Directeur : Thierry GRANGE ECOLE DE BIOINFORMATIQUE : INITIATION AU TRAITEMENT DES DONNÉES DE GÉNOMIQUE OBTENUES PAR SÉQUENÇAGE À HAUT DÉBIT

Transcription

1 Directeur : Thierry GRANGE ECOLE DE BIOINFORMATIQUE : INITIATION AU TRAITEMENT DES DONNÉES DE GÉNOMIQUE OBTENUES PAR SÉQUENÇAGE À HAUT DÉBIT

2 Directeur : Thierry GRANGE ECOLE DE BIOINFORMATIQUE : INITIATION AU TRAITEMENT DES DONNÉES DE GÉNOMIQUE OBTENUES PAR SÉQUENÇAGE À HAUT DÉBIT

3 Directeur : Thierry GRANGE ECOLE DE BIOINFORMATIQUE : INITIATION AU TRAITEMENT DES DONNÉES DE GÉNOMIQUE OBTENUES PAR SÉQUENÇAGE À HAUT DÉBIT

4 OBJECTIFS Donner aux biologistes des NOTIONS et une PRATIQUE de l environnement GALAXY PROGRAMME Séminaires généraux : introduc<on aux techniques NGS Introduc<on à GALAXY No<ons de sta<s<ques Cours et travaux pra<ques pour ini<a<on au traitement des données : RNAS- seq, mirna- seq ChIP- seq Varia<ons génomiques (SNP, CNV)

5 3 édi<ons : V1 : Janvier 2013 V2 : Novembre 2013 V3 : Octobre candidats Frais d inscrip<on + hébergement + repas : 500 A chaque édi<on, sélec<on de 40 par<cipants : chercheurs, doctorants, enseignants- chercheurs, ingénieurs,... Sélec<on de candidats ayant un projet scien<fique impliquant l analyse de données de séquençage (maturité du projet)

6 ORGANISATION : - Jacques van Helden (AMU, Marseille) (édi<on 2014) - Maehias Zytnicki (INRA, Toulouse) Comité technique : personnels de ABIMS (Roscoff), URGI (Versailles), Inst. Curie (Paris), Lille 1 9 PLATEFORMES IMPLIQUÉES : ABiMS (CNRS/UPMC, Roscoff) ebio (Univ. Paris Sud) Genotoul (Toulouse) IFB (Gif- sur- Yveee IMAGIF (Gif- sur- Yveee) Ins<tut Curie (Paris) Sigenae (Toulouse) TAGC (Marseille) URGI (INRA Versailles) Gustave Roussy (Villejuif)

7 30 ENCADRANTS: AgroParisTech, Paris ABiMS (CNRS/UPMC, Roscoff) AMU (Marseille) CGM (Gif sur Yveee) ebio (Paris Sud) Genotoul (Toulouse) IBL (Lille) ICM- IHU (Paris) IFB (Gif- sur- Yveee) IGR (Villejuif) IMAGIF (Gif- sur- Yveee) Ins<tut Curie (Paris) INRA (Jouy- en- Josas) Lille 1 (Lille) Sigenae (Toulouse) TAGC (Marseille) ULB (Bruxelles) URGI (INRA Versailles) Gustave Roussy (Villejuif)

8 ORGANISATION 7 ATELIERS Cloud : Christophe Blanchet IFB Gif- sur- Yveee GALAXY : Alban Lermine Curie Paris Olivier Inizan INRA Versailles RNA- seq : Marc Deloger IGR Villejuif ChIP- seq : Morgane Thomas- Chollier ENS Paris Variants : Nicolas Servant Curie Paris Pe@ts ARNs : Chris<ne Gaspin INRA Toulouse Rad- seq : Eric Pante LIENSs Univ. La Rochelle L impossibilité d aborder tous ces sujets en une semaine a conduit à diviser les travaux pra<ques en deux groupes dis<ncts : RNA- seq/chip- seq et variants se déroulant en parallèle avec des sessions communes.

9 ORGANISATION Pour chaque atelier, les encadrants ont contribué : au choix des données traitées dans les TP au choix et à la mise en place des logiciels et des workflows à leur intégra<on dans l instance de Galaxy implémentée à Roscoff. CeVe implémenta@on a mobilisé : les personnels des 9 plateformes impliquées et notamment l équipe d ABiMS chaque par<cipant a u<lisé un portable relié au centre de calcul de la Sta<on Biologique de Roscoff où est installée l instance de Galaxy : cluster : 500 cœurs dédiés ~ 70 ou<ls sous Galaxy données : 5 To pour les cours et les analyses des par<cipants Coût ETP pour l équipe d ABiMS (organisa@on + infra ) V1 : 6 mois V2/V3 : 2 à 3 mois Les 2/3 de la plateforme mobilisés à 100 % durant la semaine d école V1/V2/V3: environ la moi<é des u<lisateurs con<nuent à travailler sur Roscoff durant les semaines/mois qui suivent l école

10 ORGANISATION Pendant tout le déroulement de l école, les par@cipants ont eu accès au site web : biow.sb- roscoff.fr/ecole_bioinfo/ (webmaster J. van Helden) comportant : tous les cours et tutoriels (documents pdf) toutes les données u<lisées pour les TP les données rela<ves à leur projet ce site est resté ouvert après l école afin de permeere aux par<cipants de con<nuer à bénéficier du centre de calcul de Roscoff

11 PARTICULARITÉS DE L ÉCOLE Chaque par<cipant a un tuteur chargé d examiner avec lui son projet ~ 1 mois avant le début de l école (vérifica<on des formats de données, du/des génomes de référence, faisabilité des calculs, etc.) Tout au long de la semaine de l école, il y a des séances d interac<on des par<cipants avec leurs tuteurs pour examiner leur projet et discuter leur plan d analyse Enfin, la dernière journée est consacrée à l analyse des données en présence des encadrants (1 encadrant pour 2 par<cipants)

12 REMARQUES SUR L AVENIR DE L ÉCOLE Le niveau en bioinforma<que des par<cipants a été observé en neee augmenta<on au cours des édi<ons successives de l école. Les édi<ons suivantes pourraient tenir compte de ceee évolu<on : en donnant plus de place au travail des par<cipants sur leurs données personnelles ; plus tôt au cours de l école. Ceee évolu<on répondrait au souhait des par<cipants d avoir une aide plus personnalisée et plus proche de leur projet.