Rapport de l AERES sur l unité : sous tutelle des établissements et organismes : Station d'amélioration Génétique des Animaux INRA

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1 Section des Unités de recherche Rapport de l AERES sur l unité : Station d'amélioration Génétique des Animaux sous tutel des établissements et organismes : INRA Mai 2010

2 Section des Unités de recherche Rapport de l AERES sur l unité : Station d'amélioration Génétique des Animaux sous tutel des établissements et organismes : INRA Mai 2010

3 Unité Nom de l'unité : Station d'amélioration Génétique des Animaux Label demandé : Unité propre de recherche INRA N si renouvelment : 631 Nom du directeur : Mme Christè ROBERT-GRANIE Membres du comité d'experts Président : M. Philippe BARET, Université de Louvain Experts : M. Bernard PRUM, Genopo d Evry M. José-Luis NOGUERA, IRTA, Lida Mme Caro CHARLIER, Université de Liège M. Jean-François HOCQUETTE, INRA Crmont Ferrand M. Pierre-Louis GASTINEL, Institut de l évage M. Pierre BOUDRY, IFREMER Expert(s) proposés par des comités d évaluation des personnels (CNU, CoNRS, CSS INSERM, représentant INRA, INRIA, IRD..) : Mme Eve DEVINOY, CSS INRA Représentants présents lors de la visite Délégué scientifique représentant de l'aeres : M. Marc LALANDE, directeur de recherche Représentant(s) des établissements et organismes tutels de l'unité M. Denis MILAN, chef du département de Génétique Anima de l INRA M. Hubert DE ROCHAMBEAU, président-adjoint du centre INRA de Toulouse 3

4 Rapport 1 Introduction Date et déroument de la visite : La visite du comité d évaluation s est déroulée 14 janvier 2010 sur centre INRA Toulouse Midi-Pyrénées à Auzevil. Après une présentation du bilan par la directrice d unité, s bilans et s d équipes ont été détaillés. La matinée s est cloturée sur une discussion sur. L après-midi a été réservée à la rencontre des différentes catégories de personnel et de la direction. Le comité a apprécié l excelnte organisation de la visite, respect du planning et l homogénéité des exposés et des dossiers. L effort d auto-analyse dans dossier a été particulièrement apprécié même si s références bibliographiques auraient pu être présentées de façon plus structurée dans document. Historique et localisation géographique de l unité et description synthétique de son domaine et de ses activités : La Station d Amélioration Génétique des Animaux (SAGA UR631) est une unité propre rattachée au département de Génétique Anima de l INRA créée en El est située dans centre INRA de Toulouse à Auzevil. En 2007, la SAGA a créé en son sein une unité mixte technologique avec l Institut de l évage (UMT GENEpR) centrée sur l amélioration génétique des petits ruminants. L unité a aussi la responsabilité scientifique des programmes expérimentaux de sept installations (six unités expérimentas depuis 2010 lié à la création de l unité expérimenta PECTOUL : fusion de l installation expérimenta Lapin et l unité SELAP). Les recherches à la SAGA sont liées au secteur de l amélioration génétique des espèces d évage (en particulier, petits ruminants, lapins et palmipèdes gras). Equipe de Direction : Sur la période , la SAGA a connu trois directeurs d unités: E Manfredi ( ), A. Ducos (2008) et C. Robert-Granié (depuis 1er janvier 2009). L unité s est présentée sur la base d une organisation en cinq équipes : méthodologie, petits ruminants (issue de la fusion récente entre s équipes petits ruminants laitiers et petits ruminants allaitants), lapins, palmipèdes et «informatique et automatismes». 4

5 Effectifs de l unité : (sur la base du dossier déposé à l AERES) : N1 : Nombre d enseignants-chercheurs (cf. Formulaire 2.1 du dossier de l unité) N2 : Nombre de chercheurs des EPST ou EPIC (cf. Formulaire 2.3 du dossier de l unité) en personnes physiques N3 : Nombre d autres enseignants-chercheurs et chercheurs (cf. Formulaire 2.2 et 2.4 du dossier de l unité) N4 : Nombre d ingénieurs, techniciens et de personnels administratifs titulaires (cf. Formulaire 2.5 du dossier de l unité) en équivants temps pin travaillé N5 : Nombre d ingénieurs, techniciens et de personnels administratifs non titulaires (cf. Formulaire 2.6 du dossier de l unité) en équivant temps pin travaillé N6 : Nombre de doctorants (cf. Formulaire 2.8 du dossier bilan de l unité et formulaire 2.7 du dossier de l unité) N7 : Nombre de personnes habilitées à diriger des recherches ou assimilées bilan ,7 23, Appréciation sur l unité Avis global : La Station d Amélioration Génétique des Animaux comprend 60 personnes dont 43 agents INRA, 5 personnes de l Institut de l Evage, 1 agent détaché des Haras Nationaux, 8 doctorants, 1 post-doctorant et 2 CDD. Son activité est partagée à part éga entre la recherche et service aux filières. L engagement au service de la profession est essentiel et reconnu. Il est en bonne interaction avec la dimension recherche. L unité a publié 175 publications de rang A de 2005 à Sur base de 17 publiants, cela correspond à une moyenne de 2,1 publications par an. Ce niveau de publication est en légère augmentation sur la période. Il est fort variab entre équipes. Ce bon potentiel scientifique est parfois sous-estimé et trop centré sur s missions INRA : une stratégie internationa plus proactive est souhaitab. L unité a démontré sa capacité à mobiliser des moyens en doublant volume financier de ses contrats de recherche. El a connu un très bon taux de succès lors du dernier appel ANR. L unité termine sa phase de réorganisation et entre dans une dynamique positive. L équilibre entre recherche et service aux filières sera d autant mieux assumé qu il s appuiera sur une valorisation assumée des atouts et une ouverture aux collaborations nationas (notamment par l accroissement du nombre de thésards encadrés) et internationas (par une meilure valorisation du niveau des publications). Points forts et opportunités : Niveau scientifique en progression Très bon service à la profession Un très bon dispositif expérimental qui consitue une originalité parfois mal valorisée au niveau international 5

6 Points à améliorer et risques : Augmenter la confiance en soi et l attractivité Diminuer la variabilité entre équipes Adopter une attitude plus stratégique dans dépôt des s Données de production : (cf. A1 : Nombre de produisants parmi s chercheurs et enseignants chercheurs référencés en N1 et N2 dans la colonne A2 : Nombre de produisants parmi s autres personnels référencés en N3, N4 et N5 dans la colonne A3 : Taux de produisants de l unité [A1/(N1+N2)] 100% Nombre d HDR soutenues 1 Nombre de thèses soutenues Appréciations détaillées : Appréciation sur la qualité scientifique et la production : La qualité scientifique de l unité est bonne et en progression quantitative. Un réel effort d auto-analyse a été entamé qui devrait conduire à une augmentation du niveau des revues. L hétérogénéité reste relativement importante et s plus petites équipes devraient sans doute être soutenues pour augmenter ur potentiel de production. Appréciation sur rayonnement, l attractivité, et l intégration de l unité de recherche dans son environnement : L unité est très bien intégrée dans s filières professionnels et est reconnue comme un élément central des dispositifs d amélioration des filières ovines, caprines, lapins et palmipèdes. Ses compétences méthodologiques sont reconnues au niveau international. Comme souvent à l INRA, la qualité des dispositifs expérimentaux renforcée par une capacité en informatique et automatisme génère des données originas en grande quantité. Ce type de dispositif pourrait être mieux valorisé dans cadre de publications de haut niveau et/ou de collaborations internationas. Le nombre de thésards est en augmentation mais reste insuffisant par rapport au potentiel d encadrement de l équipe. Ceci est d autant plus paradoxal que l engagement dans des missions d enseignement est relativement important. Appréciation sur la stratégie, la gouvernance et la vie de l unité: L unité a choisi un mode de gouvernance très construit basé sur des procédures claires et explicites. L équipe de direction est relativement jeune. La vie de l unité, marquée à un certain moment par une tension entre activité de recherche et service aux filières, apparaît aujourd hui comme plus équilibrée. 6

7 Appréciation sur : L unité est dans une dynamique positive sans toutefois être totament explicite sur son stratégique. L équilibre entre s missions de service et de recherche est assumé. La création de l UMT renforce cet équilibre. Si certaines équipes ont posé des choix stratégiques explicites, une marge d amélioration existe pour la majorité des équipes pour mieux identifier s atouts et s opportunités stratégiques. Une augmentation du nombre d HDR et du nombre de thésards sont des éléments qui renforceraient la valorisation des succès en matière de financement. 4 Analyse équipe par équipe et/ou par Intitulé de l équipe : Méthodes renommée Modélisation des données génétiques et génomiques» Nom du responsab : Mr. Jean-Michel ELSEN Effectifs de l équipe ou affectés au (sur la base du dossier déposé à l AERES) : N1 : Nombre d enseignants-chercheurs (cf. Formulaire 2.1 du dossier de l unité) N2 : Nombre de chercheurs des EPST ou EPIC (cf. Formulaire 2.3 du dossier de l unité) en personnes physiques N3 : Nombre d autres enseignants-chercheurs et chercheurs (cf. Formulaire 2.2 et 2.4 du dossier de l unité) N4 : Nombre d ingénieurs, techniciens et de personnels administratifs titulaires (cf. Formulaire 2.5 du dossier de l unité) N5 : Nombre d ingénieurs, techniciens et de personnels administratifs non titulaires (cf. Formulaire 2.6 du dossier de l unité) en équivant temps pin travaillé N6 : Nombre de doctorants (cf. Formulaire 2.8 du dossier bilan de l unité et formulaire 2.7 du dossier de l unité) N7 : Nombre de personnes habilitées à diriger des recherches ou assimilées bilan

8 Appréciation sur la qualité scientifique et la production : Il s'agit de recherches méthodologiques fortement motivées par s applications, en particulier au sein du laboratoire lui-même. cadre assez concurrentiel du développement de modès de type linéaire, cette équipe a su se dégager un créneau, d'une part en introduisant des modès non linéaires ce qui conduit à des algorithmes sophistiqués récents, comme SAEM de Laviel (2004) ou, plus original, des modès exprimant la vaur génétique des descendants comme fonction de cels des deux parents, modè multiplicatif étant préféré au modè additif. Cet axe, qui a été principal ces dernières années (une quinzaine d'artics "A", trois thèses) sera peu à peu délaissé audelà du regret, on comprend la volonté de renouvelment des thématiques. L'axe qui devient prédominant est celui de la recherche de QTL ; c'est un axe qui associe des questions théoriques (par exemp contrô asymptotique des erreurs, évalué par des approximations de type brownien (Ornstein-Uhnbeck)), méthodologiques (notons une contribution à l'emploi simultané de données d'association et de liaison ; ou encore l'optimisation de plans d'expériences) jusqu'à la réalisation de logiciels (QTLMAP pour quel on peut regretter un manque de comparaison avec s logiciels concurrents). Un intérêt pour s problèmes de séction est très naturel dans un laboratoire INRA. Un certain investissement est fait sur la "séction génomique. L'approche par sparse PLS est cohérente avec l'esprit de cette séction, et donc pertinente. L équipe se propose d investir davantage dans cette direction, tout en étant consciente que l approche fondée sur s QTL ne doit surtout pas être abandonnée aujourd hui. On peut évaluer à une petite vingtaine nombre d'artics par an et presque autant d'interventions en colloques ou séminaires, ce qui pour une petite dizaine de personnes (dont 5 permanents) est très honorab. Il y a quelques artics dans de bonnes revues. Appréciation sur rayonnement, l attractivité, et l intégration de l équipe ou du dans son environnement : Son rayonnement est très orienté vers l'inra plus conceptuel d'ailurs que concret en ce qui concerne la SAGA, s collaborations au quotidien avec s équipes filières étant plutôt rares ; en ce sens il a une portée nationa (voir QTLMAP ou Amasgen). Au delà, rayonnement de cette petite équipe est faib (Espagne, SABRE), malgré la réputation certaine d'un de ses membres. El a néanmoins accueilli une bourse de chaire d'excelnce Pierre Fermat (6 mois sur 2 ans). Appréciation sur la stratégie, la gouvernance et la vie de l équipe ou du : La gouvernance au quotidien d'une petite équipe comme cel-ci se fait sans effort (sinon l'équipe disparaît rapidement). La gouvernance scientifique semb fortement fondée sur la prolongation des thèmes en cours. El prend explicitement en compte la multiplication impressionnante des quantités de données qu il va falloir traiter. Se préoccupe-t-el suffisamment de l évolution de ur nature vue s évolutions technologiques à venir. Certains membres de l'équipe enseignent sans doute d'abord par goût ce qui ouvre une source (peu exploitée) de doctorants universitaires. Appréciation sur : Remettant peu en cause s choix antérieurs, est faisab et réaliste. Il occupe sa place dans dispositif de recherche, sans grandes innovations risquées. Il ne nécessite ainsi que peu de nouveaux moyens. 8

9 Conclusion : - Avis : Une équipe sérieuse, plutôt en progrès, qui n'est nulment une équipe de service pour SAGA ou pour centre Inra ; qui développe des outils pertinents (allant jusqu'au logiciel) ; qui garde un lien théorique (avec l'université, par exemp) - Points forts et opportunités : Travail sérieux fondé sur une connaissance solide et des problématiques abordées (modès de génétique quantitative, QTL,...) et des outils statistiques. - Recommandations : Vouloir s'aventurer vers des domaines nouveaux et donc s'inscrire davantage dans la compétition internationa, fréquenter des congrès pour, au vu de ce qui s'y fait, se remettre parfois en cause. Intitulé de l équipe : Génétique et Génomique des Petits ruminants Nom du responsab : Mme Rachel RUPP Nom du co-responsab : Mr Dominique FRANCOIS Effectifs de l équipe ou affectés au (sur la base du dossier déposé à l AERES) : N1 : Nombre d enseignants-chercheurs (cf. Formulaire 2.1 du dossier de l unité) N2 : Nombre de chercheurs des EPST ou EPIC (cf. Formulaire 2.3 du dossier de l unité) en personnes physique N3 : Nombre d autres enseignants-chercheurs et chercheurs (cf. Formulaire 2.2 et 2.4 du dossier de l unité) N4 : Nombre d ingénieurs, techniciens et de personnels administratifs titulaires (cf. Formulaire 2.5 du dossier de l unité) en équivant temps pin travaillé N5 : Nombre d ingénieurs, techniciens et de personnels administratifs non titulaires (cf. Formulaire 2.6 du dossier de l unité) en équivant temps pin travaillé N6 : Nombre de doctorants (cf. Formulaire 2.8 du dossier bilan de l unité et formulaire 2.7 du dossier de l unité) N7 : Nombre de personnes habilitées à diriger des recherches ou assimilées bilan 5 5 7,8 7,

10 Appréciation sur la qualité scientifique et la production : Les travaux s appuient sur un puissant dispositif d unités expérimentas dans squels des phénotypes fins sont colctés, sur dispositif professionnel de contrô de performances en évage dont s données sont centralisées dans s trois systèmes Nationaux d Information Génétique, ainsi que sur des programmes expérimentaux en ferme comme Phénofinlait (ANR). Tous ces dispositifs ont été support de s de recherche originaux et précurseurs, comme la recherche de QTL, avant que l arrivée d outils de génotypages à haut débit ne conduise à un large développement de ce type de recherches. Si ces s de recherche sont support d un nombre moyen de publications par publiant et par an, on peut regretter que peu d entre els aient un membre de l équipe en premier ou dernier auteur. Ces dispositifs et s bases de données qui en proviennent sont s supports de programmes de recherche interdisciplinaires que cette équipe a développés notamment avec s physiologistes au sens large (départements PHASE et SA de l INRA) Appréciation sur rayonnement, l attractivité, et l intégration de l équipe ou du dans son environnement : Les fonctions confiées par la loi à l INRA (évaluation génétique des reproducteurs) confèrent à cette équipe un rayonnement et une notoriété confirmés tant dans s filières professionnels que dans réseau international (notamment méditerranéen) des organismes de recherche et de développement de ces filières. Cette insertion dans dispositif professionnel lui donne un accès à des bases de données et à un terrain expérimental sans égal pour s travaux sur déterminisme des caractères. Malgré cela, l attractivité de cette équipe au cours du dernier quadriennal est un peu décevante, (nombre de chercheurs étrangers ou de doctorants accueillis). Si nombre insuffisant d HDR est un facteur explicatif, il est égament possib que la spécificité de cette équipe, (fonctions de recherche et fonctions de service) ne soit pas assez mise en vaur, malgré bénéfice mutuel qu en tirent s deux fonctions : transfert rapide des résultats de la recherche et facilité d accès à des données et à du matériel pour s travaux de recherche. Par exemp, cette excelnte insertion avec s structures professionnels a joué un rô décisif dans succès du ROQUEFORT IN labellisé par pô de compétitivité agrico et agro-industriel AGRIMIP-Innovation de Toulouse. Appréciation sur la stratégie, la gouvernance et la vie de l équipe ou du : Le regroupement en 2009 des équipes ovins viande et petits ruminants laitiers apparaît tout à fait justifiée, la frontière entre s espèces s estompant tant par s méthodes mises en œuvre avec la génomique que par l analyse du déterminisme génétique des caractères par s approches plus classiques. Il donne à l équipe une tail mieux adaptée pour s investir dans des s innovants, et plus de facilités pour faire face au renouvelment générationnel des chercheurs, sans prendre risque d une dramatique perte de compétences quand chercheur spécialiste d une filière quitte l équipe. De plus la structure de cette équipe est totament en phase avec cel de l UMT. Appréciation sur : Le apparaît très structuré autour des avancées permises par la génomique appliquée aux ovins et aux caprins. Plusieurs s portés en propre ou en partenariat (3SR, SheepSNPQTL, GENICAP, ROQUEFORT IN.) constituent un ensemb ambitieux et cohérent, mais nécessiterait des moyens humains supplémentaires, ce qui passe, entre autres, par l attractivité vis-à-vis des doctorants. 10

11 Par ailurs la conduite de ces s de recherche devra être conciliée avec s fonctions de service (évaluation génétique) que l équipe doit assurer. Compte tenu de la compxification croissante de ces fonctions (plus de caractères à évaluer, intégration de la génomique ), maintien des moyens humains sur ce secteur apparaît indispensab mais ne suffira pas : il est nécessaire d optimiser cette activité au sein de l UMT, en recherchant tout ce qui peut être mutualisé entre espèces, y compris avec l équipe bovine à Jouy. Par ailurs, compte tenu du nombre et du champ de ces s, ils imposeront des étroites collaborations avec l équipe «Génomique des Ovins et des Caprins» du laboratoire de génétique Cellulaire. Les recherches en génomique chez s petits ruminants se développent dans un champ concurrentiel au plan international. Il faut souligner la place majeure de cette équipe dans 3SR. - Avis : La structure actuel de cette équipe est récente. L ensemb des s dans squels el est engagée, retenus dans cadre de plusieurs appels d offre, constituent un tout cohérent, très complémentaire de l activité de service pour l évaluation des reproducteurs. - Points forts : Son organisation, ses compétences actuels, son positionnement vis-à-vis des filières professionnels, son accès privilégié à plusieurs unités expérimentas et à des bases de données, doivent lui permettre de conforter une place parmi s aders du secteur recherche chez s petits ruminants. un secteur concurrentiel (pays méditerranéens, océaniens et anglo-saxons), cette équipe a de gros atouts qu il faut valoriser. - Points à améliorer et risques : Un effort doit être fait pour accroitre nombre de publications, y compris en premier auteur, et pour accueillir des doctorants. Il ne faudrait pas mettre en péril la position privilégiée de cette équipe en ne lui permettant pas d assurer correctement la fonction de service ; s modalités de cette activité doivent être adaptées au nouveau contexte qui suppose plus de caractères à évaluer et méthodologie plus compxe. - Recommandations : Optimisation de la fonction de service pour préserver la capacité de recherche Augmenter nombre de doctorants pour rentabiliser mieux, d un point de vue «publications», s s de recherche. Rapprochement avec l équipe Génomique des ovins et des caprins du LGC. 11

12 Intitulé de l équipe : Génétique et Génomique du Lapin. Nom du responsab : Mr Hervé GARREAU Effectifs de l équipe ou affectés au (sur la base du dossier déposé à l AERES) : N1 : Nombre d enseignants-chercheurs (cf. Formulaire 2.1 du dossier de l unité) N2 : Nombre de chercheurs des EPST ou EPIC (cf. Formulaire 2.3 du dossier de l unité) en personnes physiques N3 : Nombre d autres enseignants-chercheurs et chercheurs (cf. Formulaire 2.2 et 2.4 du dossier de l unité) N4 : Nombre d ingénieurs, techniciens et de personnels administratifs titulaires (cf. Formulaire 2.5 du dossier de l unité) N5 : Nombre d ingénieurs, techniciens et de personnels administratifs non titulaires (cf. Formulaire 2.6 du dossier de l unité) N6 : Nombre de doctorants (cf. Formulaire 2.7 du dossier de l unité) N7 : Nombre de personnes habilitées à diriger des recherches ou assimilées bilan (+0.5 en 2010) 8, Appréciation sur la qualité scientifique et la production : Malgré une tail réduite, l équipe occupe une place majeure dans secteur de la recherche génétique sur l espèce cunico. Cette place résulte de l ancienneté de l engagement de l INRA dans ce secteur, des équipements expérimentaux dont l équipe dispose et de la très bonne articulation de ses travaux avec s filières économiques, tant pour lapin de chair que pour la filière «phanères». El a su construire s collaborations internationas susceptibs de conforter cette place origina. La production scientifique appréciée en termes de nombre de publications sur quadriennal est importante, compte tenu de la tail de l équipe, même si el semb se rantir sur la dernière année. Si beaucoup de ces publications se trouvent dans des revues spécifiques au secteur cunico, d autres ont été acceptées dans des revues reconnues du monde de la recherche génétique. Appréciation sur rayonnement, l attractivité, et l intégration de l équipe ou du dans son environnement : Le rayonnement et la bonne intégration de l équipe Lapins dans son environnement sont attestés par s collaborations internationas qu el a construites et par nombre de contrats privés qu el a obtenus auprès des entreprises de la filière cunico. Le transfert à des entreprises de l exploitation des lignées séctionnées historiquement produites par l INRA s est réalisé dans d excelntes conditions ; il a permis de dégager des disponibilités pour des travaux de recherche, tout en préservant la qualité de la collaboration entre l équipe INRA et la filière économique. Les partenariats internationaux sont diversifiés et complémentaires : Europe, Etats-Unis, Australie, Algérie, Tunisie. Ils portent à la fois sur l analyse du déterminisme génétique des caractères et sur la gestion de la variabilité génétique. 12

13 On peut regretter nombre restreint de doctorants et post-docs accueillis au cours du quadriennal. Appréciation sur la stratégie, la gouvernance et la vie de l équipe ou du : L articulation entre l équipe de recherche, s moyens expérimentaux de l INRA, et s ressources propres aux entreprises partenaires apparaît bien construite. Cependant la tail de l équipe la rend relativement fragi et restreint son attractivité et sa capacité d accueil en doctorants ou en post-docs. Appréciation sur : Le poursuit s recherches sur l analyse fine et la modélisation des caractères compxes choisis pour ur impact sur la durabilité de l évage cunico. Le prochain quadriennal devrait profiter de l achèvement récent du séquençage du génome du lapin : l équipe s investira dans des s de recherche stratégiques (détection de QTL et de mutations causas, expérience de séction génomique.) avec s collaborations internationas qu imposent s investissements liés à ces s. Conclusion : - Points forts et opportunités : Spécificité et originalité des thématiques de recherche ; L atout exceptionnel que représente pô expérimental cunico ; Le lapin est un modè expérimental pour certaines maladies humaines ; L achèvement récent du séquençage du génome du lapin devrait permettre d ouvrir de nouvels approches. - Points à améliorer et risques : Fragilité liée à la tail de l équipe freinant la régularité de la production scientifique. - Recommandations : Renforcer s partenariats avec des équipes voisines et s consortiums internationaux pour sécuriser la viabilité du scientifique. 13

14 Intitulé de l équipe : Génétique et Génomique des Palmipèdes Gras, Nom du responsab : Mme Christel Marie-ETANCELIN Effectifs de l équipe ou affectés au (sur la base du dossier déposé à l AERES) : N1 : Nombre d enseignants-chercheurs (cf. Formulaire 2.1 du dossier de l unité) N2 : Nombre de chercheurs des EPST ou EPIC (cf. Formulaire 2.3 du dossier de l unité) en personnes physiques N3 : Nombre d autres enseignants-chercheurs et chercheurs (cf. Formulaire 2.2 et 2.4 du dossier de l unité) N4 : Nombre d ingénieurs, techniciens et de personnels administratifs titulaires (cf. Formulaire 2.5 du dossier de l unité) en équivant temps pin travaillé N5 : Nombre d ingénieurs, techniciens et de personnels administratifs non titulaires (cf. Formulaire 2.6 du dossier de l unité) N6 : Nombre de doctorants (cf. Formulaire 2.8 du dossier bilan de l unité et formulaire 2.7 du dossier de l unité) N7 : Nombre de personnes habilitées à diriger des recherches ou assimilées bilan 1 1 (+0.5 en 2010) 1,8 1,8 1 1 Appréciation sur la qualité scientifique et la production : Les résultats sont nombreux et pertinents par rapport aux questions que se posent s filières. Il aurait été toutefois judicieux de bien faire la distinction entre s résultats où l équipe a été ader et ceux qui résultent d actions en collaboration en fait pilotées par d autres unités (ex : gavage). Bien que s résultats soient nombreux, pertinents et de qualité, force est de constater que ur valorisation n est pas terminée : l équipe se caractérise par un nombre évé de communications mais un nombre d artics originaux par publiant faib. Nous encourageons donc l équipe à publier rapidement tous ses résultats. Les relations avec s professionnels sont nombreuses mais sembnt compxes voire parfois difficis en raison de difficulté de la filière à se structurer. Appréciation sur rayonnement, l attractivité, et l intégration de l équipe ou du dans son environnement : L équipe coordonne certains programmes (ex : GENESCAN) avec des co-financements régionaux et ANR. L équipe a de fortes collaborations avec des professionnels de la filière. Les contacts à l étranger sont essentielment en Asie (invitation au Vietnam, ORCHID avec Taiwan). Le faib effectif de l équipe et sa moyenne d âge globament faib limitent considérabment sa capacité d encadrement (étudiants en thèse) et sa capacité à susciter des collaborations étrangères lourdes ou consolidées ou à coordonner des s de grande envergure (ANR, Europe), ce qui ne remet pas en cause pour autant s efforts faits dans ces domaines par s membres de l équipe. 14

15 Appréciation sur la stratégie, la gouvernance et la vie de l équipe ou du : La tail réduite de l équipe ne permet pas une réel stratégie en termes de prise de risque et d ambition internationa. L équipe exerce des activités d enseignement à l ENITA de Bordeaux. L équipe est égament reconnue auprès du monde professionnel. D autre part, il faut signar qu un point faib de cette équipe est petit nombre de doctorants qui aident à rentabiliser mieux s résultats des s (l équipe co-encadre un doctorant depuis 2008 dont sujet est l analyse du dispositif de détéction de QTL chez canard). Appréciation sur : En termes scientifiques, est bien présenté en soulignant cœur de compétence de l équipe (génétique) au sein de questionnements plus globaux qui concernent des questions scientifiques d intérêt pour s filières. Les collaborations sont bien explicitées et s s sont sous-tendus par des s acceptés ou à déposer ou re-déposer même si l équipe n a pas toujours capacité à être ader. Conclusion : La gouvernance globa de la SAGA et l organisation par filières de certaines équipes a l énorme inconvénient de fragiliser s petites équipes qui n ont pas s moyens humains d avoir une gouvernance et une stratégie ambitieuses. Intitulé de l équipe : Informatique-Automatique Nom du responsab : Mr François LAPERRUQUE Effectifs de l équipe ou affectés au (sur la base du dossier déposé à l AERES) : N1 : Nombre d enseignants-chercheurs (cf. Formulaire 2.1 du dossier de l unité) N2 : Nombre de chercheurs des EPST ou EPIC (cf. Formulaire 2.3 du dossier de l unité) N3 : Nombre d autres enseignants-chercheurs et chercheurs (cf. Formulaire 2.2 et 2.4 du dossier de l unité) N4 : Nombre d ingénieurs, techniciens et de personnels administratifs titulaires (cf. Formulaire 2.5 du dossier de l unité) N5 : Nombre d ingénieurs, techniciens et de personnels administratifs non titulaires (cf. Formulaire 2.6 du dossier de l unité) N6 : Nombre de doctorants (cf. Formulaire 2.8 du dossier bilan de l unité et formulaire 2.7 du dossier de l unité) N7 : Nombre de personnes habilitées à diriger des recherches ou assimilées bilan 6,5 6,5 15

16 Appréciation sur la qualité scientifique et la production : L'équipe Informatique et Automatisme est composée de 7 personnes, toutes BIATOS. El joue un rô de service, qui se révè essentiel. Mais l'on constate aussi qu'il donne lieu à des choix technologiques, des adaptations méthodologiques, voire à des innovations tout à fait pertinentes. Son activité en liaison avec s préoccupations d assurance qualité et de diminution des risques dans s unités expérimentas de l INRA est essentiel. Il s'agit d'une part d'outils de colcte et d'exploitation automatique de données (tri d'animaux marqués par puces RFID, contrô de production laitière,...), ce qui rend plus faci, plus rapide, et surtout moins dangereux travail auprès du bétail. Il s'agit aussi, en liaison avec l'équipe GABI de Jouy ou d'autres équipes du département GA, ou du département PHASE, de mettre en place et gérer des systèmes d'information propres aux diverses filières (volails, petits ruminants, lapins,...). Cette activité se traduit par la diffusion d outils (ex SIDEx) bien au-delà de l unité SAGA et dans d autres départements INRA pour la gestion et la sauvegarde des données des unités expérimentas, ce qui est essentiel pour sauvegarder potentiel de ces outils expérimentaux. Appréciation sur : De nombreux s sont sur chantier, toujours fondés sur s systèmes de connexion sans fil : pesée d'animaux, saisie voca de données, etc. L équipe devra veilr à ce que s objectifs annoncés soient effectivement réalisés. Comme pour s activités déjà en service, développement de ces s se fait en collaboration avec des entreprises spécialisées ce qui est un lien nécessaire et uti pour la diffusion à la profession des innovations apportées. Les personnels de l'équipe IA sont fortement impliqués dans toute cette activité, ce qui est bien sûr positif. Conclusion : Il s'agit d'une petite équipe qui joue rô qui lui a été attribué de façon performante. Son rattachement au CATI "Informatique pour Phénotype et la Biologie Intégrative" est trop récent pour que l'on puisse juger s'il est positif (coordination au sein de l'inra au moins du Département GA des développements informatiques ou automatiques) ou s'il ne l'est pas (frein à l'autonomie de choix, qui s'est révélée pertinente jusqu'à aujourd'hui). 16

17 Note de l unité Qualité scientifique et production Rayonnement et attractivité, intégration dans l environnement Stratégie, gouvernance et vie du laboratoire Appréciation du A A B A+ A Nom de l équipe : «Modélisation des données génétiques et génomiques» Note de l équipe Qualité scientifique et production Rayonnement et attractivité, intégration dans l environnement Stratégie, gouvernance et vie du laboratoire Appréciation du A A B A A Nom de l équipe : «Génétique et Génomique des Petits ruminants» Note de l équipe Qualité scientifique et production Rayonnement et attractivité, intégration dans l environnement Stratégie, gouvernance et vie du laboratoire Appréciation du A A B A A Nom de l équipe : «Génétique et Génomique du Lapin» Note de l équipe Qualité scientifique et production Rayonnement et attractivité, intégration dans l environnement Stratégie, gouvernance et vie du laboratoire Appréciation du A A B A A 17

18 Nom de l équipe : «Génétique et Génomique des Palmipèdes Gras» Note de l équipe Qualité scientifique et production Rayonnement et attractivité, intégration dans l environnement Stratégie, gouvernance et vie du laboratoire Appréciation du B B B non noté A Nom de l équipe : «Informatique-Automatique» Note de l équipe Qualité scientifique et production Rayonnement et attractivité, intégration dans l environnement Stratégie, gouvernance et vie du laboratoire Appréciation du non noté non noté non noté non noté non noté 18

19 INSTITUT NATIONAL DE LA RECHERCHE AGRONOMIQUE UR631-Station d Amélioration Génétique des Animaux DEPARTEMENT DE GENETIQUE ANIMALE Réponse au rapport du comité d expert «Commentaires généraux» STATION D'AMELIORATION GENETIQUE DES ANIMAUX UR631-SAGA - Centre INRA de Toulouse Mars 2010

20 INSTITUT NATIONAL DE LA RECHERCHE AGRONOMIQUE UR631-Station d Amélioration Génétique des Animaux Réponse de l Unité au rapport du comité d expert Observations de portée généra L Unité remercie comité d expert pour temps qu il a accepté de consacrer à ce travail et pour s échanges constructifs qui ont eu lieu lors de ur visite 14 janvier Nous apprécions l avis positif porté par la commission sur l Unité. De manière généra, nous partageons l analyse de la commission. Les résultats et recommandations par équipe et par sont appréciés et vont être très utis pour une discussion détaillée des orientations futures de nos recherches. s lignes qui suivent, nous souhaitons apporter quelques réponses/commentaires au contenu du rapport d évaluation. I- Remarques généras de l Unité Vous mentionnez «niveau de publication est en légère augmentation» : l auto-analyse de nos publications a montré une augmentation de 20% de nos publications de rang A entre et et de 16% entre et Nous reconnaissons que des marges de progrès sont encore possibs tant en nombre de publications qu en qualité en visant des revues à plus fort facteur d impact. Nous nous efforcerons dans prochain quadriennal d améliorer ce point. Vous mentionnez que l unité doit accroitre nombre de thésards encadrés. Nous partageons cet avis, nombre d HDR au sein de l Unité reste encore faib (5 personnes sont habilitées à diriger des recherches en janvier 2010), lié à une pyramide d âge déséquilibrée mais celui-ci devrait progresser puisqu il est prévu que 4 personnes de l Unité passent ur HDR au cours des trois prochaines années. A l automne 2010, nous accueilrons 3 thésards supplémentaires. Vous mentionnez à juste titre que nous disposons d un très bon dispositif expérimental original mais qu il devrait être mieux valorisé au niveau international, ce point est à prendre en considération ; l ouverture de nos dispositifs expérimentaux à l international doit être réfléchie dans un cadre de s collaboratifs. Vous écrivez «L hétérogénéité reste relativement importante et s plus petites équipes devraient sans doute être soutenues pour augmenter ur potentiel de production.» : il est vrai que s équipes «Génétique et Génomique du Lapin» et «Génétique et Génomique des Palmipèdes Gras» sont des équipes relativement petites, des réfxions au sein de l unité ont déjà démarré pour renforcer scientifiquement ces équipes puisqu un poste de CR2 sur une thématique impliquant ces 2 équipes est ouvert au concours en 2010 et que des collaborations existent, mais mériteraient surement à être renforcées, avec s autres équipes de l unité et du département. Nous devons poursuivre renforcement de ces équipes et au minima remplacement des personnes partant à la retraite dans s prochaines années (1 agent pour l équipe «Génétique et Génomique du Lapin» et 1 agent pour l équipe «Génétique et Génomique des Palmipèdes Gras»). - «L unité est dans une dynamique positive sans toutefois être totament explicite sur son stratégique.», l Unité vient de traverser une phase de restructuration, et nous nous appliquerons dans l année à définir de manière plus précise notre stratégique (stratégie de publications, dépôts des s de recherche, etc). Nous regrettons que s paragraphes «Points forts et opportunités», «Points à améliorer et risques» et «Recommandations» ne soient pas renseignés, pour s équipes «Génétique et Génomique des Palmipèdes Gras» et «Informatique-Automatisme», comme cela a été fait pour s autres équipes de l Unité.

21 INSTITUT NATIONAL DE LA RECHERCHE AGRONOMIQUE UR631-Station d Amélioration Génétique des Animaux II- Remarques de l équipe «Modélisation des données génétiques et génomiques» Vous mentionnez «cadre assez concurrentiel du développement de modès de type linéaire, cette équipe a su se dégager un créneau, d'une part en introduisant des modès non linéaires ce qui conduit à des algorithmes sophistiqués récents, comme SAEM de Laviel (2004) ou, plus original, des modès exprimant la vaur génétique des descendants comme fonction de cels des deux parents, modè multiplicatif étant préféré au modè additif. Cet axe, qui a été principal ces dernières années (une quinzaine d'artics "A", trois thèses) sera peu à peu délaissé au-delà du regret, on comprend la volonté de renouvelment des thématiques.». L équipe a souhaité être plus réaliste possib dans la faisabilité de son, c est pourquoi des choix ont été nécessaires : s développements de modès de type linéaires seront mis en «sommeil», nous assurerons toutefois une veil scientifique sur ce thème et apporterons une expertise aux sollicitations qui nous seront faites. La thématique autour de la modélisation des interactions reste quant à el d actualité puisqu el correspond au thème de recherche d un CR2 recruté récemment. «L'axe qui devient prédominant est celui de la recherche de QTL ; c'est un axe qui associe des questions théoriques jusqu'à la réalisation de logiciels (QTLMAP pour quel on peut regretter un manque de comparaison avec s logiciels concurrents).». La comparaison de QTLMAP avec des logiciels concurrents n a peut-être pas été assez mise en évidence dans notre rapport écrit et notre présentation ora. Le logiciel de détection de QTL «QTLMAP» est en développement depuis de nombreuses années au sein du département de Génétique Anima, il est actuelment en cours de réécriture et d optimisation avec une version diffusab au niveau international sur la plate-forme QGP (version disponib depuis 2009), il présente de nombreuses fonctionnalités non développées dans logiciel QTL Express, principal concurrent. Les scientifiques développant ce logiciel, collaborent sur la méthodologie depuis de nombreuses années avec nos collègues américains (Université d Iowa) et européens au travers du SABRE. III- Remarques de l équipe «Génétique et Génomique des Petits Ruminants» Nous apportons quelques précisions aux remarques du comité : - «Si ces s de recherche sont support d un nombre moyen de publications par publiant et par an, on peut regretter que peu d entre els aient un membre de l équipe en premier ou dernier auteur.», La plupart de nos s sont pluridisciplinaires, ce qui en fait ur richesse et ur originalité. En contre partie, s publications (associant un grand nombre de co-auteurs) qui en décount et la place que nous y occupons ne reflètent probabment pas travail réalisé. L équipe est consciente que s différents s n ont pas été suffisamment valorisés par passé ; el s attachera à redoubr d efforts à l avenir pour améliorer nombre et la qualité des publications. Le faib nombre de doctorant accueillis au sein de l équipe ces dernières années est surement à mettre en relation avec peu de chercheurs de cette équipe ayant ur habilitation à diriger des recherches, cette lacune devrait être comblée rapidement puisque 3 agents soutiendront ur HDR dans s 3 années à venir. A noter égament que 3 thèses débuteront à l automne 2010 au sein de l équipe. - «la conduite de ces s de recherche devra être conciliée avec s fonctions de service (évaluation génétique) que l équipe doit assurer. Compte tenu de la compxification croissante de ces fonctions (plus de caractères à évaluer, intégration de la génomique ), maintien des moyens humains sur ce secteur apparaît indispensab mais ne suffira pas : il est nécessaire d optimiser cette activité au sein de l UMT, en recherchant tout ce qui peut être mutualisé entre espèces, y compris avec l équipe bovine à Jouy.», - «Il ne faudrait pas mettre en péril la position privilégiée de cette équipe en ne lui permettant pas d assurer correctement la fonction de service ; s modalités de cette activité doivent être adaptées au nouveau contexte qui suppose plus de caractères à évaluer et méthodologie plus compxe.» - «Optimisation de la fonction de service pour préserver la capacité de recherche»

22 INSTITUT NATIONAL DE LA RECHERCHE AGRONOMIQUE UR631-Station d Amélioration Génétique des Animaux L équipe partage entièrement l ensemb des trois remarques ci-dessus ; el a entamé des réfxions pour maintenir et concilier s différentes missions qui lui sont confiées. Les différents voies que nous explorons sont : (i) a minima remplacement des scientifiques partant à la retraite ; (ii) recours à des CDD au travers de financement de contrats de recherche (en cours de recrutement) ; (iii) recrutement de thésards (3 prévus en 2010), (iv) l optimisation et la mutualisation des activités liées à l évaluation génétique au sein de l UMT GENEpR (en ce qui concerne s petits ruminants) et en partenariat avec nos collègues de l UMR GABI de Jouy-en-Josas (de manière plus large pour s ruminants). L existence du réseau d évaluation génétique du département de Génétique Anima, se réunissant tous s 2 mois par visio-conférence, constitue un lieu d échanges très utis. IV- Remarques de l équipe «Génétique et Génomique du Lapin» L équipe Génétique et Génomique du Lapin partage globament l analyse de la commission et s recommandations faites. L hétérogénéité de la tail des équipes ne pose pas de problème particulier en matière de gouvernance ou d animation aux yeux de l équipe Génétique et Génomique du Lapin. L organisation en équipes par filière est justifiée par s interactions spécifiques entre chaque équipe et s structures professionnels, expérimentas et scientifiques propres à chaque filière. La tail de l équipe Génétique et Génomique du Lapin doit rester en adéquation avec niveau des activités socioprofessionnels, assez diversifiées, utilisant lapin comme espèce de rente. Une équipe de petite tail est effectivement plus fragi. El devrait se composer à minima d un scientifique susceptib d encadrer des thésards et post doctorants, d un ingénieur d interface avec s professionnels et d un technicien pour remplir sa mission de recherche et de transfert. Il faut donc prévoir à minima renouvelment des scientifiques qui partiront à la retraite au cours du prochain quadriennal. - «On peut regretter nombre restreint de doctorants et post-docs accueillis au cours du quadriennal». Sur la période , l équipe a encadré 2 thèses et co-encadre depuis fin 2009, une nouvel thèse. Ce faib taux d encadrement s explique principament par la petite tail de l équipe et une seu personne habilitée à diriger des recherches. Toutefois, l équipe est régulièrement sollicitée pour apporter son expertise scientifique dans suivi de thésards ou chercheurs des pays en développement (Algérie, Tunisie, Bénin). Notons égament que cette année, un CR2 est recrutée sur une thématique commune avec l équipe «Génétique et Génomique des Palmipèdes Gras», venant ainsi conforter scientifiquement l équipe. Nous approuvons la recommandation du comité nous incitant à renforcer s collaborations avec s autres équipes de recherche. C est une autre voie pour pallier la faib tail de l équipe et sécuriser s s. V- Remarques de l équipe «Génétique et Génomique des Palmipèdes Gras» Nous souhaitons apporter quelques précisions sur la particularité de notre équipe qui ne semb pas avoir été bien explicitée : (i) la spécificité de la production du foie gras, cette production est presque exclusivement française et s mécanismes physiologiques de la stéatose hépatique sont spécifiques de cette production. Il en résulte un nombre très restreint d interlocuteurs au niveau international ; (ii) notre implication en génétique moléculaire a débuté par du travail pratique d un membre de notre équipe au laboratoire de génétique cellulaire (équipe génome aviaire de l UMR GC) pour tester l informativité des marqueurs microstallites disponibs, interpréter s génotypages à la sortie du séquenceur et calcur la carte génétique. Il en a découlé la création d un lien privilégié entre ces 2 équipes, qui est tel qu aujourd hui nous pouvons véritabment parr d une équipe informel «Génétique du canard» entre ces équipes, attestée par des réunions d information et de travail régulières. Cette structure informel remédie aux difficultés liées à la petite tail de notre équipe. Hormis par la rédaction d un paragraphe «Champ Thématique 1 : structure et fonctionnement du génome» qui n existe que pour notre équipe, nous reconnaissons que ces éléments n ont pas été

23 INSTITUT NATIONAL DE LA RECHERCHE AGRONOMIQUE UR631-Station d Amélioration Génétique des Animaux suffisamment explicités dans rapport. Enfin, séquençage du canard commun disponib depuis peu constitue une opportunité forte pour développement de cette collaboration. Nous apportons quelques précisions aux remarques du comité : - «Les relations avec s professionnels sont nombreuses mais sembnt compxes voire parfois difficis en raison de difficulté de la filière à se structurer» ; la filière est très bien structurée, composée de sociétés de séction privées, qui confient l indexation de urs lignées au SYSAAF. Comme pour s autres espèces avicos, qui ne relèvent pas de la Loi d Orientation Agrico, s relations entre l INRA et s séctionneurs peuvent sembr compxes mais en aucun cas difficis. - «Les contacts à l étranger sont essentielment en Asie (invitation au Vietnam, ORCHID avec Taiwan» ; en effet, s collaborations internationas concernent essentielment l Asie, car de fait, Taiwan est seul pays à éver à des fins de production canard mulard, notre principal animal d intérêt. Notre collaboration avec Taiwan est solide, engagée en 1982 et toujours maintenue, à l origine de colloques, de réunions de travail et d artics réguliers. Nous reconnaissons que notre niveau de publication doit être amélioré : il se situe néanmoins à 1,9 publications par an et par publiant (assez proche de la moyenne de l unité). Il s explique en partie par des renouvelments récents au sein de l équipe. Mais s nouveaux programmes initiés suite à ces renouvelments devraient conduire à de nombreuses publications dans s 4 ans à venir. VI- Remarques de l équipe «Informatique-Automatisme» L équipe «Informatique et Automatismes» apprécie s commentaires positifs émis par comité d expert. Nous apprécions particulièrement que nos missions au niveau de l assurance qualité et de la diminution des risques liés aux activités expérimentas sur s animaux, apparaissent clairement dans rapport écrit. En ce qui concerne notre rattachement au CATI «Informatique pour Phénotypage et la Biologie Intégrative» et comme suggère comité, nous nous attacherons à demeurer proactifs afin d organiser nos activités dans un objectif de mutualisation des outils développés. L unité souhaite renouver ses remerciements au comité des experts pour travail réalisé et la qualité des échanges lors de ur visite. A Castanet-Tolosan, 30 mars 2010 Christè Robert-Granié Directrice de l Unité UR631, INRA-SAGA