MAGISTER EN BIOLOGIE

Transcription

1 MAGISTER EN BIOLOGIE CYCLE D ETUDES 3 ème FACULTE DEPARTEMENT Sciences de la Nature et de la Vie et des Sciences de la Terre et de l Univers Biologie INTITULE DE LA PG Microbiologie Appliquée RESPONSABLE Dr. OULD EL HADJ-KHELIL Aminata aminatakhelil@yahoo.fr NOMBRE DE POSTES 12 HABILITATION Arrêté n 223 du 22/07/2009 DIPLOME DELIVRE Magister en Biologie Spécialité: Microbiologie Appliquée OBJECTIF DE LA FORMATION Le projet d'ouverture de la post graduation en microbiologie appliquée dans notre Université vient suite aux motifs suivants: La demande massive formulée par les étudiants en fin de cycle de cette filière Besoins économiques: Vision de la création des microentreprises régionales à long terme L'émergence de l'agriculture oasienne et l'intensification agricole en zone aride, déjà mise en place par la population locale et les pouvoirs publics d où la recherche de la valorisation des produits et sous produits L'existence de moyens humains et matériels Relation avec le milieu professionnel actif en la matière Cette post graduation ne fera qu'accroître le bien fondé des sciences biologiques avec ses diverses filières inhérentes aux sciences biologiques. Enfin, ceci ne fera que renforcer le pôle d'excellence en matière d'enseignement vers lequel aspire notre Université. Par ailleurs, l'existence de la filière sciences biologiques (Tronc Commun + 3 options) depuis sa création, devrait favoriser l'ouverture de la dite post graduation. La mise en place d une formation post-graduée se pose donc comme un prolongement logique visant à

2 étendre le champ d intervention du département et à cristalliser un savoir non encore entièrement valorisé. Elle conduit à une qualification orientée vers la recherchedéveloppement dans le but de mettre en valeur et de promouvoir le secteur de la biologie et surtout dans ce contexte celui de la microbiologie. POURSUITES D ETUDES CONDITIONS D ACCES PUBLIC CONCERNE Thèse de Doctorat Concours Ingénieur en contrôle de qualité Ingénieur en technologie alimentaire Ingénieur en nutrition humaine DES en biologie (option : biochimie et microbiologie) Licence en biologie (4 ans) DEBOUCHES Enseignement supérieur Centres de recherche

3 PLANNING DES COURS INTITULE DES COURS VOLUME HORAIRE (h) COEF. SEMESTRE1 Microbiologie de l'environnement Techniques moléculaires et leurs applications Biodégradation et transformations microbiologiques Biotechnologie de l environnement Informatique SEMESTRE2 Microbiologie de l'environnement dans les industries agroalimentaires Microbiologie alimentaire La microbiologie industrielle et la biotechnologie Anglais technique Pédagogie Techniques d analyses microbiologiques 60 03

4 PROGRAMMES DES COURS MICROBIOLOGIE DE L ENVIRONNEMENT 1. Introduction et concepts généraux 2. Diversité des microorganismes 3. Méthodes d'étude en microbiologie de l'environnement 4. Communautés microbiennes 5. Rôle des microorganismes dans les cycles bio-géochimiques 6. Localisation des microorganismes dans la biosphère 7. Ecologie microbienne en milieu aquatique 8. Eaux souterraines et sources hydrothermales 9. Tapis bactériens et biofilms 10. Dégradation bactériennes des matériaux 11. Corrosion bactériennes des métaux 12. Exemples et étude de cas BIODEGRADATION ET TRANSFORMATIONS MICROBIOLOGIQUES 1. Processus d'oxydo-réduction et diversité du métabolisme énergétique chez les bactéries 2. Voies métaboliques impliquées dans dégradation des xénobiotiques 3. Dégradation aérobie et anaérobie 4. Mécanismes enzymatiques de la biodégradation 5. Biosurfactants et capture des hydrocarbures par les bactéries 6. Biotransformation et bioaccumulation des composés métalliques BIOTECHNOLOGIE DE L ENVIRONNEMENT

5 1 Définition des processus de la biotechnologie 1.1 Cinétique de la biodégradation ou de la biotransformation des molécules chimiques 1.2 Définition de la réactivité biologique (culture pure, enrichissement, microorganismes génétiquement modifiés) 2 Applications des biotechnologies environnementales 2.1 Station d'épuration pour le traitement de l'eau 2.2 Biofiltre pour le traitement de l'air 2.3 Biotertre pour le traitement du sol 2.4 Biomonitoring utilisation des systèmes biologiques pour le suivi des molécules chimiques, analyse des gènes, contrôle de la toxicité MICROBIOLOGIQUE DE L ENVIRONNEMENT DANS LES INDUSTRIES AGROALIMENTAIRES 1 Contaminations microbiologiques des circuits industriels 1.1 La qualité de l'eau dans l'industrie agroalimentaire 1.2 Les facteurs de risque de développement dans les installations 1.3 Les méthodes d'analyse 1.4 La réglementation et les mesures préventives 2 Formation de biofilms dans les circuits industriels 2.1 Généralités sur les biofilms 2.2 Mécanismes de formation des biofilms dans les circuits 2.3 Techniques de décontamination et de décrochage des biofilms 3 Procédés de désinfection et de nettoyage des circuits industriels 4 Qualité microbiologique et physico-chimique des effluents 5 Procédés de traitement des effluents des industries agroalimentaires

6 MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE 1 La détérioration des aliments 2 Les méthodes de conservation des aliments 3 Les Maladies et les Aliments 3.1 Toxicologie alimentaire 4 La microbiologie des produits fermentés 4.1 Produits laitiers 4.2 Viande et poisson 4.3 Boissons alcoolisées 4.4 Pains MICROBIOLOGIE INDUSTRIELLE ET BIOTECHNOLOGIE 1 Méthodes de culture 1.1 Culture microbienne 1.2 Développement du milieu et conditions de croissance Sélection, amélioration et conservation des souches 2 Les différents ferments 3 Méthodes de conservation des ferments 4 Les principaux produits de la microbiologie industrielle 4.1 Les antibiotiques 4.2 Les acides aminés 4.3 Les acides organiques 4.4 Méthodes de bioconservation 5 Autres applications 5.1 Insecticides microbiens 5.2 Biocapteurs

7 TECHNIQUES D ANALYSE MICROBIOLOGIQUE 1 Techniques générales de manipulation 1.1 Marériel et techniques microbiologiques de base 1.2 Milieux et techniques générales de culture 1.3 Techniques de séleotion et d'isolement 1.4 Préparation et examens microscopiques 2 Techniques d'étude et d'identification microbiennes 2.1 Etude microscopique 2.2 Etude biochimique et physiologique 2.3 Etude immunologique 3 Autres méthodes d'identification ANGLAIS TECHNIQUE Objectif: Il n échappe à personne que la maîtrise de la langue anglaise par le postulant au magister constitue un atout indispensable pour son épanouissement dans ses travaux de recherches bibliographiques lors de la préparation du mémoire et au cours de la préparation de ses cours à réactualiser constamment à travers une documentation écrite dans la langue de Shakespeare. Par ailleurs il pourrait être appelé à faire des communications scientifiques en anglais lors de séminaires, de symposia ou de colloques internationaux. 1 Compréhension de textes techniques 1.1 Etude d extraits d ouvrages en anglais sur la microbiologie, sur la biochimie et sur la biologie en générale 1.2 Etude d articles spécialisés en microbiologie 2 Expression écrite et orale

8 2.1 Préparation d un exposé écrit en anglais technique 2.2 Exposé oral en anglais avec transparents et autres supports pédagogiques PEDAGOGIE Objectif: Il s agit de préparer le postulant au magister à son métier d enseignant. Un ensemble de conseils lui sont octroyés afin qu il puisse savoir comment se comporter face aux étudiants soit dans une salle de cours ou de travaux pratiques. L aspect psychologique n est pas oublié et présente autant d importance que la manière d enseigner à travers l utilisation de méthodes et de procédés pédagogiques diversifiés. Le futur enseignant doit aussi être mis au courant des textes, des règlements et des principales lois. 1 Activités pédagogiques 1.1 Conférence sur les méthodes et procédés pédagogiques utilisés Place de la Psychologie dans la relation Enseignant-étudiants Méthodes pédagogiques à utiliser Méthode socratique Méthode descriptive Différents procédés pédagogiques employés 1.2 Conférence sur les textes, lois et règlement Charges d un enseignant Textes et lois nationaux appliqués aux établissements universitaires Règlement intérieur 1.3 Participation contrôlée des postulants au magister pour l encadrement des travaux pratiques des étudiants 1.4 Observations en salle d examen de l application du règlement 1.5 Encadrement par les postulants au magister des étudiants de 4 ème année pour la préparation des journées sur la microbiologie

9 INFORMATIQUE TECHNIQUES MOLECULAIRES ET LEURS APPLICATIONS 1 Le matériel biologique (DNA, RNA) et sa préparation 1.1 rappels sur la structure et les propriétés des acides nucléiques 1.2 extraction, précipitation, dosage et séparations analytiques 1.3 les oligonucléotides de synthèse 1.4 amplification de séquences par la PCR (Polymérase Chain Réaction) 2 Les enzymes de restriction (nomenclature et applications particulières) 3 L hybridation moléculaire 3.1 En phase liquide 3.2 En phase solide 3.3 Hybridation in situ 4 Les vecteurs (propriétés et principes d utilisation) 4.1 Les plasmides 4.2 Les phages 4.3 Les cosmides 5 Les sondes (intérêt et marquage) 6 Le clonage 6.1 Les banques génomiques (DNA génomique et cdna) 6.2 Choix du vecteur 6.3 Introduction dans la bactérie 6.4 Sélection et criblage des clones recombinants 7 Détermination de séquences

10 7.1 Méthode chimique (Maxam et Gilbert) 7.2 Méthode enzymatique 8 Analyse du génome et expression des gènes 8.1 Méthode de Southern 8.2 Analyse qualitative des transcrits : le nothern blot 9 Applications du génie génétique 9.1 Remodelage d enzymes 9.2 Diagnostique des maladies héréditaires 9.3 Amélioration génétique par mutagenèse dirigée et non dirigée et par recombinaison (production d antibiotiques, de vaccins et de métabolites à haute valeur ajoutées)