Bibliothèque La Pérouse. EndNote. Logiciel de gestion de références bibliographiques. Catherine Bertignac - janvier 2012 Bibliothécaire SCD UBO - BLP

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1 Bibliothèque La Pérouse EndNote Logiciel de gestion de références bibliographiques Catherine Bertignac - janvier 2012 Bibliothécaire SCD UBO - BLP

2 Sommaire 1. Présentation générale de EndNote Organisation générale de EndNote Installation de EndNote Principes de fonctionnement de EndNote Ouverture de EndNote et éléments généraux Présentation d une bibliothèque Collecter des références bibliographiques Collecte par basculement direct des références Collecte par importation de fichiers Collecte de références à partir de fichiers PDF Collecte par connexion directe sur des bases de données et des catalogues Collecte par saisie manuelle des références Choix du type de référence Conseils pour la saisie Collecte par capture via EndNote Web à partir du navigateur Firefox Le champ File Attachments et la recherche du texte intégral Les champs Figure et Caption Modification et suppression des références Sauvegarde des références Organiser les références Gestion d un groupe de références Suppression des doublons Affichage, tri et recherche de références Les listes de termes Mettre en forme les citations et créer une bibliographie Principes du formatage selon un style bibliographique défini Créer une bibliographie simple sous EndNote Exporter des références formatées Créer des bibliographies thématiques et des listes thématiques Insérer des citations et créer une bibliographie dans MS Word (Cite While You Write) Les commandes de Cite While You Write Démarrer la rédaction Insérer des citations Insérer des illustrations Mettre en forme les citations et la bibliographie Modifier et supprimer des citations Créer une bibliographie à partir de plusieurs documents Utiliser la bibliothèque «de voyage» Modifier ses préférences dans CWYW Créer un fichier RTF formaté Insérer des citations : Formater le document Créer une bibliographie à partir de plusieurs documents RTF La gestion des styles bibliographiques Personnaliser son interface et gérer ses fichiers Personnaliser son interface Statistiques Gérer ses fichiers EndNote Comparaison avec EndNote Web Aide sur EndNote Annexe 1 : Export direct dans EndNote Annexe 2 : Importation de fichiers

3 Fichiers de connexion Filtres 1. Présentation générale de EndNote 1.1. Organisation générale de EndNote Collecter Organiser Formater Certaines bases de données et certains éditeurs PDF avec DOI Des bases de données et catalogues de bibliothèque Capture via Firefox et EndNote Web Basculement direct des références Import Connexion Saisie manuelle des références Stockage des références Modification / sauvegarde des références Ajout du texte intégral Création de groupes Gestion des doublons Tri / recherche des références Gestion de listes de termes Création/modification des filtres, des fichiers de connexion, des styles Personnalisation de l interface S t y l e s Sous Endnote Création de bibliographies formatées Création de listes et de bibliographies thématiques Création de fichiers RTF formatés Sous MSWord Insertion des citations Formatage des citations et de la bibliographie Exporter des références formatées EndNote est un logiciel de gestion de références bibliographiques qui permet de -collecter ou saisir des références bibliographiques (articles, ouvrages, communications à des colloques, rapports, etc.) pour créer sa propre base de données, -organiser ces références, par exemple en les répartissant par groupe, en supprimant les doublons, -mettre en forme ces références, selon le style bibliographique choisi, sous forme de liste ou par insertion dans un traitement de texte. La version X5 de EndNote est décrite dans ce document Installation de EndNote Le logiciel EndNote est produit par la Société Thomson ResearchSoft. Chaque détenteur de licence peut installer le logiciel sur 3 ordinateurs personnels mais ne doit utiliser qu une seule installation à la fois. EndNote X5 fonctionne avec -Microsoft Windows 7, Windows Vista, Windows XP Service Pack 3 et plus, -Mac OS X (10.5.x, 10.6.x, 10.7.x) et Intel Mac. Il est recommandé de l installer sur un ordinateur avec 256 MB de RAM minimum et un disque dur comprenant un espace libre d au moins 180 MB pour Windows et 400 MB pour Mac. La barre outils donnant accès aux raccourcis vers les fonctions de EndNote s installe sous : -Microsoft Office Word pour Windows 2003, 2007, OpenOffice.org version 3 Writer -Microsoft Word pour Mac 2008 (SP1), Mac Apple iworks Pages 09. Sans installation de Microsoft Word ou OpenOffice.org Writer, la procédure de formatage est un peu plus complexe, mais EndNote peut scanner et créer une bibliographie formatée d un document RTF 3

4 dans lequel seraient insérées des citations temporaires. Ces documents RTF peuvent être créés avec MS Word, Word Perfect, OpenOffice.org Writer, StarOffice et WordPad Principes de fonctionnement de EndNote Ouverture de EndNote et éléments généraux Pour lancer EndNote, il faut aller dans Démarrer/Tous les programmes et choisir EndNote puis EndNote Program ou aller dans C:\Program files\endnote X5\EndNote.exe\ Au démarrage, il est possible : -soit de créer une nouvelle bibliothèque (library), cad une base EndNote dans laquelle seront stockées les références via File/New -soit d ouvrir une bibliothèque existante. Les bibliothèques créées avec les versions 8, 9, X, X1, X2, X3 peuvent être ouvertes sous EndNote X5 1. Il est possible de personnaliser l ouverture et d accéder directement à la base de travail habituelle (Edit/Preferences/Libraries). Les bibliothèques créées avec EndNote X5, sont totalement compatibles avec EndNote X, X1, X2, X3, X4. Les nouvelles fonctionnalités de EndNote X5 sont simplement ignorées par les versions antérieures Présentation d une bibliothèque Une bibliothèque rassemble des références bibliographiques dont les éléments descriptifs sont disposés dans des champs bibliographiques (champs auteur, titre, année, résumé, etc.). Il est possible de créer un nombre illimité de bibliothèques ; néanmoins, il est conseillé de ne créer qu une seule base personnelle. Une bibliothèque est sauvegardée dans le répertoire de son choix (via File/Save a copy). Il vaut mieux créer un répertoire spécifique pour stocker sa base et les fichiers de travail. Une bibliothèque peut être accessible simultanément par plusieurs utilisateurs (recherche, copie) mais un seul peut faire des modifications. Par défaut, à l ouverture d une bibliothèque 2, la fenêtre principale affiche toutes les références de la bibliothèque (All References) ; une ligne correspond à une référence et une colonne à un champ. Il est possible d afficher 8 champs maximum. 1 Une bibliothèque de ProCite peut également être ouverte mais les informations des champs comme Connective Phrase et Author Role seront transférées dans le champ Notes de EndNote (voir Aide «ProCite»). Pour les bases provenant de Reference Manager, voir l Aide mot clé Reference Manager. 2 Exemple de la bibliothèque Sample_Library disponible sous C:// Program Files/EndNote X5/Examples. 4

5 Style bibliographique par défaut Nom de la bibliothèque Données classées par champ/ Tri par clic sur le libellé Liste des références de la bibliothèque Pour ouvrir une référence : double clic Pour sélectionner plusieurs références : ctrl + clic Fenêtre d affichage de la référence sélectionnée, au style défini par défaut Nombre total de références dans la bibliothèque Il y a 3 modes d affichage possibles : -bibliothèque locale : vue des dossiers sauvegardés localement (icône livres) -bibliothèque en ligne : vue des recherches via la connexion en ligne (icône terre) -Mode mixte, regroupant les dossiers locaux et de connexion (icône livres + terre). Il est recommandé de travailler dès le départ sur le mode d affichage mixte (premier icône). La partie de gauche intitulée My Library donne la liste des groupes dans lesquels peuvent se répartir les références. Sur la page listant les références, une barre d icônes propose des raccourcis vers certaines fonctions : Mode local Mode recherche en ligne Créer une nouvelle référence Rechercher en ligne Importer Ouvrir l url de la référence Ouvrir le fichier attaché Recherche rapide dans la bibliothèque Mode mixte Style bibliographique par défaut Copier dans la bibliothèque locale (affiché en mode recherche en ligne) Exporter Rechercher le texte intégral Quand Word est ouvert : -insérer les citations -mettre en forme les citations et créer la bibliographie -aller dans Word Lorsque le curseur est positionné sur une référence, la référence apparaît dans la partie inférieure de la fenêtre sous l onglet «Preview» ; elle est mise en forme au style bibliographique sélectionné par défaut. Pour visualiser tous les champs d une référence, il faut double-cliquer sur celle-ci ; elle s affiche alors une nouvelle fenêtre : 5

6 A ce niveau il est possible de modifier la référence. Les modifications sont enregistrées par fermeture de la fenêtre d affichage de la référence. Une barre d icônes propose des raccourcis vers certaines fonctions : 6

7 2. Collecter des références bibliographiques Les références bibliographiques peuvent être collectées de 6 manières : -à partir de certaines bases de données et de certains éditeurs de revues électroniques, par basculement direct des références dans EndNote, -par importation de fichiers de références sauvegardées dans des bases de données ou chez des éditeurs, -à partir de fichiers pdf -par connexion directe à certaines bases de données ou à certains catalogues de bibliothèque puis rapatriement des références, -par saisie manuelle des éléments de la référence dans EndNote. -(peu satisfaisant en l état actuel) par capture via EndNote Web à partir du navigateur sur Internet La capacité de stockage de références dans EndNote est illimitée, mais, pour des questions de gestion, il est conseillé de ne pas dépasser références. Pour les bases de données et les éditeurs auprès desquels la BLP prend des abonnements, les modalités de collecte conseillées sont les suivantes : Base de données ASFA sous Proquest Medline sous ISI Veilles (alertes) provenant du Web of Science et de ISI Proceedings. Web of Science sous ISI Editeur de revues AGU AMS American Chemical Society Wiley Blackwell Elsevier (Science Direct) Inter-Research JSTOR Nature Oxford University Press Royal Society of London Science SpringerLink Taylor & Francis Démarche conseillée Importation de fichiers de références Collecte par basculement direct des références Importation de fichiers de références Collecte par basculement direct des références Démarche conseillée Collecte par basculement direct des références Importation de fichiers de références Importation de fichiers de références Collecte par basculement direct des références Collecte par basculement direct des références Collecte par basculement direct des références Collecte par basculement direct des références Collecte par basculement direct des références Collecte par basculement direct des références Collecte par basculement direct des références Collecte par basculement direct des références Collecte par basculement direct des références Collecte par basculement direct des références 2.1. Collecte par basculement direct des références Pour la majorité des bases de données et des éditeurs auxquels est abonnée la BLP il est conseillé de travailler directement chez le fournisseur et de basculer les références dans EndNote. Ceci possible pour: -les bases du serveur ISI Web of Knowledge, cad les bases Web of Science et Medline, -les principaux éditeurs de revues électroniques, cad Elsevier, Wiley Blackwell, SpringerLink, Oxford University Press, JSTOR, -ainsi que pour les revues Nature, Science La collecte par basculement direct des références suppose l accès aux bases de données et aux revues sur son poste de travail. La procédure est détaillée en Annexe 1 pour chacun de ces fournisseurs d information. 7

8 2.2. Collecte par importation de fichiers EndNote permet d importer un fichier de références issues d une base de données, d éditeurs de revues, de catalogues de bibliothèques, d autres gestionnaires bibliographiques grâce à l utilisation d un filtre d importation. Un filtre est spécifique à chaque base de donnée, catalogue, site éditeur Pour que la collecte soit opérationnelle, il faut que : -le fichier à importer soit «marqué» (exemple : TI- Aquatic Macrophytes and Lake acidification, PY- 1993, ) pour que les informations soient dirigées par le filtre vers les bons champs dans EndNote. Il ne peut s agir que de fichiers texte ou de fichiers EndNote. -les filtres d importation soient installés sur le poste de travail. Ils sont visibles via Edit/Import Filters/Open Filter Manager. La démarche pour importer un fichier de références : L importation se fait dans EndNote sous l onglet File/Import/File. -choisir le fichier de références à importer (Import File) -choisir le filtre d importation (Import Option). Parmi ceux-ci, il y a : -EndNote Import : pour importer des fichiers texte provenant de bases de données en ligne ou exportés depuis EndNote en format EndNote -ReferBibIX : pour importer des fichiers texte provenant de logiciels Refer ou BibIX -Tab-delimited : pour importer des fichiers dans lesquels les crihamps de chaque référence sont séparés par des tabulations (<tab>) et les références séparées les unes des autres par un marqueur de paragraphe ( ). C est le cas de fichiers Excel par exemple. -RefMan RIS : pour importer des références de gestionnaires bibliographiques comme ProCite, Reference Manager, EndNote Web. -ISI-CE : pour importer des fichiers texte venant des bases ISI -Other Filters : accès à plusieurs centaines de fichiers correspondant à des fichiers sauvegardés dans des bases de données en ligne. -il est possible de supprimer automatiquement les doublons (Duplicates/Discard Duplicates) ou de les transférer vers une bibliothèque de doubles (Import into Duplicates Library) ou d importer la totalité des références (Import All) -il est possible de spécifier le type de caractères dans le fichier importé (Text translation). Les références importées sont affichées seules dans une nouvelle fenêtre (Imported References). Il est conseillé de vérifier que l importation s est faite correctement et d ajouter à ce niveau les informations utiles (mots-clés, base de provenance, date d importation par exemple 3 ). Le retour à l affichage complet des références se fait en cliquant sur All References. Pour les bases accessibles via le portail de la BLP, les modalités de constitution et d importation des fichiers sont indiquées en Annexe 2. De nouveaux filtres d importation peuvent être créés via Edit/Import Filters/New Filter. Pour modifier un filtre, il faut aller dans Edit/ Import Filters/Open Filter Manager, sélectionner le filtre puis cliquer sur Edit pour l ouvrir. Les éléments importants du paramétrage se trouvent dans la partie «templates» qui définit la correspondance entre les champs des références de la base de données d origine et les champs EndNote pour chaque type de référence. Exemple de filtre d importation (Web of Science (TS)) : 3 Pour insérer une information dans un champ particulier de toutes les références, aller dans Tools/Change and Move Fields/Change Fields, choisir le champ et insérer le texte. 8

9 2.3. Collecte de références à partir de fichiers PDF Il est parfois possible de récupérer les métadonnées d un ou plusieurs fichier PDF tout en intégrant le texte intégral à la (aux) référence(s). Il faut que le PDF contienne une information sur le DOI (Digital Object Identifier). C est ce DOI qui va permettre d alimenter les champs de la nouvelle référence : titre, auteur, volume, numéro, année et DOI. Le PDF est inséré comme fichier attaché. La démarche : -activer Import Files et sélectionner le PDF (via File) ou le dossier comprenant des PDFs (via Folder) -dans Import Option, choisir le filtre d importation PDF -Il est possible de supprimer automatiquement les doublons (Discard Duplicates) ou de les transférer vers une bibliothèque de doubles (Import into Duplicates Library) ou d importer la totalité des références (Import All) -Il est possible de spécifier le type de caractères dans le fichier importé (Text translation). Cliquer sur Import. Tant que la ou les références sont dans le groupe temporaire Imported Références, ajouter les compléments d information (résumé, mots clés, etc.) 2.4. Collecte par connexion directe sur des bases de données et des catalogues La connexion directe sur des bases de données et des catalogues de bibliothèques se fait pour les bases répondant aux normes «Z39.50» via un fichier de connexion adéquat. Elle permet de les interroger depuis l interface d EndNote de manière simple et rapide et de créer immédiatement un fichier EndNote, mais elle ne permet pas de recherche aussi avancée que sous l interface d origine. Sont ainsi accessibles : -toutes les bases disponibles sur la plateforme ISI : Web of Science SCI (Science Citation Index Expanded), Web of Science SSCI (Social Sciences Citation Index), Web of Science ISI (tous les index de l abonnement), ISI Proceedings (ISI), Medline (ISI). 9

10 -des bases de données en accès libre comme PubMed (NLM), American Geophysical Union (EASI) et certains catalogues comme ceux du SUDOC (ABES), de la Woods Hole Oceanographic Institution (Woods Hole OI), de la Library of Congress, de la British Library, de la NOAA, de la Bibliothèque Nationale de France (Bib natl de France),. Les catalogues de l Ifremer et de la BLP ne sont pas accessibles par ce biais. La démarche : -aller dans Tools/Online Search/New search ou cliquer sur l icône de raccourci dans la barre-outils ou dans la colonne Groups dans Online Search cliquer sur «more». -sélectionner le fichier de connexion à la base 4 et cliquer sur Choose -la fenêtre «online search» s affiche en bas de l écran -choisir les champs où va s effectuer la recherche, ainsi que les opérateurs entre les termes et les lignes («and», «or», «not») puis cliquer sur Search -une nouvelle fenêtre affiche le nombre de références trouvées. Pour revenir à la recherche cliquer sur Cancel Pour rapatrier les références dans la bibliothèque ouverte cliquer sur OK : les références sont insérées dans All References et dans un groupe correspondant au filtre de connexion. -pour interrompre momentanément la recherche, cliquer sur Options/Pause. Pour reprendre la recherche, cliquer sur Options/Resume Collecte par saisie manuelle des références La saisie manuelle d une nouvelle référence se fait via References/New Reference Choix du type de référence La saisie d une nouvelle référence débute par le choix du type de la référence qui sera décrite. Il y a 48 types de références disponibles dont: -Electronic article : article électronique, publié en ligne uniquement -Journal article : article de revue publié sous forme papier -Conference paper : communication à un colloque -Conference proceedings : actes de colloque -Thesis : thèse -Web Page : site ou page Web -Book : ouvrage écrit par un ou plusieurs auteurs, appartenant ou non à une collection -Book section : extrait de d ouvrage -Edited Book : numéro spécial de revue ou ouvrage collectif avec un éditeur scientifique -Electronic Book : livre électronique -Patent : brevet -Report : rapport -Chart or Table : graphe ou tableau... -Generic sert essentiellement de référence pour tous les autres types; toutes les fonctionnalités de EndNote basées sur les intitulés de champs, par exemple la recherche de références, utilisent ceux du type Generic. + 3 Unused : types disponibles non définis pour créer des types de document personnels. Le choix du type de référence détermine les champs associés : 4 Des fichiers de connexions complémentaires sont mis à disposition et téléchargeables sur le site 10

11 La liste des correspondances entre les noms des champs du type Generic et ceux des autres types est disponible dans l aide (Rubrique Generic Fields). Le type de référence qui s affiche par défaut dans une nouvelle référence est modifiable en allant dans Edit/Preferences/ Reference type/ Default Reference Type. Tous les types de référence sont modifiables sauf le type Generic. La modification d un type de référence s effectue sous Edit/Preferences/Reference Types/Modify Reference Type puis choix du type à modifier. Les types sont sauvegardés dans un tableau sous C:\Program Files\EndNote X5\XML Support\RefTableTypeEN9.xml 5. Ce tableau peut être partagé avec un autre utilisateur en remplaçant son propre tableau : Edit/Preferences/Reference Types/Reference Type Table cliquer sur Export. Le fichier sera sauvegardé puis pourra être copié sur l ordinateur de l autre utilisateur Conseils pour la saisie Il y a 54 champs différents disponibles pour décrire la référence, dont 7 champs à personnaliser («custom»). Lors de la saisie, il est conseillé de ne pas entrer de signes particuliers, d italique ou de gras, d abréviations. Il est également conseillé d éviter les lettres capitales sauf si l on souhaite qu elles apparaissent ainsi dans la bibliographie finale. Pour créer une série de références ayant des éléments communs (par exemple différents chapitres d un ouvrage), il est conseillé d écrire les éléments communs dans une nouvelle référence, de fermer la référence puis de la copier (Edit/copy) autant de fois que nécessaire, puis de compléter les champs spécifiques de chacune. 5 Ce tableau peut être copié par un autre utilisateur en remplacement de son propre tableau : Edit/Preferences/Reference Types/Reference Type Table cliquer sur Export. Le fichier sera sauvegardé puis pourra être copié sur l ordinateur de l autre utilisateur. 11

12 Champs d une référence de type Generic Author Secondary Author Tertiary Author Subsidiary Author Conseils de saisie Ce champ ne doit comporter que des noms. Il est conseillé d écrire tous les auteurs, un par ligne et de la façon suivante : NOM, Prénom1 Prénom 2 (ex : De Gaulle, Charles) Ou Nom, P.Y. (Smith, A., Jr.) Nom de l organisme, Direction Vide si anonyme Le système génère seul le «et al.» Year 4 chiffres. Les informations comme «in press» ou «in preparation» trouvées parfois chez des éditeurs ne sont pas importées dans EndNote. Il est possible de les ajouter manuellement. Title (Secondary, Tertiary, Alternate) Journal Alternate Journal Publisher Pages Edition ISSN ISBN DOI Custom Call number et Label Keywords URL Last Updates Le titre doit se terminer sans signe de ponctuation. Ne mettre que les majuscules et les italiques (noms d espèce) nécessaires Ctrl 1 permet d accéder à la liste des revues déjà enregistrées Titre abrégé de revue Nom de l éditeur commercial (i.e. Blackwell) Les pages sont écrites de manière complète ( ) ou incomplète ( ), sans les préfixes pp. ou p. L édition sera indiquée «1st», «2nd», telle que l on souhaite la voir dans la bibliographie International Standard Serial Number : n international pour un ouvrage International Standard Book Number : n international pour une revue Digital Object Identifier, cad un numéro unique qui permet la localisation d un document numérisé sur Internet A utiliser pour créer un champ non prédéfini Ils peuvent être utilisés pour indiquer un code de classement du document papier dans ses propres archives, dans une bibliothèque, etc. Les séparateurs possibles pour les mots-clés sont : le point-virgule ( ;) les barres (\) et (/). Utiliser toujours le même séparateur. Uniform Resource Locator, cad l adresse Internet pour localiser une page Web. Elle doit être du type : ou ftp://ftp.cuteftp.com. Il est conseillé d écrire une adresse par ligne Dans ce champ s inscrit automatiquement la date de la dernière mise à jour. Dans n importe quel champ il est possible d indiquer le chemin d accès à un fichier. Ce chemin est à écrire de la manière suivante : File:///C:/Documents/Word%20Tips.pdf (% remplace un blanc) Record number est le numéro donné automatiquement à une référence par EndNote par entrée dans une bibliothèque ; il ne peut être réalloué si la référence est supprimée ; il n y a pas de contrôle manuel possible sur ce numéro. Il est conseillé d utiliser le champ «Label» ou un champ «Custom» pour attribuer son propre numéro de classement. Les champs Added to Library (date de création ou d importation) et Last Updated (date de la dernière mise à jour) sont complétés automatiquement par EndNote X5 avec la date correspondante. 12

13 2.6. Collecte par capture via EndNote Web à partir du navigateur Firefox Il est possible de collecter une référence dans EndNote Web, notamment d une page Web, à partir du navigateur Firefox. Ceci nécessite de connaître un minimum EndNote Web. La démarche : il faut au préalable installer le Plug In accessible dans EndNote Web sous Options/ Download Installers/Firefox Extension. La démarche consiste à cliquer sur l icône Capture au niveau d une page Web que l on souhaite référencer ou d une page d accès à un article chez un éditeur pour récupérer les références de l article par exemple. Le système ouvre une nouvelle fenêtre signalant les informations capturées et permettant d ajouter des compléments. Liens vers EndNote Web Lien vers la page d aide de ENW Capture des références de la page Après avoir cliqué sur «capture», une fenêtre s ouvre et permet de compléter la référence La référence sera enregistrée par défaut dans le groupe [Unfiled] si on ne détermine pas dans quel groupe la classer. Une fois les champs complétés, il faut sauver la référence via Save. La capture fonctionne bien, en théorie, avec les sites suivants: -ACS Publications -Aleph Library Catalog -Amazon.com -arxiv.org -BioMed Central -BMJ Clinical Evidence -British Library -British Medical Journal -CiteULike -COinS compatible sites -CrossRef -CSA Illumina -DRA Library Catalog Systems -Dynix Library Catalog Systems -EBSCOHost -ERIC -GEAC Library Catalog Systems -Google Scholar -HighWire -IEEE Xplore -IngentaConnect -JAMA & Archives 13

14 -J-Stage -JSTOR -Karger Publications -Lexis/Nexis -Library of Congress -Nature -Ovid -Oxford Journals -PLoS Biology, -Project Muse -ProQuest -PubMed -Scientific Commons -SciVee -TLC Library Catalog Systems -Voyager Library Catalog Systems -VTLS Library Catalog Systems -Web of Science -Wiley -WorldCat -YouTube Dans la pratique, le fonctionnement n est pas encore toujours «à la hauteur des espérances». Pour récupérer les références de EnNote Web vers EndNote, il suffit de se mettre dans le groupe EndNote Web dans l interface EndNote et de cliquer sur Transfer. Une fois connecté à Endnote Web on peut transférer les références d un groupe d EndNote Web vers EndNote : Les références du groupe viennent s incrémenter dans le dossier EndNote Web : Il est possible de transférer des fichiers attachés de EndNote X5 vers EndNote Web, pour un espace disque de 1GB sous réserve de mettre à jour son compte EndNote Web à partir de EndNote : aller dans Edit/Preferences/EndNote Web : cliquer sur Activate pour mettre à jour son compte, après avoir entré ses identifiants EndNote Web si on a déjà un compte. 14

15 2.7. Le champ File Attachments et la recherche du texte intégral Le champ File Attachments sert à attacher un fichier (Access, Excel, Powerpoint, TXT, HTML, ) à une référence, par clic droit File Attachments/Attach File ou via References/File attachments/attach File ou via l icône de raccourci dans la barre-outil de la référence ouverte. Une référence peut comporter jusqu à 45 fichiers attachés. Lien relatif (relative path) Si l on coche la case Copy this file to the default file attachment folder and create a relative link, le fichier sera copié dans [nom bibliothèque].data\dossier PDF. Ceci est intéressant pour partager des références avec fichiers joints avec d autres utilisateurs ou pour réutiliser une copie d une bibliothèque EndNote avec tous ses fichiers liés sur un autre ordinateur. Lien absolu (absolute path) Si la case Copy this file to the default file attachment folder and create a relative link n est pas cochée, le fichier sera copié à l endroit désigné et si ce fichier est modifié, ces modifications seront mises à jour lorsque EndNote ira le récupérer. Par contre le lien sera perdu en cas d utilisation de la bibliothèque sur un autre ordinateur. Ce type de lien est matérialisé par la visibilité du chemin d accès au fichier dans le champ File Attachments. Dans les versions d EndNote antérieures à la version X, il n y a que ce type de lien de disponible. Attacher automatiquement des textes intégraux EndNote X5 peut localiser et attacher automatiquement du texte intégral à des références. Le système fait la recherche à partir des informations du champ DOI, du lien Pubmed Linkout, du lien Texte intégral de ISI Web of Knowledge ou d une OpenUrl. Il pourra lier la référence au texte intégral si le lien pointe vers une ressource en libre accès ou une ressource pour laquelle la bibliothèque a pris l abonnement. Le texte intégral est sauvegardé dans son format d origine via un lien relatif, cad dans le dossier.data de la bibliothèque. A défaut de trouver le texte intégral, EndNote peut néanmoins afficher dans certains cas l URL du fournisseur potentiel. Pour rechercher du texte intégral de manière rétro-active, il suffit de sélectionner les références puis de cliquer sur References/Find Full Text. Lors de l opération, les références concernées sont affichées dans le groupe Find Full Text. A la fin de l opération, s affiche le nombre de références auxquelles a été attaché un texte intégral ou une url, et le nombre de références pour lesquelles ceci n a pas été possible. Plusieurs fichiers peuvent être trouvés : ils sont tous stockés mais avec des numéros différents. Il est possible d annuler l opération à tout moment en cliquant sur Stop full text download. Le texte intégral déjà récupéré est sauvegardé. Une fois le PDF attaché à la référence, il est possible de le visualiser dans une fenêtre spécifique : Il est possible d annoter du texte (Bulle Sticky Note), de surligner en couleur des passages (Highlight Text) et de rechercher des informations dans le PDF (Find). 15

16 2.8. Les champs Figure et Caption Le champ Figure (intitulé parfois Image) sert à attacher une illustration (photo, graphe, etc. fichier de type BMP, GIF, JPEG, PNG, TIFF ) à une référence, en faisant clic droit Figure/Attach figure ou en allant dans References/Figure/ Attach Figure ou via l icône de raccourci dans la barre-outils de la référence ouverte. Cette illustration est copiée dans un dossier [nom bibliothèque].data. Une référence ne peut comporter qu une illustration. Ce champ permet de faire une liste des illustrations sous un traitement de texte (Generate Figure List) et peut faire l objet de recherches particulières (Find Figures) (voir 4.5.5). Le champ Caption suit le champ Figure. Il sert à insérer la légende d une illustration. La présence de cette légende dans le document formaté dépendra du style bibliographique choisi. Par défaut les illustrations de ce champ sont désignées comme «Figure» dans un traitement de texte. Pour que cette illustration soit désignée comme «Table», il faut insérer l illustration dans le champ Figure d une référence du type Chart or Table Modification et suppression des références Une référence peut être modifiée à partir de son affichage sous forme détaillée (voir 1.3.2). La démarche pour modifier le texte dans plusieurs références : -faire une sauvegarde la bibliothèque par sécurité -afficher les références à modifier -sélectionner Edit/Change Text pour rechercher et modifier du texte ou Change and Move fields pour : -effacer ou remplacer le contenu d un champ -insérer un texte en début/fin de champ -déplacer un texte d un champ à un autre. L option Don t move empty fields cochée permet de conserver le contenu de départ d un champ si c est un champ vide qui est inséré. L orthographe peut être vérifiée sur tous les champs d une référence ouverte (sauf les champs auteur, URL, Figure, File attachments) via Tools/ Spell check. References/Delete Reference permet de supprimer une référence. Il est conseillé de ne pas supprimer de référence ayant été citée dans un document. Même réécrite, cette référence ne sera pas retrouvée car le numéro attribué par EndNote sera différent Sauvegarde des références Il existe deux modes de sauvegarde des références : -Une sauvegarde automatique à chaque fermeture d une référence -Une sauvegarde d une bibliothèque via File / Save a copy File/ Compressed Library permet de sauvegarder une copie compressée d une bibliothèque avec son répertoire.data (si < 4GB), par exemple pour l envoyer par mail en fichier attaché. Dans ce cas, il est possible de générer automatiquement un mail auquel est joint la bibliothèque dotée d une extension.enlx. File/ Open permet de restaurer une copie de la bibliothèque. Les références d une bibliothèque endommagée peuvent être récupérées dans une nouvelle bibliothèque via la fonction : Tools/Recover Library/Open. La bibliothèque se nomme alors «nom ancien Saved.enl». Cette bibliothèque ne reprend pas les listes de termes (cf. 3.4). 16

17 3. Organiser les références 3.1. Gestion d un groupe de références Il est possible de créer jusqu à 500 groupes de références (voir 1.3.2). Certains sont créés automatiquement, comme : -All References : l ensemble des références de la bibliothèque -Trash : corbeille qui permet de retirer des références de la bibliothèque sans toutefois les supprimer définitivement. Pour supprimer le contenu, il suffit de faire un clic droit / «empty trash». -Showing References : les références affichées via References/Show Selected References -Search Results : groupe temporaire créé suite à la dernière recherche dans la bibliothèque. -Imported References : groupe temporaire créé par importation de références. -Duplicate References : groupe créé par l activation de la recherche de doublons (References/Find Duplicates) -My Groups : dossier pour ranger ses propres groupes, cad soit des Custom Groups (groupes simples créés par l utilisateur par clic droit/create Group), soit des Smart Groups (groupes alimentés automatiquement suite à l enregistrement de recherches avancées). Il est possible de créer des Group Sets (ensemble de groupes) qui peuvent regrouper indifféremment des Custom Groups et des Smart Groups. -Online Search : cette rubrique contient les raccourcis vers les filtres de connexion marqués comme favoris. Il n y a plus qu à cliquer sur le filtre pour faire apparaître la boîte de recherche correspondante. -EndNote Web : «configure» : il s agit d un lien direct vers Edit/Preferences/EndNote Web pour indiquer les identifiants d accès à EndNote Web et permettre ensuite le transfert des références de EndNote vers EndNote Web et vice-versa. Ce groupe affiche ensuite les groupes existants dans EndNote Web. Tout détenteur du logiciel EndNote bénéficie d un accès à EndNote Web. -Find Full Text : groupe alimenté lors de la recherche de textes intégraux. Pour affecter des références dans un groupe Pour supprimer un groupe Pour renommer un groupe Pour passer des références d un groupe à un autre Pour supprimer une ou plusieurs références d un groupe -dans la colonne de gauche faire un clic droit et sélectionner Create New Group -donner un nom au groupe -sélectionner les références puis les faire glisser vers le groupe créé. se positionner sur l intitulé et par un clic droit sélectionner Delete Group se positionner sur l intitulé et par un clic droit sélectionner Rename Group -sélectionner les références -les déplacer à l aide de la souris ou via References/Add References To -se positionner au niveau de la ou des références à supprimer de ce groupe -aller dans References/Delete References from Group 17

18 3.2. Suppression des doublons La suppression des doublons dans une bibliothèque s effectue via References/Find Duplicates. Par défaut EndNote compare les champs auteur, année, titre et type de référence et propose les doublons sous forme de tableau comparatif et de liste. Ce paramétrage peut-être modifié via Edit/Preferences/Duplicates. Il n y a de dédoublonnage automatique que lors d une importation de fichier Affichage, tri et recherche de références La fenêtre principale de la bibliothèque affiche jusqu à 8 champs bibliographiques. Il est possible de modifier ces champs affichés, ainsi que leur ordre d affichage et leur nom via Edit/Preferences/Display Fields. Par défaut les références sont triées par ordre alphabétique d auteur. Il est possible de les trier autrement en cliquant sur l intitulé d un des champs ou plus finement via Tools / Sort Library. La recherche via Quich search dans la barre-outils permet de rechercher un terme ou une expression dans l ensemble de la bibliothèque. La fenêtre de recherche de références dans la bibliothèque vient s incrémenter en bas de page quand on clique sur «Tools/Search Library» ou sur «Tools/Show Tab Pane». Elle peut être cachée en cliquant sur «Tools/Hide Tab Pane». Elle porte sur un ou plusieurs champs spécifiques (ce sont ceux du type «Generic») et sur toutes les références affichées. Il est possible de créer une recherche complexe en utilisant les opérateurs And, Or, Not, Greater than, Less than, etc. Il y a une troncature implicite à droite et à gauche sauf si la case Match words est cochée. Exemple de recherches : Search For In Fields Opérateur de EndNote recherche comparaison Polymers Title Is toutes les références dont le titre exact est «polymers» Abstract Is toutes les références dont le champ «Abstracts» est vide Polymers Any Field Contains toutes les références comprenant le terme «polymers» dans un des champs Les recherches multilignes sont exécutées dans l ordre d apparition. Exemple 18

19 Search For In Fields Opérateur de comparaison Tuna Abstract contains ET Pacific Abstract contains NOT Atlantic Abstract contains OR Seibert, J Author contains Equivaut à [(Tuna and Pacific) not Atlantic] or Seibert, J. Opérateur entre les lignes Options : -Enregistrer des recherches via Save Search (création d un fichier en.enq) -Relancer une recherche enregistrée via Load Search. -Transposer les résultats de la recherche automatiquement dans un «Smart Group» via Convert to Smart Group -Affiner une recherche, en sélectionnant Search showing references -Respecter la casse (majuscule, minuscule) des termes de recherche en cochant Match case -Chercher les termes exacts en cochant Match Words Il est possible de faire des recherches sur les fichiers PDF joints en utilisant le champ de recherche? 3.4. Les listes de termes Une liste de termes rassemble tous les termes contenus dans le ou les champs auxquels elle est liée. Elle est spécifique à une bibliothèque. Elle est utile car elle permet un auto-remplissage des champs liés ; par exemple, en tapant les premiers mots d un titre de revue le système propose le titre entier s il est déjà dans la liste des noms de revues. Elle facilite aussi la constitution d une base à l écriture homogène. Par défaut EndNote propose 3 listes de termes : sur tous les champs auteur (Author, Secondary Authors, etc.) et donc aussi rédacteur en chef, revues (Journal, Alternate Journal) et mots-clés (Keywords). Il est possible de créer jusqu à 31 listes. La démarche pour créer une nouvelle liste : -sélectionner Tools/Define Term List/Create List et donner un nom à la liste -associer un ou plusieurs champs via Link List -initialiser la liste via Tools/Define Term List/ Update List. La démarche pour créer une liste de termes à partir d une bibliothèque déjà créée : -sélectionner References/Show All References -sélectionner Tools/Define Term Lists -choisir la liste et cliquer sur Update List. EndNote ajoute les termes non encore entrés à la liste mais ne supprime pas les termes existants. La mise à jour de la liste se fait automatiquement lors de la collecte de nouvelles références, sauf si, dans Edit/Preferences/Term Lists, l une des options Update Lists when importing or pasting references ou Update lists during data entry a été désactivée. Le nombre de termes par liste est illimité. Des listes entières de termes peuvent aussi être importées ou exportées via Tools/Define Term Lists/Import List. Un terme peut être copié d une liste à une autre via Tools/Open Term Lists/ ctrl C/ ctrl V Les termes peuvent être modifiés ou supprimés via Tools/Open Term Lists (ouverture de la liste et modification). Les termes nouveaux d une liste s affichent en rouge. Une liste peut être imprimée dans un traitement de texte via Tools/Define Term List/Export List. 19

20 4. Mettre en forme les citations et créer une bibliographie 4.1. Principes du formatage selon un style bibliographique défini EndNote permet de formater, cad de mettre en forme des références, des citations de ces références, selon le style bibliographique (Output style) choisi. Concrètement, formater selon un style bibliographique donné détermine la forme et le contenu des citations et de la bibliographie : - les champs utilisés - le tri des références - le style du texte (italique, ) et la ponctuation. Le style bibliographique détermine également l emplacement des illustrations et des tableaux. EndNote propose plus de 5000 styles bibliographiques différents. Le nom du style fait référence à la revue ou à l éditeur qui a défini ce style. Exemples : -Formatage au style Paleontology (citation formatée selon la forme Auteur-Année) : The fossil in question was generally regarded to be the 220 million year-old remains of Tyrannosaurus Rex. Several years ago, however this hypothesis was overturned by the discovery of yet another species (Morehouse and Tung, 1993) which is now the undisputed progeny (Argus and Matthews, 1991; Turnhouse, 1987) of the species at hand. While the true origin of this larger reptile is quite uncertain at this time, it is thought to be from central or eastern Asia. MOREHOUSE, S. I. and TUNG, R. S Statistical evidence for early extinction of reptiles due to the K/T event. Journal of Paleontology, 17, ARGUS, M. V. and MATTHEWS, E. K Stratigraphic excavation techniques for paleontologists. Journal of Paleontology, 17, TURNHOUSE, M. B Role of 14C dating in paleontology. Journal of Paleontology, 75, Formatage au style Science (citation par numéro) : The fossil in question was generally regarded to be the 220 million year-old remains of Tyrannosaurus Rex. Several years ago, however this hypothesis was overturned by the discovery of yet another species (1) which is now the undisputed progeny (2, 3) of the species at hand. While the true origin of this larger reptile is quite uncertain at this time, it is thought to be from central or eastern Asia. 1. S. I. Morehouse, R. S. Tung, Journal of Paleontology 17, 198 (1993). 2. M. V. Argus, E. K. Matthews, Journal of Paleontology 17, 119 (1991). 3. M. B. Turnhouse, Journal of Paleontology 75, 11 (1987). Il est possible de prévisualiser les styles en allant dans le champs style de la barre-outil principale (voir 1.3.2) ou via Edit/Output Styles/Open style Manager /Style Preview. Par défaut 4 styles standards sont affichés : -le style Author-Date formate les citations sous la forme Auteur-Année et créé une bibliographie classée par ordre alphabétique d auteur. -le style Annotated du type Auteur-Année qui inclut en plus le résumé après chaque référence. -le style Show All fields créé une bibliographie incluant tous les champs complétés de chaque référence avec les noms de champs. -le style Numbered insère des numéros à la place des citations et créé une bibliographie numérotée Créer une bibliographie simple sous EndNote Il est possible de mettre en forme une simple liste de références selon un style bibliographique particulier. 20

21 La démarche : -sous EndNote, sélectionner les références qui constitueront la bibliographie -sélectionner le style dans la barre outil principale Puis soit copier les références via Edit/Copy Formatted et coller les références dans un traitement de texte (clic droit /Coller), soit les visualiser à l écran (File/Print Preview) ou les imprimer (File/Print) Exporter des références formatées L export de références sous EndNote consiste à créer un fichier de références formatées au style choisi. La démarche : -sélectionner les références à exporter -aller dans File/Export -choisir le format de fichier, parmi les 4 options : -HTML : pour une utilisation du fichier sur Internet -TXT : pour des références qui seront importées dans une autre base de données -RTF : pour lecture ultérieure par un traitement de texte (codage des styles) -XML : pour créer un format brut balisé -choisir un style bibliographique et cliquer sur Save pour créer le nouveau fichier. Pour exporter des références de EndNote, sans les fichiers attachés et les illustrations, vers les logiciels de gestion de références EndNote, ProCite, Reference Manager, il est conseillé d exporter les références en choisissant le filtre d export «RefMan (Ris) Export» et de sauvegarder le fichier localement avec l extension.txt. Ce fichier sera importé à partir du logiciel de gestion bibliographique avec un filtre Ris («Reference manager (Ris)» sous EndNote). Pour exporter des références avec les fichiers attachés et les illustrations, il est conseillé de : -créer une nouvelle bibliothèque B via File/New. -sélectionner les références dans la bibliothèque A d'origine et les transférer dans la bibliothèque B (clic droit copy dans la bibliothèque A/ paste dans la B): les fichiers attachés et les figures suivent. -sauvegarder une copie compressée de la bibliothèque B : aller dans File/Compressed Library et sauvegarder la bibliothèque sous forme compressée (.enlx) -expédier ce fichier par mail permet d expédier la bibliothèque EndNote + le répertoire.data avec les fichiers liés et illustrations. La bibliothèque pourra être ouverte sous EndNote Créer des bibliographies thématiques et des listes thématiques Une bibliographie thématique est constituée de références classées par thématiques. Ces thématiques peuvent correspondre aux termes de n importe quel champ (Keywords, Journals, Authors, Year, etc.) d une bibliothèque. Exemple de bibliographie thématique basée sur des mots-clés : Geochemistry 1. J. A. Izbicki, Dissertation Abstracts International, 61, 2957 (2000). 2. C. Megnien, Bulletin d Information des Geologues du Bassin de Paris, 37, 142 (June, 2000). Geology 1. S. A. Lebedev, Ph.D., Princeton University (2000). Une liste thématique est une simple liste triée des termes contenus dans un ou plusieurs champs. La démarche pour constituer une bibliographie thématique : -sélectionner les références -aller dans Tools/ Subject bibliography 21

22 -choisir le ou les champs qui serviront pour créer la liste et cliquer sur OK -s affiche la liste des occurrences du champ choisi avec le nombre de références correspondantes ; cliquer sur «Select all» puis sur OK -s affiche la bibliographie thématique si dans Layout/Terms/Reference list est sélectionné Subject Terms and Reference List. Pour afficher la liste thématique des termes il faut sélectionner Subject Terms only. Plusieurs options sont disponibles en cliquant sur Layout : onglet References : -modification du style bibliographique -choix du titre du document ainsi constitué -choix de l ordre de tri des références dans le cas d une bibliographie thématique onglet Terms : -ajout/suppression du nombre d occurrences par terme, du numéro des références dans la base EndNote -définition de la numérotation des références pour une bibliographie -définition de l ordre des thématiques (ordre alphabétique croissant ou décroissant ; ordre par nombre d occurrences) -définition du style d écriture des termes, etc. onglet Page Layout : critères de mise en page du document onglet Bibliography Layout (pour une bibliographie thématique) : -choix des champs spécifiques à insérer en début de référence ou en fin, -choix de l indentation. Ces changements modifient le style bibliographique choisi de manière momentanée. Le document ainsi créé peut être visualisé à l écran, imprimé ou sauvegardé Insérer des citations et créer une bibliographie dans MS Word (Cite While You Write) Au delà de la création d une simple liste de références formatées, EndNote est conçu pour travailler prioritairement avec le traitement de texte Microsoft Word et permettre : -l insertion de citations dans un document au fur et à mesure de l écriture, -le formatage de ces citations et la création automatique de la bibliographie finale, -l insertion d illustrations et la création de listes récapitulatives d illustrations. Pour cela, MS Word utilise le logiciel Cite While You Write (CWYW) qui est installé automatiquement avec EndNote X5 pour les versions Word 2000, XP, 2003, 2007 et Concrètement, les fonctionnalités de EndNote s affichent dans Word sous Outils/EndNote. Une barre-outils particulière peut également être installée en sélectionnant EndNote X5 dans Outils/Personnaliser/Barre d outils (modèle ci-après). Avec Word 2010, les fonctionnalités apparaissent dans un onglet EndNote X5. Dans la partie qui suit, les informations sont indiquées pour travailler sous MS Word 2003 et Les commandes de Cite While You Write Dans MS Word pour Windows 2003, la barre-outils est la suivante: 22

23 Find citation(s) : rechercher des références dans EndNote Format Bibliography : Mettre en forme les citations et créer la bibliographie Insert Selected Citation(s) : insérer les citations sélectionnées Edit & Manage Citation(s) : afficher et modifier les citations Go To EndNote : ouvrir EndNote Export travelling library : créer une bibliothèque «de voyage» Find Figure(s) : rechercher des illustrations Aide Remove filed codes : supprimer les codes de champs Generate Figure List : créer une liste d illustrations CWYW Preferences : définir ses paramétrages Insert Note : insérer une note Edit Library Reference(s): afficher et modifier les références de la bibliothèque Unformat Citation(s): ôter le formatage des citations et les remettre au format temporaire Dans MS Word pour Windows 2010, les fonctionnalités de l onglet EndNote X5 sont les mêmes, avec une présentation un peu différente : Démarrer la rédaction EndNote fournit près de 200 Manuscript Templates, cad des modèles de documents selon la revue à laquelle est destiné le manuscrit. Un modèle de manuscrit s ouvre sous Word et indique où insérer 23

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