PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE DES ETABLISSEMENTS DE SANTE DANS LE CADRE DU REGISTRE DES

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1 PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE DES ETABLISSEMENTS DE SANTE DANS LE CADRE DU REGISTRE DES CANCERS DE LA REGION POITOU-CHARENTES UNITE D EPIDEMIOLOGIE DES CANCERS DE LA REGION POITOU-CHARENTES & COLLEGE REGIONAL DE L INFORMATION MEDICALE

2 PLAN INTRODUCTION... PAGE 3 METHODES. PAGE 3 PRINCIPES GENERAUX. PAGE 4 ETAPE 1 : IDENTIFICATION DES PATIENTS ELIGIBLES DU REGISTRE POUR UN INTERVALLE DE TEMPS T 1. SELECTION DES DONNEES NOMINATIVES DES PATIENTS 2. CRITERES D ELIGIBILITE DES PATIENTS 3. DEFINITION DE L INTERVALLE DE TEMPS T 4. EXPORT DES DONNEES ETAPE 2- IDENTIFICATION DES DONNEES A PARTIR DU FICHIER DE RSS D ENVOI AUX TUTELLES POUR CET INTERVALLE DE TEMPS T ETAPE 3- FUSION DES FICHIERS 1 ET 2 ETAPE 4- CRYPTAGE ET TRANSMISSION ILLUSTRATION DE LA METHODE... PAGE 9

3 PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE DES ETABLISSEMENTS DE SANTE DANS LE CADRE DU REGISTRE DES CANCERS DE LA REGION POITOU-CHARENTES 1 INTRODUCTION Le registre des cancers de la région Poitou-Charentes a pour objectif d enregistrer de façon exhaustive et continue les nouveaux cas de cancers des patients résidant en région Poitou- Charentes, dans l'optique de produire des indicateurs d'incidence à des fins de recherche épidémiologique et d'information en santé publique. L'exhaustivité de l'enregistrement des cas est assurée par la multiplicité des sources consultées, mais requiert de ce fait l élimination des doublons par le traitement des données nominatives. A cet effet, le registre diffuse une méthode d extraction des données simple et reproductible au niveau de chacun des Services d Information Médicale, dont la procédure consiste à rendre nominatif les fichiers envoyés mensuellement aux tutelles par les Services d Information Médicale. 2 METHODES La procédure suit 3 étapes successives : ETAPE 1- Identification des patients éligibles du registre pour un intervalle de temps t => Fichier 1 ETAPE 2- Identification des données à partir du fichier de RSS d envoi aux tutelles couvrant cet intervalle de temps t => Fichier 2 ETAPE 3- Fusion des fichiers 1 et 2 => Fichier 3 contenant l ensemble des données du fichier 2 restreint aux patients du fichier 1 ETAPE 4- Cryptage et transmission UNITE D EPIDEMIOLOGIE DES CANCERS DE LA REGION POITOU-CHARENTES (VERSION ) 3 / 28

4 PRINCIPES GENERAUX UNITE D EPIDEMIOLOGIE DES CANCERS DE LA REGION POITOU-CHARENTES (VERSION ) 4 / 28

5 ETAPE 1 : IDENTIFICATION DES PATIENTS ELIGIBLES DU REGISTRE POUR UN INTERVALLE DE TEMPS T Cette première étape consiste à extraire les données nominatives des patients présentant un code CIM-10 appartenant à la liste des codes retenus par le registre en diagnostic principal, relié ou associé, au sein des séjours clos au cours d un intervalle de temps défini. 1. SELECTION DES DONNEES NOMINATIVES DES PATIENTS Les données administratives suivantes sont recueillies afin de rendre nominatives les données contenues dans le fichier de RSS d envoi aux tutelles : Nom et Prénom Nom de jeune fille Identifiant Permanent D autres variables identifient des caractéristiques de l hospitalisation absentes du ficher d envoi aux tutelles : Date d entrée et date de sortie de l établissement Nombre de mouvements (passages UF) Enfin, les numéros identifiant du séjour sont extraits afin de rattacher les données nominatives des patients aux fichiers d envoi aux tutelles : Numéro d hospitalisation 2. CRITERES D ELIGIBILITE DES PATIENTS Sont éligibles les patients ayant en DP, DR ou DA les codes CIM-10 suivants : C _ à D099 : Tumeurs malignes et carcinomes in situ ; D320 à D339 : Tumeurs bénignes du système nerveux ; D370 à D489 : Tumeurs à évolution imprévisible ou inconnue ; D76_ : Histiocytoses ; N872, N892 et N902 : Dysplasies sévères du col de l utérus, du vagin ou de la vulve. 3. DEFINITION DE L INTERVALLE DE TEMPS T La définition de l intervalle de temps choisi pour l extraction des données sera défini à partir de la date de sortie de l établissement. La durée préconisée sera habituellement d un trimestre. L établissement demeure cependant maître de la disponibilité de ses envois. La nouvelle transmission d une période déjà envoyée au registre devra faire l objet d un signalement particulier. 4. EXPORT DES DONNEES Cette phase d export a pour objet la création d un fichier texte contenant les variables identifiantes précédemment sélectionnées. UNITE D EPIDEMIOLOGIE DES CANCERS DE LA REGION POITOU-CHARENTES (VERSION ) 5 / 28

6 ETAPE 2- IDENTIFICATION DES DONNEES A PARTIR DU FICHIER DE RSS D ENVOI AUX TUTELLES POUR CET INTERVALLE DE TEMPS T L envoi des données aux tutelles est mensuel pour chacun des services d information médicale et cumulé dans le temps pour une année entière. Le fichier de RSS répond à un format défini réglementairement, évolutif au cours du temps, faisant l objet d une procédure d archivage systématique. Seront utilisés pour l année 2008 le format de RSS groupé 111 et le format de RSS groupé 113 à partir de Mars Format de RSS groupé 111 Nom du champ Libellé du champ Début Largeur Type de données Vgrp Groupage : Version de la classification 1 2 Texte GHM Groupage : N de GHM 3 6 Texte filler Filler 9 1 Texte vrss N de version du format de RSS 10 3 Texte cr Groupage : Code Retour 13 3 Texte finess Numéro FINESS 16 9 Texte vrum Version du format du RUM 25 3 Texte nrss N de RSS 28 7 Texte nadm N Administratif local de séjour Texte datnais Date de naissance 55 8 Date/Heure sexe Sexe 63 1 Texte uf Numéro de l'unité médicale 64 4 Texte autuf Type d'autorisation de l'unité médicale 68 2 Texte litsp Type d'autorisation du lit dédié 70 2 Texte reserve Zone réservée 72 1 Texte edat Date d'entrée dans l'unité médicale 73 8 Date/Heure emod Mode d'entrée dans l'unité médicale 81 1 Texte prov Provenance (si mode d'entrée est mutation, transfert ou domicile) 82 1 Texte sdat Date de sortie de l'unité médicale 83 8 Date/Heure smod Mode de sortie de l'unité médicale 91 1 Texte dest Destination (si mode de sortie est mutation, transfert ou domicile) 92 1 Texte cpost Code postal de résidence (ou 99 suivi du code Insee du pays pour les patients résidant hors de France) 93 5 Texte poids Poids du nouveau-né à l'entrée de l'unité médicale (en grammes) 98 4 entier long seance Nombre de séances entier long ndas Nombre de diagnostics associés significatifs (ndas) dans ce RUM entier long ndad Nombre de données à visée documentaire (ndad) dans ce RUM entier long nact Nombre de zone d'actes (nza) dans ce RUM entier long DP Diagnostic principal (DP) Texte DR Diagnostic relié (DR) Texte igs2 IGS entier long reserve2 Zone réservée Texte diagacte Diagnostic(s) associé(s) significatif(s) et acte(s) Mémo UNITE D EPIDEMIOLOGIE DES CANCERS DE LA REGION POITOU-CHARENTES (VERSION ) 6 / 28

7 Format de RSS groupé 113 Nom du Type de Libellé du champ Début Largeur champ données Vgrp Groupage : Version de la classification 1 2 Texte GHM Groupage : N de GHM 3 6 Texte filler Filler 9 1 Texte vrss N de version du format de RSS 10 3 Texte cr Groupage : Code Retour 13 3 Texte finess Numéro FINESS 16 9 Texte vrum Version du format du RUM 25 3 Texte nrss N de RSS Texte nadm N Administratif local de séjour Texte nrum N de RUM Texte datnais Date de naissance 78 8 Date/Heure sexe Sexe 86 1 Texte uf Numéro de l'unité médicale 87 4 Texte litsp Type d'autorisation du lit dédié 91 2 Texte edat Date d'entrée dans l'unité médicale 93 8 Date/Heure emod Mode d'entrée dans l'unité médicale Texte prov Provenance (si mode d'entrée est mutation, transfert ou domicile) Texte sdat Date de sortie de l'unité médicale Date/Heure smod Mode de sortie de l'unité médicale Texte dest Destination (si mode de sortie est mutation, transfert ou domicile) Texte cpost Code postal de résidence (ou 99 suivi du code Insee du pays pour les patients résidant hors de France) Texte poids Poids du nouveau-né à l'entrée de l'unité médicale (en grammes) Entier long agegest Age gestationnel (nb de semaines révolues d'aménorrhée) Entier long seance Nombre de séances Entier long ndas Nombre de diagnostics associés significatifs (ndas) dans ce RUM Entier long ndad Nombre de données à visée documentaire (ndad) dans ce RUM Entier long nact Nombre de zone d'actes (nza) dans ce RUM Entier long DP Diagnostic principal (DP) Texte DR Diagnostic relié (DR) Texte igs2 IGS Entier long reserve2 Zone réservée Texte diagacte Diagnostic(s) associé(s) significatif(s) et acte(s) Mémo UNITE D EPIDEMIOLOGIE DES CANCERS DE LA REGION POITOU-CHARENTES (VERSION ) 7 / 28

8 ETAPE 3- FUSION DES FICHIERS 1 ET 2 La troisième étape consiste à mettre en place une procédure visant à fusionner les fichiers issus des deux étapes précédentes. En supposant que l on travaille à l aide du logiciel du Microsoft Access, cela suppose une étape préalable de reconnaissance des deux fichiers qui nécessite la création de filtres d import avancés. Il est préférable d attacher les tables plutôt que de les importer, afin de ne conserver en terme de volume que l unique table créée à l issu de la fusion des deux fichiers pour l envoi au registre. Ces filtres sont créés une seule fois et stockés pour les imports des données ultérieures. Ils seront actualisés en fonction de l évolution des formats nationaux ou des contraintes locales. Le filtre d import dans Microsoft Access des fichiers d envoi aux tutelles peut être fourni par l Unité d Epidémiologie des Cancers étant donné la fixité du format des variables transmises à l ATIH. Néanmoins, l import des données nominatives des patients dans Microsoft Access requiert la création et l adaptation locale du filtre correspondant, afin notamment d homogénéiser le format des variables utiles à la fusion des deux fichiers (numéro d hospitalisation). L équipe du registre assurera le support technique. La mise en relation des données nominatives et des données du fichier d envoi aux tutelles sera réalisée à l aide d une requête de création de table. Par un effet de jointure interne, seuls seront retenus les RUM des séjours éligibles pour le registre des cancers. La table ainsi créée contiendra les données des RUM sélectionnés, complétées par les variables identifiantes. La base Access(qui ne contient que ces données), devra être cryptée à l aide du logiciel PGP fourni par l Unité d Epidémiologie des Cancers, puis envoyée électroniquement au registre. Il est à noter que la base de données ne contient pas le fichier d envoi aux tutelles. UNITE D EPIDEMIOLOGIE DES CANCERS DE LA REGION POITOU-CHARENTES (VERSION ) 8 / 28

9 ILLUSTRATION DE LA METHODE L ENSEMBLE DE LA PROCEDURE D EXTRACTION DE DONNEES EST ILLUSTREE AVEC LE LOGICIEL SIM. UNITE D EPIDEMIOLOGIE DES CANCERS DE LA REGION POITOU-CHARENTES (VERSION ) 9 / 28

10 ETAPE 1 : IDENTIFICATION DES PATIENTS ELIGIBLES DU REGISTRE POUR UN INTERVALLE DE TEMPS T. CREATION D UNE FORMULE D EXPORT SIM. ENTREE DANS LE MODULE D EXPORT DES DONNEES DU LOGICIEL CLIC DROIT : CREATION D UNE REQUÊTE DANS LE CHAMP MCO NOMMER LA REQUÊTE : EXPORT IDENTITE REGISTRE PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 10 / 28

11 1. DONNEES NOMINATIVES DES PATIENTS Les données administratives suivantes sont recueillies afin de rendre nominatives les données contenues dans le fichier d envoi aux tutelles. AJOUT SUCCESSIF DES VARIABLES : NOM DU PATIENT PRENOM DU PATIENT NOM DE JEUNE FILLE SEXE DATE DE NAISSANCE IDENTIFIANT PERMANENT DU PATIENT (IPP) CODE POSTAL DE RESIDENCE DATE D ENTREE DANS L ETABLISSEMENT DATE DE SORTIE DE L ETABLISSEMENT NUMERO D HOSPITALISATION (N ADMINISTRATIF DU SEJOUR) NOMBRE DE MOUVEMENTS PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 11 / 28

12 NUMERO ANONYME DU PASSAGE (N DE RSS) MODIFICATION DE FORMAT DES VARIABLES SUIVANTES SEXE (DE 10 A 1 CARACTERE) NUMERO ANONYME DU PASSAGE (DE 5 A 15 CARACTERES) ENREGISTRER LA REQUÊTE PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 12 / 28

13 2. CRITERES D ELIGIBILITE DES PATIENTS. CREATION D UNE FORMULE DE SELECTION SIM. Sont éligibles les patients ayant en diagnostic principal, relié ou associé les codes CIM-10 suivants : C _ à D099 : Tumeurs malignes et carcinomes in situ ; D320 à D339 : Tumeurs bénignes du système nerveux ; D370 à D489 : Tumeurs à évolution imprévisible ou inconnue ; D76_ : Histiocytoses ; N872, N892 et N902 : Dysplasies sévères du col de l utérus, du vagin ou de la vulve. CLIC GAUCHE : ELABORATION DE LA FORMULE DE SELECTION CREATION D UNE NOUVELLE FORMULE DE SELECTION PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 13 / 28

14 NOMMER LA SELECTION : CRITERES D ELIGIBILITE REGISTRE DES CANCERS CLIC DROIT : AJOUTER UNE CONDITION => ON RECHERCHE A IDENTIFIER SUR TOUS LES DIAGNOSTICS (DP, DR ET DA) UN CODE CIM-10 APPARTENANT A LA LISTE DES CODES DIAGNOSTICS CIM-10 RETENUS PAR LE REGISTRE CLIC DROIT : AJOUTER UNE CONDITION (LISTE DES CODES DIAGNOSTICS CIM-10 DU REGISTRE) PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 14 / 28

15 MODIFICATION DES OPERATEURS DE LIAISON ENTRE LES CONDITIONS (PASSAGE DE ET A OU ) ENREGISTREMENT DE LA FORMULE DE SELECTION PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 15 / 28

16 3. DEFINITION DE L INTERVALLE DE TEMPS T CLIC GAUCHE : ELABORATION DE LA CONDITION EDITER LA CONDITION PENSEZ A ACTUALISER LA DATE D INTERROGATION DE LA BASE POUR UN EXPORT SUR L ANNEE 2008 DEFINITION DE L INTERVALLE DE TEMPS T A PARTIR DE LA DATE DE SORTIE DE L ETABLISSEMENT PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 16 / 28

17 EXEMPLE : PREMIER TRIMESTRE 2008 PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 17 / 28

18 4. EXPORT DES DONNEES CLIC DROIT SUR LA REQUETE POUR LANCER L EXPORT DES DONNEES REPONDANT AUX CRITERES D ELIGIBILITE DU REGISTRE SUR L INTERVALLE DE TEMPS T FIXE APRES RECHERCHE DES ENREGISTREMENTS, LES DONNEES EXPORTEES SONT ENREGISTREES SOUS FORMAT TEXTE (.TXT) NOUS LE NOMMONS 2008_M1M2M3_IDREGISTRE PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 18 / 28

19 ETAPE 2- IDENTIFICATION DES DONNEES A PARTIR DU FICHIER D ENVOI AUX TUTELLES POUR CET INTERVALLE DE TEMPS T PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 19 / 28

20 ETAPE 3- FUSION DES FICHIERS 1 ET 2 ETAPE 3.1- CREATION D UN FILTRE D IMPORT DANS LA BASE MODELE ET IMPORT DU FICHIER 1 L Unité d Epidémiologie des Cancers propose de fournir à chacun des services d information médicale de la région Poitou-Charentes une base Access modèle intégrant les filtres d import avancés RSS 111 et RSS 113 (Base Registre Modèle). Au moment de l export des données, une copie de la base modèle sera effectuée. Les fichiers 1 et 2 y seront alors attachés selon le format prédéfini. Néanmoins, l Unité d Epidémiologie des Cancers n est pas dans la capacité de fournir un filtre d import des données nominatives des patients (fichier issu de l étape 1), étant donne les formats de variables propres à chaque structure. Il est alors nécessaire de créer un filtre d import dans la base modèle concomitamment au premier import du fichier de données nominatives. Une fois le filtre créé, il sera enregistré dans la base modèle et servira à l ensemble des futurs exports de données. La procédure de création du filtre d import est illustrée ci-dessous. NON, NOM FOURNIR DE LA UNE BASE BDD : DANS LA COPIE DE LA BASE VIERGE REGISTRE QUI CONTIENT T MODELE EST ATTACHE DES LE FILTRES FICHIER ET DES TEXTE REQUETES CREE A OUVRIR LE L ETAPE LOGICIEL 1 MICROSOFT ACCESS ET CREER UNE NOUVELLE BASE DE DONNEES SELECTIONNER LE FICHIER TEXTE EXPORTE A L ETAPE N _M1M2M3_ID_REGISTRE PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 20 / 28

21 DEFINIR LES DELIMITATIONS DE CHAMPS A L AIDE DES FLECHES BASCULER EN MODE AVANCE ET SPECIFIER LES CHAMPS DU FICHIER ATTACHE LES NOMS DES CHAMPS SONT CEUX DU FICHIER CREE ETAPE 1 (NOM, PRENOM, SEXE, DATNAIS ). PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 21 / 28

22 ENREGISTRER LE FILTRE D IMPORT ACCESS POUR L IMPORT DES FICHIERS FUTURES IL EST IMPORTANT DE VERIFIER LES FORMATS DES VARIABLES (DATE, N D HOSPITALISATION SOUS FORMAT TEXTE ) LE FICHIER 2008_M1M2M3_IDREGISTRE EST ATTACHE PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 22 / 28

23 ETAPE 3.2- IMPORT DU FICHIER 2 ON RENOUVELLE L OPERATION POUR LE SECOND FICHIER SELECTIONNER LE FICHIER TEXTE EXPORTE A L ETAPE N _M1M2M3_EXPORTSIM ON APPLIQUE LE FILTRE D IMPORT ACCESS ADAPTE AU FORMAT FIXE DES VARIABLES DU FICHIER D ENVOI AUX TUTELLES PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 23 / 28

24 IL EST IMPORTANT DE S ASSURER DE L HOMOGENEITE DE FORMAT DES VARIABLES A L ORIGINE DE LA FUSION DES 2 FICHIERS, TEL QUE LE NUMERO D HOSPITALISATION LE FICHIER 2008_M1M2M3_EXPORTSIM EST ATTACHE PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 24 / 28

25 ETAPE 3.3- FUSION DES FICHIERS 1 ET 2 A L AIDE D UNE REQUETE CREATION DE TABLE SOUS ACCESS BASCULER LE DANS FICHIER LE MODE 2008_M1M2M3_EXPORTSIM REQUETE D ACCESS EST ATTACHE CREATION D UNE NOUVELLE REQUETE OU ON Y AJOUTE LES 2 TABLES PREALABLEMENT ATTACHEES PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 25 / 28

26 LA JOINTURE SE FAIT SUR LE NUMERO D HOSPITALISATION LA TOTALITE DES VARIABLES DOIT FIGURER DANS LE FICHIER DE SORTIE ON BASCULE EN MODE CREATION DE TABLE NOMMER LA TABLE AVEC LA PERIODE D INTERROGATION DE LA BASE ET L ETABLISSEMENT CONCERNE EXEMPLE : 2008_M1M2M2_EXTRACTION CHU POITIERS PROPOSER UN REGROUPEMENT DES DONNEES QUI PERMET D OBTENIR LE FORMAT RUM PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 26 / 28

27 ON LANCE LA REQUETE LA TABLE A ETE CREEE PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 27 / 28

28 CRYPTAGE A L AIDE DE PGP DU FICHIER ACCESS ET ENVOI ELECTRONIQUE AU REGISTRE PROCEDURE D'EXTRACTION DES DONNEES DES SERVICES D'INFORMATION MEDICALE 28 / 28