DOSSIER DE CANDIDATURE. MASTER 1ère ANNEE Mention NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS

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1 UFR Sciences et Technologies UFR SCIENCES ET TECHNOLOGIES 24 avenue des Landais BP AUBIERE Cedex Tél Fax Courriel : ScolaMaster.sciences@univ-bpclermont.fr DOSSIER DE CANDIDATURE MASTER 1ère ANNEE Mention NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS - Sciences des Aliments - Nutrition Humaine et Santé Dossier à retourner le plus rapidement possible et au plus tard le 1 er juillet 2010 * ou le 1 er septembre 2010 dernier délai (commission de septembre) Attention, afin de permettre les démarches d obtention de visa, les dossiers des étudiants étrangers ne seront pas étudiés après le 1 er juillet Les étudiants originaires des pays à procédures CEF sont invités à faire leur pré inscription en ligne sur Les autres devront retourner le présent dossier dès le mois d avril Pièces à fournir : *-*-*-*-*-*-*-* Lettre de motivation justifiant votre demande pour le parcours choisi Curriculum Vitae Attestation provisoire de réussite ou mention «Admis» sur le relevé des notes du diplôme présenté pour l accès à la mention de Master souhaitée Relevés de notes des deux dernières années d études 1 petite enveloppe libellée à votre adresse

2 UFR Sciences et Technologies DEMANDE D ADMISSION EN 1ère ANNEE MASTER Nutrition et Sciences des Aliments PARTIE A REMPLIR PAR LE DEMANDEUR NOM... Prénoms..... Né(e) le. à.. Nationalité.. Adresse Actuelle Tél Portable Courriel MENTIONNER LE DERNIER DIPLOME OBTENU - Licence : - Licence professionnelle : - Diplôme étranger :. Date et signature de l étudiant - Autre :. Obtenu le :. à. Parcours M1 commun NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS { Nutrition Humaine et Santé Sciences des Aliments AVIS DE LA COMMISSION DE L U.F.R. SCIENCES ET TECHNOLOGIES DEFAVORABLE Niveau insuffisant FAVORABLE Etudes antérieures non adaptées au cursus sollicité Autres Nom de l expert : Date et signature : DECISION DU DIRECTEUR DE L U.F.R. SCIENCES ET TECHNOLOGIES INSCRIPTION AUTORISEE EN M1 Aubière, le INSCRIPTION REFUSEE Le Directeur, MOTIF : G. BOURDIER

3 UFR Sciences et Technologies Scolarité Master 24 avenue des Landais BP Aubière cedex Tél. : Fax : Courriel : ScolaMaster.sciences@univ-bpclermont.fr Dossier de candidature Master Nutrition et Sciences des Aliments (cohabilité Université d Auvergne et Université Blaise Pascal) Spécialité : Sciences des Aliments Ce dossier doit être retourné ou déposé à l adresse ci dessus, avec toutes les pièces demandées au plus tard le 1 er juillet 2010* Régime d inscription : Formation Initiale Formation Continue Fiche de renseignements : (écrire lisiblement) NOM : Nom Marital :. Prénoms :. Adresse actuelle : Code Postal : Ville : Pays :.. Téléphone : / / /.../ Courriel (obligatoire) Sexe : Masculin Féminin Date de naissance (jj/mm/aaaa) :../../ Lieu de naissance : Département de naissance :.. Nationalité : Française Etrangère, précisez :. Situation de famille : Célibataire Marié(e) Autre : Afin de faciliter les demandes d attribution de visa, il est conseillé aux étudiants étrangers de retourner leur dossier dès le mois de mai. 1

4 Cursus universitaires antérieurs : Type de diplômes Licence ou équivalent Licence professionnelle Master professionnel Spécialité Etablissement Année d obtention Moyenne obtenue Master recherche Diplôme étranger Autre(s) Stages : Fonctions Période Entreprise/Laboratoire Pièces à fournir : Une photocopie des diplômes et des relevés de notes universitaires ; Une lettre de motivation présentant les raisons de votre candidature (une page maximum) ; Un Curriculum vitae détaillé ; Une enveloppe libellée à votre adresse ; La fiche de voeux de stage dûment complétée et demandée au préalable à : J Bernard.gros@univ bpclermont.fr Avis : Favorable Défavorable Motif : Cadre réservé au jury d admission Date et signature du Responsable 2

5 MASTER M2 NUTRITION & SCIENCES DES ALIMENTS 3 spécialités au choix : Nutrition Humaine, Sciences des Aliments, et Nutrition Animale et Élevage Nutrition Humaine et Santé (Co-responsable : Dr. Didier ATTAIX) Sciences des Aliments (Co-responsable : Pr. Jean-Bernard GROS) Nutrition Animale et Élevage (Co-responsable : Dr. Fabienne BLANC) FICHE DE VOEUX Année 2010/2011 Nom :... Prénom :... Spécialité souhaitée :. Mon choix préférentiel de stage pour l année est : Choix Nom du stage Nom du responsable N 1 : N 2 : N 3 N 4 : Fiche à retourner impérativement avant le 1 juillet 2010 si possible par mail à Et à l adresse ci-dessous : Sarah Baconnet - Secrétariat Master M2 Nutrition et Sciences des Aliments Unité de Nutrition Humaine - 58, rue Montalembert- BP CLERMONT-FERRAND CEDEX 1 - Tél. : Fax : Sarah.Baconnet@u-clermont1.fr

6 MASTER M2 NUTRITION & SCIENCES DES ALIMENTS 3 spécialités au choix : Nutrition Humaine, Sciences des Aliments, et Nutrition Animale et Élevage Nutrition Humaine et Santé (Co-responsable : Dr. Didier ATTAIX) Sciences des Aliments (Co-responsable : Pr. Jean-Bernard GROS) Nutrition Animale et Élevage (Co-responsable : Dr. Fabienne BLANC) LISTE DES PROPOSITIONS DE STAGES Spécialité : Sciences des Aliments Année 2010/2011 N o du stage Intitulé du stage Nom du responsable du stage Directeur du laboratoire 1 Suivi des composés aromatiques générés lors de l affinage d un fromage placé dans un microenvironnement gazeux contrôlé. P.S. Mirade Fax : mirade@clermont.inra.fr J.L. Berdagué J.P. Renou 2 Valorisation d acides gras volatils par production de SCO (lipides microbiens) utilisables comme biodiesel. P. Fontanille Pierre.Fontanille@univ-bpclermont.fr C.G. Dussap 3 4 Maturation enzymatique de la gomme arabique Analyse sub-protéomique de mutants de Listeria monocytogenes affectés dans leur capacité à former des biofilms Ph. Michaud Philippe.Michaud@univ-bpclermont.fr C. Laroche celine.laroche@polytech.univbpclermont.fr M. Hébraud, ou hebraud@clermont.inra.fr C.G. Dussap R. Talon

7 5 6 7 Etude de la migration des ions et des additifs au cours du marinage d aliments modèles et de viande Mesure et modélisation des cinétiques de variation de l indice de digestion in vitro des protéines de viande pendant la cuisson en fonction des variables procédés. Les protéines de surface de bactéries à Gram positif impliquées dans la colonisation des environnements agroalimentaires : analyse fonctionnelle des gènes codant pour les MSCRAMM J.-B. Gros J-Bernard.Gros@univ-bpclermont.fr A. Lebert lebert@clermont.inra.fr A. Kondjoyan alain.kondjoyan@clermont.inra.fr J.D. Daudin daudin@clermont.inra.fr S. Leroy Sabine.Leroy@clermont.inra.fr C.G. Dussap et J.P. Renou J.P. Renou R. Talon 8 Valorisation énergétique de co-produits de la filière viande par production de bio-hydrogène et d'acides gras volatils C. Larroche Christian. larroche@univ-bpclermont.fr C.G. Dussap Mise au point d un procédé d extraction et de valorisation des coproduits animaux comme ingrédients fonctionnels Etude in vitro des propriétés antagonistes des levures Saccharomyces cerevisiae sur la survie et la pathogénicité des Escherichia coli entérohémorragiques Approche biochimique des interactions Listeria monocytogenes populations microbiennes dans un modèle fromager G. Djelveh 33(0) ; Fax : djelveh@univ-bpclermont.fr S. Blanquet-Diot stephanie.blanquet@u-clermont1.fr V. Livrelli ou Valerie.Livrelli@u-clermont1.fr M.C. Montel ou cmontel@clermont.inra.fr C.G. Dussap A. Darfeuille- Michaud M.C. Montel Pour plus d informations, s adresser à : Secrétariat Master M2 Nutrition et Sciences des Aliments Unité de Nutrition Humaine - 58, rue Montalembert- BP CLERMONT-FERRAND Cedex 1, France Tél. : 33 (0) Fax : 33 (0) sarah.baconnet@u-clermont1.fr ou Jean Bernard Gros Tél. : 33 (0) J-Bernard.Gros@univ-bpclermont.fr Voir le détail des stages, les modalités d inscription et la fiche de vœux dans le même dossier.

8 PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS Titre du stage : Suivi des composés aromatiques générés lors de l affinage d un fromage placé dans un microenvironnement gazeux contrôlé. Laboratoire d accueil : UR370 Qualité des produits Animaux (QuaPA) Centre INRA de Clermont-Ferrand/Theix Directeur du laboratoire : Jean-Pierre RENOU Directeur du stage et coordonnées précises : (Téléphone. et mail notamment) : Dr Pierre-Sylvain MIRADE, INRA-Theix, QuaPA-C2T, St Genès Champanelle Tél : +33 (0) // Fax : +33(0) // Courriel : mirade@clermont.inra.fr) (Stage en collaboration avec Jean-Louis BERDAGUE - QuaPA) (5-10 lignes de description) Un micro-bioréacteur d affinage de fromages a été conçu, développé et testé dans le cas de fromages de type petit Saint-Nectaire et Coulommiers. Ce micro-bioréacteur permet de réaliser des affinages en conditions de vitesse, de température et d humidité relative de l air parfaitement connues et maîtrisées, et de tester ensuite la qualité des fromages produits. Le travail de l étudiant(e) consistera à réaliser des affinages dans des conditions différentes (différentes technologies fromagères ou/et changement des conditions du microenvironnement d affinage), à les suivre et à analyser les composés aromatiques formés à différents stades de l affinage, aussi bien dans la pâte que dans l atmosphère environnant le fromage. Le but final étant de trouver des marqueurs de «bon affinage» en vue, par exemple, d un pilotage plus «intelligent» des caves. Travaux du laboratoire :(maximum 4 références) Le Page J.F., Mirade P.S., Daudin J.D. (2010). Development of a device and method for the time-course estimation of low water fluxes and mean surface water activity of food products during ripening and storage. Food Research International, in press, doi: /j.foodres Mirade P.S. (2008). Computational fluid dynamics (CFD) modelling applied to the ripening process of fermented food products: basics and advance. Trends in Food Science and Technology 19, Berdagué J.L., Tournayre P., Cambou S. (2007) Novel multi-gas chromatography-olfactometry device and software for the identification of odour-active compounds. Journal of Chromatography A, 1146, Techniques utilisées : Mesures de paramètres climatiques (vitesse, température et humidité relative), analyseur d atmosphères gazeuses, chromatographie phase gazeuse, olfactométrie, outils informatiques de traitement des données.

9 PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS Titre du stage : Valorisation d acides gras volatils par production de SCO (lipides microbiens) utilisables comme biodiesel. Laboratoire d accueil : Laboratoire de Génie Chimique et Biochimique 24 Avenue des Landais Bât. Polytech BP AUBIERE Cedex Directeur du laboratoire : C.G. DUSSAP Directeur du stage et coordonnées précises : Pierre FONTANILLE (LGCB) (Téléphone. et mail notamment) : Pierre.fontanille@univ-bpclermont.fr Ce stage s inscrit dans le projet ANR "AnaBio-H2" qui vise à la mise en place d un outil à l échelle du laboratoire permettant de quantifier et d optimiser les capacités de production d hydrogène d une biomasse microbienne. Le travail envisagé comprend l isolement et la caractérisation de microorganismes anaérobies mésophiles organisés en consortia, capables de dégrader et de fermenter des coproduits agro-industriels lignocellulosiques associés à des sous-produits de la filière viande. Ces microorganismes seront mis en œuvre dans un bioréacteur à membrane immergée. Dans une optique novatrice de bioraffinerie, les acides gras volatils (AGV), sous-produits liés à la production de biohydrogène, seront valorisés par la production de lipides microbiens utilisables dans la filière biodiesel. C est sur cette partie du projet que l étudiant devra pleinement s investir. Pour cela, l étude d une souche microbienne "oléagineuse" (levures ou champignons) productrice de lipides à partir d AGV sera réalisée. Les fractions lipidiques produites seront étudiées et caractérisées. Enfin la production sera optimisée grâce à des approches procédés et métaboliques. Travaux du laboratoire : - D. LINARES, P. FONTANILLE, C. LARROCHE (2008). Protective effect of biomass components against interfacial inactivation of α-pinene oxide lyase from Pseudomonas rhodesiae CIP Food technology and biotechnology, 46 (2), S. RAMACHANDRAN, P. FONTANILLE, A. PANDEY, C. LARROCHE (2008), Permeabilization and inhibition of the germination of spores of Aspergillus niger for gluconic acid production from glucose. Bioresource Technology, 99 (11), S. RAMACHANDRAN, P. FONTANILLE, A. PANDEY, C. LARROCHE (2008). Fed-batch Production of Gluconic Acid by Terpene-treated Aspergillus niger Spores. Applied Biochemistry and Biotechnology, 151 (2-3), J. L. BICAS, P. FONTANILLE, G. M. PASTORE, C. LARROCHE (2008). Characterization of monoterpene degradation pathways in two pseudomonads. J. of Applied Microbiology 105 (6), Techniques utilisées : - Culture de microorganismes (levures et champignons oléagineux), production de biomasse en bioréacteur - Dosages colorimétriques, chromatographie gazeuse sur colonne capillaire, RMN, GC/MS, HPLC

10 PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS Titre du stage : Maturation enzymatique de la gomme arabique Laboratoire d accueil : Laboratoire de Génie Chimique et Biochimique EA 3866 Directeur du laboratoire : CG Dussap Directeur du stage et coordonnées précises : Ph Michaud et Céline Laroche (Téléphone. et mail notamment) : philippe.michaud@univ-bpclermont.fr, celine.laroche@polytech.univ-bpclermont.fr La gomme arabique est un hétéropolysaccharide de structure complexe exsudé par l acacia et collecté en afrique sub-saharienne. Cet exsudat est utilisé dans de nombreux domaines d applications sans aucun traitement chimique. Il entre ainsi dans la composition de nombreuses formulations alimentaires comme stabilisant notamment. Une des limitations à son utilisation est que cette gomme est le siège d une maturation enzymatique encore mal comprise et difficilement contrôlable qui influe directement sur ses propriétés physico-chimiques. Le sujet du stage visera donc à appréhender l évolution des activités glycanasiques et de polyphénol oxydases lors de la maturation d une gomme fraîche. Ce travail de recherche sera réalisé en collaboration avec la société CNI international spécialisée dans la collecte et la valorisation de la gomme arabique. Travaux du laboratoire : - Badel S., Laroche C., Gardarin C, Bernardi T, Michaud P. (2008). Influence of matrix components in Leuconostoc mesenteroides biofilm formation. Appl. Biochem. Biotechnol. 151: Fenoradosoa T.A., Delattre C., Laroche C., Wadouachi A., Dulong V., Picton L., Andriamadio P., Michaud P. (2009). Highly sulphated galactan from Halymenia durvillei (Halymeniales, Rhodophyta), a red seaweed of Madagascar marine coasts. Int. J. Biol. Macromol. 45: Fenoradosoa T.A., Ali G., Delattre C., Laroche C., Petit E., Wadouachi A., Michaud P. (2009). Extraction and characterization of an alginate from the brown seaweed Sargassum turbinarioides Grunow. J Appl Phycol. In Press. - Delattre C., Rios L., Laroche C., NGuyen T., Lecerf D., Picton L., Berthon J.Y., Michaud P. (2009). Production and characterization of new families of polyglucuronic acids from TEMPO/NaOCl/ oxidation of curdlan. Int. J. Biol. Macromol. 45(5): Techniques utilisées : Chromatographie ionique, Biocatalyse, Spectrophotométrie

11 PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS Titre du stage : Analyse sub-protéomique de mutants de Listeria monocytogenes affectés dans leur capacité à former des biofilms Laboratoire d accueil : UR454 Microbiologie, Equipe Qualité et Sécurité des Aliments, INRA de Clermont-Ferrand/Theix, site de Theix, Saint-Genès Champanelle Directeur du laboratoire : Régine TALON (DR2) Directeur du stage et coordonnées précises : Michel HEBRAUD (DR2) Tél. : ; courriél : michel.hebraud@clermont.inra.fr Listeria monocytogenes est une bactérie pathogène responsable d'intoxications alimentaires sévères (listérioses). Elle est particulièrement problématique dans l'industrie agro-alimentaire par sa capacité à s'adapter aux conditions environnementales hostiles (basse T C, traitements de nettoyagedésinfection, etc ) et à former des biofilms sur toutes les surfaces. Ce mode de croissance en biofilm lui permet de persister dans ces environnements et d'augmenter considérablement sa résistance aux traitements de désinfection. Nos travaux visent à élucider les mécanismes moléculaires impliqués dans l'adhésion et la colonisation des surfaces abiotiques. Les évènements moléculaires inhérents à ce mode de croissance ne sont pas connus chez cette espèce et les principaux objectifs sont de decrypter ces mécanismes et de savoir si des liens existent entre l'expression de facteurs de virulence et la formation/croissance en biofilm. Nous disposons de mutants affectés dans l adhésion et la formation de biofilms, issus du criblage d une banque de mutants par transposition ou de mutants construits au laboratoire. Dans le cadre du stage, l étudiant(e) participera à la caractérisation fonctionnelle d un ou plusieurs de ces mutants par la mise en œuvre de techniques d analyse protéomique et de microscopie notamment. L exoprotéome (protéines sécrétées dans le milieu extracellulaire) et/ou le protéome de l enveloppe cellulaire seront plus particulièrement ciblés. Ce travail s'inscrit dans le cadre d un projet européen "ProSafeBeef ". Travaux du laboratoire : - DUMAS, E., MEUNIER, B., BERDAGUE, J.-L., CHAMBON, C., DESVAUX, M. and HEBRAUD, M The origin of Listeria monocytogenes 4b isolates is signified by subproteomic profiling. Biochim. Biophys. Acta Proteins & Proteomics, 1794 : DUMAS, E., DESVAUX, M., CHAMBON, C. and HEBRAUD, M Insight into the core and variant exoproteomes of Listeria monocytogenes species by comparative subproteomic analysis. Proteomics, 9 : PLANCHON, S., DESVAUX, M., CHAFSEY, I., CHAMBON, C., LEROY, S., HEBRAUD, M. and TALON, R Comparative subproteome analyses of planktonic and sessile Staphylococcus xylosus C2a: a new insight in cell physiology of a coagulase-negative Staphylococcus in biofilm. J. Proteome. Res., 8 : DUMAS, E., MEUNIER, B., BERDAGUE, J.-L., CHAMBON, C., DESVAUX, M. and HEBRAUD, M Comparative analysis of extracellular and intracellular proteomes of twelve Listeria monocytogenes strains: differential protein expression is correlated to serovar. Appl. Environ. Microbiol., 74 : Techniques utilisées : Caractérisation fonctionnelle de mutants, fractionnement cellulaire, analyse protéomique (extraction de protéines, électrophorèses 1-D et/ou 2-D, analyse d images, spectrométrie de masse), microscopie.

12 PROPOSITION DE STAGE DE MASTER 2 NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS Titre du stage : Etude de la migration des ions et des additifs au cours du marinage ou du salage d aliments modèles et de viande. Laboratoire d accueil : Laboratoire de Génie Chimique et Biochimique de l UBP Université Blaise Pascal Polytech'Clermont-Ferrand,BP 206, 24, avenue des Landais, Aubière Cedex et UR 370 Unité Qualité des Produits Animaux (QuaPA) de l INRA de Theix St Genès champanelle Directeur du Laboratoire : Professeur C. G. Dussap Directeur du Stage : Professeur J.-B. Gros et André Lebert, directeur de recherche INRA (5-10 lignes de description) Le marinage et le salage sont des procédés de transformation des produits alimentaires et en particulier des produits carnés. Ces opérations sont gouvernées par les transferts de matière par diffusion : diffusion de substances comme le sel, des acides organiques, mais également diffusion de substances comme des antioxydants ou des agents de texture qui modifient les propriétés physico-chimiques de la viande au cours de leur migration. L'objectif du stage est de préciser qualitativement et quantitativement ces transferts, sur un aliment modèle et sur des muscles de viande. Travaux du laboratoire : (maximum 4 références) - N. KOHLI, J.B. GROS, A. LEBERT, J.D. DAUDIN (2008). Analysis of Acetic Acid Migration in Lean Meat using 2 Methods. First European Food Congress, 4-9 November, Ljubljana. - A. LEBERT, J.B. GROS, C.G. DUSSAP, J.D. DAUDIN (2009) Measurement and prediction of some physicochemical properties (ph and a w ) of food products. 12 ème Congrès de la Société Français de Génie des Procédés, octobre, Marseille, Récents Progrès en Génie des Procédés, V L. BEN GAÏDA, C.G. DUSSAP, J.B. GROS (2010). Activity coefficients of concentrated strong and weak electrolytes by a hydration equilibrium and group contribution model. Fluid Phase Equilibria, 289, Techniques utilisées : - Techniques classiques de laboratoire - Analyse d'images, chromatographie ionique - Méthodes de traitement des données et modélisation.

13 PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS Titre du stage : Mesure et modélisation des cinétiques de variation de l indice de digestion in vitro des protéines de viande pendant la cuisson en fonction des variables procédés. Laboratoire d accueil : Equipe Couplage Transferts Transformations», UR QuaPA (INRA Theix) Directeur du laboratoire : Jean-Pierre Renou Directeur du stage et coordonnées précises : A. KONDJOYAN et J.D. DAUDIN,, Tél respectifs : (4492) ou(4192) alain.kondjoyan@clermont.inra.fr, daudin@clermont.inra.fr (5-10 lignes de description) La cuisson de la viande modifie sensiblement l état et la structure des protéines, ce qui peut avoir des répercussions nutritionnelles, notamment sur la digestibilité de ces protéines. Un test de digestibilité in vitro a été mis au point par les biochimistes du laboratoire. Ce dernier peut être appliqué à de nombreux petits échantillons dont les cinétiques de chauffage et de refroidissement sont contrôlées grâce à un banc de traitement développé par le laboratoire. Dans le cadre du projet ANR Pronutrial un premier plan d expérience a permis d identifier les variables principales ayant un impact. Pendant ce stage, l étudiant aura en charge d établir les cinétiques d évolution de la digestibilité des protéines pendant la cuisson de la viande en fonction des caractéristiques de la matière première (structure et composition), de variables résultant de prétraitements (degré de hachage, ph, teneur en sel) et de la température de cuisson. Il cherchera ensuite à modéliser ces cinétiques au moyen de lois réactionnelles afin qu elles puissent être couplées avec des modèles mathématiques de transfert de chaleur. Travaux du laboratoire : GATELLIER, Ph., KONDJOYAN, A., PORTANGUEN, S., GREVE, E., SANTE-LHOUTELLIER, V. (2009). Determination of Aromatic Amino Acid Content in Cooked Meat by Derivative Spectrophotometry: Implications for Nutritional Quality of Meat, Food Chemistry, 114(3), KONDJOYAN, A., CHEVOLLEAU, S., GREVE, E., GATELLIER, P., SANTE-LHOUTELLIER, V., BRUEL, S., TOUZET, C., PORTANGUEN, S., DEBRAUWER, L. (2010). Formation of Heterocyclic Amines in slices of Longissimus thoracis beef muscle subjected to jets of superheated steam, Food Chemistry, 119(1), LE PAGE J.F., MIRADE, P.S., DAUDIN J.D. (2010). Development of a device and method for the time-course estimation of low water fluxes and mean surface water activity of food products during ripening and storage Food Research International (in press, doi: /j.foodres ). GATELLIER, Ph., SANTE-LHOUTELLIER, V., PORTANGUEN, S., KONDJOYAN, A. (2010). Effect of cooking on protein oxidation in n-3 polyunsaturated fatty acids enriched beef. Implication on Nutritional Quality. Meat Science (In press, doi: /j.meatsci ). Techniques utilisées : Bancs de marinage et de chauffage instrumentés développés par le laboratoire. Photomètre flamme et chlorure mètre, test enzymologique, spectromètre.

14 PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS Titre du stage : Les protéines de surface de bactéries à Gram positif impliquées dans la colonisation des environnements agroalimentaires : analyse fonctionnelle des gènes codant pour les MSCRAMM Laboratoire d accueil : INRA, UR454 Microbiologie Directeur du laboratoire : Régine TALON Directeur du stage et coordonnées précises : Sabine LEROY Equipe de recherche : Qualité et Sécurité des Aliments Tél : Mél : sabine.leroy@clermont.inra.fr La surface bactérienne joue un rôle clé d interface dans toutes les interactions entre les bactéries et leur environnement. Notre équipe s'intéresse plus particulièrement aux interactions des bactéries à Gram positif des genres Staphylococcus et Listeria avec les produits carnés, laitiers et leurs environnements de fabrication où elles sont fréquemment isolées. L étude des mécanismes moléculaires mis en jeu dans la colonisation de ces bactéries avec l environnement agroalimentaire est focalisée sur deux bactéries modèles : S. xylosus un ferment des produits laitiers et carnés et L. monocytogenes une bactérie pathogène alimentaire. Un certain nombre de molécules, dont des protéines de surface, qui participent à l'étape d'attachement initial au cours du processus de colonisation de supports biotiques mais aussi abiotiques, ont été regroupées sous le vocable de MSCRAMM (Microbial Surface Components Recognizing Adhesive Matrix Molecules). Des protéines appartenant à ce groupe ont été identifiées par analyse génomique chez ces deux espèces mais leur implication et contribution à la formation de biofilms reste inconnue. Nos travaux visent à élucider les mécanismes moléculaires responsables de l'aptitude à coloniser différents supports, notamment biotiques comme les produits carnés. Dans le cadre du stage proposé, il s'agira de participer à l'analyse génétique fonctionnelle de gènes codant des protéines de surfaces MSCRAMM en particulier celles se liant à la fibronectine (fibronectine binding protein). Ceci implique la construction de mutants de délétion afin de déterminer l'implication des produits des gènes d'intérêt dans le processus de colonisation. Travaux du laboratoire : - Dordet-Frisoni E., Dorchies G., De Araujo C., Talon R., Leroy S Genomic diversity in Staphylococcus xylosus. Applied and Environmental Microbiology, 73: [IF 4,0] - Planchon S., Chambon C., Desvaux M., Chafsey I., Leroy S., Talon R., Hébraud M. Proteomic analysis of cell envelope from Staphylococcus xylosus C2a, a Coagulase-Negative Staphylococcus. Journal of Proteome Research, 2007, 6: [IF 5,7] - Desvaux M, Planchon S, Chafsey I, Chambon C, Leroy S, Hébraud M and R. Talon Comparative subproteome analyses of planktonic and sessile Staphylococcus xylosus C2a: new insight in cell physiology of a coagulase-negative Staphylococcus in biofilm. Journal of Proteome Research. 8: [IF 5,7] Techniques utilisées : PCR, clonage, transformation, construction de mutants par échange allélique, culture en biofilm

15 PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS Titre du stage : Valorisation énergétique de co-produits de la filière viande par production de biohydrogène et d'acides gras volatils Laboratoire d accueil : Laboratoire de Génie Chimique et Biochimique 24 Avenue des Landais Bât. Polytech BP AUBIERE Cedex Directeur du laboratoire : C.G. DUSSAP Directeur du stage et coordonnées précises : Christian LARROCHE (LGCB) (Téléphone. et mail notamment) : christian.larroche@univ-bpclermont.fr (5-10 lignes de description) Ce stage s inscrit dans le projet ANR "AnaBio-H2", dans lequel l'adiv est partenaire, qui vise à la mise en place d un outil à l échelle du laboratoire permettant de quantifier et d optimiser les capacités de production d hydrogène d une biomasse microbienne. Le travail envisagé comprend l isolement et la caractérisation de microorganismes anaérobies mésophiles organisés en consortia, capables de dégrader et de fermenter des sous-produits de la filière viande éventuellement associés à des coproduits agroindustriels lignocellulosiques. Ces microorganismes seront mis en œuvre dans un bioréacteur à membrane immergée. Le travail envisagé concerne la caractérisation d'un procédé anaérobie et l'étude des paramètres opératoires permettant d'orienter le métabolisme microbien majoritairement vers la production de biohydrogène ou vers celle d'acides gras volatils. Travaux du laboratoire : - D. LINARES, P. FONTANILLE, C. LARROCHE (2008). Protective effect of biomass components against interfacial inactivation of α-pinene oxide lyase from Pseudomonas rhodesiae CIP Food Technol Biotechnol, 46, S. RAMACHANDRAN, P. FONTANILLE, A. PANDEY, C. LARROCHE (2008), Permeabilization and inhibition of the germination of spores of Aspergillus niger for gluconic acid production from glucose. Bioresource Technol., 99 (11), M. FARHADIAN, D. DUCHEZ, C. VACHELARD, C. LARROCHE (2009). Accurate quantitative determination of monoaromatic compounds for the monitoring of bioremediation processes. Bioresource Technol., 100, R.R. SINGHANIA, RK SUKUMARAN, AK PATEL, C. LARROCHE, A. PANDEY (2010). Advancement and comparative profiles in the production technologies using solid-state and submerged fermentation for microbial cellulases. Enzyme Microb. Technol., sous presse Techniques utilisées : - Culture de microorganismes en anaérobiose, production de biomasse en bioréacteur - Dosages colorimétriques, chromatographie gazeuse sur colonne capillaire, RMN, GC/MS, HPLC

16 PROPOSITION DE STAGE DE MASTER 2 NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS Titre du stage : Mise au point d un procédé d extraction et de valorisation des co-produits animaux comme ingrédients fonctionnels Laboratoire d accueil : Laboratoire de Génie Chimique et Biochimique de l UBP Université Blaise Pascal Polytech'Clermont-Ferrand,BP 206, 24, avenue des Landais, Aubière Cedex Directeur du Laboratoire : Professeur C. G. Dussap Directeur du Stage : Professeur G. Djelveh Tel : +33(0) ; Fax : +33(0) ; djelveh@univ-bpclermont.fr Depuis l interdiction de l utilisation des farines animales dans les aliments pour animaux, des quantités considérables de co-produits animaux viennent grossir le stock de déchets produits par la filière viande. Pourtant, parmi l ensemble des co-produits de porc et de volaille, il subsiste une fraction importante de produits de qualité alimentaire susceptibles d être revalorisés. Pour assurer une telle valorisation, on ne peut se contenter de la consommation directe d une partie des abats. Une des issues possibles serait de récupérer au maximum les co-produits de qualité alimentaire tels que les protéines en les utilisant comme des ingrédients dans un but nutritionnel, organoleptique, fonctionnel ou biologique. En effet, l industrie alimentaire, et en particulier l industrie des produits carnés, a précisément besoin de disposer de toutes sortes d ingrédients et additifs pour élargir sa gamme de produits. La revalorisation des abats rouges permettrait à la fois de réduire la quantité de déchets produits et les coûts engendrés pour leur élimination, tout en assurant une nouvelle source de protéines animales pour l alimentation humaine. Il s agira dans un premier temps de mettre au point un procédé d extraction et de purification des protéines issues de co-produits animaux de porc et de volailles, puis d étudier les propriétés fonctionnelles des ingrédients obtenus sous forme de poudre ou d hydrolysats, afin de les positionner sur le marché par rapport aux ingrédients protéiques concurrents d origine végétale, laitière, oeuf Il s agira de définir et d optimiser les traitements mécaniques préalables (broyage, affinage, mise en suspension ) ainsi que les opérations successives de concentration, séparation et purification au moyen de techniques de filtration tangentielle en combinant microfiltration, diafiltration et ultrafiltration. Elle sera suivie par une analyse des propriétés fonctionnelles centrée sur les capacités émulsifiante, moussante et stabilisante des ingrédients obtenus. L ensemble de l étude sera conduite sur des installations pilotes disponibles au sein du laboratoire, incluant une unité «pilote membranes», un homogénéisateur haute pression pour l émulsification ainsi que des foisonneurs continus permettant la production de mousses alimentaires. Travaux du laboratoire :(maximum 4 références) - D. SELMANE, C. VIAL, G. DJELVEH (2008). Emulsification en continu de formulations modèles à base de protéines extraites de poumon de bœuf : effet du xanthane et des conditions opératoires. 12 èmes Journées sciences du muscle et technologies des viandes, 8-9 octobre, Tours. Numéro hors série VPC, D. SELMANE, C. VIAL, G. DJELVEH (2009). Emulsification in batch and Continuous system of protein extracted from beef lung; comparison with sodium caseinates. 12 ème Congrès de la Société Français de Génie des Procédés, octobre, Marseille, Récents Progrès en Génie des Procédés, V I. NICORESCU, A. RIAUBLANC, C. LOISEL, C. VIAL, G. DJELVEH, G. CUVELIER, J. LEGRAND (2009) Impact of protein self-assemblages on foam properties, Food Res. Int., 42, D. SELMANE, C. VIAL, G. DJELVEH (2010). Production and functional properties of beef lung protein concentrates. Meat Science, 84(3),

17 PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS SPECIALITE SCIENCE DES ALIMENTS POUR L Titre du stage : Etude in vitro des propriétés antagonistes des levures Saccharomyces cerevisiae sur la survie et la pathogénicité des Escherichia coli entérohémorragiques. Laboratoires d accueil : ERT-CIDAM, Directeur du Laboratoire : Pr Monique Alric Pathogénie Bactérienne Intestinale, Directeur du Laboratoire : Pr Arlette Darfeuille-Michaud Directeur du stage : Stéphanie Blanquet-Diot Téléphone : Mail : stephanie.blanquet@u-clermont1.fr Co-responsable : Valérie Livrelli Téléphone : ou Mail : Valerie.Livrelli@u-clermont1.fr Les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) sont des pathogènes émergents responsables de toxiinfections alimentaires 1. La pathogénicité de ces souches est principalement liée à la production de Shigatoxines et leur site potentiel d action serait le côlon. La survie et la régulation des facteurs de pathogénicité de ces bactéries dans l environnement digestif sont importantes pour leur virulence mais mal connue par manque de modèles d étude adaptés. Enfin, l absence de traitement spécifique a conduit à s intéresser à des moyens préventifs et/ou curatifs alternatifs, comme l utilisation de probiotiques 2. L objectif du stage est d évaluer les propriétés antagonistes de la levure Saccharomyces cerevisiae vis-à-vis d une souche d EHEC de sérotype O157:H7 en utilisant deux approches in vitro complémentaires. D une part, des fermentations seront conduites en présence du microbiote intestinal humain afin d évaluer (i) le taux de survie dans l environnement colique de la souche O157:H7, la production de toxines et la régulation des principaux gènes associés à la virulence, (ii) l influence du pathogène sur le niveau des principaux groupes bactériens du microbiote intestinal et son métabolisme et (iii) l effet de la levure sur ces différents paramètres. D autre part, nous étudierons les interactions bactéries/cellules intestinales en culture et l effet antagoniste potentiel des levures. 1- Bilan des connaissances relatives aux Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC). AFSSA, Avril Dalmasso G, Loubat A, Dahan S, Calle G, Rampal P and Czerucka D. Saccharomyces boulardii prevents TNF-alphainduced apoptosis in EHEC-infected T84 cells. Res Microbiol, (5): p Travaux du Laboratoire : 1- BLANQUET S, MEUNIER JP, MINEKUS M, MAROL-BONNIN S, ALRIC M. Recombinant Saccharomyces cerevisiae expressing P450 in artificial digestive systems: a model for biodetoxication in the human digestive environment. Appl Environ Microbiol. 2003, 69: BLANQUET-DIOT S, SOUFI M, RAMBEAU M, ROCK E, ALRIC M. Assessment of digestive stability of carotenoids from tomato and a supplement using a dynamic in vitro gastrointestinal system. J. Nutr. 2009, 139: PRADEL N, BERTIN Y, MARTIN C, LIVRELLI V. Molecular Analysis of Shiga Toxin-Producing Escherichia coli strains isolated from Hemolytic-Uremic Syndrome patients and dairy samples in France. Appl Environ Microbiol. 2008, 74 : CHASSAGNE L, PRADEL N, ROBIN F, LIVRELLI V, BONNET R, DELMAS J. Detection of stx1, stx2, and eae genes of enterohemorrhagic Escherichia coli using SYBR Green in a real-time polymerase chain reaction. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 2009, 64 : Techniques utilisées : Microbiologie aérobie et anaérobie / levures, bactéries (numérations, cinétique de croissance). Technique de fermentation en continu. Culture cellulaire. Biologie moléculaire (RT-PCR). Analyses biochimiques (dosage AGCC et gaz par CPG). Techniques immunologiques (ELISA).

18 PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS Titre du stage : Approche biochimique des interactions Listeria monocytogenes populations microbiennes dans un modèle fromager Laboratoire d accueil :Unité Recherches Fromagères Directeur du laboratoire : MONTEL Marie-Christine Directeur du stage et coordonnées précises : MONTEL Marie-Christine 20 cote de Reyne Aurillac tel ou cmontel@clermont.inra.fr (5-10 lignes de description) Le stage aura pour objectif la compréhension des interactions Listeria monocytogenes au sein d une communauté microbienne représentative de celle d un fromage au lait cru. Il visera plus particiulièrement à comprendre le rôle des acides organiques dans ces interactions. Il s attachera à déterminer leur production et leur consommation en surface d un modèle fromager. Il demandera des compétences en microbiologie, biologie moléculaire pour le suivi quantitatif des populations microbiennes.une formation en biochimie est également souhaitée pour la quantification des acides organiques par HPLC. Travaux du laboratoire : 1. Retureau E., Callon C., Didienne R., Buchin S, Montel M.C Is Microbial diversity a trump for inhibiting Listeria monocytogenes in raw milk cheeses? Dairy Science and Technology, on line 2. Picque D., Guillemin H., Mirade P.S., Didienne R., Lavigne R., Perret B., Montel M.C., Corrieu G Effect of sequential ventilation on cheese ripening and energy consumption in pilot ripening room. International Dairy Journal 9 Issue: 9 Pages: Verdier-Metz, I, Michel, V, Delbes, C, Montel M.C Do milking practices influence the bacterial diversity of raw milk?: Food Microbiology Volume: 26 Issue: 3 Pages: Alomar, J., Lebert A., Montel, M.C Effect of temperature and ph on the growth of Staphylococcus aureus in co-culture with Lactococcus garvieae. Current Microbiology.56 : Techniques utilisées : Microbiologie classique : culture microbienne PCR, QPCR Séquençage ANDr HPLC Fabrication fromagère