Présentation Génomique. Colloque Caprin Mazières-en-Gâtine - 6 avril 2017

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Gaston Paul
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1 Présentation Génomique Colloque Caprin Mazières-en-Gâtine - 6 avril 2017

2 Historique génomique caprine Création d un consortium international en 2007 (Pays-bas, Canada, France) choix gènes à séquencer sur puce Création puce 50K en 2011 (50000 marqueurs de gènes intéressants) mise en production par Illumina Constitution population de référence suite à la création de la puce population pour laquelle on dispose d'animaux à la fois génotypés (génomique) et phénotypés (testage sur descendance) 1ers tests et résultats indexation génomique SELGENCAP programme de déploiement de la génomique caprine

3 SELGENCAP Programme SELGENCAP : But : déploiement de la génomique dans le schéma caprin en 2018 Plusieurs parties : Adaptation du circuit de l information/génotypage Analyses des indexations Modélisation de schémas génomiques Transition entre schéma classique / schéma génomique

4 Système d informations Système d informations : «Le circuit de l'information est le chemin que va prendre l'information depuis son recueil jusqu'à la fin de son utilisation. On parlera également de flux de l'information.» Cahier des charges avec Valogène (prestataire de gestion des génotypages) : en cours de finition Tests de fonctionnement du circuit : début 2017

5 Analyses index Analyses comparatives ascendance (testage), descendance (agrées) et génomique terminées Matériels et méthodes : Boucs mis en testage à Capgènes sur les séries D,E,F,G et H donc entre 2008 et 2012 Index sur ascendance, sur descendance et génomique obtenus pour tous les millésimes étudiés

6 Analyses index Index étudiés sont : Index élémentaires production : lait, MP, MG, TP, TB Index morphologiques : profil (PRM), plancher (PLA), forme arrière-pis (FAP), qualité attache-arrière (AAR)

7 Comparaison index ascendance et descendance But : voir l adéquation entre l indexation ascendance et l indexation descendance évaluer la solidité de notre modèle Quatre groupes d index se distinguent : Groupes Production 1 Production 2 Production 3 Morphologie Index présents Lait MP et MG TP et TB AAR, FAP, PRM et PLA Progrès génétique possible = ou Prédiction (Adéquation entre indexation ascendance et indexation descendance) Transmission caractère (Corrélation rang entre les deux indexations) 30% 19% 41% 26,5% 0,55 0,42 0,65 0,50

8 Conclusions ascendance et descendance Comparaison ascendant/descendant : Résultats cohérents pour tous les caractères en terme de variabilité : résultats ascendants plus resserrés que descendants cause aléa de méiose non mesurable Meilleures prédictions en taux

9 Comparaison Génomique et Descendance But : connaître les gains approximatifs et les points à améliorer avec l indexation génomique Gain attendu avec la génomique : Gain avec génomique Prédiction caractère race 11 Prédiction caractère race 13 Transmission caractère race 11 Transmission caractère race 13 Lait MP MG TP TB +0,12 +0,07-0,01 +0,21-0,06 +0,01 +0,04-0,01 +0,09 +0,03 +0,12 +0,03-0,04 +0,17-0,04 +0,01 +0,14 +0,05 +0,06-0,02

10 Conclusions Génomique et Descendance Attente d une augmentation de la corrélation pour les comparaisons génomique et descendance par rapport aux comparaisons ascendance et descendance Résultats cohérents en : lait, MP, TP Résultats moins cohérents : MG, TB Corrélation rang entre séries : effet série remarquable pour les caractères matières notamment

11 Modélisation But : Déterminer l architecture du nouveau schéma génomique Possibilité de tester plusieurs scénarios par informatique déterminer ainsi le meilleur schéma technique et économique

12 Modélisation Tout d abord : Connaissance et importance de chaque voie de transmission des gènes dans le progrès génétique Contribution de chaque voie dans le progrès génétique Père-Fils Père-Fille Mère-Fils Mère-Fille

13 Modélisation Par la suite : Calculs de toutes les voies de progrès génétiques et de leurs sous-voies Voies Père-Fils Père-Fille Mère-Fils Mère-Fille Sousvoies Père IA Fils IA Père améliorateur - Fille Mère Fils IA Père IA Fils MN Père testage - Fille Mère Fils MN Père MN Fils MN Père inconnu Fils MN Père MN - Fille Père inconnu - Fille Mère - Fille

14 Modélisation Calculs sous Excel Calcul par voies puis sous-voies des différents composantes du progrès génétique : Intensité de sélection Coefficient de détermination Ecart-type génétique Intervalle de génération

15 Modélisation Différents CD des sous voies 0,8 0,7 0,6 0,5 0,4 0,3 0,2 0,1 0 père IA --> fils IA père IA --> fils MN père MN -- > fils MN père inconnu --> fils MN mère --> fils IA mère --> fils MN père amélio --> fille père testage --> fille père MN -- > fille père inconnu --> fille mère --> fille père-fils mère-fils père-fille mère-fille

16 Modélisation Plus de précisions avec les mâles donc on se concentre surtout sur leurs voies grand nombre de descendants bien répartis Degré de connaissance du mâle CD 0,80 CD 0,60 CD 0,40 CD 0, Plage possible des indexs en fonction du CD

17 Modélisation 1,2 Différence augmentation CD entre classique et génomique sur voie mâle IA selon les années d'utilisation 1 0,8 0,6 0,4 0,2 0 1ère année 2ème année 3ème année 4ème année 5ème année 6ème année génomique classique

18 Modélisation Elaboration de scénarios (points de différences) : Classique Génomique Utilisation mâles 3 ans (après testage) 4 ans (dont 2 avant indexation descendance) Agrégation Oui (après testage) Non (utilisation de tous les mâles rentrés en centre) Intervalle de génération mâle IA 5,8 3,5 Points de variabilités entre tous les scénarios génomiques : nombre de mâles en production, nombre de doses voulues par mâles, nombre de mois gardés

19 Modélisation Sur les scénarios testés : De 20 à 33% de PG en plus Possibilité de baisser les coups de fonctionnement de schéma d au moins 10% Réduction du nombre de boucs au centre nombre de doses par bouc optimisé

20 Transition Concernant la gestion du centre : Tous les boucs rentrés sont bons génétiquement : suppression progressive du testage en 2 ou 3 ans Gestion plus personnalisée des boucs selon leur niveau génétique : durée plus ou moins longue en production, nombre de doses adaptées au niveau génétique, Concernant la diffusion des doses : Mélange de boucs génomiques et boucs «classiques» issus de testage dans une phase de transition

21 Merci de votre attention!

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