GBIF : Global Biodiversity Information Facility Système Mondial d Information sur la Biodiversité
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- Antonin Brousseau
- il y a 6 ans
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1 Rencontres RBDD Paris, novembre 2013 GBIF : Global Biodiversity Information Facility Système Mondial d Information sur la Biodiversité Anne-Sophie Archambeau (archambeau@gbif.fr ou gbif@gbif.fr) Marie-Élise Lecoq (melecoq@gbif.fr ou gbif@gbif.fr)
2 The Global Biodiversity Information Facility Objectif La diffusion libre, gratuite et universelle, via Internet, de données scientifiques et d'informations relatives à la biodiversité Moyen Créer des systèmes interopérables, formant ainsi un réseau distribué de bases de données scientifiques sur la biodiversité.
3 Organisation du GBIF Governing Board Comité exécutif comité pour le budget Comité des noeuds participants comité scientifique Secrétariat Directeur Agents 105 Participants 46 membres divers : associations, consortiums, 59 pays
4 + de 400 millions de données + de jeux de données Spécimens, observations, listes de noms
5 Data Paper Une incitation à la publication des données de biodiversité
6 Data Paper : qu est-ce que c est? Une publication scientifique dont le but principal est de décrire un ensemble de données ou un groupe d'ensembles de données, plutôt que de rendre compte d analyses et de résultats de recherche.
7 Data Paper : avantages DOI : indexation et citation - indexés par Web of Knowledge (ISI), PubMedCentral, Scopus, Zoological Record, Google Scholar, CAB Abstracts, DOAJ, EBSCO. Promouvoir et faire connaître les données Reconnaissance des éditeurs de données via une publication scientifique Décrit les données sous forme structurée et lisible par un humain
8 Une proposition concrète récente Depuis le développement des BD et des projets d informatisation, la mauvaise valorisation du temps passé à informatiser des données et des connaissances est dénoncée par les scientifiques. => Une réflexion conjointe du GBIF et de l éditeur de revues PENSOFT a abouti à une proposition en 2011 : Le Data Paper
9
10 Récompenser la publication de données Metadata document Data Paper
11 Workflow Integrated Publishing Toolkit (IPT) v facilitate authoring of metadata and auto-generation of Data Paper manuscript Source: Chavan and Penev (in press). Data Paper: A mechanism to incentivise data publishing in biodiversity science. BMC Bioinformatics (special supplement), in press
12 Le profil de Metadonnées GBIF (GMP), implémenté dans l IPT, est basé sur Ecological Metadata Language (EML)
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14 Integrated Publishing toolkit (IPT)
15 Métadonnées et IPT
16 Métadonnées et IPT
17 Data hosting centers
18
19 a f18-8f4e-a87f05c73eb1
20 L ajout d analyses statistiques ou de représentations graphiques est possible
21
22 Data Paper progression Data Papers Anticipated
23 Prochaine étape : texte et publication des données intégrés
24 récolte des données directement depuis l article
25 LAUNCHING in
26 Diapo de Vishwas Chavan : Exploring the future of scholarly publishing of biodiversity data, TDWG 2013
27 Ressources sur les data papers:
28 Ressources sur les data papers List of IPT installations supporting Data Paper authoring PenSoft s IPT based data Hosting Center PenSoft Data Publishing Policies and Guidelines for Biodiversity Datahttp:// shing_policies_and_guidelines.pdf
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30 Nouveau portail international : les actualités
31 Nouveau portail international : les actualités
32 Nouveau portail international : les actualités
33 Nouveau portail international : les actualités
34 Nouveau portail international : les actualités
35 Nouveau portail international : les actualités
36 Nouveau portail international : les actualités
37 Nouveau portail international : rechercher les données concernant un pays
38 Nouveau portail international : rechercher les données concernant un pays
39 Nouveau portail international : données provenant d un pays
40 Nouveau portail international : informations sur un pays
41 Nouveau portail international : actualités d un pays
42 Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences
43 Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences
44 Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences
45 Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences
46 Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences
47 Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences
48 Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences Tout télécharger Récapitulatif des filtres
49 Nouveau portail international : rechercher les données par occurrences
50 Nouveau portail international : rechercher les données par taxon
51 Nouveau portail international : rechercher les données par taxon
52 Nouveau portail international : rechercher les données par taxon
53 Nouveau portail international : rechercher les données par taxon
54 Nouveau portail international : rechercher les données par taxon
55 Nouveau portail international : rechercher les données par taxon
56 Nouveau portail international : rechercher les données par jeux de données
57 Nouveau portail international : rechercher les données par jeux de données
58 Nouveau portail international : rechercher les données par jeux de données
59 Nouveau portail international : rechercher les données par jeux de données
60 Nouveau portail international : rechercher les données par fournisseurs de données
61 Nouveau portail international : exemple de Diveboard Photo de Doug Anderson Diveboard est une plate-forme de science participative sur la plongée, où les plongeurs peuvent numériser ou enregistrer leurs plongées. Cette base de données contient toutes les observations faites par les Diveboarders à travers le monde (principalement des poissons) Les données sont connectées au portail GBIF : occurrences actuellement et reliées à Encyclopedia of Life.
62 Nouveau portail international : exemple de Diveboard Ces données permettent de visualiser l expansion d espèces invasives, comme le poisson Pterois spp. : - Allez sur la page d accueil cliquez sur le menu déroulant «Data» en haut de page et sélectionnez «Explore species». - Entrez «Pterois» dans la barre de recherche et cliquez sur «Search». Cliquez sur le premier résultat («Accepted Genus, Pterois Oken 1817»), qui vous envoie vers cette page dédiée au taxon. - Ajustez le curseur temporel sous la carte et vous verrez que le genre Pterois n apparaît dans la région des Caraïbes qu après l an Zoomez sur la carte au niveau des Caraïbes, cliquez sur le lien à droite «View records in viewable area» beaucoup d enregistrements individuels ont été fournis par des membres de Diveboard. - Cliquez sur n importe quel enregistrement individuel et vous verrez la localisation exacte de l observation, l heure, la profondeur et le nom du plongeur.
63 Nouveau portail international : API
64 Nouveau portail international : API
65 Nouveau portail international : API - Registery : webservices sur les jeux de données, les nodes, les installations et les organisations Species : webservices liés aux checklists (ECAT) - Occurrences : webservices liés aux occurrences = Map : webservices qui permet de générés des cartes &z={z}&type=publishing_country&palette=greens - News Feed : flux RSS et un webservice pour récupéré les document sur Mendeley
66 Le point nodal du GBIF France Equipe de 6 personnes (dont 4 à temps plein) ayant pour mission: Aider à la connexion des données sur le portail GBIF en suivant les standards, protocoles et outils du GBIF Assurer des actions de formation (connexion, qualité des données, utilisation des données accessibles par le GBIF) Collecter des métadonnées sur les ressources de données primaires Informer sur le GBIF, actions, appels à projet Promouvoir et faciliter l utilisation des données et des outils GBIF par les utilisateurs Collaborer avec les autres dispositifs nationaux et internationaux sur la Biodiversité, et avec le secrétariat du GBIF
67 Contacts Equipe GBIF France Questions techniques Prise de contact, données Site web:
GBIF Système mondial d'information sur la biodiversité
GBIF Système mondial d'information sur la biodiversité http://www.gbif.org/ Informations liées au GBIF http://data.gbif.org/ Portail des données Point nodal GBIF France : http://www.gbif.fr gbif@gbif.fr
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