Bulletin épidémiologique

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1 Bulletin épidémiologique CHRU de Clermont-Ferrand - Laboratoire de Virologie CNR des Entérovirus et des Parechovirus (Laboratoire associé) Ce bulletin présente une synthèse des principales infections épidémiques virales dépistées par le laboratoire de Virologie du CHU de Clermont-Ferrand entre la semaine et la semaine Les données présentées complètent la veille saisonnière organisée par l ARS Auvergne et reflètent, à partir des patients hospitalisés pendant la période concernée, l épidémiologie locale des infections virales respiratoires, neuro-méningées et digestives. Les infections virales relevant du dispositif des maladies à déclaration obligatoire notifiées par les biologistes du laboratoire de Virologie sont également présentées. Virus respiratoires : Grippe (Figures 1 et 2) 186 prélèvements respiratoires analysés avec recherche de grippe 319 positifs / 186 échantillons pour la grippe soit 17,2%, principalement sur une période de mois (Janvier-Mai ; hiver et printemps) Ces échantillons étaient majoritairement positifs pour le virus de la grippe de type A : 22/319 soit 69% - Notamment A-H3N2 pour 11/22 soit 2,3% (H1N1 12/22 soit,%) ; - Les virus de grippe A n ont pas été typés pour 93 souches / 22 soit 42,3% en cours d épidémie du fait d une charge importante de travail 99 positifs / 319 échantillons pour le virus de la grippe B soit 31% ; l apparition des cas de grippe B a été décalée par rapport aux cas de grippe A 27 cas de grippe grave (correspondant aux cas de grippe hospitalisés en réanimation) ont été signalés à l InVS (Cire Auvergne) soit 8,% des échantillons positifs pour la grippe (27/319) NB : Bilan épidémie de grippe saison 214/21 (données InVS) : Au niveau national : Epidémie forte de grippe, dominée par le virus A(H3N2) - 9 semaines d épidémie - 2,9 millions de consultations pour syndrome grippal - % de virus A (H3N2) Impact important - Plus de 3 passages aux urgences pour grippe hospitalisations parmi ces passages dont 47% chez les 6 ans et plus cas graves de grippe admis en réanimation - Excès de 18 3 décès toutes causes pendant l épidémie de grippe, concernant à 9% les sujets âgés de plus de 6 ans - Cet excès de mortalité est lié à la grippe et à d autres facteurs hivernaux - Excès de 9 décès également observé dans 13 des 1 pays participant à la surveillance européenne de la mortalité hivernale Poursuite de la baisse de la couverture vaccinale : 46,1% (48,9% la saison passée) 1

2 Au niveau régional : Epidémie forte de grippe, dominée par le virus A(H3N2) - 11 semaines d épidémie consultations pour syndrome grippal - 3 cas graves de grippe Poursuite de la baisse de la couverture vaccinale : 47,4 % (,7% la saison passée) S4S42S44S46S48SS2S2S4S6S8S1S12S14S16S18S2S22S24S26S28S3S32S34S36S38 Echantillons analysés % Positivité B % Positivité A % Positivité Totale 1, 9, 8, 7, 6,, 4, 3, 2, 1,, Figure 1 Nombre d échantillons analysés et pourcentages globaux d échantillons positifs en grippe et par type (A et B) par semaine sur la saison , Service de Virologie - CHU Clermont-Ferrand S4 S42 S44 S46 S48 S S2 S2 S4 S6 S8 S1 S12 S14 S16 S18 S2 S22 S24 S26 S28 S3 S32 S34 S36 S38 H1N1 H3N2 NT % Positivité A, 4, 4, 3, 3, 2, 2, 1, 1,,, Figure 2 Pourcentages d échantillons positifs pour le virus de la grippe A et représentation en fonction du sous-type (H3N2 et H1N1) par semaine sur la saison , Service de Virologie - CHU Clermont- Ferrand (NT = non typé). 2

3 Autres virus respiratoires Le VRS et les entérovirus/rhinovirus sont les plus fréquemment retrouvés avec les virus grippaux (Figure 3) Virus Respiratoire Syncitial (VRS) => 247 positifs / 1241 échantillons analysés soit 19,9% - Principalement détecté sur la période d un semestre (Décembre-Mai ; hiver et printemps) - Majoritairement des bronchiolites chez les enfants < 2 ans (23/247 soit 82,2%) - Chez les patients 2 ans, très fréquemment présence d une pathologie sous-jacente (pathologies respiratoires, mucoviscidose, hémopathies, oncologie, patients greffés) Picornavirus (entérovirus/rhinovirus) => 32 positifs / 1687 échantillons analysés soit 19% - Circulation endémique mais en nette diminution lors de la saison hivernale pendant les épidémies de bronchiolite à VRS et de grippe - Dans le cadre de l activité du CNR Entérovirus et Parechovirus du laboratoire, les souches détectées ont été identifiées (rhinovirus ou entérovirus), puis génotypées (n=31) (Figure 4) : Majoritairement des rhinovirus 23/26 soit 88,% ; les souches les plus fréquemment retrouvées appartiennent à l espèce A des rhinovirus (118/23 soit 1,3%), puis à l espèce C (87/23 soit 37,8%) et à l espèce B (2/23 soit 1,9%) Un entérovirus a été retrouvé dans 11,% des cas (3/26) ; principalement de l entérovirus (EV)-D68 (19/3 soit 63,3%) ce qui correspond à l alerte internationale concernant la circulation exceptionnelle de ce virus en 214. NB : Données CNRs entérovirus En 214, les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) d Atlanta ont lancé une alerte en raison d une augmentation du nombre d hospitalisations pour infections respiratoires pédiatriques sévères aux USA reliée à une augmentation de la circulation de l EV-D68. Bien qu aucune alerte clinique majeure n ait été observée en Europe, plusieurs pays européens, dont la France, ont mis en place au cours de l automne 214 une recherche active de l EV-D68 dans les prélèvements respiratoires des patients hospitalisés, en privilégiant les services pédiatriques. => Au total, 29 cas ont été diagnostiqués entre le 1 juillet et le 31 Décembre 214 (pic de détection en semaine 43), représentés majoritairement par des tableaux d asthme et de bronchiolite et conduisant dans 1% des cas à une hospitalisation en soins intensifs. 3

4 Picornavirus VRS Figure 3 Pourcentages d échantillons positifs en VRS et en Picornavirus par semaine sur la saison , Service de Virologie - CHU Clermont-Ferrand RHV-A RHV-B RHV-C CV-A2 CV-A4 CV-B3 CV-B E-11 E-13 E-18 EV-D68 EV-71 EV-19 Figure 4 Répartition des types de rhinovirus (RHV) et d entérovirus identifiés à partir des prélèvements respiratoires positifs lors de la saison , Service de Virologie - CHU Clermont-Ferrand. 4

5 Les autres virus avec un tropisme respiratoire primaire sont retrouvés à des taux faibles Fréquemment en hiver et au printemps pour la grande majorité (Figure ) Métapneumovirus => 33 positifs / 177 échantillons analysés soit 3,1% Adénovirus => 17 positifs / 762 échantillons analysés soit 2,2% - Un résultat de typage moléculaire a été disponible pour 13 échantillons positifs - Principalement ADV-C2 (4 souches) puis ADV-B (2 souches), ADV-C1 (2 souches), ADV-F41 (2 souches), ADV-E4 (1 souche) et ADV-C (1 souche) Ces types sont les plus retrouvés en pathologie humaine avec une circulation mondiale et les pathologies respiratoires sont le plus souvent associées avec ceux de type C (Lion T. Clin Microbiol Rev. 214;27(3):441-62) Virus Parainfluenza => 1 positifs/ 693 échantillons analysés soit 2,2% Coronavirus => 9 positifs /693 échantillons analysés soit 1,3% Bocavirus => 1 positif / 134 échantillons analysés soit,8% S4 S42 S44 S46 S48 S S2 S2 S4 S6 S8 S1 S12 S14 S16 S18 S2 S22 S24 S26 S28 S3 S32 S34 S36 S38 HMPV AdV PIV CoV BcV Figure Représentation des cas de métapneumovirus (HMPV), d adénovirus (AdV), de virus parainfluenza (PIV), de coronavirus (CoV) et de bocavirus (BcV) par semaine au cours de la saison , Service de Virologie - CHU Clermont-Ferrand.

6 Recherche de MERS-CoV Réalisée chez 2 patients au cours de la saison Patient de 7 ans qui a présenté en octobre 214, après un voyage à Dubaï, de la fièvre associée à une toux sèche et des frissons => un prélèvement nasal qui est détecté positif pour un rhinovirus (non typable, probablement du fait d une faible charge virale) et un LBA négatif Patient de 4 ans qui a présenté en juin 21, après un retour de Corée du Sud puis du Japon, une fièvre associée à une toux => un prélèvement nasal qui a retrouvé un rhinovirus (A) et une expectoration négative (la Corée du Sud ayant connu une forte épidémie pendant cette période) NB : Données InVS et OMS En France : - depuis le début de l année 21, 223 signalements MERS-CoV ont été effectués à l InVS dont 72 ont été classés comme cas possibles. Aucun cas n a été confirmé. (En 214, 362 signalements dont 12 possibles). - pour le moment, deux patients infectés par le MERS-CoV ont été identifiés en mai 213. Le premier patient avait effectué un séjour touristique aux Emirats Arabes Unis dans les 14 jours précédant les signes cliniques. Les investigations menées autour de ce patient (décédé) ont permis d identifier, parmi ses contacts, un autre cas de MERS-CoV. Au 3 septembre 21, le bilan mondial OMS est de cas confirmés de MERS-CoV dont 27 décès (létalité observée de 3%) dans 26 pays différents depuis le début de l'épidémie en 212 (dont plus de 8% des cas et des décès mondiaux pour l Arabie saoudite). Pneumopathies à HSV / CMV HSV => 222 LBA analysés avec une recherche HSV-1/2 14 positifs / 222 soit 6%, uniquement HSV-1 CMV => 234 LBA analysés avec une recherche CMV 17 positifs /234 soit 7,3% Virus à tropisme neurologique : Entérovirus (Figures 6 et 7): 794 prélèvements de LCR analysés avec une recherche d entérovirus par RT-PCR 64 positifs / 794 échantillons analysés soit 8% Retrouvés dans presque la moitié des cas chez les nourrissons (< 2 ans) (3/62 soit 46,9%) Circulation endémique mais avec une nette prédominance estivale Deux épisodes épidémiques ont été observés : - Un épisode épidémique lors de la saison automnale de Un épisode épidémique lors de la saison estivale de 21 (fin Juin à mi-août (pic à S28)) Dans le cadre de l activité du CNR Entérovirus et Parechovirus du laboratoire, 61 souches ont été génotypées ; le typage n a pas pu être réalisé pour 3 souches, en raison d une charge virale trop faible Sur la période considérée, le coxsackievirus B (CV-B) est majoritaire (17/6 soit 28%), suivi de l echovirus 18 (E-18) (7/6 soit 12%) puis des echovirus (E-) et 6 (E-6) (/6 soit 8% chacun) NB : En France, depuis janvier 21, les principaux types d EV identifiés sont : CV-B, E-6 et E-9 (résultats provisoires 21 CNRs Entérovirus) 6

7 S4 S42 S44 S46 S48 S S2 S2 S4 S6 S8 S1 S12 S14 S16 S18 S2 S22 S24 S26 S28 S3 S32 S34 S36 S38 1, 9, 8, 7, 6,, 4, 3, 2, 1,, Echantillons analysés % Positivité Figure 6 Nombre d échantillons analysés et pourcentages de LCR positifs en entérovirus par semaine au cours de la saison , Service de Virologie - CHU Clermont-Ferrand. 3% % 2% % 2% 7% 8% 28% 8% 7% 2% 12% % 2% 7% CV-B1 CV-B3 CV-B4 CV-B E-11 E-13 E-16 E-18 E-21 E-2 E- E-6 E-7 E-9 E-3 Figure 7 Répartition des différents génotypes après typage des prélèvements de LCR positifs en entérovirus lors de la saison , Service de Virologie - CHU Clermont-Ferrand. 7

8 Virus herpès simplex de types 1 et 2 (HSV-1/2) : 1112 échantillons de LCR analysés avec une recherche d HSV-1/2 par PCR 12 positifs / 1112 échantillons pour HSV-1/2 soit 1,1% (tableau de méningo-encéphalite, rare mais grave) Uniquement chez des adultes (âge moyen : 69 ± 13 ans) Majoritairement HSV-1 => 1 positifs (provenant de 7 patients) / 12 soit 83% Pour HSV-2 => 2 positifs / 12 soit 17% Virus de la varicelle et du zona (VZV) : 17 prélèvements de LCR analysés avec une recherche de VZV par PCR 9 positifs / 17 échantillons analysés soit,9% Souvent associé à un contexte clinique évocateur : varicelle (2 cas) ou zona ( cas) Virus à tropisme digestif Rotavirus 719 prélèvements de selles analysés avec une recherche de rotavirus (test rapide immunochromatographique) 112 positifs / 719 échantillons analysés soit 1,6% Détection tout au long de l année avec une légère prédominance en hiver et au printemps (Figure 8) S4 S42 S44 S46 S48 S S2 S2 S4 S6 S8 S1 S12 S14 S16 S18 S2 S22 S24 S26 S28 S3 S32 S34 S36 S38 1, 9, 8, 7, 6,, 4, 3, 2, 1,, Echantillons analysés % Positivité Figure 8 Nombre d échantillons analysés et pourcentages de selles positives en rotavirus par semaine au cours de la saison , Service de Virologie - CHU Clermont-Ferrand. 8

9 Adénovirus 386 prélèvements de selles analysés avec une recherche d adénovirus (test rapide immunochromatographique) 2 positifs / 386 échantillons analysés soit,% Autres virus entériques 44 demandes de recherche de virus entériques ont été envoyées au CNR des virus entériques de Dijon, dans un contexte de diarrhées chez des immunodéprimés ou de transplantation fécale 13/44 selles analysées étaient positives pour au moins un virus entérique, soit 29,% Tous les types de virus entériques recherchés ont été détectés hormis les rotavirus de type A et les astrovirus (Figure 9) 2 virus entériques ont été retrouvés simultanément dans 2 échantillons de selles (sapovirus + virus Aichi et bocavirus + entérovirus/rhinovirus) AdV BcV RotaV A NoroV AstroV SapoV Virus Aichi E/R Figure 9 Représentation des cas d adénovirus de tous types (AdV), de bocavirus (BcV), de rotavirus de type A (RotaV A), de norovirus (NoroV), d astrovirus (AstroV), de sapovirus (SapoV), du virus Aichi et d entérovirus/rhinovirus (E/R) au cours de la saison , Service de Virologie - CHU Clermont- Ferrand (diagnostics effectués par le CNR des virus entériques de Dijon). Maladies à déclaration obligatoire (MDO) Rougeole : 1 cas (diagnostic sérologique) NB : Entre le 1er janvier et le 31 juillet 21, 36 cas ont été déclarés, dont 23 (63%) liés à un foyer épidémique survenu en Alsace de mi-mars à mi-juillet (données InVS) Hépatites : - Déclaration d Hépatite A aigüe : cas 4 cas étaient de véritables hépatites A aigües (confirmés par PCR sanguine et contexte clinico-biologique évocateur) ; la ème étant une réaction sérologique non spécifique 9

10 Majoritairement des hépatites A aigües d importation => 3/4 cas soit 7% - Déclaration d Hépatite B aigüe symptomatique : 1 cas - Les hépatites dues au virus de l hépatite E (VHE) ne sont actuellement pas soumises à une déclaration à l ARS. De ce fait, il existe peu de données au niveau national. Néanmoins, 12 cas ont été diagnostiqués lors de cette saison Essentiellement VHE de génotype 3 ; 1 cas de VHE de génotype 4 La moitié des cas a été retrouvée chez des patients venant de service d Hématologie Clinique (6/12 cas soit 4,%) 3 cas ont pu être diagnostiqués grâce à la RT-PCR sanguine VHE les sérologies correspondantes étaient négatives (patients avec hémopathies malignes et sous thérapeutique immunosuppressive) Après une enquête épidémiologique approfondie à propos d un cas, la transfusion d un PSL infecté par du VHE a été identifiée comme source de contamination. Arboviroses : - Essentiellement des cas d importation de dengue de sérotype 2 => 2 cas NB : Données InVS Du 1 er mai au 3 novembre 214 => 1492 cas suspects de dengue ou de chikungunya ont été signalés Parmi eux ont été confirmés : cas importés de dengue ; cas importés de chikungunya ; - 6 cas importés co-infectés ; - 4 cas autochtones de dengue ; - 11 cas autochtones de chikungunya. Du 1 er mai au 2 octobre 21 : - 91 cas importés de dengue ont été confirmés ; - 2 cas importés de chikungunya ont été confirmés ; - 6 cas autochtones de dengue ont été confirmés Séropositivité HIV : - 29 découvertes de HIV ont été déclarées lors de la saison Uniquement virus HIV-1-4/29 ont été découverts au stade de primo-infection soit 13,8%. Document élaboré par Dr Jérémy Lafolie. Remerciements : Pr Hélène Peigue-Lafeuille, Pr Cécile Henquell, Dr Martine Chambon, Dr Christine Archimbaud-Jallat, Dr Christel Regagnon, Dr Audrey Mirand, Dr Amélie Brebion, ainsi qu à l ensemble du personnel du laboratoire de Virologie, CHU Clermont-Ferrand. 1