Les prélèvements microbiologiques : interprétations

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1 Les prélèvements microbiologiques : interprétations Dr O. Bellon C.H.P.A Brignoles Marseille Octobre Prélèvements le biologiste s occupe : De vérifier la qualité des prélèvements. l ensemencement, Mise en culture sur les milieux appropriés En fonction des demandes En fonction de la quantité de prélèvement Analyser les résultats de la culture et les interpréter En fonction des recommandations En fonction de la clinique transmise Faire les identifications et ATB nécessaire Faire les compléments d identification ou les transmettre Faire les suivi épidémiologiques s ils sont demandés 2 Pourquoi prélever? Attention la microbiologie n est qu une aide la clinique est primordiale et reste la base du diagnostic Seuils de significativité des PVT faits au niveau de sites normalement stérile Pas de flore commensale Pas de seuil intermédiaires (arbre respiratoire bas, urines) Présence de flore commensale Seuil Variable avec la technique de prélèvement lieu fortement colonisés (peau, selles) Flore commensale prépondérante Pas de seuil 3 Guides nationaux Recommandations locales Adéquation entre les recommandations et les moyens Relations avec le laboratoire +++ Quels prélèvements? 5 Prescription précise Pharynx Recherche d un germe désigné diagnostic Recherche de strepto A Recherche de VRS Recherche de syphilis Recherche de coqueluche Recherche de virus de la grippe portage Recherche de staphylocoque ou Recherche de staphylocoque metir Recherches de germes responsables d une pathologie : angine Recherche épidémiologique et carte Hématologie Réanimation Attention tous les écouvillons ne sont pas utilisables pour toutes les techniques Avoir assez de matériel pour les analyses demandées

2 % contaminés/total prélevé Hémocultures Diagnostic de bactériémie Prélèvement C est la quantité de sang prélevée qui est importante pas le nombre de flacons Études sur la quantité prélevée Pesée +++ Quantité faible ++++ Nouveaux appareils sur le marché qui estimeront la quantité de sang prélevée.. Interprétation de la négativité en fonction de la quantité de sang Si culture positive : Infection? Contamination? 8 Les résultats Pas d examen direct pour les hémocultures.. Sauf Paludisme (frottis fin et goutte épaisse) Borrélioses (frottis fins) Culture Ponction directe ou via un disposition intravasculaire Positive : un germe pousse. Négative : aucun germe n a poussé dans les flacons reçus au bout de la durée d incubation. Cultures Durée de la culture 5 jours dans la majorité des cas 10 jours pour la culture de levures 28 jours pour la recherche des bactéries du groupe HACEK responsable d'endocardite (Haemophilus aphrophilus, Actinobacillus actinomycetemcomitans Cardiobacterium hominis, Eikeinella corodens, Kingella kingae) 42 jours pour la recherche de Brucella, Legionella. Préciser la demande sur le bon++++ Si le délai de culture n est pas respecté on ne peut déduire d un résultat négatif l absence de microorganisme pathogène 9 10 Interprétation (sans DIV) Plusieurs hémocultures positives lors de plusieurs prélèvements avec la même bactérie : la bactérie identifiée était dans le sang du patient. 4,0 3,5 Les résultats mai 2010: Une seule hémoculture positive avec un germe pathogène strict : la bactérie identifiée est très probablement dans le sang du patient (dans plus de 90 % des cas) 3,0 2,5 2,0 1,5 % contaminés / total Une hémoculture positive avec une bactérie de la flore cutanée : probablement un contaminant dans plus 80 % des cas). 1,0 0,5 0, années Enfin on note malheureusement une augmentation du pourcentage de flacons contaminés, même si ce taux reste bas

3 Interprétation Hémocultures négative malgré contexte d infection : Prélèvement insuffisant? Traitement antibiotique? Bactérie ne poussant pas dans le milieu? Legionella, Mycoplasmes, Leptospira, Bartonella, mycobactéries. Autres liquides biologiques normalement stérile Même interprétation que pour les hémocultures : LCR Pleural Ascite Ponction articulaire Possibilité d utiliser des milieux d enrichissement et la biologie moléculaire cathéters Cathéters Multiplicité des «cathéters» Intra-vasculaires ou non Hétérogénéité des prélèvements malgré un même protocole : 5 cm proximaux.. Numération par KT basé sur cette longueur. 16 Analyses au laboratoire Cathéter plusieurs techniques possibles problème de sensibilité et de spécificité que cherche-t-on? les germes externes les germes internes les deux cathéter en place ou enlevé Analyses au laboratoire Cathéter : matériel en place hémocultures différentielles surtout pour les cathéters profonds et les chambres implantables hémocultures simultanées (ou <2 heures) périphériques sur matériel rapidité de la culture ou numération prévenir le biologiste

4 Interprétations : cathéters 4 situations classiques doivent être distinguées contamination du cathéter colonisation du cathéter infection clinique sur cathéter infection bactériémique sur cathéter Interprétations : cathéters situations classiques définies à partir : bactériologie prélèvement cathéter hémocultures différentielles NUMERATION clinique signes locaux signes généraux autres sites infectés Interprétations : cathéters Interprétations : cathéters contamination du cathéter culture positive mais à un TAUX NON SIGNIFICATIF intérêt de la numération +++ ABSENCE DE SIGNES CLINIQUES locaux ou généraux colonisation du cathéter culture positive taux significatif >15 ou >1000 selon la technique ++++ intérêt d avoir la technique sur le compte rendu clinique Absence de signes cliniques GENERAUX signes locaux possibles mais limités à un érythème Interprétations : cathéters Interprétations : cathéters infection clinique sur cathéter culture positive taux significatif PRESENCE de SIGNES CLINIQUES locaux ou généraux diminution ou disparition des signes à l ablation du cathéter infection bactériémique sur cathéter cultures positives à un taux significatif pour le cathéter d une hémoculture même germe pas d autre foyer infectieux à ce même germe 23 24

5 Interprétations : cathéters Les situations ne peuvent jamais être définies en l absence de l examen clinique : liaison clinico-biologique ou biologico-clinique OBLIGATOIRE Urines 25 Examen cytobactériologique Examen cytologique Aspect quantitatif on dénombre les différents éléments figurés contenus dans un volume donné de l'urine à étudier. leucocytes hématies cristaux cylindres Leur nombre est rapporté au millilitre. (pas mm3 ) Aspect qualitatif En cas d'infection urinaire, le processus inflammatoire e traduit par la présence de : 104 leucocytes / ml, parfois en amas ; 104 hématies / ml, témoins de microhémorragies; cellules du revêtement urothélial. Interprétations :urines ATTENTION numérations valables uniquement si : conditions de prélèvement aseptiques ++++ transport rapide au laboratoire ensemencement rapide au niveau du laboratoire notion de sondage explicitement donnée au laboratoire Évolution numération en fonction du temps 6,5 6 5,5 5 4,5 4 3,5 3 2,5 2 0h 1 h 2 h 3h 6h 24h E. coli 22 C E. coli 4 C Interprétation En théorie, l interprétation s effectue en prenant en compte la combinaison de différents paramètres : Bactériurie quantitative, leucocyturie quantitative, Symptômes urinaires Pathogénicité reconnue de la souche isolée La présence de cathéter Origine nosocomiale ou communautaire Age En prenant en compte les renseignements concernant la clinique, prélèvement et le transport

6 Caractère pathogène de la souche isolée Groupe 1 : Uropathogènes reconnues o E. coli o S. saprophyticus Groupe 2 : Moins fréquentes, nosocomiales o Entérobactéries autres o S. aureus o P. aeruginosa o C. urealyticum o Entérocoques Groupe 3 : à considérer avec circonscription o S. agalactiae o Levures o S. coagulase neg o Acinetobacter o stenotrophomonas Groupe 4 : contamination Strepto. & hémolytiques o Lactobacilles o Corynébactéries autres o Gargnerella vaginalis o bifidobacterium InterprétationS Avant Bactériurie - < 10 3 CFU / ml : absence d'infection ; - > 10 5 CFU / ml : infection probable ; - Entre 10 3 et 10 5 CFU/ml : zone d'incertitude Maintenant : Selon l origine du prélèvement Selon l origine de l infection Selon le germe Selon les quantités de germes trouvés et le nombre d espèces différentes isolées TRES DIFFICILE d APPLICATION en l absence de données cliniques. 32 Interprétations :urines Cas particuliers pyélostomies, urétérostomies <100 UFC/mL : pas d infection >100 UFC/mL plus de deux types de germes : pas d infection >100 UFC/mL un ou deux types : INFECTION ponction sus-pubienne >10 UFC/mL une ou deux espèces : INFECTION plus de deux germes : pas d infection Culture Isolement avec numération des espèces isolées quantité : Quantité variable avec le type de recueil et la pathologie = Seuil de pathogénicité Patient non sondé et communautaire : normale < germes/ml Patient sondé : <10 000/ml Patient non sondé mais nosocomial : < 1000 germes/ml Patient avec ponction suspubienne : < 10 germes/ml Si type de germes >2 = polymicrobien et pas d étude ++++ refaire le prélèvement si infection suspectée 33 CAT : IU - 1 Leucocyturie Inférieure à /ml excellente valeur prédictive négative Attention aux débuts d infection Supérieure à /ml Témoin d un phénomène inflammatoire Pas forcément infectieux Vessie neurologique Vessie radique Malade sondé CAT : IU -2-4 Bactériurie Le compte rendu doit indiquer clairement le dénombrement. Analyse critique en fonction de la clinique et de la nature du prélèvement et du germe. uropathogène Uréase positive et hémmaglutinine de certaines souches de S. saprophyticus uréase permettant la colonisation vésicale hémagglutinine permettant la colonisation rénale E. coli avec adhésines Groupe 1 : systématiquement pathogène même en petites quantités (103 ufc/ml)

7 CAT : IU Dans le cadre d infection communautaire : CAT : leucocyturie non significative Bactériurie > /ml Avec moins de trois germes Avec des signes cliniques Soit patient fortement neutropénique Soit début d infection Soit problème de recueil et de conservation Demander un ECBU de contrôle. CAT : IU Dans le cadre d infection nosocomiale : CAT : infections nosocomiales Leucocyturie significative Bactériurie >1000/ml ou candidurie > Avec moins de trois germes ET Avec des signes cliniques ET sans sonde ou geste invasif dans la semaine «infection urinaire» Faire les antibiogrammes CAT : infections nosocomiales Patient sondé ou avec geste invasif urinaire dans la semaine La leucocyturie n est pas interprétable Bactériurie > /ml Avec moins de trois germes différents Infection urinaire : faire les antibiogrammes Interprétations SAD Nombre de leucocytes non utilisable en cas de sonde : leucocyturie réactionnelle Consensus????? 2002 = ancien. Sondé avec symptômes et 1000 = infection.. Nombre de bactéries et d espèces < : pas d infection > et un seul type : INFECTION avec ou sans signes cliniques > et plus d un type : INFECTION avec signes cliniques pas d infection sans signes cliniques REMIC 2010 : Absence de signes cliniques : <1000 : pas d infection ou colonisation >1000 : colonisation Présence de signes cliniques : < : pas d infection > et au plus 2 germes : infection

8 Conseil thérapeutique Tous les patients symptomatiques qu ils soient porteurs ou non d une sonde doivent être traités en fonction de leur clinique et de la biologie : Patient sondé Sonde urinaire Ne pas prélever la sonde donc.. Le biologiste ne doit pas ensemencer avec ce prélèvement. Non-conformité à rendre au service = économies Quand l urine a-t-elle été prélevée???? Sonde urinaire colonisation rapide variable avec le matériau latex silicone contamination rétrograde pose après la pose système non clos, sans valve anti-retour Interprétations :urines patients sondés Nombre de leucocytes non utilisable en cas de sonde : leucocyturie réactionnelle Nombre de bactéries et d espèces > et un seul type : INFECTION (?) avec ou sans signes cliniques.. > et plus d un type : INFECTION avec signes cliniques refaire les prélèvements pas d infection si absence de signes cliniques Fistule Pus La majorité des auteurs s'accorde a récuser ce type de prélèvement pour le diagnostic bactériologique d'infection de l'os profond Sont à bannir ainsi que les prélèvements superficiels de plaie Ne pas les accepter : pas d interprétation mais non-conformité Une exception est admise : les infections a S. aureus, a condition que la même souche soit retrouvée lors de prélèvements itératifs

9 Drain et liquide de drainage Ponction articulaire La culture de l'extrémité proximale d'un drain À utiliser seulement pour évaluer le résultat du nettoyage et pas en diagnostic d infection Donc on compare les résultats per-opératoire avec les résultats post opératoire.. Si on retrouve le même germe l acte opératoire a été insuffisant pour supprimer les tissus infectés Normalement stérile Culture positive : Quantité et qualité des micro-organismes mis en évidence Différenciation infection et contamination Contamination service Contamination laboratoire Culture négative mais nombreux leucocytes Antibiothérapie préalable Mauvais transport et germe fragile Germe de culture difficile +++ (biologie moléculaire) Autres causes non infectieuses Cristaux Inflammation Fiches de fixateurs Ne tenir compte que des cultures abondantes, de germes pathogènes avérés et sans polymicrobisme.. Escarres et plaies chroniques Suppurations Classes I Profondes fermées : vrai pus donc on étudie. Classe II Profondes Fermées communicantes ou Ouvertes On décrit et on dialogue avec le clinicien Classe III Superficielles On n aurait pas du les accepter.. Revoir les prélèvements avec le clinicien pour avoir des biopsies si nécessaire Interprétation Toujours avec la clinique Nécessité d avoir plusieurs prélèvements Utilisation de la PCR universelle ++++ Arbre bronchique 53

10 Prélèvements BP Expectorations au niveau du laboratoire qualité jugée en fonction de l examen direct avec quantification du nombre de leucocytes et de cellules : classe 1 : cellules >25 et GB<10 classe 3 : cellules et GB >25 classe 5 : cellules<10 et GB>25 expectorations REMIC 2010 : ECBC ne doit pas être réalisé pour le diagnostic de pneumopathies communautaires.. Indications : Surinfections de Bronchites chroniques Mucoviscidose Tuberculose Hospitalisés Seuil > /ml avec une ou deux espèces uniquement Prélèvements BP Prélèvements BP LBA- FIBRO état clinique ++++ fibro-aspiration ou LBA protocoles très différents valeur très variable en fonction du niveau prélevé du volume prélevé de la qualité du préleveur seuil : /mL. Brossage aveugle ou protégé brosse mise au lit du patient dans 1ml de liquide (sérum Physio ou Ringer lactate stérile puis agitation apport immédiat au laboratoire seuil 1000/mL ou 100/mL si antibiotiques Biopsies In vivo ou post-mortem Prélèvements broncho-pulmonaires Prélèvements broncho-pulmonaires Bactériologie dans le cadre d infections non virales Examens spécifiques lors de certaines infections virales : Grippe, SRAS CMV, herpès Examens spécifiques lors de certaines infections parasitaires : pneumocystis infections fongiques Examens spécifiques lors de certaines infections bactériennes dues à : mycoplasmes chlamydiae légionelles bordetella mycobactéries

11 coprocultures Interprétation Positive Infection ou portage sain? Shigelle toujours pathogène Salmonelle? Négative Quels microorganismes ont été recherchés ET auraient du être recherchés On ne trouve que ce que l on cherche Aspect des selles Portages Seulement si vraiment utilisé Savoir exactement ce que l on a cherché et ce que le clinicien voulait qu on cherche. 048 et 027. Conclusions Ne prélever que si c est nécessaire respecter les conditions de prélèvement et de transport L analyse et interprétation en fonction de la clinique : donc la transmettre étudier à mauvais escient peut entraîner des erreurs de diagnostic un traitement antibiotique non nécessaire peut être dangereux pour le patient et/ou l environnement (population) : utilisés à tort ils deviendront moins forts 63 64