BDBIO - XML et XQuery

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1 BDBIO - XML et XQuery Fabien Duchateau fabien.duchateau [at] univ-lyon1.fr Université Claude Bernard Lyon

2 Rappels Les données d application sont principalement gérées par des systèmes de gestion de bases de données (SGBD), qui suivent un modèle de données : Relationnel comment bien modéliser pour créer une BD relationnelle comment interroger une BD relationnelle BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 2 / 55

3 Rappels Les données d application sont principalement gérées par des systèmes de gestion de bases de données (SGBD), qui suivent un modèle de données : Relationnel comment bien modéliser pour créer une BD relationnelle comment interroger une BD relationnelle Comment modéliser et interroger des SGBD qui suivent d autres modèles de données? BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 2 / 55

4 Positionnement dans BDBIO BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 3 / 55

5 Le langage XML XML pour extensible Markup Language Standard W3C depuis 2008 Langage de balisage (avec les chevrons) Initialement développé pour faciliter l interopérabilité et le stockage (échange de données, sérialisation) Quelques SGBD basés sur le stockage de documents XML BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 4 / 55

6 Technologies XML XML regroupe un ensemble de technologies : Description d un document (DTD, XML schema) Sélection d une partie d un document (XPath) Interrogation de document (XQuery) Transformation de document (XSLT) API pour manipuler un document (DOM pour une représentation en arbre, SAX par déclenchement d événements) BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 5 / 55

7 SGBD natifs XML Quelques SGBD orientés document (mouvement NoSQL, post-relationnel) utilisent un document XML comme unité de stockage (logique) BaseX exist Berkeley DB XML BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 6 / 55

8 Plan Document XML XML Schema XPath XQuery

9 Définition Un document XML correspond à un ensemble de données organisées dans un arbre Format textuel Extension de fichier :.xml Considéré compréhensible à la fois par les humains et les machines Syntaxe à base de balises (comme en HTML) balise par paire (<div> </div>) balise orpheline (<img />) BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 8 / 55

10 Exemple de document simple 8 <? xml version ="1.0" encoding =" utf -8"?> 9 <collection > 10 <bd id="1"> 11 <auteure >Fmurrr </ auteure > 12 <titre >Sabotage et pâturage </ titre > 13 <annee >1995 </ annee > 14 </bd > 15 </ collection > Un simple document avec son entête, un élément <collection> qui contient un élément <bd>. L élément <bd> est décrit par trois propriétés (éléments et texte) BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 9 / 55

11 Types de noeuds XML Un arbre XML possède différents types de noeuds : Racine = document complet. Elle possède exactement un noeud élément contenant les données Élément = noeud possédant un nom (balise). Il peut posséder des noeuds filles de tous types (sauf racine) Attribut = noeud sous forme nom = valeur et qui est rattaché à la balise ouvrante d un élément. Pour un élément donné, impossible d avoir deux attribut portant le même nom Texte entre une balise ouvrante et une fermante Commentaire BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 10 / 55

12 Syntaxe XML Un prologue optionnel (indications pour la lecture du document) <?xml version= 1.0 encoding= utf-8?> Des éléments imbriqués pouvant contenir des attributs l ordre entre les noeuds enfants est significatif l ordre entre les noeuds attributs (d un même élément) n est pas important <element attribut= valeur ></element> <element attribut= valeur /> BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 11 / 55

13 Exemple de syntaxe XML 33 <? xml version ="1.0" encoding =" utf -8"?> 34 <racine attribut1 =" valeur1" attribut2 =" valeur2" > 35 <!-- commentaire --> 36 <element1 > 37 texte1 38 </ element1 > 39 <element2 attribut3 =" valeur3" /> 40 <prefixe: element3 attribut4 =" valeur4" > 41 texte2 42 </ prefixe: element3 > 43 </ racine > Un exemple de document XML avec les différents types de noeuds BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 12 / 55

14 Espaces de nom XML Un espace de nom est une URI qui permet d éviter les ambiguïtés sur les noms XML (issus de vocabulaires / schémas différents) Nom qualifié = prefixe:nom, où prefixe est une référence vers une URI Nom sans préfixe = nom local, dont l espace de nommage est celui du schéma s il n y a pas d espace pour le schéma, le nom n a pas d espace de nommage BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 13 / 55

15 Syntaxe des espaces de nom XML Un espace de nom est précisé par l attribut xmlns <element xmlns:prefix=uri> <element xmlns=uri> Un espace de nom défini pour un élément est disponible pour tous les enfants de cet élément Sans préfixe, l espace de nommage est celui par défaut 46 <root xmlns:espace1="uri1" xmlns:espace2="uri2"> 47 <espace1:element > 48 <!-- cette balise element vient du vocabulaire de uri1 --> 49 </espace1:element> 50 <espace2:element > 51 <!-- cette balise element vient du vocabulaire de uri2 --> 52 </espace2:element> 53 </root> BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 14 / 55

16 Exemples d espaces de nom XML 56 <? xml version ="1.0" encoding =" utf -8"?> 57 <collection xmlns=" www. bedetheque. com/" > 58 <bd id="1" xmlns: sch=" schema. org/" > 59 <auteure >Fmurrr </ auteure > 60 <titre > Sabotage et pâturage </ titre > 61 <annee >1995 </ annee > 62 <sch: numberofpages >47 </ sch: numberofpages > 63 <editeur >Dargaud </ editeur > 64 </bd > 65 </ collection > Un espace de nom par défaut (pour <auteur>, <titre>, etc.), et un préfixe sch associé à un autre espace de nom uniquement pour l élément <bd> BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 15 / 55

17 Plan Document XML XML Schema XPath XQuery

18 Modélisation XML Des modèles conceptuels pour XML : XSEM, TreeModel, ERX, EReX, etc. Des extensions du diagramme E/A ou du diagramme de classe UML : XER Des propositions de conversion de relationnel vers XML Mais pas de pratique bien établie pour modéliser en XML! Chen, Haitao, and Husheng Liao. A survey to conceptual modeling for XML. ICCSIT (2010) M. Franceschet et al. From Entity Relationship to XML Schema : a graphtheoretic approach. XSym (2009) J. Fong et al. Translating relational schema with constraints into XML schema. International Journal of Software Engineering and Knowledge Engineering (2006) BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 17 / 55

19 Schémas pour XML En XML, un schéma est un ensemble de contraintes structurelles que doit vérifier un document XML pour être valide : Noeuds attribut ou noeuds enfants autorisés pour un élément Type de valeurs pour les noeuds attribut et noeud texte Noeuds attribut ou noeuds enfants obligatoires pour un élément Plusieurs langages pour la définition d un schéma en XML BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 18 / 55

20 Langages de schéma pour XML Différents langages de schéma pour des données XML : DTD (Document Type Definition) XML Schema ou XSD (XML Schema Definition) Relax NG : un langage simplifié Exemples de schémas publics : XHTML, RSS SVG MathML OpenDocument, OpenXML BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 19 / 55

21 XML Schema (XSD) XML Schema Definition Extension de fichier :.xsd Par rapport au langage DTD : XSD est un fichier XML, donc facilite le parsing XSD permet le typage des données et ajoute de nouvelles contraintes possibilité de référencer d autres schémas langage assez complexe BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 20 / 55

22 XML Schema (XSD) <?xml version= 1.0 encoding= utf-8?> <xsd:schema xmlns:xsd= > <! définition du schéma > </xsd:schema> Un fichier XSD commence par un prologue (version du langage, encodage) Comme c est un fichier XML, il faut un élément racine (dont la définition est imposée en XSD avec l élément schema) Un espace de nom (attribut xmlns) référence les éléments de XML Schema, qui seront accessibles par le préfixe xsd BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 21 / 55

23 Éléments simples Définition : un élément simple contient une seule valeur d un type de données simple, et qui ne contient ni attribut ni élément imbriqué 77 <auteure >Fmurrr </ auteure > Une vingtaine de types de données regroupés en quatre familles : chaîne : string, normalizedstring, token, language, Name, ID, IDREF, NMTOKEN, NMTOKENS, etc. date : time, date, duration, gyear, gmonth, gyearmonth, etc. numérique : integer, int, float, double, positiveinteger, etc. autres : boolean, anyuri, etc. BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 22 / 55

24 Déclaration d un élément simple <xsd:element name= un_nom type= xsd:un_type /> Déclaration d un élément simple dont la balise est un_nom et de type xsd:un_type Pour indiquer une valeur par défaut à l élément, c est l attribut default="une_valeur" On peut aussi imposer une valeur (constante) avec l attribut fixed="une_valeur" L espace de nom préfixé par xsd se rapporte à celui de XML Schema (voir transparent XML Schema (XSD) ) BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 23 / 55

25 Déclaration d un attribut <xsd:attribute name= un_nom type= xsd:un_type /> Un attribut est un élément simple Déclaration d un attribut dont le libellé est un_nom et de type xsd:un_type Idem que les éléments simples pour une valeur par défaut ou constante Pour rendre un attribut obligatoire, il faut préciser use="required" BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 24 / 55

26 Exemples d élément simple 80 <xsd:element name="datenaissance" type="xsd:date" /> 81 <xsd:element name="dateparution" type="xsd:gyearmonth" /> 82 <! > 83 <datenaissance > </ datenaissance ><!-- 31/01/ > 84 <dateparution > </ dateparution ><!-- juin > Exemples de types date pour des éléments 87 <xsd: attribute name="numéro" type="xsd:id" /> 88 <xsd: attribute name="tomes" type="xsd:idrefs" /> 89 <! > 90 <bd numero="11">sabotage et pâturage </bd> 91 <bd numero="13">cheptel maudit </bd> 92 <serie tomes="11 13">Le génie des alpages </serie > Exemples de types chaines pour des attributs BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 25 / 55

27 Restrictions Définition : une restriction ( facet ) définit un ensemble de valeurs autorisées pour un élément ou un attribut Des bornes minimales / maximales (xsd:mininclusive et xsd:maxinclusive) Des énumérations de valeurs (xsd:enumeration) Des patterns (xsd:pattern) De taille (xsd:minlength et maxlength) Ces types de restrictions sont encapsulés dans un xsd:restriction, lui même imbriqué dans un xsd:simpletype BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 26 / 55

28 Exemples de restrictions 134 <xsd:element name="annee"> 135 <xsd:simpletype > 136 <xsd: restriction base="xs:integer"> 137 <xsd: mininclusive value="1827"/> 138 <xsd: maxinclusive value="2017"/> 139 </xsd: restriction> 140 </xsd: simpletype> 141 </xsd:element> Exemple de restriction sur un élément via des bornes 144 <xsd: attribute name="codeprix"> 145 <xsd:simpletype > 146 <xsd: restriction base="xs:string"> 147 <xsd:pattern value="[a-z][a-z][0-9][0-9]"/> 148 </xsd: restriction> 149 </xsd: simpletype> 150 </xsd: attribute> 151 <xsd: attribute name="prix" ref="codeprix"/> Exemples de restriction sur un attribut via un pattern BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 27 / 55

29 Éléments complexes Définition : un élément complexe contient un ou plusieurs attributs et/ou un ou plusieurs éléments 96 <bd > 97 <titre langue =" fr" num=" 13" >Cheptel maudit </ titre > 98 <annee >2004 </ annee > 99 </bd > Deux éléments complexes et trois éléments simples BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 28 / 55

30 Déclaration d un élément complexe <xsd:element name= un_nom > <xsd:complextype> <! contenu > <xsd:complextype> </xsd:element> Déclaration d un élément complexe dont la balise est un_nom Le contenu peut être de trois types : du texte des éléments mixte (texte et éléments) L espace de nom préfixé par xsd se rapporte à celui de XML Schema (voir transparent XML Schema (XSD) ) BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 29 / 55

31 Élément complexe avec contenu texte Un élément complexe avec contenu texte est composé d un texte (valeur entre les balises) et d éventuels attributs Le texte est indiqué par un élément xsd:simplecontent, lui-même parent d un élément xsd:extension ou xsd:restriction (typé via un attribut base) 111 <xsd:element name="bd"> 112 <xsd:complextype > 113 <xsd:simplecontent > 114 <xsd: extension base="xsd:string" /> 115 </xsd: simplecontent> 116 </xsd: complextype> 117 </xsd:element> 118 <! > 119 <bd>sabotage et pâturage </bd> Un élément complexe avec un texte de type chaine BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 30 / 55

32 Exemples d élément complexe avec contenu texte 102 <xsd:element name="bd"> 103 <xsd:complextype > 104 <xsd: attribute name="numero" type="xsd:id" /> 105 <xsd: attribute name="langue" type="xsd:string" /> 106 </xsd: complextype> 107 </xsd:element> 108 <bd numero="11" langue="fr"></bd> Un élément complexe avec deux attributs (déclaration inline) 122 <xsd: complextype name="typebd"> 123 <xsd:simplecontent > 124 <xsd: extension base="xsd:string"> 125 <xsd: attribute name="numero" type="xsd:id"/> 126 </xsd: extension> 127 </xsd: simplecontent> 128 </xsd: complextype> 129 <xsd:element name="bd" type="typebd"> 130 <! > 131 <bd numero="11" >Sabotage et pâturage </bd> Un élément complexe avec texte et attribut (déclaration externe) BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 31 / 55

33 Élément complexe avec contenu éléments Un élément complexe avec contenu éléments est composé d un ou plusieurs éléments et d éventuels attributs Les éléments sont imbriqués dans un élément intermédiaire qui précise des contraintes : xsd:all pour des éléments tous présents une seule fois (peu importe l ordre) xsd:sequence pour des éléments présents dans l ordre spécifié xsd:choice pour le choix d un seul élément Pas de texte entre les éléments imbriqués, mais chaque élément imbriqué peut avoir du texte entre ses balises BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 32 / 55

34 Exemple d élément complexe avec contenu éléments 154 <xsd:element name="bd"> 155 <xsd:complextype > 156 <xsd:all > 157 <xsd:element name="auteure" type="xsd:string"/> 158 <xsd:element name="titre" type="xsd:string"/> 159 <xsd:element name="annee" type="xsd:gyear"/> 160 </xsd:all> 161 <xsd: attribute name="numero" type="xsd:id"/> 162 </xsd: complextype> 163 </xsd:element> Un élément complexe bd qui contient trois éléments (obligatoires et uniques) et un attribut BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 33 / 55

35 Élément complexe avec contenu mixte Un élément complexe avec contenu mixte est composé de texte, d éléments et d attributs Ajout de l attribut mixed="true" au xsd:complextype Texte possible entre les éléments imbriqués 166 <xsd:element name="bd"> 167 <xsd: complextype mixed="true"> 168 <xsd:sequence > 169 <xsd:element name="auteure" type="xsd:string"/> 170 <xsd:element name="titre" type="xsd:string"/> 171 <xsd:element name="annee" type="xsd:gyear"/> 172 </xsd:sequence> 173 </xsd: complextype> 174 </xsd:element> BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 34 / 55

36 Nombre d occurrences Les éléments element, choice, sequence, complextype peuvent avoir un nombre minimum et/ou maximum d occurrences Attributs minoccurs et maxoccurs Valeurs à 1 par défaut Valeur maximale infinie avec maxoccurs="unbounded" 177 <xsd:element name="collection"> 178 <xsd:complextype > 179 <xsd:choice maxoccurs="unbounded"> 180 <xsd:element name="bd" type="typebd"/> 181 </xsd:choice> 182 </xsd: complextype> 183 </xsd:element> BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 35 / 55

37 Lier un document XML à un schéma 186 <?xml version="1.0" encoding="utf -8"?> 187 <collection xmlns=" xmlns:xsi="http :// XMLSchema -instance" xsi:schemalocation=" <! > 189 </ collection> Un lien vers un schéma XML avec espace de nom 192 <?xml version="1.0" encoding="utf -8"?> 193 <collection xmlns=" xmlns:xsi="http :// XMLSchema -instance" xsi: nonamespaceschemalocation="unschema.xsd"> 194 <! > 195 </ collection> Un lien vers un schéma XML sans espace de nom BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 36 / 55

38 En résumé XML Schema, un langage pour décrire les contraintes d un document Éléments simples, restrictions, éléments complexes Éléments xsd:any et xsd:anyattribute, héritage, etc. Plusieurs manières d écrire un schéma (différents langages, mais aussi différents choix de modélisation) diviser un schéma (déclaration globale de type, et utilisation avec l attribut ref) BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 37 / 55

39 Plan Document XML XML Schema XPath XQuery

40 Généralités XML Path Language (XPath) : Sélection de morceaux d un document XML Utilisé par d autres langages comme XQuery ou XSLT ou par des bibliothèques (Python, Java, etc.) Expression XPath : chemins dans l arbre XML pour sélectionner les noeuds intéressants chemins similaires à la syntaxe de chemin de fichiers sous Unix Une version compacte (mais limitée) et une version complète (mais verbeuse) BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 39 / 55

41 Exemples 8 <? xml version ="1.0" encoding =" utf -8"?> 9 <collection > 10 <bd id="1"> 11 <auteure >Fmurrr </ auteure > 12 <titre >Sabotage et pâturage </ titre > 13 <annee >1995 </ annee > 14 </bd > 15 </ collection > Quelques exemples d expressions XPath : /collection/bd //auteure collection/bd/annee[text() = 1995]/parent::node() BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 40 / 55

42 Syntaxe (complète) axe::test[prédicat]/ /axe::test[prédicat] Expression XPath = suite d étapes Étape = axe::test[prédicat], avec le prédicat optionnel Évaluation d une expression XPath : soit à partir du noeud courant soit à partir de la racine si l expression commence par un slash (e.g., /collection) Chaque étape de l expression XPath modifie l ensemble des noeuds sélectionnés La syntaxe compacte ne respecte pas cette syntaxe (utilisation de raccourcis) BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 41 / 55

43 Axes Un axe indique la direction de navigation dans l arbre Axes en arrière (remontent dans l arbre) : ancestor pour les ancêtres du noeud courant ancestor-or-self parent preceding pour les noeuds qui précédent le noeud courant, hors ancêtres preceding-sibling pour les noeuds de même parent et qui précédent le noeud courant BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 42 / 55

44 Axes (2) Axes en avant (descendent dans l arbre) : attribute pour les attributs du noeud courant child pour les enfants du noeud courant descendant pour les descendants du noeud courant descendant-or-self following pour les noeuds qui suivent le noeud courant, hors descendants following-sibling pour les noeuds de même parent et qui suivent le noeud courant self pour le noeud courant BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 43 / 55

45 Tests de noeud Un test de noeud sélectionne, parmi les noeuds désignés par l axe, ceux avec un nom ou un type donné nom pour les éléments avec le nom donné * pour tous les noeuds node() pour tous les noeuds attribute() pour tous les éléments de type attribut text() pour tous les éléments de type texte BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 44 / 55

46 Prédicat Un prédicat filtre les noeuds sélectionnés en évaluant une expression booléenne (similaire au where de SQL) Vrai si l expression retourne un résultat non vide L expression peut : combiner différentes conditions (and, or) utiliser des fonctions booléennes être un chemin (évalué à partir du noeud à tester) utiliser des fonctions non booléennes (avec éventuellement un chemin comme argument) BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 45 / 55

47 Quelques abréviations de syntaxe.. parent::node(). self::node() // /descendant-or-self::node()/ balise attribute::att [X] [fn:position() = X] BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 46 / 55

48 Exemples XPath Tous les titres de tome (sans la balise titre) : //titre/text() Les tomes avec un genre : //tome[genre] Le nom des séries avec un tome 13 : //serie[tome/@numero = 13]/nom Les tomes avec un genre et un numéro supérieur ou égal à 1 : //tome[genre >= 1] Le titre des tomes dont le numéro est inférieur à 12 : //tome[@numero <= 12]/titre BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 47 / 55

49 Fonctions fn:round(num) arrondit num à l entier le plus proche fn:position() retourne la position d un noeud fn:not(expr) retourne vrai si expr est fausse [fn:contains(foin, aiguille)] est vrai si la chaine foin contient la chaine aiguille fn:count(elem, elem, ) retourne le nombre de noeuds BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 48 / 55

50 Exemples de fonctions XPath Le nombre de séries : /collection/fn:count(node()) ou fn:count(//serie) Les tomes en seconde position : //tome[2] Les séries dont un noeud textuel commence par T : //serie[descendant::node() [fn:starts-with(child::text(), "T")]] Les séries dont aucun noeud textuel ne commence par T : //serie[fn:not(descendant::node()[fn:starts-with( child::text(), "T")])] BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 49 / 55

51 Plan Document XML XML Schema XPath XQuery

52 Généralités XML Query (XQuery) : Langage de manipulation pour des documents XML (utilisé par les SGBD XML) Fabrication de (morceaux de) documents XML à partir de données XML Standard W3C, basé sur XPath Requêtes FLWOR contenant 5 clauses BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 51 / 55

53 Syntaxe FLWOR for $var in chemin_xpath ou intervalle let $var 1 := val 1,, $var n := val n where condition order by expression return expression_xquery for pour sélectionner une séquence de noeuds, chaque élément étant stocké dans la variable $var let pour lier une séquence à une variable (sans itération) where pour filtrer les noeuds (prédicats reliés par and/or) order by pour trier les noeuds (ascending, descending) return pour retourner un résultat par noeud (seule clause obligatoire) BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 52 / 55

54 Comparaisons et fonctions en XQuery Deux symboles pour les mêmes comparaisons : =,!=, <, <=, >, >= (comparaison vérifiée au moins une fois) eq, ne, lt, le, gt, ge (comparaison vérifiée obligatoirement une seule fois) Possibilité d un if - then - else dans la clause return Mêmes fonctions et opérateurs que XPath : fn:round(), fn:contains(), fn:substring(), etc. 198 for $x in doc("collection.xml")/collection/serie/tome 199 where $x/annee > 2000 and contains($x, "g") 200 order by $x/titre 201 return $x/titre La fonction doc() permet d ouvrir un document XML, elle est ici suivie d une expression XPath BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 53 / 55

55 Exemple de requête FLWOR 211 for $to in //tome 212 let $ti := $to/titre 213 where > order by $ti descending 215 return 216 <album >{ $to/@numero} 217 {$ti} 218 <serie >{ $to/../ nom/text()}</serie > 219 </album > BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 54 / 55

56 Exemple de requête FLWOR 211 for $to in //tome 212 let $ti := $to/titre 213 where > order by $ti descending 215 return 216 <album >{ $to/@numero} 217 {$ti} 218 <serie >{ $to/../ nom/text()}</serie > 219 </album > Le résultat (clause return) mélange des balises XML avec des expressions XQuery pour construire un nouveau document BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 54 / 55

57 Bilan Syntaxe d un document XML Définition d un schéma pour un document avec XSD (XML Schema) Sélection de chemins dans un document avec XPath Interrogation de document avec XQuery BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // XML et XQuery UCBL Lyon 1 55 / 55