Bases Informatiques : Systèmes d exploitation, bases de données, Internet UE de bioinformatique 1 N BNF101 ED 3

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1 Bases Informatiques : Systèmes d exploitation, bases de données, Internet UE de bioinformatique 1 N BNF101 ED 3 OBJECTIFS : Vérifier les acquis de la séance précédente. Connaître les commandes Unix permettant de faire une recherche par mots. Exercice 1 : commandes mkdir, touch, ls et caractères spéciaux : *? [ ] => Dans votre répertoire courant, créez en une commande les fichiers suivants: annee1 Annee2 annee4 annee45 annee41 annee510 annee_cerise annee_banane :~}touch annee1 Annee2 annee4 annee45 annee41 annee510 annee_cerise annee_banane => Créer le répertoire Year dans votre répertoire courant et en une commande déplacez les fichiers précédemment créés dans le répertoire Year. :~} mkdir Year :~}mv [aa]* Year ou :~} mv [Aa]* Year.. => Lister tous les fichiers : se terminant par 5 :~}ls *5 annee45 commençant par annee4 :~}ls annee4* annee4 annee45 annee41 1

2 commençant par annee4 et de 7 lettres :~}ls annee4? annee45 annee41 contenant la chaîne ana :~}ls *ana* annee_banane commençant par a ou A :~}ls [aa]* => Créer un répertoire "tempo" :~}mkdir tempo => Copier les fichiers dont l'avant dernier caractère est un 4 ou 1 dans le répertoire tempo en une seule commande. :~}cp *[41]? tempo Commandes Unix permettant de faire une recherche par mots more (en savoir davantage sur un fichier) Permet d afficher à l écran un fichier de texte page par page. more s utilise avec les commandes suivantes : h : afficher une aide d ( down) : descendre d'un demi-écran f ( forward) : descendre d'un écran b ( back) : remonter d'un demi-écran /mot : chercher le mot dans le texte (le mot recherché est placé en haut de l écran) q : quitter Exercice 2 : commande more =>Afficher le contenu du fichier Etudiant.swiss en utilisant la commande more :~}more Etudiant.swiss 2

3 =>Faire une recherche à partir du mot "ELEGANS". Que se passe t il si on inscrit le mot en lettres minuscules? :~}/ELEGANS le mot n est pas retouvé. less C est un filtre d affichage par page similaire à more. Cependant il est plus performant, les mots recherchés apparaissent sur fond noir au lieu d'être juste placés en haut de l'écran et le défilement du texte est plus précis. Less n est pas toujours disponible selon le shell utilisé. less s utilise avec les commandes suivantes : h : afficher une aide. (Enter pour faire défiler l aide, b pour remonter, q pour quitter) SPC : faire défiler le texte page par page d (down) : descendre d'un demi-écran f (forward) : descendre d'un écran b (back) : remonter d'un écran j : descendre d'une ligne k : remonter d'une ligne G: aller à la fin du texte g : aller au début du fichier texte nombreg : aller à la ligne de numéro nombre (par exemple, 1G place à la première ligne du fichier). Permet d aller à la ligne dont on a donné le numéro. /mot : chercher le mot dans le texte. Il sera signalé en inverse dans tout le texte (noir écrit en blanc). Pour aller à la prochaine occurrence du mot, taper n, pour aller à la précédente occurrence, taper N. Contrairement à More la recherche de mots n est pas sensible à la casse des caractères. q : quitter Exercice 3 : commande less =>Afficher le contenu du fichier " Etudiant.swiss " en utilisant la commande less :~}less Etudiant.swiss =>Faire une recherche à partir du mot "BOVINE". :~}/BOVINE 3

4 grep Cette commande permet de rechercher une chaîne de caractères dans un fichier. Nomenclature : Syntaxe de la commande : grep mot fichiers Grep : commande mot : chaîne de caractères fichiers : fichiers sur lesquels porte la recherche. Exemples : Pour chercher "BOVINE" dans tous les fichiers ".txt" du répertoire où l'on se trouve : grep BOVINE *.txt Pour chercher "BOVINE" dans tous les fichiers du répertoire où l'on se trouve : grep BOVINE * Les options de grep: Option : permet d accéder à des fonctions particulières de la commande On peut cumuler plusieurs options. grep -n : indique le numéro de la ligne où figure le mot. grep -i (ignore case) : fait ignorer la casse des caractères (différence entre majuscules et minuscules). grep -c (count) : indique le nombre de lignes où figure au moins une fois le mot recherché dans chacun des fichiers passés en revue. grep -v : affiche toutes les lignes sauf celles contenant le mot indiqué dans la commande. grep -l : n affiche que les noms des fichiers dont au moins une ligne satisfait à la recherche. grep -w (word): ne recherche que les lignes où figure le mot tel quel et non pas ses variantes. 4

5 Exercice 4 : commande grep => Créer un nouveau répertoire "grep_exercice". :~}mkdir grep_exercice => Aller dans ce nouveau répertoire :~}cd grep_exercice => Ecrire les quatre phrases suivantes dans un fichier nommé "carnet-adresse" Pour écrire du texte dans un fichier, il faut l éditer. Ouvrir xemacs dans une fenêtre xterm xemacs nw Ouvrir le fichier " carnet-adresse " : C-x C-f carnet-adresse Taper les 4 phrases. Sauver le texte : C-x s Quitter xemacs : C-x C-c olivier:29: :brest marcel:13: :gardanes myriam:30: :nimes yvonne:92: :palaiseau => Dans la fenêtre Xterm Taper : :~} grep ^[a-d] carnet-adresse (^ = début de ligne) Qu obtient-on et pourquoi? On va obtenir toutes les lignes commençant par les caractères compris entre a et d. Dans notre exemple, on n'en a pas, d'où l'absence de sortie. => Que faut-il taper pour obtenir la ligne contenant la chaîne de caractère Nimes? :~} grep Nimes carnet-adresse Les expressions régulières caractères spéciaux Une expression régulière (en anglais Regular Expression ou RE) sert à identifier une chaîne de caractères répondant à un certain critère. L'avantage d'une expression régulière est qu'avec une seule commande on peut réaliser un grand nombre de tâches qui seraient fastidieuses à faire avec des commandes UNIX classiques. Les expressions régulières sont des suites de caractères permettant de faire des sélections. Elles fonctionnent avec certaines commandes comme grep. Syntaxe : grep [options] expr. reg. fichiers Il faut toujours mettre les expressions régulières entre apostrophe pour protéger les signes contre le shell pour qu il ne les interprète pas. Les différentes expressions régulières sont : 5

6 ^ début de ligne Caractère d accentuation + ESPACE. un caractère quelconque $ fin de ligne x* zéro ou plus d'occurrences du caractère x Signifie de 0 à n fois le caractère le précédant a* = 0 à n fois a.* = n importe quelle chaîne de caractère y compris la chaîne vide. [...] plage de caractères permis [^...] plage de caractères interdits \ {n\} pour définir le nombre de répétition n du caractère placé devant Exercice 5 : => Indiquer de deux façons différentes la commande à taper pour rechercher dans un fichier toutes les lignes commençant par "a" ou "A". Indications : Il faut signifier que l'on souhaite le début de la ligne, avec le chapeau ^ (caret en anglais). Puis, on veut préciser que la ligne commence par un "a" minuscule ou majuscule. Il y a deux façons de le faire : - Utiliser l'option -i qui fait ignorer la différence entre les majuscules et les minuscules. - Dire que l'on cherche un "a" ou un "A". C'est à cela que servent les crochets : [abc] signifie «a ou b ou c». Ici, ce sera [aa]. Enfin, il faut protéger les signes contre le shell, pour cela on met l'expression entre apostrophes. Première possibilité : grep -i '^a' fichier Deuxième possibilité : grep '^[aa]' fichier => Indiquer la commande à taper pour recherche dans un fichier toutes les lignes finissant par "rs"? C'est le dollar ($) qui représente la fin de la ligne. Il faut donc écrire : 6

7 grep 'rs$' fichier => Indiquer la commande à taper pour chercher toutes les lignes contenant au moins un chiffre. Indications : Pour désigner un chiffre, on peut en indiquer une liste entre crochets : [ ]. Il est plus simple d'utiliser une classe de caractères : [0-9] qui désigne n'importe quel chiffre de zéro à neuf. grep '[0-9]' fichier => Indiquer la commande à taper pour rechercher toutes les lignes commençant par une majuscule. Le chapeau indique le début de la ligne. Pour indiquer que l'on cherche une majuscule, on peut soit en donner une liste ([ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ]), soit utiliser une classe de caractères : [A-Z]. grep '^[A-Z]' fichier => Chercher toutes les lignes commençant par "B", "E" ou "Q" Il faut indiquer entre crochets les trois lettres recherchées : grep '^[BEQ]' fichier 7