MARINE GENOMICS BIOLOGY

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1 Marine Genomics Réseau d Excellence MARINE GENOMICS BIOLOGY

2 Historique Parmi les indicateurs d évaluation de Génopole Ouest (2004), le volet «génomique marine» devait avoir intégré le PCRD6 Initiative d un projet de Réseau d Excellence Première réunion fondatrice à Roscoff en mars 2002 Appel à expression d intérêt en juin 2002 Réponse à l appel à propositions du 17 déc 2002 (deadline : 8 avril 2003) Résultat de l évaluation : juin 2003 Négociations: début juillet fin oct 2003

3 Extrait du programme de travail SUSTDEV III.1 - «Assessing and forecasting changes in biodiversity, structure and dynamics of ecosystems and their services, with emphasis on marine ecosystems.» 3.III.1.3 «Developing genomic approaches» Developing genomic approaches to enable the understanding of biodiversity and ecosystems structures and dynamics. Throughput sequencing, transcriptome analysis and proteomics, to investigate questions related to the protection of biodiversity and genetic resources and to the functioning of ecosystems, including the underpinning of ecological and behavioural research, the understanding of population structure, the identification of species and the understanding of evolutionary relationships. These approaches will be useful for developing new products and services in the area of environmental protection, in a complementary way to the work to be done in Priority (Published on December 17th, 2002 Application deadline, April 8th, 2003)

4 Notre projet de réseau d excellence est fondé sur l idée que l avènement de la génomique doit être mis à profit pour structurer la communauté des biologistes marins, qui reste relativement fragmentée en Europe. Nous savons également que, face à la concurrence des USA et du Japon, l Europe affiche un retard certain (mais pas irrémédiable) sur la génomique des organismes marins, notamment en ce qui concerne les modèles de l évolution des vertébrés.

5 Quelques mots clefs Dé-fragmentation Intégration durable Partage ou création de plate-formes technologiques Knowledge portfolio Spreading Gender issues Work packages, Milestones & Deliverables

6 Résultat de l évaluation et Négociation Evaluation : proposition notée 24/25, classée 5ème des 21 nouveaux instruments au-dessus du seuil Budget demandé: 22 M sur 5 ans Proposition pour la négociation : 10 M sur 4 ans Négociation : ajustement du projet au nouveau budget, préparation des Contract Preparation Forms (CPFs), préparation de l Annexe technique Préparation du Consortium Agreement

7 Composition du consortium 44 partenaires 340 chercheurs*, 140 PhD 16 pays : Allemagne, Belgique, Chili, Danemark, Espagne, France, Grèce, Islande, Italie, Israël, Norvège, Pays-Bas, Pologne, Portugal, Suède, UK 3 PMEs Coordination scientifique : C. Boyen (CNRS Station biologique de Roscoff) Coordination administrative et financière : FIST * Après négociation : 125 chercheurs

8 Partenaires Français CNRS (et UMPC) Station Biologique de Roscoff Laboratoire Arago Banyuls Observatoire Océanologique de Villefranche UMR 6539 Plouzané UBO Institut de Biologie du Développement Marseille Institut A. Fessart Gif /Yvette ENS Paris Ulm UMR 5000 Montpellier DIMAR UMR 6540 Marseille UMR 8079 Orsay IFREMER MBE «Microbiologie et Biotechnologies des Extrêmophiles» Plouzané LGP «Laboratoire de Génétique et Pathologie» La Tremblade PBA «Production et Biotechnologies des Algues» Nantes DRIM «Défense et Résistance chez les Invertébrés Marins» Montpellier

9 Structure générale du JPA J.E.R Integration Spreading Biological Model Ecological Model Economical Model Comparative Genomics Functional Genomics Environmental Genomics Transcriptomics Proteomics Sequencing / Genotyping Enabling Technologies Training Workshop Teaching Identity building Communication Science Community Companies Policy Makers Society Archae Prokarya Virtual Laboratory Bioinformatics Platforms Knowledge Management System Knowledge portfolio, for various end-users Eukarya Marine Biodiversity

10 Jointly Executed Research Comparative Genomics Genome structure (size, DNA repeats, gene rearrangements) Molecular evolution and phylogeny Functional genomics Protein expression systems, Knock-out strategies, Insertional or chemical mutation analyses. Comparative Functional Genomics Environmental Environmental Genomics High throuhput genomic analyses of inter- and intra-specific biodiversity, includingmetagenomics (BAC libraries from natural samples) Relationships between gene expression and the functioning of ecosystems Creation of genotypes with improved performances

11 Jointly Executed Research Project Area Comparative Genomics W. Hess Functional Genomics C. Bowler Environmental Genomics J. Olsen Algal Node H. Moreau H. Moreau M. Cock G. Pearson Microbial Node R. Amann C. Pedros-Alios J. Querellou R. Amann Fish and Shellfish Node A. Canario -1 E. Zouros -2 A. Canario F. Volckaert Evolution, Development & Biodiversity Node M. Thorndyke P. Martinez M-I Armone -1 A. Rogers -2 F. Patti -3 F. Viard

12 Integrating Activities Large Sequencing Centers Genoscope (F), Sanger (UK), MPI Berlin (D), University of Padova (I) Bioinformatics University of Bielefeld, Germany Tools for Functional Genomics Proteomics, transcriptomics, sequencing platforms, mutagenesis, RNAi and morpholinos, protein expression systems

13 Spreading Activities Training and Teaching Objective: Training the community of Marine Biologists (sensu lato) in: Genomics, Post-genomics and Bioinformatic Education Council Mike Thorndike Inside the Network Workshops, training courses PhD students, researchers, technicians, seniors Outside the Network

14 Spreading Activities Web site seanomics.com Calls for application for PhD and post-doc fellowships, and training workshops Valorisation Plate-forme d industriels Conférences et Workshops Kick off meeting 2004 Marine Genomics conference, Bergen Specific workshops (nodes..)

15 Structure de gestion du projet Council of Governors Scientificproject manager Scientific operationalbody Coordinator administrative operational body ( financial, legal and IP affairs, network communication) EC Scientific Council ( consultarory) Scientific Steering Committee Consortium s decisionjpa - scientific and technological coordinators - national representatives IPUD Committee Advisory and implementation body Bioinformatics Committee Advisory and implementationbody Training & Education Council Advisory and implementation body Platform Committee Advisory and implementationbody Integration JE Integration Research Spreading