Twi$er Comment publier des données d occurrence et enregistrer des jeux de données au GBIF

Transcription

1 Formation qualité, utilisation et publication des données Paris, mars 2014 Comment publier des données d occurrence et enregistrer des jeux de données au GBIF gbif@gbif.fr Twi$er

2 Ensemble des données connectées via le GBIF France (au mois de mars 2014) Cette page ne montre que les données géo-référencées (plus de enregistrements sur un total de enregistrements).

3 Terminologie Fournisseur de données (Data Publisher, Provider) Jeu de données, Ressource (Data Resource, data set) Type de ressource (Metadonnées, Occurrences, Taxons) Enregistrements (Data record) Champs, concept, colonne (Data record element, term, field, column, property, a?ribute, concept (e.g., BasisOfRecord, sciendficname) Valeurs (Data value) Standards, Vocabulaires

4 Fournisseurs de données Institutions or individus ayant une seule ressource Institutions, groupes, ou individus ayant plusieurs ressources Institutions avec plusieurs départements, chacun ayant plusieurs ressources.

5 Qui sont les fournisseurs de données français? AssociaDons et conservatoires Universités Muséums Herbiers universitaires de Clermont-Ferrand InsDtuts de recherche Agrégateurs Et bientôt plus encore

6 Types de ressources Métadonnées décrivant les jeux de données d Occurrences et de Taxons. Données primaires (Specimens & Observations, Données écologiques) La donnée source est l Occurrence de l organisme Catalogues taxonomiques et Checklists. La donnée source est le Taxon

7 Standards d échange Métadonnées Données primaires Données taxonomiques Ecological Metadata Language (EML) Description riche des jeux de données GBIF Profile Darwin Core 180 concepts Ratifié en 2009 (TDWG) Fichiers texte Extensible Ou ABCD (TDWG) >1200 concepts Utilisé par Biocase et Tapir

8 Enregistrements Ressource de type Taxon Ressource de type Occurrence

9 Champs Taxon resource type Occurrence resource type

10 Valeurs Taxon resource type Occurrence resource type

11 Darwin Core Archive Contenu de l'archive Une archive correspond à un jeu de données Fichiers formatés par le standard Darwin Core Données d occurrences ou taxonomiques Métadonnées sous format EML

12 Darwin Core Archive: Anatomie Les archives ont toujours un fichier de métadonnées EML

13 Ecological Metadata Language (EML) Décrit les jeux de données même ceux qui ne sont pas publiés Titre et Description Citation and Attribution Contacts et Auteurs Couverture Géographique Méthode d'échantillonage Bibliographie Et plus...

14 Darwin Core Archive: Anatomie Les archives ont toujours un fichier de données principal (Core Data File)

15 Fichier excel modèle : page occurrences Fourni aux geshonnaires de données par le GBIF France Champs = termes DwC (mapping automahque par la suite)

16 Fichier excel modèle : page métadonnées Facilite le remplissage des métadonnées sur l IPT

17 Termes Darwin Core Darwin Core = standard de données interopérabilité Termes obligatoires (* dans le fichier modèle) : - institutioncode (ex : MNHN) : nom ou acronyme de l institution ayant la garde de l occurrence - catalognumber (ex : PPG-CF-00001) : identifiant (si possible unique) de chaque occurrence dans le jeu de données ou la collection - collectioncode (ex : Entomologie) : nom ou acronyme du jeu de données ou de la collection dont l occurrence provient - scientificname (ex: Canis lupus) : nom scientifique complet avec paternité et date (si connus) - basisofrecord (ex : observation, specimen, fossil ) : nature spécifique de l enregistrement

18 Termes importants : taxonomie, géographie (surtout latitude et longitude), conditions de prélèvement ou d observation, contexte géologique, date, habitat, médias associés Possibilité d ajouter des extensions (vocabulaire plus spécifique) : - Taxonomie détaillée - Ajout de noms vernaculaires - Images - Pour plus d informations (définition et traduction des termes Darwin Core) :

19 Darwin Core Archive Le dossier est zippé Fichiers de données Fichier de correspondance des colonnes (meta.xml) Fichier de métadonnées (eml.xml) Ceci est une archive DarwinCore

20 Darwin Core Archive : avantages Format simple (Fichiers texte) Stockage efficace (compressé) Récolte efficace (un seul fichier) Simple d accès (pas besoin de logiciel spécifique) Extensible Format le plus souvent utilisé pour la publication des données sur le réseau GBIF

21 Processus de publicadon des données

22 PrésentaDon de l IPT (Integrated Publishing Toolkit)

23 Pour installer l IPT Version Serveur Tomcat Disponible sur Google Code

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38 Métadonnées obligatoires

39 Métadonnées géographiques

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41 Mapping : correspondance des champs

42 Mapping : suite

43 GesDon de la ressource Rendre visible à tous Ajouter un gestionnaire

44 Publier le jeu de données

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46 PublicaDon de la ressource

47 Enregistrement de la ressource (moissonnage par GBIF internadonal)

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50 Références IPT v2 User Manual IPT2ManualNotes Occurrence Data Publishing Tutorial TutorialOccurrenceResource

51 Contacts Equipe GBIF France : gbif@gbif.fr Questions sur les outils GBIF : melecoq@gbif.fr pamerlon@gbif.fr Site web: Twitter