Envoi des échantillons en Santé Animale - REVUE DE CONTRAT -

Transcription

1

2 Envoi des échantillons en Santé Animale - REVUE DE CONTRAT - Les références des méthodes utilisées sont disponibles sur simple demande au laboratoire, et sont précisées dans les rapports d analyses. Page 1/7

3 Envoi des échantillons en Santé Animale - REVUE DE CONTRAT - Page 2/7

4 Envoi des échantillons en Santé Animale - REVUE DE CONTRAT - Page 3/7

5 Envoi des échantillons en Santé Animale - REVUE DE CONTRAT - Page 4/7

6 Envoi des échantillons en Santé Animale - REVUE DE CONTRAT - Page 5/7

7 Envoi des échantillons en Santé Animale - REVUE DE CONTRAT - ± Page 6/7

8 Envoi des échantillons en Santé Animale - REVUE DE CONTRAT - Page 7/7

9 CATALOGUE TARIFAIRE 2016 FILIERE

10 SA 2 - BACTERIOLOGIE Diagnostic bactériologique toutes atmosphères Isolement, vérification de pureté d'une souche microbienne Identification phénotypique de bactéries Mise en culture, isolement, vérification de pureté, porduction de biomasse, phase d'orientation, identification phénotypique Isolement sur milieu de culture adapté et gélosé Ecouvillon, organe, fèces Lot d'organes provenant d'un même sujet 1 échantillon 1 lot d'organes Culture de bactéries, levures, moisissures 1 à X colonies Galerie API Biomérieux Colonie bactérienne isolée et pure 1 à X colonies Identification génotypique de bactéries, levures, moisissures dans un délai maximum de 10 jours ouvrés Système MicroSeq APPLIED BIOSYSTEM Colonie isolée et pure de bactéries, levures, moisissures 1 à 20 colonies >20 colonies Identification génotypique de bactéries, levures, moisissures dans un délai maximum de 3 jours ouvrés Recherche de salmonelles dans l'environnement des productions animale Recherche de salmonelles chez les oiseaux Bactériologie complémentaire à la recherche de salmonelles Recherche de salmonelles chez les mammifères Système MicroSeq APPLIED BIOSYSTEM Système MicroSeq APPLIED BIOSYSTEM "FULLGENE": 1500 pb Culture, méthode deux voies Par culture, méthode 1 voie: MSRV Culture Oui Oui Oui Colonie isolée et pure de bactéries, levures, moisissures Fientes, chiffonnette, pédichiffonnette, fond de boite, eau Organes 1 à X colonies 1 à X échantillons 1 sujet 1 lot d'oiseaux Culture Organes 1 lot de poussin Culture Oui Fèces, organes 1 à X échantillons Recherche Taylorella equigenitalis (+Klebsiella sp et Pseudomonas sp) Immunofluorescence Prélèvements génitaux d'équidés sur Ecouvillon milieu Amies 1 à X écouvillons Culture Oui Flore annexe (suite Prélèvements génitaux d'équidés sur Culture recherche Taylorella) Ecouvillon milieu Amies 1 à X écouvillons Recherche de mycobactéries autres que Culture Mycobacterium avium Oui Organes, eau de rinçage 1 à X échantillons paratuberculosis Recherche de Clostridium perfringens et des toxines alpha, béta, ELISA Organes, fèces 1 à X échantillons epsilon Examen microscopique Microscopie avec ou sans coloration Calque d'organe, colonie bactérienne 1 à X échantillons Sérotypage de Salmonelle Agglutination rapide sur lame (ARL) Souche de salmonelle pure, isolée sur boite de Pétri 1 à X souches Sérotypage d'escherichia coli Sérogroupage des streptocoques Antibiogramme Agglutination rapide sur lame (ARL) Méthode des disques, par diffusion en gélose Oui Souche d'escherichia coli pure, isolée sur boite de Pétri Souche de streptocoque, isolée sur boite de Pétri Souche de bactéries à croissance rapide, pure. 1 à X souches 1 à X souches 1 à X souches Campylobacter spp Dénombrement Contenu intestinal, carcasse 1 à X échantillons Clostridium spp Dénombrement Contenu intestinal 1 à X échantillons Escherichia coli Dénombrement Contenu intestinal 1 à X échantillons Mycoplasma spp Diagnostic mycologique Contrôle aspergillaire des volailles Contrôle aspergillaire des éclosoirs Culture Culture et identification microscopique dénombrement par culture Culture Organe de mammifère, sérum Lot de 2 à 3 volailles Lot de 1 à 10 poussins 1 à X échantillons 1 à X lots 1 à X lots Grattage cutané, poil avec bulbe, organes 1 à X échantillons Organes : sacs aérien, poumon Lot de 2 à 5 volailles Poumon de poussin Lot de 1 à 5 poussins Lot de 6 à 10 poussins Lot de 11 à 15 poussins 1/1

11 SA 3 - VIROLOGIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE GENERALITES Traitement des échantillons dans les locaux P3 Toutes matrices BIOLOGIE MOLECULAIRE - Ruminants Anaplasma phagocitophylum (biovar Phagocitophylum, biovar Equi, biovar HGE) Maladies abortives Coxiella burnetii Clamydophyla spp. Listeria monocytogenes Salmonella spp PCR multiplex (8 Campylobacter fetus valences) sur Leptospira pathogènes Anaplasma phagocytophilum BHV4 (Bovine Herpes Virus de type 4) Sang prélevé sur EDTA, rate, tique Placenta, avorton, mucus vaginal, écouvillon BVD/MD (Maladie des muqueuses), diagnostic Prélèvement de sang Lait de tank, organe BVD/MD (Maladie des muqueuses), diagnostic de troupeau BVD/MD (Maladie des muqueuses), contrôle à l'introduction et concours BVD/MD (Maladie des muqueuses), contrôle à la " naissance" mélange intra-troupeau de 10 échantillons maximum mélange strict intertroupeaux de 5 échantillons, avec mutualisation du recontrôle en cas de positivité du mélange mélange strict intertroupeaux de 10 échantillons, avec mutualisation du recontrôle en cas de positivité du mélange Prélèvement de sang Prélèvement de sang Cartilage auriculaire Chlamydophila et Chlamydia spp Placenta, avorton, mucus vaginal, fèces, organe, écouvillon Fièvre Q (Coxiella burneti) Ecouvillons, placenta, mucus vaginal, lait, fèces 1/7

12 SA 3 - VIROLOGIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE Recherche qualitative de Coxiella burneti (Fièvre Q) et Chlamydophila et Chlamydia spp FCO (Fièvre Catarrhale Ovine), détection gène de groupe FCO (Fièvre Catarrhale Ovine), détection gènotype 1 FCO (Fièvre Catarrhale Ovine), détection gènotype 8 RT- RT- RT- Placenta, avorton, mucus vaginal, fèces, organe, écouvillon Sang prélevé sur EDTA Sang prélevé sur EDTA, éluat d'arn Sang prélevé sur EDTA, éluat d'arn 2/7

13 SA 3 - VIROLOGIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE BIOLOGIE MOLECULAIRE - Ruminants (suite) IBR (Virus de la Rhinotracheite Infectieuse Bovine) Ecouvillon, aspiration trans-trachéale, poumon Leptospires pathogènes Eau, organe, urine 1 à X échantillon Mycoplasma bovis Organes, aspiration trans-trachéale, liquide synovial, lait Neosporose (Neospora caninum ) Paratuberculose ( Mycobacterium avium paratuberculosis ) PI3 (virus parainfluenza 3) RT- Encéphale avorton Fèces 1 à 14 échantillons 15 à 44 échantillons 45 à X échantillons Organe, écouvillon RSV (virus Respiratoire (Syncytial Bovin) RT- Ecouvillon, aspiration trans-trachéale, poumon RSV, PI3 RT- Ecouvillon, aspiration trans-trachéale, poumon RSV, PI3, IBR RT- pour RSV ET PI3 ET PCR temps réel pour IBR Ecouvillon, aspiration trans-trachéale, poumon RSV, PI3, Mycoplasma bovis RT- pour RSV ET PI3 ET PCR temps réel pour Mycoplasma bovis Ecouvillon, aspiration trans-trachéale, poumon RSV, PI3, IBR et Mycoplasma bovis RT- pour RSV ET PI3 ET PCR temps réel pour Mycoplasma bovis et IBR Ecouvillon, aspiration trans-trachéale, poumon Schmallenberg (virus) Toxoplasmose (Toxoplasma gondii) Tuberculose bovine: Mycobacterium bovis et Mycobacterium capreae RT- Sang prélevé sur EDTA, éluat d'arn Placenta, avorton, mucus vaginal Ganglions lymphatiques BIOLOGIE MOLECULAIRE - Aviaire Chlamydophila et Chlamydia spp Ecouvillon cloacal, choanes, organes Virus Influenza aviaire de type A primo diagnostic, RT- mélange d'écouvillons Ecouvillon trachéal, cloacal < 3 écouvillons 3=< écouvillons<30 3/7

14 type A primo diagnostic, gène M SA 3 - VIROLOGIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE mélange d'écouvillons (5 maximum) Ecouvillon trachéal, cloacal 30=< écouvillons<100 écouvillons >=100 Virus Influenza aviaire de type A contrôle exportation Japon, gène M RT- mélange d'écouvillons (10 maximum) Ecouvillon trachéal, cloacal 60 écouvillons 4/7

15 SA 3 - VIROLOGIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE BIOLOGIE MOLECULAIRE - Aviaire (suite) Virus Influenza aviaire de type A primo diagnostic, gène H5 Virus Influenza aviaire de type A diagnostic sous type H5 à partir d'éluats d'arn suite résultat positif gène M mélange ou ou gène H5 mélange Contrôle des appelants visà-vis de l'influenza aviaire virus sous-type H5 Paramyxovirus de type 1 gène M diagnostic par RT- PCR, à partir d'écouvillons trachéaux ou cloacaux, organes, fientes Mycoplasmes aviaires (gallisepticum + synoviae) RT- mélange d'écouvillons (5 maximum) < 3 écouvillons 3=< écouvillons<30 30=< écouvillons<100 écouvillons >=100 RT-PCR temps réel Eluats d'arn 1 à X éluats RT- mélange d'écouvillons (5 maximum) RT- mélange d'écouvillons (5 maximum) Ecouvillon cloacal 1 à X écouvillons Ecouvillon trachéal, cloacal Ecouvillon trachéal, cloacal, organe, fientes Eluats d'arn, lorsque l'analyse est couplée avec une recherche Influenza aviaire < 3 échantillons 3=< échantillons<30 1 à X éluats RT-PCR temps réel Ecouvillon trachéal, laryngé ou mélange de 3 BIOLOGIE MOLECULAIRE - Porc Virus Influenza porcin de type A gène M dont H1N1 pandémique RT-PCR temps réel écouvillon Ecouvillon nasal 1 3 Virus Influenza porcin de type A sous type pandémique H1N1/2009 uniquement RT-PCR temps réel éluat Eluat 1 3 Leptospires pathogènes Eau, organe, urine 1 à X échantillon Aujeszky (Virus de la maladie de) PCR temps réel Ecouvillon nasal ou pharyngé Brachyspira hyodysenteria et pilosicoli Peste Porcine Classique (PPC) Syndrome Dysgénésique Respiratoire Porcin (SDRP) PCR temps réel Fèces ou mélange de 3 PCR temps réel Sang EDTA et rate PCR temps réel Sang EDTA, sérum et sperme ou écouvillon Virus Diarrhée Epidémique Porcine (DEP dont nouveau variant)/get RT-PCR temps réel DEP ET GET Fèces BIOLOGIE MOLECULAIRE - Equin 5/7

16 SA 3 - VIROLOGIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE Artérite Virale Equine (AVE) PCR temps réel Sperme Leptospires pathogènes Eau, organe, urine 1 à X échantillon Virus Influenza équin de type A primo diagnostic, gène M Rhinopneumonie équine (Herpes Virus equin 1) Rhinopneumonie équine (Herpes Virus equin 4) Rhinopneumonie équine (Herpes Virus equin 1 et 4) PCR temps réel Ecouvillon nasal ou pharyngé ou mélange de 3 PCR temps réel Ecouvillon nasal PCR temps réel Organe (foie, poumon, rate d'avorton) PCR temps réel Ecouvillon nasal PCR temps réel Organe (foie, poumon, rate d'avorton) PCR temps réel Ecouvillon nasal PCR temps réel Organe (foie, poumon, rate d'avorton) BIOLOGIE MOLECULAIRE - Carnivores domestiques Leptospires pathogènes Eau, organe, urine 1 à X échantillon BIOLOGIE MOLECULAIRE - Matrices alimentaires Recherche allergènes en PCR temps réel: Amande, Arachide, Céleri, Crustacés, Gluten, Lupin, Mollusques, Moutarde, Noisette, Noix, Pistache, Poisson, Sésame, Soja Recherche espèce animale: Porc, bœuf, poulet Recherche espèce animale: Porc, bœuf, poulet, dinde, chèvre, mouton PCR temps réel en quantification relative sur échantillon PCR temps réel en qualitative sur Matrices alimentaires 1 à X échantillons Matrices alimentaires 1 à X échantillons Matrices alimentaires 1 à X échantillons Recherche d une espèce de vertébré terrestre particulière (Bœuf, porc, poulet, dinde, chèvre, mouton) au seuil de 1% à partir d un éluat d ADN. PCR temps réel, sur Cette recherche fait suite à la détection et l'identification de cette espèce dans une matrice alimentaire par technique d hybridation d ADN sur puce Matrices alimentaires 1 à X échantillons Détection et identification de vertébrés terrestres (24 espèces) Hybridation d'adn sur puce Matrices alimentaires >400 échantillons annuels <400 échantillons annuels 6/7

17 SA 3 - VIROLOGIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE Recherche d une espèce de vertébré terrestre particulière (Buffle, lapin...) au seuil de 1% à partir d un éluat d ADN. Cette recherche fait suite à la Hybridation d'adn sur détection et l'identification de puce cette espèce dans une matrice alimentaire par technique d hybridation d ADN sur puce Identification d'une espèce de poisson ou d'un mélange d'espèces de poissons Analyse de profils électrophorétiques d'adn après restriction enzymatique et comparaison à une base de données Matrices alimentaires 1 à X échantillons Matrices alimentaires 1 à X échantillons Détection d'adn de ruminant (PAT) par PCR temps réel selon R(CE) 51/2013 Matrices alimentaires, farines animales, farines de sang, farines de poisson 1 à X échantillons Techniques ELISA - Ruminants Escherichia coli K99, recherche d'antigène Cryptosporidium parvum, recherche d'antigène ELISA, échantillon ELISA, échantillon Fèces 1 à X échantillons Fèces 1 à X échantillons Coronavirus bovin, recherche d'antigène Rotavirus bovin, recherche d'antigène ELISA, échantillon ELISA, échantillon Escherichia coli K99, Cryptosporidium parvum, ELISA, échantillon Coronavirus bovin, Rotavirus bovin, recherche des 4 antigènes BVD/MD (Maladie des Muqueuses), recherche d'antigène E0/Gp48 ELISA, échantillon Fèces 1 à X échantillons Fèces 1 à X échantillons Fèces 1 à X échantillons Oui Sérum 1 à X sérums VIROLOGIE - Toutes espèces Aujeszky (Virus de la maladie de) Parvovirus canin, recherche d'antigène Culture cellulaire Ecouvillon nasal ou pharyngé 1 échantillon Artérite Virale Equine (AVE) Culture cellulaire + PCR Recherche d'un virus bovin particulier (RSV,PI3,BVD ou IBR) Hémagglutination puis inhibition d'hémagglutination Culture cellulaire Organe Sperme 1 échantillon 1 échantillon Féces ou contenu anse intestinal 1 échantillon Poumon, liquide d'aspiration transtrachéal ou lavage trachéobronchique, sérum 1 échantillon 7/7

18 SA 3 - VIROLOGIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE GENERALITES Traitement des échantillons dans les locaux P3 Toutes matrices BIOLOGIE MOLECULAIRE - Ruminants Anaplasma phagocitophylum (biovar Phagocitophylum, biovar Equi, biovar HGE) Maladies abortives Coxiella burnetii Clamydophyla spp. Listeria monocytogenes Salmonella spp PCR multiplex (8 Campylobacter fetus valences) sur Leptospira pathogènes Anaplasma phagocytophilum BHV4 (Bovine Herpes Virus de type 4) Sang prélevé sur EDTA, rate, tique Placenta, avorton, mucus vaginal, écouvillon BVD/MD (Maladie des muqueuses), diagnostic Prélèvement de sang Lait de tank, organe BVD/MD (Maladie des muqueuses), diagnostic de troupeau BVD/MD (Maladie des muqueuses), contrôle à l'introduction et concours BVD/MD (Maladie des muqueuses), contrôle à la " naissance" mélange intra-troupeau de 10 échantillons maximum mélange strict intertroupeaux de 5 échantillons, avec mutualisation du recontrôle en cas de positivité du mélange mélange strict intertroupeaux de 10 échantillons, avec mutualisation du recontrôle en cas de positivité du mélange Prélèvement de sang Prélèvement de sang Cartilage auriculaire Chlamydophila et Chlamydia spp Placenta, avorton, mucus vaginal, fèces, organe, écouvillon Fièvre Q (Coxiella burneti) Ecouvillons, placenta, mucus vaginal, lait, fèces 1/7

19 SA 3 - VIROLOGIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE Recherche qualitative de Coxiella burneti (Fièvre Q) et Chlamydophila et Chlamydia spp FCO (Fièvre Catarrhale Ovine), détection gène de groupe FCO (Fièvre Catarrhale Ovine), détection gènotype 1 FCO (Fièvre Catarrhale Ovine), détection gènotype 8 RT- RT- RT- Placenta, avorton, mucus vaginal, fèces, organe, écouvillon Sang prélevé sur EDTA Sang prélevé sur EDTA, éluat d'arn Sang prélevé sur EDTA, éluat d'arn 2/7

20 SA 3 - VIROLOGIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE BIOLOGIE MOLECULAIRE - Ruminants (suite) IBR (Virus de la Rhinotracheite Infectieuse Bovine) Ecouvillon, aspiration trans-trachéale, poumon Leptospires pathogènes Eau, organe, urine 1 à X échantillon Mycoplasma bovis Organes, aspiration trans-trachéale, liquide synovial, lait Neosporose (Neospora caninum ) Paratuberculose ( Mycobacterium avium paratuberculosis ) PI3 (virus parainfluenza 3) RT- Encéphale avorton Fèces 1 à 14 échantillons 15 à 44 échantillons 45 à X échantillons Organe, écouvillon RSV (virus Respiratoire (Syncytial Bovin) RT- Ecouvillon, aspiration trans-trachéale, poumon RSV, PI3 RT- Ecouvillon, aspiration trans-trachéale, poumon RSV, PI3, IBR RT- pour RSV ET PI3 ET PCR temps réel pour IBR Ecouvillon, aspiration trans-trachéale, poumon RSV, PI3, Mycoplasma bovis RT- pour RSV ET PI3 ET PCR temps réel pour Mycoplasma bovis Ecouvillon, aspiration trans-trachéale, poumon RSV, PI3, IBR et Mycoplasma bovis RT- pour RSV ET PI3 ET PCR temps réel pour Mycoplasma bovis et IBR Ecouvillon, aspiration trans-trachéale, poumon Schmallenberg (virus) Toxoplasmose (Toxoplasma gondii) Tuberculose bovine: Mycobacterium bovis et Mycobacterium capreae RT- Sang prélevé sur EDTA, éluat d'arn Placenta, avorton, mucus vaginal Ganglions lymphatiques BIOLOGIE MOLECULAIRE - Aviaire Chlamydophila et Chlamydia spp Ecouvillon cloacal, choanes, organes Virus Influenza aviaire de type A primo diagnostic, RT- mélange d'écouvillons Ecouvillon trachéal, cloacal < 3 écouvillons 3=< écouvillons<30 3/7

21 type A primo diagnostic, gène M SA 3 - VIROLOGIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE mélange d'écouvillons (5 maximum) Ecouvillon trachéal, cloacal 30=< écouvillons<100 écouvillons >=100 Virus Influenza aviaire de type A contrôle exportation Japon, gène M RT- mélange d'écouvillons (10 maximum) Ecouvillon trachéal, cloacal 60 écouvillons 4/7

22 SA 3 - VIROLOGIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE BIOLOGIE MOLECULAIRE - Aviaire (suite) Virus Influenza aviaire de type A primo diagnostic, gène H5 Virus Influenza aviaire de type A diagnostic sous type H5 à partir d'éluats d'arn suite résultat positif gène M mélange ou ou gène H5 mélange Contrôle des appelants visà-vis de l'influenza aviaire virus sous-type H5 Paramyxovirus de type 1 gène M diagnostic par RT- PCR, à partir d'écouvillons trachéaux ou cloacaux, organes, fientes Mycoplasmes aviaires (gallisepticum + synoviae) RT- mélange d'écouvillons (5 maximum) < 3 écouvillons 3=< écouvillons<30 30=< écouvillons<100 écouvillons >=100 RT-PCR temps réel Eluats d'arn 1 à X éluats RT- mélange d'écouvillons (5 maximum) RT- mélange d'écouvillons (5 maximum) Ecouvillon cloacal 1 à X écouvillons Ecouvillon trachéal, cloacal Ecouvillon trachéal, cloacal, organe, fientes Eluats d'arn, lorsque l'analyse est couplée avec une recherche Influenza aviaire < 3 échantillons 3=< échantillons<30 1 à X éluats RT-PCR temps réel Ecouvillon trachéal, laryngé ou mélange de 3 BIOLOGIE MOLECULAIRE - Porc Virus Influenza porcin de type A gène M dont H1N1 pandémique RT-PCR temps réel écouvillon Ecouvillon nasal 1 3 Virus Influenza porcin de type A sous type pandémique H1N1/2009 uniquement RT-PCR temps réel éluat Eluat 1 3 Leptospires pathogènes Eau, organe, urine 1 à X échantillon Aujeszky (Virus de la maladie de) PCR temps réel Ecouvillon nasal ou pharyngé Brachyspira hyodysenteria et pilosicoli Peste Porcine Classique (PPC) Syndrome Dysgénésique Respiratoire Porcin (SDRP) PCR temps réel Fèces ou mélange de 3 PCR temps réel Sang EDTA et rate PCR temps réel Sang EDTA, sérum et sperme ou écouvillon Virus Diarrhée Epidémique Porcine (DEP dont nouveau variant)/get RT-PCR temps réel DEP ET GET Fèces BIOLOGIE MOLECULAIRE - Equin 5/7

23 SA 3 - VIROLOGIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE Artérite Virale Equine (AVE) PCR temps réel Sperme Leptospires pathogènes Eau, organe, urine 1 à X échantillon Virus Influenza équin de type A primo diagnostic, gène M Rhinopneumonie équine (Herpes Virus equin 1) Rhinopneumonie équine (Herpes Virus equin 4) Rhinopneumonie équine (Herpes Virus equin 1 et 4) PCR temps réel Ecouvillon nasal ou pharyngé ou mélange de 3 PCR temps réel Ecouvillon nasal PCR temps réel Organe (foie, poumon, rate d'avorton) PCR temps réel Ecouvillon nasal PCR temps réel Organe (foie, poumon, rate d'avorton) PCR temps réel Ecouvillon nasal PCR temps réel Organe (foie, poumon, rate d'avorton) BIOLOGIE MOLECULAIRE - Carnivores domestiques Leptospires pathogènes Eau, organe, urine 1 à X échantillon BIOLOGIE MOLECULAIRE - Matrices alimentaires Recherche allergènes en PCR temps réel: Amande, Arachide, Céleri, Crustacés, Gluten, Lupin, Mollusques, Moutarde, Noisette, Noix, Pistache, Poisson, Sésame, Soja Recherche espèce animale: Porc, bœuf, poulet Recherche espèce animale: Porc, bœuf, poulet, dinde, chèvre, mouton PCR temps réel en quantification relative sur échantillon PCR temps réel en qualitative sur Matrices alimentaires 1 à X échantillons Matrices alimentaires 1 à X échantillons Matrices alimentaires 1 à X échantillons Recherche d une espèce de vertébré terrestre particulière (Bœuf, porc, poulet, dinde, chèvre, mouton) au seuil de 1% à partir d un éluat d ADN. PCR temps réel, sur Cette recherche fait suite à la détection et l'identification de cette espèce dans une matrice alimentaire par technique d hybridation d ADN sur puce Matrices alimentaires 1 à X échantillons Détection et identification de vertébrés terrestres (24 espèces) Hybridation d'adn sur puce Matrices alimentaires >400 échantillons annuels <400 échantillons annuels 6/7

24 SA 3 - VIROLOGIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE Recherche d une espèce de vertébré terrestre particulière (Buffle, lapin...) au seuil de 1% à partir d un éluat d ADN. Cette recherche fait suite à la Hybridation d'adn sur détection et l'identification de puce cette espèce dans une matrice alimentaire par technique d hybridation d ADN sur puce Identification d'une espèce de poisson ou d'un mélange d'espèces de poissons Analyse de profils électrophorétiques d'adn après restriction enzymatique et comparaison à une base de données Matrices alimentaires 1 à X échantillons Matrices alimentaires 1 à X échantillons Détection d'adn de ruminant (PAT) par PCR temps réel selon R(CE) 51/2013 Matrices alimentaires, farines animales, farines de sang, farines de poisson 1 à X échantillons Techniques ELISA - Ruminants Escherichia coli K99, recherche d'antigène Cryptosporidium parvum, recherche d'antigène ELISA, échantillon ELISA, échantillon Fèces 1 à X échantillons Fèces 1 à X échantillons Coronavirus bovin, recherche d'antigène Rotavirus bovin, recherche d'antigène ELISA, échantillon ELISA, échantillon Escherichia coli K99, Cryptosporidium parvum, ELISA, échantillon Coronavirus bovin, Rotavirus bovin, recherche des 4 antigènes BVD/MD (Maladie des Muqueuses), recherche d'antigène E0/Gp48 ELISA, échantillon Fèces 1 à X échantillons Fèces 1 à X échantillons Fèces 1 à X échantillons Oui Sérum 1 à X sérums VIROLOGIE - Toutes espèces Aujeszky (Virus de la maladie de) Parvovirus canin, recherche d'antigène Culture cellulaire Ecouvillon nasal ou pharyngé 1 échantillon Artérite Virale Equine (AVE) Culture cellulaire + PCR Recherche d'un virus bovin particulier (RSV,PI3,BVD ou IBR) Hémagglutination puis inhibition d'hémagglutination Culture cellulaire Organe Sperme 1 échantillon 1 échantillon Féces ou contenu anse intestinal 1 échantillon Poumon, liquide d'aspiration transtrachéal ou lavage trachéobronchique, sérum 1 échantillon 7/7

25 SA 4 - IMMUNO SEROLOGIE SEROLOGIES BOVINES Brucellose, recherche Besnoitiose (Besnoitia Besnoiti), recherche BVD/MD (Maladie des Muqueuses), recherche p80 BVD/MD (Maladie des Muqueuses), recherche d'antigène E0 Chlamydiose, recherche Epreuve à l'antigène Tamponé (EAT) Oui Sérum <10 sérums 10< sérums<100 sérums > 100 sérums >=300 Fixation du complément Oui Sérum 1 à X sérums ELISA, Oui 1 à X sérums Sérum ELISA, mélange d'échantillons (10 max) Oui 2 à X sérums ELISA, Oui Sérum 1 à X sérums ELISA, Oui Sérum 1 à X sérums ELISA, Oui Sérum 1 à X sérums Fixation du complément Oui Sérum 1 à X sérums Diagnostic de gestation chez la vache: test de dépistage sanguin précoce consistant à rechercher des ELISA, glycoprotéines placentaires Oui Sérum et lait 1 à X sérums (trophectodermes) associées à la gestation dès 28 jours après insémination Fasciolose (Distomatose/grande douve), recherche Fièvre Catarrhale Ovine (FCO), recherche Fièvre Q (Coxiella burneti ), recherche Hypodermose bovine (Varron), recherche IBR/IPV (Rhinotrachéite Infectieuse Bovine/Vulvovaginite Pustuleuse infectieuse), recherche ELISA, 1 à X sérums Sérum, lait ELISA, mélange d'échantillons 2 à X sérums ou lait ELISA, Oui Sérum 1 à X sérums Fixation du complément Oui 1 à X sérums Sérum ELISA, Oui 1 à X sérums ELISA, ELISA, mélange d'échantillons (max 10) Oui Sérum 1 à X sérums ELISA indirecte, Oui Sérum 1 à X sérums 1/7

26 IBR/IPV (Rhinotrachéite Infectieuse Bovine/Vulvovaginite Pustuleuse infectieuse), recherche gb IBR/IPV (Rhinotrachéite Infectieuse Bovine/Vulvovaginite Pustuleuse infectieuse), recherche ge IBR/IPV (Rhinotrachéite Infectieuse Bovine/Vulvovaginite Pustuleuse infectieuse): Contrôle à l'introduction; recherche IBR/IPV (Rhinotrachéite Infectieuse Bovine/Vulvovaginite Pustuleuse infectieuse), recherche ELISA compétition, Oui Sérum 1 à X sérums ELISA, Oui Sérum 1 à X sérums ELISA indirecte avec recontrôle mutualisé des échantillons positifs en ELISA compétition gb, Oui Sérum 1 à X sérums ELISA, mélange d'échantillons Oui Sérum 2 à X sérums 2/7

27 SEROLOGIES BOVINES (suite) LBE (Leucose Bovine Enzootique), recherche ELISA, Oui 1 à X sérums Sérum ELISA, mélange d'échantillons (10 max) Oui 2 à X sérums Lyme ( maladie de), recherche Néosporose (Neospora caninum), recherche Ostertagiose (Ostertagia ostertagi), recherche Paratuberculose (Mycobacterium avium paratuberculosis, Bacille de Johne), recherche PI3 (Parainfluenza III Virus), recherche RSV/VRS (Virus Respiratoire Syncytial), recherchd Schmallenberg (virus), recherche Immunoflurescence Sérum 1 à X sérums ELISA, Sérum 1 à X sérums ELISA, Lait 1 à X laits ELISA, Oui Sérum 1 à X sérums ELISA, Oui Sérum 1 à X sérums ELISA, Sérum 1 à X sérums ELISA, Sérum 1 à X sérums SEROLOGIES PETITS RUMINANTS Brucellose, recherche Chlamydiose, recherche Fièvre Catarrhale Ovine (FCO), recherche Fièvre Q (Coxiella burneti ), recherche Néosporose (Neospora caninum), recherche Epreuve à l'antigène Tamponé (EAT) Oui Sérum <10 sérums 10< sérums<100 sérums>100 sérums>=300 Fixation du complément Oui Sérum 1 à X sérums Fixation du complément Oui Sérum 1 à X sérums ELISA, Oui Sérum 1 à X sérums Fixation du complément Oui 1 à X sérums ELISA, Oui Sérum 1 à X sérums ELISA, Sérum 1 à X sérums Paratuberculose (Mycobacterium avium paratuberculosis, Bacille de Johne), recherche ELISA, Oui Sérum 1 à X sérums Schmallenberg (virus), recherche Toxoplasmose (Toxoplasma gondii), recherche Visna Maedi (virus), recherche ELISA, Sérum 1 à X sérums Hémagglutination, Sérum 1 à X sérums ELISA, Oui Sérum 1 à X sérums 3/7

28 4/7

29 SEROLOGIES EQUINES Brucellose, recherche Anémie Infectieuse des Equidés (AIE), recherche des anticorps Artérite Virale Equine (AVE), recherche Grippe Equine, recherche Morve, recherche West Nile, recherche IgG West Nile, recherche IgM Lyme ( maladie de), recherche Epreuve à l'antigène Tamponé (EAT) Oui 1 à X sérums Sérum Fixation du complément Oui 1 à X sérums Immuno-diffusion en gélose (IDG) Oui Sérum 1 à X sérums Séron-neutralisation (SN) Oui Sérum 1 à X sérums ELISA, Sérum 1 à X sérums Fixation du complément Sérum 1 à X sérums ELISA, Sérum 1 à X sérums ELISA, Sérum 1 à X sérums Immunoflurescence Sérum 1 à X sérums SEROLOGIES PORCINES Brucellose, recherche Chlamydiose, recherche Actinobacillus pleuropneumoniae, recherche d 'anticorps Virus de la Diarrhée Epidémique Porcine (nouveau variant), recherche Epreuve à l'antigène Tamponé (EAT) Oui Sérum <10 sérums 10< sérums<100 sérums>100 sérums>=300 Fixation du complément Oui Sérum 1 à X sérums Fixation du complément Oui Sérum 1 à X sérums ELISA de screening sérovars 1 à 12, ELISA sérovars 1,9 et 11, échantillon ELISA sérovar 2, Sérum 1 à X sérums Immunoflurescence Sérum 1 à X sérums 5/7

30 SEROLOGIES PORCINES (suite) Aujeszky (maladie d'), recherche Coronavirus porcins (GET/CVRP), recherche Gale porcine, recherche Grippe porcine (H1N1,H1N2,H3N2), recherche Fièvre Aphteuse, recherche Mycoplasma hyopneumoniae, recherche Parvovirus porcin, recherche Peste Porcine Classique (PPC), recherche Syndrome Dysgénésique Respiratoire Porcin (SDRP), recherche Lyme ( maladie de), recherche ELISA gb, ELISA gb, mélange d'échantillons (5 max) Oui Oui Sérum Papier buvard Sérum ELISA ge, Oui Sérum Séro-neutralisation (SN) ELISA, Séro-neutralisation (SN) Oui Oui Papier buvard 1 à X sérums (prise en charge Etat de 2,13 pour les contrôles Prophylaxie) 1 à X buvards (prise en charge Etat de 2,13 pour les contrôles Prophylaxie) 2 à X sérums (prise en charge Etat de 2,13 pour les contrôles Prophylaxie) 2 à X buvards (prise en charge Etat de 2,13 pour les contrôles Prophylaxie) 1 à X sérums (prise en charge Etat de 2,13 pour les contrôles Prophylaxie) ELISA, Sérum 1 à x sérums ELISA, Sérum 1 à x sérums ELISA, (agréé) Sérum 1 à x sérums ELISA, Sérum 1 à x sérums Inhibition d'hémagglutination (IHA) Sérum 1 à x sérums ELISA, Séro-neutralisation (SN) ELISA, ELISA, mélange d'échantillons Oui Sérum Sérum 1 à x sérums 1 à X sérums Oui Sérum 1 à X sérums Papier buvard 1 à X buvards Oui Sérum 2 à X sérums Papier buvard 2 à X buvards Immunoflurescence Sérum 1 à X sérums 6/7

31 SEROLOGIES AVIAIRES Influenza aviaire, recherche Mycoplasma gallisepticum, recherche Mycoplasma meleagridis, recherche Virus de type A, par immuno-diffusion en gélose (IDG), test de criblage Virus de type A, par immuno-diffusion en gélose (IDG), test de confirmation Virus de type A, par immuno-diffusion en gélose (IDG), enquête Hémagglutines H5 et H7 par inhibition d'hémagglutination (IHA), enquête Hémagglutines H5 par inhibition d'hémagglutination (IHA) Hémagglutines H7 par inhibition d'hémagglutination (IHA) Oui Oui Oui Sérum 1 à X sérums Agglutination rapide sur lame (ARL) Oui Sérum 1 à X sérums Agglutination rapide sur lame (ARL) Oui Sérum 1 à X sérums Mycoplasma synoviae, recherche Newcastle (Maladie de), recherche Ornitho-Psitacose, recherche Salmonella gallinarum, recherche VHD (Viral Hemorrhagic Disease), recherche Agglutination rapide sur lame (ARL) Oui Sérum 1 à X sérums ELISA, Sérum 1 à X sérums Inhibition d'hémagglutination (IHA) Oui Sérum 1 à X sérums Fixation du complément Oui Sérum 1 à X sérums Agglutination rapide sur lame (ARL) Oui Sérum 1 à X sérums Inhibition d'hémagglutination (IHA) Sérum 1 à X sérums SEROLOGIES CARNIVORES Carré (Maladie de), Recherche Coronavirus canin, recherche Lyme ( maladie de), recherche Hépatite de Rubarth, Recherche Herpès virus canin, recherche Parvovirose canine, recherche Péritonite Infectieuse féline (PIF), recherche Rage, recherche Séro-neutralisation (SN) Séro-neutralisation (SN) Sérum Sérum 1 à 5 sérums > 6 sérums 1 à 5 sérums > 6 sérums Immunoflurescence Sérum 1 à X sérums Séro-neutralisation (SN) Sérum 1 à 5 sérums > 6 sérums Séro-neutralisation (SN) Sérum 1 à 5 sérums > 6 sérums Inhibition d'hémagglutination Sérum 1 à X sérum Immuno-fluorescence Nion Sérum 1 à X sérum Séro-neutralisation (SN) Oui Sérum 1 à X sérums 7/7

32 SA 5 - PARASITOLOGIE Recherche et identification de parasites Examen direct externes Recherche et Examen quantitatif par identification de parasites sédimentation+concentration et œufs de parasites dans par technique de flottation un excrément Phanères, croutes, poils, écouvillons, fèces, parasites,,, 1 à X échantillons Fèces 1 à X échantillons Recherche de larves L1 de strongles repiratoires Recherche de Trichines (Trichinella spiralis ) Recherche de cryptosporidies Giardia, recherche d'ookystes Méthode de Bearman Fèces de moins de 12 heures 1 à X échantillons Digestion à la pepsine, et examen microscopique direct Oui Viande de cheval, porc, sanglier 1 à X échantillons Coloration de Ziehl Neelsen Fèces 1 à X échantillons Immuno-chromatographie Fèces 1 à X échantillons 1/1

33