Modélisation épidémiologique de la transmission des salmonelles chez le porc

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1 24 Novembre 2011 Colloque Projet PSDR Grand Ouest SANCRE Santé animale et compétitivité des filières : atouts et vulnérabilités du Grand Ouest Modélisation épidémiologique de la transmission des salmonelles chez le porc Catherine Belloc & Stéphane Krebs

2 Salmonelles en filière porcine Salmonelles agents zoonotiques règlementation européenne Nécessité d une gestion sur l ensemble de la filière de production Coordination «verticale» entre acteurs pour la mise en œuvre d actions de maîtrise Evaluation de stratégies de maîtrise pour éclairer la décision des acteurs

3 Modélisation épidémiologique couplée à modélisation économique Evaluation épidémiologique et économique des stratégies de maîtrise de la filière Modélisation : test d hypothèses ex ante en complémentarités d enquêtes et expérimentations Couplage épidémiologie/économie

4 Modèle de dynamique d infection par les Salmonelles en troupeau porcin Verraterie Salles de gestation Flux d animaux planifiés Cochettes tout-plein/tout-vide + période de vide sanitaire Salles de Maternité Salles de post-sevrage Salles d engraissement Mélange de bandes

5 Modèle de dynamique d infection par les Salmonelles en troupeau porcin S Infection PE Réactivation Perte d infectiosité PEs PNEs Seroconversion exposition Salmo Sensible : S Porteur Excréteur : PE Porteur excréteur séroconverti : PEs Porteur non-excréteur séroconverti : PNEs Salmo : Quantité de salmonelles dans la salle

6 Modèle de dynamique d infection par les Salmonelles en troupeau porcin Evaluation de l effet de mesures de maîtrise 1 Analyse de sensibilité : mesures de maîtrise hiérarchisées et influence relative quantifiée Index Sensibilité 0,8 0,6 0,4 0,2 0

7 Simulation d une vaccination des truies Réactivation réduite de 90% % 50% 0 90% 25% 50% 90% Pas d effet sur la réactivation % 50% 0 90% 25% 50% 90%

8 Modèle de dynamique d infection par les Salmonelles en troupeau porcin Influence du type de conduite en bandes sur la prévalence du portage en fin engraissement Âge au sevrage Présence d une nurserie Possibilité de mélange

9 Modèle de dynamique dans la filière de production primaire Données de mouvements au sein d une organisation de production (groupement) N=265 troupeaux Nucleus M ultiplication Production Abattoirs

10 Modèle de dynamique dans la filière de production primaire Statuts de troupeaux : niveaux de prévalence du portage Influence des flux conditionnés aux statuts des troupeaux Combinaison avec des mesures intra-troupeaux avec des niveaux d observance variables Nombre de troupeaux infectés par les Salmonelles Scénario de référence Restriction de flux + maîtrise intra-troupeau Temps après infection (en mois)

11 Lien entre exploitations et abattoir Prévalence de portage fin engraissement Attente exploitation Prévalence de portage au chargement Transport Prévalence de portage arrivée abattoir Attente tuerie Prévalence de portage tuerie Influence de ces étapes sur le portage : Stress Mélanges animaux Elaboration d un modèle conceptuel Elicitation avis experts Données de mouvements de porcs charcutiers/animaux de réforme

12 Lien entre exploitations et abattoir

13 Lien entre exploitations et abattoir Distribution des tournées en fonction du temps de parcours Répartition des tournées par jour au cours d un mois Paramétrage sur la base de la bibliographie Collecte de données complémentaires Perspective : Modélisation du process abattage (cf. EFSA)

14 Approche économique Approche en deux temps : Construction d un modèle générique Application à la maîtrise des salmonelles dans la filière porcine Objectif : Identifier à quel maillon de la filière intervenir (analyse coût-efficacité)

15 Modalités d intervention modélisées Intervention Elevage E Transport et attente Abattoir A T EA ET AT EAT

16 Principe général p I p E ( ) 0 0 = p + tx 1 p p p 0 ( 1 ) p 0 = α 0 α 1 p p T A E ( 1 γ ) tx ( p ) p E E = p + 1 ( ) pt = 1 β 0 γ 1 0 β 1

17 Efficacité des interventions

18 Efficacité des interventions (suite) Prévalence Sortie abattoir (p A ) Abattoir 1 1 0,9 0,8 Prévalence Entrée abattoir (p T ) 0,7 0,6 0,5 0,4 0,3 0,2 0, Prévalence Sortie élevage sans intervention (p0) Elevage Transport-attente 1 Prévalence Sortie élevage (p E )

19 Efficacité des interventions (suite) Prévalence Sortie abattoir (p A ) Abattoir 1 1 0,9 0,8 Prévalence Entrée abattoir (p T ) 0,7 0,6 0,5 0,4 0,3 0,2 0, Prévalence Sortie élevage sans intervention (p0) Elevage Transport-attente 1 Prévalence Sortie élevage (p E )

20 Efficacité des interventions (suite) Prévalence Sortie abattoir (p A ) Abattoir 1 1 0,9 0,8 Prévalence Entrée abattoir (p T ) 0,7 0,6 0,5 0,4 0,3 0,2 0, Prévalence Sortie élevage sans intervention (p0) Elevage Transport-attente 1 Prévalence Sortie élevage (p E )

21 Efficacité des interventions (suite) 100% 80% Absence d'intervention Intervention Elevage Intervention Transport-Attente Intervention Abattoir Prévalence sortie abattoir 60% 40% 20% 0% 0% 20% 40% 60% 80% 100% Prévalence sortie élevage sans intervention

22 Critère de décision Analyse coût-efficacité : Recherche stratégies maximisant le ratio : p * p C i i avec i = E, A, T, EA, ET, AT, EAT et où p* = prévalence-cible C i = coût de l intervention

23 Paramétrage du modèle Paramètres à renseigner : Prévalence initiale (en l absence d intervention de maîtrise) Risque de contamination post-élevage Efficacité des mesures de maîtrise sur l élevage, à l abattoir et pour l étape transport-attente à l abattoir Coûts des différentes mesures de maîtrise

24 Paramétrage du modèle (suite) Données mobilisées: sorties de modèles épidémiologiques données publiées dans la littérature ou disponibles par ailleurs (IFIP, p. ex.) ; dires d experts Raisonnement sur la base de : données moyennes distributions

25 Simulations de Monte-Carlo Exemple de résultats

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