologique à caractère national, européen et international. Elle pilote l évaluation scientifique de l institut et assure le rôle d interface avec les instances nationales d évaluation. Les départements scientifiques et technologiques Les quatre départements scientifiques et technologiques sont gestionnaires des moyens humains et budgétaires utilisés pour les recherches et les projets scientifiques et technologiques. Ils mettent en œuvre ces derniers et s assurent de leur bon développement. Chaque département : décline avec la direction scientifique le contrat d objectifs, le plan stratégique et formule les orientations scientifiques détaillées du département et les actions associées ; programme, coordonne et conduit les activités ou projets de recherche scientifique et technique ; produit des expertises et fournit des avis dans le cadre de l appui aux politiques publiques ; gère les moyens scientifiques expérimentaux ou les infrastructures de son ressort ; participe à la valorisation économique des activités de l institut (proposition, négociation des offres, conclusion des contrats). Chacun des quatre départements est composé d unités. Celles-ci peuvent être divisées en laboratoires de recherche et / ou services selon la taille et /ou le mode de structuration de l unité. Ifremer/O. Dugornay > Centre Ifremer du Pacifique

18 18 Le département Ressources biologiques et Environnement > Bac d élevage de bars à la station Ifremer de Palavas-les-Flots Ifremer/S. Vandoolaeghe L unité Halieutique Gascogne sud (HGS) laboratoire Ressources halieutiques de La Rochelle (LRHLR) laboratoire Ressources halieutiques d Anglet (LRHA) L unité Halieutique Méditerranée (HM), placée au sein de l UMR EME (IRD-UMD- Ifremer) L unité Écologie et Modèles pour l Halieutique (EMH) L unité Sciences et Technologies halieutiques (STH) laboratoire de Biologie halieutique (LBH) laboratoire Technologie, Biologie halieutique (LTBH) Il a pour mission d étudier et de mettre en valeur les ressources vivantes des océans, de permettre leur exploitation durable en contribuant au développement socio-économique du monde maritime, en particulier les secteurs de la pêche et de l aquaculture. L environnement marin est un système dynamique soumis à de fortes variabilités naturelles et anthropiques. Les pressions d origine anthropique sont diverses : exploitation des ressources vivantes, rejets de contaminants, changements globaux. Elles ont fortement augmenté au cours des dernières décennies, engendrant des évolutions importantes des écosystèmes marins et des usages qui en dépendent, en particulier sur la zone côtière. L amélioration du bon état écologique et des services rendus par les écosystèmes marins posent des questions complexes : fonctionnalité et biodiversité des écosystèmes, viabilité de l exploitation des ressources vivantes, politiques publiques de régulation des activités et des interactions entre usages. Cette complexité nécessite une grande intégration pluridisciplinaire. LE DÉPARTEMENT RBE COMPORTE LES UNITÉS SUIVANTES : L unité Économie maritime (EM) placée au sein de l UMR Amure (UBO-Ifremer) L unité Halieutique Manche/mer du Nord (HMNN) laboratoire Ressources halieutiques de Boulogne-sur-Mer (LRHBL) laboratoire Ressources halieutiques de Port-en-Bessin (LRHPB) > Bateaux de pêche en Méditerranée L unité Physiologie fonctionnelle des organismes marins (PFOM) au sein de l UMR Lemar (CNRS-IRD-UBO-Ifremer) laboratoire de physiologie des invertébrés (LPI) laboratoire Adaptation, Reproduction, Nutrition (ARN) L unité Biologie des Organismes marins exploités (BOME) au sein de l UMR Intrepid (Cirad-Ifremer) et Ecosym (CNRS-IRD-UM2- Ifremer) L unité Santé génétique et Microbiologie des Mollusques (SG2M) laboratoire Génétique et Pathologie des Mollusques marins (LGPMM) laboratoire Sécurisation des Productions en Conchyliculture (LSPC) laboratoire Santé, Environnement et Microbiologie (LSEM) L unité Biogéochimie et Écotoxicologie (BE) laboratoire d écotoxicologie (LEX) laboratoire des contaminants métalliques (LCM) laboratoire des contaminants organiques (LCO) Ifremer/I. Cheret

19 L Ifremer : histoire, enjeux, missions, organisation 19 L unité Biotechnologies des Ressources marines (BRM) laboratoire Bioraffinerie par Hydrolyse enzymatique (BiorafHE) laboratoire Écosystèmes microbiens et Molécules marines pour les Biotechnologies (EM3B) laboratoire Physiologie et Biotechnologie des Algues (PBA) Les unités outre-mer unité Ressources marines en Polynésie française (RMPF) au sein de l UMR EIO (IML-IRD-UPF-Ifremer) unité Lagons, Écosystèmes et Aquaculture durable en Nouvelle-Calédonie (LEADNC) unité Biodiversité et Environnement (Biodienv) en Martinique unité Biodiversité halieutique (Biodivhal) en Guyane délégation océan Indien (DOI) délégation de Saint-Pierre et Miquelon (SPM). LE DÉPARTEMENT REM COMPORTE LES UNITÉS SUIVANTES : L unité Étude des écosystèmes profonds (EEP) laboratoire de microbiologie des environnements extrêmes (LM2E) UMR (CNRS- UBO-Ifremer) laboratoire Environnement profond L unité Géosciences marines (GM) laboratoire Environnement sédimentaire laboratoire Géochimie et Métallogénie laboratoire Géophysique et Géodynamique service de cartographie et de traitement des données Le département Ressources physiques et Écosystèmes de fond de mer Il articule son activité autour de la localisation et de la compréhension des phénomènes de genèse des réserves minérales, énergétiques et des écosystèmes profonds. L étude des écosystèmes profonds a pour objectif de décrire la diversité biologique de ces écosystèmes et de comprendre les interactions entre les communautés biologiques et les structures minérales associées par des approches interdisciplinaires multi-échelles, de l écosystème à la molécule. Le département développe également des instruments pour effectuer des mesures in situ, mais aussi réaliser des expériences en laboratoires, nécessaires aux études à mener. Le domaine océanique est un réservoir de ressources minérales (granulats, nodules, amas sulfurés, encroûtements...), énergétiques (pétrole et gaz, énergies marines renouvelables) et biologiques (biodiversité, molécules d intérêt industriel ), encore mal connues. Afin de mieux estimer les potentialités de ces réserves, la conduite de travaux de recherche fondamentale est, dans ce contexte, indispensable pour décrire la variété des processus géologiques, écologiques et biologiques qui s y déroulent, la diversité des écosystèmes abrités par l océan profond. Le département assure l animation et la gestion de l institut Carnot Ifremer-Edrome (label renouvelable tous les cinq ans) et de son comité d orientation scientifique et technique. > Préparation de la navigation d une campagne d exploration océanographique L unité Recherches et Développements technologiques (RDT) laboratoire Comportement des structures en mer laboratoire Détection, Capteurs et Mesures service Ingénierie et Instrumentation marines. > Observatoire «fond de mer» MeDON immergé devant l île de Molène Ifremer/StudioBen Ifremer/O. Dugornay

20 20 Le département Océanographie et Dynamique des écosystème Il couvre des activités portant sur la connaissance, l observation et la modélisation : de l océan physique à différentes échelles, de l océan global aux eaux de transition littorales, des écosystèmes côtiers pélagiques en se concentrant sur les premiers maillons trophiques, des écosystèmes benthiques côtiers. Ifremer/O. Dugornay LE DÉPARTEMENT ODE COMPORTE LES UNITÉS DE RECHERCHE SUIVANTES : Laboratoire Océanographie spatiale (LOS) Laboratoire de Physique des Océans (LPO) UMR (CNRS-UBO-IRD-Ifremer) équipe Dynamique de la variabilité océanatmosphère équipe Atlantique Nord : intérieur et marges Est équipe Marges de l Afrique australe et échanges Indien, Atlantique et Austral service Techniques d observation in situ Unité Dynamique de l Environnement côtier (Dyneco) laboratoire de physique hydrodynamique et sédimentaire (Physed) laboratoire d écologie pélagique (Pelagos) laboratoire d écologie benthique (Benthos) service Applications géomatiques (AG) service Valorisation de l information pour la Gestion intégrée et la Surveillance (Vigies) > Tempête en Bretagne En lien avec des recherches menées sur les méthodologies d observation et de diagnostic, le département assure la collecte de données issues d instruments in situ, de réseaux littoraux et de satellites. Il conçoit et met en œuvre des systèmes de traitement, d archivage et de diffusion de ces données et développe des outils de modélisation numérique visant à simuler le fonctionnement des écosystèmes marins et les échanges aux interfaces. Il contribue à la surveillance environnementale et sanitaire réglementaire des eaux littorales au travers des réseaux d observation et de surveillance qu il coordonne. Le département contribue à l approche écosystémique de l aquaculture et de la pêche en s appuyant sur son réseau de laboratoires Environnement Ressources établis sur le littoral métropolitain. > Mobesens : système autonome et mobile pour mesurer la qualité des eaux Unité Littoral laboratoire Phycotoxines (PHYC) neuf laboratoires Environnement Ressources (LER), couvrant l ensemble des façades maritimes de la métropole : - LER de Boulogne-sur-Mer (LERBL) - LER de Normandie (LERN) - LER de Bretagne Nord (LERBN) - LER de Bretagne occidentale (LERBO) - LER Morbihan-Pays de Loire ( LERMPL) - LER des Pertuis charentais (LERPC) - LER d Arcachon (LERAR) - LER Languedoc Roussillon (LERLR) - LER Provence-Azur-Corse (LERPAC). Ifremer/M. Gouillou

21 L Ifremer : histoire, enjeux, missions, organisation 21 Les laboratoires Environnement- Ressources interviennent dans les champs suivants : la collecte des données d observation et de surveillance de la mer côtière et du littoral, les recherches et études régionales menées en partenariat avec les laboratoires thématiques et centrées sur les écosystèmes littoraux et conchylicoles, l émission d avis vers les services déconcentrés de l État et et la production de rapports d expertises, la valorisation des connaissances par transfert auprès des acteurs locaux et régionaux. Le département Infrastructures marines et numériques Le département assure des services et mène des projets ayant pour objectif de créer et/ ou d améliorer en continu les infrastructures en appui de la recherche dans le domaine de la flotte et des instruments associés et des services informatiques. De plus, le département développe, programme et assure le renouvellement de l ensemble des infrastructures informatiques nécessaires à l institut. Il développe et gère également le centre de données océanographiques, qui recueille et met à disposition de la communauté scientifique des données sur le milieu marin. Il conçoit les logiciels d acquisition, de traitement, de dépouillement de données acquises en mer. Il prend en charge le développement et le suivi des systèmes d intervention, de reconnaissance et de surveillance sous marine à caractère opérationnel ou exploratoire. Le département propose, conçoit, réalise des projets technologiques pour l évolution des navires, des systèmes embarqués et des engins sous-marins, afin de répondre aux besoins de la communauté scientifique. Il développe et opère les systèmes d informations de données marines de l Ifremer, de collecte, de validation, de bancarisation et de diffusion des données dans le respect des directives nationales et européennes en vigueur. LE DÉPARTEMENT IMN COMPORTE LES UNITÉS SUIVANTES : Unité Informatique et Données marines (IDM) cellule Informatique de gestion cellule Web service Ingénierie des systèmes d information service Ressources informatiques et Communications service Systèmes d informations scientifiques pour la mer Unité Navires et Systèmes embarqués (NSE) service Acoustique sous-marine service Ingénierie des Logiciels embarqués service Navires et Équipements > Inspection en plongée des bases acoustiques et de la coque de la Thalassa Unité Systèmes sous marins (SM) service Positionnement, Robotique, Acoustique, Optique service Systèmes électroniques, électriques embarqués service Ingénierie d intervention et Développements mécaniques. Les moyens navals de la recherche océanographique française sont gérés depuis 2008 par l Ifremer, le CNRS, l IPEV et l IRD au sein de la très grande infrastructure de recherche Flotte océanographique française (TGIR FOF). La constitution, en 2011, d une unité mixte de service en soutien à la flotte océanographique française, commune à ces quatre organismes, a marqué une nouvelle étape, autour de trois objectifs : élaborer et mettre en œuvre une programmation intégrée des navires et des équipements lourds ; assurer la définition et la coordination du plan d évolution de la flotte, en prenant aussi en compte les besoins des opérateurs nationaux publics non membres de l UMS ; coordonner les politiques d investissement. Ifremer/O. Dugornay

22 Ifremer/S. Vandoolaeghe > Les hublots du sous-marin Nautile

23 L Ifremer : histoire, enjeux, missions, organisation 23 La direction des moyens et opérations navals Elle définit et met en œuvre la programmation de la flotte océanographique au service des diverses communautés utilisatrices, en interface avec l unité mixte de service (UMS) Flotte océanographique française. Elle pilote les investissements réalisés au service de la flotte. Elle veille à la bonne réalisation du programme des campagnes. Elle assure l interface avec le groupement d intérêt économique Genavir, qui arme la flotte de l Ifremer et de l IRD. Elle établit le bilan quantitatif des campagnes et gère les partenariats de l Ifremer dans le domaine. Au sein de la TGIR Flotte, l Ifremer possède et fait opérer, sous pavillon national, par le GIE Genavir, quatre des cinq navires hauturiers nationaux, trois des sept navires côtiers et la totalité des engins sous-marins et équipements lourds. L un des principaux atouts de la flotte Ifremer est l identification d équipes à vocation technologique et instrumentale au sein de l institut, qui développent et font évoluer ses équipements scientifiques et ses systèmes sous-marins. Organigramme de l Ifremer au 31 décembre 2013 Président-directeur général François JACQ Directeur général délégué Patrick VINCENT Coordination nationale qualité Philippe LE BRAS Agent comptable principal Orlando COLONNEAUX Direction scientifique Marie-Hélène TUSSEAU-VUILLEMIN Centre Manche / mer du Nord Dominique GODEFROY Directeur des ressources humaines par intérim Loïc GOURMELEN Département RBE Benoît BELIAEFF Centre Bretagne Antoine DOSDAT Direction des affaires financières et du contrôle de gestion Bertrand ABRAHAM Département REM Lionel LEMOINE Centre Atlantique Jacques BINOT Direction de l information scientifique, de la médiation, de la communication et des relations institutionnelles Pascale PESSEY-MARTINEAU Département ODE Jean-François CADIOU Centre Méditerranée Gérard RIOU Direction des affaires juridiques Béatrice ROCHET Département IMN Pierre COTTY Centre Pacifique Marc TAQUET Direction du développement et de la valorisation Corinne CHARONDIÈRE Direction des moyens et opérations navals Olivier LEFORT Direction des affaires européennes et internationales Gilles LERICOLAIS

24 I f 24 Les activités scientifiques de l institut Une année de recherche en perspective est l un des premiers contributeurs au développement des sciences et technologies marines. Rendre compte de la diversité des réalisations de l année 2013 n est pas aisé. L Ifremer La présentation retenue pour faciliter l approche consiste à aborder tout d abord les orientations stratégiques, en particulier les réflexions menées au cours de l année pour faire évoluer le plan stratégique, à donner quelques indications de nature globale sur la déclinaison de la politique scientifique et les indicateurs associés et, enfin, à présenter, de manière nécessairement un peu impressionniste, quelques résultats ou faits marquants de l année. L d é v e l o p p p r e m r e m e m e n i e e r r s t d e s t c e s l o n s u t r c i n i b e n d e u t c e s e u r s s m a a u r i n e s Ifremer/O. Dugornay

25 Les activités scientifiques de l institut 25 Actualisation du plan stratégique : contribution à une stratégie européenne et française de recherche en sciences marines à l horizon 2020 a actualisé son plan stratégique, en le recentrant autour de six axes L Ifremer scientifiques, auxquels s ajoutent l optimisation de la flotte océanographique et de ses équipements sur des bases de données marines et les innovations technologiques. Ces axes répondent à des questionnements scientifiques et constituent autant d objets qui se situent à la croisée de ces interrogations : écosystèmes marins (qu ils soient profonds ou côtiers) ou encore physique des océans (qu elle aide à comprendre les échanges énergétiques, le transport et la dispersion des contaminants ou du plancton, les systèmes de production liés à la mer). Au terme d une réflexion collégiale, deux principes ont guidé la mise à jour de la déclinaison scientifique du plan stratégique : la volonté de recentrer les activités de l institut sur son «cœur de métier», porteur de valeur ajoutée de natures scientifique, économique et sociale, tout en précisant le rôle de l Ifremer vis-à-vis de ses partenaires académiques, publics et économiques. Le positionnement de l institut par rapport aux centres techniques aquacoles (métropolitains et ultramarins) est ainsi guidé par la volonté de développer la compétence scientifique d un institut intégré dans ce domaine, sans déborder sur des activités de nature trop aval pour lequel l institut ne serait plus pertinent. la volonté d être le garant d une approche scientifique systémique rendant possible une «exploitation» durable des biens et services tirés du milieu marin. Dans un contexte économique marqué par une pression croissante sur les matières premières et autres ressources - en particulier d origine marine -, les parties prenantes tendent à exprimer des attentes de plus en plus sectorielles et nombreuses. Face à cette pression, l Ifremer rappelle que seule une approche écosystémique permettra de traiter durablement les questions posées. C est dans cet esprit qu ont été revisités, en particulier, les axes «Identifier et accompagner des trajectoires de développement durable de la pêche et de l aquaculture face au changement global» et «Explorer les fonds et identifier par une approche systémique et dans un contexte de développement durable, les conditions d exploitation des ressources minérales et énergétiques». Présentation synthétique des axes du plan stratégique Une volonté d intégration pluridisciplinaire Les axes stratégiques de l Ifremer doivent contribuer à donner des réponses à la connaissance des mers et des océans en fonction des problématiques partagées à l échelle internationale. Ces priorités tendent vers une plus grande intégration pluridisciplinaire autour des défis sociétaux : le changement global et ses conséquences sur l environnement, la connaissance et la préservation de la biodiversité, l approche intégrée écosystémique, ainsi que l approvisionnement durable en matières premières non énergétiques et non agricoles. > Récupération du mouillage lors de la campagne Ovide Ifremer