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1 THERMODYNAMIQUE La distribution de Boltzmann Entropie d un mélange, potentiel chimique TRAN Minh Tâm Table des matières Introduction 16 Rappel de Mécanique statistique 17 Équilibre statistique La loi de distribution de Boltzmann La pression d un gaz, énergie cinétique d un gaz parfait. 21 Evaluation de la constante β de la distribution de Boltzmann Application : la sédimentation

2 Rappel de Thermodynamique 26 Entropie d un mélange, potentiel chimique Diffusion Un peu au delà : centrifugation et électrophorèse 31 La centrifugation L électrophorèse

3 Introduction Ce cours à option fait suite au cours de Physique Générale ; les sujets qui seront abordés complètent l enseignement de première année et ont été choisis de manière à être utiles à des étudiants en Biologie par les applications qu ils permettent d aborder. Parmi les nombreux sujets possibles, j ai fait le choix de sujets suivants, étant conscient que ce choix est bien arbitraire : 1. La distribution de Boltzmann. Application : la sédimentation, la centrifugation, l électrophorèse. 2. La diffusion de la lumière. Application : la diffusion de la lumière par de grosses molécules. 3. Le magnétisme atomique, puis nucléaire. Application : la résonance magnétique nucléaire, l imagerie par résonance magnétique nucléaire et la spectroscopie RMN. 4. La mécanique quantique. Les débuts : le rayonnement du corps noir. Application : les lasers, les pinces optiques. L équation de Schrödinger ; sa résolution dans le cas à 1 dimension ; l effet tunnel. Application : le microscope à balayage à effet tunnel (Scanning Tunnelling Microscope) (T.P.) ; le microscope à force atomique (Atomic Force Microscope) (T.P.). 5. Quelques notions de Physique Nucléaire Application : la tomographie par émission de positons. Dans ce chapitre de Thermodynamique, nous allons établir la loi de distribution de Boltzmann n i = N 0 e E i kt que vous connaissez tous. Le développement est un peu mathématique. Une application immédiate de cette loi est la sédimentation. Pour pousser un peu plus loin, j ai pensé utile de traiter le sujet de la centrifugation, bien utile pour les Biologistes qui désirent déterminer la masse des macromolécules ; cependant, pour traiter de la centrifugation, nous devons également traiter de la diffusion dont le coefficient intervient directement dans le résultat, d où une digression sur l entropie d un mélange et sur le potentiel chimique. Un court paragraphe sur l électrophorèse est présenté qui évoquera les difficultés de cette technique. -16-

4 Rappel de Mécanique statistique La mécanique statistique est l application des lois de la mécanique classique aux systèmes constitués d un grand nombre de particules, dans le but d obtenir des renseignements sur les propriétés macroscopiques de ces systèmes. Équilibre statistique Considérons un système constitué de N particules, réparties dans des états d énergies E 1, E 2,... E i, avec n i particules dans l état d énergie E i en un instant donné. E 5 n 5 = 1 E 4 n 4 = 0 E 3 n 3 = 3 E 2 n 2 = 2 E 1 n 1 = 4 N = Σ i n i U = Σ i n i E i U est l énergie totale (ou énergie interne) du système. Pour un système isolé (ni échange de matière ni échange de travail ou d énergie) : Les n i peuvent varier avec le temps. N = constant, U = constante Pour chaque état macroscopique du système (les conditions extérieures sont donc données) il existe une répartition n 1, n 2,... n i plus probable que les autres. Quand cette répartition est réalisée, on dit que le système est en équilibre statistique. Les n i peuvent fluctuer autour de la valeur correspondant à l équilibre sans conséquences macroscopiques observables. Le problème de la mécanique statistique est de trouver la répartition la plus probable d un système, puis d en déduire les propriétés macroscopiques du système. La loi de distribution de Boltzmann Considérons N particules identiques et discernables. Si tous les états ont la même probabilité a priori d être occupés, la probabilité d une répartition donnée est proportionnelle au nombre de façons de distribuer les particules pour réaliser cette répartition. Nombre de façons différentes et discernables de placer n 1 particules au niveau d énergie E 1 : (c est le nombre de combinaisons possibles de N particules n 1 par -17-

5 Rappel de Mécanique statistique N! n 1, l ordre n ayant pas d importance) n 1! (N n 1 )! Pour le niveau E 2 : (on a enlevé n 1 particules des N de départ!) (N n 1 )! n 2! (N n 1 n 2 )! Finalement, le nombre de façons différentes et discernables de réaliser la répartition donnée est le produit des façons de placer les n i sur les niveaux E i : Ω = N! n 1! n 2!... n i! [ Il se peut que l on ait plus de 1 état pour un niveau dénergie E i donné : dans ce cas, dit que le niveau d énergie est dégénéré et on attribue un poids statistique g i à chaque état. Un exemple de cette dégénérescence est le niveau d énergie (n, l, m) de l atome où l on peut avoir 2 électrons dont les poids statistiques sont g i = 1/2. Le nombre d états microscopiques est alors donné par : Etat d équilibre : Ω = N! gn 1 1 gn gn i i n 1! n 2!... n i! g n i i = N! Π i n i! ] Considérons 6 particules identiques et une énergie totale (somme des énergies des particules) de 10 E, où E est une unité d énergie quelconque. La figure suivante donne 3 répartitions possibles de ces particules sur les niveaux d énergie ; ces répartitions (il y en a d autres) réalisent bien les deux conditions N = cst. = 6, U = cst. = 10E. Si une particule a la même probabilité de prendre un état d énergie plutôt qu un autre, la répartition la plus probable sera celle qui correspond au plus grand nombre de possibiltés de répartir les particules sur les niveaux : N = 6 U = 10 E 6E 5E 4E 3E 2E 1E 6E 5E 4E 3E 2E 1E 6 permutations 60 permutations 15 permutations -18-

6 Rappel de Mécanique statistique Intuitivement, nous savons que l état d équilibre correspond à la répartition la plus probable des particules, c.à.d. à celle qui permet d avoir un maximum de possibilités d arranger les particules sur les niveaux. Les contraintes sur U, N seules ne peuvent pas nous permettre de distinguer l état d équilibre ; il nous faut introduire le principe d extremum : l état d équilibre est la répartition n 1, n 2,... n i pour laquelle Ω (ou S = k lnω) est maximum, moyennant les contraintes : N = Σ i n i = constant, U = Σ i n i E i = constante Prenons le logarithme naturel de Ω (le logarithme est une fonction monotone croissante) : ln Ω = ln N! Σ i ln n i! La condition lnω maximum est que la variation de Ω et, par conséquent, celle de ln Ω soit nulle. Comme ln N! est constant, δ ln Ω = 0 = Σ i δ ln n i! En utilisant la formule de Stirling pour l estimation des factoriels des grands nombres (cf. par exemple L. Lyons, All you wanted to know about MATHEMATICS but were afraid to ask, Cambridge, Volume 1, page 287 et suivantes). ln N! N ln N N donc : δ i n i ln n i δ i n i = 0 avec les deux contraintes : i ln n i δ n i = 0 δ N = Σ i δ n i = 0 δ U = Σ i E i δ n i = 0 En multipliant les deux équations précédentes par deux constantes α et β et en les additionnant à celle résultant du principe d extremum : Σ αδ n i + Σ β E i δ n i + Σ ln n i δ n i = 0 Comme les variations δ n i peuvent être considérées comme arbitraires, on a ln n i + α + β E i = 0 n i = exp ( α β E i ) -19-

7 Rappel de Mécanique statistique Dans le cas où on doit assigner au niveau E i une probabilité d occupation g i le nombre n i de particules sur le niveau E i est : n i = g i exp ( α β E i ) La constante α est obtenue par la condition N = Σ i n i ; e α N = Σ i g i e βe i il vient donc : n i = N Z g i e βe i avec : Z = Σ i g i e βe i C est la distribution de Boltzmann. Z est la fonction de partition. Exemple : Considérons deux niveaux dont les énergies sont E 1 = E, E 2 = E, g 1 = g 2 = 1 2 U = Z = 1 2 eβe e βe = ch β E N n 1 = 2 chβ E eβ E N n 2 = 2 ch β E e β E N 2 ch β E ( EeβE + Ee βe ) = N E th β E Résumé Nous recherchons l état d équilibre, c.à.d. l état le plus probable quand nous répartissons N particules sur des niveaux d énergie avec les contraintes sur le nombre total de particules et l énergie totale des particules. Le principe d extremum nous dit de rechercher le maximum de Ω ou de l entropie S = k ln Ω. Nous aboutissons à la distribution de Boltzmann. -20-

8 Rappel de Mécanique statistique La pression d un gaz, énergie cinétique d un gaz parfait Prenons un gaz parfait, c.à.d. un gaz dont nous pouvons négliger les volumes propres et les interactions ; pour simplifier la démonstration, restreignons-nous à un gaz parfait monoatomique. Enfermés dans une enceinte cubique de côté a, les atomes de ce gaz ont des collisions élastiques avec les parois et rebondissent ; à chaque collision sur une des parois perpendiculaires x, la vitesse de l atome change de v x à v x. La variation de la quantité de mouvement selon x est ainsi de 2 m v x. Comme le nombre de collisions par unité de temps sur les deux parois perpendiculaire à x est de v x /a, le changement de quantité de mouvement selon x par unité de temps sera de 2 mvx 2 /a pour 1 atome. Pour N atomes, il sera de d p x dt = 2 N m < v2 x > a = F x En passant à la pression, nous avons (pour 2 faces!) : P = 2 N m < v2 x > = N m < v2 x > a 2a 2 V Comme rien ne nous permet de distinguer entre les directions x, y et z, nous avons < v 2 x > =< v2 y > =< v2 z > = 1 3 < v2 > P V = 1 3 N m < v2 > = 2 3 < Ecin > puisque 1 2 N m < v2 > est l énergie cinétique (de translation) de notre gaz parfait. Pour retrouver l équation des gaz parfaits, < E cin > = 3 2 k N T Rappel : Nous retrouvons l équipartition de l énergie : notre gaz parfait est monoatomique, le nombre de degrés de liberté qu il a est f = 3 et à chaque degré de liberté, nous avons associé une énergie cinétique de 1 2 k T. Evaluation de la constante β de la distribution de Boltzmann Rappel : Comment calculer une moyenne Soit f(x) la densité de probabilité d une variable X. La probabilité pour que X soit comprise entre x et (x + dx) est donnée par f(x).dx. -21-

9 La loi de probabilité est normée : probabilité de réalisation de 1. Rappel de Mécanique statistique + f(x) dx = 1 Un événement a ainsi une On définit la moyenne de x (ou espérance mathématique) par E(X) = + x f(x) dx Quand la variable X ne peut prendre que des valeurs discrètes avec la probabilité de réalisation p(x i ), nous avons p(x i ) = 1 et E(X) = x i p(x i ) i i Si nous avons maintenant un ensemble de particules possédant une densité de probabilité n(q) de réaliser un certain paramètre q, comme la vitesse, l énergie, etc... la moyenne de q sera : < q > = + q n(q) dq On appelle aussi n(q) la loi de distribution du paramètre q. On peut aussi calculer la moyenne de q 2 : < q 2 > = + q 2 n(q) dq Dans le cas discret : < q > = i q i n i < q 2 > = i q 2 i n i avec i n i = 1 Retour au problème Nous pouvons réécrire l équation P = N m < v2 x > V P V = Dans cette expression, nous avons noté : v x = d x dt comme : (N A) exp( β E ) mẋ 2 dẋdẏdż (1) = ẋ v y = ẏ v z = ż Nous avons généralisé au cas continu l expression donnée deux pages avant et nous avons supposé que nos particules ont, à l équilibre, une loi de distribution des énergies cinétiques qui est celle de la loi de Boltzmann : au lieu d avoir des énergies discrètes, -22-

10 Rappel de Mécanique statistique nous avons considéré ici l énergie cinétique (seule énergie d un gaz parfait) et intégré sur dẋdẏdż, une cellule de l espace des vitesses. N est le nombre total de particules et A la constante de normalisation. En intégrant sur toutes les valeurs possibles des composantes des vitesses ẋ, ẏ, ż, nous devons retrouver la valeur de N : N = = (N A) exp( β E ) dẋdẏdż (N A) exp En intégrant par parties par rapport à ẋ N = ( (N A) exp (N A) exp ( β 1 ) 2 m ( ẋ2 + ẏ 2 + ż 2 ) β 1 ) 2 m ( ẋ2 + ẏ 2 + ż 2 ) ( β 1 2 m ( ẋ2 + ẏ 2 + ż 2 ) dẋdẏdż ẋ=+ ẋ dẏdż + ẋ= ) β mẋ 2 dẋdẏdż Le terme entre les limites ẋ = ± doit de toute manière s annuler car la valeur de β doit rester positif et fini et que ce terme est proportionnel à ẋ. Nous avons alors : N = β (N A) exp ( β E ) mẋ 2 dẋdẏdż (2) En comparant (2) avec l expression de P V (1), nous obtenons P = N β V Pour retrouver l équation d état d un gaz parfait, P = β = 1 k T N k T V Distribution de Boltzmann La distribution de Bolzmann est donc : avec : Z = Σ i g i e E i / kt n i = N Z g i e E i / kt Résumé : Nous avons obtenu la distribution de Boltzmann en recherchant le maximum de l entropie d un système de particules dont l énergie totale est constante. -23-

11 Rappel de Mécanique statistique Application : la sédimentation Des grains de gomme (en anglais : gamboge) en suspension dans l eau ne tombent pas tous au fond du récipient, bien que la gomme soit plus dense que l eau : sa concentration suit une distribution selon la hauteur dans l eau, avec davantage de grains au fond qu à la surface. Perrin a mesuré la distribution de ces grains avec la hauteur. Avant de dériver l équation donnant la distribution, considérons d abord une colonne de gaz d une section A à température constante. Soit une tranche dy de la colonne à la hauteur y. y = h F y + dy y dy y = 0 Surface a Si F est le poids de la colonne de gaz au-dessus de la tranche, le poids de la colonne sur la face d en-dessous est de F + df = F + mg n A dy, expression où : mg est le poids d une molécule du gaz, n est le nombre moyen de molécules par unité de volume, A dy est le volume de la tranche. Comme les molécules dans la tranche ont un certain poids, le nombre de molécules à faible altitude sera plus grand qu à haute altitude à cause de l attraction gravifique. Cette différence de concentration entraîne une différence du nombre de collisions par unité de temps entre les deux surfaces séparées de dy et la colonne de gaz est en équilibre dynamique : le poids des molécules de chaque couche est compensée par la force nette verticale, dirigée vers le haut, causée par la différence du nombre de collisions moléculaires. Nous venons de voir au début de ce chapitre que la pression d un gaz venait justement des collisions des molécules sur une paroi. -24-

12 Rappel de Mécanique statistique Pour une mole d un gaz qui peut être considéré comme parfait, nous avons : P V = N A k T = R T, N A étant le nombre d Avogadro. En divisant par V et en introduisant n = N A / V = nombre de molécules par unité de volume, nous avons : P = n k T dp = k T dn. La différence de poids df vue précédemment peut s exprimer en fonction de la pression par : df = A dp avec dp = mng dy ; le signe montre que la pression diminue quand on s élève en altitude. En égalisant les deux expressions de la différence de pression : d n k T dn = mg n dy n = mg k T dy La relation entre le nombre de molécules n 0 à y = 0 et celui à une cote y, n, est obtenu en intégrant : n n 0 d n n = y 0 mg k T dy n = n 0 e m g y / k T Comme la pression est directement proportionnelle au nombre de molécules, l équation précédente peut être réecrite pour la pression : c est ce que l on appelle souvent la loi des atmosphères. Pour les grains de gomme en suspension dans l eau, l expression précédente doît être légèrement modifiée pour tenir compte de la force d Archimède. Si la masse spécifique des grains de gomme est ρ et celle de l eau (ou du liquide) de ρ, la force d Archimède est de mg ρ ρ et le poids effectif d un grain est : mg mg ρ ( ) ( ρ ρ = mg = mg 1 ρρ ) = mg (1 ρv ) ( ) ρ ρ En réinsérant cette expression dans la distribution du nombre de molécules, nous obtenons, avec k = R / N A : [ n = n 0 exp N A mg (ρ ] ρ) y ρ R T Cette expression donne la distribution du nombre de grains à l équilibre de la sédimentation et résulte de l agitation thermique des molécules. Perrin a mesuré cette distribution dans une suspension diluée de grains de gomme, confirmant l équation de la sédimentation et, conclusion importante, cette mesure lui a permis de déterminer le nombre d Avogadro N A. (*) v = 1 / ρ est le volume spécifique partiel des grains, c.à.d. le volume qu occupe dans le liquide une masse unité d une substance qui y est dissoute ou en suspension. [v] = [ L 3] [M 1]. -25-

13 Rappel de Thermodynamique Entropie d un mélange, potentiel chimique Nous avons vu que l entropie d un mélange était composée de l entropie des corps purs et de l entropie de mélange. Dans le cas d un mélange de deux substances (solvant et soluté) constitué respectivement de N 1 et N 2 molécules (avec N 1 + N 2 = N 0 ), cette entropie de mélange s écrit : [ S M = k [N 0 lnn 0 N 1 lnn 1 N 2 ln N 2 ] = k N 0 lnn 0 ] N i ln N i i S M = k [ i N i ln N i N 0 ln N 0 ] = k i N i ln N i N 0 = k i N i lnx i x i = N i N 0 est la fraction molaire des molécules de type i. En multipliant et divisant le membre de droite par le nombre d Avogadro N A, nous avons : S M = R i n i ln x i n i étant le nombre de moles de type i. Au cours de Physique Générale I, nous avons vu que nous pouvons déduire le potentiel chimique de l entropie par ( ) µ i S T = j i N i U,V,N j Nous avons obtenu le potentiel chimique de la substance i dans le mélange : µ i, mélange = k T lnx i ou pour une mole : µ i, mélange = R T ln x i. Si nous notons par µ 0 i le potentiel chimique de la substance pure i, le potentiel chimique total de i est donc µ i = µ 0 i + R T lnx i }{{} terme de mélange x i < 1 ln x i < 0 pour une mole [On trouve aussi dans les livres l expression précédente exprimée en terme de concentration C i au lieu des fractions molaires x i. La concentration et la fraction molaire étant proportionnelles, avec le logarithme nous aurons un facteur additif que nous pouvons absorber dans une redéfinition du potentiel chimique µ 0 i ; d où : µ i = µ 0 i + R T ln C i pour une mole] -26-

14 Rappel de Thermodynamique Diffusion Dans les phénomènes de transport auxquels nous sommes confrontés en général (comme la sédimentation, le transport à travers une membrane semi-perméable, etc...), il existe un déséquilibre et le transport auquel nous assistons est un phénomène irréversible : un système qui n est pas à l équilibre tend vers cet équilibre caractérisé par le maximum de l entropie et le minimum des autres potentiels thermodynamiques (cf. cours de Physique Générale I) compatible avec les contraintes exercées sur le système et dans cette évolution vers l équilibre, un transport de matière (électrons, atomes, molécules, ions...) ou d énergie (chaleur) se fait. Nous allons nous restreindre au cas du transport de matière dans une solution constituée d un solvant 1 et d un soluté 2 ; ce soluté peut aussi être une suspension dans le solvant. Nous pouvons définir un courant de la matière du type 2 (ions, molécules, atomes de type 2) dans ce transport. Α x x Le nombre de particules de type 2, de vitesse v 2, passant la surface A pendant t est de N 2 = C 2 A x, C 2 étant la concentration des particules de type 2 en x et x = v 2 t. Le nombre de particules 2 passant la surface A par unité de temps et de surface est donc : J 2 = N 2 / A t = C 2 v 2. Quelle est donc la force qui met en mouvement les particules? En Physique Classique, nous savons qu une force conservative dérive d un potentiel, par exemple, la force qui met en mouvement les charges est une force électrique qui dérive d un potentiel électrique. Le phénomène de diffusion est irréversible et nous ne sommes pas intéressés à trouver la force qui agit sur chaque particule individuellement, mais plutôt à décrire le phénomène de manière globale. Nous relions donc la force globale qui agit dans le processus (la diffusion, la conduction électrique, etc...) au gradient d un certain potentiel ; si ce gradient devient nul, le potentiel est uniforme et la force s annule. -27-

15 Rappel de Thermodynamique Exemple : la force générant le courant électrique est la force électrostatique qui dérive de l énergie potentielle électrostatique. S il existe une différence de potentiel aux bornes d un circuit, un courant électrique s établit et ce dernier s annule quand la différence de potentiel est nulle. Dans les processus irréversibles, nous écrivons que le courant en un point quelconque à un instant donné est proportionnel au gradient d un potentiel approprié au point considéré et en cet instant. Pour un problème à 1 dimension nous pouvons écrire : U J 2 = L 2. C est une sorte de loi d Ohm appliqué au problème. x Quelques exemples : Phénomène Potentiel Ecoulement de Equilibre Cond. électrique Pot. électrique électrons Pot. électrique uniforme Diffusion Potentiel chimique molécules Uniformité de µ Sédimentation Potentiel gravifique molécules Min. Energie potentielle Dans le cas de la diffusion, c est le gradient de la concentration qui va donner la force qui mettra en mouvement les molécules : ces dernières diffusent en un courant obéissant à la loi de Fick J 2 = D C 2 x (cf. cours 1ère année). Mais la concentration C 2 est liée au potentiel chimique par µ i = µ 0 i + R T ln C i! Notre système évolue ainsi d une situation où l entropie est minimale et l énergie de Gibbs (enthalpie libre) G est maximale vers une situation où l entropie est maximale et l énergie de Gibbs minimale. En effet, l énergie de Gibbs décroît puisque µ i = µ 0 i + R T lnx i avec ln x i < 0. G = i n i µ i i n i µ 0 i et que -28-

16 Rappel de Thermodynamique Si nous définissons la force s exerçant sur une molécule ou sur la particule du type 2 par F 2 = 1 U, cette force est, dans un mouvement sans accélération, égale N A x à la force de frottement s exerçant sur la molécule (ou particule) : F Force sur la particule Force de frottement f. dx dt Faisons l hypothèse que la force de frottement est proportionnelle à la vitesse de la molécule/particule par rapport au solvant et que F 2 = F frottement = f 2 v 2 (f 2 est appelé coefficient de frottement de la particule). Nous avons donc : J 2 = C 2 v 2 = L 2 U x }{{} = N A L 2 F 2 v 2 = N A L 2 F 2 = 1 U N A x F 2 C }{{} L 2 = C 2 2 N A f 2 F 2 = f 2 v 2 Revenons à notre problème de diffusion due à une différence de concentration ; nous avons vu qu une variation de concentration entraînait une variation du potentiel chimique : le potentiel dont dérive la force sur les particules est donc le potentiel chimique. En effet, l équilibre du système est dicté par le fait que le potentiel chimique est le même partout ; une variation de ce potentiel en fonction de la distance induit l apparition d une force mettant en mouvement les molécules/particules jusqu à ce que l équlibre soit atteint (le potentiel de Gibbs G sera alors minimum). Mais µ 2 x = µ 2 C 2 T,P Comme µ 2 = µ RT ln C 2, D = L 2 RT C 2 µ 2 J 2 = L 2 x ) C 2 x. J 2 = L 2 RT C 2 C 2 x }{{} L 2 = C 2 / N A f 2 µ 2 C 2 ) T,P = RT C 2. }{{} = D C 2 x Loi de Fick D = RT N A f 2 ( ) -29-

17 Rappel de Thermodynamique Résumé Dans le problème de la diffusion due à une inhomogénéité de la concentration d un type de particules, le phénomène est irréversible et l évolution se fait d une situation de minimum d entropie et de maximum d énergie de Gibbs à une situation de maximum d entropie et de minimum de l énergie de Gibbs. Sur les particules s exercent une force qui dérive du potentiel chimique. La diffusion obéit à la loi de Fick vue en 1ère année. Si le mouvement des particules est sans accélération et si la concentration des particules est faible, le coefficient de diffusion de la loi de Fick peut être relié au coefficient de frottement f des particules. ( ) Cette relation a été établie par A. Einstein en 1905 A. Einstein, Ann. Physik 17 (1905) 549 et Ann. Physik 19 (1906)

18 Un peu au delà : centrifugation et électrophorèse La centrifugation La méthode de sédimentation sous l action du champ gravifique présente l inconvénient d être restreinte par la faible valeur de l accélération g : on n est sensible qu à des particules massives comme les grains de gomme. En utilisant des centrifugeuses, on peut atteindre des accélérations centrifuges de plus de fois l accélération gravifique (l éprouvette constitue un référentiel en rotation, donc non-inertiel!) : on peut ainsi déterminer la masse m des macromolécules. d x Si est la vitesse de la particule, sur cette particule va s exercer une force de dt frottement qui dépend linéairement de la vitesse. La particule, de masse m et localisée à une distance x de l axe de rotation de la centrifugeuse tournant à la vitesse angulaire ω, est soumise à la force centrifuge mω 2 x. La particule est aussi soumise à la poussée d Archimède ω 2 x m 0, m 0 étant la masse de liquide déplacé. On peut remplacer m 0 par le produit de la masse de la particule par la masse spécifique de la solution et par son volume spécifique partiel : m 0 = mρv. [Le volume spécifique partiel est le volume effectif par unité de masse de la substance dans la solution, le volume ne demeurant pas constant dans la solution.] A l équilibre, la force de frottement est égale à la force d entraînement de la particule : f d x = ( 1 ρv ) mω 2 x }{{ dt} force de frottement Le coefficient f est le coefficient de frottement. Poussée d'archimède F Force centrifuge Force de frottement f. dx dt x On définit la constante de sédimentation par s = 1 ω 2 x d x dt C est la vitesse

19 Un peu au delà : centrifugation et électrophorèse de sédimentation divisée par l accélération ω 2 x. L unité de s est la seconde. Pour une molécule donnée dans un solvant donné, s est une constante caractéristique ; on l exprime souvent en unité de Svedberg qui est égale à seconde. Pour une particule sphérique de rayon r, Stokes donne l expression du coefficient f : f = 6 π η r η étant le coefficient de viscosité du liquide. Le cas de la particule sphérique est malheureusement un cas particulier ; en général, on n arrive pas à avoir une expression simple pour f, même si on connaît la forme de la particule, ce que l on ignore en général! Heureusement, nous pouvons déterminer le coefficient de frottement f dans une expérience de diffusion des molécules en solution diluée (cf. paragraphe précédent). En faisant l hypothèse que le coefficient de frottement f obtenu dans les mesures de diffusion est la même que celle à utiliser dans la centrifugation, D = RT N A f = kt f m = kt s D (1 ρv ) En multipliant par le nombre d Avogadro les deux membres, nous obtenons : M = RT s D ( 1 ρv ) Cette équation, obtenue par Svedberg en 1929 déjà, permet de déterminer la masse moléculaire M via la vitesse de sédimentation apparaissant dans s. En général, on fait des mesures de s et de D à différentes concentrations et on extrapole vers une dilution infinie. Protéine v s D M (cm 3 g 1 ) s (cm 2 s 1 ) 10 7 Hémoglobine (cheval) 0,749 4,41 6, Hémoglobine (homme) 0,749 4,48 6, Serum albumine (cheval) 0,748 4,46 6, Serum albumine (homme) 0,736 4,67 5, Lysozyme (jaune d oeuf) 0,750 1,90 11, Insuline (boeuf) 0,749 3,58 7, [On vérifiera que la dimension de m ou de M est bien celle d une masse] -32-

20 Un peu au delà : centrifugation et électrophorèse L électrophorèse L électrophorèse est le transport des particules par un champ électrique. Formellement, le processus est très semblable à la centrifugation et, au lieu de l information sur la masse donnée par la centrifugation, l électrophorèse donnera une information sur la charge de la particule ou de la macro-molécule. Il est cependant très difficile de donner une théorie exacte de l électrophorèse, comme nous avons dans la solution, en plus des particules ou macro-molécules étudiées, d autres charges en suspension : on ne peut pas étudier l effet du champ électrique appliqué seul sur la particule, mais l action combinée du champ appliqué et de celui des autres ions entourant la particule. Examinons le cas parfaitement idéal d une particule ou d une macromolécule chargée dans un milieu isolant (cas a) ci-dessous). +Ze Ze E + - a) Ze b) La force électrostatique que subit la particule est donnée par la loi de Coulomb : F = ZeE, Z étant la charge de la particule en unité de charge élémentaire e et E la valeur du champ électrique [Volts/m]. Comme pour la centrifugation, à l équilibre, nous aurons l égalité de la force de frottement et de la force électrostatique : f d x dt }{{} force de frottement = ZeE On définit la mobilité µ de la particule ou de la macro-molécule par. µ = 1 E d x dt = Z e f -33-

21 Un peu au delà : centrifugation et électrophorèse La mobilité est analogue à la constante de sédimentation, puisque c est le rapport de la vitesse au champ. Dans le cas d un particule sphérique de rayon r, nous pouvons utiliser la relation de Stokes donnant le coefficient f et obtenons la mobilité : µ = Z e 6π η r expression dans laquelle η est la viscosité du solvant. Complications. L équation précédente n est cependant pas réaliste ; en effet, dans le solvant existent des ions, ne seraient ce que les ions dissociés de la macro-molécule et qui lui donnent sa charge Ze (cas b) de la figure précédente) La macro-molécule est ainsi entourée d un nuage d ions dont la charge est en moyenne opposée à la sienne. Lorsqu on applique le champ électrique, ce nuage d ions devient asymétrique et produit à son tour un champ opposé au champ extérieur. On peut, de manière empirique, essayer d apporter des corrections à l expression de la mobilité, mais les résultats sont cependant approximatifs. -34-

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