Diagnostic bactériologique des infections urinaires en 2016

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1 Journée de formation Les actualités diagnostiques des infections urinaires Hôtel Golden Tulip El Mechtel Tunis 25 Novembre 2016 Diagnostic bactériologique des infections urinaires en 2016 AHU. Adam BEN NASR Centre de Maternité et de Néonatologie de Monastir 1

2 Actualisation des recommandat SPILF en : 1. Diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires bactériennes communautaires de l adulte (2015) 2. Prise en charge des infections urinaires de l enfant (2014) 3. Infections urinaires au cours de la grossesse (2015) 4. Révision des recommandations de bonne pratique pour la prise en charge et la prévention des Infections Urinaires Associées aux Soins (IUAS) de l adulte (2015) 2

3 IU bactériennes communautaires de l adulte Outils de diagnostic: BU ECBU 3

4 Bandelettes urinaires Principe: Détecter simultanément et rapidement une leucocyturie (leucocyte estérase) et une bactériurie (nitrite). Prélèvement: Deuxième jet urinaire. Séjour dans vessie >4h Récipient propre et sec mais non stérile Toilette périnéale préalable n'est pas nécessaire. Urines fraîchement émises. La lecture à T ambiante, 1 ou 2 min (selon les tests) après le trempage. Respect strict des temps de lecture. Lecture par automates possible (trace écrite du résultat). 4

5 Faux positifs Mauvais recueil urinaire :présence de leucocytes d origine vaginale Trichomonas Faux positifs Leucocytes Le seuil de détection est d environ 10 4 /mm 3 Faux négatifs Infections à un stade précoce Neutropénie Fortes glycosurie, protéinurie ou cétonurie Acide borique, acide ascorbique ou acide oxalique Certains antibiotiques: C1G, Tet, FTN, GMN Nitrites Le seuil de détection est de 10 5 UFC/mL Faux négatifs Très rares IU à bactéries NR négative: Staphylococcus, Enterococcus, Séjour des bactéries trop bref dans les urines Bactériurie faible Régime restreint en nitrates ph urinaire acide Ttt par acide ascorbique 5

6 Test de dépistage Négatif Positif Infection urinaire Présente Absente VP FP VPP VP/(VP+FP) FN VN VPN VN/(VN+FN) Sensibilité VP/(VP+FN) Spécificité VN/(VN+PF) 6

7 Performances diagnostiques Association des 2 tests (LE+NI) Performances ++ Femme symptomatique leucocytes (-) et nitrites (-) très bonne VPN (>95%) (si pas d'immunodépression grave) BU (-) élimine le diagnostic Cystite simple BU! Cystite à risque PNA BU+ ECBU Homme symptomatique leucocytesou nitrites (+) VPP de 90% Leucocytes et nitrites (+) VPP > 90 % BU (-) chez 29% des hommes < 60 ans avec IU BU (+) conforte le diagnostic BU+ ECBU 7

8 Le dépistage dans la littérature 60 à 80 % des urines mises en culture Résultat négatif Performances: Sensibilité élevée ( FN) Spécificité bonne ( FP) 8

9 Techniques de dépistage dans la littérature - Bandelettes urinaires: très controversées. - Systèmes automatisés: Cytométrie en flux (Sysmex UF): pas de standardisation, beaucoup de FN. (Gutierrez-Fernandez, 2012) Analyse automatisée des images microscopiques (iq200): pas de standardisation (Russcher, 2016) Microcalorimétrie isothermale. (Bonkat,, 2016) - MALDI-TOF: Identification : quelques minutes. Préttt lourd. (Haiko, 2016, Inigo, 2016) - Mesure de l ATP bactérien, hybridation avec sondes fluorescentes 9

10 Examen CytoBactériolgique des Urines 10

11 Le prélèvement Au moins 4 h après la miction précédente. Le prélèvement doit être précédé de: - Hygiène des mains (lavage à l'eau et au savon ou friction avec un SHA - Toilette de la région urétrale ou vulvaire (savon ou lingettes) - Rinçage - Antiseptique (d un seul geste d avant vers l arrière chez la femme). Milieu de jet: la plus fréquemment utilisée Eliminer le premier jet (20 ml urines). Recueillir les ml suivants dans un flacon stérile sans en toucher le bord supérieur. 11

12 Exemple d affiche pouvant accompagner les instructions orales 12

13 Conditions de transport et de conservation Idéalement: Ensemencement dans les 20 min. Sinon: Conserver <2 h à θ ambiante Conserver à <24 h +4 C. Acide borique <48 h θ ambiante 13

14 Conservation par l acide borique 14

15 Rien sur la méthode de la lame immergée Face 1: milieu CLED (Cystine Lactose Electrolyte Déficient ; coloration verte) Face 2 : milieu Mac Conkey (couleur brun rouge) Le personnel soignant plonge dans l urine une lame utilisée pour le dénombrement. Le laboratoire reçoit l'urine accompagnée de la lame immergée ensemencée. Incuber heures à 37 C en position verticale. 15

16 Etudes sélectionnées: 35 parmi > 5000 Femmes: taux de contamination milieu de jet avec nettoyage sans nettoyage Hommes: - taux de contamination premier jet> milieu de jet - taux de contamination milieu de jet avec nettoyage sans nettoyage 16

17 Conservation à T ambiante: +10% de colonies après 4h > 135% de colonies après 24h Ne pas techniquer les urines qui ont passé >4h à T ambiante Réfrigération conservation ac.borique Conviennent pour préserver les urines jusqu à 24h. 17

18 Renseignements cliniques nécessaires indispensables : - Modalités de prélèvements (milieu de jet, ponction suspubienne, sondage), - Contexte de prescription (IU, bilan pré-interventionnel), - Terrain (antécédents, grossesse, immunodépression grave), - Antibiothérapie récente. - Dans l'optique des antibiogrammes restreints : Ces renseignements cliniques nécessaires pour adapter la liste des ATB à tester. 18

19 Examen direct Le dénombrement des éléments figurés peut se faire - Manuellement - Méthodes automatisées: Cytométrie en flux Objectiver et quantifier une leucocyturie Reconnaître une bactériurie 19

20 Cellules de Malassez Désinfecter apès utilisation ++ 20

21 Système Kova slide Lames en plastique prêtes à l emploi : Usage unique. Chaque lame comporte 10 puits de comptage. Chaque puits de comptage comprend une grille comportant 9 grands carrés, chacun découpé en 9 petits carrés. Le vol retenu sur la grille est de 1 µl (1 mm 3 ). 21

22 Système Kova slide Ne Compter que les cellules situées à l intérieur des carrés ; les cellules à cheval sur les traits de la grille ne sont pas prises en compte. Pour les leucocyturies faibles, toute la grille (correspondant à 1 µl ou 1 mm 3 d'urine) : N = nombre d éléments par µl Pour les leucocyturies moyennement élevées: 9 petits carrés: N = n x 10 Pour les leucocyturies beaucoup plus élevées: Un petit carré: N = n x 90 22

23 Automates de cytologie urinaire Cytométrie en flux l analyse morphologique des particules après capture par un système vidéo Plusieurs automates existent depuis plus d une dizaine d années Ne différencient pas les bactéries mortes des bactéries vivantes. Le dénombrement des germes urinaires doit toujours être confirmé par la culture. 23

24 Leucocyturie Leucocyturie significative si >10 4 /ml (soit > 10/mm 3 ) Ce seuil Techniques microscopiques. légère variation en cas de lecture automatisée (cytométrie de flux). La leucocyturie peut être absente au cours d authentiques IU, quand l ECBU précoce, neutropéniques, ou si les urines ne sont pas traitées rapidement (lyse possible des leucocytes). Une leucocyturie n est pas spécifique d'iu. vulvo-vaginite, maladie inflammatoire, urétrite, posthite [inflammation du prépuce], tuberculose... VPN 97% VPP faible < 50%. 24

25 25

26 Rechercher les Bactéries à l'examen direct? - Peu sensible pour les urines non centrifugées Un ED négatif n'exclut pas le diagnostic d'iu. - Bactéries au Gram orienter le ttt antibiotique ou inciter à refaire le pvt selon le caractère mono- ou polymicrobien. - Gram Systématique en cas d'iu avec signe de gravité, effectuée sur demande du clinicien ++ (tableau clinique atypique, bandelette urinaire douteuse...). Une bactériurie sans leucocyturie: - Contamination (mauvaises conditions de prélèvements). - Colonisation urinaire. - une IU débutante. - Rarement une IU chez le patient neutropénique. 26

27 Ensemencement à l anse calibrée 10 µl La plus utilisée ++ Nécessite un milieu non sélectif coulé en boite de Petri Il a été montré que l'imprécision inhérente de l anse (10 µl ou 1 µl) peut entraîner un taux d'erreur >50%, et l'angle d'inoculation peut également avoir un impact significatif sur le nombre de colonies rapportées (Doern et al, 2016). 27

28 Méthode de l ensemenceur en spirale 28

29 Milieux de culture La plupart des infections urinaires sont monomicrobiennes et dues à des entérobactéries donc à des bactéries non exigeantes. Un milieu de base NON SÉLECTIF suffit le plus souvent. BCP: BromoCresol Purple CLED: Cystine Lactose Electrolyte Deficient Peptones, extrait de viande de boeuf, agar, lactose, pourpre de bromocrésol Peptones, extrait de viande, hydrolysat de caséine, agar, cystine, lactose, Bleu de bromothymol 29

30 Milieux chromogènes Prix élevé Sont préférés aux milieux classiques (BCP, CLED). Ils permettent : - Une très bonne différenciation détection des urines polymicrobiennes, - Une id directe d E. coli, du genre Enterococcus, et de P. mirabilis par tests complémentaires simples (EF, indole) une économie de réactifs (galeries ) et de temps de manipulation. - Une orientation de l identification des KESC et des autres espèces de Proteus, des genres Providencia ou Morganella antibiothérapie rationnelle + rapide. rester vigilant et confronter les résultats de l antibiogramme avec l Identification 30

31 Exemples de Milieux chromogènes Exemples de marques: chromid CPS ELITE (Biomérieux)*, UriSelect 4 (Bio-Rad), URICHROM III (International Microbio), CHROMagar orientation medium (BD)**, Brillance UTI Agar (Oxoid), UTIC (CONDA) 31

32 Interprétation de la culture Patient symptomatique + leucocyturie 10 4 /ml Groupe Espèces bactériennes E. Coli S. saprophyticus Entérobactéries (sauf E. coli) Entérocoque* C. urealyticum P. Aeruginosa S. aureus S. agalactiae Staph à coagulase (-) (sauf S. saprophyticus) Acinetobacter spp. S. maltophilia Autres Pseudomonaceae Lactobacilles Streptocoques α-hémolytiques G. vaginalis Bifidobacterium spp. Bacilles diphtérimorphes (sauf C. urealyticum) Candida spp Seuil de significativité 10 3 UFC/ml Homme Femme 10 3 UFC/ml 10 4 UFC/ml 10 5 UFC/ml Contaminants sauf ponction sus-pubienne *10 5 UFC/mL si avec E. coli 33 10

33 Ponction sus-pubienne: Seuil 10 UFC/mL pour les bactéries des groupes 1 à 4. Sondage simple: Seuil 10 3 UFC/ml, pour les bactéries des groupes 1 à 3. > 2 types de colonies STOP (sauf situation très particulière, en concertation avec le clinicien). En l absence d antibiothérapie en cours, < 10 3 UFC/ml est en faveur d une absence d IU/colonisation. 34

34 Définition d urines contaminés SPILF 2015: bactéries du groupe 4 (sauf ponction sus-pubienne) > 2 types de colonies (sauf situations très particulières) Situation 1: bactérie du gpe UFC/mL + b du gpe 3 entre 10 4 et 10 5 UFC/mL? Situation 2: SGB > 105 UFC/mL + 5 colonies E.coli + 5 colonies Enterococcus? Situation 3: 3 espèces en numération < seuils? 35

35 Définition d urines contaminés? Pb Bekeris et al, Laboratories US Sturenburg et al, isolats sans prédominance ou Bactéries uropathogènes 36

36 37

37 IU de l enfant 38

38 SPILF 2015 NNé Neutropénie Sepsis > 1 mois BU ECBU (-)/(-) LE++,+++/ NI+,++ LE+,++,+++/NI(-) LE(-)/NI+ VPN>95% ECBU ECBU ECBU pvt au jet pvt au jet poche à urines* cathéterisme urethral ponction sus-pubienne poche à urines* * À éviter. VPP<50% 39

39 Pas de recommandations sur: - La méthode de recueil - les seuils de bactériurie significative - la définition de la contamination 40

40 Que dit la littérature? Choix difficile de la méthode de recueil 41

41 Taux de contamination Pvt difficle < 2ans Poche à urines Pvt au jet Cathétérisme Aspiration suprapubienne Recommandés au UK Recommandés par l Académie Américaine de Pédiatrie 42

42 Poches à urines: non recommandés Pvt au jet avec nettoyage: recommandé Pvt au jet sans nettoyage: non recommandé Seuils de positivité: pvt au jet et poche: 10 5 UFC/mL ponction suspubienne, cathétérisme: toute croissance, 10 2, 10 3, 10 5 UFC/mL, culture pure Contamination: culture mixte ꓯcc, culture mixte > 10 5 UFC/mL, toute culture < 10 5 UFC/mL 43

43 Poches d urines fortement déconseillés. Seule utilité: culture négative Sensibilité BU Ni faible: vidange rapide. 44

44 IU au cours de la grossesse 45

45 Définitions Colonisation urinaire = bactériurie asymptomatique: sur 2 cultures consécutives (réalisées à 1 ou 2 semaines d intervalle), même bactérie à un seuil > 10 5 UFC/ml Infection urinaire: signes cliniques évocateurs + leucocyturie + bactériurie significative 46

46 Colonisation urinaire gravidique BU (controversées mais recommandées) Performances de la BU pour le dépistage de la colonisation urinaire gravidique Leucocytes seuls Nitrites seuls Combinés Sensibilité 60-70% 50-60% 38-80% Spécificité 96% 98-99% % Valeur prédictive positive 28-98% 75-82% % Valeur prédictive négative 90-99% 82-98% 79-94% Si Positive en LE ou NI ECBU Seuil 10 5 UFC/mL 47

47 Dépistage de la colonisation urinaire gravidique : Toutes les femmes enceintes: BU au 4 ème, 5 ème, 6 ème, 7 ème, 8 ème et 9 ème mois Si BU (+) (leucocytes ou nitrites positifs) ECBU femmes a haut risque d'iu (uropathie sous-jacente, diabète, antécédent de cystite aigue récidivante) : ECBU d'emblée à la première consultation de début de grossesse et au 4 ème, 5 ème, 6 ème, 7 ème, 8 ème et 9 ème mois ECBU de contrôle ECBU 8 à 10 jours après arrêt du traitement, puis mensuel jusqu à l accouchement 20

48 Colonisations urinaires à Streprococcus du groupe B SPILF 2015: seuil unique 10 5 UFC/mL pour toutes les bactéries CDC 2002: toute bactériurie à SGB doit être notifiée par le laboratoire ꓯla cc CDC 2010: seuil de bactériurie 10 4 UFC/mL SGB en culture pure ou mixte. 49

49 Cystite aigue gravidique PNA gravidique ECBU Interprétation de la culture leucocyturie 10 4 /ml Groupe Espèces bactériennes E. Coli S. saprophyticus Entérobactéries (sauf E. coli) Entérocoque C. urealyticum P. aeruginosa S. aureus S. agalactiae Staph à coagulase (-) (sauf S. saprophyticus) Acinetobacter spp. S. maltophilia Autres Pseudomonaceae Candida spp Lactobacilles Streptocoques α-hémolytiques G. vaginalis Bifidobacterium spp. Bacilles diphtérimorphes (sauf C. urealyticum) Seuil de significativité 10 3 UFC/ml 10 4 UFC/ml 10 5 UFC/ml Contaminants sauf ponction sus-pubienne Contrôle: ECBU 8 à 10 jours après arrêt du traitement, puis mensuel jusqu à l accouchement 50 10

50 IU associées aux soins 51

51 Absence de dispositif endo-urinaire ECBU - Pvt milieu de jet - Seuils de leuco et bactériurie = Inf communautaires Dispositif endo-urinaire ECBU - Ponction opercule de la sonde - Leucocyturie - 1 ou 2 espèces bactériennes - Seuil 10 5 UFC/mL. Si < 10 5 clinique prime, controler sur nveau pvt + Antibiogramme systématique Possibilité de faire ECBU à 48-72h si mauvaise évolution 53

52 Merci de votre attention 54