Institut de Génomique.

Dimension: px
Commencer à balayer dès la page:

Download "Institut de Génomique. olaso@cng.fr"

Transcription

1 Institut de Génomique PCR quantitative : état des lieux... (de la théorie à la pratique, MIQE, CQ et stratégie de normalisation)

2

3 Microarray data qpcr data?

4 Règles générales pour la présentation des données biologique

5 Dans ce cadre quid de la qpcr??

6

7 Check list Experimental design Samples Nucleic acid extraction Reverse transcription qpcr oligonucleotides qpcr protocol qpcr validation Data analysis qpcr target information 87 items en tout

8 Exemple de résultats de qpcr imparfaits

9 Exemple de résultats de qpcr imparfaits Efficiency 63.8 % 94.7 % %

10 Exemple de résultats de qpcr imparfaits

11 Exemple de résultats de qpcr imparfaits Exemple : CV (données quantitatives) 9.2 % %

12 Exemple de résultats de qpcr imparfaits

13 Exemple de résultats de qpcr imparfaits

14

15 Exemple de résultats de qpcr imparfaits Courtesy of Pr Bustin SA

16 Exemple de résultats de qpcr imparfaits Courtesy of Pr Bustin SA

17 Quelques étapes que l on peut améliorer simplement?

18 Contrôles des primers INTRON EXON ADN génomique ARN - Traitement à la DNase - PCR sur ARN (- RT) Inconvénients - Perte de matériel - Incompatibilité avec le haut débit

19 Contrôles des primers INTRON EXON ADN génomique ARN - Traitement à la DNase - PCR sur ARN sans RT

20 Contrôles des primers 5 kb Forward primer Reverse primer

21 Contrôles des primers Contrôle positif (RT+primers) Contrôle négatif (H2O+primers) Contrôle négatif Superposition (ADN génomique+primers) RT H2O ADNg Toujours questionner les dogmes!!!

22 Stratégie de Normalisation Microarray : Quantile, Average, Lowess, Regression, Rank, Cubic, etc? qpcr : 1 facteur (gène, couple de primers) Guenin et al. JEB 2009

23 Constat

24 Constat

25 Stratégie de normalisation Volume ou masse de tissu Quantité d ARN extrait Référence endogène (gène de ménage, de référence, de normalisation ) - Gapdh, actin, albumin, microglobulin, etc

26 Stratégie de normalisation - A la recherche DU gène de référence saint Graal 5 tissus différents Variable 10 gènes de référence Stable Vandesompele et al., Genome Biology 2002 Définir et valider le(s) gène(s) de normalisation (tester plusieurs gènes)

27 Stratégie de normalisation la dégradation de l ARN peut influencer la stabilité du gène de référence Tissu A Tissu B Variable from Perez-Novo et al., BioTechniques 2005 Stable Définir et valider le(s) gène(s) dans chaque projets / manip

28 Stratégie de normalisation Volume ou masse de tissu Quantité d ARN extrait Référence endogène (gène de ménage, de référence, ) - Gapdh, actin, albumin, microglobulin, etc Facteur de normalisation comprenant plusieurs gènes de référence - genorm, BestKeeper, Normfinder, qbase, REST, etc

29 Stratégie de normalisation - Validation des références (logiciel genorm)

30 Validation des références - Exemple (12 échantillons) : Validation de la méthode Données microarray : - 5 Gènes stables : Hspa8, Rplp1, Hprt, Gapdh, Bact - 1 Gène variable : B2M Résultats qpcr valident-ils ils la méthode GeNorm?????

31 Validation des références - Exemple (12 échantillons) : Validation de la méthode mhspa8

32 Validation des références Exemple d utilisation de mauvais et bons normalisateurs - Etude de l expression de ANTEGUMENTA dans la région cambial dans l espèce peuplier (gène marqueurs des cellules souches) Gutierrez et al, PBJ 2008 Cellules souches présentent dans 4 sections Cellules souches localisées dans la section 5

33 Validation des références - Plusieurs références Cancer Patients Survival curve

34 Validation des références - Plusieurs références Cancer Patients Survival curve Courtesy of Dr Vandesompele pondérer les variations dues à un seul gène augmenter la précision de la mesure

35 qpcr - Methodologie Design et validation des amorces (cdna, gdna, H2O) test des amorces sur différents tissus (gamme la plus étendue) gamme (critères définis, QC) test des références (genorm) choix du nombre de références (genorm) obtention des données (CQ : C. Fus., C. Ampl., témoin nég.) traitement des données (gamme, 2 -Ct ) Contrôle qualité des données (CV intra-plaque et inter-plaque) real time PCR is no longer simple

36 Remerciements : Virginie Lavilla Céline Baulard Johann Tassin David Derbala Aurore Besson Magali Desurville Jeanne-Antide Perrier Damien Delafoy

37 Merci de votre attention

ED Biologie moléculaire. E. Turpin J. Lehmann-Che 5-6 novembre 2007

ED Biologie moléculaire. E. Turpin J. Lehmann-Che 5-6 novembre 2007 ED Biologie moléculaire E. Turpin J. Lehmann-Che 5-6 novembre 2007 PCR 1983: Kary Mullis Amplification in vitro par une méthode enzymatique d'un fragmentd'adn en présence de deux oligonucléotides spécifiques

Plus en détail

Guide sur le PCR en temps réel (qpcr)

Guide sur le PCR en temps réel (qpcr) Guide sur le PCR en temps réel (qpcr) Un service complet est offert par la plateforme de génomique de l IRIC pour le qpcr incluant l analyse de votre ARN, la préparation de vos cdna, le design des essais,

Plus en détail

Introduction au PCR en. Par Philipe Lampron, M.Sc.

Introduction au PCR en. Par Philipe Lampron, M.Sc. Introduction au PCR en temps réel Par Philipe Lampron, M.Sc. Résumé Fondements du PCR en temps réel (qpcr) Théorie du PCR en temps réel Types de chimies Méthode de quantification Acquisition de résultats

Plus en détail

Les différentes stratégies de quantification :

Les différentes stratégies de quantification : Les différentes stratégies de quantification : Ce chapitre présente les 2 principales stratégies de quantification relative utilisée classiquement : la méthode des droites standards et celle des Ct. Les

Plus en détail

De l histoire naturelle de la QPCR à ses développements actuels

De l histoire naturelle de la QPCR à ses développements actuels De l histoire naturelle de la QPCR à ses développements actuels Jean-José Maoret Frédéric Martins Contact : GeT-TQ@genotoul.fr Plan de la présentation. 1- Introduction 2- Projet de QPCR : quelles étapes?

Plus en détail

La PCR en temps réel frederic.gevaudant@bordeaux.inra.fr

La PCR en temps réel frederic.gevaudant@bordeaux.inra.fr La PCR en temps réel frederic.gevaudant@bordeaux.inra.fr INRA Centre de recherche de Bordeaux UMR Biologie du Fruit et Pathologie Historique 1985 : Invention par Kary Mullis de la technique de (PCR). 1991

Plus en détail

Etude du transcriptome et du protéome en Neurooncologie

Etude du transcriptome et du protéome en Neurooncologie Etude du transcriptome et du protéome en Neurooncologie Principes, aspects pratiques, applications cliniques François Ducray Neurologie Mazarin, Unité Inserm U711 Groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière Etude

Plus en détail

Quoi faire avec des résultats de qpcr

Quoi faire avec des résultats de qpcr Quoi faire avec des résultats de qpcr Ct=22 Ct=24 Qu est-ce que le qpcr mesure? Si vous mesurez l expression d un gène, le qpcr vous dira combien il y a d un ARNm spécifique dans vos échantillons. Vous

Plus en détail

Q PCR sur LC480 Roche

Q PCR sur LC480 Roche Q PCR sur LC480 Roche!! NE JAMAIS LAISSER DE PLAQUE DANS L APPAREIL!! Généralités : lampe xénon à arc : s éteint 30 min après chaque run durée d un run : plq 96p = 1h10 environ plq 384p = 40 50 min environ

Plus en détail

POPULATION D ADN COMPLEXE - ADN génomique ou - copie d ARNm = CDNA

POPULATION D ADN COMPLEXE - ADN génomique ou - copie d ARNm = CDNA POPULATION D ADN COMPLEXE - ADN génomique ou - copie d ARNm = CDNA Amplification spécifique Détection spécifique Clonage dans des vecteurs Amplification in vitro PCR Hybridation moléculaire - hôte cellulaire

Plus en détail

Fanny Coulpier. http://www.transcriptome.ens.fr/sgdb/

Fanny Coulpier. http://www.transcriptome.ens.fr/sgdb/ Fanny Coulpier http://www.transcriptome.ens.fr/sgdb/ Un peu d histoire 1953 : Découverte de la structure en double hélice de l ADN par James Dewey Watson, (prix Nobel de physiologie ou médecine en 1962).

Plus en détail

Principe des études moléculaires en génétique médicale Méthodes d analyse des microlésions du génome

Principe des études moléculaires en génétique médicale Méthodes d analyse des microlésions du génome Mercredi 23 Octobre LECLERCQ Barbara L2 GM Pr Krahn 10 pages Principe des études moléculaires en génétique médicale Méthodes d analyse des microlésions du génome Plan A. Introduction B. Techniques courantes

Plus en détail

TD Révision BIO57. Connaissance et Technique du gène

TD Révision BIO57. Connaissance et Technique du gène TD Révision BIO57 Connaissance et Technique du gène Novembre 2007 Cécile BAUDOT cecile.baudot@medecine.univ-mrs.fr INSERM 910 «Génétique Médicale et Génomique Fonctionnelle» Maladies Neuromusculaires Le

Plus en détail

ATELIER EPIGENETIQUE

ATELIER EPIGENETIQUE Juin 2012 ATELIER EPIGENETIQUE Utilisation de la Q-PCR pour analyser des données de ChIP ou de MeDIP Emmanuèle Mouchel-Vielh I. La PCR quantitative: principe et généralités II. Interprétation des résultats

Plus en détail

Kit d extraction PicoPure DNA

Kit d extraction PicoPure DNA Directement à la PCR Le kit PicoPure DNA permet une extraction simple et rapide de l ADN génomique prêt à l utilisation en PCR. Extraire et amplifier l ADN dans le même tube, sans phase d extraction organique

Plus en détail

Quelques notions de génomique fonctionnelle: l exemple des puces à ADN

Quelques notions de génomique fonctionnelle: l exemple des puces à ADN Quelques notions de génomique fonctionnelle: l exemple des puces à ADN Frédéric Devaux Laboratoire de génétique moléculaire Ecole Normale Supérieure Le «dogme central» de la biologie moléculaire Transcription

Plus en détail

Tumeurs du sein triple négatif: Biologie moléculaire et projets de recherche

Tumeurs du sein triple négatif: Biologie moléculaire et projets de recherche 64 ème réunion du GERM Tumeurs du sein triple négatif: Biologie moléculaire et projets de recherche Tumeurs du sein triple négatif (TN) 12-17% des cancers du sein Contexte familial porteuses des mutations

Plus en détail

Conditions de fiabilité des mesures d expression d en cancérologie clinique

Conditions de fiabilité des mesures d expression d en cancérologie clinique Conditions de fiabilité des mesures d expression d génique g par RT- en cancérologie clinique J.D. Combes 1,2, G. Grelier 3, M. Laversanne 2, N. Voirin 1, S. Chabaud 1, R. Ecochard 2, C. Moyret-Lalle 3

Plus en détail

Kit d extraction PicoPure RNA

Kit d extraction PicoPure RNA Isoler des ARN même à partir d une cellule Le kit d extraction PicoPure RNA a été développé pour obtenir une haute qualité des ARNs totaux à partir d un minimum de dix cellules. Le haut rendement obtenu

Plus en détail

TISSUE MICROARRAYS (PUCES TISSULAIRES) Dr Gaëlle Fromont CHU Poitiers

TISSUE MICROARRAYS (PUCES TISSULAIRES) Dr Gaëlle Fromont CHU Poitiers TISSUE MICROARRAYS (PUCES TISSULAIRES) Dr Gaëlle Fromont CHU Poitiers Principe Construction Techniques réalisables sur TMA Analyse des résultats: lecture Interprétation - Intégration des résultats Intérêts

Plus en détail

A L I M E N T A T I O N A G R I C U L T U R E E N V I R O N N E M E N T

A L I M E N T A T I O N A G R I C U L T U R E E N V I R O N N E M E N T Analyse par RNA-seq de l'expression sexe- dépendante dans le foie et le tissu adipeux blanc de 3 espèces : le porc, le poulet et la souris Contexte Rôle des estrogènes dans l expression sexe-dépendante

Plus en détail

Séquençage Haut-Débit : HiSeq 2000 et HiSeq 2500 (Illumina)

Séquençage Haut-Débit : HiSeq 2000 et HiSeq 2500 (Illumina) Séquençage Haut-Débit : HiSeq 2000 et HiSeq 2500 (Illumina) avec automatisation sur robot Tecan EVO200 Préparation des librairies High Output - HiSeq 2000 ou 2500 Run : 11 jours -2 Flowcells, 8 lanes /

Plus en détail

Structure de l Opéron Tryptophane

Structure de l Opéron Tryptophane Régulation de la transcription (procaryote) Structure de l Opéron Tryptophane Opéron anabolique 5 gènes de structure nécessaires à la synthèse du tryptophane Trp Trp Trp Trp Trp 1 Régulation de la transcription

Plus en détail

Génotypage par Séquençage (GBS) : Création d une carte génétique haute densité de Tournesol Population INEDI (RILs PSC8 x XRQ)

Génotypage par Séquençage (GBS) : Création d une carte génétique haute densité de Tournesol Population INEDI (RILs PSC8 x XRQ) Génotypage par Séquençage (GBS) : Création d une carte génétique haute densité de Tournesol Population INEDI (RILs PSC8 x XRQ) Baptiste Mayjonade (IE-CDD SUNRISE) Génétique et génomique des réponses aux

Plus en détail

Les biobanques pour les débutants

Les biobanques pour les débutants Les biobanques pour les débutants C Dubourg B Turlin 14 octobre 2010 CHU de Rennes Définition Collection d échantillons biologiques humains Réunion, à des fins scientifiques, de prélèvements biologiques

Plus en détail

exemple de végétaux exposés au benzène atmosphérique Sylvain Dumez sylvain.dumez@univ-lille2.fr

exemple de végétaux exposés au benzène atmosphérique Sylvain Dumez sylvain.dumez@univ-lille2.fr Approches écotoxicogénomiques et application à la biosurveillance exemple de végétaux exposés au benzène atmosphérique Sylvain Dumez sylvain.dumez@univ-lille2.fr Laboratoire des Sciences végétales et fongiques,

Plus en détail

Université Bordeaux Segalen - PACES 2012-2013 ED UE9s Avril 2013

Université Bordeaux Segalen - PACES 2012-2013 ED UE9s Avril 2013 Sélectionner les propositions exactes Université Bordeaux Segalen - PACES 2012-2013 ED UE9s Avril 2013 QCM 1 La plupart des techniques de biologie moléculaire repose sur le principe de complémentarité

Plus en détail

Difficulté de la technique

Difficulté de la technique Difficulté de la technique Le tissu dans 95% des cas, tissu fixé l ADN est de mauvaise qualité (cassé, modifié chimiquement par les fixateurs) artefacts au séquençage. Si un artefact est suspecté, il faut

Plus en détail

HIBRYDATION IN SITU METHODOLOGIE EN ANATOMIE PATHOLOGIE SESSION 2008-2009

HIBRYDATION IN SITU METHODOLOGIE EN ANATOMIE PATHOLOGIE SESSION 2008-2009 METHODOLOGIE EN ANATOMIE PATHOLOGIE SESSION 2008-2009 HIBRYDATION IN SITU Dr Mokrane Yacoub. AHU Histologie Faculté de médecine de Poitiers Service d anatomie pathologique PLAN I- Définition et principes

Plus en détail

Les virus dans les aliments : un nouveau défi pour les laboratoires de microbiologie

Les virus dans les aliments : un nouveau défi pour les laboratoires de microbiologie : un nouveau défi pour les laboratoires de microbiologie Véronique ZULIANI, Institut de la Filière Porcine Jean Christophe Augustin, ENVA, ASA Qu est ce qu un virus? Microorganisme de 15 à 40 nm Environ

Plus en détail

Détection de mutations somatiques par NGS sur GAIIx

Détection de mutations somatiques par NGS sur GAIIx Détection de mutations somatiques par NGS sur GAIIx Aude Lamy Laboratoire de Génétique Somatique des Tumeurs CHU de Rouen Inserm U1079 Faculté de Médecine et Pharmacie de Rouen La médecine personalisée

Plus en détail

INTÉRÊT DES PRÉLÈVEMENTS SUR BUVARD

INTÉRÊT DES PRÉLÈVEMENTS SUR BUVARD INTÉRÊT DES PRÉLÈVEMENTS SUR BUVARD 5 e réunion viro-clinique inter-corevih «VIH, cultures et thérapeutiques» Marie Leoz, 23 mars 2013 PRÉLÈVEMENT SUR BUVARD : C EST QUOI? POURQUOI? Mode alternatif de

Plus en détail

L AMPLIFICATION GÉNIQUE PAR PCR. (Polymérase Chain Reaction)

L AMPLIFICATION GÉNIQUE PAR PCR. (Polymérase Chain Reaction) L AMPLIFICATION GÉNIQUE PAR PCR (Polymérase Chain Reaction) ATELIER DE FORMATION SUR LE DIAGNOSTIC DE LA FIEVRE APHTEUSE 21 mai 2012 Corinne SAILLEAU Corinne.sailleau@anses.fr Agence Nationale de Sécurité

Plus en détail

Infections aiguës respiratoires

Infections aiguës respiratoires Infections aiguës respiratoires Apport de la biologie moléculaire Marie-Claude Bernard D I symposium infections aiguës respiratoires 29/03/05 - p.1 Le diagnostic Culture EIA ICT (immunochromato) Immuno

Plus en détail

Recherche des transcrits de fusion AML1/ETO et CBFB-MYH11 dans les LAM de l`adulte.

Recherche des transcrits de fusion AML1/ETO et CBFB-MYH11 dans les LAM de l`adulte. Recherche des transcrits de fusion AML1/ETO et CBFB-MYH11 dans les LAM de l`adulte. F.Harieche, W.Assouak, A.Trabzi, M.Saidi, F.Zerhouni, R.M.Hamladji. LAM Entité distincte Leucémies aigues. Transformation

Plus en détail

TYPAGE HLA CROSSMATCH ANTICORPS ANTI-HLA

TYPAGE HLA CROSSMATCH ANTICORPS ANTI-HLA 16/11/12 TYPAGE HLA CROSSMATCH ANTICORPS ANTI-HLA Chantal GAUTREAU LABORATOIRE HLA S E R V I C E D I M M U N O L O G I E E T D H I S T O C O M PAT I B I L I T É, A P - H P, HÔPITAL SAINT LOUIS, PARIS,

Plus en détail

Série : STL Spécialité biotechnologies SESSION 2014 BACCALAURÉAT TECHNOLOGIQUE

Série : STL Spécialité biotechnologies SESSION 2014 BACCALAURÉAT TECHNOLOGIQUE BACCALAURÉAT TECHNLGIQUE Série : STL Spécialité biotechnologies SESSIN 2014 CBSV : sous épreuve coefficient 4 Biotechnologies : sous épreuve coefficient 4 Durée totale de l épreuve: 4 heures Les sujets

Plus en détail

Les microarrays: technologie pour interroger le génome

Les microarrays: technologie pour interroger le génome Les microarrays: technologie pour interroger le génome Patrick DESCOMBES patrick.descombes@frontiers-in-genetics.org Plate forme génomique NCCR Frontiers in Genetics Université de Genève http://genomics.frontiers-in-genetics.org

Plus en détail

ED 1. Jacques Elion. M1 Biologie Santé UE Maladies Génétiques et Cancer. Remerciements Anne Dumay Grégory Gautier. jacques.elion@inserm.

ED 1. Jacques Elion. M1 Biologie Santé UE Maladies Génétiques et Cancer. Remerciements Anne Dumay Grégory Gautier. jacques.elion@inserm. M1 Biologie Santé UE Maladies Génétiques et Cancer Année universitaire 2013-2014 ED 1 Jacques Elion jacques.elion@inserm.fr Remerciements Anne Dumay Grégory Gautier CONTEXTE Facteur de transcription Nucléaire

Plus en détail

L hyperméthylation des gènes suppresseurs de tumeur comme marqueur en cancérologie

L hyperméthylation des gènes suppresseurs de tumeur comme marqueur en cancérologie L hyperméthylation des gènes suppresseurs de tumeur comme marqueur en cancérologie Florence de Fraipont UF Cancérologie Biologique et Biothérapie, pôle de Biologie, CHU Grenoble Définitions Méthodes d

Plus en détail

Plateforme Transcriptome Végétale

Plateforme Transcriptome Végétale Plateforme Transcriptome Végétale INRA- Unité de Recherche en Génomique Végétale Journée «Plateformes Génopole», 25 juin 2013. Sandrine Balzergue, balzerg@evry.inra.fr Analyse quan8ta8ve de l expression

Plus en détail

HyDRIMZ. Développement de Techniques et Analyse Moléculaire de la Biodiversité

HyDRIMZ. Développement de Techniques et Analyse Moléculaire de la Biodiversité Développement de Techniques et Analyse Moléculaire de la Biodiversité HyDRIMZ DENITEXPRESS a Influence de faibles concentrations en nanoparticules de CuO sur l expression des gènes de la dénitrification

Plus en détail

Identification de microarns régulateurs de l expression du Glypican-3 dans le carcinome hépatocellulaire

Identification de microarns régulateurs de l expression du Glypican-3 dans le carcinome hépatocellulaire 69 ème Journées Scientifiques de l AFEF Mercredi 28 Septembre 2011 Identification de microarns régulateurs de l expression du Glypican-3 dans le carcinome hépatocellulaire Marion Maurel INSERM U1053 Bordeaux

Plus en détail

Mise en place du NGS en routine diagnostic - Validation, Organisation, Développements

Mise en place du NGS en routine diagnostic - Validation, Organisation, Développements Mise en place du NGS en routine diagnostic - Validation, Organisation, Développements Atelier sur le Diagnostic Moléculaire de la Mucoviscidose 2014 - Lille Stratégie analytique Préparation library (1,5

Plus en détail

LightCycler. Roche Applied Science 1

LightCycler. Roche Applied Science 1 La Quantification Relative LightCycler Roche Applied Science Roche Applied Science 1 Real Time, fluorescence based quantitative PCR: a snapshot of current procedures and preferences Stephen A Bustin Expert

Plus en détail

Atelier 5/11/2013. Structure de la chromatine et marques épigénétiques

Atelier 5/11/2013. Structure de la chromatine et marques épigénétiques Atelier 5/11/2013 Structure de la chromatine et marques épigénétiques La chromatine ADN ADN + Histones = Nucleosome ADN + Protéines + ARNs = Chromatine Niveau extrême de condensation = Chromosome métaphasique

Plus en détail

L ANALYSE DE DONNÉES AU SERVICE DES UTILISATEURS. Lorène Allano 16 Avril 2013

L ANALYSE DE DONNÉES AU SERVICE DES UTILISATEURS. Lorène Allano 16 Avril 2013 L ANALYSE DE DONNÉES AU SERVICE DES UTILISATEURS Lorène Allano 16 Avril 2013 Question? Expert Aide à la décision Expériences Digitalisation Analyse automatique Visualisation Outils adapté Données numériques

Plus en détail

Utilisation de la métagénomique 16S pour la surveillance de l émergence de zoonoses bactériennes dans les populations animales

Utilisation de la métagénomique 16S pour la surveillance de l émergence de zoonoses bactériennes dans les populations animales Utilisation de la métagénomique 16S pour la surveillance de l émergence de zoonoses bactériennes dans les populations animales Réunion Rongeur 2014 CBGP Maxime Galan Métagénomique 16S: Pourquoi? Identification

Plus en détail

Biopuces en pathologie Cardio-vasculaire

Biopuces en pathologie Cardio-vasculaire Biopuces en pathologie Cardio-vasculaire Pr M.Doco-Fenzy Service de Génétique 2009 - UE10 1 Définition des outils 2 Applications Waka Lin 2004 Support membrane de nylon Lame de verre, revêtement chimique

Plus en détail

Deux plateformes IBiSA et 3 plateaux techniques regroupés depuis 2010. Responsable scientifique Denis Milan. Coordination des nouveaux investissements

Deux plateformes IBiSA et 3 plateaux techniques regroupés depuis 2010. Responsable scientifique Denis Milan. Coordination des nouveaux investissements RNA-seq Olivier Bouchez Nathalie Marsaud Mercredi 28 mars 2012 Plateforme GeT : Génome et Transcriptome Deux plateformes IBiSA et 3 plateaux techniques regroupés depuis 2010 Responsable scientifique Denis

Plus en détail

BILAN D ACTIVITE DES PLATEFORMES HOSPITALIERES DE GENETIQUE MOLECULAIRE DES CANCERS POUR L ANNEE 2010

BILAN D ACTIVITE DES PLATEFORMES HOSPITALIERES DE GENETIQUE MOLECULAIRE DES CANCERS POUR L ANNEE 2010 BILAN D ACTIVITE DES PLATEFORMES HOSPITALIERES DE GENETIQUE MOLECULAIRE DES CANCERS POUR L ANNEE 2010 Merci de faire parvenir ces données avant le 11 mai 2011 aux coordonnées suivantes : Frédérique Nowak

Plus en détail

Mise en évidence des agents infectieux par Biologie Moléculaire

Mise en évidence des agents infectieux par Biologie Moléculaire UE de l agent infectieux à l hôte Février 2015 Mise en évidence des agents infectieux par Biologie Moléculaire Dr Isabelle GARRIGUE UMR CNRS MFP Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité isabelle.garrigue@chu-bordeaux.fr

Plus en détail

La PCR quantitative (qpcr) et le guide de bonnes pratiques MIQE : adaptation et pertinence dans le contexte de la biologie clinique

La PCR quantitative (qpcr) et le guide de bonnes pratiques MIQE : adaptation et pertinence dans le contexte de la biologie clinique Synthèse Ann Biol Clin 2014 ; 72 (3) : 265-9 La PCR quantitative (qpcr) et le guide de bonnes pratiques MIQE : adaptation et pertinence dans le contexte de la biologie clinique Quantitative PCR (qpcr)

Plus en détail

46 e journées de statistique

46 e journées de statistique 46 e journées de statistique Le 5 juin 2014 à Rennes Construction et estimation des capacités d un score pronostique : intérêts de la pénalisation de LASSO et de l estimateur bootstrap 0.632+ appliqués

Plus en détail

Master de génétique UE génomique fonctionnelle Université Denis Diderot Janvier 2009. Normalisation. Stéphane Le Crom (lecrom@biologie.ens.

Master de génétique UE génomique fonctionnelle Université Denis Diderot Janvier 2009. Normalisation. Stéphane Le Crom (lecrom@biologie.ens. Master de génétique UE génomique fonctionnelle Université Denis Diderot Janvier 2009 Normalisation Stéphane Le Crom (lecrom@biologie.ens.fr) Laboratoire de Génétique Moléculaire du Développement - INSERM

Plus en détail

éléments répétés gènes des ARN stables (ARNr, ARNt) gènes protéiques Nb de gènes, taille du génome et complexité pseudogènes régions régulatrices

éléments répétés gènes des ARN stables (ARNr, ARNt) gènes protéiques Nb de gènes, taille du génome et complexité pseudogènes régions régulatrices Plan 3. Annotation des génomes a) Annotation structurale : localisation des éléments génétiques éléments répétés gènes des ARN stables (ARNr, ARNt) gènes protéiques Nb de gènes, taille du génome et complexité

Plus en détail

Méthodes et techniques de la biologie du développement

Méthodes et techniques de la biologie du développement Méthodes et techniques de la biologie du développement 1. Etude de l expression des gènes : Détecter les transcrits et les protéines au cours de l ontogenèse l outil anticorps 1.1. La RT-PCR La réaction

Plus en détail

Université Bordeaux Segalen - PACES 2011-2012 ED UE9s Mars 2012

Université Bordeaux Segalen - PACES 2011-2012 ED UE9s Mars 2012 Sélectionner les propositions exactes Université Bordeaux Segalen - PACES 2011-2012 ED UE9s Mars 2012 QCM 1. La température de fusion (Tm) d une molécule d ADN : A. est mise en évidence par l augmentation

Plus en détail

Les principes du sequençage haut-débit

Les principes du sequençage haut-débit Les principes du sequençage haut-débit Mardi 23 avril 2013 Dr H. EL HOUSNI Organisation Génomique Podhala'et'al.'Trends'in'genetics'2012' Costa V et al. J BioMed BioTech 2010 32 ans Costa V et al. J BioMed

Plus en détail

Le monde des bio-puces

Le monde des bio-puces Le monde des bio-puces D1 Le «dogme central» de la biologie moléculaire Transcription Epissage Traduction ADN ARNpm ARNm Protéines Génome Transcriptome Protéome D2 Puces à ADN Techniques de génomique fonctionnelle

Plus en détail

Méthodes globales et ciblées d analyse du transcriptome tumoral

Méthodes globales et ciblées d analyse du transcriptome tumoral UER Cytogénétique et Biologie Moléculaire des Tumeurs Université Victor Segalen Année universitaire 2013-2014 Méthodes globales et ciblées d analyse du transcriptome tumoral L. ANDRIQUE/D. CAPPELLEN EA

Plus en détail

Identification de récepteurs r endothéliaux stades vasculaires visualisés in vivo par échographie Doppler

Identification de récepteurs r endothéliaux stades vasculaires visualisés in vivo par échographie Doppler Identification de récepteurs r endothéliaux à différents stades vasculaires visualisés in vivo par échographie Doppler S.Lavisse 1, V. Lazar 2, P. Opolon 3, P. Dessen 2, A. Roche 1, N. Lassau 1 Équipes

Plus en détail

PRINCIPALES TECHNIQUES UTILISEES EN GENOMIQUE

PRINCIPALES TECHNIQUES UTILISEES EN GENOMIQUE PRINCIPALES TECHNIQUES UTILISEES EN GENOMIQUE Définitions généralités Quelques chiffres 46 chromosomes 22 paires d autosomes (n=44) 1 paire de gonosomes (n=2) : XX/F et XY/H 300 bandes cytogénétiques =

Plus en détail

Barcoding environnemental par séquençage haut débit

Barcoding environnemental par séquençage haut débit Barcoding environnemental par séquençage haut débit Potentiel et limites Jean-François Martin Échantillonnage Spécificités du barcoding environnemental Amplification (PCR) de marqueurs choisis Séquençage

Plus en détail

Biomarqueurs en Cancérologie

Biomarqueurs en Cancérologie Biomarqueurs en Cancérologie Définition, détermination, usage Biomarqueurs et Cancer: définition Anomalie(s) quantitative(s) ou qualitative(s) Indicative(s) ou caractéristique(s) d un cancer ou de certaines

Plus en détail

Formation INSERM : Les Biopuces. Méthodes bioinformatique d analyse des puces à ADN - 1 ère partie

Formation INSERM : Les Biopuces. Méthodes bioinformatique d analyse des puces à ADN - 1 ère partie Formation INSERM : Les Biopuces Méthodes bioinformatique d analyse des puces à ADN - 1 ère partie ENS - 9 février 2004 Laboratoire de Génétique Moléculaire - CNRS Laboratoire de Biologie Moléculaire du

Plus en détail

L'ADN peut être copié au travers des générations cellulaires successives de manière fidèle, c'est la réplication de l'adn.

L'ADN peut être copié au travers des générations cellulaires successives de manière fidèle, c'est la réplication de l'adn. 24/09/2014 REBOUL Nicolas L2 CR : Hamza BERGUIGUA Génétique Médicale Dr Martin KRAHN 8 pages Introduction à la Génétique Médicale : Les champs de la Génétique Médicale, La place de la Génétique Médicale

Plus en détail

Atelier Valorial: Application des nouvelles techniques génomiques microbiologie, l agroalimentaire et la sécurité des aliments

Atelier Valorial: Application des nouvelles techniques génomiques microbiologie, l agroalimentaire et la sécurité des aliments Atelier Valorial: Application des nouvelles techniques génomiques à la microbiologie, l agroalimentaire et la sécurité des aliments Florence POSTOLLEC DST week, Rennes April 21 st 2009 1 Objet de Valorial

Plus en détail

Cytogénétique et biologie moléculaire

Cytogénétique et biologie moléculaire Cytogénétique et biologie moléculaire apport au diagnostic, à l évaluation pronostique et au suivi des hémopaties malignes C Bastard, DESC, 21 septembre 2009 Pourquoi est-ce possible? Parce que les anomalies

Plus en détail

La médecine personnalisée Daniel Locker Professeur honoraire Université Orléans

La médecine personnalisée Daniel Locker Professeur honoraire Université Orléans La médecine personnalisée Daniel Locker Professeur honoraire Université Orléans Introduction En 1992, l introduction d'un anticorps monoclonal, l herceptine, pour le traitement du cancer du sein a donné

Plus en détail

Evaluation d une méthode Automatisée de Quantification du Transcrit BCR-ABL dans la LMC: Cepheid Xpert Monitor Assay TM

Evaluation d une méthode Automatisée de Quantification du Transcrit BCR-ABL dans la LMC: Cepheid Xpert Monitor Assay TM Evaluation d une méthode Automatisée de Quantification du Transcrit BCR-ABL dans la LMC: Cepheid Xpert Monitor Assay TM F. Harieche, N.Toukal, N.Abdennebi, F.Boukhemia, W.Assouak, R.Belhimeur, F.Zerhouni,

Plus en détail

L Expression génique, la transcription et sa régulation : Approches expérimentales.

L Expression génique, la transcription et sa régulation : Approches expérimentales. L Expression génique, la transcription et sa régulation : Approches expérimentales. I - Généralités I - 1 : Expression et niveaux de régulations d un gène eucaryote ADN Transcrit primaire Transcription

Plus en détail

3.3. La dégénérescence cortico basale (DCB).19

3.3. La dégénérescence cortico basale (DCB).19 Table des matières I. Introduction 8 1.Aspects cliniques de la maladie d Alzheimer 9 1.1. Diagnostic clinique..9 1.2. Aspects épidémiologiques 9 1.3. Aspects génétiques..9 2. Lésions neuropathologiques

Plus en détail

PLAN. Atelier Puces à ADN IRB Hôpiital St Eloi Mardi 27 mars 2007 En collaboration avec la Génopole de Montpellier

PLAN. Atelier Puces à ADN IRB Hôpiital St Eloi Mardi 27 mars 2007 En collaboration avec la Génopole de Montpellier PLAN Atelier Puces à ADN IRB Hôpiital St Eloi Mardi 27 mars 2007 En collaboration avec la Génopole de Montpellier 8h45 Accueil des participants - café 9h00-9h45 John DE VOS : Introduction à la journée

Plus en détail

Biologie Moléculaire 6 GT SG FWB Leçon n 5

Biologie Moléculaire 6 GT SG FWB Leçon n 5 Biologie Moléculaire 6 GT SG FWB Leçon n 5 Tests de paternité (fin labo électrophorèse) Un test de paternité consiste à analyser l'adn de deux personnes dans le but d'établir un lien de parenté génétique.

Plus en détail

Mise en évidence des agents infectieux par Biologie Moléculaire

Mise en évidence des agents infectieux par Biologie Moléculaire UE de l agent infectieux à l hôte Janvier 2012 Mise en évidence des agents infectieux par Biologie Moléculaire Dr Isabelle GARRIGUE Laboratoire de Virologie Professeur FLEURY isabelle.garrigue@chu-bordeaux.fr

Plus en détail

Influence du nombre de réplicats dans une analyse différentielle de données RNAseq

Influence du nombre de réplicats dans une analyse différentielle de données RNAseq Influence du nombre de réplicats dans une analyse différentielle de données RNAseq Statisticiens: Sophie Lamarre Steve Van Ginkel Sébastien Déjean - Magali San Cristobal Matthieu Vignes Biologistes: Stéphane

Plus en détail

ETUDE DE LA TRIMETHYLATION DE LA LYSINE 27 DE L HISTONE L H3 DANS LE CANCER DE LA PROSTATE Marjolaine NGOLLO Doctorante en première année 15/02/2013 Directeur de thèse: Professeur L. GUY DONNEES EPIDEMIOLOGIQUES

Plus en détail

Enjeux de la biologie haut débit en oncologie

Enjeux de la biologie haut débit en oncologie Enjeux de la biologie haut débit en oncologie Pascal BARBRY, CNRS, Sophia Antipolis o Les technologies haut-débit ont enrichi considérablement nos approches quantitatives en biologie. o Des applications

Plus en détail

Clonage de Vénus et transformation de E.Coli.

Clonage de Vénus et transformation de E.Coli. Clonage de Vénus et transformation de E.Coli. Samueal Joseph, Romain Laverrière, Elias Laudato, Noé Mage Assisstants : Gisele Dewhurst, Charlotte Gehin, Miwa Umebayashi Résumé [1] L expérience consiste

Plus en détail

Des OGM et d André 1999. Yves Bertheau INRA Versailles

Des OGM et d André 1999. Yves Bertheau INRA Versailles Des OGM et d André 1999 Yves Bertheau INRA Versailles Les OGM en Europe Refus de nombreux consommateurs Étiquetage et coexistence pour assurer le libre choix des consommateurs et producteurs L utilisation

Plus en détail

Digestion par les enzymes SalI et EcoRV. Digestion par les enzymes XhoI et SmaI

Digestion par les enzymes SalI et EcoRV. Digestion par les enzymes XhoI et SmaI 2 Digestion par les enzymes SalI et EcoRV Digestion par les enzymes XhoI et SmaI Klenow: sous-unité de l ADN Polymérase I d E. coli possédant une activité ADN polymérase 5-3 et une activité exonucléasique

Plus en détail

CONTRÔLE DU MÉTABOLISME ET DE LA PROLIFÉRATION PAR LES MICROARN ET LES ACTEURS DU CYCLE CELLULAIRE

CONTRÔLE DU MÉTABOLISME ET DE LA PROLIFÉRATION PAR LES MICROARN ET LES ACTEURS DU CYCLE CELLULAIRE UNIVERSITE MONTPELLIER 1 UFR MEDECINE THÈSE Présentée pour obtenir le grade de DOCTEUR DE L UNIVERSITE MONTPELLIER I Discipline : Biochimie et Biologie Moléculaire École doctorale : Sciences Chimiques

Plus en détail

Les techniques de criblage à grande échelle en génomique fonctionnelle. L exemple des puces à ADN

Les techniques de criblage à grande échelle en génomique fonctionnelle. L exemple des puces à ADN Les techniques de criblage à grande échelle en génomique fonctionnelle L exemple des puces à ADN Les Puces à ADN : Pourquoi? Comment? INSTN - Saclay - 8 juin 2005 Laboratoire de Biologie Moléculaire du

Plus en détail

LA PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL OU LA "TAQMAN"

LA PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL OU LA TAQMAN LA PCR QUANTITATIVE EN TEMPS REEL OU LA "TAQMAN" I- Terminologie Le terme TaqMan est souvent utilisé par abus de langage pour désigner : - la technique de PCR quantitative par détection en temps réel de

Plus en détail

METHODOLOGIE. Southern, Northern,, Western, PCR,Séquence.

METHODOLOGIE. Southern, Northern,, Western, PCR,Séquence. METHODOLOGIE Southern, Northern,, Western, PCR,Séquence. Les grandes étapes * Transciptase Reverse : 1970 (Temin et Baltimore) * Enzymes de Restriction : 1970 (Smith et Nathan) * Vecteurs recombinants

Plus en détail

Single Molecule Real Time (SMRT) Sequencing : PacBio RS II

Single Molecule Real Time (SMRT) Sequencing : PacBio RS II Single Molecule Real Time (SMRT) Sequencing : PacBio RS II Input sample Genome DNA, Amplicons, cdna Input sample amounts according to the protocols (10ng-10µg) High Input sample quality (integrity and

Plus en détail

Annales du Contrôle National de Qualité des Analyses de Biologie Médicale

Annales du Contrôle National de Qualité des Analyses de Biologie Médicale Annales du Contrôle National de Qualité des Analyses de Biologie Médicale Carge virale du VHB : ADN-VHB ADN-VHB 11CHB1 Mars 2011 Edition : Septembre 2011 Afssaps -143/147, Bd Anatole France F-93285 Saint

Plus en détail

Introduction à l analyse statistique et bioinformatique des puces à ADN

Introduction à l analyse statistique et bioinformatique des puces à ADN Formation INSERM 10 février 2004 Introduction à l analyse statistique et bioinformatique des puces à ADN Gaëlle Lelandais lelandais@biologie.ens.fr 1 Première Partie Analyse d une puce à ADN : Le recherche

Plus en détail

DEPARTEMENT DE BIOLOGIE CLINIQUE, D ANATOMIE PATHOLOGIQUE ET DE GENETIQUE MEDICALE Tableau des consignes de prélèvement

DEPARTEMENT DE BIOLOGIE CLINIQUE, D ANATOMIE PATHOLOGIQUE ET DE GENETIQUE MEDICALE Tableau des consignes de prélèvement I. LABORATOIRE DE BIOLOGIE MOLECULAIRE 1.1. Secteur Hématologie Code analyses Descriptif Indications principales IG.ADN TG.ADN TD.ADN TB.ADN Recherche réarrangement des gènes des immunoglobulines Recherche

Plus en détail

Analyses globales et nouveaux indicateurs d exposition dans les cellules de l épiderme humain. Service de Génomique Fonctionnelle CEA, Evry

Analyses globales et nouveaux indicateurs d exposition dans les cellules de l épiderme humain. Service de Génomique Fonctionnelle CEA, Evry Analyses globales et nouveaux indicateurs d exposition dans les cellules de l épiderme humain Service de Génomique Fonctionnelle CEA, Evry Accidents d irradiation 1. Identifier les personnes exposées dans

Plus en détail

QUALVIVOL QUALité des VIandes de VOLailles

QUALVIVOL QUALité des VIandes de VOLailles QUALVIVOL QUALité des VIandes de VOLailles C. Berri, E. le Bihan-Duval (INRA, URA), F. Pitel (INRA, LGC) V. Sibut (URA, ITAVI) AGENAVI VII Colloque AGENAE-GENANIMAL Du 21 au 23 octobre 2009 Tours Approche

Plus en détail

Biologie Moléculaire & Génie Génétique. 6GT SG&SB FWB A.R. d Esneux Maître de Stage: Sylvie Bossrez Stagiaire: Pierre LECOCQ

Biologie Moléculaire & Génie Génétique. 6GT SG&SB FWB A.R. d Esneux Maître de Stage: Sylvie Bossrez Stagiaire: Pierre LECOCQ Biologie Moléculaire & Génie Génétique 6GT SG&SB FWB A.R. d sneux Maître de Stage: Sylvie Bossrez Stagiaire: Pierre LCOCQ 1 Introduction & Plan du cours N Les leçons proposées dans ce document s adressent

Plus en détail

Virologie vétérinaire

Virologie vétérinaire Virologie vétérinaire Chapitre 14 Perspectives en virologie Perspectives en virologie Diagnostic virologique de nouvelle génération Recherche des nouveaux virus : virus discovery Les virus comme agents

Plus en détail

Quelles perspectives d évolution des traitements à l heure du démembrement moléculaire? Frédéric Di Fiore CHU et CLCC, Rouen

Quelles perspectives d évolution des traitements à l heure du démembrement moléculaire? Frédéric Di Fiore CHU et CLCC, Rouen Quelles perspectives d évolution des traitements à l heure du démembrement moléculaire? Frédéric Di Fiore CHU et CLCC, Rouen Introduction Evolution des traitements du cancer gastrique avancé à l heure

Plus en détail

Diagnostic moléculaire des tumeurs solides,! l'expérience Rennaise!

Diagnostic moléculaire des tumeurs solides,! l'expérience Rennaise! Diagnostic moléculaire des tumeurs solides, l'expérience Rennaise Bioinformaticien, Biologiste moléculaire, Biostatisticien, Biologiste B. Ndiaye, M. de Tayrac, J. & A. Mosser Le#séquençage#à#haut#débit#NGS#dans#le#cadre#du#diagnos9c##

Plus en détail

Annales du Contrôle National de Qualité des Analyses de Biologie Médicale

Annales du Contrôle National de Qualité des Analyses de Biologie Médicale Annales du Contrôle National de Qualité des Analyses de Biologie Médicale ARN du virus de l hépatite C : ARN-VHC ARN-VHC 03VHC1 Novembre 2003 Edité : mars 2006 Annales ARN-VHC 03VHC1 1 / 8 ARN-VHC 03VHC1

Plus en détail

Etude ancillaire au protocole clinique OS2006 : Analyse des paramètres osseux chez les patients atteints d ostéosarcome traités par le zometa.

Etude ancillaire au protocole clinique OS2006 : Analyse des paramètres osseux chez les patients atteints d ostéosarcome traités par le zometa. Etude ancillaire au protocole clinique OS2006 : Analyse des paramètres osseux chez les patients atteints d ostéosarcome traités par le zometa. Projet déposé par REDINI Françoise (Directeur de Recherche

Plus en détail

2 ème Réunion de la Dyskinésie Ciliaire Primitive (DCP) Paris 11 octobre 2009. Essai de thérapie génique dans la DCP Patrice Bouvagnet

2 ème Réunion de la Dyskinésie Ciliaire Primitive (DCP) Paris 11 octobre 2009. Essai de thérapie génique dans la DCP Patrice Bouvagnet 2 ème Réunion de la Dyskinésie Ciliaire Primitive (DCP) Paris 11 octobre 2009 Essai de thérapie génique dans la DCP Patrice Bouvagnet La DCP est une maladie génétique Nous avons 25 000 gènes en 2 copies

Plus en détail

Cumulo Numbio 2015. La révolution next-generation sequencing et les enjeux de l'expansion de la bioinformatique pour les biologistes.

Cumulo Numbio 2015. La révolution next-generation sequencing et les enjeux de l'expansion de la bioinformatique pour les biologistes. Cumulo Numbio 2015 La révolution next-generation sequencing et les enjeux de l'expansion de la bioinformatique pour les biologistes. Human genome sequence June 26th 2000: official announcement of the completion

Plus en détail