Lettre d été 2013 du Club Jeune de Spectrométrie de Masse

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1 Lettre d été 2013 du Club Jeune de Spectrométrie de Masse Et voici donc la 2 ème lettre du CJSM. Un grand merci à ceux qui nous ont envoyé leurs contributions! Dans l ordre, Julien pour son récit des RCJSM 2013, Adrian pour son reportage plein de soleil au sujet du 2 nd ME-Med MS MASSA, Lucille pour son article complet et très intéressant relatant les points marquants des deux congrès de Métabolomique auxquels elle a eu la chance de participer cette année et finalement à Marie qui a traversé l Atlantique pour assister à l ASMS! Pour finir vous pourrez trouver quelques infos sur la vie du CJSM (demi-journée à Eupa, élections pour le bureau, candidatures pour l organisation des futures rencontres ) Très bonne lecture et bonnes vacances!! 1

2 Retour sur les RCJSM 2013 par Julien Les rencontres du Club des Jeunes Spectrométristes de Masse étaient cette année fixées du 08 au 12 Avril, à Izeste, dans le Béarn. Cette semaine a offert la possibilité à l ensemble des jeunes chercheurs d échanger leurs différentes expériences professionnelles grâce aux nombreuses présentations orales effectuées, tout en apprenant à se connaitre lors des repas, soirées et activités prévues par le bureau et les organisateurs. Pendant 4 jours, des cours, présentations orales et interventions de constructeurs nous ont permis de découvrir les centres d intérêt de chacun, tout en (re)voyant certains aspects théoriques et pratiques de la spectrométrie de masse. Toutes les présentations ont été d une grande richesse technique et culturelle, et j ai notamment gardé un très bon souvenir de la présentation effectuée par Mickael DOUE, du laboratoire LABERCA de Nantes. Son travail porte sur le dépistage de l utilisation d hormones stéroïdiennes telles que l œstradiol ou la testostérone dans l élevage bovin, hormones dont l utilisation est proscrite depuis une vingtaine d années par l Union Européenne. La détection de ces hormones ainsi que de leurs métabolites directs se faisant dans l urine, la fixation de valeurs seuils à respecter est très difficile du fait d une grande variabilité inter- et intra-individuelle. Les travaux présentés montrent que l établissement d un profil stéroïdien à partir de nombreux stéroïdes, libres ou conjugués, analysés par LC- ou GC-MS/MS pouvait permettre la discrimination entre les animaux traités et non traités par des hormones de croissance. L utilisation de modes d acquisition semi- ou non-ciblés leurs a aussi permis d identifier de nouveaux biomarqueurs potentiels de l administration abusive d hormones stéroïdiennes. Cette très belle présentation nous a fait prendre conscience de l importance et de la difficulté que peuvent représenter la fixation de seuil, que ce soit comme ici dans le cas de l utilisation de produits hormonaux dans l industrie agro-alimentaire, mais aussi dans le cas de diagnostic pathologiques basés sur la détection de biomarqueurs. Julien Parra (LAMBE,Evry) 2

3 2 nd ME-Med MS MASSA 2013 Récit d Adrian Le 2 nd Middle Eastern-Mediterranean Sea Region Countries Mass Spectrometry Workshop (2 nd ME-Med MS MASSA 2013) a été organisé par la Società Chimica Italiana dans la très belle ville de Sienne dans la région de la Toscane, de plus, le workshop a coïncidé avec «il Palio» course de chevaux qui date du Moyen Âge, réalisé dans la «piazza del campo» en plein centre-ville. Cet intéressant rendez-vous m a permis de retrouver la spectrométrie de masse dans un cadre différent, plus relax, plus familial (autour de 50 participants) avec des personnalités reconnues internationalement sur le plan de la spectrométrie de masse avec qui on peut en discuter pendant le coffee break ou pendant le repas. En outre, ce workshop m a permis aussi de rencontrer d autres jeunes thésards provenant de différents coins du monde, comme l Italie, la Roumanie, la Grèce, le Portugal et la Chine, et ainsi échanger et partager des expériences vécues pendant la thèse. La troisième édition de ce workshop sera en 2015 à Athènes!!! Sans hésiter je vous conseille, si vous avez l opportunité, d y aller. Adrian Schwartzenberg (LSOB, IPCM, Paris) 3

4 Congrès de Métabolomique 2013 par Lucille J ai eu la chance de participer à 2 Congrès de Métabolomique en juin et juillet 2013 ; celui du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique (RFMF) à Amiens du 10 au 12 juin et ensuite à la 9 ème Conférence Internationale de la Metabolomics Society à Glasgow du 1 er au 4 juillet. J ai donc eu, en très peu de temps, un aperçu global des avancées en métabolomique au niveau national et international que ce soit d un point de vue instrumental, traitement de données, élucidation structurale ou résultats plus globaux dans des domaines aussi variés que la santé, l environnement ou la microbiologie. Plus en détails, le RFMF regroupait à Amiens une centaine de scientifiques autour de sessions aussi variées que les développements technologiques en bioinformatique et traitements statistiques, les développements méthodologiques en métabolomique, fluxomique, lipidomique et adductomique, l environnement, la santé, la microbiologie, la fluxomique et les agroressources. Le traitement de données et l identification des métabolites restent des étapes encore souvent longues et fastidieuses, j ai donc été particulièrement marquée par la présentation de Pierre Péricart de l ABiMS à Roscoff intitulée «Vers une Galaxy Métabolomique?». La plateforme Galaxy, accessible par une simple interface web et développée comme une «boîte à outils» intègre différents modules de traitement et d annotation de donnés métabolomiques mais aussi d outils statistiques complémentaires (ACP, outils de clustering et de normalisation des données ) pour former un «workflow» complet utilisable, à terme, en routine par les biologistes, massistes, statisticiens et bioinformaticiens. J ai également beaucoup apprécié la présentation d Estelle Rathahao-Paris de l INRA (AgroParisTech) intitulée «Caractérisation rapide du xénométabolome par spectrométrie de masse à très haute résolution (LTQ-Orbitrap) combinée à un filtre de défaut de masse.» Elle a montré que l utilisation d un filtre de défaut de masse (le défaut de masse étant la partie non-intégrale de la valeur m/z) pouvait aider à extraire les ions d intérêt, même ceux de faible abondance, dans des matrices biologiques complexes pour la caractérisation rapide de xénobiotiques. L exemple de la vinclozine (fongicide reconnu comme étant un perturbateur endocrinien) a été présenté. L application d un filtre de défaut de masse a permis de réduire le nombre de pics interférant liés à la matrice biologique et a ainsi facilité la détection et l identification des métabolites de la vinclozine ayant conservés le motif dichlorophényl possédant un massif isotopique caractéristique de la présence de deux atomes de chlore. 4

5 La mesure précise des rapports m/z ont permis de déterminer les compositions élémentaires des ions caractéristiques et de leurs ions fragments (MS/MS) pour remonter à la structure des composés. Pour ceux qui souhaiteraient plus de détails, l article cité par Mme Rathahao-Paris est extrêmement bien détaillé : Zhang H., Zhang D., Ray K. and Zhu M. (2009) Mass defectfilter technique and its application to drugmetabolite identification by high-resolution mass spectrometry. Journal of Mass Spectrometry 44, Venant du même institut et en collaboration avec le CSOB de l UPMC (Paris VI), BaiyiXue a abordé «le développement de méthodes d empreintes métabolomiques à haut-débit et à ultra haute résolution (FT-ICR) pour le phénotypage métabolique et l identification structurale de biomarqueurs» de manière très claire. L introduction directe des échantillons en mode d injection en flux continu (FIA) semble être une méthode alternative à la séparation chromatographique très prometteuse qui permettrait de traiter des cohortes de taille importante et envisager une production haut-débit. Les résultats préliminaires obtenus sur des échantillons urinaires ont permis de déterminer un facteur de dilution adéquat pour limiter les effets matrice et favoriser la détection des métabolites. Enfin, en injectant ses échantillons sur UPLC-LTQ-Orbitrap, elle a montré que le systèmefia- FT-ICR permettait de détecter davantage de métabolites. En ce qui concerne l aspect fluxomique, je suis toujours très impressionnée par les présentations de Jean-Charles Portais du LISBP (Toulouse). Lors de son oral, intitulé «Rôle de la régulation post-transcriptionnelle dans le contrôle du métabolisme carboné», il a montré le rôle significatif du système Csr dans l adaptation métabolique aux conditions de vie que rencontre E. Coli dans l intestin. Sa présentation a fait l objet d une session plénière à Glasgow. Lors de ce Congrès, j ai eu l opportunité de présenter mes travaux sous forme de présentation orale intitulée «Identification par spectrométrie de masse à haute résolution d un nouveau métabolite chez la bactérie du sol aérobie stricte AcinetobacterbaylyiADP1», ce qui a donné lieu à des discussions enrichissantes. D un point de vue plus global, ces Septièmes Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique étaient très bien organisées. Le Comité Local UPJV présidé par Eric Gontier a fait un travail remarquable et a su garder cette ambiance très sympathique que j ai grand plaisir à retrouver depuis 3 ans au RFMF. J espère que la création du Club Jeune RFMF se fera rapidement pour échanger encore davantage! 5

6 Metabolomics était également une très belle aventure scientifique et humaine. Plus de 700 scientifiques du monde entier réunis pour parler Métabolomique dans des domaines aussi variés que la recherche médicale, la nutrition, l environnement, la microbiologie et toutes les nouveautés pour les diverses étapes du workflow: instrumentation, traitement des données Le workshop du lundi matin sur «le Rôle et Développement des techniques de séparation en Métabolomique» a permis de faire le point sur les avantages et inconvénients des différents types de chromatographie utililisées en métabolomique. Les intervenants étaient trois grands spécialistes : Dave Watson pour la LC-MS, Oliver Fiehn pour la GC-MS et TomoyoshiSoga pour la CE-MS. J ai eu l opportunité d assister aux conférences de chercheurs, dont les publications m ont beaucoup aidée à aborder la métabolomique en début de thèse et à avancer dans mes travaux. Je citerainotammentmr Dave Watson, Mr Oliver Fiehn, Mr Graham Cooks, Mr Roy Goodacre, MrUwe Sauer ou encore Mr Michael Barrett. Les 2 sessions posters qui regroupaient chacune environ 150 posters m ont permis de discuter méthodologie et notamment biostatistiques. Glasgow est une ville magnifique avec une très belle université. Le repas de Gala au Kelvingrove Museum était fort sympathique avec un groupe de musique écossais qui a réussi à faire danser toutes les nationalités au son de la cornemuse. Je retiendrai tout particulièrement les kilts de Dave Watson et ses étudiants écossais qui nous ont véritablement plongés dans l ambiance! J ai eu plaisir à découvrir Glasgow by night avec mes collègues de Paris, Clermont et Bordeaux mais nous avons également fait de belles rencontres avec des Américains et Canadiens vraiment sympas! Enfin, les initiatives nationale (MetaboHub) et internationale (MetaboLights) ont été abordées lors de ces 2 Congrès et de nombreux postes sont à pourvoir ; avis aux jeunes chercheurs! En résumé, j ai vraiment apprécié ces 2 Congrès où j ai pu voir des avancées vraiment marquantes en métabolomique dans des domaines très variés et où j ai pu découvrir des nouveaux outils qui, je l espère, m aideront à avancer dans mes travaux de thèse. Le prochain Congrès du RFMF aura lieu à Lyon en mai-juin 2014 et Metabolomics 2014 aura lieu à Tsuruoka au Japon du 23 au 26 juin N hésitez plus! Il y a encore beaucoup à faire en métabolomique mais surtout beaucoup à découvrir! Lucille Stuani, Génoscope, CEA, Evry 6

7 L ASMS vue par Marie J ai pu m envoler cette année aux Etats-Unis pour le célèbre congrès de l ASMS qui se déroulait dans la ville de Minneapolis encore surnommée «la ville des lacs», et plus précisément au «convention center» du 9 au 13 juin Une fois les douanes et sécurités passées, le soleil nous a accueilli et nous a permis de profiter de la première soirée tout en visitant cette ville aux rues quadrillées à l Américaine. Une balade dans le parc nous a permis de voir le symbole de Minneapolis : «la cerise dans la cuillère», ainsi que de nombreux petits écureuils roux. La balade s est poursuivie par la traversée du célèbre fleuve du Mississipi. J ai pu assister durant le week-end précédant l ASMS à une «short course» très intéressante sur les différentes sources d ionisation Electrospray, APCI et APPI en HPLC-MS ainsi que sur les récentes avancées des sources d ionisation directes comme le DESI, DART ou l ASAP, dispensé par Robert D. Voyksner. Le conférence d ouverture du congrès a eu lieu le dimanche soir et réunissait environ 7000 personnes dans une immense salle «à l américaine». Les journées du congrès s échelonnaient selon le programme suivant : les «user s meetings» par les différents constructeurs tôt le matin, les conférences et divers oraux les matinées et après-midi, les sessions posters durant la pause déjeuner ainsi que les «workshops» en début de soirées. Il ne fallait pas manquer ensuite les «Hospitality Suites» dans le luxueux Hôtel Hilton où les différents constructeurs présentaient leurs instruments suivis de cocktails, apéritifs dinatoires et distribution de nombreux cadeaux ou «goodies»!!! J ai assisté à diverses conférences sur les thèmes de l instrumentation, l imagerie par spectrométrie de masse, les techniques d ionisation à pression atmosphérique et plus précisément la photoionization ainsi que le développement de l analyse des lipides par spectrométrie de masse. 7

8 Parmi les sessions orales, celle de Zoltan Takats (Imperial College London) s intitulant «Rapid evaporative ionization mass spectrometry, mechanism and applications» m a particulièrement intéressée. Celle-ci portait sur la mise au point d instruments de chirurgie dont le «I Knife», pourvus de sonde spéciales permettant le prélèvement/ionisation de tissus lors d une opération chirurgicale et leur analyse en direct par transfert de ces ions vers un spectromètre de masse. L objectif étant de coupler cette technique à un spectromètre de masse portatif permettant une analyse ultra-rapide. J ai pu participer au congrès par la présentation d un poster intitulé «Optimization of supercritical fluid chrmatography coupled to mass spectrometry for lipid analysis». Cela a été très enrichissant de pouvoir discuter avec différentes personnes travaillant sur ce sujet et de recueillir certains conseils mais aussi de donner envie à certaines personnes d utiliser cette technique qui possède l avantage d être rapide et peu toxique pour l environnement. J ai pu prendre contact avec des personnes travaillant sur la SFC dans différents domaines. Ce congrès international a été très enrichissant pour moi tant au niveau humain que scientifique. Marie Méjean, ICSN, CNRS, Gif-sur-Yvette (Paris) 8

9 Le Sud, le Nord, l Est, l Ouest, la Belgique (!)? Où voulez-vous nous emmener l année prochaine? Si vous avez une petite idée derrière la tête alors n hésitez à vous lancer dans la recherche d un centre d hébergement susceptible de nous accueillir et à déposer un dossier de candidature pour l organisation des prochaines rencontres du Club Jeune de Spectrométrie de Masse (RCJSM) 2014 (documents disponibles sur le site CJSM). C est l occasion unique de faire découvrir aux membres du CJSM la région où vous vivez et de vous lancer dans un beau projet associatif! Bien sûr, vous ne serez pas seul pour organiser ces rencontres, le bureau du Club Jeune sera là pour vous appuyer dans votre démarche. Pour commencer, vous trouverez en pièce jointe un document récapitulant le cahier des charges que devra remplir le site d accueil de ces futures rencontres, ainsi qu un fichier excel à remplir auprès du centre de vacances/séminaire contacté pour évaluer le budget de ces rencontres. Si vous avez la moindre question concernant l organisation de ces rencontres, n hésitez pas à nous envoyer un mail dès à présent à clubjeunesm@gmail.com. La clôture des dépôts de dossiers de candidatures pour l organisation des RCJSM 2014 est fixée au vendredi 4 octobre, de manière à ce que nous puissions commencer à évaluer les dossiers avant EUPA Nous comptons sur vous! Organisation des RCJSM 2014 : C'est à vous de jouer!! Le bureau du CJSM 9

10 Prochain rendez-vous du Club Jeune : Eupa 2014 Le prochain rendez-vous du CJSM est donné à Eupa, congrès Européen de Protéomique qui se tiendra à St Malo du 14 au 17 octobre prochain. A cette occasion une demi-journée CJSM-cj.SFEAP est organisée. Il s agira ici d une rencontre des Jeunes massistes des deux sociétés vraisemblablement entre 18 et 20h le mardi 15 octobre. Ce créneau sera tout d abord l occasion pour certains d entre vous de présenter leur travaux lors d un oral de 10minutes (Merci de nous le faire savoir et de nous envoyer un abstract si vous souhaitez intervenir à ce moment là!). C est également à ce moment là que se tiendra l Assemblée Générale du Club Jeune avec l élection de trois nouveaux membres du bureau. Si vous souhaitez être candidat c est très simple! Envoyez nous par mail à clubjeunesm@gmail.com une lettre de motivation que nous publierons sur le site du Club Jeune afin que les membres puissent en prendre connaissance. Cette demi-journée Clubs Jeunes se prolongera toute la soirée avec tous ceux qui le souhaitent dans un bar ou un restaurant. A très bientôt au bord de la Manche!! 10