RÉFÉRENTIELS TAXONOMIQUES

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1 RÉFÉRENTIELS TAXONOMIQUES DISPONIBLES DE LA FAUNE ET DE LA FLORE DE FRANCE Le 10 décembre 2003

2 AVANT PROPOS Il existe en France métropolitaine de l'ordre de espèces, terrestres et marines, de plantes et d'animaux ; au niveau mondial, le total s'établit à 1,7 million d'espèces environ, désignées par 5 à 7 millions de noms. Devant ce foisonnement de noms et d'espèces, les référentiels taxonomiques ont pour objet de fournir les noms valides (= contenu nomenclatural) des espèces valides (= contenu taxonomique) et d'indiquer à quel nom valide correspondent les autres noms également employés (synonymes). Ce sont des outils d'organisation et d'accès à l'information biologique et non biologique concernant les espèces désignées par ces noms. Les utilisateurs des référentiels appartiennent à trois grandes catégories : (1) les chercheurs eux-mêmes, pour organiser l'information sur les caractères morphologiques et moléculaires, les données écologiques et éthologiques, (2) les gestionnaires du milieu naturel, pour organiser l'information sur l'écologie, la démographie, la répartition, le statut de conservation, les mesures de protection, (3) les gestionnaires des musées, pour organiser l'information sur les spécimens contenus dans les collections. Pour faire face à leurs besoins, des utilisateurs ont parfois été amenés à développer eux-mêmes leurs propres listes d'espèces. Quelle différence y a-t-il entre une telle liste d'usage et un véritable référentiel? La liste d'usage a une justification très pragmatique et n'est que rarement validée par les systématiciens du domaine; pour des espèces de la faune et de la flore de France, dont la répartition peut s'étendre du Portugal à la Russie, le processus de validation est en effet hors de portée d'un utilisateur national ou, a fortiori, en région. Le niveau européen, voire même mondial (dans le cas des espèces introduites, par exemple), est le niveau approprié pour harmoniser le contenu taxonomique et nomenclatural des référentiels.

3 Le Muséum National d Histoire Naturelle est un des principaux acteurs impliqués dans l'établissement des référentiels taxonomiques au niveau européen. Pourquoi? Parce que le bon niveau pour la construction des référentiels taxonomiques est le niveau international, mais les utilisateurs gestionnaires du milieu naturel travaillent dans un cadre national : ils sont demandeurs de listes pragmatiques, allégées des espèces européennes qui ne vivent pas en France (mais qui constituent environ 70% du contenu des référentiels européens) et éventuellement enrichies des noms scientifiques français (qui n'existent pas dans les référentiels européens). Cette contradiction entre référentiels taxonomiques globaux et listes d'usage constitue un nouveau goulet d'étranglement qu'il est nécessaire de résoudre pour rendre opérationnels les référentiels taxonomiques scientifiquement validés. L'objet de cette note est de faire le bilan, au 1/10/03, de ce qui est disponible et des perspectives pour la faune et la flore de France. Par commodité, nous traitons séparément 4 ensembles : - Faune et flore marines ; - Faune terrestre et d'eau douce ; - Plantes vasculaires ; - Autres taxons (mousses, champignons, protistes, etc...). Pour chaque ensemble, nous examinerons successivement le niveau français, le niveau européen, le niveau mondial. L'indication "validé MNHN" signifie que le référentiel en question répond aux normes scientifiques de qualité pour leur contenu taxonomique et nomenclatural.

4 FAUNE ET FLORE MARINE Pas de référentiel spécifiquement mis en forme pour les usagers français, mais voir ci-dessous. Niveau européen (1) Référentiel électronique des mollusques marins des mers d'europe (CLEMAM) sur le web : Validé MNHN. (2) Référentiel papier des crustacés décapodes (marins et eau douce) d'europe publié dans Patrimoine Naturel, 40 [1999]. Validé MNHN. (3) European Register of Marine Species. Programme européen ( ) espèces de faune et flore cataloguées. Site web erms.biol.soton.ac.uk (statique depuis la fin du programme) et publication sous forme papier Listes de qualité inégale selon les taxons (les données sur les mollusques et les décapodes sont issues des deux référentiels ci-dessus). Programme en cours de réactivation dans le cadre du réseau européen d'excellence MARBEF. Niveau global (1) Un modèle du genre : Référentiel électronique des Poissons (FishBase, espèces) sur le web Inclut le Catalog of Fishes recensant les descriptions originales : Validé MNHN. (2) Référentiel électronique des Algues (AlgaeBase) sur le web : infotree.library.ohiou.edu/single-records/2435.html. Validé MNHN. (3) Référentiel électronique des Mollusques (OBIS, espèces) en chantier sur le web : Validé MNHN. (4) Référentiel électronique des Céphalopodes (700 espèces), Validé MNHN.

5 FAUNE TERRESTRE ET FLUVIATILE (1) Référentiel papier des Mollusques continentaux publié dans Patrimoine Naturel, 52 (2002) : Validé MNHN. (2) Plusieurs listes produites par l'opie et/ou SPN : - concernant les insectes, Ephémères, Lépidoptères et 5 familles de Coléoptères en accès sur le web ( Insectes/observatoire/list_ref.htm), Odonates en attente de validation, Orthoptères et Mantides en attente de mise à disposition. - concernant les vertébrés, sans attendre la fin du programme Fauna Europaea, le MNHN a validé la liste des Amphibiens, Chéloniens + Squamates (Reptiles), et Mammifères. Ces référentiels seront accessibles prochainement sur le site de l UMS «Inventaire et suivi de la biodiversité». La liste des poissons est en préparation. Niveau européen Fauna Europaea. Programme européen en cours ( ), le Muséum National d Histoire Naturelle est un des 4 principaux partenaires du projet, en charge de la validation, et de l'analyse des lacunes espèces attendues, disponibles sur le web à partir d'octobre Niveau global (1) Référentiel mondial des oiseaux en cours au Muséum National d Histoire Naturelle. (2) Reptiles. Référentiel à l'embl, (3) Autres groupes : pas de référentiel général. De nombreuses listes sont disponibles sur le web mais ne couvrent pas l'ensemble du monde vivant. Il s'agit bien souvent de listes d'espèces valides sans synonymes, sans être de vrais référentiels, comme les Plécoptères du monde, ou plus complètes, comme l'"index to the Neuropterida Species of the World" (Neuroptera, Megaloptera, Rhaphidioptera), entowww.tamu.edu/research/neuropterida/neur_sp_index/ins_search.html. Voir aussi

6 PLANTES VASCULAIRES L'Index Synonymique de la Flore de France (dit «Index de Kerguelen»), jusqu à une date très récente sur le site de l INRA ( a été mis à jour par l association Tela Botanica sur une commande de l Institut Français de la Biodiversité (IFB) et par le Conservatoire Botanique du Bassin Parisien. Il va être mis en ligne très prochainement sur le site du MNHN. Niveau européen Euro+Med PlantBase. Projet européen , en cours d'achèvement espèces attendues. Niveau global Un modèle également : ILDIS, catalogue et base de données sur les légumineuses du monde Species Plantarum Project. Initiative pour cataloguer toutes les plantes du monde, non encore financé. AUTRES TAXONS (1) Référentiel papier des algues Desmidiées de France publié dans Patrimoine Naturel, 41 Validé MNHN. (2) Bonne expertise française dans le domaine des champignons, mais référentiels non encore disponibles.

7 CONCLUSION ET ACTIONS À ENTREPRENDRE Les initiatives en cours aboutiront courant 2004 à des référentiels harmonisés et interopérables au niveau européen. Les lacunes à couvrir concernent essentiellement les champignons, les bryophytes et les lichens. La restitution de ces référentiels pour les usagers (professionnels et public) demande la création d'un portail d'accès en langue française et leur mise en forme pour les besoins nationaux.