PLAN. Atelier Puces à ADN IRB Hôpiital St Eloi Mardi 27 mars 2007 En collaboration avec la Génopole de Montpellier

Transcription

1 PLAN Atelier Puces à ADN IRB Hôpiital St Eloi Mardi 27 mars 2007 En collaboration avec la Génopole de Montpellier 8h45 Accueil des participants - café 9h00-9h45 John DE VOS : Introduction à la journée / Puces à ADN: où en sommes nous? 10h30 Véronique PANTESCO : Comment fonctionne une puce Affymetrix / Un transcriptome à partir de quelques cellules / Visite de la plateforme 10h30-10h45 Pause café 10h45-11h45 Thierry REME : Techniques d'analyse statistiques 11h45-12h45 Laurent JOURNOT : Interpréation des données transcriptome 12h45-14h00 Pause repas 14h00-17h15 ATELIER BIOINFO 14h00-15h00 John DE VOS Excel peut encore servir 15h00-16h00 Jérôme MOREAUX (Mac) et Said ASSOU (PC)Cluster et TreeviewBabelomics 16h00-16h15 Pause 16h15-17h15 Jérôme MOREAUX : Utilisation de SAM: un add-in dans excel qui fait référence

2 Puces à ADN : où en sommes nous? John DE VOS, MCU-PH Institut de Recherche en Biothérapie CHU de Montpellier INSERM U847 devos@montp.inserm.fr Institut de Recherche en Biothérapie CHU de Montpellier

3 CHU de Montpellier Plate-forme Affymetrix Responsables: John De Vos (CHU) Thierry Rème (INSERM) Techniciens Véronique Pantesco (INSERM) Philippe MOINE (CHU) Depuis puces / an Système Affymetrix: Puces oligonucléotides, commerciales Pas d ARN de référence

4 Institut de Recherche en Biothérapie Pr. Bernard KLEIN CHU de Montpellier / INSERM 3000 m2

5 9 équipes de recherche IRB - 24 Laboratoires hospitaliers de R&D Plateaux techniques

6 IRB - 3 Fabriquer des cellules médicaments Appel d offre :

7 Autres plateformes transcriptome Genopole du LR Plateforme «deux couleurs» IGF / IGH : Laurent Journot Spottage Puces industrielles : Agilent, Nimblegen PCR haut débit UM2 Thérèse Commes Skuldtech SAGE Analyse SAGE (Skuldtech)

8 Expression de gènes Foie Protéine Peau ARNm Ø Albumine Albumine Expression Pas d expression

9 Analyse du transcriptome RT-PCR: 1 gène, 10 échantillons Puces à ADN: 1 échantillon, gènes = massively parallel format

10 ARN de départ

11 ARN de départ : macroarrays Macroarrays 100 g ARN total 100 x 10 e 6 a b c d e f g h i j k l m n o a b c d e f g h i j k l m n o XG-14 EBV

12 ARN de départ : aujourd hui Affymetrix : 1 g ARN total : 1 x 10 e ng : 10 e 3 16 ovules : ~ 4 ng ARN total Assou et al. Human Reproduction 2006

13 Nouvelles puces

14 PROKARYA EUKARYA + de 250 microorganismes (Nimblegene) Ecoli P. aeruginosa B. subtilis Affymetrix Genechips S Aureus X3P Yeast Mouse Sequence Databases Rat Bovine Canine Porcine Rhesus Zebrafish C. elegans Human Drosophila Xenopus Plasmodium Falciparum Arabidopsis Barley Citrus Cotton Maize Medicago Poplar Rice Soybean Sugar cane Tomato Vitis vinifera Wheat

15 Nouvelles applications des puces à ADN Anciennes Expression 3 CGH array Nouvelles Expression «exon» Tiling SNP Expression ChIP chip

16 HFF_SM1_p4 HFF_SM2_P3 HFF_SM3_p6 HSF_JH_P12 HS306_4 HS420_2 HS429_1 HUES1_1 HUES1_2 Blood Blood Blood Blood Breast Breast Breast Cerebellum Cerebellum Cerebellum Heart Heart Heart Kidney Kidney Kidney Liver Liver Liver Muscle Muscle Muscle Pancreas Pancreas Pancreas Prostate Prostate Prostate Spleen Spleen Spleen Testis Testis Testis Thyroid Thyroid Thyroid Tissue expression pattern ITGA6

17 Tiling array

18 Chip on chip

19 Application ChIP chip Lengronne et al. Nature 2004

20 SNPs ( prononcez [snip] ) SNPs: single nucleotide polymorphisms Quand 1 base (A, T, G ou C) est polymorphe AAGGCTAA ATGGCTAA «SNP» si variation présente dans > 1% population ~ 90% de la variabilité génétique ~ 3 millions de SNPs 1 SNP tous les 500 pdb Régions codantes ou non codantes Génome transmis en bloc : pas besoin de suivre tous les SNPs

21

22 SNPs Dégénérescence maculaire liée à l âge 96 patients vs 50 cas contrôles «Non hispanic white» Puces SNPs Affy

23 Nouvelles technologies : différentes technologies Puces à ADN Affymetrix Agilent Nimblegen Billes Illumina Séquençage haut débit GS20 (Roche), etc.

24 Vers la clinique

25 Les puces à ADN vers la clinique Contrôles qualité MAQC Premières applications Mamamprint Leukemia Chip Montpellier : myélome

26 MAQC XXX XXX XXX

27

28 Déterminer un classificateur et le valider cancer du sein Classificateur (cancer du sein, gg-): 70 gènes. Déterminé sur 78 échantillons Validation : sur 19 nouveaux échantillons OR (Odds ratio) : Classificateur : 15 Haut grade : 6,4 Tumeur > 2 cm : 4,4 Angioinvasion : 4,2 ER neg : 2,4 van t Veer L. et al., Nature, 2002, 415: 530 The Netherlands Cancer Institute, Amsterdam

29 Validation du classificateur Validation sur 295 patientes consécutifs Odds ratio (tout patient) = 15 Sélection patientes pour Chimiothérapie adjuvante Capacité métastatique déterminée dés le stade initial Pouvoir métastatique local et distant: propriétés différentes

30 Mammaprint 2006 : commercialisation en Hollande de «Mammaprint» (Agendia); demande FDA en cours

31 Myélome : compte rendu au clinicien 8000 FGFR

32

33 Normalisation

34 Normalisation MAS5 RMA

35 Quelques sites web Repositories GEO : ArrayExpress : Atlas dédiés Amazonia! : Outils d analyse Privés : RAGE Publics: Oncomine Babelomics

36 Mes logiciels préférés Libres R Cluster / TreeView Web : Babelomics Payants Array Assist (Stratagene) Pathway Architect (Stratagene) Ingenuity

37 XXX XXX XXX XXX

38 XXX XXX XXX XXX

39 XXX XXX XXX XXX

40 XXX XXX Nouvelles technologies Disparition rng Maqc XXX