École Doctorale «Sciences de la Vie et de la Santé»

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1 École Doctorale «Sciences de la Vie et de la Santé» Établissement principal : Université de la Méditerranée (AM II) Établissements cohabilités : Université de Provence (AM I) Université d Aix-Marseille (AM III) Directeur : NIEOULLON André Téléphone 33 (0) Télécopie 33 (0) mailto: Faculté des Sciences de Luminy Case Marseille cedex 9 DEA constituants l École Doctorale Immunologie : NAQUET Philippe Neurosciences : SOUMIREU-MOURAT Bernard Nutrition, aspects moléculaires et cellulaires : PUIGSERVER Antoine Sciences du mouvement humain : BOOTSMA Reinoud Bioinformatique, biologie structurale et génomique : DARBON Hervé Oncologie : Pharmacologie et Thérapeutique : MARANINCHI Dominique Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales : RAOULT Didier Microbiologie moléculaire et biotechnologie : LAZDUNSKI Andrée Biologie des eucaryotes. Aspects développementaux, génétiques et cellulaires : GROS Daniel. 172 Présentation générale L'école doctorale est une fédération de formations, chacune conservant son autonomie de fonctionnement, en particulier pour ce qui concerne l'organisation et le fonctionnement des DEA. Le choix du regroupement des formations repose sur une double cohérence, thématique (étude des grands systèmes biologiques, à travers leurs mécanismes moléculaires et cellulaires, et à leurs différents niveaux d'intégration) et géographique (aire marseillaise). Ainsi, les options des formations dépendant des universités extérieures à Marseille ne sont pas rattachées à la présente École doctorale. Au cours de la préparation de la thèse, des enseignements théoriques seront proposés aux étudiants, dont certains en liaison avec l'institut Universitaire de France. Des modules spécialisés permettant une meilleure connaissance du monde scientifique et professionnel des entreprises, faisant appel à des spécialistes extérieurs, seront également organisés. Les étudiants seront encouragés à effectuer un stage de quelques mois dans un laboratoire différent du leur afin d'y acquérir de nouvelles techniques aussi bien que d'autres modes de pensée et de travail. Le stage pourra se dérouler dans un laboratoire étranger, permettant ainsi la soutenance d'une thèse européenne prévue par les textes. Au cours de l'avant-dernière

2 année de thèse, les étudiants exposeront leurs travaux devant la communauté scientifique régionale, au cours d'un mini-colloque à l'organisation duquel ils seront appelés à jouer une part active. Les formalités administratives seront faites auprès de la scolarité dont dépend la formation doctorale (ou le DEA). Les responsables de formation ont délégation de signature du directeur de l'école aussi bien pour l'inscription que pour les autorisations de soutenance. L'École organise des conférences, des ateliers technologiques et des journées scientifiques annuelles. Le siège de l'école est à la Faculté des Sciences de Luminy. DEA : Bioinformatique, Biologie Structurale Établissement principal : Université de Provence (AM I) Établissement cohabilité : Université de la Méditerranée (AM II) Directeur: DARBON Hervé ESIL-GBMA 163 avenue de Luminy Marseille cedex 9 France Téléphone 33 (0) Télécopie 33 (0) mailto: Sciences de la Vie et de la Santé Objectifs de la formation : Susciter des vocations de chercheurs en biologie structurale, en génomique et en bioinformatique, Le tronc commun aux deux options (Biologie structurale et Génomique) proposera en premier lieu une formation théorique en bioinformatique qui approfondira les connaissances acquises en Licence et Maîtrise pour aborder un certain nombre d'outils mathématiques, statistiques et informatiques de base, utilisés à la fois en biologie structurale et en génomique. La seconde partie du tronc commun (biologie structurale et modélisation) donnera à tous les étudiants du DEA une sérieuse connaissance des outils informatiques d'étude et de prédiction des structures macromoléculaires. Cette connaissance fondamentale sera essentielle aux étudiants choisissant l'option «méthodes en biologie structurale», mais également aux étudiants se dirigeant vers la génomique, domaine dans lequel une sérieuse culture des relations structure/fonction est un atout rare. L'option 1 orientera les étudiants vers une spécialité de biologie structurale. Les principales méthodes expérimentales de détermination de structure seront abordées (cristallographie, RMN et méthodes physico-chimiques d'analyse des interactions). L'option 2 orientera les étudiants vers une spécialité de génomique. Ce domaine sera abordé à la fois du côté expérimental (génomique structurale et postgénomique) et du côté bioinformatique (analyse de génomes et bases de données génomiques). Perspectives professionnelles Les débouchés potentiels d'un DEA de bioinformatique, biologie structurale et génomique 173

3 sont actuellement excellents, à la fois dans le secteur privé et dans le secteur public. L'analyse des génomes est fortement soutenue par une industrie agro-pharmaceutique soucieuse d'identifier de nouvelles cibles pour le développement de thérapies et l'amélioration des organismes. En mai 1999, une recherche par mots-clés dans les offres d'emploi de Science et Nature identifiait 25 offres comportant le terme «bioinformatics» dans chacune des deux publications, le domaine de la génomique représentait également un total de 12 offres et celui de la biologie structurale de 16 offres. La conjoncture est donc particulièrement favorable à la création d'une filière de formation à la recherche dans cette discipline. Les laboratoires moteurs de ce DEA étant très liés à l'industrie, toutes les conditions sont réunies pour offrir aux étudiants les meilleures perspectives de carrière. Conditions d admission : Maîtrise en Biochimie ou Biologie Cellulaire. Les candidatures provenant d'autres disciplines (Chimie, Physique, Mathématiques, Informatique, Écoles d'ingénieurs) seront également considérées. Les candidats ne possédant pas de formation en biologie pourront se voir demander le suivi préalable de cours spécifiques ou d'un stage d'été dans un laboratoire de biologie. Laboratoires d accueil : Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB UMR 6098 CNRS) Information Génétique et Structurale (UMR 1889 CNRS) Laboratoire de Lipolyse Enzymatique (R 9025 CNRS) Laboratoire d Analyse Topologie Probabilités (LATP UMR 6632) Laboratoire d'ingénierie des systèmes macromoléculaires (R 9027 CNRS) Bioénergétique et ingénierie des protéines (R 9036 CNRS) Laboratoire de Chimie Bactérienne (R 9043 CNRS) Interactions entre systèmes protéiques et différentiation (UMR 6032) Laboratoire de Cancérologie Expérimentale (U 119 INSERM) Laboratoire de Génétique et Physiologie du Développement (UMR 6545) Centre d'immunologie de Marseille-Luminy (UMR 6546 CNRS-U136 INSERM) Laboratoire de Biochimie-Ingénierie des protéines (UMR 6560) Génétique Médicale et Développement (U 491 INSERM) Laboratoire de Biomathématiques, Statistiques médicales et épidémiologiques (JE 2052) Station Marine Endoume Biologie Animale Saint-Charles CRRM UIII Régulation génique, microscopie champ proche (JE 2059 RESA). 174

4 DEA : Neurosciences Établissement principal : Université de Provence (AM I) Établissements cohabilités : Université de la Méditerranée (AM II), Université d Aix-Marseille (AM III) Directeur : SOUMIREU-MOURAT Bernard Téléphone 33 (0) Télécopie 33 (0) mailto: Objectifs de la formation : formation à la recherche en neurosciences. Thèmes de recherche : Neurobiologie, neurophysiologie, neurosciences comportementales et cognitives. Conditions d admission : sur dossier (avec résultats de maîtrise). Laboratoires d accueil : : (seules figurent les Équipes d Accueil contractualisées avec l Université de Provence) UMR 6149 Neurobiologie intégrative et adaptative UMR 6146 Laboratoire de Psychologie cognitive UMR 6155 Laboratoire de Neurobiologie de la Cognition Sciences de la Vie et de la Santé DEA : Microbiologie Moléculaire et Biotechnologies Établissement principal : Université de la Méditerranée (AM II) Établissement cohabilité : Université de Provence (AM I) Directeur : LAZDUNSKI Andrée Secrétariat du DEA, Département de Biologie Moléculaire et Cellulaire Faculté des Sciences de Luminy Téléphone 33 (0) Télécopie 33 (0) mailto: Responsable pour l Université de Provence : BELAÏCH Jean-Pierre Objectifs de la formation : Initiation et formation à la recherche par l enseignement de grandes thématiques relevant de la Microbiologie et de la Biotechnologie avec une approche pluridisciplinaire (génétique, biologie moléculaire, biochimie, biologie structurale, biologie cellulaire, ingénierie, modélisation, bio-informatique et génomique fonctionnelle). Ces études seront faites sur des systèmes variés, Procaryotes et Eucaryotes. À côté d un enseignement de Microbiologie fondamentale de haut niveau, diverses théma- 175

5 tiques modernes de biotechnologies seront abordées, ceci afin d assurer une formation large et de favoriser ainsi l insertion ultérieure des étudiants dans les aspects fondamentaux et/ou appliqués à la recherche. Enseignements réalisés par les enseignants des Universités de la Méditerranée et de Provence, et par des chercheurs du CNRS, CEA, INSERM, INRA et IRD. Stages dans les laboratoires associés. Thèmes de recherche : Biologie moléculaire et physiologique des micro-organismes. Génétique microbienne. Biochimie des micro-organismes. Bioénergétique. Approches moléculaires de la biologie végétale. Biotechnologie. Conditions d admission : Étudiants en Sciences titulaires d une Maîtrise de Biochimie ou de Biologie Cellulaire (ou d un diplôme équivalent) avec mention AB. Étudiants en Médecine ou en Pharmacie ayant validé leur dernière année d études. Laboratoires d accueil : Laboratoire de Chimie Bactérienne (R 9043 CNRS) Laboratoire d Ingénierie des Systèmes Macromoléculaires (R 9027 CNRS) Laboratoire de Bioénergétique et Ingénierie des Protéines (BIP R 9036). Laboratoire de Lipolyse Enzymatique CNRS Laboratoire de Biotechnologie des Champignons filamenteux (LBCF INRA) Laboratoire de Microbiologie (EA 3319 IRD) Laboratoire de Microbiologie marine (R 223 CNRS) Laboratoire de Biophysique des transporteurs d électrons (mixte CEA-UII). Laboratoire de Biocatalyse et Chimie fine. Laboratoire d Écologie Microbienne de la rhizosphère (CEA) Laboratoire de Bioénergétique cellulaire (CEA) Laboratoire d Écologie de la Photosynthèse (CEA) Laboratoire du Métabolisme carboné (CEA) Laboratoire des Échanges membranaires et signalisation (CEA) Laboratoire de Radiobiologie Végétale (CEA) Laboratoire de Bio-génotoxicologie (EA 1784). 176

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