Concours blanc général PAES Tutorat PSA Avril MS1 : Sources des principes actifs Méthodes d analyse du génome. Correction 2. ABCD 14.

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1 Concours blanc général PAES Tutorat PSA Avril 2011 MS1 : Sources des principes actifs Méthodes d analyse du génome Correction Principes actifs 1. ACDE Génome 13. BDE 2. ABCD 14. AB 3. D 15. A 4. A 16. B 5. ABCE 17. BCE 6. C 18. ADE 7. B 19. E 8. AC 20. ACD 9. ACDE 21. C 10. CD 11. BDE 12. B

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3 1/ ACDE A. VRAI : les constituants de la matière première doivent passer dans le solvant B. FAUX : au contraire les molécules hydrophiles ne se dissolvent pas dans les solvants apolaires C. VRAI : la première étape de l hémisynthèse consiste en l obtention de la molécule naturelle qui nous intéresse (dans le cours on ne présente que l extraction en tant qu étape de l hémisynthèse mais bien entendu la fermentation peut être également cette première étape) D. VRAI : l extraction permet l accès direct à des molécules naturelles, pour avoir des molécules non naturelles il faut procéder à une hémisynthèse après l extraction E. VRAI : c est le cas de la naloxone par exemple 2/ ABCD A. VRAI : ils sont plus pointus B. VRAI : c est la classification des espèces vivantes selon leur composition chimique C. VRAI : c est l étude de l usage traditionnel des substances naturelles D. VRAI : le criblage permet de sélectionner des espèces selon leurs propriétés en testant des échantillons, on peut ainsi confirmer les propriétés revendiquées de certaines plantes découvertes grâce à l ethnopharmacologie E. FAUX 3/ D A. FAUX : par hémisynthèse B. FAUX : la pénicilline G est la pénicilline naturelle C. FAUX : squelette tétracyclique D. VRAI E. FAUX : anti paludique 4/ A A. VRAI B. FAUX : c est la naloxone C. FAUX : cette molécule n existe pas à l état naturel, elle ne peut être extraite D. FAUX : au contraire elle s oppose aux effets des opiacés E. FAUX : il faut d abord passer par la thébaïne 5/ ABCE A. VRAI B. VRAI : c est un des objectifs de la pharmacomodulation C. VRAI : on obtient alors des analogues structuraux D. FAUX : les produits issus de la pharmacomodulation peuvent être des prodrogues qui ne sont pas pharmacologiquement actifs, mais activés dans l organisme E. VRAI

4 6/ C A. FAUX : c est l ampicilline, produit d une prodrogue, la bacampicilline B. FAUX : c est l indométacine, qui peut être transformé par bioisostérie en prodrogue, le sulindac C. VRAI : c est le clopidogrel D. FAUX : c est la sulfanilamide, produit d une prodrogue, la sulfamidochrysoïdine E. FAUX 7/ B A. FAUX : on voit tout de suite que le nombre d électrons de valence est différent B. VRAI C. FAUX : le groupe chimique de droite est impossible, il manque une liaison, de plus même avec la liaison les deux groupes ne sont pas bioisostères D. FAUX E. FAUX 8/ AC A. VRAI : il s agit du dicoumarol et de la famille des phénylindandiones qui sont des analogues structuraux B. FAUX : on voit une opposition entre un anti-inflammatoire stéroïdien et non stéroïdien C. VRAI : à droite l éthambutol analogue structural de la molécule de gauche D. FAUX : rien à voir, à gauche un analogue structural du dicoumarol et à droite un antiasthmatique E. FAUX 9/ ACDE A. VRAI B. VRAI C. FAUX : elle existe depuis l utilisation de la fermentation c'est-à-dire aux débuts de l agriculture D. VRAI : la biotechnologie utilise des molécules biologiques, formant dès lors des biomédicaments E. VRAI : par exemple les médicaments dérivés du sang 10/ CD A. FAUX : il manque le groupe des biomédicaments non issus de la technique de l ADN recombinant et pas forcément issus de l hémisynthèse B. FAUX C. VRAI : contrairement aux anticorps polyclonaux qui ne sont pas des protéines recombinantes D. VRAI : contrairement aux molécules de synthèse qui ont une cible intracellulaire E. FAUX : par voie parentérale et de façon hebdomadaire

5 11/ BDE A. FAUX : ces cellules ne sont pas totipotentes B. VRAI : c est ce qu on utilise dans la thérapie cellulaire ex vivo où l on modifie les cellules souches ex vivo, ces cellules ayant une plasticité leur permettant de se transformer C. FAUX : heureusement, sinon on créerait une tumeur D. VRAI : en effet on ne peut pas manipuler les embryons humains pour les développer, ce peut être sévèrement puni (par exemple si l on prend l ADN d une de nos cellules somatiques que l on injecte dans un ovocyte énuclée, il s agit tout simplement d un clonage, qui est un crime contre l humanité) E. VRAI : la thérapie génique ex vivo consiste en une modification génétique des cellules hors de l organisme 12/ B A. FAUX : c est un ADN viral linéaire B. VRAI : pour permettre la ligature C. FAUX : l ADN à cloner peut être sous la forme d un produit de l ARN messager, l ADNc, c est absurde, l ADN n est pas de l ARN D. VRAI : les cellules n ayant pas intégré le plasmide vont mourir sous l effet d un médicament qui n a pas d effet en présence du gène de résistance E. FAUX : pas obligé, l injection d un gène dans une cellule embryonnaire de souris la rend transgénique après le développement de l embryon. En revanche si l on veut que ce gène soit transmis à la descendance (pour réaliser des KO par exemples), il faut que les cellules ayant intégrés le gène participent à la lignée germinale. 13/ BDE Séquence en gras Séquence s hybridant avec le brin sens Séquence s hybridant avec le brin anti-sens GCATGCAGCTATAGT ACTATAGCTGCATGC GCATGCAGCTATAGT GATGAGACGTACTGA TCAGTACGTCTCATC GATGAGACGTACTGA ACCGTCCATGTGGGA TCCCACATGGACGGT ACCGTCCATGTGGGA ACTGAGCGCCGATCG CGATCGGCGCTCAGT ACTGAGCGCCGATCG GCCGTACGCGCCCGC GCGGGCGCGTACGGC GCCGTACGCGCCCGC Seuls les oligonucléotides B, D et E peuvent s hybrider. Il faut voir qu une hybridation se fait toujours en anti-parallèle, en position «69» (le 5 d un brin sur le 3 de l autre et vice versa). (piège classique)

6 14/ AB On utilise les oligonucléotides B, D et E. L oligonucléotide B s hybride avec le brin sens, il pourrait amplifier les séquences en amont avec un autre oligonucléotide en amont. Or, il n y a pas d autre nucléotide en amont disponible, cet oligonucléotide est donc inutile dans cette PCR. Les oligonucléotides D et E permettent d amplifier l exon 4 et les séquences introniques adjacentes. A. VRAI : l exon 4 et les séquences introniques adjacentes B. VRAI : le produit PCR contient bien des sites d épissages C. FAUX : le produit PCR ne contient pas l exon 1 D. FAUX : un seul fragment E. FAUX : les séquences introniques ne peuvent pas être obtenues à partir de l ADNc qui ne contient pas les introns 15/ A Attention, ici on a amplifié l exon 4 certes mais on recommence la traduction, à partir du produit de la PCR. Ainsi, c est comme si l on se trouvait au niveau du premier exon. Il faut donc rechercher le codon initiateur dans notre produit PCR, puis on regarde la traduction résultante : ATG-ACG-ACG-CGC Met Thr Thr Arg 16/ B Le gel a 6 nucléotides, les 6 nucléotides de la région finale du produit PCR de la question 14 (en ne comptant pas les amorces, qui font certes partie du produit PCR) sont CGATAC comme il est écrit dans la séquence de la figure 1. Sur le gel on peut lire : CGATAC. C est-à-dire, la même séquence que la séquence indiquée dans la figure 1. Donc, l amorce utilisée pour ce séquençage est complémentaire au brin anti-sens, car les produits du séquençage sont identiques à la séquence de l ADN sens. Donc on connaît la nature de l amorce : sa séquence est identique à celle de l ADN sens. Maintenant où doit-elle se situer? Elle doit se situer en position adjacente à la séquence de 6 nucléotides (sinon on aurait eu d autres nucléotides sur le gel). A gauche ou à droite? La synthèse se fait toujours de 5 en 3, étant donné que le produit de séquençage est le même que la séquence de l ADN sens qui est écrit de 5 à gauche à 3 à droite, l amorce est donc placée à gauche, et la synthèse se fait vers la droite. Pour aller plus vite on remarque que la correspondante se termine par CGC, et seule la séquence B peut être utilisée. AGTTCATAGGCGCGC

7 17/ BCE Très important, toujours regarder où se situe la mutation. La mutation se situe an niveau de l exon 1. Les mutations au niveau de l exon 1 sont spéciales, il faut regarder si elle se situe en amont ou en aval du codon d initiation, non seulement pour voir si elle peut engendrer un nouveau codon d initiation, mais surtout pour voir s il y a une conséquence sur le produit de la traduction de l ARNm, la protéine, la traduction commençant au niveau du codon d initiation. Ici, on a une mutation au niveau de l exon 1, en amont du codon d initiation, n entrainant pas l apparition d un nouveau codon d initiation. A. FAUX : le produit PCR ne concerne pas l exon 1, il n y a de plus aucun autre site de restriction du genre comme indiqué dans l énoncé B. VRAI : toutes les cellules de l organisme présentent de l ADN génomique C. VRAI : cette mutation se trouve au sein d un exon D. FAUX : cette mutation n affecte pas la traduction car elle est en amont du site d initiation E. VRAI : on peut analyser le produit de la transcription, les ARNm, grâce au Northern Blot, la mutation se trouvant dans un exon. 18/ ADE A. VRAI : cette mutation touche le codon d initiation, si on poursuit au niveau de la séquence pour chercher le nouveau codon d initiation, on observe qu il est suivi tout de suite d un codon STOP TGA, ce qui confirme que la protéine est totalement raccourcie (elle n existe plus tout simplement) Les mutations qui suivent touchent tous des sites d excision-épissage. A chaque mutation, il faudra chercher les nouveaux sites d épissages, les séquences GT qui suivent directement. On va le faire pour la première mutation et on l appliquera pour les autres mutations : (les sites d épissage excision sont grisés) GCAGTACCAG CGTTACGGAC GTACGGCGCG se transforme en GCAGTACCAG CGATACGGAC GTACGGCGCG on cherche donc le nouveau site d excision épissage : GCAGTACCAG CGATACGGAC GTACGGCGCG Ainsi on ajoute des nucléotides dans l ARNm (et donc des acides aminés dans la protéine comme on est après le codon d initiation). Le nombre de nucléotides rajoutés détermine s il y a un décalage du cadre de lecture, si on a un multiple de trois, il n y a pas de modification de cadre de lecture. Ici il y a 9 nucléotides en plus donc pas de décalage. B. FAUX : 9 nucléotides rajoutés C. FAUX : 9 nucléotides rajoutés D. VRAI : 14 nucléotides rajoutés E. VRAI : 23 nucléotides rajoutés

8 19/ E Pour compter 3 par 3, il faut se référer aux séquences grisées de l ADN génomique de la figure 1 et des premiers nucléotides des exons en grande taille de l ADNc. Ici on utilise le TGC surligné qui se situe avant le C en grand caractère. On a le passage d un ACG en ACC. A. FAUX : c est une mutation silencieuse B. FAUX : c est déjà une thréonine, pas de changement de séquence protéique C. FAUX : la mutation T>A décale le cadre de lecture mais se situe en aval de notre mutation. D. FAUX : ce gène n est exprimé que dans le tissu osseux, une ponction articulaire ne permet pas d obtenir les ARNm correspondant, donc les ADNc E. VRAI : c est une mutation dans l ADNc, donc résultant d une mutation dans l ARNm qu on peut étudier par Northern Blot. 20/ ACD Voici la séquence de cet oligonucléotide : CAGAGATGCGATGATGCCGA Il est important de noter qu il est à cheval entre deux exons au niveau de l ADN génomique, or il faut au moins 15 nucléotides complémentaires pour une hybridation. Cet oligonucléotide ne pourra donc pas s hybrider sur l ADN génomique. A. VRAI : si l on veut séquencer exactement cet oligonucléotide, soit on prend l oligonucléotide lui-même (qui est une séquence de l ADNc), soit on prend logiquement l ADNc. Le séquençage de l ADN génomique ne permet pas d obtenir la séquence de cet oligonucléotide, il y aurait l intron se situant entre les deux exons en plus. B. FAUX : il ne peut pas amplifier de l ADN génomique car il ne peut pas s hybrider à celui-ci. C. VRAI : en effet même si cette mutation se situe au niveau d un intron, sa conséquence est une modification du transcrit car il y a une modification de l épissage des exons. On peut donc utiliser notre oligonucléotide en tant que sonde d autant plus qu il est à cheval entre les exons 2 et 3. D. VRAI : la sonde peut très bien s hybrider sur les ARNm normaux que l on étudie par Northern Blot. Ainsi on peut détecter une mutation quand il n y a pas d hybridation par exemple. (on rappelle que l ARN peut très bien s hybrider avec l ADN et que l ADNc correspond à l ARNm) E. FAUX : il s agit juste de voir où se situe la sonde au niveau de l ADN génomique, ce que l on peut observer grâce au caractère de grande taille. Ainsi la sonde pourrait détecter des mutations touchant l ADN génomique des nucléotides exoniques à Pas de confusion, la sonde ne peut pas s hybrider avec l ADN génomique, mais elle peut détecter des mutations à ce niveau par l intermédiaire de l ADNc.

9 21/ C A. FAUX : pareil que dans la question 20, cet oligonucléotide ne s hybridant pas avec l ADN génomique, il ne peut l amplifier. B. FAUX : 110 bp, il ne faut pas oublier de compter les amorces dans tout produit PCR. C. VRAI : en effet, il est complémentaire au brin sens de l ADNc, si on l utilise comme amorce, la synthèse se fera vers le début du gène. Bien entendu on séquence de l ADNc donc seuls les exons sont bien séquencés. D. FAUX : on rappelle que cette mutation se situe au niveau de l exon 1, la PCR de la question B amplifie l exon 3, une partie des exons 2 et 4. E. FAUX : cette mutation entraine une modification de l ARNm donc de l ADNc, notamment en rajoutant 14 nucléotides. Notre oligonucléotide ne peut donc plus s hybrider avec l ADNc chez ce sujet et on ne peut donc pas faire de PCR avec celui-ci.

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