Porcine Collective. La Sélection. en France

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1 La Sélection Porcine Collective en France Organisation Contrôle des performances Évaluation génétique Optimisation de la sélection Aspects sanitaires

2 Sommaire Introduction L'organisation de la sélection collective UN PEU D HISTOIRE 9 ASPECTS REGLEMENTAIRES de l amélioration génétique 9 ORGANISATION ACTUELLE DU SYSTEME 10 Les différents opérateurs 10 L Agence de la Sélection Porcine (ASP) 10 Les Livres Généalogiques Porcins Collectifs (LGPC) 11 L Organisation de Sélection Porcine (OSP) 11 Les élevages de sélection 11 Les stations publiques 11 Les Centre d Insémination Artificielle (CIA) 12 Les 4 PAS gérées par les LGPC 12 Les objectifs de sélection 12 Evolution dans le choix des objectifs au cours du temps 12 Les caractères de production 14 Les caractères de reproduction 14 Les lignées maternelles (LWF et LF) 14 Les lignées paternelles (LWM et P) 14 Evolution génétique des caractères d intérêts 16 La circulation de l information 18 L identification et la fiabilité généalogique 21 Le protocole de contrôle des performances L identification individuelle 21 Comment identifier les animaux? 22 Les enregistrements préalables 22 Les saillies 22 Les portées 23 La codification du tatouage 23 Les obligations réglementaires 23 Le tatouage officiel 23 Les différents systèmes d identification 24 Le tatouage à l oreille 24 Les boucles plastiques 24 La puce électronique 25 Les conseils techniques pour la réalisation 25 Conseils techniques pour le tatouage 25 Matériel 25 1

3 La Sélection Porcine Collective en France Méthode de tatouage 25 Conseils techniques pour le bouclage 26 Matériel 26 Méthode de bouclage 26 La tenue du livre généalogique 26 Le livre généalogique d élevage 26 Le certificat d origine et de performances 26 LE CONTROLE DES PERFORMANCES 28 Informations à enregistrer sur les truies : les performances de reproduction 28 Informations obligatoires 28 Observations facultatives (mise-bas et lactation) 28 Les qualités maternelles 28 Les observations sur la portée 29 Les anomalies des porcelets de la portée 29 Récolte des informations 30 Saisie des données 30 Informations enregistrées sur les jeunes candidats : les performances de production 30 Le contrôle en ferme (CF) 31 Conditions de contrôle 31 Définition de la bande de contrôle 31 Alimentation 31 Locaux d élevage 31 Taille des bandes de contrôles 31 Limites de poids 31 Matériel et méthode de mesures 32 Pesée 32 Mesure des épaisseurs de gras et de muscle aux ultrasons 32 Comptage et notation des tétines 34 Performances de production à mesurer 35 Descriptif des informations «obligatoires» 36 Autres informations 36 Saisie des informations 36 Organisation du travail : un exemple 37 Enregistrement des données et envoi vers la base nationale 38 Le contrôle en station (CS) 39 Envoi de porcelets en station 39 Caractères mesurés sur les collatéraux 40 Rôles des stations de contrôle de performances 40 LA QUALITE DE L INFORMATION 41 Fiabilité des données enregistrées 41 Informations régulièrement centralisées 41 LES Principes de l évaluation génétique 43 LES Indices de sélection 44 Principe 44 Elimination des effets environnementaux dans les données brutes 44 2

4 L'évaluation génétique Evaluation génétique 44 Pour un caractère quantitatif 44 Pour k caractères quantitatifs de l objectif 44 Indices usuels pour un caractère 45 Exemples 46 Pour 1 caractère 46 Pour 2 caractères 46 Le BLUP 46 Principe 46 Spécificités, définitions 46 Avantages et inconvénients du BLUP - comparaison avec l indice 47 Précision de l estimation : Coefficient de Détermination (CD) 47 L Application au dispositif collectif d évaluation génétique en France 48 Historique des méthodes d évaluation appliquées et des objectifs 49 Système actuel d évaluation : les données exploitées et leur circulation 49 Les données de terrains, informations nécessaires 49 Le fonctionnement au niveau de l élevage 49 La chaîne de circulation de l information 50 Evaluation nationale : le BLUP 50 Volumes d information utilisés 50 Valeurs génétiques estimées 50 Mise en forme des résultats : standardisation 50 Calcul de la précision des VG : le CD 50 Connexion entre élevages 51 Conditions à respecter pour une efficacité optimale du système 52 Evaluation intra-élevage : le BLUP intra-troupeau 52 Principes du BLUP intra-troupeau 52 Calcul des VGE intra-élevage 52 Les décisions de sélection 53 Choix préliminaires 53 Castration/vente précoce 54 Mises en station 54 Choix des futurs reproducteurs 54 Pendant le contrôle en ferme 54 Après le contrôle en ferme : BLUP intra-troupeau 54 3

5 La Sélection Porcine Collective en France L'optimisation de la sélection Le BLUP intra-troupeau 54 Le principe de tri des candidats 54 La méthode de tri des candidats 55 Détermination des valeurs seuils de la VG globale 55 Tri en pratique 56 Conseils techniques 56 Précautions complémentaires 57 Après l évaluation génétique : le BLUP national 57 Comparaison avec le BLUP intra-troupeau 57 Procédure de tri 57 Envoi de verrats en CIA 58 Cahier des charges pour l entrée en CIA (races LW et LR) 58 Critères techniques 58 Autres critères 58 Document d accompagnement 58 Agrément zootechnique 58 La gestion des reproducteurs 59 Relations entre la sélection, le renouvellement et les réformes 59 Taux de renouvellement, pourcentage de réforme et pression de sélection 59 Pression de sélection et progrès génétique 60 Choix des futurs reproducteurs 61 Choix des animaux à réformer 61 L utilisation de l insémination artificielle (IA) 62 Généralités sur l IA 62 Avantages 62 Inconvénient 62 Choix des verrats 62 Outils disponibles 62 Fichier envoyé par l ITP aux OSP 62 Catalogue des OSP disponibles pour les éleveurs 62 Catalogue des CIA 63 Critères de choix 63 Utilisation des verrats 63 Généralités 63 Utilisation des verrats de CIA 64 Utilisation des verrats de ferme 64 La gestion des accouplements 64 La variabilité génétique 64 Définitions et principes 64 Variabilité génétique et IA 65 4 Le plan d accouplement 66 Réalisation pratique du plan d accouplement 66 Choix des couples à former 66 Choix sur les VG BLUP attendues 66 Choix en fonction du coefficient de parenté 67 Compromis entre progrès génétique et consanguinité 67

6 La gestion de la variabilité génétique 68 Gestion individuelle de la variabilité génétique 68 Le plan d accouplement 69 Le test de la consanguinité 69 Gestion collective de la variabilité génétique 69 Les fichiers Z 69 L évolution de la consanguinité 69 Les ancêtres influents 69 Les tableaux de bord 70 Bilan global 70 La réponse à la sélection 70 LE DOCUMENT SANITAIRE D ACCOMPAGNEMENT 73 Surveillance de la Maladie d Aujeszky et de la Peste Porcine Classique 73 Les 3 annexes du DSA 73 LES CONDITIONS SANITAIRES POUR L ENTREE EN CIA 74 Contrôles réglementaires de préquarantaine 75 Garanties relatives au statut sanitaire des exploitations 75 Examens individuels des verrats en préquarantaine 75 Les documents justificatifs de préquarantaine : conditions d entrée en quarantaine 75 Contrôles réglementaires en quarantaine 75 Procédure d admission des verrats dans un CIA 75 Les exigences sanitaires réglementaires spécifiques à la diffusion de reproducteurs Annexes : Textes Réglementaires 1 à 25 (voir CD-Rom joint en 2 ème de couverture) 5

7 La Sélection Porcine Collective en France Glossaire 6 A100 ASP BLUP CC CD CF CI CIA CMJ CNAG CS CTIG DSA EDE GMQ IA IC INRA IQV ITP L100 LF LGPC LW LWM LWF MA NTF NVIV OSP P PAS PPC RDT TVM VGA VGE ou VG X100 Age ajusté à 100 kg de poids vif Agence de la Sélection Porcine Best Linear Unbiased Predictor «Meilleur Prédicteur Linéaire non-biaisé» Contrôle Combiné Coefficient de Détermination Contrôle en Ferme Contrôle Individuel Centre d Insémination Artificielle Consommation Moyenne Journalière Commission Nationale d Amélioration Génétique Contrôle en Station Centre de Traitement de l Information Génétique Document Sanitaire d Accompagnement Etablissement de l Elevage Gain Moyen Quotidien Insémination Artificielle Indice de Consommation Institut National de Recherche Agronomique Indice de Qualité de la Viande Institut Technique du Porc Epaisseur de lard ajustée à 100 kg de poids vif Landrace Français Livres Généalogiques Porcins Collectifs Large White Large White lignée mâle Large White lignée femelle Maladie d Aujeszky Nombre de Tétines Fonctionnelles Nombre de porcelets nés Vivants par portée Organisation de Sélection Porcine Piétrain Population Animale Sélectionnée Peste Porcine Classique Rendement de carcasse Teneur en Viande Maigre Valeur Génétique Additive vraie Valeur Génétique Estimée Epaisseur de noix de côtelette ajustée à 100 kg de poids vif

8 Introduction Le schéma français de production porcine a une structure pyramidale à trois niveaux : l étage de sélection, fournisseur de reproducteurs de race pure génétiquement améliorés, l étage de multiplication, chargé de diffuser un grand nombre de reproducteurs croisés jusqu à l étage de production où sont produits les porcs charcutiers. La sélection, ou amélioration génétique, vise à créer le progrès génétique au niveau du sommet de la pyramide, en modifiant le patrimoine héréditaire des animaux pour le rendre mieux adapté aux exigences des éleveurs, des transformateurs et des consommateurs. Le progrès ainsi créé est ensuite diffusé jusqu à l étage de production, après une ou deux étapes de croisement au niveau de l étage de multiplication (fig. 1). Cette pratique du croisement permet de bénéficier d une part de la complémentarité entre races, et d autre part de l effet d hétérosis (supériorité des croisés par rapport à la moyenne des populations parentales) sur certains caractères. Plus précisément, à l étage de sélection et dans chaque Popu lation Animale Sélec tionnée (PAS), les caractères à améliorer, ou objectifs de sélection, sont déterminés en fonction de l orientation choisie par l Orga ni sation de Sélection Porcine (OSP) pour la population. Le programme national d amélioration génétique porcine s appuie sur une évaluation génétique commune, basée sur un protocole de contrôle unique. Le contrôle de performances mis en place dans les élevages de sélection permet d enregistrer pour tous les animaux contrôlés des informations qui sont centralisées dans la base de données nationale génétique, de même que les performances de collatéraux contrôlés dans les trois stations publiques de contrôle de performances. Ces données sont combinées pour réaliser l évaluation génétique commune (par le BLUP modèle animal) qui vise à estimer la valeur génétique de chaque candidat à la sélection pour les objectifs de sélection choisis. L ensemble a pour but de réaliser la sélection des futurs reproducteurs, dans le cadre des objectifs d évolution génétique de chaque race. La qualité de l évaluation génétique repose en grande partie sur la fiabilité des données enregistrées au niveau de l élevage. De plus, depuis la mise en place de l évaluation BLUP-modèle animal en 1995, plusieurs modifications sont survenues dans la nature du travail des éleveurs et techniciens chargés de réaliser le contrôle de performances en ferme. SÉLECTION animaux de race pure MULTIPLICATION production de reproducteurs croisés Populations Animales Sélectionnées (PAS) Hybrides 110 élevages truies 650 élevages truies Centres d'insémination Artificielle verrats verrats de race pure et verrats croisés de haute valeur génétique PRODUCTION utilisation des reproducteurs production de porcs charcutiers Porcs Charcutiers élevages (> 20 truies) truies Figure 1 : Structure pyramidale à 3 niveaux de la filière porcine 7

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10 L'Organisation de la sélection collective UN PEU D HISTOIRE Avant la Loi sur l Elevage, adoptée en 1966 (Loi n du 28/12/66, texte en annexe 1), les sélectionneurs indépendants avaient le monopole. Depuis, ils se sont progressivement associés au sein d un réseau d actions collectives auquel le Ministère de l Agriculture apporte son soutien financier. Ainsi, l organisation du dispositif français d amélioration génétique résulte principalement de l application de cette loi qui fixe un cadre réglementaire précis. Concrètement, l adoption de la Loi sur l Elevage et de ses décrets d application a permis d organiser la sélection porcine par : - l établissement d une réglementation sur l identification, l insémination artificielle et l estimation des valeurs génétiques (VG) des animaux par des contrôles de performances appropriés - un élargissement du réseau de stations publiques par la création des stations de contrôle individuel - le développement des outils de contrôle de performances en station et en élevage - le développement des schémas de sélection et de croisement - la mise en place de structures d encadrement autour de l élevage ( ) : la Commission Nationale d Amélioration Génétique (CNAG) ayant un rôle consultatif auprès du Ministère de l Agriculture l UPRA porcine (aujourd hui disparue) ayant pour rôles : - La concertation entre les organisations - La coordination des orientations et des modes de sélection - La gestion des informations zootechniques et des qualifications - La promotion des actions génétiques et sanitaires l Institut Technique du Porc (ITP) ayant pour rôles : - La coordination des contrôles de performances - L appui aux éleveurs et aux schémas (OSP) - Le contrôle des schémas les Etablissements Départementaux de l Elevage (EDE) s occupant de l identification et de la filiation l Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) qui gère la banque de données et qui apporte un appui méthodologique. A partir de 1994, on assiste à une réorganisation de la sélection porcine. L UPRA porcine disparaît, alors que l Agence de la Sélection Porcine (ASP) et les Livres Généalogiques Porcins Collectifs (LGPC) sont créés. Les EDE n interviennent plus dans l activité de sélection, leurs rôles étant repris par les OSP. Parallèlement, la mise en place du BLUP-modèle animal remplace l utilisation des indices de sélection, méthode moins précise pour l estimation des VG. L ITP devient alors le maître d œuvre de l évaluation génétique, tout en gardant ses rôles antérieurs. Actuellement, 52% des truies en sélection appartiennent à des populations de race pure détenues par des OSP participant au schéma d amélioration collectif encadré par l ITP et l INRA. La petite moitié restante correspond à des variétés de races ou des lignées composites détenues par des OSP pratiquant une sélection autonome. ASPECTS REGLEMENTAIRES de l amélioration génétique Au niveau réglementaire, la Loi sur l Elevage de 1966 vise l amélioration de la qualité et des conditions d exploitation des cheptels. Les décrets et arrêtés qui en établissent l exécution fixent : - les méthodes d identification des animaux, d enregistrement et de contrôle de leur ascendance, de leur filiation et de leurs performances - les méthodes d appréciation de la valeur génétique des reproducteurs et la publication des renseignements les concernant - les conditions exigées pour la tenue et pour l agrément des livres généalogiques et zootechniques - les normes applicables au choix et à l utilisation des animaux reproducteurs employés en monte naturelle ou insémination artificielle et les conditions de leur utilisation. Le décret n du 14/06/69 (annexe 2) stipule que les programmes d amélioration génétique portant sur 9

11 La Sélection Porcine Collective en France / L organisation de la sélection collective 10 le choix et l utilisation des reproducteurs ne peuvent être agréés que s ils concernent des races ou variétés reconnues. Dans le cadre de la sélection collective, il s agit des 4 Populations Animales Sélectionnées (PAS) détenues par les LGPC. L arrêté du 22/11/79 (annexe 3) stipule que tout animal de l espèce porcine cédé comme reproducteur reconnu de race pure (ou transporté ou exposé dans un lieu public en vue d être cédé comme reproducteur) doit : - provenir d un élevage adhérant à l ASP - avoir fait l objet d une identification individuelle selon des modalités conformes à la méthode officielle à dix chiffres, par tatouage. Les caractéristiques de ce signe d identification sont fixées par arrêté (dernier en date : arrêté du 18/07/69 ; voir ch. «Identification et fiabilité généalogique» et annexe 4). - être inscrit, ainsi que ses ascendants directs, au fichier généalogique - être accompagné d un document d accompagnement pour les reproducteurs porcins, appelé également «Certificat d origine et de performances», délivré et authentifié par les LGPC. Les informations contenues dans ce certificat sont fixées par la décision de la Commission n 89/503/CEE du 18/07/89 (ch. «La tenue du livre généalogique» et annexe 5). Notamment, il doit obligatoirement comporter le numéro d identification de l animal cédé et ceux de ses parents, sa date de naissance, son type génétique, son sexe, le nom et l adresse du vendeur et, après cession, le nom et l adresse de l acheteur. - être né dans un élevage : immatriculé à l EDE comme vendeur de reproducteurs où l on tient sur place un livre de troupeau comportant la liste des reproducteurs en service, les mises bas avec les filiations, la liste des animaux cédés comme reproducteurs enregistré à la direction des services vétérinaires du département comme vendeur de reproducteurs D après le décret n du 14/06/69, ces reproducteurs doivent également présenter des garanties sanitaires certifiées par l autorité compétente, présentées sur un «Document Sanitaire d Accompagnement» (DSA ; voir ch. «Éxigences sanitaires réglementaires spécifiques à la diffusion des reproducteurs» et note de service du 12/03/02 en annexe 6). A l occasion de la mise en vente ou de la présentation d un animal reproducteur, certains renseignements relatifs à sa VG, fixés par des arrêtés, doivent obligatoirement être fournis. La décision de la Commission n 89/507/CEE du 18/07/89 (annexe 5), fixe les méthodes de contrôle de performances et d appréciation de la VG des porcs reproducteurs de race pure. Le protocole de contrôle en ferme, détaillé dans ce document, et la méthode d évaluation génétique appliqués actuellement tiennent compte de ces obligations réglementaires. Suite au contrôle de performances et à l évaluation génétique, les jeunes verrats d élite sont sélectionnés pour être envoyés en Centre d Insémination Artificielle (CIA) mais ils doivent au préalable faire l objet d une «Demande d agrément zootechnique». Cette demande doit être transmise par l OSP à la Direction Régionale de l Agriculture et de la Forêt (DRAF), selon un modèle présenté dans la circulaire n du 04/12/98. Toutes les informations contenues dans ce modèle sont à renseigner obligatoirement (ch. «Envoi de verrats en CIA» et annexe 7). Sur le plan sanitaire, ces verrats doivent également, après une période de préquarantaine et de quarantaine, obtenir une «Autorisation sanitaire de transport et d utilisation pour l insémination artificielle» pour être admis dans un CIA (ch «Conditions sanitaires pour l entrée en CIA et annexe 6). Tous les animaux cédés en vue de la reproduction, transportés ou exposés dans un lieu public en vue d être cédés comme reproducteurs doivent donc être obligatoirement accompagnés : - d un Document Sanitaire d Accompagnement (1 DSA / élevage, valable 3 mois), - d un Certificat d origine et de performances (1 par animal). Ils doivent également être marqués d une identification individuelle. Les jeunes verrats sélectionnés pour être envoyés en CIA doivent, en plus : - faire l objet d une Demande d agrément zootechnique, - être accompagné d une Autorisation sanitaire de transport et d utilisation pour l insémination artificielle (1 par verrat). ORGANISATION ACTUELLE DU SYSTEME Les différents opérateurs La mise en œuvre de la Loi sur l Elevage de 1966 organise l amélioration génétique porcine en France sous l autorité de la CNAG et permet le financement du dispositif d encadrement par le Ministère de l Agriculture. Ce cadre législatif définit les missions des différents organismes professionnels, pour le bon fonctionnement du programme d amélioration génétique. Le programme national de sélection collective est encadré par l ITP et l INRA (dont les rôles ont été définis précédemment). Différents opérateurs, en plus de ces deux instituts, interviennent ainsi dans la sélection collective porcine : L Agence de la Sélection Porcine (ASP) L agence est chargée notamment de (note de service du 11/12/96 en annexe 8) : - représenter ses adhérents auprès des instances publiques

12 et professionnelles en France et à l étranger - participer à l élaboration de toute procédure d harmonisation ou de normalisation et à l élaboration de projets de réglementation - effectuer des opérations de contrôle auprès des organismes agréés (OSP) pour le compte du Ministère chargé de l Agriculture - présenter les dossiers pour obtenir un agrément en faveur des OSP suite à des expertises. Par ses 2 premières missions, l ASP est une instance représentative de l ensemble de la sélection française, dont les partenaires de la filière porcine et les pouvoirs publics disposent. Les Livres Généalogiques Porcins Collectifs (LGPC) Une Population Animale Sélectionnée (PAS) correspond à une race, variété de race ou lignée composite. Elle est conduite en circuit fermé, c est-à-dire sans introduction d animaux (ni semence, ni embryon) issus d une autre population, sauf à titre exceptionnel. En sélection collective, chaque PAS est codétenue par plusieurs OSP et est soumise à un programme de sélection commun, précisé par les LGPC, avec tenue d un Livre Généalogique commun. Ainsi, chaque PAS possède un Livre Généalogique propre, c est-à-dire un fichier dans lequel figurent tous les animaux de la PAS avec leur identification et celle de leurs parents, et leurs performances. Ce fichier sert au calcul des indices de sélection et des valeurs génétiques. L association des LGPC encadre la sélection collective. Elle est seule agréée pour la tenue des livres généalogiques des races Large White lignée femelle (LC110), Large White lignée mâle (LC220), Landrace Français (LC330) et Piétrain (LC440). Les LGPC ont pour mission la coordination et l orientation de l amélioration génétique de ces 4 grandes races sélectionnées collectivement en France. Les organisations membres des LGPC mettent en œuvre le programme de sélection collectif, géré par l ITP et l INRA, avec les mêmes objectifs de sélection, un protocole de mesure unique et une évaluation génétique commune (BLUP modèle animal). Actuellement, 8 OSP sont membres des LGPC (ADN, BPS, CPPR, France Sélection, Gène+, Nucléus, Porfimad et Selpa). L Organisation de Sélection Porcine (OSP) Appelée antérieurement «schéma de sélection», c est un réseau d élevages de sélection et/ou de multiplication réalisant de manière coordonnée un programme de création et/ou de diffusion du progrès génétique. Les OSP ont un agrément délivré par le Ministère de l Agriculture, après examen des moyens qu elles mettent en œuvre, surtout en ce qui concerne l identification, le contrôle de performances, la tenue du livre généalogique, la transmission des informations et le calcul des indices de sélection. Dans le cadre de la sélection collective, elles ne sont agréées que pour la fonction de sélection, celle de tenue du livre généalogique étant confiée uniquement à l association des LGPC (note de service 96/4012 du 31/10/1996 en annexe 9). Ces OSP assurent l identification-filiation et les contrôles de performances. Elles collectent sur support informatique les données généalogiques et de performances recueillies dans leurs élevages puis les envoient à l ITP. Les élevages de sélection Les sélectionneurs sont associés au sein d un réseau d action collective, dans différentes OSP. Un élevage de sélection est avant tout une unité naisseur-engraisseur de race pure bien conduite. La recherche d un bon niveau sanitaire et d un bon niveau de performances est nécessaire. Pour cela, de nombreuses précautions sanitaires sont prises et un protocole de contrôle de performances est appliqué à chaque candidat à la reproduction, tous étant identifiés individuellement. Les mâles et femelles les plus performants restent à l étage de sélection : ils deviendront des reproducteurs actifs dans l élevage d origine, ou dans un CIA pour les meilleurs verrats. Les stations publiques Le contrôle de performances en élevage des candidats mâles et femelles est complété par le contrôle de collatéraux dans les stations, dont l encadrement technique est assuré par l ITP. Les trois stations publiques en France (Argentré, Le Rheu et Mauron) ont une capacité totale d environ 2000 places. Elles accueillent annuellement près de 5000 porcelets envoyés par les sélectionneurs. Elles sont conventionnées par le Ministère de l Agriculture et appliquent des méthodes de contrôle de performances agréées par le Comité Consultatif porcin de la CNAG. A l origine, ces stations contrôlaient de jeunes verrats dont les meilleurs étaient destinés à l insémination. Cette option a été abandonnée vers 1995, pour des raisons sanitaires. Les stations en activité étaient au nombre de 13 en 1979, elles ne sont plus que 3 depuis Désormais, tous les animaux envoyés en station (castrats et femelles) sont abattus à 105 kg. Ainsi, grâce à ces stations, le jeune animal candidat à la reproduction a un frère ou une sœur de portée, appelé collatéral dont l abattage permet une estimation plus pré- 11

13 La Sélection Porcine Collective en France / L organisation de la sélection collective 12 Le Transloy S t Donan S t Lo Landivisiau Le Rheu (2) Argentré Mauron Le Mans Les 3 stations actuelles restantes Station de contrôle : individuel (CI) de descendance (CD) S t Sauvant Chis Carmaux cise de la composition corporelle et de la qualité de la viande. Les stations permettent parallèlement de réaliser des connexions entre les élevages, rendant l évaluation génétique plus précise. Grâce aux résultats des différents contrôles, donnés par le BLUP, le sélectionneur peut choisir les candidats les plus performants pour renouveler son élevage ou pour les envoyer en CIA. Les Centres d Insémination Artificielle (CIA) Pelousey Le Deschaux Les CIA ont également leur rôle dans la sélection (60 à 70 % d IA en sélection). Les sélectionneurs envoient leurs candidats les plus performants dans les CIA. Grâce à l insémination artificielle, la diffusion du progrès génétique est rapide, tout en offrant les meilleures garanties sanitaires et en créant des connexions génétiques entre les élevages participant au programme national. % des saillies Gannat Figure 2 : Implantation des 13 stations publiques de contrôle en France en saillie naturelle IA "ferme" IA "centre" année Figure 3 : Evolution du type de saillie (sélection collective et multiplication de race pure) 2001 Les 4 PAS gérées par les LGPC La sélection collective porcine en France concerne 3 «grandes races» : Large White (LW) : l évolution des méthodes et des objectifs de sélection a fait apparaître 2 variétés de LW dans plusieurs pays européens dont la France : - LW lignée femelle où l accent est mis sur la sélection des performances de reproduction (LWF) - LW lignée mâle à teneur en muscle plus élevée (LWM) Landrace Français (LF) Piétrain (P) Ces quatre PAS représentent à elles seules la moitié environ des effectifs de truies en sélection, réparties dans une petite centaine d élevages. Les 4 races sont décrites dans une plaquette, disponible auprès de l ITP. Les truies parentales, produites et diffusées par l étage de multiplication, sont en grande majorité issues d un croisement LW x LF, qui assure de très bonnes performances de reproduction et un bon niveau de production. Les verrats terminaux, souvent croisés eux aussi, doivent transmettre aux porcs charcutiers de bonnes aptitudes de croissance, une bonne conformation et/ou une bonne qualité de viande selon les besoins de la filière. Les objectifs de sélection Les caractères à améliorer, appelés objectifs de sélection, doivent être mesurables, héritables et importants sur le plan économique. Il faut également choisir l importance relative de ces objectifs, selon les lignées. Les poids relatifs sont déterminés à l aide de trois méthodes selon les objectifs : - le modèle économique simple : pour les caractères qui donnent lieu à un paiement direct ou amélioration directe du revenu de l éleveur (ex : TVM, IC) - le modèle économique complexe : pour les caractères qui donnent lieu à une amélioration indirecte du revenu de l éleveur (ex : RDT, GMQ, CMJ, NVIV, NTF) - le modèle économique en gain désiré : pour des caractères ayant des contraintes de non-évolution (IQV) La pondération économique d un caractère correspond à la variation d efficacité de la production due à l augmentation d une unité du niveau génétique du caractère. Le modèle économique, utilisé pour caractériser l efficacité de la production porcine est donc défini à partir du profit (ou revenu) d un éleveur. Evolution dans le choix des objectifs au cours du temps Avant les années 1990 : la sélection a porté davantage sur les caractères de production, les caractères de reproduction étant plus difficiles à améliorer avec les outils disponibles. Les deux familles de caractères, supposées indépendantes sur le plan génétique, sont les suivantes : Les caractères de production

14 Ministère de l Agriculture, de l Alimentation, de la Pêche et des Affaires Rurales finance la sélection collective et autonome CNAG Commission Nationale d Amélioration Génétique commission consultative auprès du Ministère assiste le Ministère dans son action pour l amélioration génétique INRA Institut National de Recherche Agronomique CTIG Centre de Traitement de l Information Génétique gestion de la base de données moyens de calculs SGQA Station de Génétique Quantitative Appliquée appui méthodologique études et expérimentations Relation de travail Relation de travail Transmission de données ASP Agence de la Sélection Porcine gestion des agréments des OSP représentation des OSP et CIA adhérents participation à l'élaboration de la réglementation Adhésion Relation de travail Adhésion Transmission de données OSP Organisations de Sélection Porcine agréées par le Ministère mise en œuvre du programme de sélection, choix des reproducteurs, identification, tenue des Livres Généalogiques et des Registres Zootechniques, filiation, contrôle de performances et calcul des index de sélection ADN * ; BRETAGNE PORC SÉLECTION * ; COOP PROD. PORCS DE LA RÉUNION * FRANCE SÉLECTION * GÈNE + * ; NUCLEUS * ; PORFIMAD * ; SELPA * ; LGPC ; FRANCE HYBRIDES ; PEN AR LAN ; PIC FRANCE ; SCAPAAG ; RATTLEROW SEGHERS NV ; TOPIGS FRANCE (34 OSP en tout, celles-ci sont les principales) * OSP adhérentes des LGPC (sélection collective) Stations publiques de contrôle de performances Transmission de données Relation de travail Transmission de données ITP Institut Technique du Porc réalisation de l évaluation génétique et diffusion des résultats encadrement des stations publiques recherche appliquée appui technique et méthodologique sur les protocoles d identification et de sélection Relation de travail Transmission de données Relation de travail Transmission de données CIA Centres d Insémination Artificielle mise à disposition des meilleurs verrats (PAS et hybrides) prélèvement, stockage et diffusion de la semence AGIRE PIG ALSACE GENETIQUE CECNA CIA DU PERCHE SARL CIA PEN AR LAN CIAP FRANCE HYBRIDES CIAP TOPIGS FRANCE COBIPORC CRIAP FRANCE GENES GAEC DE LA FENNETRIE GENELIA GENES DIFFUSION INPIG INRA SEIA PORC I.A. PORCIGENE pour les PAS collectives : contribution à l évaluation génétique par le contrôle de collatéraux Porcelets Elevages de sélection sélection des meilleurs reproducteurs Verrats Semence pour les PAS collectives et autonomes : contrôle des produits terminaux Elevages de multiplication production de truies parentales et verrats terminaux Verrats Semence Semence Porcelets Elevages de production production de porcs charcutiers Figure 4 : Organisation de l amélioration génétique porcine en France 13

15 La Sélection Porcine Collective en France / L organisation de la sélection collective Ils concernent la production et la valorisation du porc charcutier. Ainsi, dès les années 1960, la vitesse de croissance en engraissement (Gain Moyen Quotidien ou GMQ), l efficacité alimentaire (Indice de Consommation ou IC) et la composition corporelle (Rendement (RDT), Teneur en Viande Maigre (TVM) ont été améliorées conjointement. A cette liste d objectifs est venue s ajouter dans le milieu des années 1980, la qualité technologique de la viande (Indice de Qualité de Viande ou IQV), dans le but, non d améliorer celle-ci, mais de la stabiliser. En effet, elle présente un léger antagonisme génétique avec la vitesse de croissance ou la TVM selon les races. La valeur moyenne élevée des héritabilités des performances de production est à l origine des progrès spectaculaires réalisés en matière de teneur en muscle et de réduction du coût de l engraissement. D autres part, comme les caractères s expriment dans les deux sexes et peuvent être mesurés ou prédits sur l animal vivant avant sa mise à la reproduction, on se trouve dans un contexte très favorable pour réaliser une sélection efficace sur ces caractères. Des progrès génétiques de l ordre d un écart type en 10 ans ont été obtenus, soit par exemple 3 à 4 points de TVM en une décennie. Les caractères de reproduction La productivité numérique des truies est définie par le nombre moyen de porcelets sevrés par truie et par année de vie de reproduction. Elle dépend du nombre de porcelets nés par portée, du taux de mortalité de la naissance au sevrage et de l intervalle entre mises bas. Seul, le nombre de porcelets sevrés par portée présente une héritabilité non nulle mais jugée trop faible pour inclure la taille de portée dans la liste des objectifs de sélection, et ce jusqu à l arrivée du BLUP en La sélection sur la taille de portée n a pas été délaissée pour autant, avec la mise en place, depuis les années 1980, des lignées hyper-prolifiques au bénéfice des deux populations LW et LF (lignées obtenues par sélection des 5 meilleures truies, c est-à-dire avec une carrière de reproductrice exceptionnelle). La période a vu un ralentissement de l intensité de sélection sur la croissance et le taux de muscle, au bénéfice de la prolificité. Les populations utilisées pour produire les truies parentales ont alors comme objectif principal de sélection la taille de portée, suivie de la vitesse de croissance. Une relative stabilisation de la composition corporelle est désormais recherchée. Les lignées paternelles (LWM et P) Dans les populations destinées à produire des verrats terminaux, la taille de portée ne figure pas parmi les objectifs de sélection. Ceux-ci restent dominés par la teneur en viande maigre et par la vitesse de croissance. A noter le cas particulier du Piétrain, qui, du fait de son niveau extrêmement élevé en TVM, voit l essentiel du poids de sa sélection sur la vitesse de croissance. Depuis juin 2002 : changements pour les lignées femelles (voir tableau 2). Les objectifs restent inchangés en lignées mâles. En revanche, deux nouveaux objectifs de sélection ont été ajoutés dans les lignées femelles : la consommation moyenne journalière (CMJ) afin d augmenter l appétit des truies et le nombre de tétines fonctionnelles (NTF) pour faire face à l hyper-prolificité. L objectif de sélection principal concerne désormais essentiellement les performances de reproduction (NVIV) et les aspects morphologiques (NTF). La stabilisation de la composition corporelle et de la qualité de viande est toujours recherchée. La figure 5 présente les pondérations économiques accordées aux différents objectifs de sélection des quatre races collectives. L objectif de sélection s exprime comme une combinaison linéaire des différents caractères d intérêt, affectés de pondérations économiques. Il est différent suivant les PAS. Celui des lignées maternelles a été modifié en juin 2002 (voir tableau 1). La VG globale de chaque animal est calculée avec les équations suivantes. H, exprimé en euro, correspond au gain économique par porc abattu. Evolution génétique des caractères d intérêts Dans chaque PAS, les caractères à améliorer, ou objectifs Tableau 1 - Combinaison linéaire des caractères d intérêt, affectés de leur pondération économique et selon les PAS La période juin 2002 : à partir de 1995, la distinction est faite entre les différentes PAS, selon leur finalité. Les objectifs de sélection, de plus en plus nombreux sont différents dans les lignées maternelles et paternelles : Les lignées maternelles (LWF et LF) Lignée (LWF et LF) Objectif de sélection (les coefficients sont exprimés en euros par unité du caractère) H = GMQ IC CMJ RDT TVM IQV NTF NVIV 14 Avec l arrivée du BLUP qui apporte un gain de précision important, surtout pour les caractères à faible héritabilité, il a été possible de considérer l augmentation de la taille de portée (nombre de porcelets nés totaux (NTOT) puis nés vivants (NVIV)) comme un objectif des lignées femelles, au même titre que la composition corporelle par exemple. LW lignée Piétrain H = GMQ IC RDT TVM IQV H = GMQ IC RDT TVM IQV

16 Tableau 2 : Faits marquants de la sélection porcine en France depuis Objectifs de sélection Contrôle de performances Evaluation Faits marquants Contrôle sur descendance Loi sur l élevage 1 ère station de contrôle individuel en activité 13 stations publiques de contrôle individuel en activité Caractères Contrôle individuel de production : en station Indice de sélection croissance (IC, GMQ) des mâles entiers, sur les performances 1973 et composition corporelle Création de la lignée LW hyper (Epaisseur de Lard Dorsal - ELD) candidats à la reproduction propres 1982 Début du programme d éradication du gène Hal en LF stations publiques de contrôle combiné en activité Caractères de production : croissance (IC, GMQ), composition corporelle (TVM) et qualité technologique de la viande (IQV) Contrôle combiné en station de mâles entiers, candidats à la reproduction et de collatéraux abattus Indice de sélection combiné (contrôle du candidat et d un collatéral, un frère ou une sœur de portée, abattu). Mise en place des programmes «hyper-prolifiques» 4 stations publiques de contrôle combiné en activité 1994 Caractères de production : croissance (IC, GMQ), composition corporelle (TVM, RDT) et qualité technologique de la viande (IQV) Mise en place de l évaluation BLUP-modèle animal sur le caractère de reproduction (taille de portée) Caractère de reproduction (lignée femelle) : nés totaux par portée (NTOT) 3 stations publiques de contrôle de collatéraux en activité Objectifs de sélection différents selon les lignées (mâle/femelle) En lignée femelle uniquement : Ajout de 2 objectifs de sélection : Contrôle des candidats (mâles et femelles) en ferme Contrôle des collatéraux en station Evaluation BLUP-modèle animal sur les caractères de reproduction et de production - la Consommation Moyenne Journalière (CMJ) - le Nombre de Tétines Fonctionnelles (NTF) Pour des raisons sanitaires, les verrats ne sont plus contrôlés en station mais en ferme. Passage du nombre de nés totaux (NTOT) au nombre de nés vivants (NVIV) par portée 15

17 La Sélection Porcine Collective en France / L organisation de la sélection collective GMQ IC Gain Moyen Quotidien kg (g/j) Indice de Consommation kg (kg/kg) RDT Rendement de Carcasse (%) TVM IQV CMJ NVIV NTF Teneur en Viande Maigre (kg/q) Indice de Qualité de Viande (pts) Consommation Moyenne Journalière (kg/j) Nombre de porcelets Nés Vivants par portée Nombre de Tétines Fonctionnelles (droite + gauche) IQV 30 % TVM 11 % RDT 19 % Piétrain GMQ 18 % IC 22 % La sélection vise à augmenter la croissance tout en maintenant la composition corporelle et la qualité de viande. NVIV 31 % NTF 10 % GMQ 12 % IC 13 % IQV 37 % GMQ 13 % IC 12 % CMJ 6 % IQV 17 % TVM 2 % RDT 9 % TVM 26 % RDT 12 % Large White (lignée femelle) et Landrace français L'objectif principal concerne les performances de reproduction (augmentation du nombre de nés vivants et de tétines fonctionnelles). La sélection vise également à améliorer la croissance, tout en stabilisant la composition corporelle et la qualité de viande Large White (lignée mâle) La sélection vise à améliorer croissance et composition corporelle, tout en stabilisant la qualité de viande Figure 5 : Pondérations économiques accordées aux objectifs de sélection des 4 PAS des LGPC, en de sélection, sont déterminés en fonction de l orientation choisie pour la population. Ils appartiennent à 5 familles : - Les caractères de croissance (mesurés entre 35 et 100 kg de poids vif) : GMQ (gain moyen de poids vif par jour), IC (nombre de kg d aliment nécessaire pour fabriquer 1kg de poids vif) et CMJ (nombre de kg d aliment consommé par jour) - Les caractères de composition corporelle : TVM et RDT - La qualité de viande : l IQV, prédicteur du rendement technologique du jambon cuit. Elle est calculée à partir de 3 variables mesurées en station : le ph ultime (ph24) du muscle adducteur, bon prédicteur des aptitudes technologiques de la viande la réflectance du muscle fessier superficiel le pouvoir de rétention d eau du muscle fessier superficiel (temps d imbibition) - Les performances de reproduction pour les 2 lignées femelles LWF et LF : NVIV - L aspect morphologique pour les 2 lignées femelles LWF et LF : NTF Les programmes de sélection visent à augmenter GMQ, TVM, RDT, CMJ, NTF et NVIV, à diminuer l IC et à stabiliser l IQV. Afin de vérifier l efficacité du plan de sélection pratiqué, on doit évaluer le progrès génétique réellement obtenu. Le BLUP Modèle-Animal permet de suivre les progrès génétiques réalisés dans chaque population pour les différents critères de sélection. Sur la période , les graphiques cicontre (fig. 6) montrent les évolutions génétiques pour 7 des 8 caractères de l objectif de sélection (NTF étant un objectif trop récent pour constater son évolution). Pour le GMQ et l IC, le progrès reste relativement constant depuis 1997 pour les 2 populations femelles et pour la population LWM, cette dernière ayant l évolution la plus rapide. La TVM progresse fortement depuis 1997, les meilleurs résultats étant obtenus pour la population LWM. L amélioration pour le Piétrain est la plus faible, bien que régulière. Le RDT présente deux types d évolution : niveau génétique constant, voire amélioration régulière pour les lignées mâles et pour la population LF et dégradation régulière mais

18 50 Gain moyen quotidien 0,1 Indice de consommation g/j année de naissance kg/kg 0,05 0-0,05-0,1-0, année de naissnce 0,4 Rendement de Carcasse 2,5 Teneur en Viande Maigre 0, ,5 % -0,2 % 1-0,4 0,5-0,6 0-0, année de naissance -0, année de naissance 1,5 Indice de Qualité de Viande 0,15 Consommation moyenne journalière 1 0,1 points 0,5 0 kg/j 0,05 0-0,05-0,5-0, année de naissance -0, année de naissance 3 2,5 2 1,5 1 Nés vivants par portée LF LWF LWM PP 0,5 0-0, année de naissance Figure 6 : Evolution génétique de 6 caractères pour les races en sélection collective (GMQ, IC, RDT, TVM, IQV, CMJ : mesurés en station / NVIV mesurés en élevage) 17

19 La Sélection Porcine Collective en France / L organisation de la sélection collective LF LWF LWM PP jours 1 Age à 100kg année de naissance mm 0,2 Epaisseur de lard à 100kg 0-0,2-0,4-0,6-0,8-1 -1, année de naissance Figure 7 : Evolution de l âge et de l épaisseur de lard ajustés à 100 kg, de 1997 à légère pour la populations LWF. Pour l IQV, la contrainte de non-évolution est bien respectée conformément à l objectif de sélection fixé. La CMJ, nouvel objectif de sélection, est en très légère baisse pour les 4 populations, aucune pression de sélection directe n étant encore exercée sur ce caractère (une pression indirecte est en revanche exercée via la sélection sur le GMQ et l IC). Les évolutions génétiques sur la taille de portée ont été estimées à partir des VG de toutes les truies actives en sélection. Un progrès génétique important est observé sur ce critère dans les deux populations femelles, qui ne semble pas ralentir actuellement (de l ordre de 0,2 porcelet par an en LF et 0,3 porcelet par an en LWF). Les caractères de production de l objectif de sélection sont des caractères mesurés en station. Cependant le contrôle en ferme apporte une grande quantité d informations sur d autres caractères (âge et épaisseur de lard à 100 kg essentiellement) qui sont inclus dans l évaluation BLUP pour augmenter la précision de l estimation, par l intermédiaire des corrélations génétiques relativement élevées. L évolution génétique de ces 2 critères est présentée en figure 7 : Depuis 1997, l âge à 100 kg a diminué nettement, sauf chez le LF qui montre une certaine stabilité. La diminution a toutefois été plus rapide en lignée mâle que chez le LWF. La diminution de l épaisseur de lard à 100 kg est nette et régulière depuis 1997, à l exception du Piétrain pour lequel l amélioration est moins importante, mais cette race bénéficie à l origine d une très faible adiposité. Les évolutions génétiques peuvent également être estimées sur une plus grande échelle de temps, notamment par l intermédiaire d études comparatives basées sur l utilisation de semence congelée. Ces études permettent par ailleurs de confirmer les estimations de progrès génétique fournies par le BLUP, en mesurant ce progrès par une méthode indépendante de l évaluation génétique. La circulation de l information Chaque OSP est responsable de la centralisation et de l envoi à l ITP des données de ses élevages adhérents (généalogies et performances mesurées dans les populations). Ces informations ainsi que celles des stations publiques et des CIA sont centralisées dans une banque de données et contrôlées à l ITP, puis transmises au Centre de Traitement de l Information Génétique (CTIG) de l INRA de Jouy-en-Josas pour la mise à jour de la base de données génétiques nationale porcine et le calcul des VG. Les VG estimées dans les évaluations reproduction et production sont combinées. A la fin de chaque évaluation, les résultats sont mis sous la forme d index BLUP et renvoyés aux éleveurs via les OSP, pour : - l ensemble des mâles d IA de race pure - l ensemble des reproducteurs des élevages de sélection actifs et adhérant au programme BLUP - les jeunes mâles et femelles, âgés de moins de 210 jours en races Large White et Landrace Français et 230 jours en race Piétrain - les reproducteurs actifs de race pure présents chez les multiplicateurs de verrats adhérant au programme BLUP - les reproducteurs actifs de race pure présents chez les multiplicateurs de truies. Les résultats sont également transmis aux CIA. Les transferts d information, tant vers la base nationale qu à partir de celle-ci, se font essentiellement par . Les échanges d informations entre les OSP et le site central sont réalisés mensuellement, avant chaque évaluation BLUP. D une manière générale, un travail considérable de saisie et de consultation des données est réalisé sur l élevage. L éleveur est souvent équipé d un logiciel de gestion génétique afin de transmettre les mesures faites sur l élevage vers le site qui réalise les calculs du BLUP, et de recevoir les fichiers contenant les résultats du BLUP.

20 Elevages de multiplication Stations publiques de contrôle des performances Elevages de sélection Contrôle en ferme : pré-tri des reproducteurs (BLUP intra-troupeau) plan d'accouplements décision de sélection réformes Performances de reproduction Performances de production (collatéraux abattus) Performances de production et de reproduction Déclarations d'entrées et de réformes Base GTTT Organisation de Sélection Porcine Base nationale ITP-INRA - gérée au CTIG - contenant généalogies et performances Validation des données Préparation des fichiers Estimation des valeurs génétiques BLUP et leur précision validation des résultats VG des verrats de CIA Déclarations d'entrées et de réformes Résultat de l'évaluation génétique nationale : envoi des Valeurs Génétiques nationales (VG) Performances et événements : envoi de données brutes vers la base nationale Centres d'insémination Artificielle Figure 8 : Circuit de l information dans le cadre de l évaluation génétique nationale Les informations sont transmises à l ITP, sous un format normalisé appelé VSI (Vecteurs Standards d Informations). Ces VSI font l objet d un contrôle de cohérence au niveau de l ITP avant d être envoyés au site central. Chaque mois (en même temps que les résultats BLUP) sont également envoyés des bilans de niveau génétique moyen, pour l ensemble de la population et par élevage, ce qui permet un suivi des évolutions génétiques. Toutes les six semaines, le document «Performances et Sélection», diffusé auprès des sélectionneurs, présente : - pour chaque race : la liste des 20 meilleurs verrats de CIA améliorateurs pour le GMQ, le RDT, la TVM et l IQV - les résultats des contrôles en station - le cas échéant, les modifications apportées dans l évaluation. Le pilotage du processus d évaluation génétique se fait en étroite coopération avec l association des LGPC. 19

21 20

22 de contrôle Le Protocole des performances Afin de mener à bien le travail de sélection, il est primordial d estimer la valeur génétique des candidats à la reproduction, à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés, elles-mêmes mesurées lors des contrôles en ferme et en station. Ces contrôles doivent suivre un protocole précis afin de rendre comparables les résultats entre animaux et entre élevages. Les contrôles en ferme (CF) sont pilotés par l ITP et les OSP et sont généralement encadrés par des techniciens de groupements ou d OSP avec l aide du personnel de l élevage. Dans les élevages de sélection, chaque truie est inséminée ou saillie par un verrat de CIA ou de l élevage, en suivant un plan d accouplement défini auparavant. Les porcelets issus de ces accouplements sont tatoués individuellement entre la naissance et le sevrage. Ils sont ensuite élevés dans un même bâtiment et dans des conditions homogènes afin de constituer une bande de contrôle. Lorsque leur poids atteint approximativement 100 kg, le contrôle des performances est effectué pour chaque animal. L évaluation génétique BLUP est basée sur l exploitation des performances des animaux et de tous leurs apparentés. La fiabilité de l évaluation dépend donc de la qualité des informations généalogiques et du respect du protocole de performances. Ainsi, le protocole de contrôle en ferme concerne l identification et les méthodes de contrôle (en ferme et en station). Ces deux volets, présentés ci-après, tiennent compte de la réglementation en vigueur. L identification et la fiabilité généalogique Le décret n du 6 mai 1969 (annexe 10) stipule qu il faut assurer l identification, l enregistrement de l ascendance et des caractéristiques et performances zootechniques des animaux. Un numéro individuel doit être apposé sur l animal et un document portant ce numéro doit accompagner l animal. L identification individuelle En amont du contrôle en ferme, on doit veiller à la qualité des informations généalogiques. C est une condition indispensable à l obtention de valeurs génétiques valides. Pour connaître la généalogie des animaux, plusieurs étapes sont nécessaires : - le tatouage pérenne des individus, sans lequel aucun contrôle technique, ni aucun suivi de l animal n est possible : chaque animal doit être identifié par un numéro unique permettant de connaître sa race, son sexe, sa date de naissance et l identité de son père et de sa mère. Elle permet ainsi de repérer les animaux, ce qui constitue la base de toute gestion ultérieure. - la tenue de documents simples : les fiches de saillies (par truie ou par bande) et de portées permettent de collecter les évènements principaux. La qualité de l identification de l animal et la saisie de toutes les informations concernant l individu et sa famille sont donc capitales, toutes ces données généalogiques étant exploitées dans l évaluation BLUP. Les VG estimées par le BLUP dépendent en partie de l information généalogique. En cas d erreur de généalogie, il existe un biais dans l estimation des VG. On peut imaginer les conséquences désastreuses d une erreur de paternité (et donc de VG) pour un verrat très largement diffusé en CIA. Pour remédier à ce problème, les contrôles de filiation père-fils, ou contrôle de paternité, ont été mis en place sur tous les jeunes verrats destinés à la sélection en ferme ou en CIA. Ils ne prouvent cependant pas la paternité, mais permettent d exclure certains pères. Lors de la période de pré-quarantaine, une prise de sang est effectuée sur les candidats mâles retenus afin d obtenir les résultats de l analyse avant leur mise à la reproduction. L analyse est faite à LABOGENA par typage microsatellites. L objectif du contrôle est de vérifier la paternité 21

23 La Sélection Porcine Collective en France / Le protocole de contrôle des performances Figure 9 : Exemple de pré-tabulé d enregistrement des saillies (Delta G) 22 des verrats de CIA et de ferme en comparant les allèles des marqueurs microsatellites père-fils. Pour cela, 8 marqueurs sont utilisés pour rechercher les allèles du père et du fils (par séquençage). Une incompatibilité entre le jeune verrat et son père met en évidence une erreur de généalogie : le jeune doit alors être retiré du circuit des reproducteurs. Les types d erreurs expliquant l incompatibilité peuvent être de sources différentes : - lors de la collecte en CIA : ex : erreur d identification de l éjaculat du père : cette erreur a des répercussions sur toutes les portées issues de cet éjaculat ex : problème d étiquetages sur certaines doses : les conséquences portent sur 1 ou plusieurs portées - lors de l insémination : ex : IA croisée, erreur de dose : les conséquences ne se répercutent que sur la portée dont est issu le jeune - lors de l identification de l animal : erreur sur un animal (en cas d adoption par exemple) : conséquences limitées à cet animal erreur sur tous les animaux de la portée : conséquence sur la portée dont est issu le jeune - l ors des prélèvements de sang (non concordance entre le sang prélevé et l étiquette) sur le père ou sur le jeune. Le contrôle de routine permet donc de vérifier la compatibilité père-fils. Il permet également de démontrer l importance du suivi généalogique, car, en cas d erreur sur la généalogie, le jeune verrat sera retiré de la reproduction. Il faut donc être très rigoureux dans le suivi généalogique des animaux. Comment identifier les animaux? Tous les porcelets destinés au contrôle sont tatoués individuellement entre la naissance et le sevrage. Pour une fiabilité optimale de l information généalogique, le protocole d identification et de suivi des animaux proposé est le suivant : Les enregistrements préalables Les saillies Pour connaître la généalogie, il faut dans un premier temps enregistrer des informations concernant les saillies et/ou les inséminations. Pour une truie donnée, il faut enregistrer au minimum : - un n de bande : chaque bande de truies est incrémentée d un nouveau numéro à chaque cycle de reproduction - ex : : 2001 pour l année, 35 pour le n de semaine de saillie et 05 pour le n de la bande (de 01 à 07 si conduite en 7 bandes) - la date de saillie de chaque truie - l identification du verrat et de la truie accouplés ensemble

24 - leur code type génétique (déduit de celui des parents) - le rang de portée de la truie = numéro de cycle à venir (nombre de mises-bas et d avortements réalisés +1) - le type de saillie (naturelle, IA centre ou ferme, simple, double, triple ou multiple ) - observations diverses, le cas échéant. Ces informations sont généralement notées sur une fiche saillie pour chaque bande sous forme de pré-tabulé (fig. 9). Pour être sûr de l identité du père, une truie ne doit être saillie (ou inséminée) que par un seul verrat pour une chaleur donnée. Les portées Lors des mises-bas et du tatouage des porcelets, certaines informations doivent être notées : - n du père et de la mère - date de la mise bas - le rang de portée de la truie - type de mise bas (normale, portée adoptive ) - n de tatouage de chaque porcelet - leur sexe. En général, ces renseignements sont notés sur une fiche d élevage par portée. Cette même fiche peut servir ultérieurement pour enregistrer les performances de reproduction de la truie (voir ch. «Informations à enregistrer sur les truies : les performances de reproduction», fig. 15). Les fiches de saillies par bande et de mises bas par truie permettent ainsi de collecter les évènements correspondant à chaque individu. La codification du tatouage Les obligations réglementaires L identification des animaux de l espèce porcine est pratiquée pour répondre aux besoins de gestion à des exigences réglementaires. En application des dispositions prévues dans le décret n du 14 juin 1969 (annexe 2), les animaux cédés en vue de la reproduction, transportés ou exposés dans un lieu public en vue d être cédés comme reproducteurs doivent être identifiés conformément aux dispositions des articles 2, 3 et 5 de l arrêté du 18 juillet 1969 (annexe 4) : - Art. 2. Tous les animaux identifiés dans un cheptel donné reçoivent un même numéro à 5 caractères attribué par l EDE, appelé anciennement n de TVA et actuellement indicatif de marquage. Ce numéro, unique par lieu d élevage, désigne collectivement tous les porcs d une même exploitation, dans une zone géographique limitée. Il est obligatoire pour tous les porcs. - Art. 3. Dans le cas où l opération d identification de l animal donne lieu à une opération concomi tante de déclaration de filiation, l animal reçoit un 2 ème numéro de 5 caractères qui précise son identité, en complétant le numéro précédent. L identification individuelle des futurs reproducteurs est donc obligatoire pour les élevages de sélection et de multiplication. Elle consiste à attribuer à chaque animal un numéro exclusif qui permet de retrouver son identité à tout moment. - Art. 4. Dans le cas où l opération d identification de l animal ne donne pas lieu à une opération concomitante de déclaration de filiation, l attribution d un 2 ème numéro est facultative. En général, le tatouage individuel est appliqué sur les 2 sexes. Aucun mâle candidat à la reproduction ne doit alors être castré. Parfois, le tatouage individuel n est appliqué que sur un seul sexe. C est le cas, surtout en multiplication, mais aussi en sélection si, pour une bande donnée, aucune sélection n est réalisée sur les mâles. Le tatouage officiel Le tatouage a été défini par l arrêté du 18 juillet 1969, selon les modalités suivantes : - Art. 2. L indicatif de marquage est un numéro à 5 caractères : les 2 premiers à partir de la gauche représentent le code INSEE du département où se trouve l animal au moment de son identification les 3 autres caractères sont une combinaison de lettres et/ou de chiffres, unique pour chaque lieu d élevage du département - Art. 3. Le numéro d ordre millésimé comporte également 5 caractères : le premier caractère correspond au chiffre des unités de l année de naissance de l animal les 4 caractères suivants sont des chiffres composant un numéro unique dans le cheptel pour une année donnée. Les numéros ainsi attribués constituent dans chaque cheptel une série continue débutant au premier janvier de chaque année. L identification physique sur l animal est donc faite actuellement selon une codification alphanumérique à 10 caractères, appelé numéro national individuel. Le Cahier des charges (annexe 11), précise que l identification informatique de l animal est plus précise. Elle permet d éviter les homonymies. En effet, dans un élevage donné, deux animaux nés à dix ans d intervalle peuvent avoir le même numéro national, exemples : 75 ABC pour un animal né en

25 La Sélection Porcine Collective en France / Le protocole de contrôle des performances De 1969 à 2002 N de l'indicatif de marquage de l'élevage naisseur Numéro INSEE du département de naissance 75 ABC Identifiant unique dans le département attibué par l'ede N d'ordre millésimé Millésime de l'année de naissance 9 pour 1999 Numéro d ordre de naissance de l animal dans l élevage 1 1 Système limité à l'indentification de animaux par élevage et par an : l'utilisation de lettres en première position du numéro d'ordre a permis d'étendre les possibilités : exemple A000 à A999 pour identifier les animaux entre et etc Futurs décrets et arrêté à paraître Code ISO du pays de naissance Indicatif de marquage de l'élevage unique dans le département attribué par l'ede FR 75 ABC Numéro d ordre de naissance dans l élevage 1 ( animaux maxi) Millésime de l'année de naissance Figure 10 : Structure du numéro national individuel 75 ABC pour un animal né en 2002 Pour éviter ces doublons, les bases informatiques contenant les numéros individuels gèrent un numéro individuel informatique où le millésime de l année de naissance est porté à 2 ou 4 positions : 2 positions : 02 pour positions : 2002 Dans le cas des élevages qui tatouent plus de 9999 animaux par an, la série est prolongée en mettant une lettre en première position du n d ordre (A000 à A999, B000 à B999, etc ). 24 La nouvelle réglementation en cours de préparation prévoit de passer l identification de 10 à 13 caractères, comme indiqué sur la figure 10. L indicatif de marquage passera à 7 caractères avec l ajout du pays d origine (FR indique la localisation française de l exploitation) et le n d ordre millésimé, à 6 caractères. Les modalités pratiques de mise en œuvre de cette identification seront précisées. Le marquage des porcs éliminés de la sélection et de la multiplication est réglementé par l arrêté du 28 novembre 1980, relatif à l identification des porcins destinés à la boucherie. L indicatif de marquage du lieu d engraissement est apposé sur le corps de l animal, à l arrière de l épaule, de manière indélébile, à l aide d une marque à empreintes imprégnées d encre. Cette technique appliquée avec rigueur présente de nombreux avantages : méthode peu coûteuse, très lisible à l abattoir lorsque le marquage est effectué entre l entrée en engraissement (25-35 kg) et trois semaines avant le départ à l abattoir. Les différents systèmes d identification Actuellement, aucune méthode d identification n est totalement satisfaisante, c est-à-dire pérenne et facile à lire sur l animal vivant. Les principales techniques d identification utilisées sont les suivantes : Le tatouage à l oreille C est la méthode d identification la plus sûre et la plus répandue. Le tatouage se fait en règle générale à l oreille à l aide d une pince. Cette méthode, utilisée notamment dans les élevages de sélection et de multiplication, permet le suivi individualisé des animaux et l identification des futurs reproducteurs. Elle présente l avantage d être pérenne mais a l inconvénient d être difficilement lisible sur l animal vivant. Les boucles plastiques Elles sont plus faciles à lire que les tatouages. En revanche, elles peuvent être enlevées ou arrachées. Pour les reproducteurs, elles sont généralement utilisées en complément d un tatouage pour faciliter la lecture. Ainsi, la pose de boucle se fait essentiellement sur les animaux sélectionnés lors du contrôle des performances, donc déjà tatoués. Dans ce cas, seul le n d ordre millésimé est apposé sur la boucle, permettant ainsi un repérage plus facile de l animal lors du tri des reproducteurs ou autres manipulations.

26 Ce système de boucle ne doit donc être utilisé qu en complément du tatouage à l encre. La puce électronique L identification électronique des animaux peut se faire par injection d un implant dans l animal ou par utilisation d une boucle plastique équipée d une puce électronique. La lecture du numéro de la puce peut être réalisée à distance (entre 10 et 40 cm). L identification électronique est utilisée dans les systèmes d alimentation automatique, pour les truies gestantes en groupe ou dans les stations de contrôle. Ce type de matériel permet un suivi individuel des animaux et un enregistrement automatisé des informations. Ce type d identification pourrait être intéressant à plus long terme suite à la baisse des prix des boucles et des lecteurs. La lecture automatique et à distance permettrait une meilleure fiabilité et un gain de temps pour la saisie des informations. 2 caisses pour les porcelets (1 / sexe) Pince à tatouer et encre Support pour les fiches Caractères pour le tatouage Les conseils techniques pour la réalisation Conseils techniques pour le tatouage Toujours d après l arrêté du 18 juillet 1969, le tatouage individuel doit être fait par le naisseur de l animal, ou sous sa responsabilité avant que la portée soit séparée de la mère (c est-à-dire avant le sevrage ou les adoptions) et au plus tard 60 jours après la naissance. Le tatouage de l indicatif de marquage doit être apposé à l oreille droite et celui du numéro d ordre à l oreille gauche. Matériel Le tatouage des porcelets nécessite un équipement minimum : Du matériel pour la préparation des porcelets de la portée à tatouer. Exemples : - 1 caisse avec les porcelets mâles identifiés par un coup de crayon sur le dos - 2 caisses, pour séparer les porcelets par sexe Pour des raisons pratiques, les caisses peuvent être posées sur un chariot. Le matériel de tatouage et les fiches «portée» peuvent être installés sur ce chariot. Ce système permet de se baisser le moins possible et de déplacer tout le matériel facilement d une case à l autre (voir fig. 11). 1 pince à simple ou à double effet pour réaliser le tatouage. Celles à double effet nécessitent moins d effort physiques de la part du tatoueur. Les types de pinces les plus utilisées en sélection sont : - la pince Chevillot Titan ( pince à main ) : le porcelet est tenu d une seule main, tandis que le tatouage se fait de l autre main. Elle demande donc de la dextérité, mais elle a l avantage d être très mobile (fig. 12). Cette pince peut être à simple (5 caractères) ou double rang (10 caractères sur 2 lignes). - les pinces Nucleus et Cobiporc ( pinces à pied ), manœuvrables au pied : montées sur un trépied, elles sont composées de 2 rangées à hauteur d homme (une pour l indicatif de marquage et l autre pour le Figure 11 : Exemple de système pour le tatouage des porcelets numéro d ordre) actionnées par une pédale. Ce système libère les mains de l éleveur pour tenir le porcelet. Elle est en revanche moins mobile que la pince précédente. Ces pinces supportent des caractères de 5,8 ou 10 mn avec des pointes généralement biseautées. Il faut appliquer à chaque utilisation une encre de qualité et de couleur soutenue. D autres types de matériel, très peu utilisés actuellement, permettent un tatouage à l arrière de l épaule (exemple : le TG5 de Zeitler qui tatoue 10 caractères). Méthode de tatouage En élevage de sélection, le tatouage des porcelets est effectué le plus tôt possible après la naissance (et au plus tard au sevrage) pour limiter les erreurs liées aux adoptions. Il est réalisé sous la responsabilité du naisseur, par apposition du numéro individuel à 10 chiffres. Ce système est exigeant en temps. Des procédés divers, propres à chaque élevage sont utilisés pour l identification. Toutefois, la méthode proposée est la suivante : - Le tatouage des porcelets est réalisé intra-portée, en identifiant un sexe avant l autre. Pour cela, tous les porcelets d une truie sont répartis dans 2 caisses, en fonction de leur sexe (ou dans une seule en marquant les porcelets d un sexe). L utilisation de 2 caisses ou d une marque limite ainsi les erreurs ou les oublis. - Le cas échéant, il ne faut pas oublier de rapatrier les porcelets retirés et d écarter les adoptés (repérés par une encoche à l oreille ou par une boucle) 25

27 La Sélection Porcine Collective en France / Le protocole de contrôle des performances - Tous les porcelets sont manipulés un par un. - Le n de tatouage individuel peut être apposé sur le porcelet par marquage à l encre à l aide de deux pinces simple rang : une pince pour tatouer l indicatif de marquage à l oreille droite une pince pour tatouer le numéro d ordre millésimé à l oreille gauche. La loi sur l élevage recommande cette manière de tatouer. Toutefois, les 2 numéros peuvent être apposés sur 2 lignes dans une ou deux oreilles, grâce à une pince double rang. La double identification, effectuée surtout à plus de 3 semaines d âge, permet de disposer d un numéro lisible en cas de problème sur une des deux oreilles. - Si un tri préalable est effectué par le sélectionneur, les animaux éliminés peuvent être tatoués uniquement de l indicatif de marquage. - Immédiatement après le tatouage, il faut masser l oreille pour faire pénétrer l encre dans les perforations et permettre ainsi une visibilité optimale du numéro. Une bonne qualité de tatouage facilite le suivi des animaux (lors du contrôle, du tri et de l utilisation des reproducteurs ). Conseils techniques pour le bouclage Matériel - boucles plastiques pré-imprimées ou non - crayon feutre noir indélébile (si les boucles sont sans numéro) - pince spéciale adaptée aux boucles (fig. 12) Méthode de bouclage - Pour les boucles vierges, l année et le numéro d ordre de naissance de l animal sont écrits sur les deux parties de la boucle, au feutre indélébile. - Les boucles plastiques sont posées à l aide de la pince spéciale. - Le site de pose de la boucle dans l oreille est important, les boucles posées à la base de l oreille (près de la nervure centrale) se perdant moins que celles posées à la périphérie. La tenue du livre généalogique D après la Directive n 88/661/CEE du 19 décembre 1988 (annexe 12), on entend par : - reproducteur porcin de race pure : tout animal de l espèce porcine dont les parents et les grands-parents sont inscrits ou enregistrés dans un livre généalogique de la même race et qui y est lui-même soit inscrit, soit enregistré et susceptible de l être. - livre généalogique : tout livre, fichier ou support informatique dans lequel sont inscrits ou enregistrés des reproducteurs porcins de race pure d une race déterminée avec mention de leurs ascendants. La Décision n 89/502/CEE du 18 juillet 1989 (annexe 5), ainsi que l Arrêté du 7 mars 1994 (annexe 13), détermine les critères d inscription dans les livres généalogiques. Pour être inscrit dans la section principale du livre généalogique de sa race, un reproducteur porcin de race pure doit : - être issu de parents et de grands-parents eux-mêmes inscrits dans les livres généalogiques de la même race - être identifié selon les règles établies par ce livre - avoir une filiation établie conformément aux règles dudit livre. Le livre généalogique d élevage Par ces définitions et critères, on peut comprendre l importance de la tenue du livre généalogique au niveau de l élevage pour qu un reproducteur soit reconnu. Ainsi, chaque éleveur doit pouvoir présenter, à n importe quel moment, les listes des reproducteurs présents ou ayant été présents dans son élevage avec les informations suivantes : - n des reproducteurs - leur date de naissance - leur type génétique et leur sexe - le n de leur père, de leur mère et de leurs grands-parents paternels et maternels - leurs VG engraissement, carcasse, qualité de viande, production, reproduction et globale. 26 Figure 12 : Pince à boucler (à gauche) et pince à tatouer (à droite) Ces informations sont gérées par informatique au niveau de l élevage ou du groupement (voir figure 13 dans le cas de Delta G). Cette gestion généalogique, sous la responsabilité de l éleveur, peut être contrôlée par les LGPC ou par un technicien de la coopérative à laquelle adhère l éleveur. Le livre d élevage est un fichier par élevage regroupant les reproducteurs et leurs généalogies. Pour chaque PAS donnée, tous les livres d élevages sont regroupés en un seul livre généalogique collectif, tenu par les LGPC. La tenue du fichier de l élevage permet de garantir la fiabilité de l information gérée au niveau du LG collectif de chaque race. Si une information est erronée ou manquante dans un livre d élevage, le problème se répercutera au niveau du livre collectif.

28 Figure 13 : Deux exemples de liste de reproducteurs (Delta G) Le certificat d origine et de performances Il est important de tenir à jour toutes ces informations pour l élaboration du Certificat d origine et de performances, obligatoire pour les reproducteurs de race pure changeant de propriétaire, destinés aux CIA ou à l exportation. La Décision de la Commission n 89/503/CEE du 18 juillet 1989 (annexe 5) fixe les renseignements à mentionner dans ce certificat. Ils peuvent être indiqués : dans la documentation accompagnant le reproducteur porcin de race pure : les données mentionnées doivent alors être certifiées par les autorités compétentes sous la 27

29 La Sélection Porcine Collective en France / Le protocole de contrôle des performances forme d un certificat conforme au modèle présenté dans cette Décision (exemple sur la figure 14). LE CONTROLE DES PERFORMANCES les performances de reproduction Les informations collectées sur la carrière de chaque truie et sur ses portées correspondent aux caractères de reproduction. Enregistrées à partir des mises-bas, elles peuvent être classées en deux catégories : - les informations à caractère obligatoire, faisant partie du protocole de base - les informations facultatives. Ces renseignements permettent l évaluation de la VG reproduction, utilisée dans les choix de sélection mais qui ne concerne que les lignées femelles. 28 Figure 14 : Exemple de certificat d origine Le contrôle de performances des animaux, défini selon un protocole précis, permet de collecter les données nécessaires au calcul des valeurs génétiques des candidats. Certaines données sont mesurées directement en élevage de sélection. D autres, nécessitant l abattage de l animal, sont collectées dans une des trois stations publiques sur des collatéraux. On parlera alors de contrôle en ferme (CF) et de contrôle en station (CS). Dans les conditions actuelles, le contrôle combiné de candidats et de collatéraux est en effet la méthode de sélection la plus efficace permettant le maintien de la qualité de viande tout en continuant d améliorer les au tres objectifs de sélection. La méthode d évaluation génétique des reproducteurs combine les performances des jeunes animaux contrôlés en ferme (appelés candidats à la sélection) et les performances de leurs pleins frères ou sœurs, contrôlés en station et abattus (appelés collatéraux). Le protocole de contrôle de performances présenté ci-après tient compte des obligations réglementaires imposées par la Décision de la Commission n 89/507/CEE (annexe 5). Informations à enregistrer sur les truies : Informations obligatoires Elles concernent la carrière de la truie et sont enregistrées à la mise-bas et au sevrage : - le numéro de la truie et son rang de portée - le numéro du verrat-père - la date de mise bas - le nombre dans la portée de porcelets : nés vivants : un animal né vivant est un animal qui est né et qui a respiré morts nés momifiés - pour les mouvements d animaux : le nombre dans la portée de porcelets retirés adoptés - date de sevrage de la portée - dénombrement des porcelets «Sevrés De et Par» la truie. Ces informations sont à renseigner avec précaution, selon le mode de gestion de l élevage (nurserie, sevrages précoces, portées adoptives ) et la gestion des flux de porcelets (fréquence des adoptions, porcelets légers, lourds ). Observations facultatives (mise-bas et lactation) Elles concernent les informations sur la portée et sur les qualités maternelles de la truie. Les qualités maternelles Une grille de notation des qualités maternelles commune aux LGPC a été récemment arrêtée et finalisée (avril 2001). Elle concrétise la volonté d un travail génétique approfondi sur ces aspects. Ce volet «qualités maternelles» est donc actuellement intégré dans l évaluation des populations femelles, il complète les informations concernant la carrière de la truie. Comme l expression des qualités maternelles est conditionnée par des éléments multifactoriels et que l événement ne peut pas toujours être observé (ex : mise bas de nuit), tous les critères retenus sont facultatifs. La période mise-bas / lactation se décompose en 3 phases et les besoins ne sont pas les mêmes selon le stade de lactation. Par conséquent, les informations à renseigner sont réparties selon ces 3 phases.

30 Les observations sur la portée Le cas échéant, une liste définie en 2002 permet de répertorier et de standardiser ces observations par l utilisation de codes (annexe 15). Les anomalies des porcelets de la portée Le cas échéant, une liste définie en 2002 a également été mise en place afin de standardiser ces anomalies par l utilisation de codes (annexe 16). En cas de constatation d une anomalie dans une portée, aucun animal de cette portée ne sera retenu en sélection. Récolte des informations Tableau 3 - Grille de notation des qualités maternelles La parturition : de la préparation à la mise-bas aux 48 heures suivant celle-ci (J-1 à J+2) Caractère Modalités / Valeurs Libellé / Commentaire Comportement de la truie vis-à-vis 1 Truie très douce de ses porcelets à la mise-bas 2 Comportement normal 3 Truie agressive, comportement mauvais 1 Inférieure à 2 heures 2 De 2 à 3 heures Durée de mise-bas, Option 1 3 De 3 à 4 heures 2 options possibles : 4 Supérieure à 4 heures Option 2 durée réelle entre les heures de naissance du 1 er et du dernier porcelet 1 Mise-bas sans intervention particulière (truie capable ou ayant mis bas sans assistance humaine) Mise-bas avec intervention modérée 2 Facilité de mise-bas (assistance supérieure à l accoutumée) Mise-bas très difficile, assistance exceptionnelle 3 et importante, obligatoire pour la survie des porcelets, voire de la truie Pesée à la mise-bas (jusqu à 24h), Option 1 poids de portée Pesée globale de la portée (tous les nés vivants) 2 options possibles : Option 2 poids individuel Pesée individuelle des porcelets vivants (protocole lourd) (1) Dénombrement des chétifs Porcelets chétifs nombre de chétifs (c est-à-dire beaucoup plus maigres que la moyenne de la portée) La lactation colostrale : première semaine de lactation 1 Très bonne Appréciation de la montée de lait 2 Normale 3 Difficile ou mauvaise 1 Attaches arrières solides et mamelles bien accrochées Attaches arrière des mamelles 2 Légère tendance au décrochement 3 Décrochement prononcé La production laitière : de la 2 ème (2) semaine jusqu au sevrage Pesée en lactation poids individuel Pesée individuelle des porcelets vivants dans la 2 ème quinzaine de lactation (1) Les porcelets chétifs ont une probabilité de survie plus faible. Ce critère est important s il n y a pas de pesée individuelle : il permet d apprécier l homogénéité des porcelets à la naissance. (2) C est également lors de cette période que s effectue le dénombrement des «Sevrés De et Par» la truie. Dans la mesure du possible, ces observations réservées à la notation des qualités maternelles seront transcrites selon les critères retenus détaillés ci-dessus. 29

31 La Sélection Porcine Collective en France / Le protocole de contrôle des performances Toutes ces informations sur la portée et la carrière de reproduction de la truie sont recueillies sur une fiche élevage pour chaque portée. Il peut s agir de fiches individuelles truies, ou de dossiers truies avec fiches portées à l intérieur. Les fiches individuelles permettent d avoir les antécédents de l animal et de faciliter les prises de décision. La majorité des éleveurs utilise un document papier pour chaque truie sous forme de pré-tabulé. Ce document doit être de conception simple, en raison de son utilisation dans les locaux d élevage et de façon à limiter les transcriptions, tout en facilitant leur utilisation et leur classement. Pour être fonctionnel, il est préférable de le fixer près de chaque truie. Ce document étant disponible à tout moment sur place, l éleveur peut noter aussitôt, et sans perte de temps, toutes nouvelles informations. Parmi les différents pré-tabulés existants, ceux proposés sous Delta G sont souvent utilisés par les sélectionneurs équipés de ce logiciel. Dans le cas de l utilisation du prétabulé Delta G, toutes les performances de reproduction de la truie sont à renseigner sur la fiche avec les données concernant sa portée. Elle permet ainsi de réunir toutes les informations, carrière de la truie et portée, sur une même fiche (fig. 15). Il est possible ensuite de consulter plus en détail la carrière d un reproducteur sur les fichiers de résultats (fig. 16). Saisie des données Les informations concernant chaque truie sont saisies sur le logiciel informatique utilisé à l élevage, le plus courant en sélection collective étant Delta G, les autres étant EDIPORC et ISAPORC. Elles sont ainsi stockées sur des fichiers informatiques. Après saisie également des résultats des contrôles de performances sur leur portée, ces fichiers seront périodiquement (tous les mois) envoyés à l OSP correspondante. Informations enregistrées sur les jeunes candidats : les performances de production On distingue deux protocoles de mesures appliqués sur les animaux de la base de sélection : - Le contrôle de performances en ferme : la quasi-totalité des animaux d un élevage de sélection y sera soumise. Mis en place dès 1968, il s agit d un protocole assez simple, généralisable à un grand nombre d animaux et complémentaire à celui appliqué en station. 30 Figure 15 : Exemple de prétabulé d enregistrement de portée et carrière de la truie (Delta G)

32 Figure 16 : Exemple d une fiche carrière (Delta G) - Le contrôle de performances en station : il s agit d un protocole beaucoup plus lourd, appliqué à un petit nombre d animaux qui vont être regroupés en un site d engraissement particulier, appelé station de contrôle des performances. Dans les faits, les stations de contrôle existent essentiellement dans les programmes collectifs de sélection où la base de sélection est répartie dans un nombre important d élevages. Le contrôle en ferme (CF) Conditions de contrôle Sur le plan pratique, afin d apporter une cohérence aux résultats du CF, il est important d homogénéiser et de standardiser les conditions d élevage. Définition de la bande de contrôle Règles à appliquer pour que les candidats soient dans une même bande de contrôle : - en général : une seule date de contrôle par bande de contrôle - cependant : une même bande peut être constituée de plusieurs dates de contrôle, à condition de ne pas avoir plus de 10 jours entre les dates extrêmes de contrôle (c està-dire entre le premier et le dernier animal contrôlé de la bande) - si un même candidat fait l objet de deux contrôles successifs à 2 dates d une même bande, seules les mesures les plus proches du poids vif de 100 kg seront retenues. - écart de date de naissance entre individus d une même bande : inférieur à 15 jours - animaux élevés dans un même bâtiment (des animaux élevés dans 2 bâtiments différents doivent être déclarés comme appartenant à 2 bandes différentes : numéros différents). - animaux élevés dans des conditions environnementales homogènes (des animaux élevés dans 2 salles d un même bâtiment et présentant des conditions environnementales sensiblement différentes, doivent être déclarés comme appartenant à 2 bandes différentes, dans la mesure où l effectif par salle est supérieur à 18 animaux du même sexe). Alimentation Alimentation des animaux selon un régime à volonté (condition indispensable pour obtenir une bonne expression des performances d adiposité et de croissance). Locaux d élevage Tous les animaux d une même bande doivent être élevés : - dans un même bâtiment - avec une densité identique par case - dans des conditions de milieu homogènes (température, type d alimentation ). Taille des bandes de contrôles Candidats à la sélection : taille de la bande de contrôle fixée à 18 animaux minimum de même race et de même sexe, contrôlés au plus sur 2 dates de contrôle espacées de moins de 10 jours. Limites de poids Valeurs génétiques calculées uniquement pour des animaux avec un poids vif compris entre 65 et 135 kg. Une bande de truies produit les porcs d une bande de contrôle. La bande est le principal facteur d environnement pris en compte dans la prédiction de la valeur génétique des animaux. Il convient donc de faire en sorte que les animaux déclarés comme appartenant à la même bande aient été élevés dans des conditions d environnement les plus homogènes possibles. Dans le cas contraire, les VG 31

33 La Sélection Porcine Collective en France / Le protocole de contrôle des performances 32 prédites peuvent être biaisées. Plus l effectif d animaux contrôlés dans une bande est important, plus les effets de l environnement sont estimés précisément et plus la fiabilité des valeurs génétiques prédites est grande. La taille minimum indiquée de la bande correspond à des limites d exclusion. Les performances d animaux contrôlés dans des bandes de taille inférieure aux chiffres présentés (18 animaux du même sexe) ne seront pas prises en compte. Matériel et méthode de mesures À chaque bande, le contrôle des animaux (pesée, mesure de l épaisseur de lard dorsal, tri constitutionnel, choix des reproducteurs) sera effectué en fin d engraissement sous la direction d un technicien de l organisation de sélection. Celui-ci passe systématiquement sur l élevage, par exemple toutes les trois semaines dans le cas d une conduite en 7 bandes. Tout animal d un lot de contrôle passé sur la bascule doit être enregistré car, même s il est destiné à l abattoir (pour anomalie, fausses tétines ), ce sont des informations très importantes pour les apparentés (BLUP tétines ). Pesée Matériel utilisé La pesée des animaux peut être faite par différents types de bascule : - mobile : les animaux doivent monter dans la bascule pour être pesés. - fixée sur le caillebotis : les animaux entrent plus facilement dans la bascule puisqu il n y a pas de changement de niveau entre le sol et la bascule (pas de marche). La personne qui conduit les porcs dans la bascule fournit donc moins d effort et les animaux sont moins stressés. Quelle que soit la balance utilisée, sa précision doit être régulièrement contrôlée. Méthode de mesures La bascule doit être placée à un endroit fixe et stratégique pour que le contrôle se déroule dans les meilleures conditions possibles pour les opérateurs et pour les animaux. Elle est en général placée dans le couloir du bâtiment d engraissement, qui devient alors le site de contrôle. A la place du couloir, une salle ou un autre lieu particulier proche des salles d engraissement, peuvent être consacrés au contrôle. Mesure des épaisseurs de gras et de muscle aux ultrasons Matériel utilisé Il existe différents appareils à ultra-sons pour la mesure de l épaisseur de lard dorsal : - échographie unidimensionnelle : à écran (ex : Sofranel) ou à affichage digital (ex : Renco de Sofranel). L échographe unidimensionnel à écran n est actuellement quasiment plus utilisé. - échographie bidimensionnelle : appareils récents, issus de l imagerie médicale, permettant de réaliser des mesures d épaisseur de gras, de muscle et des diagnostics de gestation (par la lecture des courbes des échos). Ex : Dynamic Imaging, Pie Medical, Ultra Scan, Toshiba, Aloka, Agroscan (ECM) Quel que soit l échographe utilisé, il est indispensable de contrôler régulièrement sa précision. Il faut également Aloka SSD 500 Dynamic Imaging, concept MCV Pie Médical 485 Anser Agroscan A16 Figure 17 : Exemples d échographes mesurant des épaisseurs de lard et de muscle appliquer un gel spécial (à l aide d un flacon doseur ou d un pistolet) : - soit sur le dos de l animal au niveau des sites de mesures - soit sur le palpeur de l échographe. Méthode de mesures des épaisseurs de lard Les épaisseurs de lard sont mesurées sur 6 points dans un ordre déterminé, grâce à un échographe. Pour chaque zone du corps (rein, dos et épaule), les sites de mesure droit et gauche doivent être espacés de 8 cm (fig. 19). Le palpeur doit être maintenu perpendiculaire à la peau de

34 Aspects techniques et principe des appareils à ultrasons Les ultrasons sont des sons, ou vibrations acoustiques, de fréquence supérieure à 20 khz environ. Ils ne sont pas audibles par l homme. Dans un milieu de structure homogène, les ultrasons se propagent en ligne droite. Leur vitesse de propagation dépend de la rigidité et de la densité du milieu traversé. Dans un milieu hétérogène, la caractéristique des ondes sonores est de réfléchir sur chaque obstacle en renvoyant un écho. Ainsi à chaque séparation entre deux milieux de propriétés acoustiques différentes, seule une partie de l énergie est transmise dans le sens du faisceau, le reste de l énergie est réfléchie par l interface. Ces propriétés sont utilisées pour la mesure de l épaisseur de lard. Une partie du faisceau est réfléchie entre la couche de lard et celle de muscle. L intensité du faisceau réfléchi permet de mesurer l épaisseur de lard. L épaisseur de noix de côtelette est mesurée de la même manière entre le lard et les vertèbres. Sonde de l échographe lard muscle os Échographe (Echographie et mesure d épaisseur) onde ultrasonore envoyée par la sonde onde ultrasonore réfléchie et reçue par la sonde Exemple de propagation des ultrasons à travers trois milieux successifs : - La sonde émettrice émet des ultrasons (flèche blanche) dont l énergie décroît avec la profondeur. - A chaque interface se produit un écho (flèche noire). - Ces échos sont enregistrés par la sonde qui est émettrice et réceptrice. - Le tracé est enregistré par la sonde : chaque écho se traduit par un pic électrique. Les ultrasons sont générés par piézoélectricité, un phénomène qui permet la transformation d une énergie mécanique en énergie électrique, de façon réversible. Cette fonction est réalisée par la sonde de l échographe, appelée également transducteur, qui fonctionne donc à la fois comme émetteur d ultrasons et comme récepteur. Lorsque la sonde est soumise à une impulsion électrique, elle émet une onde ultrasonore très brève. Celle-ci se propage dans les tissus et se réfléchit sur les interfaces. Dans le «silence» qui suit l émission, la sonde va enregistrer les échos venant de la profondeur : la sonde est ainsi devenue réceptrice. Elle ne reçoit que les échos provenant d interfaces perpendiculaires au trajet des ultrasons incidents (si l interface est oblique : l onde ultrasonore réfléchie est perdue). Plus la surface est éloignée de la sonde, plus l écho mettra de temps à revenir. Chaque écho reçu par la sonde est transformé en un signal électrique. Ce signal électrique est ensuite traité dans les circuits électroniques de l échographe et sert à l élaboration de l image. Connaissant le temps écoulé entre l émission et la réception, ainsi que la vitesse de propagation des ondes ultrasonores dans le milieu traversé, on peut déterminer la profondeur de l interface responsable de l écho enregistré. Par conséquent, pour mesurer l épaisseur de lard ou de noix de côtelette, la sonde doit être maintenue perpendiculaire à la couenne de l animal. Figure 18 : Principes d une mesure échographique l animal pour les mesures. S il est longiforme, le sens de la longueur du palpeur est de préférence parallèle à la ligne du dos de l animal. Lors des mesures, le porc doit se tenir debout et immobile. Ensuite, le technicien détermine de façon précise l endroit où il prend la mesure et «lit» l échographie obtenue. Cette image montre les couches de gras sous-cutané, la longe, ainsi que les muscles intercostaux. Bien interprétée, elle permet de mesurer l épaisseur de gras dorsal et la profondeur du muscle de longe (fig. 20). 33

35 La Sélection Porcine Collective en France / Le protocole de contrôle des performances Sites de mesure de l'épaisseur de lard Sangles Lecture de l'épaisseur de lard Mesures - Epaisseur de lard = site 1 à 6 - Epaisseur noix de côtelette = site 3 et cm EPAULE DOS REIN 1 Rein droit 2 Rein gauche en arrière du rein : dernière vertèbre lombaire (à égale distance du grasset et de l arrière du jambon) Creux de l'épaule passage des sangles 10 cm Grasset Pointe de fesses arrière de jambon 3 Dos droit au milieu du dos : entre la 3 ème 4 Dos gauche et la 4 ème dernières côtes A B Sonde de l échographe (Palpeur) : perpendiculaire à la couenne et parallèle à la ligne dorsale 5 Epaule droite en arrière de l épaule : 10 cm derrière le creux (10 cm en retrait du passage 6 Epaule gauche des sangles ) cm cm cm C Position du palpeur : Mesure à 4 cm de part et d autre de la ligne médiane du dos AB = épaisseur de lard BC = épaisseur de noix de côtelette Figure 19 : Sites et ordre de mesure des épaisseurs de lard et de noix de côtelette lors du contrôle de performances Méthode de mesures d épaisseur de noix de côtelette Les épaisseurs de la noix de côtelette (ou X5) sont mesurées sur 2 points (à droite et à gauche), entre la 3 ème et la 4 ème dernières côtes, grâce à un échographe (fig. 19 et 21). A partir de l image obtenue sur l écran, l échographe détermine en fait l épaisseur de muscle entre le lard et le creux d une côte. Ces mesures permettent une sélection objective de la conformation dans les lignées mâles. Cet outil de sélection permet ainsi d affiner le choix des reproducteurs destinés aux CIA. Le palpeur doit être placé comme pour les mesures d épaisseur de lard, c est-à-dire à 4 cm de part et d autre de la ligne médiane du dos et incliné perpendiculairement à la peau. S il est longiforme, il est généralement maintenu parallèle à la ligne du dos. - système de néon fixé le long de la bascule au niveau du sol - lampe de poche. épaisseur de lard épaisseur de noix de côtelette 34 La mesure de l épaisseur de noix de côtelette est effectuée sur l échographie (fig. 20). Comptage et notation des tétines Matériel Le comptage et la notation des tétines peuvent être plus aisés grâce à l utilisation d un bon éclairage : exemples : Figure 20 : Exemple d échographie

36 M2 X5 G2 4 cm En ferme : X5 = Epaisseur de noix de côtelette par échographie - entre la 3 ème et la 4 ème dernières côtes - à 4 cm de part et d autre de la ligne dorsale - mesure perpendiculaire à la couenne - position de la sonde : parallèle à la ligne du dos A l abattoir : M2 = Epaisseur du muscle long dorsal par CGM (Capteur Gras Maigre) G2 = Epaisseur de gras par CGM Site costal Figure 21 : Les mesures de l épaisseur de noix de côtelette fausse tétine tétine intercalaire bonne tétine petite tétine tétine invaginée Figure 22 : Exemple de notations des tétines Méthode de notation Dans un souci d harmonisation des observations, il est important de définir les qualificatifs des tétines : - tétine fonctionnelle (ou bonne tétine = tétine non râpée et non intercalaire avec un canal galactophore) - fausse tétine = petite tétine sans canal galactophore ; dans certains cas, son apparition dépend de la génétique - tétine intercalaire (ou intermédiaire) = petite et fausse tétine implantée au milieu d un espace normal entre 2 tétines normales ; dans certains cas, son origine est génétique - tétine râpée = tétine «usée» mécaniquement (en maternité lors des tétées : concerne souvent les premières tétines) ; son origine ne dépend pas de la génétique mais du contexte environnemental, une tétine râpée est souvent initialement une bonne tétine - tétine invaginée = tétine souvent normale avec présence du canal galactophore, mais avec l extrémité retournée - petite tétine = tétine d apparence fonctionnelle, mais de petite dimension par rapport à la tétine normale. Performances de production à mesurer Les candidats sont contrôlés lorsque le poids moyen du lot est de l ordre de 100 kg, c est-à-dire vers 140 j d âge. Lors du contrôle des performances, les mesures 35

37 La Sélection Porcine Collective en France / Le protocole de contrôle des performances des caractères de production sont effectuées sur chaque candidat mâle et femelle. Certaines sont obligatoires pour les 2 lignées, d autres sont facultatives. Descriptif des informations «obligatoires» Les données suivantes doivent être renseignées obligatoirement lors du contrôle des performances, dans les lignées mâles, comme dans les lignées femelles : - Numéro de l élevage - Matériel utilisé pour les mesures - Nom de l opérateur des mesures du contrôle - Date du contrôle (dates de début et de fin de contrôle si différentes), rendant compte de l âge de l animal au moment du contrôle - Race, année, bande et sexe - Nombre d animaux contrôlés - Type de contrôle - Numéro de l animal contrôlé et sa date de naissance - Age de l animal au moment du contrôle (date de contrôle date de naissance) - Poids de l animal en fin de contrôle (lors des mesures) - 6 mesures d épaisseur de lard dorsal aux ultrasons (US), correspondant à des mesures d adiposité, effectuées à l aide d un échographe. Les mesures d adiposité doivent être effectuées conformément aux indications. Autres informations D autres informations importantes, mais facultatives cette fois, sont intéressantes à enregistrer lors du contrôle des performances : - Une pesée intermédiaire peut être intéressante pour compléter les informations. Elle permet de calculer un âge à 100 kg corrigé, proche d un GMQ. Elle correspond au poids de début de contrôle et peut être enregistrée soit : Au sevrage : à 28 jours en moyenne (21 à 35 j) En fin de post-sevrage : entre 60 et 70 j - Uniquement en lignée mâle (Piétrain et LW lignée mâle) : 2 mesures de l épaisseur de noix de côtelette (notées X5), correspondant à l épaisseur de noix de côtelette. - Comptage et qualification des tétines (pour les lignées femelles), faisant partie des performances de reproduction : nombre de tétines fonctionnelles à droite nombre de fausses tétines à droite nombre de tétines fonctionnelles à gauche nombre de fausses tétines à gauche nombre de tétines intercalaires (à droite et à gauche) nombre de tétines râpées (à droite et à gauche) - Pointage des animaux (notes de 1 à 5 ) sur : la conformation : notes DLJT (Développement / Longe /Jambon / Type) = 4 notes les aplombs : notes APO (aplombs Antérieurs / aplombs Postérieurs / Onglons) = 3 notes Dans l échelle de 1 à 5, la note 1 correspond à la note la plus médiocre et la note 5 à l idéal recherché. - La constatation d anomalies pour lesquelles une liste a été fixée en L utilisation des codes permet une saisie rapide et standardisée des informations 36 Figure 23 : Exemple de prétabulé pour l enregistrement des performances de production lors du contrôle en ferme (Delta G)

38 (annexe 16). - Les observations ou problèmes divers sur l animal contrôlé. Une liste a également été préétablie et codifiée pour noter ces observations (annexe 17). - Destination (provisoire ou non) des animaux si on la connaît déjà. En effet, il est possible de trier les animaux lors du CF suite aux différentes mesures et observations constitutionnelles (voir le ch. «Choix des futurs reproducteurs»). Les différentes destinations sont : soit le maintien dans l élevage de sélection pour le renouvellement du troupeau, voire l envoi en CIA. soit la vente à des élevages de multiplication soit l abattoir, pour les animaux de qualité génétique et/ou de qualité constitutionnelle inférieures (des mesures de qualité de la viande, présentées ci-dessous, peuvent alors être pratiquées sur la carcasse de ces animaux). - Mesure de l indice de qualité de viande (IQV ferme) dans le cadre du CF, sur les carcasses des animaux abattus, éliminés de la sélection. Deux méthodes ont été validées : Méthode basée sur le ph ultime : 2 mesures de ph24 dans le jambon (muscle adducteur et/ou demi-membraneux) Méthode basée sur le rendement à la cuisson d un échantillon : mesure du taux de perte à la cuisson sur un échantillon de 50 g du muscle demi-membraneux. L IQV ferme (annexe 18) obtenu à partir d une des 2 méthodes ne doit pas être confondu avec l IQV station. Le lot abattu doit être constitué au minimum de 15 porcs de même race, du même élevage et abattus à la même date. Toutefois ce système de mesures présentes quelques limites, il faut : suivre les identifications après abattage avec le numéro de tuerie être présent 24 h après l abattage (min 18 h) que les carcasses soient stockées 24 h après l abattage (min 18 h) du matériel de qualité des opérateurs formés pour l harmonisation des mesures. Saisie des informations Fiche pré-tabulée «contrôle des performances» En règle générale, une fiche pré-tabulée est utilisée pour chaque bande afin de faciliter l enregistrement des informations données lors du contrôle des performances. Au préalable, les numéros de tatouage des animaux à contrôler sont inscrits sur la fiche, les mâles étant séparés des femelles. Ainsi, lors du contrôle, effectué successivement sur les mâles et les femelles, les mesures et observations concernant un animal sont saisies en face de son numéro de tatouage (fig. 23 dans le cas de Delta G). Système informatique Les données peuvent également être enregistrées directement sur un ordinateur portable, grâce à un logiciel adapté (le boîtier pour Delta G). Elles seront ensuite transférées directement sur l ordinateur de l élevage, ce qui évite de saisir les données une seconde fois. Organisation du travail : un exemple Pour chaque bande, les mâles et les femelles, répartis dans des cases différentes, sont contrôlés séparément. Pour maîtriser le flux d animaux à passer au contrôle, des barrières peuvent être utilisées afin de compartimenter le Porcs stockés avant contrôle A B 1 1 lot (1 case) d animaux du même sexe sortis de la salle d engraissement Animal au pointage Animal à la pesée US (et X5) Bascule 2 Lot stocké au niveau de l entrée de la bascule : les animaux sont tous contrôlés un par un Condition : 65 < poids < 135 kg 3 1 animal, pris au hasard, est conduit dans la bascule : - lecture du numéro de l animal - pesée de l animal - application du gel sur le dos de l animal ou sur le palpeur - mesure US des épaisseurs de lard (en lignée mâle : mesure des X5) - notation et qualification des tétines (ou hors de la bascule) Animal sorti de la bascule : 4 - pointage de l animal (note APO et DLJT) en le regardant marcher - constatation des anomalies et/ou observations - en cas de tri : destination (temporaire ou non), codifiée par une marque sur son dos 5 Animal conduit dans le compartiment D 6 Lot reconduit dans sa case d engraissement, puis passage au lot suivant (reprendre à l étape 1) C D Porcs stockés après contrôle Figure 24 : Lieu et déroulement du contrôle en ferme 37

39 La Sélection Porcine Collective en France / Le protocole de contrôle des performances site de contrôle (couloir ou salle) : - compartiment A : à l entrée de la bascule, pour stocker les porcs sortis à contrôler - compartiment B : au niveau de la bascule - compartiment C : à la sortie de la bascule, où l animal peut marcher - compartiment D : où les porcs d une case sont stockés après contrôle. Le compartiment A peut être en forme d entonnoir afin de faciliter l entrée des animaux dans la bascule. Les compartiments B et C peuvent être confondus (fig. 24). Les opérations de contrôle se déroulent de la manière suivante. L idéal est de faire toutes les mesures sur tous les animaux pesant entre 65 et 135 kg, même sur ceux qui seront de toute évidence envoyés à l abattoir. Les mesures et observations faites sur chaque animal sont notées face à leur numéro de tatouage inscrit sur la fiche prétabulée de contrôle des performances ou sur un portable. Dans certains élevages, toutes les mesures et observations sont effectuées sur les animaux, sans réflexion sur leur destination probable, les futurs reproducteurs étant triés uniquement suite aux résultats du BLUP intra-troupeau. Dans d autres élevages, les animaux sont triés lors de leur passage au CF. Une destination, temporaire ou définitive suivant les individus, est alors attribuée à chaque candidat (sélection, multiplication ou abattoir). Les destinations temporaires seront validées ou changées grâce aux résultats du BLUP intra-troupeau (voir ch. «Choix des futurs reproducteurs»). En complément de toutes ces mesures, toutes les femelles sont bouclées avec leur numéro d ordre (sauf celles destinées à l abattoir dans le cas d un tri). Elles deviennent ainsi plus facilement repérables notamment pour l affectation aux différentes destinations, la préparation de lot pour les multiplicateurs et dans leur éventuelle carrière de reproducteur. Les mâles ne sont pas systématiquement bouclés car très peu vont être retenus. opérateurs et applique une marque sur le dos du porc en fonction du choix effectué. - 1 des 3 personnes s occupe du pointage des animaux sortis de la bascule (note APO et DLJT) et de la constatation d anomalie et/ou d observations diverses. Enregistrement des données et envoi vers la base nationale Une fois que tous les individus de la bande ont été contrôlés, les informations notées sur la fiche pré-tabulée doivent être saisies dans le logiciel de gestion génétique utilisé à l élevage. Après saisie des différentes mesures, certains caractères enregistrés sont ajustés à 100 kg de poids vif. Des équations d ajustement appropriées sont utilisées pour calculer : - l âge ajusté à 100 kg (A100) : calculé à partir du poids et de l âge au CF, selon la méthode de Jourdain et al (1989). A100 est une variable de croissance. - l épaisseur de lard dorsal à 100 kg (L100) : ajustement calculé à partir de la moyenne des 6 épaisseurs de lard dorsal et du poids au CF - l épaisseur de noix de côtelette à 100 kg (X100), uniquement en lignée mâle. Les équations d ajustement à 100 kg sont définies en annexe 19. C est à partir de ces données ajustées à 100 kg que tous les calculs ultérieurs seront effectués. L enregistrement de ces caractères suivi de l ajustement à 100 kg permet ainsi d obtenir des renseignements pour chaque candidat à la sélection sur la valeur de : - la croissance pondérale, estimée par le GMQ 38 En règle générale, le CF nécessite le travail de 3 personnes qui peuvent s organiser de la manière suivante : - 1 personne conduit les animaux (sortie case par case de la salle d engraissement, passage dans la bascule et retour dans les cases), lit le numéro de tatouage de chaque animal contrôlé puis l annonce de vive voix ou l écrit sur le dos de l animal. - 1 personne, au niveau de la bascule, pèse l animal, mesure les épaisseurs de lard (application du gel et lecture de l échographe) et de noix de côtelette, le cas échéant. Si possible, elle compte et qualifie les tétines (cette tâche peut également être partagée par 2 personnes : une de chaque côté de l animal). Elles annoncent les résultats obtenus. - 1 personne s occupe exclusivement de la prise de note des résultats sur la fiche prétabulée. Une fois l animal identifié, elle enregistre, en face de son numéro, tous les résultats annoncés par le (ou les) opérateur(s) du contrôle. Dans le cas d un contrôle avec tri, elle décide la destination de chaque animal, en concertation avec les autres

40 - la composition corporelle, estimée par l épaisseur de lard dorsal (moyenne des 6 mesures). Les deux variables A100 et L100 sont exprimées en écart à la moyenne de la bande (c est-à-dire des contemporains), puis combinées avec les VG BLUP pour obtenir une VG provisoire (appelée VG intra-troupeau) qui servira au tri des futurs reproducteurs. donc centralisées dans les stations, sur un échantillon assez réduit d animaux qui ont quitté leur élevage de sélection d origine. Ainsi, les 3 stations sont un instrument indispensable et complémentaire des dispositifs de contrôle de performances en ferme. Elles apportent leur concours à l objectif d amélioration génétique pour les caractères de croissance, de carcasse et de qualité de viande. En pratique, les collatéraux issus de différents élevages de sélection sont contrôlés ensemble jusqu à 100 kg selon un protocole précis de contrôle de performances. Envoi de porcelets en station Les élevages participant au programme de sélection collective doivent procéder à une mise en station de porcelets, collatéraux de jeunes candidats qui seront contrôlés en ferme. Les caractéristiques des porcelets envoyés en station sont présentées dans la figure 25. Après saisie sur logiciel des informations concernant les truies d une bande, leur portée et le CF, tous les fichiers de données sont envoyés mensuellement à l OSP correspondante. Chaque OSP (via les groupements) transmettra à leur tour les fichiers à l ITP, vers le site central, afin de procéder à l évaluation nationale. Le contrôle en station (CS) Les mesures les plus difficiles et/ou coûteuses à réaliser ne peuvent pas être effectuées à grande échelle. Elles sont Les verrats de CIA et/ou de ferme ayant peu ou pas de descendants entrés en station sont repérables notamment grâce aux fichiers Z (ch. «Choix des verrats», tab. 12). L optimum est de 5 à 10 descendants contrôlés en station par verrat. Par ailleurs, les conditions sanitaires doivent être respectées (selon la station). Le CS repose sur le principe que les différences observées entre animaux ou groupes d animaux sont exclusivement d ordre génétique. On est donc conduit à admettre l hypothèse que le milieu auquel l animal est soumis avant Poids minimum requis selon la classe d âge Mauron Le Rheu et Argentré Classe d âge Semaines * Jours * Poids minimum (kg) * * uniquement pour le Piétrain Landrace - Large White Piétrain sexe castrats femelles Règles d échantillonnage et choix des animaux : - un lot de 8 à 12 porcelets (homogène en poids et en âge) par élevage fournisseur et par entrée - 1 animal par portée en favorisant la variabilité des origines (tolérance de 2 au maximum) - tatouage des porcelets selon l identification nationale à 10 caractères et bien lisible - animaux indemnes de tares et maladies et de bonne constitution (non chétifs) - privilégier des porcelets issus de verrats (de CIA ou d élevage) ayant peu de descendants en station : optimum de 5 à 10 descendants / verrat - pour établir une connexion avec le contrôle en ferme : les éleveurs qui fournissent les animaux doivent constituer une bande de verrats contemporains contrôlés en ferme Document à fournir : - les animaux seront accompagnés d un document d information comportant les renseignements généalogiques et la date de naissance de chaque porcelet Figure 25 : Conditions d entrée des porcelets en station de contrôle des performances 39

41 La Sélection Porcine Collective en France / Le protocole de contrôle des performances son arrivée à la station (milieu précontrôle) n exerce pas d effets durables sur les performances mesurées en station. Pour réduire cette possible source de biais, dont l importance est mal connue, il a été décidé à la station de Mauron de réduire la durée de la période précontrôle à l élevage en accueillant les animaux précocement. Même si techniquement, des sevrages à 3-5 jours sont possibles, l entrée en station à 9-14 jours a été mise en place. Pour organiser l approvisionnement des stations en collatéraux, un calendrier est envoyé chaque année par l ITP. Il permet de connaître : - les périodes d ouverture de chaque station, et donc d envoi des collatéraux - les semaines de mises-bas correspondant à ces périodes d ouverture. Chaque éleveur est tenu de fournir des animaux dans les stations lorsque, pour une date d entrée donnée, ses porcelets atteignent un âge correspondant aux exigences des stations. Caractères mesurés sur les collatéraux Les collatéraux sont soumis à un protocole de mesure complet concernant la croissance, l efficacité alimentaire, la composition corporelle et la qualité de la viande. Tous les porcelets envoyés en station seront abattus : le contrôle des performances est effectué sur animal vivant et sur carcasse. Les données suivantes sont mesurées : - Les poids en début et en fin de contrôle - La consommation alimentaire individuelle : pour la mesurer, les stations sont équipées de distributeurs automatiques d aliment qui utilisent un système d identification électronique des animaux et pèsent avec précision la quantité d aliment consommée par l individu à chaque visite. Un logiciel gère toutes les consommations d aliment. L intérêt de ce dispositif est de constater le comportement alimentaire, en donnant une mesure de l IC et de la CMJ dans des conditions d alimentation à volonté et d élevage des animaux en groupe. - La découpe de la 1/2 carcasse et la pesée des morceaux (jambon (JA), longe (LO), bardière (BA), poitrine, épaule) : elle donne des informations de composition corporelle - 3 mesures qualité de viande : ph ultime, réflectance (REFL) et temps d imbibition de différents muscles du jambon (RET). Grâce aux données mesurées au CS, les caractères suivants sont calculés : - La croissance pondérale, estimée par le GMQ entre 35 et 100 kg - L efficacité alimentaire mesurée par l IC entre 35 et 100 kg, grâce à l utilisation de distributeurs automatiques d aliment (ACEMA) - L appétit en engraissement mesurée par la CMJ = poids moyen d aliment consommé quotidiennement par animal, calculé grâce à l utilisation des automates - La TVM, estimée à partir du poids des morceaux de la découpe normalisée ajustés à 100 kg de poids vif : TVM = (1.197*JA) + (1.076*LO) - (1.059*BA) - Le RDT = poids de carcasse avec tête / poids vif départ abattoir - L IQV, estimé à partir d une combinaison linéaire des mesures faites sur la qualité de viande : IQV = ph RET REFL. 40 Tous les caractères sont ensuite exploités en écart à la moyenne de la bande de contrôle. Rôles des stations de contrôle de performances - L utilisation des stations permet de concentrer toutes les mesures que l on ne peut généraliser à l ensemble des élevages de sélection, c est-à-dire : les plus difficiles et/ou coûteuses à réaliser ne pou-

42 Longe Épaule Jambon Poitrine Pied avant Pied arrière Hampe Panne Figure 26 : Découpe normalisée de la 1 / 2 carcasse (photo INRA) vant être effectuées à grande échelle celles nécessitant l abattage des animaux : le CS permet de collecter des informations sur la composition corporelle et la qualité de viande. Les stations apportent ainsi leur concours à l objectif d amélioration génétique pour les caractères de croissance, de carcasse et de qualité de viande. - Les 3 stations apportent donc des informations indispensables et complémentaires à celles du CF. En effet, les résultats des stations et fermes sont centralisés dans la banque de données puis exploités conjointement dans l évaluation BLUP pour le calcul des VG. - Chaque candidat à la sélection présent dans un élevage de sélection a un certain nombre d apparentés plus ou moins proches contrôlés en station qui vont lui apporter de l information complémentaire. Ainsi, le CS augmente la précision de l évaluation des futurs reproducteurs d élite contrôlés en élevage. - Elles contribuent également aux connexions génétiques entre les élevages participant au BLUP. Ces connexions, établies non seulement par l envoi d animaux en station mais aussi par l usage de l IA, sont une condition indispensable pour que les VG fournies par le BLUP soient comparables d un élevage à l autre. - Elles permettent des recherches appliquées dans le domaine de la génétique. - Les stations contribuent à produire des références génétiques. - Elles permettent de suivre les conséquences de la sélection, notamment sur les caractéristiques des carcasses et la qualité de viande. LA QUALITE DE L INFORMATION La qualité du contrôle et des informations fournies permet de garantir une évaluation génétique optimale. Pour cela, il est important que les données soient fiables et que les informations soient régulièrement transmises au site central. Fiabilité des données enregistrées Pour que les données fournies soient le plus fiable possible, le contrôle des performances doit être fait le plus rigoureusement possible. Cette rigueur comprend : - la qualité des généalogies - le respect du protocole de contrôle et des méthodes de mesures - la saisie correcte des informations. Selon le cahier des charges (annexe 11), le Livre Généalogique prend les mesures nécessaires pour s assurer de la fiabilité des informations généalogiques et de contrôle de performances qui lui sont communiquées par ses adhérents. Pour que les informations généalogiques soient fiables, il est indispensable que l identification des animaux soit pérenne et que les documents contenant les renseignements généalogiques soient rigoureusement tenus. Dans ce cadre, la mise en place d un contrôle de paternité sur tous les verrats destinés à la sélection permet une vérification, a posteriori, des informations généalogiques. En effet, des erreurs dans la filiation engendrent des biais dans l évaluation des VG pouvant avoir de lourdes répercutions dans le cas de verrats largement diffusés. Le contrôle de paternité permet de tester la fiabilité des données afin de détecter une éventuelle incompatibilité pèrefils. Le cas échéant, le jeune verrat sera retiré du circuit de la sélection. 41

43 La Sélection Porcine Collective en France / Le protocole de contrôle des performances La collecte des informations issues du contrôle en ferme est assurée sur le terrain par des techniciens spécialisés de groupement ou d OSP. Il est nécessaire qu ils aient accès à des formations afin d harmoniser leur travail et garantir ainsi une qualité homogène aux données collectées sur l ensemble du territoire français. Malgré tout, des erreurs d enregistrement de données peuvent être faites et être à l origine d incohérences entre les informations. Dans ce cas, il est alors nécessaire de vérifier notamment : - que les dates enregistrées suivent bien un déroulement logique - que les différents effectifs de porcelets soient cohérents pour une truie donnée - qu il n y ait pas de valeurs aberrantes pour les mesures enregistrées lors du contrôle. Le document en annexe 20 permet de faire ces vérifications. Informations régulièrement centralisées Le dispositif d amélioration génétique français s appuie sur un ensemble de contrôles de performances réalisés en station ou en ferme. L évaluation génétique par la méthode du BLUP-modèle animal est réalisée tous les mois sur les informations issues de ces contrôles. Les données de chaque élevage de sélection doivent alors être impérativement et systématiquement envoyées tous les mois avant la date fixée par l ITP. L ensemble des services permet à chaque éleveur de quantifier les performances de ses animaux et d avoir accès à des reproducteurs de qualité connue et reconnue. Au plan collectif, ces dispositifs ne trouvent leur pleine expression que s ils sont mis en œuvre de façon cohérente au service d objectifs précis et rigoureux d évolution génétique de chacune des races. La qualité de l information et l efficacité du circuit de cette information jusqu au site central sont capitales pour le bon fonctionnement de l évaluation nationale et l efficacité de la sélection. 42

44 génétique L'Évaluation LES Principes de l évaluation génétique L évaluation génétique joue un rôle très important dans l amélioration génétique des espèces domestiques. Elle fournit en effet une estimation de la valeur génétique additive vraie de chaque candidat à la sélection, à partir des données recueillies sur les performances du candidat lui-même et d animaux qui lui sont apparentés. La valeur génétique additive A correspond à l ensemble des effets individuels de chaque allèle, contribuant à la production P. Un géniteur ne transmet à sa progéniture que la moitié de ses allèles : il transmet donc en moyenne la moitié de l ensemble des effets de chacun de ses allèles, c est-à-dire 1 / 2 A. L amélioration des caractères quantitatifs va s appuyer sur ce concept de valeur additive. Toutefois, la valeur génétique additive vraie (VGA) reste toujours une inconnue. L évaluation génétique permet alors de modifier le niveau génétique des populations, par le biais des liaisons statistiques qui existent entre les VGA et les valeurs génétiques estimées (VGE, fréquemment appelées VG). Pour estimer la VG des candidats, mais aussi des géniteurs actifs, il est indispensable de décrire la population des candidats. Les seules «observations» sont des mesures de production et des relations de parenté entre les individus. C est à partir de ces 2 sources d informations qu est bâtie l amélioration génétique dans son ensemble. Il existe une autre source potentielle d information basée sur la génétique moléculaire qui ne sera pas présentée dans ce document. Néanmoins, à l avenir, les méthodes d évaluation génétique valoriseront également les typages moléculaires (marqueurs, QTL ) en plus des performances et des généalogies. Au préalable, le calcul de la VG nécessite également de connaître deux autres types de données caractéristiques de chaque population globale pour les objectifs de sélection : - les paramètres génétiques (appelés coefficients techniques), c est-à-dire les héritabilités h 2 et les corrélations génétiques r A des caractères pris en compte, - les pondérations (économiques ou autres) accordées à chacun des objectifs de sélection. L héritabilité (h 2 ) est un paramètre qui indique la part des effets génétiques additifs dans la variation de chaque caractère. Elle indique si un caractère est plus ou moins «transmissible» des parents aux descendants, ou, en d au-tres termes, le degré de ressemblance entre parents et descendants pour un caractère donné. h 2 varie entre 0 et 1 : plus sa valeur est élevée, plus la sélection sera efficace. Une valeur de 0 indique que les différences observées entre animaux pour ce caractère ne se transmettent pas à la descendance. Pour les caractères de reproduction, l héritabilité est généralement faible (<0,2), pour les caractères de production, elle est plutôt intermédiaire (0,2 à 0,4) et elle est forte pour ceux ayant trait à la composition ou à la qualité du produit (>0,4). La corrélation génétique (r A ) exprime le degré de ressemblance ou d antagonisme génétique entre deux caractères quantitatifs différents. Elle varie entre - 1 et + 1. Une valeur proche de 0 entre deux caractères A et B signifie que la sélection sur le caractère A n aura pas de conséquences génétiques sur le caractère B (absence d association entre les 2 caractères et donc indépendance entre les VG pour les 2 caractères). Par contre, une corrélation génétique élevée entre deux caractères A et B indique que la sélection pour le caractère entraînera une réponse corrélative (favorable ou défavorable) pour le caractère B. La connaissance de ces liaisons génétiques entre caractères est primordiale pour choisir une politique de sélection et prévoir la réponse dans le cas d une sélection basée sur plusieurs critères. L évaluation génétique des candidats est faite en couplant les coefficients techniques (h 2 et r), permettant une description génétique de la population globale, avec les mesures de production et de parenté des candidats. Les différentes mesures réalisées sur les animaux vont alors être combinées en un critère unique, afin de classer les candidats à la sélection, c est-à-dire les animaux parmi lesquels seront triés les futurs reproducteurs. Ce critère unique, correspon- 43

45 La Sélection Porcine Collective en France / L évaluation génétique 44 dant à la VG, est appelé indice (ou index) de sélection. Ainsi, le dispositif d évaluation génétique est la clef de voûte de tout le fonctionnement de l amélioration génétique. C est sur les résultats de cette évaluation que s effectuent tous les choix de reproducteurs destinés à créer ou diffuser un progrès génétique identifié. Ce chapitre présente tout d abord la méthode des indices de sélection, utilisée jusqu au début des années 90, puis celle du BLUP modèle-animal, méthode actuelle de référence. LES Indices de sélection Principe Elimination des effets environnementaux dans les données brutes Les mesures de production utilisées sont des données de terrain, influencées par le génotype, mais aussi par les effets de l environnement. Il est donc essentiel de séparer les effets du milieu des effets génétiques afin de les éliminer de l estimation de la VG. Grâce à des facteurs correctifs, un important travail d harmonisation et de correction des données brutes est alors réalisé avant l évaluation afin d écarter les sources de variation non génétique des performances. Cette étape préliminaire est déterminante pour assurer des comparaisons non-biaisées entre les candidats. Evaluation génétique Lorsque les données brutes ont été ajustées pour tous les facteurs non génétiques non aléatoires, l évaluation génétique est effectuée pour calculer l indice de sélection I. L indice I est une combinaison linéaire de performances mesurées sur le candidat α ou des apparentés. Dans les formules suivantes, P (performance, production ou phénotype) et A (valeur génétique additive d un candidat) sont exprimées en écart à la moyenne des contemporains. P = production du candidat - production moyenne de la population A = VG du candidat - VG moyenne de la population b = coefficients de l indice (= h 2 ou une fonction de h 2 ) : il détermine le poids relatif des différentes informations Pour un caractère quantitatif La performance pour le caractère à évaluer génétiquement est mesurée sur une série d animaux de parenté connue. Iα est une estimation de Aα, la valeur additive du candidat pour ce caractère quantitatif. b 1 = héritabilité du caractère = h 2 1 ou une fonction de h 2 1 Pour 1 candidat α (Pα = sa propre performance propre sur le caractère) : I α =b 1 P α Pour 1 candidat α et ses parents (production P 2 et P 3 de ses 2 géniteurs) : I α =b 1 P α + b 2 P 2 + b 3 P 3 Pour 1 candidat α et ses n apparentés (productions P 1,P 2,..,P n des parents 1,2,..,n du candidat pour un même caractère) : I α =b 1 P 1 + b 2 P b n P n En pratique, on recherche l indice Ia (ou plutôt les coefficients b de l indice) tel que la corrélation ria entre Ia et Aa soient maximales. Cela revient à chercher les valeurs de b qui maximisent ria, considérée comme une fonction d autant de variables qu il y a de sources d information différentes dans l indice. On aboutit à un système d équations linéaires à résoudre qui s écrit, pour 2 sources d information : b1 V(P1) + b2 cov(p1,p2) = cov (Aa,P1) b 1 cov(p 1,P 2 ) + b 2 V(P 2 ) = cov (Aα,P 2 ) où b 1 et b 2 sont les inconnues. Pour k caractères quantitatifs de l objectif Dès que l on utilise plus de 2 sources d informations dans l indice, il devient indispensable de recourir à l informatique pour calculer les coefficients. Pour un candidat α : I α =b 1 P 1 + b 2 P b k P k (performances P 1, P 2,, P k des caractères 1,2,..k mesurés sur le candidat ou sur ses apparentés) Le calcul des coefficients b repose sur le même principe que dans le cas d un seul caractère quantitatif. L analyse simultanée de plusieurs caractères permet à tout individu d être évalué pour tous les caractères. On estime donc, en une seule étape, un indice de sélection unique I pour l ensemble des k caractères d intérêt, qui sont pondérés selon leur importance relative, v. Définir H, l objectif de sélection, est donc un choix complexe car c est décider des caractères à inclure et de leurs poids respectifs (les pondérations v). La pondération la plus simple est la différence entre la recette et le coût correspondant à l augmentation de la valeur additive de une unité (valeur nette par unité). L indice I est une estimation de H, et non plus de A : H = v 1 A 1 + v 2 A v k A k I = v 1 I 1 + v 2 I v k I k (avec I 1 = b 11 P 1 + b 12 P b 1x P x pour évaluer le caractère 1, en utilisant l information disponible sur les x caractères mesurés). I 1 est une estimation de A 1. Le Coefficient de Détermination (CD) décrit la précision, la qualité de la prédiction des indices de sélection : var(i) CD = var(h)

46 Tableau 4 : Avantages et inconvénients des indices de sélection Intérêts Limites si les paramètres génétiques sont connus, la moyenne des contemporains est connue meilleure estimation linéaire maximise la probabilité de classement correct des candidats intérêt opérationnel : simplicité d utilisation pas d utilisation exhaustive de l information (puisque tous les apparentés ne sont pas pris en compte) : d où une perte de précision dans l estimation de la VG pas de prise en compte des différences de niveau génétique entre groupes de contemporains : d où un biais dans l estimation des VG la précision (CD) est surestimée : elle ne prend pas en compte l incertitude liée à l estimation de la moyenne des contemporains Indices usuels pour un caractère Les types d évaluation les plus communs sont fondés sur les performances des plus proches parents du candidat. Le tableau suivant présente les indices et précisions de ces évaluations. La répétabilité r indique dans quelle mesure 2 productions successives du même animal se ressemblent, toutes causes confondues (corrélation entre 2 productions successives). PDF, PF, et PD sont respectivement la moyenne des productions de p demi-frères, de p frères ou de p progénitures du candidat α. Chaque apparenté du candidat a contribué à la moyenne correspondante par une seule mesure de production (il n y a pas de répétabilité). La pondération la plus forte est accordée à la mesure P α prise sur le candidat lui-même. Il faut évaluer un certain nombre de frères ou demi-frères pour atteindre une précision équivalente à celle de l évaluation individuelle d un candidat (une mesure du candidat). L évaluation sur ascendance est toujours moins précise que l évaluation individuelle. En revanche, elle permet de disposer d une évaluation du candidat avant sa propre naissance. A l opposé, l évaluation sur descendance nécessite d attendre que le candidat se reproduise et que sa descendance Tableau 5 : Indices usuels pour un caractère Type d évaluation Indice (Iα) Précision Précision maximale théorique (si n=p= ) Individuelle (1mesure par caractère) h 2 P α h h Individuelles (n mesures par caractère) : répétabilité nh (n -1) r P α h n 1 + (n -1) r h r Sur collatéraux (p demi-frères) ph (p -1)h 2 PDF 1 2 ph (p -1)h 2 1/2 Sur collatéraux (p frères) ph (p -1)(h 2 +2c 2 ) PF 1 2 ph (p -1)(h 2 +2c 2 ) 1 2 h h 2 +2c 2 Généalogique ou sur ascendance (père et mère) h 2 Pp + h2 Pm 2 2 h 2 h 2 Sur descendance ou progéniture (p filles) 2ph 2 PD ph (p -1)h (p -1)h 2 1 c 2 = corrélation d origine non génétique entre performances des frères ou sœurs, en raison des influences du milieu commun (ex : effet maternel dans une portée). c 2 augmente la corrélation entre leurs phénotypes. r = répétabilité (dans le cas où l on répète les observations sur un animal, ex : taille de portée) : comprise entre 0 et 1. 45

47 La Sélection Porcine Collective en France / L évaluation génétique soit en production. La faisabilité pratique est donc faible. L intérêt de cette méthode réside toutefois dans la précision quasi absolue que l on obtient si un candidat a une progéniture de taille importante. Exemples Pour 1 caractère Le tableau 6 indique pour 3 valeurs de h 2 et r et pour 3 évaluations sur collatéraux ou descendance, le nombre d apparentés qu il faudrait évaluer pour obtenir une précision équivalente à celle obtenue par l évaluation individuelle (à partir d une ou de 3 mesures répétées de répétabilité r) Par exemple, si h 2 =0,1 et r =0,3, évaluer un candidat d après 9 de ses descendants ou 12 de ses frères ou 117 de ses demi-frères se fera avec la même précision (0,43) que celle obtenue avec 3 mesures du candidat (ex : 3 portées). Pour 2 caractères On cherche à estimer A1, la valeur additive du GMQ par l indice I=b 1 P 1 + b 2 P 2 où P 1 est la performance du GMQ et P 2 l épaisseur de lard dorsal de chaque candidat, avec les paramètres génétiques suivant : - corrélation phénotypique nulle entre les 2 caractères : r P = 0 - corrélation génétique entre les 2 caractères : ra = - 0,3 - héritabilités : h 2 GMQ = 0,25 et h2 ELD = 0,49 - variances phénotypiques : V (GMQ) = 0,04 et V (ELD) = 1 En appliquant les principes de calcul présentés précédemment, on aboutit au système d équation suivant : 0,04b 1 + 0b 2 = 0,01 0b 1 + 1b 2 = 0,021 On en déduit l'indice I = 0,25 P 1-0,021 P 2 Le BLUP Principe Contrairement aux indices de sélection, la méthodologie du BLUP suppose qu on ne peut pas précorriger des données brutes pour des effets de milieu (troupeau, année ). Ces effets fixés sont estimés en même temps que les VG (effets aléatoires). Spécificités, définitions Le BLUP (= Best Linear Unbiased Predictor = «meilleur prédicteur linéaire non-biaisé») est une méthode de calcul complexe, dans laquelle la VG d un animal est estimée en prenant en compte les performances de l ensemble des animaux qui lui sont apparentés de près ou de loin : collatéraux, ascendants, cousins, descendants le cas échéant Avec le BLUP, tous les apparentés d un animal contribuent plus ou moins à son indice. On parle alors de «Modèle Animal» pour décrire une analyse globale de toutes les performances réalisées au sein d une population d animaux reliés par des liens de parenté. Le calcul de l indice nécessitait l élimination des effets des facteurs environnementaux avant l évaluation. Le BLUP, quant à lui, prédit simultanément les effets des facteurs de l environnement et des facteurs génétiques sur les performances observées, ce qui permet d augmenter la précision du classement des animaux. Contrairement aux indices, la quantité d informations utilisée pour calculer la VG de chaque animal est variable d un animal à l autre. De plus, pour un animal donné, cette quantité d informations disponible augmente avec le temps. De cette quantité d informations variable dépend la précision avec laquelle la valeur génétique est estimée. Chaque VG publiée est donc accompagnée de son Coefficient de Détermination (CD), compris entre 0 et 1 et qui traduit le niveau de précision. Le principal avantage pratique du BLUP est que les VG de tous les animaux d une même PAS sont comparables à un moment donné, même s ils n ont pas le même âge ou s ils détenus par des élevages différents. Le détail des calculs du BLUP n est pas développé dans ce document mais peut être consulté dans d autres textes (Minvielle, 1990 et Ducos, 1994). Alors que l indice classique s obtient à partir de la décomposition de la mesure de production selon le modèle linéaire P=A+E, l indice BLUP s estime à partir du modèle mixte P=A+N+E, où N représente la série des effets de milieu bien identifiés (troupeau, année, région ) qui s exprime de façon contemporaine à la valeur additive A. Le modèle Tableau 6 : Exemple pour un caractère 46 h 2 Précision de l évaluation Nombre p d apparentés à mesurer pour obtenir les mêmes individuelle précisions par l évaluation sur : r 1 mesure par 3 mesures par candidat candidat demi-frères frères descendants 0,1 0,3 0,32 0, ,3 0,5 0,55 0,67 impossible ,6 0,8 0,77 0,83 impossible impossible 9 13

48 mixte doit donc son nom au fait qu il comprend des effets aléatoires environnementaux E et des effets fixés N. Indice BLUP = Y ijk = µ + t i + p j + e ijk µ = production moyenne de la population = constante t i = effet fixe du troupeau = élevage (ou station) x année x bande p j = effet aléatoire du géniteur = contribution moyenne de chaque géniteur à sa progéniture (la moitié de la valeur additive) e ij = effet aléatoire résiduel, dit de l environnement, commun aux individus de la même portée inégale des observations à travers les effets fixes) moins l indice de sélection est approprié et plus le BLUP est à recommander. VG se situe dans [I1 ; I2] avec une probabilité X VG se situe en dehors de [I1 ; I2] avec une probabilité 1-X En résumé, le BLUP : - estime la VG de chaque candidat à la sélection à partir de : ses performances propres celles de tous ses apparentés (collatéraux, ascendants et descendants le cas échéant) quel que soit l élevage où ils se trouvent - estime conjointement les effets génétiques et les effets du milieu afin de les dissocier - fournit des VG non biaisées et comparables d un élevage à l autre et dans le temps. Avantages et inconvénients du BLUP - comparaison avec l indice (tableau 7) Le BLUP est une méthode plus précise que l indice et qui présente de nombreux avantages Par ailleurs, plus les données sont déséquilibrées (nombre inégal d observations entre les candidats, répartition I1 I2 VG = valeur la plus probable de la distribution Figure 27 : Représentation graphique de l intervalle de confiance autour d une VG estimée Précision de l estimation : Coefficient de Détermination (CD) Idéalement, l index de sélection devrait aboutir exactement au même classement des candidats que celui que l on obtiendrait si l on avait accès aux valeurs génétiques vraies. Malheureusement, ce n est pas le cas. Dans le BLUP, comme pour l indice classique, les VG calculées ne sont que des estimations. Il est alors essentiel de calculer un coefficient de détermination (CD) décrivant la précision de l estimation de la VG correspondante, d autant plus que la quantité d information utilisée varie d un animal à l autre. Le CD permet de calculer l intervalle de confiance associé à chaque VG : plus le CD se rapproche de 1 et plus la VG est précise, donc fiable (voir figure 27). Tableau 7 - Comparaison entre l indice et le BLUP Le BLUP L indice Il permet une dissociation des effets de milieu Il reste affecté par les effets de milieu et des effets génétiques (permise par l estimation simultanée des deux effets) Il prend en compte les informations sur Il prend en compte les informations sur les Avantages du tous les apparentés apparentés les plus proches BLUP par rapport VGE comparables dans l espace Indices non comparables dans l espace aux et dans le temps ni dans le temps indices* Meilleure estimation linéaire non biaisée Estimation moins précise de la VG d un animal pour un caractère donné Meilleure efficacité quand l héritabilité Faible efficacité sur les caractères est faible (ex : taille de portée) : peu héritables avantage pour les caractères peu héritables Meilleure précision des valeurs génétiques prédites (= VG BLUP intra-troupeau) Inconvénient Méthode exigeant des calculs complexes Calculs plus simples (mais moins précis) *(uniquement si la répartition des performances dans les différents milieux est équilibrée) 47

49 La Sélection Porcine Collective en France / L évaluation génétique Plus précisément, le CD est relié à la quantité d information utilisée pour estimer la VG : plus la quantité d informations enregistrées est importante (sur les candidats et leurs apparentés), plus le CD est élevé et plus l intervalle de confiance se resserre autour de la VG estimée. Ex : Signification du CD d une VG reproduction (taille de portée) : Verrat avec 4 filles ayant chacune 1 portée VG = +2 CD = 0,4 [I1 ; I2] 95 = [0,54 ; 3,46] [I1 ; I2] 99 = [0,08 ; 3,91] Verrat avec 200 filles ayant chacune 1 portée VG = +2 CD = 0,98 [I1 ; I2] 95 = [1,73 ; 2,27] [I1 ; I2] 99 = [1,65 ; 2,35] Avec un risque de 5 % d erreur, la VG réelle inconnue se situe dans un intervalle entre 1,73 et 2,27 pour le verrat avec 200 filles. La précision est moins bonne pour celui avec 4 filles. Evolution des Valeurs Génétiques VG globale VG croissance VG carcasse VG qualité de viande valeurs génétiques janv févr mars avr mai juin juil août sept oct nov Nombre de descendants contrôlés janv févr mars avr mai juin juil août sept oct nov Animaux en ferme Animaux en station année 2002 CD Evolution du Cœfficient de Détermination janv févr mars avr mai juin juil août sept oct nov CD global CD croissance CD carcasse CD qualité de viande 48 Figure 28 : Evolution des valeurs génétiques et des CD d un verrat en relation avec le nombre de ses descendants contrôlés en ferme et en station

50 L Application au dispositif collectif d évaluation génétique en France Lorsque la liste des objectifs de sélection a été définie, il faut estimer la VG de chaque animal en utilisant diverses sources d informations, collectées sur le terrain selon des procédures d enregistrement bien définies (voir chapitre «Le protocole de contrôle des performances»). Les méthodes d évaluation de la VG ont évolué en quelques années : le BLUP est devenu rapidement la méthode de référence. Le BLUP est une évaluation multicritère «combinée» (prenant en compte les performances mesurées en ferme et en station) calculée tous les mois, pour toutes les PAS. Historique des méthodes d évaluation appliquées et des objectifs Depuis 1966, on a assisté à des modifications dans le contrôle des performances, engendrant des différences dans la nature de l évaluation génétique (voir l historique au chapitre «Organisation de la sélection collective») : Calcul d indice de sélection individuel sur les performances propres par un contrôle individuel des verrats en station. L objectif est d améliorer les caractères de production. Ils ont l avantage de pouvoir être mesurés directement, ou estimés avec une précision suffisante, sur l animal vivant. Mais la sélection individuelle sur ce type de caractère a l inconvénient d induire des réponses génétiques défavorables pour divers critères de qualité de la viande, notamment sa qualité technologique : Calcul d indice de sélection combiné par un contrôle combiné des verrats en station. Le contrôle individuel des verrats est complété par un contrôle en station d un collatéral (frère ou sœur de portée) abattus, permettant un gain de précision. Ce contrôle est alors utilisé dans l évaluation du candidat, notamment pour la composition corporelle (TVM). Il empêche surtout une baisse de la qualité tout en maintenant des possibilités d amélioration des caractères de production. - Depuis 1994 : mise en place du BLUP-Modèle Animal qui exploite à la fois les données en ferme et en station pour les calculs d évaluation génétique pour les caractères de production et de reproduction. L introduction du BLUP a conduit à des modifications dans l organisation du travail dans les élevages de sélection car toutes les informations issues de tous les élevages doivent être centralisées au niveau d un site unique où est réalisée l évaluation génétique. - Actuellement, en dehors des indices BLUP, seul l indice individuel est toujours calculé (calcul intra-bande sur les performances propres du candidat lors du contrôle en ferme). Système actuel d évaluation : les données exploitées et leur circulation Les données de terrains, informations nécessaires Le dispositif d évaluation génétique fondé sur la méthodologie BLUP a été mis en place pour estimer les VG pour les caractères de production et de reproduction des porcs contrôlés en ferme et en station publique (CF et CS). Les diverses sources d informations sont collectées sur le terrain lors des contrôles de performances (détaillés au chapitre «Le protocole de contrôle des performances»). Le CF et le CS permettent respectivement d enregistrer des performances sur le candidat lui-même et sur ses collatéraux. Ces deux outils de contrôles sont complémentaires et assurent une bonne précision de l évaluation génétique pour l ensemble des caractères sélectionnés : croissance, carcasse, qualité de viande, reproduction (voir tableau 8). Tableau 8 : Nombre d animaux contrôlés pour chacun des objectifs de sélection LWF LF LWM P Nombre d élevages Nombre de portées / an : NVIV - nombre de nés vivants Nombre d animaux contrôlés en ferme : NTF- nombre de tétines fonctionnelles A100 - âge à 100 kg L100 - épaisseur de lard à 100 kg X100 - épaisseur de noix de côtelette à 100 kg dont suivi abattoir : IQV ferme - indice de qualité de viande en ferme Nombre d animaux contrôlés en station : TVM - teneur en viande maigre GMQ - gain moyen quotidien IC - indice de consommation RDT - rendement CMJ - consommation moyenne journalière IQV station - indice de qualité de viande en station 49

51 La Sélection Porcine Collective en France / L évaluation génétique Le fonctionnement au niveau de l élevage Dès la fin des contrôles d une bande en ferme, les informations sont saisies et transmises au site central. A partir des résultats de la dernière évaluation nationale et de ces performances, des VG provisoires sont calculées par le BLUP intra-troupeau pour l ensemble des individus de la bande. Elles permettent une première élimination des candidats les moins performants. Les ultimes décisions de sélection sont prises quelques jours plus tard au vu des résultats nationaux. La chaîne de circulation de l information Chaque OSP est responsable de l envoi à l ITP des données de ses élevages adhérents. Toutes les informations généalogiques et de performances, collectées en fermes, en stations ou en CIA sont ensuite vérifiées puis centralisées (par l ITP et l INRA) pour enrichir la base de données nationale génétique pour réaliser l évaluation génétique. Tous les mois, des données sont extraites de la base nationale et exploitées pour évaluer la VG de tous les animaux présents en sélection. Les résultats sont envoyés aux éleveurs via les OSP et aux CIA. Le choix des futurs reproducteurs est effectué à partir des résultats de cette évaluation. Evaluation nationale : le BLUP L évaluation BLUP nationale, réalisée tous les mois, permet d obtenir, pour tous les animaux de la population (candidats à la sélection ou reproducteurs en service), les diverses valeurs génétiques estimées (VG BLUP) accompagnées de leur précision (CD). Volumes d information utilisés L ensemble des généalogies et des performances mesurées depuis le début de la sélection de chaque population devrait être inclus dans l évaluation génétique. Des études ont toutefois montré que l élimination de l information la plus ancienne a des effets négligeables sur l évaluation génétique des individus, tout en réduisant fortement les temps de calculs (Ducos, 1994). En pratique, on utilise uniquement 5 générations d ancêtres et les 5 et 10 dernières années de performances, respectivement pour les évaluations production et reproduction. Valeurs génétiques estimées Les différentes informations enregistrées lors du contrôle des performances (performances du candidat et de ses apparentés) et les VG nationales des ascendants permettent l estimation des VG. Ainsi, pour chaque candidat à la sélection, on obtient une VG élémentaire pour chaque objectif de sélection (VG GMQ, VG IC, VG CMJ, VG RDT, VG TVM, VG IQV, VG NVIV et VG NTF ) mais également une VG pour différentes combinaisons d objectifs : - la VG croissance (VG CROIS ) est estimée en combinant les VG : GMQ, IC et CMJ - la VG carcasse (VG CARC ) est estimée en combinant les VG : RDT et TVM - la VG production (VG PROD ), ou VG globale pour les lignées mâles, est estimée, en combinant les VG : GMQ, IC, RDT, TVM, IQV et CMJ - la VG globale (VG GLOB ) pour les lignées femelles est estimée en combinant les VG : GMQ, IC, RDT, TVM, CMJ, IQV, NVIV et NTF. La VG globale est une combinaison linéaire de toutes les VG élémentaires de production et de reproduction, pondérées par la valeur économique de chaque caractère de l objectif de sélection (voir chapitre «Les objectifs de sélection»). Pour chaque candidat, on estime la VG d un caractère donné (ex : VG GMQ ) à partir : - de la performance propre de l individu pour ce caractère - des performances des apparentés pour ce caractère - des performances propres de l individu pour les autres caractères - des performances des apparentés de l individu pour les autres caractères. Mise en forme des résultats : standardisation Comme pour les indices de sélection, les VG sont exprimées en écart à une base de référence. Les VG BLUP production sont exprimées en écart à une population de référence dont la VG moyenne est fixée à 100 (moyenne de base 100). Elles sont standardisées de telle sorte que 30 points d indice valent 1 écarttype génétique de l objectif considéré. La population de référence correspond aux individus contrôlés (ferme et station) nés au cours des 3 années précédant l année de naissance des candidats contrôlés actuellement. Ainsi, les Tableau 9 : Volumes d information utilisés dans l évaluation génétique Large Landrace Piétrain Nombre d individus White français Evaluation production évalués (évaluation combinée sur les performances issues du CF et CS) contrôlés Evaluation reproduction évalués (évaluation sur les performances issues du CF) contrôlés

52 animaux moyens ont une VG proche de 100, tandis que les animaux d élite, les 5 % meilleurs par exemple, ont des indices supérieurs à 140. La VG BLUP reproduction (VG NVIV ) et la VG tétines fonctionnelles (VG NTF ) sont exprimées en unité de caractère (nés vivants par portée pour la VG NVIV et tétines fonctionnelles par animal pour la VG NTF ), en écart à une population de référence dont la VG moyenne est fixée à 0. La population de référence concerne les truies en sélection nées au cours des 3 années précédant l année de naissance des plus jeunes truies. Chaque mois, les groupes de références sont décalés d un mois. Calcul de la précision des VG : le CD Les volumes de données étant trop importants pour permettre le calcul exact du CD, des méthodes de calcul approché ont été développées. Dans l ensemble, les valeurs des CD estimés sont extrêmement proches des vraies valeurs. Pour la reproduction, le principe retenu est de calculer le CD comme la précision d un indice de sélection prenant en compte les (éventuelles) performances de l individu, de sa mère, de ses sœurs, de ses filles, ainsi que de ses tantes et demi-tantes. Pour la production, les apparentés considérés dans le calcul des CD sont limités à 2 générations d ascendants et de descendants. Outre la VG des individus, les seuls niveaux d effets considérés sont la bande de contrôle de l individu évalué et l effet d environnement commun à sa portée de naissance, à celle de son père et celle de sa mère. Connexion entre élevages Les connexions sont constituées par les liens génétiques et/ ou par des conditions environnementales de production communes permettant la comparaison de 2 animaux, et donc de leur VGE. Il existe deux manières de connecter un élevage avec un autre : - Faire exprimer les mêmes gènes dans des milieux différents : c est le rôle des verrats de CIA (utilisation d un même verrat dans plusieurs élevages). Un fort taux d IA assure un degré de connexion entre élevages suffisant. - Faire exprimer des gènes différents dans un même milieu : c est le rôle de la mise en station (collatéraux d élevages différents mis dans une même station) (voir figure 29). Des outils mathématiques ont été développés afin de déceler un manque de connexion ou de quantifier l importance de la connexion. Les élevages 1, 2 et 3 sont dit connectés puisque : - Les élevages 1 et 2 ont utilisé un même verrat de CIA (le verrat A) : l élevage 1 est connecté avec l élevage 2 - Les élevages 2 et 3 ont mis des collatéraux dans une même station : l élevage 2 est connecté avec l élevage Centre d'insémination Artificielle Verrat A Elevages de sélection Utilisation du verrat A par l achat de semence Elevage nϒ1 Elevage nϒ2 Elevage nϒ3 Elevage nϒ4 Station publique Mise en station de certains collatéraux Elevages 1, 2 et 3 : connectés Elevage 4 : non connecté Candidat issu du verrat A Candidats des élevages 1 à 4, issus d autres verrats (CIA ou ferme) Figure 29 : Etablissement des différentes connexions entre élevages 51

53 La Sélection Porcine Collective en France / L évaluation génétique 3 - L élevage 2 étant connecté avec les élevages 1 et 3, alors on peut dire que l élevage 1 est également connecté avec l élevage 3 - En revanche, l élevage 4 n a aucune connexion avec les 3 autres puisqu il n utilise pas de verrat de CIA et ne place pas d animaux en station. Pour une efficacité du processus de sélection, il est donc primordial d établir des connexions entre les animaux en utilisant les verrats de CIA et en mettant des collatéraux en station. Conditions à respecter pour une efficacité optimale du système Il est important de respecter certaines conditions pour que l évaluation soit la plus précise possible. Il est nécessaire : - de connaître la généalogie des individus - d utiliser l insémination artificielle, pour connecter les élevages entre eux et pour l amélioration génétique - de mettre des collatéraux en station, pour connecter les élevages entre eux et avoir des informations plus précises sur la qualité de la viande, l appétit et la carcasse - d envoyer régulièrement les informations enregistrées sur les animaux. Evaluation intra-élevage : le BLUP intra-troupeau L évaluation mensuelle correspond à l évaluation nationale, mais une évaluation intra-élevage (ou BLUP intra-troupeau) est effectuée dans chaque élevage après chaque contrôle. Principes du BLUP intra-troupeau L évaluation génétique selon la méthodologie BLUP-Modèle animal engendre un délai entre la fin du contrôle des candidats et le retour de l information génétique en ferme. Le maintien sur l élevage de la totalité des individus contrôlés jusqu à la réception de valeurs génétiques BLUP est cependant économiquement impossible. La mise en place du BLUP intra-troupeau, application du BLUP national, permet alors à l éleveur de repérer et d éliminer, dès la fin du contrôle en ferme, les individus les moins performants, sans attendre les résultats de l évaluation nationale qui arriveront une à quatre semaines plus tard. Le principe du BLUP intra-troupeau est de combiner les VG nationales des parents du candidat issues de la dernière évaluation BLUP nationale («synthétisant» l information de l ensemble des apparentés du jeune candidat déjà évalués) avec les performances propres du candidat contrôlé en ferme (performance en écart à la performance moyenne de sa bande de contrôle), les pondérations dépendant de la précision de chacune des informations. On obtient ainsi, dès la fin de son contrôle, pour chaque candidat une estimation provisoire de sa VG (VG provisoire), bien corrélée avec sa VG BLUP de l évaluation nationale suivante. En effet, le classement des individus d après les valeurs provisoires intra-troupeau est fortement corrélé avec celui obtenu d après les VG de l évaluation nationale suivante (corrélation > 0,9). En revanche, on peut noter que la corrélation entre le classement d après les indices de sélection sur performances propres «classiques» et d après les VG de l évaluation nationale est nettement inférieure (0,60). Cette différence souligne le fait que la méthode du BLUP intra-troupeau est plus fiable que celle des indices de sélection. Calcul des VGE intra-élevage Pour chaque candidat, on combine son indice de sélection individuel sur performances propres (ISEL ind ) avec la moyenne des dernières VG nationales de ses parents (VG asc ). Ces données sont combinées selon leur précision (CD ind et CD asc respectivement). 1 - CDind 1 - CDasc VGEintra = (VGasc-100) + ISELind 1 - CDind CDasc avec VG asc = (VG père + VG mère ) / 2 CD asc = (CD père + CD mère ) / 4 CD ind = constante ISELind = b1 ( ) ( 1 - CDind ) CDasc ( ) A100ind - A100 σ (A100) + b2 ( ) L100ind - L100 σ (L100) Tableau 10 - Résumé concernant le BLUP intra-troupeau VG provisoire (VG intra-troupeau) obtenue pour chaque candidat en combinant : Principe - les performances propres de chaque candidat à la sélection contrôlé en ferme (A 100, L 100, X 100 ) - les VG nationales les plus récemment obtenues pour ses parents (= à la dernière évaluation nationale) Intérêts du BLUP fournir des VG intra-troupeau disponibles dès la fin du contrôle de la bande : permet un classement et tri rapide des candidats intra-troupeau fortes corrélations de rangs avec les résultats de l évaluation BLUP nationale ( 0,9) 52 Limites par rapport à l évaluation les performances des germains et demi-germains contemporains ne sont pas prises en compte dans l estimation VG intra-troupeau, ce qui peut être important lorsque les parents sont jeunes (leur CD étant faible) l effet du milieu est estimé de manière imprécise (performances moyenne de la bande de contrôle)

54 L'Optimisation de la sélection Toutes les informations collectées et enregistrées lors des contrôles de performances sont indispensables pour faire ultérieurement le travail d évaluation génétique. C est à partir de cette évaluation génétique que le travail de sélection prend toute son importance, sans toutefois oublier qu on ne sélectionne pas les animaux uniquement sur leur génotype, mais également sur leur phénotype. Dans le choix des futurs reproducteurs, plusieurs types d informations sont utilisables en diverses étapes : - l indice intra troupeau, calculé à partir des performances individuelles de chaque candidat : il permet de trier les animaux en fonction de leurs performances propres, sans tenir compte de celles de leur ascendance. En effet, rien n empêche un sélectionneur de garder un animal avec des performances individuelles exceptionnelles, même si celles de son ascendance sont moyennes. - les VG provisoires, appelées VG intra-troupeau, estimées en combinant les performances individuelles de chaque candidat et les VG nationales de leurs parents, de la dernière évaluation BLUP nationale. Ces VG constituent un outil de travail plus élaboré que l indice puisqu elles permettent de repérer les candidats combinant de bonnes performances propres et de bonnes performances sur leur ascendance. - les VG nationales obtenues à partir des performances de candidat et de tous leurs apparentés, informations issues des contrôles en ferme et en station. - autres observations d ordre phénotypique, ne rentrant pas en compte dans l estimation des VG en tant que telle (pointage, maladies, anomalies ). Les VG nationales sont également essentielles dans le choix des verrats à utiliser, dans le choix des reproducteurs à réformer et dans la réalisation du plan d accouplement. Globalement, l idée essentielle du travail de sélection est de classer les animaux des plus au moins performants. L objectif principal du BLUP est d aboutir à ce classement le plus objectivement possible, en dissociant les effets génétiques des effets de l environnement. L indice et le BLUP intratroupeau donnent un classement intra-bande, alors que le BLUP national fournit un classement général. Les décisions de sélection Les décisions de sélection sont prises sur les objectifs de sélection, via la VG globale du candidat, mais également sur d autres données le concernant. Suivant les performances de chaque candidat, les animaux seront destinés à la sélection (en auto-renouvellement ou en CIA), à la multiplication ou à l abattoir. Dans la pratique, la méthode généralement adoptée est une sélection en plusieurs étapes possibles, à savoir : - Une étape préliminaire de tri avant le contrôle : elle permet de castrer une proportion de mâles et/ou de vendre des porcelets en fonction des capacités de contrôle - Un 1 er tri lors du contrôle en ferme : il se fait surtout sur des critères morphologiques - Un 2 ème tri sur les résultats du BLUP intra-troupeau : choix des reproducteurs essentiellement en fonction de la VG globale intra-troupeau, tendant à maximiser la réponse pour l ensemble des caractères de production et de reproduction - Un 3 ème tri sur les résultats de l évaluation nationale : cette étape sert essentiellement à confirmer les destinations choisies précédemment. A chaque étape, les pressions de sélection et les critères de sélection sont différents. Choix préliminaires Suivant la stratégie adoptée par l éleveur, il est possible de pratiquer un tri préliminaire sur les candidats à la sélection alors qu ils ne sont encore que des porcelets. Dans ce cas, ces choix préliminaires au contrôle sont effectués pour plusieurs raisons possibles : - permettre de castrer une proportion des mâles, surtout lorsque la pression de sélection est forte - permettre de vendre des porcelets surnuméraires - mettre des porcelets en station lorsque les dates d entrée correspondent. 53

55 La Sélection Porcine Collective en France / L optimisation de la sélection Castration/vente précoce Lorsque très peu de mâles sont gardés en sélection à l issue de l évaluation génétique, la castration d une certaine proportion de porcelets s avère intéressante. En effet, des mâles castrés ne seront pas déclassés à l abattoir. Dans ce cas, il est impératif de procéder au tri préliminaire dès le plus jeune âge, la castration des porcelets devant être pratiquée avant 4 semaines d âge (Arrêté du 20 janvier 1994, annexe 14). Le sélectionneur peut effectuer cette première sélection pendant l identification des animaux ou lors du sevrage s il est fait à 28 jours au maximum. Mises en station Chaque sélectionneur du programme collectif est tenu de fournir des porcelets aux stations et de faire coïncider une mise en station avec le contrôle en ferme d une bande de mâles. En tenant compte des exigences des stations et des recommandations détaillées au chapitre «Envoi de porcelets en station», l éleveur doit faire un tri pour déterminer les porcelets à envoyer en station. L idéal est alors de choisir : - 1 porcelet par portée - des porcelets issus de verrats peu connus - les porcelets les plus représentatifs de leur portée. Le but étant d obtenir une valeur représentative de la VG des verrats et des candidats, il faut éviter d envoyer des animaux situés en tête de portée ou en queue de portée. Choix des futurs reproducteurs 54 Les mâles retirés du circuit de la sélection sont alors choisis en fonction de différents critères possibles, par exemple : - VG globale attendue de la portée (correspondant à la moyenne des VG globales des 2 parents) trop faible : tous les mâles de la portée peuvent être éliminés - Nombre de tétines de l animal insuffisant - Portée avec anomalie (dans ce cas, tous les mâles, voire tous les porcelets, sont en général éliminés). Les mâles éliminés peuvent alors être identifiés uniquement de l indicatif de marquage. Ils seront ensuite castrés rapidement, engraissés puis envoyés à l abattoir. Les femelles sont moins concernées par les choix préliminaires. En effet, la pression de sélection est moins forte et elles n ont pas l inconvénient d un déclassement à l abattoir. Si toutefois un tri est effectué, la proportion de femelles éliminées de la sélection à ce stade sera faible. Parallèlement, ces choix préliminaires peuvent également permettre de vendre des porcelets à des engraisseurs par exemple. Ce type de débouché s avère utile dans le cas où les capacités en engraissement sont insuffisantes. Pendant le contrôle en ferme Lors du CF, deux types de stratégies sont possibles : - les candidats sont contrôlés sans aucune procédure de tri - les animaux subissent un 1 er tri dès leur passage au contrôle. Toutefois, quelle que soit la stratégie adoptée, il est important de rappeler que tous les animaux doivent être contrôlés. La procédure de tri lors du CF est basée essentiellement sur des critères morphologiques, mais les VG peuvent néanmoins être prises en compte dès cette étape. Les principaux critères de rejet rencontrés sont les suivants : - poids de l animal trop faible - nombre et/ou qualité des tétines insuffisants : dès qu une fausse tétine est observée dans une même portée, tous les mâles sont en général éliminés - problème d aplomb (note APO) - problème de conformation (note DLJT) - présence d anomalie : une anomalie observée chez un animal peut suffire pour éliminer tous les mâles de la même portée. Cette sélection, à caractère facultatif, constitue donc un tri essentiellement morphologique, permettant d écarter les animaux qui de toute évidence ne seront pas gardés comme reproducteur, ni en sélection, ni en multiplication. Ces animaux seront envoyés à l abattoir dès qu ils auront atteint un poids suffisant. Après le contrôle en ferme : BLUP intra-troupeau Le BLUP intra-troupeau Dès que toutes les informations recueillies lors du CF sont enregistrées sur informatique, le BLUP intra-troupeau calcule une première estimation des VG des candidats (principes de la méthode au chapitre «Évaluation intra-élevage : le BLUP intra-troupeau»). C est à partir de ces VG

56 Figure 30 : Exemple de fiche de résultats de l évaluation BLUP intra-troupeau (Delta G) provisoires que s effectue le principal tri des candidats pour déterminer ceux qui seront conservés ou éliminés de la sélection. Le principe de tri des candidats Dès que les résultats du BLUP intra-troupeau sont disponibles, le sélectionneur et/ou le technicien de groupement peuvent débuter la procédure de tri des animaux. Les résultats sont souvent présentés sur une fiche présentant le maximum de données (voir figure 30). La destination de chaque candidat est alors choisie en fonction des résultats qu il obtient. Dans un premier temps, il est indispensable de travailler sur la VG globale intra-troupeau : c est la méthode de sélection optimale, c est-à-dire celle avec le meilleur progrès génétique. La VG globale est une combinaison de toutes les VG élémentaires estimées. Les candidats en dessous de la valeur seuil fixée ne seront alors pas gardés à l étage de sélection. Outre cette méthode sur la VG globale, qui est un indice synthétique, il existe en effet 2 autres méthodes de sélection pour plusieurs caractères, celles du tandem et des niveaux de rejet indépendants. La méthode du tandem consiste à faire la sélection pour chaque caractère en alternance, c est-à-dire pour un seul caractère à chaque génération. L avantage principal de cette méthode réside dans sa simplicité de réalisation mais il est difficile d obtenir un progrès génétique optimal. Avec la méthode des niveaux de rejet indépendants, un candidat est gardé seulement si ses VG dépassent toutes les valeurs seuils préalablement choisies pour les caractères à sélectionner. Concrètement, elle consiste à fixer des valeurs seuils sur des VG élémentaires (ex : VG reproduction et VG croissance), au lieu de fixer un seuil sur la VG globale, et à ne garder que les candidats dépassant ses valeurs seuils pour les 2 caractères. L intensité de sélection optimale à appliquer pour chaque caractère est cependant difficile à déterminer. En théorie, il a été montré que la méthode du tandem entraînait un progrès génétique toujours inférieur à celui obtenu par les niveaux de rejet indépendants, lui même inférieur à son tour à celui obtenu avec la sélection sur la VG globale. La sélection sur la VG globale est plus efficace que la sélection sur des VG élémentaires ou sur les indices de performances individuelles. C est pourquoi, aucune recommandation ne sera donnée sur les VG élémentaires puisque seule la sélection sur la VG globale est recommandée. Une stratégie intermédiaire peut toutefois être adoptée en sélectionnant sur la VG globale, tout en gardant un œil sur une ou plusieurs VG élémentaires, correspondant à des caractères que le sélectionneur ne voudrait pas dégrader. La méthode de tri des candidats Le travail de sélection suite à l évaluation intra-troupeau doit être réalisé à partir de la VG globale. Les candidats 55

57 La Sélection Porcine Collective en France / L optimisation de la sélection 56 sont classés en fonction des valeurs obtenues sur cette donnée (voir fig. 31). Cette codification en rang s avère utile pour repérer les animaux ayant les meilleurs résultats et donc ayant les meilleures VG sur l ensemble des objectifs de sélection. Détermination des valeurs seuils de la VG globale En fonction de ses besoins et de ses objectifs, le sélectionneur doit fixer ses propres valeurs seuils qui détermineront si un candidat est plutôt destiné à l abattoir, à la multiplication ou à la sélection. En effet, la pression de sélection exercée par l éleveur dépend de plusieurs facteurs : - du nombre de candidats à contrôler : pour un même nombre de candidats à garder, plus il a d animaux, plus il a de choix et plus la pression de sélection sera forte - du taux de renouvellement qu il s impose : plus le taux est élevé, plus il doit garder d animaux, moins la pression de sélection sera forte - du débouché qu il a : plus il a de reproducteurs à fournir en multiplication, moins la pression de sélection sera forte. Le seuil fixé par l éleveur est alors en relation avec la pression de sélection qu il exerce dans son élevage : plus la pression de sélection est forte et plus les seuils choisis seront élevés. En résumé, les sélectionneurs adopteront des valeurs seuils de la VG globale intra-troupeau d autant plus faible que leur pression de sélection sera faible. Néanmoins, il peut être utile de rappeler que les VG sont exprimées en base 100, la moyenne de la bande est alors de 100. Un animal ayant une VG inférieure à la moyenne est un animal considéré comme détériorateur sur les caractères correspondant à la VG en question. Qu il s agisse du BLUP intra-troupeau ou national, les VG calculées ne sont que des estimations. Il est alors essentiel de tenir compte du CD, décrivant la précision de la VG correspondante : plus la quantité d information enregistrée est importante, plus le CD est élevé (proche de 1) et plus la VG est fiable (voir chapitre «Le BLUP»). Tri en pratique Le choix des futurs reproducteurs destinés à la sélection, mais aussi à la multiplication peut se faire en plusieurs étapes suivant l organisation du travail. Dans un premier temps, le sélectionneur fixe une valeur seuil de la VG intra-troupeau au-dessous de laquelle les animaux seront envoyés à l abattoir. Rappelons que cette valeur seuil est laissée au libre choix de l éleveur ou de l OSP, en fonction de ses exigences et de ses besoins. Cette valeur peut, par exemple, correspondre à la VG moyenne de la bande. Le tri ressemblera à celui présenté dans la figure 31. Dans un deuxième temps, le tri peut être affiné en redélimitant des «plages» de valeurs correspondant aux différentes destinations à affecter aux candidats. Encore une fois, aucune limite n est recommandée pour laisser 1 tri des 1 er tri effectifs des effectifs des candidats des candidats selon leur selon VGleur VG abattoir moyenne de la bande abattoir moyenne de la bande Valeur génétique globale 2 ème tri 2 ème des tri effectifs des effectifs des candidats des candidats selon leur selon VG leur VG Vente Vente multiplication en multiplication Figure 31 : Tri des candidats à la reproduction volontairement le choix. Le schéma donne une représentation générale du tri des candidats. Les candidats les plus performants vont être gardés à l étage de sélection : - les meilleurs verrats seront envoyés dans un CIA - les autres verrats et les truies resteront dans l élevage en autorenouvellement. Les candidats avec des performances intermédiaires vont être vendus comme reproducteurs en multiplication. Lorsque les besoins le nécessitent, il est tout à fait concevable que des animaux ayant une moyenne inférieure à celle de la bande soient vendus en multiplication. Enfin, les moins performants seront abattus. Sélection : animaux conservés pour l autorenouvellement CIA Valeur génétique globale Dans un troisième temps, et très logiquement, d autres critères de sélection peuvent rentrer en compte dans le choix de la destination de chaque candidat : - Les VG élémentaires et les indices sur performances propres peuvent être consultées en complément de la VG globale pour les caractères que l éleveur ne veut pas détériorer - S il ne l a pas déjà fait au moment du contrôle, étape facultative présentée précédemment, il paraît impératif à ce stade de faire un tri sur des critères morphologiques. En effet, il est inconcevable de garder un animal en sélection s il présente un défaut morphologique majeur, même si sa VG est exceptionnelle. Les critères morphologiques généralement retenus pour éliminer un candidat sont : Anomalie grave (liste en annexe 16) justifiant l abattage de l animal Animal issu d une portée avec des anomalies Mauvaise conformation de l animal (note DLJT) - Problème d aplombs (note APO) - Nombre et/ou qualité des tétines insuffisantes :

58 Les résultats du BLUP intra-troupeau constituent un support indispensable dans le choix des futurs reproducteurs. Pourtant, ils ne sont fondés que sur les performances propres des candidats, obtenues au CF, et sur les VG nationales de leurs parents. Néanmoins, la forte corrélation du classement des animaux avec celui obtenu par l évaluation nationale permet de considérer le tri comme pertinent. Envoi de collatéraux en station Contrôle en Station BASE CENTRALE BLUP national (ré-évaluation des parents) BLUP national (ré-évaluation des parents) BLUP national (évaluation des candidats) Naissance des candidats Contrôle en Ferme (Pré-tri) 1 er tri : morphologique 2 ème tri : VG intra-troupeau 3 ème tri : VG nationales Multiplication Castration des mâles éliminés abattoir abattoir Sélection CIA moyenne VG globale moyenne VG globale Figure 32 : Les étapes du choix des futurs reproducteurs parmi les candidats un consensus est adopté au niveau des LGPC qui préconise 14 tétines fonctionnelles au minimum en lignée femelle - Conseils techniques Il est possible de choisir la destination de chaque candidat en 2 périodes de temps distinctes : - 1 étape de travail «au bureau» : le tri principal des candidats peut être fait uniquement en utilisant la fiche de résultats issue du BLUP intra-troupeau. Les candidats sont alors triés essentiellement sur la VG globale puis les VG élémentaires, les indices de sélection, les performances propres et les tétines. - 1 étape de travail «sur le terrain» : il est important de retourner voir les animaux in situ pour constater l éventuelle apparition de problèmes morphologiques justifiant l élimination d un animal destiné précédemment à la reproduction. En général, l animal a subi une période de préparation (diminution de la densité ) qui permet de mieux évaluer l aspect morphologique 1 à 2 semaines après le CF. Précautions complémentaires En dehors de tous les critères de sélection utilisés, il est important également de respecter certaines précautions. Afin de préserver la variabilité génétique, il est important d éviter de garder trop d animaux : - dans une même portée - issus d un même verrat Toutefois, toute la procédure de tri ne se règle pas qu avec des indices synthétiques sur le génotype. Le phénotype de l animal, évalué par des critères morphologiques mais aussi par le savoir-faire et l œil expert du sélectionneur, doit être également pris en compte dans les choix de sélection. Après l évaluation génétique : le BLUP national Comparaison avec le BLUP intra-troupeau Par rapport à l évaluation BLUP intra-troupeau, l évaluation BLUP nationale intègre toutes les performances connues en ferme et en station. Les classements des animaux obtenus à partir de ces 2 évaluations restent cependant fortement corrélés. Le BLUP intra-troupeau n est en fait qu une application du BLUP national, permettant aux éleveurs de faire leurs choix le plus rapidement possible. Le principe de l utilisation des résultats du BLUP national est donc le même que celui du BLUP intra-troupeau, sauf qu il ne s agit plus de VG provisoires intra-troupeau mais de VG nationales, plus fiables et précises. Procédure de tri L essentiel des choix de destinations étant pris suite aux 57

59 La Sélection Porcine Collective en France / L optimisation de la sélection 58 résultats du BLUP intra-troupeau, l évaluation nationale ne sert en général qu à confirmer ou désapprouver certains choix, notamment pour rattraper ou éliminer certains reproducteurs, en fonction du nombre à vendre en multiplication. En effet, la corrélation entre les 2 évaluations étant forte, il est tout à fait acceptable de considérer le tri sur les résultats intra-troupeau comme définitif. Toutefois, certaines VG nationales peuvent être sensiblement différentes des VG intra-troupeau, surtout lorsqu un candidat a un collatéral en station. Il est alors plus prudent de procéder à une dernière vérification du tri si les résultats de l évaluation nationale arrivent à temps. Les résultats de l évaluation nationale serviront alors essentiellement aux autres décisions prises dans le travail de sélection (réforme, choix des verrats de CIA, plan d accouplement ). Envoi de verrats en CIA Les jeunes verrats d élite, dont la détection a été faite au moyen du BLUP intra-troupeau, passent directement du contrôle en ferme en pré-quarantaine de centre d insémination. Pour être placés dans un CIA, ils doivent cependant : - répondre aux modalités d entrées définies dans le cahier des charges du CIA - obtenir un agrément zootechnique - avoir un DSA (chapitre «Exigences sanitaires réglementaires spécifiques à la sélection» et annexe 6) - être accompagnés d un certificat d origine (chapitre «La tenue du livre généalogique» et annexe 5) - être accompagnés d une autorisation sanitaire de transport et d utilisation pour l insémination artifi cielle (chapitre «Exigences sanitaires réglementaires spécifiques à la sélection» et annexe 6). Par ailleurs, les verrats destinés à l insémination, voire ceux conservés sur l élevage peuvent subir des examens complémentaires : vérification de leur caryotype pour détecter d éventuelles anomalies chromosomiques qui peuvent diminuer la taille de portée, vérification de l absence de l allèle n du gène de sensibilité à l halothane dans les lignées femelles Cahier des charges pour l entrée en CIA (races LW et LR) Il définit les modalités d entrée des verrats en CIA. Par exemple, pour les populations LW et LF collectives, le cahier des charges 2001 est le suivant : Critères techniques Pour le LR, les animaux ayant une VG reproduction située entre 0,5 et 0,7 à l en trée Race LW LR Age à la livraison à partir de 6,5 mois à partir de 6,5 mois en quarantaine peuvent être admis Valeur reproduction, Indice BLUP du candidat Valeur génétique globale 0, ,7 120 Autres critères les verrats devront être issus d une bande de 24 animaux contrôlés 14 tétines minimum avec un impératif de 3 tétines de chaque côté devant le fourreau pas de verrat ayant 6 tétines d un côté les verrats devront avoir une valeur engraissement élevée et une valeur carcasse minimum proche de 100. Critères sanitaires correspondant au cahier des charges du CIA destinataire et de la Législation en vigueur (voir chapitre «Les exigences sanitaires réglementaires spécifiques à la diffusion des reproducteurs»). Document d accompagnement tout verrat sera accompagné d une fiche de renseignements qui sera identique pour toutes les OSP cette fiche sera obligatoirement remplie par le fournisseur chaque OSP déclarera ses entrées de verrats en CIA conformément à la législation en vigueur. Agrément zootechnique Les verrats évalués en France doivent obtenir un agrément zootechnique pour être admis dans un CIA. L arrêté du 17 septembre 1997 relatif aux qualifications zootechniques et génétiques exigées des verrats admis dans les CIA porcines précise que seuls les livres généalogiques et les registres zootechniques agréés sont habilités à proposer des verrats à l agrément pour la monte publique artificielle (art. 11). Ces livres et registres sont tenus par des OSP agréées qui sont seules habilitées à produire ou à valider les références d état civil, zootechniques et génétiques nécessaires à cet agrément (art. 3). La demande d agrément zootechnique transmise par l OSP à la DRAF (Direction Régionale de l Agriculture et de la Forêt) est faite selon un modèle présenté dans la circulaire n 4040 du 4 décembre Toutes les informations contenues dans ce modèle sont à renseigner obligatoire-

60 ment (voir annexe 7 et fig. 33). A la réception, la DRAF vérifie : - que l OSP est bien agréée pour la tenue du livre généalogique ou du registre zootechnique des types génétiques des verrats objets de la demande - que l indice standardisé de valeur génétique globale est à 100 (ou que l indice de VG globale des verrats soit dans la moitié supérieure de leurs contemporains au moment de l entrée en CIA) en CIA, mais il permet également au sélectionneur de renouveler ses truies, voire ses verrats, à l élevage. On parle alors d auto-renouvellement. Les cochettes sélectionnées dans une bande de contrôle sont placées en pré-troupeau avant d intégrer le troupeau de truies reproductrices. Le nombre de places en salle gestante étant limité, l introduction de nouvelles cochettes implique nécessairement à un moment donné de réformer certaines truies. L élimination des truies les moins performantes laissant place à des cochettes sélectionnées constitue ainsi une dynamique dans le renouvellement du troupeau, favorisant le progrès génétique. Relations entre la sélection, le renouvellement et les réformes Taux de renouvellement, pourcentage de réforme et pression de sélection Le taux de renouvellement appliqué est lié à la politique de sélection adoptée par l éleveur, et donc à la pression de moyenne = 26,2 mois nombre de truies Figure 33 : Exemple de demande d agrément zootechnique (Delta G) - que la taille de portée de naissance du verrat est supérieure au seuil minimal défini pour chaque type génétique. Si l ensemble des informations est conforme aux conditions exigées, le Préfet de Région accorde, sans délai, l agrément, en complétant le bas du modèle de demande d agrément. L original de la décision est envoyé à l OSP qui a fait la demande et une copie au CIA agréé, destinataire des verrats. La gestion des reproducteurs Le choix des futurs reproducteurs permet l envoi des verrats nombre de verrats de CIA nombre de verrats de ferme moyenne = 20,2 mois âge en mois moyenne = 15,9 mois Figure 34 : Age à la réforme des reproducteurs réformés en

61 La Sélection Porcine Collective en France / L optimisation de la sélection sélection qu il pratique. Effectivement, si les reproducteurs sont conservés plus longtemps, ils auront plus de descendants, donc le tri des futurs reproducteurs pourra être plus sévère. Dans ce cas, la réponse à la sélection à chaque génération est plus importante, mais en revanche, les générations sont plus espacées. En résumé, plus la pression de sélection est forte et plus le taux de renouvellement des reproducteurs sera faible, et réciproquement. La durée d utilisation des reproducteurs sera alors d autant plus longue. Par ailleurs, l application d un taux de renouvellement faible engendre un travail de sélection avec des précisions sur les VG des reproducteurs d autant plus élevées, car on possède plus d informations sur leurs descendants. Le renouvellement des reproducteurs permet d optimiser le progrès génétique en utilisant les animaux adéquats, c està-dire les plus performants. Mais quelle est la politique de renouvellement en sélection permettant le progrès génétique maximum? En règle générale, en sélection porcine, il vaut mieux privilégier une rotation relativement rapide des reproducteurs, surtout pour ce qui est des verrats. Cette conclusion s explique par différentes caractéristiques du porc : - L espèce porcine est prolifique, avec un intervalle de génération assez court ; - L insémination artificielle à l aide de semence congelée présente chez le porc un coût élevé et une efficacité réduite en comparaison à l utilisation de semence fraîche ou à la monte naturelle. Le taux de renouvellement annuel pratiqué est souvent au Calcul du taux de renouvellement annuel dans un élevage Taux de renouvellement annuel = Nombre de nouveaux reproducteurs introduits dans l'année Nombre total de reproducteurs présents dans l'année x 100 VG moy de la bande à t1 VG moy de la bande à t2 VG moy de la bande à t3 performances Valeurs Génétiques t1 Réformes Entrées t2 Réformes Entrées t3 Réformes Entrées temps Réformes de n truies = Introduction de n cochettes Légende : truie réformée truie active dans le troupeau cochette introduite dans le troupeau bande de 16 truies 60 Figure 35 : Progression des performances moyennes d un troupeau de truies en fonction des entrées en réformes

62 minimum de : - 60 % pour les truies % pour les verrats de ferme. Le nombre de places étant fixe dans chaque élevage, le pourcentage de réforme appliqué dans un élevage correspond au taux de renouvellement appliqué. Les cochettes qui renouvellent le troupeau de truies ont en moyenne de meilleures performances que leurs ascendants. Les truies réformées ont, parallèlement, des performances moins bonnes en moyenne que leurs descendants. Ce système de renouvellement/réforme permet une progression des performances du troupeau (fig. 35). Pression de sélection et progrès génétique La réponse à la sélection est l amélioration attendue des performances lorsqu est appliquée une certaine pression G = R = Sr IA h 2 de sélection à un caractère donné. Cette réponse ( G) est d autant plus élevée que l héritabilité du caractère (h 2 ) est forte et que la pression de sélection (S) est également élevée (r IA = précision de la méthode d évaluation = CD) : Pour espérer une réponse à la sélection satisfaisante, la pression de sélection est plus sévère sur les mâles que sur les femelles, les mâles étant moins nombreux et plus largement diffusés par le biais de l insémination artificielle. Généralement, dans chaque bande de contrôle, les truies classées dans les 20 % premières et les verrats dans les 5 % premiers seront conservées pour le renouvellement des troupeaux de sélection. Choix des futurs reproducteurs La procédure de tri des candidats à la reproduction a permis de sélectionner les animaux des 2 sexes les plus performants (voir chapitre «Les décisions de sélection»). Hormis l élite des mâles contrôlés, destinée aux CIA, ces futurs reproducteurs sélectionnés resteront dans leur élevage d origine. En effet, essentiellement pour des raisons sanitaires, le renouvellement des reproducteurs des élevages se fait exclusivement par autorenouvellement grâce au choix des meilleurs candidats contrôlés sur l élevage. Aucun animal né à l extérieur de l élevage ne peut être introduit à des fins de reproduction, hormis les animaux entrés par technique de mise-bas aseptique. L apport de gènes extérieurs est donc réalisé uniquement par insémination artificielle. Les cochettes sélectionnées vont intégrer le troupeau de truies reproductrices après un passage en pré-troupeau. Le cas échéant, le ou les verrasson(s) choisi(s) pour rester à l élevage rejoindront les verrats de ferme. Tableau 11 - Liste des causes de réformes pour les truies et les verrats Truie Accident à la mise-bas Performances à la naissance insuffisantes Anomalies des porcelets Troubles de lactation Performances au sevrage insuffisantes Mauvaises carcasses des descendants Maladies respiratoires Maladies à déclaration obligatoire (peste) Consanguinité du troupeau Troubles de locomotion Baisse de productivité due à l âge Mauvaises conditions de marché Vente comme reproducteur Truie ne venant pas en chaleur Truie non pleine après une ou plusieurs saillies Truie ayant avorté Truie morte sur l exploitation Renversement de l utérus ou du rectum Troubles urinaires VG croissance insuffisante VG carcasse insuffisante VG IQV insuffisante VG reproduction insuffisante VG production insuffisante VG globale insuffisante Autres Verrat Infécondité Petites portées Difficultés d accouplement, manque d ardeur Aplombs Arthrite ou boiterie Mortalité Vieillesse - lourd Génétique (consanguinité, tares,...) Arrêt de saillie Méchant Accident Vente comme reproducteur VG croissance insuffisante VG carcasse insuffisante VG IQV insuffisante VG reproduction insuffisante VG production insuffisante VG globale insuffisante Autres 61

63 La Sélection Porcine Collective en France / L optimisation de la sélection Certaines informations sont à renseigner obligatoirement sur informatique, pour tout animal, de sexe mâle ou femelle, introduit dans un élevage à des fins de reproduction : - numéro de l animal - sexe, race et date de naissance - numéros et races du père et de la mère - date d entrée du reproducteur - statut du reproducteur (CIA, présence physique dans l élevage ). Choix des animaux à réformer Pour permettre le renouvellement des reproducteurs, il est essentiel de procéder parallèlement à des choix de réforme. Ils doivent être pris pour 2 raisons principales : - l orsque des truies ou verrats reproducteurs présentent des problèmes nécessitant obligatoirement une réforme (tab. 11) - lorsque le nombre de cochettes introduit dans le troupeau engendre obligatoirement des réformes de truies en raison du nombre de places limitées (le cas peut également se présenter pour les verrats lorsque le nombre de cases est limité). A cause simplement d un manque de place, on peut alors être amené à éliminer l animal le moins performant du troupeau, même si ses résultats restent tout à fait corrects. Dans les 2 cas, il s agit de sélectionner dans une bande les reproducteurs à réformer. Il faut alors renseigner sur informatique : - la date de réforme - la principale cause de réforme parmi la liste précédente. Chaque éleveur détermine les causes de réformes qu il prend en compte prioritairement. Pour optimiser le progrès génétique, il est cependant essentiel de réformer les reproducteurs (truies et verrats) les moins performants. Pour cela, le sélectionneur doit consulter leurs VG obtenues lors de la dernière évaluation nationale. Il peut alors, comme pour le choix des futurs reproducteurs, se fixer des valeurs seuils au-dessous desquelles les animaux seront réformés. Les résultats du BLUP national servent donc aux décisions de réforme des reproducteurs en service en élevage (il en est de même pour les verrats de CIA). L utilisation de l insémination artificielle (IA) Quel que soit le choix de l utilisation de ses verrats, l éleveur doit de toute façon faire appel à l IA pour des raisons sanitaires et génétiques. Le taux d insémination devra atteindre le minimum requis pour avoir un fonctionnement normal du BLUP. Le choix des verrats en service dans les CIA se fera selon différents critères, tout en évitant la surutilisation de certains verrats «trop» performants. Généralités sur l IA L IA est de plus en plus utilisée en sélection. En 2001, plus de 60 % des portées en sont issues dans les 4 PAS. Avantages L utilisation des CIA présente de nombreux avantages, notamment sur les plans génétique, sanitaire, pratique et économique. En effet, l insémination artificielle : - augmente considérablement la taille de descendance des verrats, par rapport à la saillie naturelle - permet d éviter le maximum de risques sanitaires - permet d introduire une variabilité génétique importante - est une technique simple et sûre d éviter la consanguinité dans les élevages «sanitairement» fermés. - est le moyen le plus économique de mettre les meilleurs verrats à la disposition de tous les éleveurs. - permet d élever rapidement et de maintenir le niveau génétique des élevages grâce à la présence dans les CIA de verrats à hautes performances de production (engraissement et carcasse) - est essentielle pour établir et renforcer des connexions entre les élevages, nécessaires pour la fiabilité des résultats donnés par le BLUP. 62

64 Tableau 12 - Extrait d un fichier ZCIA de verrats de CIA actifs ou réformés depuis moins d un an Apparentés ANIMAL PERE en CIA Utilisation Desc. Desc (A ou R) sélection Station Cont F RACE CIA ANIMAL NOM DN Act N père Nom or PF DF Fils Elv Sail Port entrés cont. fils filles VG glob CD LC110 64HCM 12ZAG QUATTRE 24/03/2000 R 79KVS OXYGENE C LC110 64HCM 12ZAG QHAMPETTE 18/08/2000 R 53DH C LC110 64HCM 12ZAG QATE 14/09/2000 A 12ZAG PALMITO C LC110 64HCM 12ZAG ROBERT 06/04/2001 R 53DH C LC110 64HCM 12ZAG /07/2001 A 79KVS RAVINE C LC110 64HCM 12ZAG /08/2001 A 79KVS RAVINE C LC KD 12ZAG SUDISTE 22/09/2001 A 79KVS RONRON C LC KD 12ZAG SOLEDAD 27/10/2001 A 79MFY POMPIER C LC110 64HCM 12ZAG PASSO 20/11/1999 R 12ZAG PILOU C LC KD 16HAC RADAR 03/01/2000 R 79QEK NIRVANA C LC KD 16HAC ROBERTI 06/01/2000 R 79QEK NIRVANA C LC KD 16HAC REDI 30/05/2000 A 16HAC F LC KD 16HAC RALPH 01/08/2000 R 16HAC F LC110 49PWX 16HAC PILOU 28/12/2000 R 16HAC F LC110 59PSA 16HAC LWS RAMON 28/12/2000 R 16HAC F LC110 59PSA 16HAC LWS SCOUT 03/05/2001 A 79QEK ROI C LC110 59PSA 16HAC LWS SCRIBL 24/05/2001 A 79KVS ROSSA C LC110 81YAS 16HAC SAPEUR 25/07/2001 A 50CPQ00K172 RED C LC110 49PWX 16HAC RUTABAGA 18/10/2001 A 16HAC F LC110 59PSA 16HAC LWS STABIL 29/11/2001 R 79KVS RAVINE C LC110 86CIA 16HAC /06/1997 A 50CPQ C LC110 59PSA 16HAC LWS PLUTOT 07/04/1999 A 16HAC F LC110 59PSA 16HAC LWS POUCE 25/11/1999 R 86HFM C Inconvénient Inversement, en cas de sur-utilisation d un petit nombre de verrats très performants, l IA peut également devenir un danger pour le maintien de la variabilité génétique. On peut aboutir à : - une perte de variabilité génétique, engendrant à long terme une diminution du progrès génétique réalisé - une disparition de gènes potentiellement intéressants - une diffusion dans la population de gènes non désirables Choix des verrats Les sélectionneurs doivent choisir les verrats de CIA qu ils vont utiliser pour le prochain plan d accouplement avec une de leurs bandes de truies. Les verrats sont choisis selon différents critères de sélection renseignés sur divers supports mis à disposition des éleveurs. Outils disponibles Fichier envoyé par l ITP aux OSP L ITP envoie aux OSP des fichiers établissant un bilan sur les verrats de CIA et de ferme, actifs ou réformés depuis moins d un an (voir tab. 12 pour les verrats de CIA). Ces fichiers Z donnent des informations pour chaque verrat, notamment sur : - leur date de naissance - le nombre d apparentés de chaque verrat mis à la reproduction en CIA (nombre de plein-frères, demi-frères et fils) - l utilisation en sélection qui est faite de chaque verrat, c est-à-dire : du nombre d élevages l ayant utilisé de son nombre de saillies total du nombre de portées nées de chaque verrat - le nombre de descendants contrôlés en ferme et en station pour chaque verrat - leur VG globale et leur CD. Ce fichier est utile pour choisir les verrats à partir de la VG globale et surtout éviter la sur-utilisation de certains verrats (si tel est le cas, les chiffres apparaissent en gras et italique). Il permet également d éviter de mettre trop d apparentés d un verrat en CIA. Par la suite, les OSP envoient aux sélectionneurs les données de ces fichiers : - soit sous leur forme intégrale - soit sous forme de bilan, intégré dans les catalogues diffusés par l OSP. Catalogue des OSP disponibles pour les éleveurs Chaque OSP prépare un catalogue, mis régulièrement à 63

65 La Sélection Porcine Collective en France / L optimisation de la sélection 64 disposition des sélectionneurs, avec une liste des verrats de CIA. Cette liste peut être exhaustive ou être une sélection des meilleurs verrats de chaque centre d après leurs critères. Dans tous les cas, des renseignements sont fournis sur chaque verrat pour permettre au sélectionneur de faire ses choix. Pour chaque verrat, les informations données dans ces catalogues sont en général : - les VG et les CD pour les principaux caractères - le pointage réalisé en CIA (notation morphologique) - l utilisation faite de chaque verrat (extraite du fichier ZCIA envoyé par l ITP) - les performances individuelles (A100, L100 ) - le nombre de tétines - divers commentaires énoncés par l OSP. Catalogue des CIA Les verrats de CIA peuvent également être choisis par les éleveurs grâce aux catalogues disponibles dans chaque centre. Toutefois, ces informations sont généralement reprises dans les catalogues OSP. Critères de choix Le choix des verrats se fait sur catalogue fourni par le centre ou l OSP. Les verrats de CIA sont choisis en fonction de leur potentiel génétique estimé par le BLUP national (VG globale, VG élémentaires et indice de sélection) mais en tenant également compte de leur constitution. Le principe de la sélection sur les VG est le même que pour le choix des futurs reproducteurs. L éleveur établit une valeur seuil de la VG globale au-dessous de laquelle il ne choisira pas de verrat, tout en gardant un œil sur les VG élémentaires qu il ne souhaite pas détériorer. D autres critères interviennent dans le choix des verrats, notamment le nombre de tétines, le pointage sur la conformation et les aplombs, les performances de reproduction et la carrière de la mère. Là encore, le sélectionneur peut fixer des valeurs seuils au-dessous desquelles il ne veut pas descendre. Les notes du pointage permettent également une appréciation de la morphologie de l animal lorsque le sélectionneur n a jamais vu l animal. Utilisation des verrats Généralités Par rapport aux critères de sélection, il faut toutefois rester prudent. En effet, en choisissant systématiquement les quelques animaux les plus performants, on risque une sur-utilisation de certains verrats au niveau de l élevage, mais également entre les élevages. Des problèmes liés à une forte augmentation de la consanguinité peuvent alors apparaître rapidement. Pour éviter la sur-utilisation de certains verrats de CIA, il faut fixer 2 seuils limites : - le nombre maximal de saillies réalisées dans l élevage par le verrat - le nombre maximal de saillies réalisées dans l élevage par le père du verrat en tant que reproducteur. Au delà de ces seuils, il est conseillé de faire attention et de limiter l utilisation de ce verrat. Par exemple, dans Delta G, les nombres de saillies réalisées dans l élevage par le verrat En résumé, il faut choisir les verrats les plus performants : - en fixant des valeurs seuils sur la VG globale, et éventuellement sur certaines VG élémentaires que l éleveur ne veut pas dégrader - en tenant compte d autres critères choisis par l opérateur (nombre minimum de tétines, notes minimum au pointage ). MAIS, pour éviter la sur-utilisation de verrats très performants, engendrant des problèmes liés à la consanguinité, il faut également : - ne pas utiliser systématiquement les mêmes verrats d une bande à l autre - fixer un nombre maximal de sailles dans l élevage par le verrat et par son père - choisir au minimum 1 verrat pour 3 truies, quitte à utiliser des verrats un peu moins performants. et son père sont indiquées sur le plan d accouplement (voir chapitre «Réalisation pratique du plan d accouplement»). En cas de sur-utilisation (plus de 20 saillies déjà réalisées avec ce verrat), un message d alerte! utilisation s affiche alors automatiquement (voir figure 36). Utilisation des verrats de CIA Lorsque le sélectionneur a choisi ses verrats pour le prochain plan d accouplement, il doit commander les semences dans les CIA correspondants. En raison de la périodicité des prélèvements, tous les verrats ne sont pas disponibles tous les jours. Il faut dans ce cas se renseigner auprès du centre pour savoir s il existe un calendrier prévisionnel de prélèvement. Sinon, il ne faut pas limiter son choix à un seul verrat, mais plutôt indiquer l ordre de préférence pour plusieurs verrats. Comme expliqué précédemment, les verrats les plus performants, peu nombreux, peuvent être sur-utilisés parce que trop sollicités dans un même élevage et/ ou dans trop d élevages. Pour éviter les problèmes de consanguinité, il faut donc éviter de choisir toujours les mêmes verrats ou de choisir peu de verrats pour beaucoup de truies.

66 Utilisation des verrats de ferme Les verrats présents sur l exploitation sont utilisés en saillie naturelle ou insémination artificielle par prélèvement à la ferme. Ils sont principalement utilisés en complément de l achat de doses des verrats de CIA. Ils permettent de disposer de semence pour le week-end, pour les truies décalées ou en retour de chaleurs. Cependant, ils peuvent également être utilisés dans le plan d accouplement au même titre qu un verrat de CIA afin d être valorisés et de diminuer par la même occasion le coût de l insémination. En revanche, comme pour les verrats de CIA, il faut faire attention à la sur-utilisation. La gestion des accouplements Lorsque l éleveur a choisi les verrats de CIA qu il veut accoupler avec sa prochaine bande de truies, il doit réaliser un plan d accouplement. Celui-ci est présenté sous forme de tableau croisant tous les reproducteurs mâles et femelles 2 à 2. Il permet de consulter les VG attendues de chaque portée qui serait issue de chacun de ces couples virtuels. C est à partir des performances estimées pour chaque croisement que le sélectionneur déterminera les accouplements précis à réaliser entre ses truies et les verrats choisis. En effet, les croisements obtenant les meilleures performances permettent un progrès génétique optimal. Néanmoins, parallèlement aux performances estimées, un autre facteur essentiel doit être pris en compte : la variabilité génétique. En effet, les animaux tolèrent modérément la consanguinité, il faut donc éviter de réaliser des accouplements consanguins. Ainsi, l objectif de la gestion génétique combine la recherche d un progrès génétique maximum et le maintien d une variabilité génétique suffisante, indispensable à l obtention d un gain génétique dans les générations futures et à une éventuelle réorientation des objectifs de sélection. La réalisation du plan d accouplement permet cette gestion, mais on verra qu il existe également d autres stratégies pour concilier variabilité et progrès génétique. La variabilité génétique Définitions et principes La généalogie ou le pedigree d un individu X, c est la chronologie des individus qui ont une partie de leur patrimoine génétique en commun avec X parce qu ils en sont les ancêtres, les collatéraux ou les descendants. La variabilité génétique traduit l ensemble des différentes versions des gènes, présentes chez tous les animaux d une population. Le coefficient de consanguinité F x de l individu X est la probabilité que X soit homozygote pour 2 allèles identiques, à un quelconque locus. Calculer F permet de contrôler l évolution de la consanguinité dans un troupeau et de planifier des accouplements selon le niveau de consanguinité que l on est prêt à accepter dans la progéniture. Deux individus sont apparentés s ils ont au moins un ancêtre commun dans leur pedigree : chacun peut avoir reçu de cet ancêtre une copie du même gène. Le coefficient de parenté f YZ entre les individus Y et Z est la probabilité qu à un locus quelconque, un allèle tiré au hasard de Y et un allèle tiré au hasard de Z soient identiques. Mais cette probabilité est aussi celle d obtenir une progéniture X, issue des parents Y et Z, qui possède 2 allèles identiques. Ainsi, parenté et consanguinité sont intimement liées : il ne peut y avoir de consanguinité chez un individu que si ses géniteurs sont apparentés. Le coefficient de consanguinité d un individu est égal au coefficient de parenté de ses parents (f YZ = F X ). Les coefficients de consanguinité et de parenté mesurent respectivement les probabilités d identité des gènes au sein du génotype d un individu ou entre les 2 génotypes de 2 individus. A chaque génération, la probabilité de transmission d un gène quelconque à son descendant est de 1 / 2. Notons que, dans certains logiciels, un facteur multiplicatif est appliqué aux coefficients de parenté, pour permettre Y X Z Tableau 13 - Exemples de coefficient de parenté Coefficient de parenté entre un individu et : lui-même 1/2 soit 50 % un parent ou descendant direct 1/4 soit 25 % des pleins frères/sœurs (4 grands-parents communs) 1/4 soit 25 % des demi-frères/sœurs 1/8 soit 12,5 % des cousins germains (2 grands-parents communs) 1/16 soit 6,25 % des cousins avec 1 grand-parent commun 1/32 soit 3,12 % 65

67 La Sélection Porcine Collective en France / L optimisation de la sélection une lecture plus facile sur le plan d accouplement. Par exemple, un facteur 400 est appliqué dans Delta G (voir fig. 36), les accouplements pleins frères/sœurs ou parent/ descendant direct sont alors ramenés à une valeur de 100 (sans unité). La dérive génétique aboutit, et ce d autant plus vite que les effectifs sont faibles, à la perte totale et aléatoire de la variabilité génétique. Il faut cependant savoir qu une sélection, d autant plus rigoureuse que la taille de la population est faible, contrecarre efficacement la dérive génétique dont on suit les effets en calculant le coefficient de consanguinité F. L augmentation de la consanguinité dans une population qui comprend Nf femelles et Nm mâles se calcule de la manière suivante : F = ( 1 / 8N m ) + ( 1 / 8N f ) Variabilité génétique et IA Par la sélection, la fréquence des versions génétiques les plus favorables va augmenter. Cependant, dans une population de grande taille, on peut considérer que la variabilité génétique ne change pratiquement pas sous l effet de la sélection. Il en est tout autrement si l on sélectionne en circuit fermé un troupeau de petite taille (ex : un élevage). Très vite, à de nombreux gènes, ne sera plus présente qu une seule version : le taux de consanguinité moyen du troupeau va augmenter. Les conséquences sont de deux ordres : - un affaiblissement du niveau de certaines performances, la généralisation de certains défauts - surtout, une diminution du progrès génétique puisque seront à trier des animaux qui se ressembleront de plus en plus. Pour éviter une telle situation, il est nécessaire d organiser un système d échange de gènes. C est le rôle que joue l IA, environ depuis 1970, avec un usage régulier de l IA à hauteur de % des saillies jusqu en L arrivée du BLUP a nécessité de faire passer ce taux à plus de 50 % afin d assurer une bonne connexion génétique entre tous les élevages participant à la même évaluation BLUP: l IA est devenue ainsi un outil essentiel à la sélection porcine. Paradoxalement, l IA peut également devenir un danger pour le maintien de la variabilité génétique, par l emploi trop large et prolongé d un petit nombre de verrats à très forte valeur génétique. Il a été ainsi mis en évidence une réduction sensible de la variabilité génétique due à l apparition de goulets d étranglement consécutifs au dévelop- 66 Figure 36 : Exemple de plan d accouplement sur Delta G prenant en compte 3 générations d ascendance (facteur 400 appliqué aux coefficients de parenté, au-delà de 6 : VG attendues non renseignées)

68 pement de l IA et à la sélection. Par conséquent, il faut toujours veiller à une utilisation équilibrée et à une rotation suffisamment rapide de tous les verrats d IA. Pour cela, un plan d accouplement doit être réalisé afin d éviter un accroissement de la consanguinité, tout en permettant la création d un progrès génétique. Le plan d accouplement Le sélectionneur réalise son plan d accouplement en croisant 2 à 2 les verrats qu il a sélectionnés et les truies de la bande à inséminer. Le choix précis des accouplements doit alors se faire en cherchant le progrès génétique, tout en veillant à ne pas faire d accouplement trop consanguin. Le choix effectué, les semences correspondantes sont commandées aux CIA. Réalisation pratique du plan d accouplement Pour obtenir sur informatique le plan d accouplement, le sélectionneur procède de la manière suivante : - Il choisit sur informatique sa prochaine bande de truies à inséminer - Il enregistre dans le système informatique : les verrats CIA qu il a sélectionnés éventuellement, ses verrats de ferme. - Le plan d accouplement est obtenu automatiquement sur le logiciel prévu à cet effet (voir fig. 36). Il se présente sous forme d un tableau croisant 2 à 2 chaque reproducteur mâle et femelle : il envisage toutes les possibilités de couples à former. Pour chaque couple, les informations intéressant l éleveur sont affichées. Il s agit généralement des VG BLUP attendues de la portée «virtuelle» issue de chaque accouplement possible (la VG globale en priorité puis d autres VG élémentaires). - Le sélectionneur consulte ensuite les VG attendues et les coefficients de parenté obtenus pour chaque couple envisageable dans le plan d accouplement : le choix des accouplements qu il va réaliser est fait en fonction de ces résultats Choix des couples à former Le principe de choix des accouplements est le même que celui pour le choix des verrats. En effet, il s agit de former des couples allant dans le sens d un progrès génétique, mais permettant également de conserver une certaine diversité génétique. Choix sur les VG BLUP attendues Lorsque le plan d accouplement est affiché, le sélectionneur consulte les VG attendues issues de chaque accouplement envisageable. Une VG attendue correspond en fait à la moyenne des 2 VG des 2 parents correspondant, obtenues lors de la dernière évaluation BLUP nationale. VG attendue d une portée = moyenne des VG nationales des 2 parents Comme dans tout travail de sélection, il est essentiel de consulter : - dans un premier temps : la VG globale attendue - dans un second temps : les VG attendues élémentaires ou autres critères choisis par l éleveur. En fonction des valeurs seuils fixées, l opérateur choisit les couples dont l accouplement obtient les meilleures performances attendues. Au niveau pratique, quelques façons de procéder sont proposées pour le choix des couples sur les performances attendues : - recherche en colonnes puis en lignes sur le plan d accouplement : On cherche pour les meilleurs verrats, quels sont les meilleurs accouplements à réaliser. On choisit alors pour ces verrats, plusieurs truies (3 maximum par verrat) correspondant aux meilleures VG attendues (recherche en colonne). On regarde pour les truies restantes, quels sont les accouplements possibles qui restent, en choisissant les meilleurs possibles (recherche en ligne). - recherche d une complémentarité dans le couple : On établit un bilan des défauts des verrats et des truies du plan d accouplement Les couples sont ensuite déterminés de manière à pallier les défauts des uns avec les qualités des autres (ex : une truie avec une VG moyenne mais une bonne conformation sera inséminée par un verrat de conformation moyenne mais avec une bonne VG). - recherche des couples selon des critères différents sur les truies et sur les verrats : Le choix des femelles se fait essentiellement sur la constitution (nombre et qualité des tétines, notation des aplombs et de la conformation ). Les truies étant dans son élevage, l éleveur connaît leurs caractéristiques morphologiques. Les mâles sont choisis essentiellement sur les résultats du BLUP national. Cette manière de procéder revient globalement à la précédente puisqu on recherche des caractéristiques complémentaires dans le couple. Choix en fonction du coefficient de parenté Le choix des couples à former ne doit toutefois pas être fait exclusivement sur les VG attendues de chaque accouplement. Il est également indispensable de consulter le degré de parenté entre les 2 géniteurs potentiels. En effet, comme expliqué précédemment, le coefficient de consanguinité F d un individu est égal au coefficient de parenté entre ses parents, or une forte consanguinité augmente les risques de problèmes. 67

69 La Sélection Porcine Collective en France / L optimisation de la sélection Pour chaque bande de truies à saillir, il faut interdire l accouplement d une truie et d un verrat trop apparentés. Classiquement, un grand-parent commun est toléré dans un couple. On encourage donc rarement des accouplements qui entraînent chez la descendance un coefficient de consanguinité F > 3 %, c est-à-dire entre les parents un degré d apparentement f > 3 % (correspondant par exemple à un coefficient de 0.03 x 400 = 13 sous Delta G). Si F > 3 %, les VG attendues ne s affichent pas sur le plan d accouplement. Le sélectionneur choisit ainsi ses couples de verrats et de truies en fonction de leur coefficient de parenté, en parallèle avec leurs résultats sur leurs performances attendues. Il respectera ensuite son planning d accouplement afin de limiter le taux de consanguinité. Compromis entre progrès génétique et consanguinité La sélection porcine est caractérisée par : - la généralisation de l évaluation des reproducteurs selon la méthodologie BLUP-modèle animal : elle permet de mieux repérer les individus améliorateurs - l utilisation massive de l insémination artificielle : elle permet l accès pour tous à ces animaux améliorateurs. Ces 2 outils sont complémentaires pour un progrès génétique plus rapide, mais ils contribuent également à la diminution de la variabilité génétique des populations sélectionnées. Or, il existe un parallélisme entre décroissance de la variabilité génétique et élévation de la consanguinité. Un compromis doit donc être établi dans le choix des accouplements entre le coefficient de consanguinité et le progrès génétique attendu. Le taux d accroissement de la consanguinité par génération se calcule par la formule suivante déjà énoncée précédemment F = ( 1 / 8N m ) + ( 1 / 8N f ) N m = nombre de verrats et N f = nombre de truies - Moins l éleveur utilise de verrats et plus le taux d accroissement de la consanguinité sera conséquent. Mais en utilisant peu de verrats, l éleveur peut choisir les mâles les plus performants : le progrès génétique est alors plus rapide. L un allant à l encontre de l autre, le sélectionneur doit alors trouver un compromis, un équilibre, entre progrès génétique et accroissement de consanguinité. Le taux de consanguinité doit être le plus faible possible, tout en permettant un progrès génétique. En résumé : le plan d accouplement permet de déterminer les couples engendrant les meilleures performances attendues pour la portée à naître : - en fixant des valeurs seuils sur la VG globale et sur certaines VG élémentaires issues de chaque accouplement - en tenant compte d autres critères choisis par l opérateur (constitution des reproducteurs ). MAIS, il est indispensable de conserver une certaine variabilité génétique en évitant un accroissement de la consanguinité de la descendance. Il faut pour cela : - éviter les accouplements trop consanguins - augmenter le nombre de verrats utilisés, cette augmentation pouvant être responsable d une baisse de progrès génétique. L introduction du progrès génétique, la conservation de la diversité génétique et le nombre de verrats utilisés sont inter-dépendants. Il faut donc trouver un compromis entre progrès et diversité génétique : - en tolérant des accouplements faiblement consanguins - en tolérant des accouplements avec des VG un peu plus basses - en jouant sur le nombre de verrats utilisés pour inséminer une bande de truies. N m < N f (cas général en élevage porcin) Le nombre de truies présentes dans l élevage étant relativement fixé par la structure du bâtiment, c est donc le nombre de verrats utilisés dans le plan d accouplement qui conditionne le taux d accroissement de la consanguinité : - Plus l éleveur utilise de verrats et plus le taux d accroissement de la consanguinité sera faible. Toutefois, plus il utilise de verrats, et plus la valeur moyenne des performances des verrats choisis sera faible : le progrès génétique sera alors amoindri. Ainsi, la gestion génétique s effectue à l échelle de la population et le nombre efficace de reproducteurs (de mâles surtout, car les moins nombreux) est un facteur important de l évolution de la variabilité. 68 Variabilité génétique Nombre de verrats utilisés MAIS : Progrès génétique La gestion de la variabilité génétique L apparition de goulets d étranglement, consécutifs au développement de l insémination artificielle et à la sélection, peut être responsable d une réduction sensible de la variabilité génétique. Or, la gestion de la variabilité génétique est une condition du progrès génétique (sans variabilité, le progrès n est plus possible), elle permet : - une limitation des inconvénients zootechniques liés à l ap-

70 pauvrissement de la variabilité (dépression de consanguinité, tares récessives, ) - une préservation d une variabilité «patrimoine» - une gestion à long terme - des possibilités de réorientation des populations, d adaptation à des changements d environnement - une sécurité vis-à-vis de gènes non désirables. Outre le plan d accouplement, il est donc essentiel d adopter plusieurs stratégies permettant le suivi et la gestion de la variabilité génétique. Ces moyens de suivi de la variabilité appartiennent à 2 niveaux de gestion essentiels et indissociables : - le niveau individuel, c est-à-dire le niveau de l élevage - le niveau collectif. Gestion individuelle de la variabilité génétique Il existe plusieurs moyens de suivi de la variabilité génétique au niveau de l élevage : Le plan d accouplement, pour tester et gérer la variabilité génétique de la descendance : Les indications suivantes, fournies sur le plan, permettent une telle gestion au niveau de la descendance des reproducteurs : - le nombre de saillies déjà effectuées dans l élevage par chaque verrat - le nombre de saillies déjà effectuées dans l élevage par leur père - le coefficient de parenté entre chaque couple de reproducteurs. Les 2 premières indications sont utiles pour limiter le nombre de saillies par le verrat et son père dans l élevage. En effet, une utilisation excessive d un verrat ou de sa famille risque d aboutir à un accroissement rapide de la consanguinité. La 3 ème indication permet à l éleveur d éviter des accouplements entre un mâle et une femelle trop apparentés. En effet, un animal sera d autant plus consanguin que ses parents sont apparentés. Par ailleurs, le plan d accouplement permet de concilier le maintien d une variabilité et l obtention de progrès génétique. Le test de la consanguinité d un animal donné, pour tester et gérer la variabilité génétique de l ascendance Il est possible de vérifier l ascendance et donc le coefficient de consanguinité d un animal particulier. Par exemple, si un verrat testé présente un coefficient de consanguinité élevé, il est préférable de ne pas l utiliser dans un plan d accouplement. Grâce à ces informations disponibles à l élevage, les éleveurs contrôlent et gèrent l évolution de la variabilité génétique au niveau de l élevage. Ils évitent des accouplements entre des reproducteurs qui ont un grand-parent en commun et ils réalisent une sélection intra-descendance de père (pour garder toutes les familles représentées). Ils utilisent intra-élevage les verrats de manière raisonnée. Gestion collective de la variabilité génétique Au niveau collectif, il existe également plusieurs moyens de suivi de la variabilité génétique. Il s agit d informations diffusées au niveau de l ITP : Les fichiers Z : pour connaître l utilisation des verrats au niveau de la race Les fichiers Z sont des informations sur l utilisation des verrats (CIA et élevage) d après l information connue dans la base centrale (voir chapitre «Choix des verrats»). Ils fournissent des renseignements sur : - le nombre d élevages ayant utilisé chaque verrat - le nombre total de saillies par verrat en sélection - le nombre total de portées nées de chaque verrat en sélection - le nombre d apparentés de chaque verrat mis à la reproduction en CIA (nombre de plein-frères, demi-frères et fils) Ces fichiers permettent : - d éviter une utilisation du verrat dans trop d élevages - une limitation dans l utilisation des verrats après un certain nombre de portées - une limitation du nombre de fils par père pouvant entrer en CIA. L évolution de la consanguinité au niveau national dans la race sélectionnée Il existe un parallélisme entre élévation de la consanguinité et décroissance de la variabilité génétique : l évolution des moyennes des coefficients de consanguinité au cours du temps constitue donc un indicateur de l évolution de la variabilité. Constat actuel de la situation : Suite au développement de l IA et de la sélection, il a été mis en évidence une réduction sensible de la variabilité génétique due à l apparition de goulets d étranglement. L évolution de la consanguinité dans les 4 PAS (voir fig. 37) montre que le niveau moyen des coefficients de consanguinité reste faible malgré tout (moins de 6 %). En revanche, l évolution de la réduction de la variabilité génétique s est accrue ces dernières années. Pour éviter une évolution trop rapide, il est essentiel de prendre les mesures nécessaires en réalisant les plans d accouplement et en limitant l utilisation de certains verrats. 69

71 La Sélection Porcine Collective en France / L optimisation de la sélection consanguinité 7% 6% 5% 4% 3% 2% LW femelle LW mâle Landrace Français Piétrain 7% 6% 5% 4% 3% 2% 1% 1% 0% % année de naissance Figure 37 : Evolution de la consanguinité moyenne de 1980 à 2003 Les ancêtres influents Les ancêtres contribuent au pool génétique d une population donnée. Certains y contribuent plus que d autres : il s agit des ancêtres influents ou majeurs. Il est donc important de détecter dans une population les ancêtres les plus influents. Les ancêtres dont les parents sont inconnus sont les fondateurs. Chaque ancêtre se caractérise par une contribution brute au patrimoine génétique des animaux d une population. On peut ainsi calculer la contribution génétique de tous les ancêtres, qu ils soient fondateurs ou non. Ceux dont la contribution génétique est la plus importante sont les ancêtres majeurs. Les pourcentages montrent la probabilité d origine des gènes, c est-à-dire la contribution au pool de gènes actuels. La contribution de l ancêtre le plus important atteint 7.5 % en race LF, elle est plus faible dans les 2 autres races. Le comportement de ces 3 races est le même pour les autres critères. La contribution des ancêtres est plus équilibrée en race LW et il faut 52 ancêtres majeurs pour expliquer 50 % des gènes. Cette recherche d ancêtres influents favorise une prise de conscience des éleveurs face aux problèmes dus à une sur-utilisation de certains verrats. Plus un verrat a de descendance, plus sa contribution est importante et plus le taux consanguinité augmente. Il faut donc éviter qu un petit nombre d ancêtres explique une grande partie de l origine des gènes. Les tableaux de bord : pour mieux gérer les populations au niveau de l OSP Des tableaux de bord ont été mis en place, dans l objectif de fournir aux OSP, à des intervalles réguliers, des indicateurs d évolution de la variabilité génétique. Ils s appuient surtout sur des informations de nature généalogique et ils reprennent la notion d évolution de consanguinité et d ancêtres influents. Ces tableaux de bords sont édités par l ITP selon un rythme semestriel et joints au bilan des évolutions génétiques (voir fig. 38). - Le 1 er tableau montre l évolution de la consanguinité dans l élevage (ou dans l OSP) étudiée comparativement à celle de la race - Le 2 ème tableau renseigne la contribution des principaux ancêtres majeurs de l élevage. La comparaison des listes à des instants différents a pour but de sensibiliser les éleveurs sur l utilisation des verrats de CIA, à l origine des goulets d étranglement s ils sont trop utilisés - Le 3 ème tableau donne, pour l élevage (ou l OSP) et pour la race, le coefficient de parenté entre les truies actives, les verrats d élevage et de CIA. Ces informations permettent à l opérateur de comparer ses résultats par rapport à ceux de tous les animaux de la même race. Si ses résultats montrent une plus faible diversité génétique que la moyenne nationale, l opérateur prend alors les mesures nécessaires pour limiter la consanguinité dans l élevage (ou dans l OSP) considéré. Tableau 14 - Contribution des ancêtres les plus importants à la population des femelles nées en 1996 Contribution de Contribution des Contribution des Nombre d ancêtres race l ancêtre le plus 5 ancêtres les 10 ancêtres les expliquant 50 % important plus importants plus importants des gènes Piétrain 5,6 % 17,0 % 26,3 % 31 Landrace français 7,5 % 22,7 % 34,2 % Large White 4,7 % 15,0 % 22,3 % 52

72 Figure 38 : Exemple de maquette du tableau de bord porcin Bilan global Tous ces supports permettent aux éleveurs de contrôler l évolution de la variabilité génétique et d appliquer les règles de bon sens dans les populations. Il s agit d informations simples qui doivent aider les opérateurs, à la fois dans leurs choix instantanés et dans la gestion à moyen terme de leur population. Pour limiter le nombre de saillies d un verrat et éviter ainsi la sur-utilisation de certains verrats (responsables d un accroissement de la consanguinité) : - le plan d accouplement et les documents de synthèse sur la carrière des reproducteurs permettent une gestion intraélevage, pour éviter trop de saillies par le même verrat dans un même élevage - les fichiers Z permettent une gestion inter-élevage (gestion collective), pour éviter l utilisation d un même verrat dans trop d élevages. Pour éviter une évolution trop brutale de la consanguinité et connaître la situation de l élevage par rapport à la population globale : - le plan d accouplement et le test de consanguinité permettent un bilan intra-élevage des coefficients de parenté et de consanguinité - l évolution nationale de la consanguinité rend compte d un bilan inter-élevage et permet des comparaisons avec le niveau national. Les niveaux collectif et individuel sont donc essentiels et indissociables pour permettre une utilisation raisonnée et équilibrée des verrats et une représentativité correcte des différents familles qui garantissent à moyen et à long terme le maintien de la diversité génétique. La réponse à la sélection La pression de sélection est mesurée en nombre d écarts types du critère d évaluation, mais on préfère souvent parler d intensité de sélection qui est une mesure standardisée (sans unité) de cette pression de sélection. L intensité de sélection peut varier de 0 à 3, 1 correspondant à une sélection modérée (des femelles en général) et 3, à la sélection la plus extrême (des mâles pour les CIA). L intensité de sélection exprime la sévérité du choix des reproducteurs en fonction de leur valeur génétique. L intensité de sélection est liée à la proportion d animaux retenus comme reproducteurs pour contribuer à la génération suivante (appelée taux de sélection). En règle générale, il est nécessaire de pratiquer des taux de sélection sévères sur les mâles (moins de 5 %) et de l ordre de 20 % sur les femelles pour espérer une réponse à la sélection satisfaisante. Ainsi, plus la pression de sélection est forte, plus l intensité de sélection est forte et plus le pourcentage de candidats gardés est faible. Une pression de sélection 71

73 La Sélection Porcine Collective en France / L optimisation de la sélection maximale contribue par ailleurs à la recherche d un progrès génétique maximal. L évaluation génétique (BLUP national) a un rôle essentiel dans l optimisation du progrès génétique. Elle permet de sélectionner les meilleurs candidats à la reproduction pour planifier ensuite des accouplements entre eux de manière à obtenir les meilleures performances. Ce progrès se transmet ainsi des individus sélectionnés à leurs descendants, qui seront eux-mêmes des parents de la génération suivante. La réponse à la sélection (ou progrès génétique) est le résultat direct de tout ce travail de sélection : elle peut être évaluée et calculée par les formules suivantes. Tout d abord, il est important de savoir calculer l intensité de sélection i : i = S / σ I σ I = écart-type de l index I S = pression de sélection = différentiel de sélection (supériorité génétique des animaux retenus) Ex pour un porc : caractère = taille de portée σ I = 1 porcelet vivant S = +0,25 (on garde les animaux dont la VG reproduction est supérieure d au moins 0,25 par rapport à la moyenne du groupe) Alors i = 0,25/1 = 1/4 En fonction du progrès génétique à atteindre, l intensité de sélection appliquée va être différente. La formule suivante permet de calculer le progrès génétique par génération (R ou G), c est-à-dire le progrès génétique engendré par une génération de sélection : G = R = i r IA σ A r IA = précision de la méthode d évaluation des candidats = CD σ A = racine carrée de la variance additive du caractère sous sélection Si l intervalle de génération est t (années), le progrès génétique annuel Ga s écrit alors : G a = R = i r IA σ A /t où G a est exprimé dans la même unité de mesure que le caractère considéré t = intervalle de génération = âge moyen des parents à la naissance de leur progéniture La réponse théorique à la sélection sera alors de G a = + 0,04 porcelet / portée / an pour la taille de portée et de G a = +0,17 point par an pour le TVM Toutefois, les modalités de sélection sont souvent différentes dans les 2 sexes (intensité de sélection plus forte chez les mâles, précision de l évaluation supérieure mais intervalle de génération plus long). Lorsque la sélection s opère différemment dans chaque sexe (f et m), la réponse annuelle globale à la sélection est calculée par la formule suivante : G a = σ A (i f r IAf + i m r iam )/(t f + t m ) Ainsi, à partir de ces formules relativement simples, il est intéressant d évaluer le progrès génétique réalisé ou à atteindre, afin de constater l importance de la réponse à la sélection appliquée dans l élevage ou au niveau global. Tableau 15 - Exemple pour 2 caractères en race Large White Caractère de reproduction Caractère de production (peu héritable) Taille de portée (nés vivants) TVM (%) héritabilité du caractère : h 2 =σ 2 A /σ2 I 0,10 0,70 variance phénotypique du caractère : σ 2 I 9 porcelets 10 points intensité de sélection : i 0,25 0,25 intervalle de génération : t 2 ans 2 ans précision moyenne de l évaluation des candidats : r IA = CD 0,30 0,50 progrès génétique annuel : G a + 0,04 porcelet / portée / an + 0,17 point / an 72

74 Les Exigences sanitaires réglementaires spécifiques à la diffusion de reproducteurs Ce chapitre se limite à la présentation des exigences sanitaires réglementaires spécifiques à la diffusion des reproducteurs. Le suivi sanitaire des élevages de sélection repose sur : - des visites sanitaires obligatoires d élevage (au minimum trimestrielles) par un vétérinaire agréé : suivi de l évolution des performances générales du troupeau diagnostic clinique : observation d éventuels symptômes prélèvements pour les analyses de laboratoire. - des examens sérologiques obligatoires pour : la Maladie d Aujeszky (MA) et la Peste Porcine Classique (PPC). Les résultats des analyses de ces 2 maladies conditionnent la délivrance du Document Sanitaire d Accompagnement (DSA), obligatoire pour la diffusion des reproducteurs. - des analyses de laboratoires complémentaires définies en fonction des garanties sanitaires apportées par chaque OSP ou selon les observations cliniques lors des visites sanitaires d élevage. - des contrôles des lésions de l appareil respiratoire à l abattoir : contrôle des poumons (pour quantifier la pneumonie ou détecter une pleurésie) contrôle des nez (pour quantifier les lésions de rhinite atrophique). En plus des exigences sanitaires nécessaires à la diffusion de tout reproducteur (DSA), des exigences spécifiques conditionnent l admission des verrats en CIA. LE DOCUMENT SANITAIRE D ACCOMPAGNEMENT Les élevages doivent être indemnes de Maladies Légalement Réputées Contagieuses (MLRC). La liste des maladies est donnée dans le code rural de la police sanitaire des maladies contagieuses, (annexe 21) et dans le décret n du 21 mai 2001 (annexe 22). L exposition, la vente ou la mise en vente des animaux atteints ou soupçonnés d être atteints de maladie contagieuse sont interdites. Dans le cas particulier de la sélection et de la multiplication, l obtention du DSA est conditionnée par la réalisation de contrôles sérologiques vis-à-vis de la Maladie d Aujeszky (MA) et de la Peste Porcine Classique (PPC). Surveillance de la Maladie d Aujeszky et de la Peste Porcine Classique Un dépistage sérologique trimestriel est effectué pour la Maladie d Aujeszky. Pour la PPC, il est annuel. Ces contrôles permettent de vérifier le statut indemne ou non de l exploitation. Les DSA sont délivrés trimestriellement aux exploitations pour lesquelles les résultats se sont avérés négatifs lors d un dépistage sérologique de la Maladie d Aujeszky. La date du dernier contrôle peste est également indiquée sur le DSA. Les DSA attestent ainsi du contrôle officiel de ces deux ma-ladies. Ils sont délivrés par la Direction des Services Vétérinaires. Un exemplaire est destiné à l éleveur et une copie doit accompagner chaque lot de reproducteurs. Sa durée de validité est de 4 mois maximum. Les modèles de DSA sont présentés dans la note de service du 12 mars 2002 (annexe 6). Les 3 annexes du DSA Trois annexes sont prévues en fonction du statut du cheptel au regard de la vaccination contre la Maladie d Aujeszky et de l intervalle retenu entre chaque dépistage (arrêté du 20 juin 1996 en annexe 23 et note de service n 96/8195 du 21 août 1996 en annexe 24). Elles définissent les conditions d attribution et de renouvellement du DSA. 73

75 La Sélection Porcine Collective en France / Les exigences sanitaires réglementaires spécifiques à la diffusion de reproducteurs DSA annexe I : aucune vaccination contre la Maladie d Aujeszky Ils concernent les élevages diffusant des porcs non vaccinés, nés d animaux non-vaccinés. - Acquisition du DSA : 2 contrôles à 2 mois d intervalle sur au minimum 15 reproducteurs analyses individuelles sur les anticorps totaux - Renouvellement du DSA : 3 types de protocoles (tableau 16) analyses de mélanges possibles Tableau 16 - Annexe I : Les 3 protocoles de renouvellement du DSA Nombre Protocole Fréquence de dépistage minimal d animaux 1 tous les 3 mois = 4 fois/an 15 2 toutes les 6 semaines = 8 fois/an 10 3 toutes les 3 semaines = 16 fois/an 8 DSA annexe II : vaccination du cheptel de reproducteurs contre la Maladie d Aujeszky Ils sont délivrés aux élevages ne diffusant que des porcs non vaccinés, nés d animaux vaccinés. Le protocole est commun à celui de l annexe III. DSA annexe III : vaccination des reproducteurs et des issus contre la Maladie d Aujeszky Ils sont délivrés aux élevages ne diffusant que des porcs vaccinés. Le protocole est identique pour les annexes II et III : utilisation de vaccin délété en ge et inactivé - acquisition du DSA : 2 contrôles à 2 mois d intervalle sur au moins 15 reproducteurs et 15 issus analyses individuelles sur les anticorps ge - renouvellement du DSA : 2 protocoles (tableau 17) : Le protocole est fixé par le responsable de schéma en concertation avec le Directeur des Services Vétérinaires et le vétérinaire sanitaire. Il est ensuite appliqué pendant au minimum un an. La déclaration de résultats positifs à la recherche de la Maladie d Aujeszky doit entraîner le retrait immédiat des DSA en cours de validité, l arrêt de la diffusion des reproducteurs et la mise en œuvre des mesures d assainissement. LES CONDITIONS SANITAIRES POUR L ENTREE EN CIA La note de service du 12 mars 2002 (annexe 6) précise les conditions d application de l arrêté du 7 novembre 2000 (annexe 25) relatif aux conditions de police sanitaire exigées pour la diffusion de semence porcine, notamment en ce qui concerne les modalités de la procédure de délivrance des autorisations d admission des verrats en centre de collecte. Pour être admis dans un CIA, les verrats doivent être soumis, avec résultats favorables, à deux séries de contrôles réglementaires effectuées pendant deux périodes successives : - une période de 30 jours, dite de préquarantaine précédant l entrée des verrats dans les locaux de quarantaine et au cours de laquelle ils font l objet d examens individuels - une période de 30 jours dite de quarantaine sensu stricto précédant l entrée des verrats dans le CIA, au cours de laquelle les animaux sont isolés dans une station de quarantaine agréée et soumis à de nouveaux examens individuels En outre, des garanties doivent être apportées sur le statut sanitaire des exploitations et des cheptels dans lesquels les verrats sont nés ou ont séjourné depuis leur naissance jusqu à leur admission dans un centre. Les prélèvements nécessaires à la réalisation des examens et des épreuves prévus sont pratiqués par le vétérinaire sanitaire du centre, les agents des services vétérinaires ou le personnel du Laboratoire National de Contrôle des Reproducteurs. Les verrats ayant présenté des résultats positifs ne sont pas autorisés à entrer dans le centre de collecte. Tableau 17 - Annexes II et III : 2 protocoles de renouvellement du DSA 74 Nombre Protocole Fréquence de dépistage minimal d animaux 1 tous les 3 mois = 4 fois/an 20 issus Plus tous les 6 mois = 2 fois/an 15 repro + 20 issus 2 toutes les 6 semaines = 16 fois/an 8 issus Plus tous les 3 mois = 4 fois/an 15 repro + 8 issus

76 Contrôles réglementaires de préquarantaine Garanties relatives au statut sanitaire des exploitations Les verrats candidats à l admission en CIA doivent provenir d exploitations : - qui ne sont pas situées dans une zone de restriction sanitaire établie au titre de la législation communautaire suite à l apparition d une MRLC ; - dans laquelle aucun animal vacciné contre la Fièvre Aphteuse n était présent au cours des douze mois précédents ; - titulaires d un DSA (annexes I, II ou III). Dans le cas de l annexe III, les animaux doivent quitter l exploitation au moment du sevrage, ne pas être vaccinés contre la Maladie d Aujeszky et séjourner ensuite dans une exploitation titulaire d un DSA annexe II ; - dans lesquelles aucune manifestation clinique, sérologique ou virologique de la Maladie d Aujeszky n a été décelée au cours des douze mois précédents ; - indemnes de Brucellose au sens du code zoosanitaire de l OIE. Examens individuels des verrats en préquarantaine Tous les verrats admis dans un centre de collecte de semence doivent avoir été, avant la période de quarantaine et au cours des 30 jours précédents, soumis avec des résultats favorables aux examens et tests suivants réalisés conformément à la législation : - un examen clinique constatant le bon état de santé, et notamment l intégrité des organes génitaux externes (effectué par le vétérinaire sanitaire) ; - un test sérologique pour le diagnostic des maladies suivantes : la Maladie d Aujeszky, la Peste porcine classique et la Brucellose. Les documents justificatifs de préquarantaine : conditions d entrée en quarantaine Tout verrat, pour être admis dans les locaux de quarantaine, doit être accompagné des pièces suivantes : - DSA (annexes I, II ou III) : pour justifier du statut sanitaire des cheptels où il est né (ou a séjourné) avant son entrée en quarantaine. Chaque verrat doit être accompagné d autant de DSA que d exploitations dans lesquelles il a séjourné ; - attestation sanitaire complétée par le responsable de l exploitation et le vétérinaire sanitaire justifiant de l obtention de résultats favorables aux examens et tests individuels requis en préquarantaine. Une attestation unique est rédigée pour chaque lot de verrats, c est-à-dire pour l ensemble des verrats quittant une exploitation à la même date et à destination du même local de quarantaine ; - résultats des examens de laboratoire, c est-à-dire des analyses sérologiques individuelles de préquarantaine (résultats attestés par certificat du directeur d un laboratoire agréé). Les modèles de DSA et d attestation sanitaire sont présentés dans la note de service du 12 mars 2002 (annexe 6). Contrôles réglementaires en quarantaine Dans les 15 derniers jours de la période de quarantaine, le verrat est soumis à une nouvelle série d examens individuels : - un examen sanitaire de la semence - des tests sérologiques pour la recherche de la Maladie d Aujeszky et de la Brucellose. Des documents sont ensuite délivrés : - certificat du directeur du Laboratoire National de Contrôle des Reproducteurs (LNCR) concernant l examen sanitaire de la semence - certificat du directeur d un laboratoire agréé concernant les tests sérologiques en fin de période de quarantaine. Procédure d admission des verrats dans un CIA La délivrance de l autorisation d admission des verrats en CIA est subordonnée au respect de la totalité des dispositions relatives à la période de préquarantaine et de quarantaine ainsi qu à l avis technique du directeur du LNCR. Le responsable de la quarantaine constitue, pour chaque lot de verrats destiné à un même CIA, un dossier de demande d admission regroupant, pour chaque verrat, les résultats des tests individuels de quarantaine ainsi que les pièces justificatives nécessaires à l édition de l autorisation sanitaire d utilisation en CIA. Après vérification du dossier, le LNCR édite une Autorisation sanitaire de transport et d utilisation pour l insémination artificielle (modèle dans la note de service du 12 mars 2002 : annexe 6). Ce document récapitule individuellement pour chaque verrat les résultats obtenus par l animal à la totalité des contrôles réglementaires et les conditions afférentes aux exploitations d origine et de provenance. Le Directeur Départemental des Services Vétérinaires du département où se situe le CIA qui accueille le verrat vérifie que toutes les conditions sont satisfaites et signe le document pour confirmer l autorisation. Les animaux ne sont admis dans le CIA que s ils sont titulaires de cette autorisation sanitaire. Le document doit accompagner le verrat jusqu au CIA et doit être conservé au moins 2 ans. 75

77 La Sélection Porcine Collective en France Fiche 1 La sélection collective en quelques chiffres Insémination : 60 % des portées SELECTION truies 90 élevages Performances de reproduction sur les truies Contrôle de performances en ferme sur cochettes et jeunes verrats par an (croissance, adiposité, tétines ) Production de truies et verrats grands-parentaux (race pure) STATIONS PUBLIQUES DE CONTROLE DES PERFORMANCES 3 stations : Argentré, Le Rheu et Mauron, accueillant ~4 000 porcelets/an Elevage en groupe (mesure de la consommation individuelle, croissance et efficacité alimentaire) Abattage de tous les animaux (mesures précises de composition corporelle et de qualité de viande) CENTRE D INSEMINATION ARTIFICIELLE (1) verrats race pure (dont 750 Piétrain) 1300 verrats croisés EVALUATION BLUP-Modèle animal (ITP-INRA) Calcul des valeurs génétiques MULTIPLICATION (1) Truies grand-parentales Elevages 326 Production de verrats croisés terminaux Production de truies croisées parentales Diffusion aux élevages de PRODUCTION (1) chiffres ne concernant que les animaux des LGPC ou leurs croisements truies parentales mouvement d animaux ou de semence circulation des données Base de sélection : effectifs (année 2002) Lignées maternelles Lignées paternelles Large White Landrace Français Large White Piétrain Nombre d élevages Nombre de truies Nombre de verrats différents utilisés en sélection

78 Fiche 1 La Sélection Porcine Collective en France Base de sélection : performances moyennes en ferme sur les caractères de production et de reproduction (année 2002) Performances de production Performances de reproduction Morphologie Lignées maternelles Lignées paternelles Large Landrace Large Piétrain White Français White Effectif contrôlé Femelles Mâles Age à 100 kg (jours) Femelles Mâles Epaisseur de lard Femelles à 100 kg (mm) Mâles Epaisseur de noix de Femelles côtelette à 100 kg (mm) Mâles Nombre de portées Nombre de nés totaux / portée Porcelets nés vivants / portée Porcelets sevrés / portée Nombre de tétines Femelles totales Mâles Nombre de tétines Femelles fonctionnelles Mâles Base de sélection : performances moyennes en station (année 2002) Performances de croissance Performances de carcasse (ajustées à 100kg vif) Performances de qualité effectifs contrôlé Lignées maternelles Large Landrace Large White Français White Lignées paternelles Piétrain Castrats Castrats Castrats Femelles Gain moyen quotidien kg (g/j) Indice de consommation kg (kg/kg) Consommation Moyenne Journalière (kg/j) Age à 35 kg (j) Age à l abattage (j) Poids fin de contrôle (kg) Rendement de carcasse avec tête (%) Teneur en viande maigre (%) Poids 1 / 2 carcasse (kg) Poids jambon (kg) Poids épaule (kg) Poids poitrine (kg) Poids longe (kg) Poids bardière (kg) Indice de Qualité de Viande (point) ph Temps d imbibition (dizaine de sec) Réflectance L

79 La Sélection Porcine Collective en France Fiche 2 LE Circuit de l information dans le cadre de l évaluation génétique nationale Elevages de multiplication Stations publiques de contrôle des performances Elevages de sélection Contrôle en ferme : pré-tri des reproducteurs (BLUP intra-troupeau) plan d'accouplements décision de sélection réformes Performances de reproduction Performances de production (collatéraux abattus) Performances de production et de reproduction Déclarations d'entrées et de réformes Base GTTT Organisation de Sélection Porcine Base nationale ITP-INRA - gérée au CTIG - contenant généalogies et performances Validation des données Préparation des fichiers Estimation des valeurs génétiques BLUP et leur précision validation des résultats VG des verrats de CIA Déclarations d'entrées et de réformes Résultat de l'évaluation génétique nationale : envoi des Valeurs Génétiques nationales (VG) Performances et événements : envoi de données brutes vers la base nationale Centres d'insémination Artificielle

80 Fiche 2 La Sélection Porcine Collective en France Sélection collective : les acteurs du circuit de l information Situation au 31/12/2002 CENTRES D INSEMINATION ARTIFICIELLE AGIRE PIG ALSACE GENETIQUE COBIPORC GENELIA GENES DIFFUSION INPIG INRA SEIA PORCIGENE STATIONS PUBLIQUES DE CONTROLE DE PERFORMANCES ARGENTRE MAURON LE RHEU INRA - ITP ADN BPS CPPR France sélection GENE + Nucléus Porfimad Selpa St Yvi COOP Broons CECAB PRESTOR PBO VIAPORC DYNAL COOPAGRI Union Set PSB UCAAB SOCAGERAL UCAGENOF COPESE (Espagne) GENAPORC (Espagne) CANA CAM 53 SCEPP SOFIPORC SCA CAP 50 PORCIAL FIPSO COOPERL-HUND Centrale Paysanne (Luxembourg) 16 élevages de sélection 4 élevages de sélection 5 élevages de sélection 2 élevages de sélection 27 élevages de sélection 37 élevages de sélection 1 élevage de sélection 2 élevages de sélection Organisations de Sélection Porcine Groupements Élevages de sélection

81 La Sélection Porcine Collective en France Fiche 3 Obligations réglementaires L IDENTIFICATION L identification des animaux de l espèce porcine doit répondre à des exigences réglementaires. Les animaux destinés à la reproduction sont identifiés conformément aux dispositions prévues dans l arrêté du 18 juillet 1969, de la loi sur l élevage : Tous les animaux reçoivent un même numéro à 5 caractères attribué par l EDE, correspondant au numéro de l élevage naisseur et appelé indicatif de marquage. Ce numéro est obligatoire pour tous les porcs. Dans le cas où l opération d identification de l animal donne lieu à une opération concomitante de déclaration de filiation, l animal reçoit un 2 ème numéro de 5 caractères qui précise son identité, en complétant le numéro précédent. Ce numéro est appelé numéro d ordre millésimé. Ce numéro est obligatoire pour tous les futurs reproducteurs. Numéro d identification individuel Chaque animal est identifié par un numéro unique à 10 caractères qu il est le seul à détenir parmi ses contemporains : N individuel = Indicatif de marquage + Numéro d ordre = 10 CARACTERES De 1969 à 2002 N de l'indicatif de marquage de l'élevage naisseur Numéro INSEE du département de naissance Identifiant unique dans le département attibué par l'ede 75 ABC N d'ordre millésimé Millésime de l'année de naissance 9 pour 1999 Numéro d ordre de naissance de l animal dans l élevage 1 1 Système limité à l'indentification de animaux par élevage et par an : l'utilisation de lettres en première position du numéro d'ordre a permis d'étendre les possibilités : exemple A000 à A999 pour identifier les animaux entre et etc Futurs décrets et arrêté à paraître Code ISO du pays de naissance Indicatif de marquage de l'élevage unique dans le département attribué par l'ede FR 75 ABC Numéro d ordre de naissance dans l élevage 1 ( animaux maxi) Millésime de l'année de naissance Structure du numéro national individuel Tatouage physique sur l animal = 10 caractères : n d ordre millésimé = A (année en 1 seul chiffre) + NNNN Numéro national informatique = 11 caractères : n d ordre millésimé = AA (année en 2 chiffres) + NNNN Méthode d identification L IDENTIFICATION Moment AVANT LE SEVRAGE et le plus tôt possible après la naissance : pour éviter les erreurs dues aux adoptions Qualité PERENNE et LISIBLE pendant toute la vie de l animal : pour éviter les erreurs et pertes de temps à la lecture Site AU NIVEAU DE L OREILLE Ordre chronologique PAR PORTEE des numéros puis PAR SEXE Application Indicatif de marquage à droite et numéro d ordre millésimé à gauche des numéros OU Les 2 numéros sur chaque oreille Importance de la qualité de l identification Pour garantir une fiabilité optimale de l information généalogique : - Pour une évaluation génétique fiable des candidats (qualité de l information généalogique des apparentés) - Pour la bonne tenue du Livre Généalogique Porcin - Pour l élaboration du Certificat d origine et de performances, obligatoire pour les reproducteurs de race pure changeant de propriétaire, destinés aux CIA ou à l exportation.

82 Fiche 3 La Sélection Porcine Collective en France Matériel d identification Tatouage méthode pérenne, la plus sûre et la plus utilisée MAIS difficilement lisible dans le temps Boucle plastique plus facile à lire MAIS moins fiable (perte de boucles ) Identification électronique méthode expérimentale, lecture rapide, automatique et à distance MAIS coût encore élevé Exemple de matériels d identification pince à tatouer, actionnée à la main pince à tatouer, actionnée au pied pince à boucler Résultat du tatouage : une moitié du numéro individuel par oreille ou les 10 caractères à chaque oreille Fiche portée Les numéros individuels appliqués sur les porcelets, ainsi que d autres informations concernant les mises bas, doivent être enregistrés sur une «fiche portée». Cette fiche est capitale pour sécuriser la généalogie de tout animal dès sa naissance. Informations à collecter lors des mises-bas et du tatouage des porcelets : n du père et de la mère date de mise-bas le rang de portée de la truie type de mise-bas (normale, avortement, portée adoptive, constat de non gestation ) n de tatouage individuel de chaque porcelet (ou au moins le premier et le dernier porcelet tatoué de la portée) le sexe de chaque porcelet. En général, ces renseignements sont notés sur une fiche d élevage pour chaque portée. Cette même fiche peut servir également ultérieurement pour enregistrer les performances de reproduction de la truie. Exemple de copie d écran «saisie des portées Delta G»

83 La Sélection Porcine Collective en France Fiche 4 LE CONTROLE EN FERME : Les performances de reproduction (lignées femelles) Depuis le milieu des années 90, la taille de portée fait partie des objectifs de sélection des populations Large White et Landrace français. En maternité, le dénombrement des porcelets, à la naissance et au sevrage, doit être réalisé avec attention, en particulier en cas d adoptions. Depuis la fin des années 90, d autres observations, telles que des notations d aptitudes maternelles et des observations sur la portée et les porcelets (détaillées ci-après) font également partie des informations collectées dans les élevages de sélection. Enregistrements à la mise bas et au sevrage le numéro de la truie le rang de la portée le numéro du verrat père la date de mise bas le nombre dans la portée de porcelets : - nés vivants ( = nés et ayant respiré) - morts nés / - momifiés le cas échéant, le nombre dans la portée de porcelets : - retirés à la truie / - adoptés par la truie la date de sevrage de la portée le nombre de porcelets «sevrés de la truie» le nombre de porcelets «sevrés par la truie» Qualités maternelles La période mise bas / lactation se décompose en 3 phases au cours desquelles diverses informations sont collectées :

84 Fiche 4 La Sélection Porcine Collective en France Observations sur la portée : notation des observations selon la liste prédéfinie Code Libellé de(s) observation(s) sur la portée AG Agalaxie AR Arthrite de la truie EC Ecrasement de porcelets IM Intervention Médicale LI Lactation faible LX Lactation importante MA Mammite MV Manque de vigueur des porcelets MT Mise bas au delà du terme MD Mise bas déclenchée MP Mise bas prématurée NE Porcelets hétèrogènes naissance NO Porcelets homogènes naissance PS Porcelets supprimés PA Portée adoptive HE Sevrage hétérogène HI Sevrage homogène léger HX Sevrage homogène lourd HM Sevrage homogène moyen MM Syndrome MMA TE Température élevée à la mise-bas TL Température élevée pendant lactation AP Trouble de locomotion AN Truie anorexique GT Truie avec grosses tétines GS Truie grasse à la sortie de maternité GE Truie grasse à l'entrée en maternité MS Truie maigre à la sortie de maternité ME Truie maigre à l'entrée en maternité TB Truie très bonne 00 Truie très mauvaise Anomalies des porcelets : notation des anomalies selon la liste prédéfinie Code Libellé de l anomalie AI Anus imperforé AT Atrophie / dissymétrie testiculaire AV Atrophie vulve CR Cryptorchidie - Pif - Testicule(s) dans l'abdomen HB Hernie ombilicale (vu en maternité) HO Hernie ombilicale (vu au contrôle en ferme) HS Hernie scrotale/inguinale (vu au contrôle en ferme) HT Hernie scrotale/inguinale (vu en maternité) IS Intersexué (sexe ambigu) MA Animal malformé (autres anomalies) PF Prognathisme facial PH Phimosis (Étroitesse prépuce) RU Rétention urinaire Exemple de fiche prétabulée de saisie des performances de reproduction (Delta G)

85 La Sélection Porcine Collective en France Fiche 5 LE CONTROLE EN FERME : Les performances de production mesurées sur les candidats Le contrôle de performances des porcs a été mis en place selon un protocole bien défini, pour collecter les données nécessaires à l évaluation génétique des candidats. La quasi-totalité des animaux d un élevage de sélection est soumise au contrôle de performances en ferme. Mis en place dès 1968, il s agit d un protocole assez simple, généralisable à un grand nombre d animaux et complémentaire à celui appliqué en station. Définition d une bande (ou lot) de contrôle : L éleveur Les animaux Les conditions de contrôle Le moment du contrôle UN LOT DE CONTROLE = Un seul éleveur Race Une seule race Sexe Un seul sexe Age Animaux de même âge (écart maximum de 15 jours) Nombre Minimum 18 candidats destinés au contrôle en ferme, de même race et de même sexe Poids Poids vif des animaux contrôlés entre 65 et 135 kg (idéalement vers 100kg) Mêmes conditions d élevage (2 salles avec des conditions différentes = 2 lots de contrôle) : même bâtiment même température même densité même alimentation Alimentation à volonté Idéalement : une seule date de contrôle Dans le cas de plusieurs dates : écart maximum de 10 jours entre les dates extrêmes de contrôle Maximum : 2 dates de contrôles possibles Informations obligatoires collectées en lignée mâle et en lignée femelle Numéro de l élevage Matériel utilisé pour les mesures Nom de l opérateur réalisant les mesures Date(s) du contrôle Race, année, bande et sexe Nombre d animaux contrôlés Type de contrôle (une ou plusieurs date(s), avec ou sans pesée en début de contrôle, avec ou sans mesure d épaisseur de muscle) Numéro de l animal contrôlé et sa date de naissance Poids de l animal en fin de contrôle (lors des mesures) 6 mesures d épaisseur de lard dorsal aux ultrasons (US), avec un échographe et conformément aux indications. Informations complémentaires Pesée intermédiaire correspondant au poids de début de contrôle, 2 possibilités : - au sevrage : à 28 jours en moyenne (21 à 35 j) - en fin de post-sevrage : entre 60 et 70 j. 2 mesures d épaisseurs de noix de côtelette (lignées mâles) : - mesures d épaisseur de longe sur l animal vivant avec un échographe (notées X5), conformément aux indications. Comptage et Qualification des tétines (lignées femelles) - nombre de tétines fonctionnelles à droite - nombre de fausses tétines à droite - nombre de tétines fonctionnelles à gauche. - nombre de fausses tétines à gauche - nombre de tétines intercalaires (à droite et à gauche) - nombre de tétines râpées (à droite et à gauche). Pointage des animaux (notes de 1 à 5 ) sur : - la conformation : note DLJT (Développement / Longe / Jambon / Type) - les aplombs : note APO (aplombs Antérieurs / aplombs Postérieurs / Onglons). Anomalie(s), le cas échéant : selon la codification préétablie. Observation(s) ou problème(s) divers sur l animal contrôlé, le cas échéant : selon la codification préétablie. Destination des candidats après le contrôle : - maintien dans l élevage de sélection pour le renouvellement du troupeau, voire l envoi en CIA - vente à des élevages de multiplication - envoi à l abattoir. Mesures de qualité de la viande sur au minimum 15 animaux du lot abattus : 2 méthodes possibles - méthode basée sur le ph ultime : 2 mesures de ph24 dans le jambon (muscles adducteur et demi-membraneux) - méthode basée sur le rendement à la cuisson d un échantillon : mesure du taux de perte au ressuage et à la cuisson sur un échantillon de 50 g du muscle demimembraneux.

86 Fiche 5 La Sélection Porcine Collective en France Méthodes de mesures Les candidats subissent un par un toutes les mesures, après lecture de leur tatouage et éventuellement apposition de leur numéro sur le dos. Exemple d organisation de l atelier de contrôle : La bascule est placée dans le couloir d engraissement. Les animaux entrent d autant plus facilement dans la bascule puisqu il y a peu de changement de niveau. Un goulot d étranglement permet également de conduire plus facilement les animaux vers la balance. La personne qui conduit les porcs dans la bascule fournit donc moins d effort et les animaux sont moins stressés. Sites et ordre de mesures des épaisseurs de lard et de noix de côtelette lors du contrôle de performances Pesée individuelle des animaux contrôlés : La balance, dont la précision est régulièrement contrôlée, est placée à un endroit fixe et stratégique pour une optimisation du contrôle (gain de temps et bonnes conditions de travail) Mesures aux ultrasons : Mesure des épaisseurs de lard (et de noix de côtelette par échographe) Sites de mesure de l'épaisseur de lard Sangles cm EPAULE DOS REIN 10 cm Lecture de l'épaisseur de lard Mesures - Epaisseur de lard = site 1 à 6 - Epaisseur noix de côtelette = site 3 et 4 1 Rein droit 2 Rein gauche en arrière du rein : dernière vertèbre lombaire (à égale distance du grasset et de l arrière du jambon) Creux de l'épaule passage des sangles Grasset Pointe de fesses arrière de jambon 3 Dos droit au milieu du dos : entre la 3 ème 4 Dos gauche et la 4 ème dernières côtes cm cm cm A B Sonde de l échographe (Palpeur) : perpendiculaire à la couenne et parallèle à la ligne dorsale 5 Epaule droite en arrière de l épaule : 10 cm derrière le creux (10 cm en retrait du passage 6 Epaule gauche des sangles ) C Position du palpeur : Mesure à 4 cm de part et d autre de la ligne médiane du dos AB = épaisseur de lard BC = épaisseur de noix de côtelette

87 La Sélection Porcine Collective en France Fiche 5 Comptage et qualification des tétines : Dans un souci d harmonisation, il est important de connaître les qualificatifs des différents types de tétines : - tétine fonctionnelle (ou bonne tétine = tétine non râpée et non intercalaire, avec un canal galactophore) - fausse tétine = petite tétine sans canal galactophore - tétine intercalaire (ou intermédiaire) = petite et fausse tétine implantée au milieu d un espace normal entre 2 tétines normales - tétine râpée = tétine «usée» mécaniquement (en maternité lors des tétées : concerne souvent les premières tétines) ; une tétine râpée est souvent initialement une bonne tétine - tétine invaginée = tétine souvent normale avec présence du canal galactophore, mais avec l extrémité retournée fausse tétine bonnes tétines tétine intercalaire petite tétine tétine invaginée Exemple de notations de tétines Pointage des animaux : Chaque note attribuée va de 1 à 5, la note 1 correspondant à la note la plus médiocre et la note 5 à l idéal recherché. Notes de 1 à 5 sur : - la conformation : notes DLJT (Développement / Longe / Jambon / Type) = 4 notes - les aplombs : notes APO (aplombs Antérieurs / aplombs Postérieurs / Onglons) = 3 notes Anomalies de chaque animal contrôlé : notation des anomalies selon la liste prédéfinie Code Libellé de l anomalie AI Anus imperforé AT Atrophie / dissymétrie testiculaire AV Atrophie vulve CR Cryptorchidie - Pif - Testicule(s) dans l'abdomen HB Hernie ombilicale (vu en maternité) HO Hernie ombilicale (vu au contrôle en ferme) HS Hernie scrotale/inguinale (vu au contrôle en ferme) HT Hernie scrotale/inguinale (vu en maternité) IS Intersexué (sexe ambigu) MA Animal malformé (autres anomalies) PF Prognathisme facial PH Phimosis (Étroitesse prépuce) RU Rétention urinaire Observation(s) ou problème(s) divers de chaque animal contrôlé : notation des observations selon la liste prédéfinie Code Libellé de(s) Observation(s) sur l animal AM Animal amaigri GR Animal couvert (gras) AP Aplomb (défaut) AR Aplomb arrière (défaut) AV Aplomb avant (défaut) AT Arthrite VI Aveugle BA Bassin défaut CA Canibalisme (Queue) CP Capelet (Excroissance os. des membres) CE Ceinturé épaule CF Conformation faible (fluet) CX Conformation importante (globuleuse) ES Coup de flanc (essouflement) IC Croissance faible XC Croissance importante DE Dermatite DI Développement faible DX Développement important DA Diarrhée DU Durillon (Boule aux pattes) EN Entérotoxémie (Porc ballonné) FO Fourreau gros (sans rét. urinaire) N? Génotype Hal (NN ou Np) à vérifier P? Génotype Hal (pp ou Np) à vérifier NN Génotype Hal NN Np Génotype Hal Np pp Génotype Hal pp BS Homogène (bien soudé) Code ID IL LJ MB XI XX NU ER OD OF PI PR NE RR SL TX TC DG TD TF TH TI TE RT TR TY TB UL VP VR Libellé de(s) Observation(s) sur l animal Identification à revoir Iléite Long jointé (tarse ou carpe aplati) Mort subite Noix de côtelette faible Noix de côtelette importante Nurserie Onglon(s) désergotté(s) Onglons disymétriques Oreille Frisée Performances Insuffisantes Pincé(e) aux reins Problème nerveux-nervosité Prolapsus rectal (retournement) Splay leg Tétines belles Tétines courtes (petites) Tétines déséquilibre droite gauche Tétines douteuses Tétines fausses Tétines hétérogènes en taille Tétines intermédiaires Tétines invaginées Tétines mal réparties Tétines rapées Type non conforme Type remarquable Ulcère Vulve piquée Vulve rapée

88 Fiche 5 La Sélection Porcine Collective en France Exemple d une fiche pré-tabulée pour la saisie des performances du contrôle en ferme (Delta G) Exemple d organisation du travail Pour maîtriser le flux d animaux à contrôler, des barrières sont utilisées afin de compartimenter le site de contrôle (couloir ou salle) : - compartiment A : à l entrée de la bascule, pour stocker les porcs sortis à contrôler - compartiment B : au niveau de la bascule - compartiment C : à la sortie de la bascule, où l animal peut marcher - compartiment D : où les porcs d une case sont stockés après contrôle Porcs stockés avant contrôle A B 1 1 lot (1 case) d animaux du même sexe sortis de la salle d engraissement Animal au pointage Animal à la pesée US (et X5) Bascule 2 Lot stocké au niveau de l entrée de la bascule : les animaux sont tous contrôlés un par un Condition : 65 < poids < 135 kg 3 1 animal, pris au hasard, est conduit dans la bascule : - lecture du numéro de l animal - pesée de l animal - application du gel sur le dos de l animal ou sur le palpeur - mesure US des épaisseurs de lard (en lignée mâle : mesure des X5) - notation et qualification des tétines (ou hors de la bascule) Animal sorti de la bascule : 4 - pointage de l animal (note APO et DLJT) en le regardant marcher - constatation des anomalies et/ou observations - en cas de tri : destination (temporaire ou non), codifiée par une marque sur son dos 5 Animal conduit dans le compartiment D 6 Lot reconduit dans sa case d engraissement, puis passage au lot suivant (reprendre à l étape 1) C D Porcs stockés après contrôle

89 La Sélection Porcine Collective en France Fiche 6 LE CONTROLE EN STATION : Les performances de production mesurées sur les collatéraux Le contrôle de performances des animaux a été mis en place selon un protocole bien défini, pour collecter les données nécessaires à l évaluation génétique des candidats. Certaines données sont mesurées en élevage de sélection sur les candidats et d autres sont collectées sur des collatéraux (pleins frères ou sœurs des candidats) dans une des trois stations publiques de contrôle des performances. L évaluation génétique exploite conjointement les performances mesurées sur les candidats en ferme et les performances des collatéraux abattus contrôlés en station. Les données collectées en station sont des données qui nécessitent l abattage de l animal ou qui sont trop difficiles et/ ou coûteuses pour être réalisées à grande échelle. Le protocole de contrôle de performances en station, beaucoup plus lourd qu en ferme, est appliqué à un petit nombre de collatéraux qui ont quitté leur élevage de sélection d origine. ÉLEVAGES DE SÉLECTION Contrôle de performance sur les candidats ( / an) Envoi de porcelets, collatéraux des candidats, en station ( /an) STATIONS PUBLIQUES DE CONTROLE DE PERFORMANCES ARGENTRE / MAURON / LE RHEU Engraissement en groupe et alimentation à volonté Identification électronique de tous les animaux Contrôle : - mesures de consommation individuelle - pesées à différents stades Après contrôle en station à 100 kg : envoi à l abattoir ITP-INRA Evaluation BLUP Réception des données Calcul des Valeurs Génétiques Envoi des résultats Abattoirs - Abattage de tous les animaux - Découpe de la demi-carcasse - Mesures de qualité de viande Mouvements d'animaux Envoi des performances Envoi des résultats de l'évaluation génétique Intérêts de la mise en station performances sur des caractères de l objectif de sélection, dont la mesure est coûteuse (IC, CMJ ) performances sur des caractères de l objectif de sélection nécessitant l abattage de l animal (IQV, carcasse ) amélioration de la précision des valeurs génétiques pour les animaux restés en élevage amélioration de la connexion entre les élevages Conditions d entrée des porcelets en station de contrôle des performances Poids minimum requis selon la classe d âge Mauron Le Rheu et Argentré Classe d âge Semaines * Jours * Poids minimum (kg) * * uniquement pour le Piétrain Landrace - Large White Piétrain sexe castrats femelles Règles d échantillonnage et choix des animaux - un lot de 8 à 12 porcelets (homogène en poids et en âge) par élevage fournisseur et par entrée - 1 animal par portée en favorisant la variabilité des origines (tolérance de 2 au maximum) - tatouage des porcelets selon l identification nationale à 10 caractères et bien lisible - animaux indemnes de tares et maladies et de bonne constitution (non chétifs) - privilégier des porcelets issus de verrats (de CIA ou d élevage) ayant peu de descendants en station : optimum de 5 à 10 descendants / verrat - pour établir une connexion avec le contrôle en ferme : les éleveurs qui fournissent les animaux doivent constituer une bande de verrats contemporains contrôlés en ferme Document à fournir - les animaux seront accompagnés d un document d information comportant les renseignements généalogiques et la date de naissance de chaque porcelet.

90 Fiche 6 La Sélection Porcine Collective en France Performances mesurées sur les collatéraux Tous les porcelets envoyés en station sont abattus : le contrôle des performances concerne l animal vivant (vitesse de croissance, appétit, efficacité alimentaire) et l animal abattu (composition corporelle, qualité de viande). Données collectées pour chaque animal contrôlé en station Caractères calculés à partir des données mesurées Poids en début et en fin de contrôle Croissance pondérale estimée par le Gain Moyen Quotidien (GMQ) entre 35 et 100 kg. Pesée automatique (plateau peseur- système BALEA) Consommation alimentaire individuelle dans des conditions d alimentation à volonté et en groupe (mesurée par des distributeurs automatiques d aliment ACEMA qui pèsent la quantité d aliment consommée par chaque individu identifié). Efficacité alimentaire estimée par l Indice de Consommation(IC) entre 35 et 100 kg. Appétit en engraissement estimé par la Consommation Moyenne Journalière (CMJ) = poids moyen d aliment consommé quotidiennement par animal. Mesure de consommation alimentaire (automate ACEMA) Composition corporelle : Découpe normalisée de la 1/ 2 carcasse et pesée des morceaux (jambon (BA), longe (LO),bardière (BA), poitrine, épaule) Rendement de carcasse (RDT) RDT = poids de carcasse avec tête / poids vif départ abattoir. Longe Épaule Jambon Poitrine Découpe normalisée de la 1/ 2 carcasse Taux de Viande Maigre (TVM) calculé TVM = (1.197*JA) + (1.076*LO) - (1.059*BA) (poids des morceaux ajustés à 100 kg de poids vif). 3 mesures de qualité de viande : ph ultime, réflectance (REFL) et temps d imbibition (RET) de différents muscles du jambon. Indice de Qualité de Viande (IQV) = prédicteur du rendement technologique de la transformation en jambon cuit IQV = ph RET REFL ph 24 réflectance pouvoir de rétention d eau

91 Autres outils produits par l ITP concernant la génétique porcine un extranet de l évaluation génétique collective «Performances et sélection» (accès réservé) un CDrom de photos des races porcines dans le monde un poster des races porcines françaises des plaquettes : - L organisation de l amélioration génétique porcine en France (version française ou anglaise) - Le dispositif collectif français d évaluation génétique - Les grandes races porcines françaises - Les races locales porcines françaises

92 Agence de la Sélection Porcine Agence de la Sélection Porcine 149, rue de Bercy Paris Cedex 12 Tél. : Fax : Institut National de la Recherche Agronomique Station de Génétique Quantitative et Appliquée Domaine de Vilvert Jouy-en-Josas Cedex Ministère de l'agriculture de l'alimentation de la pêche et des affaires rurales Ministère de l'agriculture de l Alimentation de la Pêche et des Affaires Rurales DPEI, Bureau de la Sélection 3, rue Barbet de Jouy Paris Institut Technique du Porc, Pôle Génétique La Motte au Vicomte, BP Le Rheu Cedex Tél : Fax : Édité par l Institut Technique du Porc 149 rue de Bercy Paris Cedex 12 Tél. : + 33 (0) Fax : + 33 (0) Deuxième trimestre ISBN