Anne-Aurélie RAYMOND. Journée scientifique «Data Mining of OMICs Data» 5 février 2015

Transcription

1 Anne-Aurélie RAYMOND Journée scientifique «Data Mining of OMICs Data» 5 février 2015

2 Présentation générale Fiches techniques des protéines Analyse automatique d un set de data «omique» Par grandes fonctions Aspects statistiques Par réseaux d interaction Exploration des grandes voies biologiques Exploration de l interactome Vue générale des possibilités

3 Présentation générale Fiches techniques des protéines Analyse automatique d un set de data «omique» Par grandes fonctions Aspects statistiques Par réseaux d interaction Exploration des grandes voies biologiques Exploration de l interactome Vue générale des possibilités

4 Présentation générale Avantages Banque de données bibliographique privée constituée manuellement à partir des articles entier, tables et figures à partir des 300 journaux de plus haut facteurs d impact par des scientifiques titulaire d un PhD actualisée chaque semaine Outils de support à l interprétation biologique unique Limites Humain / rat / souris uniquement Coût : 8000 euros /an

5 Présentation générale Fiches techniques des protéines Analyse automatique d un set de data «omique» Par grandes fonctions Aspects statistiques Par réseaux d interaction Exploration des grandes voies biologiques Exploration de l interactome Vue générale des possibilités

6 Fiches techniques des protéines

7 Fiches techniques des protéines

8 Fiches techniques des protéines

9 Fiches techniques des protéines

10 Fiches techniques des protéines

11 Fiches techniques des protéines

12 Fiches techniques des protéines

13 Présentation générale Fiches techniques des protéines Analyse automatique d un set de data «omique» Par grandes fonctions Aspects statistiques Par réseaux d interaction Exploration des grandes voies biologiques Exploration de l interactome Vue générale des possibilités

14 Analyse automatique d un jeu de données

15 Par grandes fonctions biologiques

16 Aspects statistiques

17 Par réseaux d interaction

18 Par réseaux d interaction Raymond AA et al, Molecular and Cellular Proteomics, 2008

19 Présentation générale Fiches techniques des protéines Analyse automatique d un set de data «omique» Par grandes fonctions Aspects statistiques Par réseaux d interaction Exploration des grandes voies biologiques Exploration de l interactome Vue générale des possibilités

20 Exploration des grandes voies biologiques Reptine

21 Exploration des grandes voies biologiques 722 protéines identifiées Beta Catenin Reptine Pontine

22 Exploration des grandes voies biologiques Raymond AA et al, Plos One, en révision

23 Présentation générale Fiches techniques des protéines Analyse automatique d un set de data «omique» Par grandes fonctions Aspects statistiques Par réseaux d interaction Exploration des grandes voies biologiques Exploration de l interactome Vue générale des possibilités

24 Exploration de l interactome

25 Vue générale des possibilités Bon outil bibliographique, support à l interprétation biologique Possibilité de travailler sur n importe quel jeu de données («omique», expérimental ou prédictif) peut compléter aussi des outils de prédiction Oriente le biologiste mais nécessité de garder en tête une question biologique précise pour aboutir

26 Limites Humain / rat / souris uniquement Coût : 8000 euros /an

27 85 espèces Homo sapiens Aquifex aeolicus Cryptococcus neoformans Leptospira interrogans Plasmodium falciparum Tetrahymena thermophila Mus musculus Ashbya gossypii Daphnia pulex Macaca mulatta Pristionchus pacificus Thalassiosira pseudonana Thermodesulfovibrio Rattus norvegicus Bacillus subtilis Deinococcus radiodurans Methanocaldococcus jannaschii Pseudomonas aeruginosa yellowstonii Gallus gallus Bacteroides thetaiotaomicron Dictyoglomus turgidum Methanosarcina acetivorans Puccinia graminis Thermotoga maritima Danio rerio Batrachochytrium dendrobatidis Dictyostelium purpureum Monodelphis domestica Pyrobaculum aerophilum Trichomonas vaginalis Drosophila melanogaster Bos taurus Entamoeba histolytica Monosiga brevicollis Pyrococcus kodakaraensis Trichoplax adhaerens Caenorhabditis elegans Bradyrhizobium japonicum Equus caballus Mycobacterium tuberculosis Rhodopirellula baltica Trypanosoma brucei brucei Saccharomyces cerevisiae Branchiostoma floridae Fusobacterium nucleatum Nematostella vectensis Schistosoma mansoni Ustilago maydis Schizosaccharomyces pombe Caenorhabditis briggsae Geobacter sulfurreducens Neurospora crassa Sclerotinia sclerotiorum Xenopus tropicalis Dictyostelium discoideum Candida albicans Giardia intestinalis Ornithorhynchus anatinus Streptomyces coelicolor Yarrowia lipolytica Arabidopsis thaliana Canis familiaris Gloeobacter violaceus Oryza sativa Strongylocentrotus purpuratus Escherichia coli Chlamydia trachomatis Halobacterium salinarum Pan troglodytes Sulfolobus solfataricus Emericella nidulans Chlamydomonas reinhardtii Ixodes scapularis Phaeosphaeria nodorum Sus scrofa Anolis carolinensis Chloroflexus aurantiacus Korarchaeum cryptofilum Physcomitrella patens Synechocystis Anopheles gambiae Ciona intestinalis Leishmania major Phytophthora infestans Takifugu rubripes

28 Biological process Cellular Component Protein Class Pathways

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