Diagnostic et suivi des infections des muqueuses, de la peau et des phanères, de la gale et des pédiculoses : le bon usage des examens biologiques

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1 Diagnostic et suivi des infections des muqueuses, de la peau et des phanères, de la gale et des pédiculoses : le bon usage des examens biologiques () Objectifs E.N.C Ectoparasitoses cutanées : gale et pédiculose Infections cutanéo-muqueuses bactériennes et mycosiques Ulcérations ou érosions des muqueuses orales et/ou génitales. I. Principaux tableaux cliniques évocateurs I.1. Infections muqueuses I.1.1. Infections bactériennes des muqueuses Une érosion se définit comme une perte de substance superficielle (épidermique et/ou dermique superficielle) souvent post-vésiculeuse, post-bulleuse, post-traumatique, qui guérira généralement sans cicatrice. L ulcération, plus profonde, intéresse le derme moyen et profond avec des risques de cicatrices. Le chancre est à une érosion ou ulcération de nature infectieuse provoquée par la pénétration d un microorganisme ou bacille spécifique (tréponème, bacille de Ducrey). Les principales causes infectieuses spécifiques sont du domaine des MST et sont plus habituelles sur les muqueuses génitales (syphilis (Treponema pallidum), chancre mou (Haemophilus ducrey), maladie de Nicolas et Favre (Chlamydia trachomatis) et donovanose). Les infections à germes banaux peuvent induire des ulcérations muqueuses chroniques voire extensives en cas de déficit immunitaire et s accompagnent d adénopathies satellites. Elles sont exceptionnelles chez le sujet immunocompétent. I.1.2. Infections virales des muqueuses : herpès Les virus «herpes simplex» de type 1 et 2 (HSV-1, HSV-2) [et le virus de la varicelle et du zona (VZV)] appartiennent à la famille des Herpesviridae. Ces virus sont responsables d'éruptions vésiculeuses et se caractérisent par leur persistance dans l'organisme sous forme latente, avec des réactivations qui peuvent être symptomatiques (infections récurrentes). Le virus HSV-1 est surtout responsable de l'herpès oral et le virus HSV-2 de l'herpès génital. Cette distinction n'est toutefois pas stricte et 10-20% des cas d'herpès génital sont dus à HSV-1. Des formes sévères d'infection par ces virus peuvent être observées : HSV-1 HSV-2 VZV Gingivo-stomatite (primo-infection) Kératite Encéphalite Atteintes viscérales : oesophagite, hépatite, pneumonie (immunodéprimés) Herpès néonatal Atteintes viscérales (immunodéprimés) Pneumonie (primo-infection adultes) Encéphalite, cérébellite Embryo-foetopathies Varicelle néonatale (immunodéprimés) La primo-infection se traduit par une éruption vésiculeuse douloureuse sur la muqueuses buccale ou génitale, avec souvent des signes généraux (fièvre). Les lésions persistent deux à trois semaines. Il existe des récurrences de périodicité très variable.

2 I.1.3. Infections fongiques des muqueuses : candidoses I Candidoses buccales : * Les stomatites aiguës candidosiques regroupent : la stomatite pseudo-membraneuse, ou muguet buccal : enduit blanchâtre en plaques, recouvrant une muqueuse jugale érythémateuse, voire hémorragique; atteinte concomitante fréquente de la langue (glossite) et du palais (ouranite) ; la stomatite érythémateuse, souvent après antibiothérapie : pas d'enduit blanchâtre, mais érythème intense, sensation de brûlure, glossite érythémateuse, lisse et vernissée, ouranite ; la stomatite des dentiers, ou «candidose des prothèses» : érythème intense, limité à la zone prothétique. * Les Candida peuvent coloniser et pérenniser certaines lésions de stomatites chroniques, sans pour cela devoir toujours être considérés comme responsables de la pathologie : leucoplasie buccale, glossite losangique médiane, langue noire villeuse,... * La chéilite candidosique se traduit par un gonflement des lèvres, recouvertes de squames sèches et de croûtelles. La chéilite angulaire, ou perlèche candidosique, est un intertrigo des commissures labiales : fissures érythémato-squameuses. * La laryngite candidosique est une extension de l'œsophagite et/ou du muguet buccal. I Candidoses génitales : * La vulvo-vaginite candidosique est liée à un déséquilibre de la trophicité et/ou du ph de la muqueuse vaginale. Elle est favorisée en particulier par la grossesse, toutes les affections gynécologiques, la prise d'œstro-progestatifs et le diabète. Elle détermine prurit vulvaire et leucorrhées crémeuses. * La balano-posthite candidosique est une lésion inflammatoire du sillon balano-préputial, recouverte d'un enduit blanchâtre. * La dissémination ascendante de ces candidoses peut être à l'origine d'urétrite et de prostatite, de cystite et d'annexites, parfois d'urétérite, voire d'atteintes rénales. Certaines mycoses «exotiques» ont également une expression muqueuse : paracoccidioïdomycose ( = «blastomycose») sud-américaine, I.1.4. Infection parasitaire des muqueuses : trichomonose génito-urinaire Maladie vénérienne bénigne, fréquente et cosmopolite, due à un Protozoaire Flagellé, Trichomonas vaginalis (bactériophage, parfois hématophage), se localisant dans les cavités uro-génitales : vagin, glandes de Skene et de Bartholin, vessie et urètre chez la femme, sillon balano-préputial, glandes urétrales, vésicules séminales et prostate chez l'homme. La dissémination est favorisée par l'absence de symptomatologie quasi-constante chez l'homme, une fois sur deux chez la femme. La vulvo-vaginite est aiguë ou sub-aiguë (leucorrhées, prurit vulvaire, dyspareunie). L'association avec Candida albicans est fréquente. La coexistence est possible avec les gonocoques ou des pyogènes banaux. Certaines parasitoses «exotiques» ont également une expression muqueuse : leishmanioses sudaméricaines, I.2. Infections cutanéo-phanériennes I.2.1. Infections cutanées bactériennes La peau normale est colonisée par une flore bactérienne qui occupe les couches superficielles de l épiderme et les annexes pilaires. Ce portage bactérien est plus marqué dans certaines régions cutanées (plis, périnée, mains) ou muqueuses (fosses nasales). La flore résidente ou permanente comporte des cocci à Gram + (Staphylococcus epidermidis, mais aussi S. aureus), des bacilles à Gram + (corynébactéries) aérobies ou anaérobies (Propionibacterium acnes) lipophiles ; des bactéries à Gram de type cocci (Neisseria sp.) et de type bacilles (Acinetobacter sp., Proteus sp...) La flore transitoire ou contaminante résulte d une contamination externe ou de contiguïté à partir d un portage muqueux. S. aureus est le contaminant le plus fréquent. La flore normale varie en fonction : - de la qualité de l épiderme (toute maladie affectant l épiderme et en particulier toute effraction est habituellement contaminée) ; - de l interaction des bactéries ; - de facteurs d environnement (chaleur et humidité favorisant la contamination) ; - de l hôte (déficit immunitaire, diabète...). Environ 20% de la population normale est porteuse de façon prolongée de S. aureus sur des «gîtes» cutanés ou muqueux (fosses nasales). Ce portage chronique est un facteur de risque d infections cutanées symptomatiques. Il est particulièrement fréquent chez les diabétiques, les hémodialysés, les patients atteints de dermatite atopique.

3 L impétigo est une infection cutanée superficielle (sous la couche cornée de l épiderme) à streptocoque β- hémolytique du groupe A et/ou à S. aureus. Auto-inoculable et non immunisant, il atteint surtout l enfant. Il est contagieux avec de petites épidémies familiales ou de collectivités qui justifient l éviction scolaire. La lésion élémentaire est une bulle superficielle, sous-cornée. Très fragile elle est rarement vue et évolue rapidement vers une érosion recouverte de croûtes jaunâtres («méiicériques») à extension centrifuge. A début souvent péri-orificiel, les lésions diffusent sur le visage et les membres supérieurs en raison du portage manuel. En l absence de complication, il n existe pas de signes généraux (en particulier pas de fièvre). L ecthyma est une forme creusante d impétigo habituellement localisé aux membres inférieurs. Le furoncle est une infection profonde du follicule pilo-sébacé par S. aureus, secondairement suppurée avec nécrose et élimination du follicule pileux (bourbillon). Il est favorisé par le portage manuel à partir des gîtes staphylococciques, plus fréquents en cas de diabète, d immunosuppression, d atopie, de carence martiale. Le manque d hygiène, l obésité, l occlusion et la friction mécanique favorisent la survenue des furoncles. L anthrax est un agglomérat de furoncles, réalisant un placard inflammatoire hyper-algique parsemé de pustules. Il peut s accompagner de fusées purulentes sous-jacentes, de fièvre et d adénopathies régionales. Son siège électif est le cou ou le haut du dos. La furonculose est la répétition d épisodes de furoncles, avec passage à la chronicité sur des périodes de plusieurs mois. Les folliculites superficielles sont des papulo-pustules à S. aureus principalement centrées par un poil (prenant le nom de sycosis pour l atteinte de la barbe). L hidrosadénite est une infection des glandes sudorales axillaires ou génito-pubiennes. L érysipèle est une dermo-hypodermite bactérienne aiguë à streptocoque, le plus souvent β-hémolytique du groupe A, plus rarement d un autre groupe (G ou C) siégeant principalement au membre inférieur («grosse jambe rouge aiguë fébrile» unilatérale). La fasciite nécrosante est une dermo-hypodermite bactérienne nécrosante (présence d'une nécrose tissulaire de l'hypoderme et secondairement du derme) avec atteinte de l'aponévrose superficielle. La gangrène gazeuse est une infection cutanée nécrosante, d'extension rapide, touchant les tissus souscutanés, les muscles et les fascia sous-jacents. Elle est le plus souvent due à une inoculation directe d une bactérie anaérobie, Clostridium perfringens, suite à une plaie, une intervention chirurgicale, une ulcération ou une fistule cutanée, ou une perforation intestinale.. Certaines infections cutanées bactériennes «exotiques» («mycétomes» actino-bactériens, lèpre, etc ) sont «hors programme E.N.C.». I.2.2. Infections cutanées virales : varicelle et zona Bien que l'item 87 ne fasse référence qu'aux infections cutanéo-muqueuses bactériennes et fongiques, citons ici le virus de la varicelle et du zona (VZV), agent de la varicelle qui correspond à la primo-infection et du zona qui correspond à une infection récurrente. Des formes sévères d'infection par ces virus peuvent être observées (cf. tableau supra : Infections muqueuses virales). I.2.3. Infections cutanéo-phanériennes fongiques I Candidoses cutanées et unguéales : * Les intertrigos candidosiques sont des lésions des grands plis (axillaires, sous-mammaires, génito-cruraux,...) et des sillons interdigitaux, parfois interdigito-plantaires. La lésion est symétrique par rapport au pli, prurigineuse, érythémateuse et inflammatoire, humide et suintante, avec un dépôt blanchâtre au fond du pli. * L'onyxis candidosique atteint le plus souvent les ongles des mains, mais existe aux pieds. La lésion évolue depuis la partie proximale de l'ongle. La zone péri-unguéale est le siège d'un péri-onyxis, bourrelet inflammatoire et douloureux. * Certains foyers cutanés secondaires se traduisent par des abcès sous-cutanés, souvent compliqués de phlébite. * Les candidoses granulomateuses des sujets très immunodéprimés s'expriment par des granulomes de la face et du cuir chevelu, avec généralisation secondaire. I Pityrosporoses ou malassezioses : Mycoses superficielles cosmopolites dues à Pityrosporum (= Malassezia) furfur, levure lipophile épisaprobionte de la peau et des follicules pilo-sébacés. Les pityrosporoses se manifestent généralement sur terrain hyperséborrhéique à l'occasion d'une diminution des défenses locales et/ou générales. Les expressions cliniques les plus fréquentes sont le pityriasis versicolor, le pityriasis capitis et la folliculite à Pityrosporum. Elles peuvent coexister chez le même patient.

4 I Cryptococcoses. Les immunodépressions (essentiellement SIDA, également hémopathies malignes, cancers et autres affections débilitantes) permettent la dissémination de Cryptococcus neoformans à partir des poumons et par voie sanguine et lymphatique, en particulier à l'encéphale et aux méninges, éventuellement aux viscères, au squelette et à la peau, déterminant, dans ce dernier cas, une cryptococcose cutanée secondaire par dissémination. Existe également une cryptococcose cutanée primaire par inoculation, notamment chez les éleveurs d'oiseaux. I Dermatophytoses Liées au parasitisme de la peau et des phanères par certains Dermatophytes dont les plus fréquemment isolés en Europe sont actuellement : T. rubrum (65 %), T. mentagrophytes (15 %), M. canis (10 %). Tous les Dermatophytes peuvent envahir la peau et les ongles, alors que seulement quelques-uns attaquent les cheveux et les poils. Les formes cliniques selon la localisation sont actuellement dans l'ordre de fréquence : les onychomycoses, en particulier des orteils (atteinte latéro-distale sans péri-onyxis, avec risque de colonisation secondaire par d'autres Champignons opportunistes comme Scopulariopsis brevicaulis et Fusarium spp). ; les dermatophytoses de la peau dite «glabre» (dermatophytoses cutanée circinée, inguino-crurale, interdigitoplantaire); les teignes tondantes microsporiques (M. canis, ) et trichophytiques (T. violaceum, T. soudanense, T. tonsurans, ) et le favus (T. schoenleini); les folliculites suppurées, le plus souvent d'origine animale (sycosis de la région de la barbe [mentagre] ou du cou, kérion de Celse du vertex ou de la nuque, - T. verrucosum, T. mentagrophytes, ). I Aspergilloses, fusarioses, mucormycoses, Les Aspergillus et divers autres Champignons filamenteux peuvent se développer dans le conduit auditif externe et la peau (brûlures, plaies). I Mycoses dermiques et/ou «exotiques» Sporotrichose, chromomycoses, mycétomes fongiques, histoplasmoses (notamment africaine), chrysosporiose ( = «blastomycose») nord-américaine de Gilchrist; coccidioïdomycose; paracoccidioïdomycose ( = «blastomycose») sud-américaine, lobomycose ( = «blastomycose» chéloïdienne), entomophthoromycoses, piedra noire, tinea nigra palmaris, I.2.4. Infections cutanéo-phanériennes parasitaires L'item 87 ne faisant référence qu'aux infections cutanéo-muqueuses bactériennes et fongiques, les protozooses (leishmanioses, ), helminthoses (filarioses, larva migrans, ), et diverses ectoparasitoses (myiases, ) sont «hors-sujet». Seules seront donc traitées la gale et les pédiculoses (item79) (cf. infra). I.3. Gale et pédiculoses I.3.1. Gale ou scabiose Dermatose parasitaire strictement humaine provoquée par un Acarien parasite, Sarcoptes scabiei, à peine visible à l'œil nu (250 à 300 µm), dont la femelle creuse une galerie (sillon) dans l épiderme. Transmission essentiellement directe. Localisations évocatrices (espaces interdigitaux, faces latérales des doigts, poignets ). Prurit (surtout nocturne), sillons, vésicules perlées, I.3.2. Pédiculoses Les Poux sont des parasites obligatoires des Mammifères, sur lesquels, ils passent toute leur existence. Ils sont cosmopolites. Mâle et femelle sont hématophages stricts. Le Pou de tête (Pediculus humanus capitis - 2 à 3 mm) prolifère dans les cheveux, éventuellement la barbe. Actuellement en extension dans les collectivités d'enfants. Piqûre et prurit désagréables. Les lentes (0,8 mm) sont fixées aux cheveux près du cuir chevelu. Le Pou de corps (Pediculus humanus corporis) vit dans les vêtements et sur les poils du corps et ne va sur la peau que pour se nourrir. Il pond des lentes fixées aux fibres des vêtements, également des couvertures. Piqûre désagréable. Vecteur potentiel de rickettsioses. Le Pou de pubis ou Morpion (Phthirius inguinalis ou pubis - 1 à 2 mm, aplati, globuleux) est transmis par voie vénérienne. Par ses pattes armées de griffes très fortes, il se fixe sur les poils pubiens, mais aussi sur les poils des cuisses, de l'abdomen, et même des aisselles et des sourcils. Piqûre désagréable, prurit, taches bleu-ardoisé aux endroits parasités, lésions de grattage, impétiginisation. II. Prescription de l'examen biologique et modalités de prélèvement

5 II.1. Infections muqueuses et cutanées bactériennes i. Ce prélèvement doit être pratiqué lors de plaies superficielles. L inconvénient de cette méthode est qu elle recueille la totalité de la flore aérobie colonisante d où est issue la majorité des germes responsables de l infection diminuant la spécificité de cet examen, même en cas de nettoyage préalable de la plaie. De plus, les bactéries anaérobies ne sont pas recherchées, ce qui diminue la sensibilité de l examen. Cette technique n est pas totalement adaptée à la mise en évidence optimale des bactéries réellement responsables de l infection, surtout si celle-ci est profonde. Par contre lors d infection des muqueuses, ce prélèvement est intéressant. Curetage-écouvillonnage. Ce prélèvement nécessite de racler ou de cureter le tissu à la base et sur les bords de l ulcère avant de nettoyer la plaie puis de passer un écouvillon. Cette méthode est indiquée pour les prélèvements superficiels et les plaies anfractueuses profondes. Elle fournit des résultats plus spécifiques (identification plus rare de bactéries colonisantes) que l écouvillonnage simple. Une recherche de bactéries anaérobies strictes est possible mais elle nécessite des conditions de prélèvement particulières : écouvillon avec de l alginate, maintien de la chaîne d anaérobiose jusqu à l ensemencement au laboratoire. L interprétation des résultats obtenus par cette méthode est plus simple pour le clinicien car ce prélèvement permet un isolement optimal des bactéries infectantes. Biopsie tissulaire de lésions profondes. Elle s effectue à l aide de «punch biopsie» au lit du malade, de «true cut» ou de prise de matériel au cours d un débridement chirurgical. La biopsie doit être réalisée après préparation de la plaie et doit passer en peau saine. En ne passant ni par la plaie, ni par un trajet fistuleux, on évite la contamination du prélèvement par des bactéries colonisant la plaie. Une anesthésie locale doit être pratiquée au préalable. Ce prélèvement permet d obtenir 2 à 3 petits morceaux de tissu à partir de plusieurs zones ; ces fragments sont immédiatement déposés dans un tube stérile en ajoutant quelques gouttes d eau physiologique pour éviter la dessiccation mais sans adjonction de conservateur ou de formol. Cette technique est indiquée devant toutes les plaies profondes. C est la méthode à privilégier chaque fois que possible car c est le moyen le plus fiable d isoler les bactéries infectantes. Toutefois cette méthode n est pas toujours techniquement ou humainement réalisable et son coût demeure élevé. Aspiration à l'aiguille fine d'une lésion profonde. Tout liquide purulent, collecté dans un abcès profond, doit être aspiré à l aide d une aiguille fine. La ponction doit être effectuée en passant par une zone cutanée saine bien désinfectée (détersion suivie d un antiseptique). Cependant certains auteurs proposent quand même de passer au travers de la plaie superficielle (si elle existe), après nettoyage de celle-ci. En cas de plaie sèche, 1 à 2 ml de sérum physiologique peuvent être injectés dans la profondeur de la plaie puis ré-aspirés pour être analysés. La seringue ayant servi au prélèvement sera envoyée au laboratoire sans aiguille, purgée d air et bouchée hermétiquement et stérilement. Cette technique doit être pratiquée devant toutes les plaies profondes collectées ou anfractueuses notamment lorsque les prélèvements par écouvillons sont proscrits. Une fois les prélèvements réalisés, ils doivent être étiquetés, renseignés correctement et transmis au laboratoire de microbiologie le plus rapidement possible (dans les 2h, maximum 4h) et dans les meilleures conditions (à une température de 20 C). Pour la recherche de syphilis, la durée de survie de la bactérie étant réduite, il est préférable de faire le prélèvement au laboratoire. Pour les autres prélèvements, ils doivent bénéficier de milieux de transport spéciaux contenant des géloses nutritives notamment pour l isolement des bactéries anaérobies strictes. L ensemencement direct de flacons d hémoculture n est pas recommandé en raison du risque de contamination par de la flore commensale non pathogène. II.2. Herpès, varicelle et zona Dans la plupart des cas l'examen clinique est suffisant pour diagnostiquer un herpès, une varicelle ou un zona. Le diagnostic virologique sera essentiel pour le diagnostic des formes sévères, ou des formes atypiques d'éruption (diagnostic différentiel) : immunofluorescence, PCR, culture cellulaire. Les lésions cutanées (vésicules, ulcérations) sont prélevées par un écouvillonnage appuyé du plancher des lésions, en crevant au préalable la vésicule si nécessaire. Ces lésions doivent être «actives», au stade vésicule ou ulcération. Un prélèvement trop précoce (lésion maculeuse) ou trop tardif (croûtes) restera souvent ininterprétable. D'autres prélèvements peuvent être indispensables devant les formes compliquées : biopsies Le sérodiagnostic peut aider le diagnostic de la varicelle. II.3. Infections muqueuses et cutanéo-phanériennes fongiques II.3.1. Recherche d'une fluorescence sous rayonnement ultra-violet ("lampe de Wood") Elle est effectuée par le clinicien, éventuellement par le biologiste avant le prélèvement, devant certaines lésions cutanéo-phanériennes. En effet, les voies biochimiques utilisées par certaines espèces particulières de

6 Champignons pour dégrader les molécules organiques constitutives de la peau et des phanères (notamment la kératine) aboutissent à la présence, dans les tissus colonisés, de substances spontanément fluorescentes sous un rayonnement ultra-violet d'une fréquence donnée. L'examen de ces lésions cutanéo-phanériennes ainsi éclairées à l'aide de la lampe de Wood peut révéler cette fluorescence, et donc fortement étayer le diagnostic positif de mycose. La teinte de la fluorescence oriente vers un type de Champignon (ou, éventuellement, vers un diagnostic différentiel non mycologique). L'étendue des zones cutanées fluorescentes permet un bilan d'extension de l activité du Champignon et guide le geste de prélèvement en vue de l'examen mycologique proprement dit. Toutefois, l'absence de fluorescence nette n'infirme en rien le diagnostic de mycose. En pratique courante, cet examen para-clinique fait partie du diagnostic des pityrosporoses (= malassezioses) et de certaines dermatophytoses :. l'examen sous lampe de Wood des lésions hyper-chromiques (plus rarement des lésions hypo- ou achromiques) du pityriasis versicolor met en évidence une fluorescence en plaques variant du jaune verdâtre au jaune orangé. Il révèle les atteintes invisibles à l'œil nu et permet un bilan d'extension à l'ensemble du tronc, des hanches, des cuisses,... Par contre, la fluorescence «gris perle» de lésions hypochromiques oriente plutôt vers un vitiligo;. cette même fluorescence jaunâtre : - en plaques sur le cuir chevelu est fortement en faveur d'un pityriasis capitis ; - ponctuelle au niveau des follicules pilo-sébacés oriente vers une pityrosporose folliculaire ;. une fluorescence verte sous rayonnement ultra-violet des petits cheveux cassés courts est un argument majeur du diagnostic de certaines teignes tondantes microsporiques, notamment des teignes à Microsporum canis (également à M. audouini langeroni) et, plus accessoirement en Europe, du favus à Trichophyton schoenleini. Ce sont, bien entendu, ces petits cheveux fluorescents qui seront prélevés en priorité en vue de l'examen mycologique. A noter : la fluorescence rouge sous rayonnement ultra-violet d'une lésion cutanée inguino-crurale oriente le diagnostic vers un érythrasma, lésion due à une Bactérie du genre Corynebacterium. II.3.2. Prescription de l'examen biologique et modalités de prélèvement Quelle que soit la localisation de la (ou des) lésion(s) supposée(s) d'origine fongique, la prescription, accompagnée d'un maximum d'informations cliniques et épidémiologiques, devra être formulée ainsi : Examen mycologique d'une lésion de [localisation très précise; si plusieurs lésions, les énumérer précisément] ; prélèvement [si non effectué par le clinicien], examen direct, cultures (isolement et identification). Modalités de prélèvement : les prélèvements doivent être effectués avant tout traitement antifongique par voie générale ou en application locale. Les précautions d'usage de stérilité visent, entre autres, à éviter la contamination du matériel biologique par les Bactéries, mais également par des Levures ou des Champignons filamenteux présents dans le milieu extérieur ou à l'état saprobiontique chez le patient : conditions optimales d'asepsie, stérilité du matériel de prélèvement et de recueil Le recueil des mucosités buccales ou génitales, des écoulements, se fait au moyen d'un écouvillon humidifié au moyen d un peu de liquide physiologique stérile. Le matériel stérile utilisé pour le prélèvement des lésions cutanéo-phanériennes est fonction du type et de la localisation de la lésion et du produit biologique à recueillir : curette de Brocq fenêtrée, scalpel mousse (c'est à dire non aiguisé) ou vaccinostyle, pinces à épiler, ciseaux fins, pinces et ciseaux à ongles, bistouri d'harouet (ou Punch-biopsy ), éventuellement écouvillon humidifié au moyen d un peu de liquide physiologique stérile (jamais seul ) Certains prélèvements nécessitent des matériels particuliers en local médico-technique ou en bloc opératoire (biopsies, ). Les produits biologiques prélevés sont : les mucosités (écouvillonnage de muqueuses), le suintement des intertrigos, le pus des péri-onyxis (écouvillonnage), les squames (scalpel mousse, curette de Brocq), les fragments d'ongles et la matière sous-unguéale (scalpel mousse, curette de Brocq), les cheveux, poils et duvets (pinces à épiler), les fragments tissulaires (biopsies cutanées, ), divers liquides biologiques (pus,...). Le conditionnement et le transport de ces produits biologiques se font en récipients stériles (tubes, flacons, petites boîtes de Petri, ) bien fermés, éventuellement après ajout de quelques gouttes de liquide physiologique stérile pour éviter la dessiccation. En particulier, les fragments biopsiques de peau ou les diverses pièces opératoires destinés à l'examen mycologique doivent être conditionnés dans du liquide physiologique stérile, sans fixateur, totalement séparés de ceux, fixés, destinés à l'anatomo-pathologiste. Si, d une manière générale, une conservation courte des produits biologiques est possible à 4 C, la longue survie à sec et à température ambiante des Champignons dans les squames, cheveux et poils, fragments d ongles et de matière sous-unguéale permet un éventuel envoi à distance sans risque de détérioration. Précisons que les techniques immunologiques ne sont d'aucun apport dans le diagnostic des mycoses muqueuses et cutanéo-phanériennes. De même, aucune technique de biologie moléculaire n'est encore, à ce jour, utilisable en routine.

7 II.4. Trichomonose génito-urinaire Le diagnostic repose sur la mise en évidence et l'identification du parasite, après demande au laboratoire expressément formulée sur la prescription. Prélèvement vaginal à l aide d un écouvillon stérile humidifié de quelques gouttes de sérum physiologique (plus rarement lavage de la cavité vaginale avec quelques millilitres de sérum physiologique tiédi). Chez l'homme, la recherche de Trichomonas vaginalis (écouvillonnage uréthral) est tout à fait aléatoire et un résultat négatif sans valeur. II.5. Gale et pédiculoses Le diagnostic de la gale est avant tout épidémiologique (cas familiaux ou en collectivités) et clinique (localisation des lésions, prurit, sillons, ). En cas de doute, la prescription d'un examen parasitologique sur les squames prélevées au scalpel ou au vaccinostyle sur les sillons est possible, mais sa sensibilité est très faible. La pédiculose du cuir chevelu est évoquée sur un prurit, souvent chez l'enfant, et confirmée, sans recours au laboratoire, par la découverte de lentes bien fixées au cheveux, notamment sur la nuque et derrière les oreilles (à ne pas confondre avec des «pellicules»). Les Poux adultes sont assez rarement mis en évidence. Les Poux du corps ne vont sur la peau que pour piquer. Ils vivent dans les vêtements, et c'est là que l'on doit les rechercher. Les Morpions sont découverts accrochés aux poils pubiens, et en cas de parasitisme important, au niveau du sillon inter-fessier, des cuisses, de l'abdomen, des aisselles et des sourcils. En cas doute, lentes, Poux et Morpions peuvent être envoyés au laboratoire pour confirmation de l'identification, ou le patient adressé pour prélèvement. III. Techniques mises en oeuvre par le laboratoire, délai de réponse, résultats et interprétation III.1. Infections muqueuses et cutanées bactériennes Le diagnostic direct est le seul diagnostic de certitude, car il permet la mise en évidence de la bactérie ellemême. Cependant l examen direct et la coloration de Gram ne sont pas toujours d un grande utilité dans les prélèvements cutanés (faible corrélation entre le résultat de la coloration de Gram et celui de la culture de biopsies tissulaires). T. pallidum est mis en évidence au microscope à fond noir (sous forme de spirochètes). Cultures - Isolement de la bactérie : Divers milieux sont utilisés qui doivent satisfaire les besoins nutritifs et énergétiques des bactéries à cultiver. En pratique, sont utilisés plusieurs milieux solides (gélosés) permettant l'isolement de clones bactériens sous la forme de colonies (de l'ordre de 10 6 bactéries). Après ensemencement, les divers milieux sont habituellement incubés dans une étuve à 37 C, en atmosphère ambiante (culture aérobie) ou en l'absence d'oxygène (culture anaérobie en jarre plastique, par exemple). PCR : Cette technique permet de mettre en évidence C. trachomatis. Sérologie : Cette technique permet d effectuer le diagnostic de la syphilis. Trois tests sont disponibles : VDRL (veneral disease research laboratory), TPHA (treponema pallidum hemagglutination assay) et FTA (fluorescence treponema assay). Délai de réponse : de très nombreuses espèces bactériennes croissent après h d'incubation à 37 C. Cependant d'autres espèces ont des délais d'incubation plus longs telles Mycobacterium tuberculosis (temps moyen d'isolement de l'ordre de 21 jours). Une fois isolées, l'identification et l'antibiogramme de la majorité des bactéries habituelles sont obtenus dans un délai de h. Le délai de réponse du microbiologiste sera donc au minimum de 48h. L'interprétation des résultats doit se faire en collaboration avec le clinicien et doit prendre en compte un certain nombre de facteurs tels que les conditions de recueil de l échantillon, le délai de transport du prélèvement vers le laboratoire, les conditions de transport du prélèvement, et le type de bactéries isolées (staphylocoques, bacilles à Gram négatif ). En règle générale, les infections aiguës superficielles sont mono- ou pauci-bactériennes avec présence quasiconstante de cocci aérobies à Gram positif (dont principalement des staphylocoques) alors que les atteintes profondes, chroniques ou sévères sont volontiers multi-bactériennes associant germes aérobies (cocci à Gram positif et bacilles à Gram négatif) et anaérobies. Les bactéries aérobies à Gram positif sont les plus fréquentes ; dans ce groupe, S. aureus est la bactérie le plus souvent mise en évidence, de façon isolée ou au sein d une population polymicrobienne, lors d infections qu elles

8 soient superficielles ou profondes. Les streptocoques β-hémolytiques sont également fréquents et les infections qu ils déterminent doivent être traitées. Les bacilles aérobies à Gram négatif, essentiellement de la famille des entérobactéries (Proteus mirabilis, Escherichia coli ), se rencontrent généralement, en cas d infections chroniques ou déjà traitées. Pseudomonas aeruginosa est volontiers mis en évidence après des bains de pied, un traitement par des pansements humides ou le port de chaussures en caoutchouc. Leur rôle pathogène est cependant discuté. Les bactéries anaérobies strictes, le plus souvent cocci à Gram positif mais aussi bacilles à Gram négatif (Prevotella spp, Bacteroides spp) sont souvent associées à des germes aérobies. Les bactéries à Gram positif anaérobies strictes sont en règle présentes dans des plaies peu profondes alors que celles à Gram négatif anaérobies sont associées à une nécrose ischémique ou à une atteinte profonde. L écologie des bactéries multirésistantes est à prendre en compte. L isolement de ces bactéries nécessite des mesures d hygiène adaptées. Les souches de S. aureus isolées de plaies et résistantes à la méticilline constituent actuellement un problème de première importance. Leur isolement n est pas obligatoirement synonyme de virulence accrue. Parmi les cocci à Gram positif, deux autres bactéries multirésistantes sont à surveiller : les entérocoques résistants à la vancomycine et S. aureus de sensibilité diminuée aux glycopeptides (GISA). Par ailleurs, sont également isolées des entérobactéries résistantes aux céphalosporines de 3 e génération (β-lactamase à spectre étendu ou céphalosporinase déréprimée), P. aeruginosa et des bactéries de l environnement multirésistantes (Stenotrophomonas maltophilia, Acinetobacter baumannii). Les bactéries les moins virulentes ou commensales (Enterococcus sp., S. epidermidis ou les corynébactéries) ne doivent pas être traitées sauf si elles sont isolées à plusieurs reprises sur des prélèvements particulièrement fiables ou que l état septique du patient est inquiétant. III.2. Herpès, varicelle et zona Le diagnostic biologique est essentiellement un diagnostic direct basé sur la mise en évidence du virus dans les prélèvements. La recherche directe par immunofluorescence donne un résultat rapide. La PCR devient une technique de choix en raison de sa très grande sensibilité (c'est la méthode à utiliser impérativement pour la recherche du virus dans le LCR). La culture cellulaire garde un intérêt pour le diagnostic de l'herpès, car la technique est sensible et donne un résultat en 24 à 48 heures (mais elle est toutefois de plus en plus supplantée par la PCR). Le sérodiagnostic est sans intérêt pour le diagnostic de l'herpès car il est négatif lors de la primo-infection (incubation courte) et les réactivations fréquentes rendent l'interprétation d'une sérologie positive délicate. Le sérodiagnostic est utile pour le diagnostic de la varicelle (IgM), mais peu utile pour le diagnostic du zona. III.3. Infections muqueuses et cutanéo-phanériennes fongiques Le produit biologique est partagé en deux parties sensiblement égales par le laboratoire pour effectuer en parallèle examen direct et culture. a) Examen direct : L affaiblissement des défenses immunitaires générales et locales laisse libre cours à la multiplication et au bourgeonnement (et souvent la filamentation) des Levures et à la germination, suivie de filamentation, des spores de Champignons filamenteux. La preuve formelle d un état pathologique, corollaire de cette permissivité immunitaire, est apportée dans les vingt-quatre heures par l examen direct, technique indispensable pour mettre en évidence le Champignon sous cet «état parasitaire». A elle seule, en effet, la positivité de cet examen direct permet d impliquer un (ou plusieurs) Champignon(s) dans le processus pathologique, donc d affirmer la mycose. L examen direct «à frais» se pratique directement sur le produit biologique, sans fixation ni coloration spécifique. Il est facilité par l utilisation d éclaircissants (p. ex. : lactophénol d'amann). Sont ainsi examinés notamment les appositions sur lame d écouvillons et les duvets, poils et cheveux sur ou dans lesquels peut être révélée la présence de levures bourgeonnantes (+/-mycélium) de Candida spp., de spores de Pityrosporum (= Malassezia) furfur intra-folliculaires, de filaments intra-pilaires et spores de Dermatophytes. La coloration en rose «fuchsia» foncé selon la technique de Hotchkiss-MacManus (HMM) est adaptée de la coloration P.A.S. des histo-pathologistes. Elle est particulièrement indiquée pour mettre en évidence les Candida spp. (blastospores et filaments), les spores et filaments de Malassezia furfur et les filaments des Dermatophytes dans les squames, les Candida spp. (blastospores et filaments), les filaments des Dermatophytes et de certains Champignons opportunistes (Scopulariopsis brevicaulis, Fusarium spp., ) dans les fragments d ongle et de matière sous-unguéale. Les fragments tissulaires (biopsies cutanées, pièces opératoires, ) bénéficient, avec les mêmes résultats, de cette coloration P.A.S., mais doivent faire également l'objet d'une imprégnation argentique de Gomori-Grocott ou Gomori-méthénamine-argent (GMA ou GMS) qui colore en brun-noir la paroi des filaments d Aspergillus, de Fusarium, de Penicillium, des Mucorales,

9 En cas de positivité de l examen direct, le diagnostic de mycose sera bien évidemment maintenu, même si les cultures restent ultérieurement négatives ou sont souillées par d'autres spores «contaminantes» présentes sur ou dans le matériel biologique prélevé. b) Cultures L isolement se fait par ensemencements pratiqués de façon stérile, classiquement sur tubes de gélose glucosée (2 %) de Sabouraud, contenant des antibiotiques antibactériens et des vitamines. Les milieux ainsi ensemencés sont conservés au moins une semaine à 27 C et à 37 C (cette dernière température est indispensable pour les fragments biopsiques de peau). En cas de positivité, le développement : - en deux à quatre jours (parfois davantage, notamment quand le patient est déjà traité par antifongiques), de colonies blanchâtres, crémeuses, épaisses, luisantes suggèrera une (ou des) Levure(s), notamment du genre Candida, très occasionnellement Cryptococcus neoformans. Les colonies sont dénombrées, habituellement de façon semi-quantitative (de «rares» à «très nombreuses»). - en trois à huit jours, de colonies en nappe de consistance et de teinte variables (bleutée, verte, ocre, rose, blanche, ) orientera vers les Aspergillus, Penicillium, Fusarium, et autres Champignons filamenteux, - en une à trois semaines, parfois plus, de colonies dont la forme, la consistance et la couleur, variables, seront des critères macroscopiques d identification des Dermatophytes. Ces délais de croissance, véritables critères d identification des Champignons, conditionnent, bien entendu, le délai de réponse définitive de la part du Laboratoire. A noter : les cultures de Pityrosporum (= Malassezia) furfur, longues et difficiles, ne sont classiquement pas entreprises, le diagnostic étant déjà posé sur l'aspect clinique, une fluorescence sous rayonnement ultra-violet et la spécificité des images à l'examen direct. Par ailleurs, la négativité des cultures (souvent du fait de prises antérieures d'antifongiques) n'infirme bien évidemment pas le diagnostic (en particulier quand l'examen direct est positif) et n'a aucune valeur de guérison d une mycose précédemment prouvée tant que l'examen direct reste positif. L'identification des espèces de Levures ou de Champignons filamenteux se fait sur des caractères morphologiques (macro- et microscopiques) et/ou physiologiques (vitesse de croissance, besoins vitaminiques, utilisation et fermentation des sucres,...). Cette phase d identification demande au moins trois jours supplémentaires, parfois une semaine ou plus. III.4. Trichomonose génito-urinaire Compte tenu de la fragilité du Trichomonas, il est essentiel que l examen au microscope du produit de prélèvement se fasse très rapidement et même, si possible, extemporanément (cliniques de MST). L'examen direct est effectué à l'état frais, entre lame et lamelle : parasite très mobile, de forme variable. Si l examen est tardif, le parasite est immobile et difficilement visible; un étalement sur lame coloré au May-Grünwald-Giemsa peut «rattraper» le diagnostic, mais l identification du parasite est alors plus difficile et aléatoire. La culture in vitro et le diagnostic moléculaire (PCR) existent, mais ne sont pas effectués en pratique courante. III.5. Gale et pédiculoses La mise en évidence au microscope de Sarcoptes ou de leurs œufs, voire d'un fragment d'acarien ou d'œuf, dans les squames est difficile et très aléatoire dans les formes banales, a fortiori dans les formes surinfectées. (photos) L'examen microscopique des lentes ou des Poux adultes, éventuellement facilité par l'utilisation d'un liquide éclaircissant, permet, sur les seuls caractères morphologiques, de confirmer le parasitisme. (photos)