Plate-forme d accès aux données de chimie et des sciences de la vie

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1 Pour les académiques Plate-forme d accès aux données de chimie et des sciences de la vie Presented by: Stefano Marocco & Didier Mascarelli Date: 16 th October 2006

2 DiscoveryGate : un meilleur moyen d obtenir les réponses à vos questions La Solution DiscoveryGate Problème clé: L information scientifique est dispersée et doit être typiquement accédée par plusieurs applications. Connecter les scientifiques à plusieurs sources d information au travers d une même interface. Intégrer, indéxer et lier les trois types d informations nécessaires aux chercheurs Un seule et même point d entrée

3 Qu est ce que DiscoveryGate? Serveur DiscoveryGate Bases de données (mises à jour automatiquement) Compound Index: une recherche unique dans une base de données index Internet Un accès unique à Contenu primaire (Littérature) Contenu secondaire (bases de données) Contenu tertiaire (ouvrages de références) intégrés au sein de DiscoveryGate

4 Pour lancer DiscoveryGate Allez sur la page: gateway.discoverygate.com Connection par adresse IP

5 Page d accueil de DiscoveryGate Nous allons décrire ces 3 composants accessibles sur la page d accueil de DiscoveryGate

6 Les 3 composants dans DiscoveryGate 1. Database Browser. Une même interface pour chercher des bases de données dans plusieurs disciplines 2. Integrated Major Reference Works. Ouvrages de référence spécialisés en méthodes de synthèse. Ils recensent des journaux, des livres et des brevets. 3. Xpharm * Base de données pharmacologique * Pas dans l offre académique- Requiert une licence supplémentaire

7 Contenu de l offre pour les académiques 1. Database Browser: Une même interface pour plusieurs disciplines MDL Database Browser Elsevier MDL Bases de données de compagnies tiers >20 millions composés, > 12 millions de réactions & > 500 millions de données associées MDL Compound Index Recherchez des bases de données individuelles et naviguez vers les autres sources d information Chemistry Reference CrossFire Gmelin ISI Index Chemicus Bioactivity & Pharmacology MDL Drug Data Report CMC XPharm * Metabolism Toxicology CrossFire Beilstein MDL Patent Chemistry DB * Metabolite Toxicity Synthetic Methodology ChemInform RefLib RX-JSM ORGSYN Chemical Sourcing Available Chemicals Patents DWPI Screening MDL Patent Compounds Chemistry DB IMRW COFGT (Elsevier) CAC (Springer) SOS (Thieme) * OHS MSDS NCI Spore CCR (ISI) LinkFinderPlus PubMed * Pas dans l offre académique- Requiert une licence supplémentaire Integrated Major Reference Works XPharm

8 Comment est construite la base Compound Index En une seule recherche, accès à toutes les bases de données du Compound Index Compound Index Index Layer: Structures, cal. Props., Field availability indexes indexes Chemistry Reference ISI Index Chemicus Bioactivity - Pharmacology MDL Drug Data Report XPharm Metabolism Toxicology MDL Patent Chemistry DB Metabolite Synthetic Methodology Chemical ChemInform RX-JSM Sourcing Patents Available DWPI Chemicals Screening MDL Patent CompoundsChemistry DB OHS MSDS CMC Toxicity RefLib ORGSYN PubMed Spore CCR (ISI)

9 Profil d un composé dans le Compound Index En cherchant directement le MDL Compound Index Ou en cherchant une base de données indexée dans le MDL Compound Index

10 2. DiscoveryGate: Ouvrages de référence sur la synthèse MDL Database Browser Versions électroniques d ouvrages de références spécialisés en chimie de synthèse permettant des recherches par structure/ réaction, et par texte ou mots clés (Scope & Limitations of reactions) Comprehensive Organic Functional Group Transformations ( Elsevier) Comprehensive Asymmetric Catalysis ( Springer) Reference Works COGFT (Elsevier) CAC (Springer) LinkFinderlus * Pas dans l offre académique- Requiert une licence supplémentaire Integrated Major Reference Works XPharm

11 3. DiscoveryGate: XPharm * MDL Database Browser Base de données de pharmacologie médicinale pour les scientifiques en sciences de la vie. XPharm est une base de données entièrement interactive couvrant des cibles moléculaires, des agents, des désordres liés et les principes qui dirigent leurs interactions. Nouveaux articles écrits par des experts (600 éditeurs dans le monde) LinkFinderPlus 4 collections Agents (Drugs) Targets Disorders Principle Integrated Major Reference Works * Pas dans l offre académique- Requiert une licence supplémentaire XPharm

12 Cherchez xpharm pour : Choisir des cibles appropriées pour examiner de nouveaux composés Prévoir des effets défavorables Identifier des experts dans les secteurs choisis de recherche Récupérer l'information pour des plans d'activité et des demandes de subventions Préparer des matériels de cours Obtenez les réponses dont vous avez besoin XPharm fournit des réponses directes aux questions spécifiques comme : Quelles cibles sont associées au contrôle de l hypertension? Où et sous quelles conditions physiologiques sont exprimés les Alpha-1A Adrenoceptors? Quelle dose d'un médicament spécifique aura un effet dans mon modèle animal? Quels sont les mécanismes d'action de médicaments pour l'antihypertension? Quel genre d'effets adverses sont associés aux inhibiteurs de monoamine oxidase?

13 Quel est le contenu?

14 Information sur la bioactivité Journaux scientifiques CMC Médicaments sur le marché Brevets CrossFire Beilstein MDDR Patent Chemistry Database * Pharmacology Composés sur le marché ou en développement Metabolite Toxicity * Base de données de pharmacologie médicinale pour les sciences de la vie Plus grande source au monde d information sur le métabolisme La source la plus fréquentée de données sur la toxicicologie Activité biologique des petites molécules. * Pas dans l offre académique- Requiert une licence supplémentaire

15 Information sur la synthèse Bases de données sur la synthèse ChemInform CSM DJSM Pour synthétiser REFLIB SPORE CCR (ISI) ORGSYN Ouvrages de références Beilstein Patent Chemistry * ou Contenu Elsevier/MDL Contenu de compagnies partenaires acheter Composés commerciaux ACD Science of Synthesis (Thieme) * CAC (Springer) COFGT (Elsevier) SCD Scope and limitation of reactions methodology Composés commerciaux pour le HTS * Pas dans l offre académique- Requiert une licence supplémentaire

16 la MDL Patent Chemistry database * en détail * Pas dans l offre académique- Requiert une licence supplémentaire

17 Quels sont les challenges dans la recherche dans les brevets? Un brevet a beaucoup de pages Vérifier la pertinence d un brevet prend beaucoup de temps! A quel exemple du brevet ma réaction appartient-elle? Extraire les substances d un brevet ainsi que leurs effets dans une table SAR est compliqué Sur quelle page du brevet est la substance qui m intéresse? Est-ce que la substance qui m intéresse est mentionnée dans les revendications (claims)? Est-ce que ma substance fait partie d une structure de Markush revendiquée?

18 MDL Patent Chemistry Database Spécifiquement construite pour une utilisation par les chercheurs La base de données peut être cherchée par Structure, Réaction, et données Elle indexe les réactions chimiques; les substances et toutes les données associées des brevets de chimie et des sciences de la vie depuis Synthèse plus efficace 2,4 M de réactions Affichage des réactions de type Markush Données spectrales pour les produits Intégration avec les autres bases de données réactionnelles grâce aux classcodes InfoChem pour une recherche par similarité réactionnelle(discoverygate) * Brevets publiés depuis Dec Meilleur profil de bioactivité* Données de bioactivité numériques mesurées ex. Valeurs de IC50, Ki Export de tables Structure-Activité (SAR) Composés rarement ou pas du tout donnés dans d autres sources d information Environ 1 million de composés analogues Vérifier la pertinence d un brevet Textes de revendications (Claims) et affichage des structures/ réactions de type Markush* Regarder des examples spécifiques d une revendication Markush* Identifiant du composé dans le brevet* (Numéro donné par la substance par l inventeur)

19 Structures Markush incluses dans la fiche des brevets

20 Qu est ce que la MDL Patent Chemistry Database? Une base de données réactionnelle et factuelle pour les chercheurs Classifications internationales de brevets [CIB] couvertes (International Patent Classes [IPC]) C07 A61K A01N C09B Organic Chemistry* Drugs [Medicinal, Dental, Cosmetic Preparations] Biocides [Agrochemicals, Disinfectants, etc.] Dyes [can be pharmacological active] * Polymères indéxés pour les brevets depuis 2004 si les polymères sont mentionnés dans une de ces 4 CIB (par ex: formulations) Bureaux de brevets couverts - Brevets World (WO), United States (US), European (EP) pour les publications depuis Brevets en langue allemande (CIB CO7) depuis Dec Brevets en langue japonaise (CIB CO7) depuis Janvier 2006 (projet pilote)

21 MDL Patent Chemistry database - suite 2,4 millions Réactions + 800,000 réactions depuis la sortie en Nov ,0 millions Substances + 1 millions substances depuis la sortie en Nov > 100 Millions de données - expérimentales, pas calculés! > 15,000 Réactions de type Markush non disponibles ailleurs > 1 million composés analogues - non disponibles ailleurs >20,000 valeurs de Ki pour des médicaments agissant sur des sites ligand-récepteur Possibilité d exporter les structures de composés actifs de médicaments et de la valeur du Ki dans des tables SAR.

22 Processus de mise à jour de la base de données * * Dans les 2 premières années après la sortie de la base, l indexation manuelle de certains brevets pourrait être retardée car la productivité finale n est pas encore atteinte

23 Recherche par similarité réactionnelle ou Comment faire le lien entre les différentes réactions. Recherche par similarité réactionnelle Pour chaque réaction, 3 codes sous forme de valeurs numériques sont générés en utilisant un algorithme de la société InfoChem GmbH ces codes tiennent compte de l environnement structural autour du centre réactionnel 3 niveaux (Broad, Medium, Narrow) calculés pour les toutes les réactions dans les ouvrages de références MRWs et dans toutes les bases réactionnelles MDL Beilstein MDL Patent Chemistry Database

24 Recherche par similarité réactionnelle Toutes les réactions ont 3 codes Infochem qui leur sont attribués selon le niveau auquel on regarde la réaction. Des réactions similaires dans des bases de données différentes auront ainsi le même code calculé par l algorithme Infochem N C N N C N H H Reaction Similarity: niveau Broad On ne tient compte que de la transformation du centre réactionnel C C C N N C C N N H C C C N N N C C N H H H Reaction Similarity: Medium ClassCode On tient compte que de la transformation du centre réactionnel, ainsi des atomes et liaisons en position alpha Reaction Similarity: Narrow ClassCode On ne tient compte que de la transformation du centre réactionnel, ainsi des atomes et liaisons en position alpha et beta Pour chaque réaction, 3 codes sont générés

25 Recherche par similarité réactionnelle Find Similar Reactions Cet hyperlien utilise les codes attribués aux réactions utilisant l algorithme Infochem. Grâce à ces codes, il est ainsi possible de rechercher d autres méthodologies de synthèse pour une même transformation réactionnelle Le lien est disponible pour Toutes les bases réactionnelles MDL Beilstein MDL Patent Chemistry Database Les ouvrages de référence (SOS; COFGT, CAC)

26 Aide disponible sur la page d accueil de DiscoveryGate Guide décrivant les différentes sections du site Description de l interface sous les onglets du DatabaseBrowser (page Queries, Results, Reports) et description de toutes les options de recherche et d affichage des résultats Description pas à pas de requêtes Vidéos décrivant la recherche par Structure, par réaction, par données, recherche dans Xpharm, et le lien de Scopus vers Beilstein

27 Lien de Scopus vers Beilstein (DiscoveryGate ou CrossFire Commander) 1 2

28 DiscoveryGate 2.2 sortie en Mars 2006 Qu y a-t-il de nouveau dans cette version: Les citations bibliographiques dans les fiches des bases de données trouvées dans DatabaseBrowser, peuvent être exportées dans un format peuvent être exportées dans un format compatible avec les produits EndNote and Procite products. Dans la page Results du Database Browser, Vous pouvez utiliser le bouton Export Records pour exporter les fiches Et le bouton Export Selected Citations pour exporter les citations bibliographiques. Les structures 3D peuvent être exportées au format SDfiles. Les structures V2000 peuvent être exportées dans un SDfile Les Structures dans la base de données NIH PubChem ( peuvent être liées à la structure correspondante dans DiscoveryGate grâce à un système d hyperlien et vice versa. Le service Platinum de la base de données OHS MSDS procurant le résumé des fiches MSDS est maintenant disponible sans coût supplémentaire et automatiquement configuré.

29 DiscoveryGate - Résumé Un point d accès unique aux bases de données sur la synthèse, bioactivité, propriétés physico-chimiques et de produits commerciaux Système d hyperliens actifs pour naviguer immédiatement vers les ouvrages de référence et vers les publications originales et les brevets. Une requête: recherche parmi >16 millions composés, > 11 millions réactions & plus de 300 millions de données associées. Des méthodes simples pour naviguer entre les publications, les données indexées, les bases de données et les revues d ouvrages de références Windows & nouvelle version Mac OS X disponible Go discover support@mdl.com

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