ENQUÊTES RÉCENTES SUR LA CONTAMINATION PAR SALMONELLA ENTERITIDIS DANS LA FILIÈRE VOLAILLE EN FRANCE

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1 ENQUÊTES RÉCENTES SUR LA CONTAMINATION PAR SALMONELLA ENTERITIDIS DANS LA FILIÈRE VOLAILLE EN FRANCE Laetitia Bonifait, Françoise Le Gall, Maryline Quéguiner, Louise Baugé, François Guillon, Gilles Salvat et Marianne Chemaly Conférence Anses, SPACE, Septembre 2017, Rennes, France

2 Introduction Les salmonelles sont des bactéries (Gram-) pouvant causer une maladie appelée salmonellose Famille : Enterobacteriaceae Genre : Espèces : 2 S. bongori : 1 sous-espèce S. enterica : 6 sous-espèces Serovars : 2500 Portage asymptomatique La salmonellose est une zoonose Les symptômes habituels Fièvres typhoïdes et paratyphoïdes Gastro-entérites Manifestations extra-digestives chez les sujets à risque

3 Introduction Les salmonelles représentent la deuxième cause d infection humaine d origine alimentaire en Europe Importance de maintenir une surveillance des salmonelles tout au long de la chaîne alimentaire EFSA Journal Volume 14, Issue 12, 16 DEC 2016

4 Introduction La filière avicole : Source principale de contamination La contamination peut se faire Tout au long de la chaine de production Elevages de reproduction Elevages de production Réglementation en vigueur Règlement (CE) N 2160/2003 Contrôle des salmonelles et d'autres agents zoonotiques spécifiques présents dans la chaîne alimentaire EFSA, 2012

5 Laboratoire National de Référence (LNR) Une souchothèque a été établie par le LNR Fermes avicoles positives Différentes origines Différents stades Différentes sources d échantillonnage Souches isolées et identifiées selon la norme NF EN ISO ou NF U avec le schéma de Kauffman-White Le-Minor Souches envoyées au LNR Note de service DGAl/SDSSA/N (04 mars 2010) Arrêtés ministériels du 26 février 2008, 4 décembre 2009, 22 décembre 2009 Conservation des souches (2 ans) Sélection et suivi de la résistance aux antibiotiques

6 Traçabilité des souches de salmonelles Toutes les souches sont accompagnées d une fiche commémorative ACTEOLab (2012) Surveiller les salmonelloses d origine non-humaine Produire des indicateurs de santé à des fins de surveillance Intégrer directement les données des laboratoires en format électronique (classification de la normalisation des données de l'efsa) Lailler R. et al., 2013 ; EFSA, 2013

7 Souchothèque réglementaire du LNR Nombre d'isolats de spp. Analyser la tendance des infections à dans la filière avicole en France Bilan du nombre de souches reçues par année au LNR

8 Souchothèque du LNR : différents sérovars 2% 3% 3% 2014 Autres 4% 31% 6% 7% 19% 7% 9% 9% S. Senftenberg S. Typhimurium S. S. Indiana S. Agona S. Montevideo S. Mbandaka S. Livingstone S. Napoli S. Anatum 1% 2% 3% 2015 Autres S. S. Senftenberg 34% 15% S. Indiana S. Typhimurium 15% S. Napoli S. Montevideo 8% 9% S. Agona S. Mbandaka 3% S. Livingstone 4% 6% S. Anatum 2016 Autres S. Senftenberg S. 1% 3% 3% 5% 33% 5% 7% 13% 7% 13% 10% S. Typhimurium S. Montevideo S. Indiana S. Napoli S. Mbandaka S. Agona S. Livingstone S. Anatum Principaux sérovars rencontrés dans la filière avicole

9 Les sérovars majoritaires dans la filière avicole Pourcentage (%) Pourcentage (%) Cinq sérovars réglementés S. S. Typhimurium S. Hadar S. Infantis S. Virchow Ils représentent près de 15% des infections Tendance à être moins fréquemment isolés Augmentation observée depuis 2013 Associée aux cas d'infection par S. et S. Typhimurium S. S. Typhimurium S. Infantis S. Virchow S. Hadar

10 Enquêtes épidémiologiques Augmentation des cas à S. dans les élevages entre 2014 et 2016 Mise en place de plusieurs enquêtes (DGAl) : Caractériser spécifiquement les souches de S. Rechercher l origine de la contamination Etablir des relations entre les isolats Souchothèque : Sélection et typage de souches impliquées

11 Contamination à S Plus de 600 isolats de S. ont été génotypés Analysés par électrophorèse en champ pulsé (PFGE) XbaI Les dendrogrammes de S. Analyse des données (BioNumerics 6.6) PFGE-XbaI PFGE-XbaI S14LNR1166 S12LNR1969 S12LNR2985 S13LNR0733 S09LNR1964 S11LNR0621 S09LNR1989 S09LNR0140 S09LNR0141 S09LNR0142 S09LNR0301 S. Culture bactérienne DO 660nm = Blocs d ADN Lyse chimique Blocs PFGE Analyse des données S09LNR0302 S09LNR0306 S09LNR1021 S09LNR1022 S09LNR1024 S09LNR1025 S09LNR1028 S10LNR3642 S14LNR1201 S09LNR1032 S09LNR1033 S09LNR1035 S09LNR0146 S09LNR1973 S12LNR1986 S10LNR0610 S13LNR1471 S10LNR4308 S10LNR4336 S10LNR4428 S14LNR2060 S14LNR2083

12 Contamination à S. Isolats de S. Isolats de S. S. a été identifiée 60 circulant à travers 50 Les années Les départements Département 4 Département 3 Département 2 Département 1 Origine de la contamination : Département Tous les stades de productions sont contaminés dans le département Département 4 Département 3 Département 2 Département

13 Contamination à S. PFGE a révélé des pulsotypes distincts L'indice de diversité varie entre 0,7 et 0,9 selon l'année 2014 Le plus grand nombre de souches La plus petite diversité Augmentation de la contamination par des pulsotypes similaires Type PFGE Number of S Type Type Type 3 5 Type Type 5 1 Type6 1 Type Type 8 1 Type Type 10 1 Type 11 1 Type Type 13 1 Type14 2 Type 15 2 Type 16 1 Type17 2 Type Type 19 1 Type 20 1 Type 21 1 TOTAL ID Simpson 0,84 0,92 0,70

14 Contamination à S. Isolats de S. Isolats de S. La diversité a tendance à diminuer Deux pulsotypes dominants (types 1 et 2) Persistent au cours des années Diffusent entre les stades de production Contamination intra et inter filières Type 18 Type17 Type 15 Type14 Type 12 Type 9 Type 7 Type 4 Type 3 Type 2 Type Type 1 Type 2 Type 3 Type 7 Type 12 Type 18

15 Contamination à S. : Enquêtes en cours 100 Enquêtes Sérovar Nombre de souches Origine possible 1 S S Aliment 3 S. 37 Aliment 4 S. 7 5 S S. 26 Aliment 7 S. 7 8 S. 5 9 S S. 27 Transport 11 S S. 13 Enquête 2 Origine des souches Nombre Aliment 10 Elevages sélection 21 Elevages multiplication 77 Elevages production 185 PFGE-XbaI PFGE-XbaI S14LNR1539 Dinde. 10/2014 Production Isolats communs circulant à S15LNR1666 S15LNR1862 S15LNR2319 Dinde Dinde Canard Production Production Multiplication travers les différents stades S15LNR2324 S15LNR2342 S15LNR2352 Aliment Gallus Gallus Aliment Sélection Sélection de la production S15LNR2383 S15LNR2436 Canard Canard Multiplication Multiplication Association possible avec l aliment

16 Contamination à S. : Enquêtes en cours Enquêtes Sérovar Nombre de souches Origine possible 1 S S Aliment 3 S. 37 Aliment 4 S. 7 5 S S. 26 Aliment 7 S. 7 8 S. 5 9 S S. 27 Transport 11 S S. 13 Enquête 3 Origine des souches Nombre Aliment 5 Environnement 14 Elevages 18 bai PFGE-XbaI PFGE-XbaI PFGE-XbaI S16MQ85 S17MQ15 S16MQ45 S16MQ44 S16MQ43 S16MQ42 S16MQ85. Fond de boites. Fond V037AMV de boites S17MQ15. S16MQ45. Chiffonnette S16MQ44. Chiffonnette. V029ACM. Chiffonnette V037AVG. Chiffonnette V037AVG S16MQ43 V037AVG S16MQ42 V037AVG 07/12/2016 V037AMV 31/01/2017 V029ACM 14/10/2016 V037AVG. 14/10/2016 V037AVG. 14/10/2016 V037AVG. 14/10/2016 V037AVG. 07/12/ /01/ /10/ /10/ /10/ /10/2016. Association possible avec l aliment S16MQ41 S16MQ40 S16MQ39 S16MQ34 S16MQ26 S16MQ25 S16MQ92 S16MQ04 S16MQ02 S16MQ70 S16MQ41 V037AVG S16MQ40 V037AVG S16MQ39 V037AVG S16MQ34 V037AVG S16MQ26. Aliment S16MQ25. Aliment. Aliment V049AVV. Aliment V049AWC S16MQ92 V049AIX S16MQ04 V049AVE S16MQ02. Chiffonnette. Chiffonnette V049AVE S16MQ70 V049AKR 14/10/2016 V037AVG. 14/10/2016 V037AVG. 14/10/2016 V037AVG. 05/10/2016 V037AVG. 30/09/2016 V049AVV. 24/09/2016 V049AWC. 19/10/2016 V049AIX V049AVE 2013 V049AVE 06/12/2016 V049AKR. 14/10/ /10/ /10/ /10/ /09/ /09/ /10/ Avant TTH 06/12/2016. S16MQ03 S16MQ03 V049AVD 2013 V049AVD 2013

17 100 Contamination à S. : Enquêtes en cours Enquêtes Sérovar Nombre de souches Origine possible 1 S S Aliment 3 S. 37 Aliment 4 S. 7 5 S S. 26 Aliment 7 S. 7 8 S. 5 9 S S. 27 Transport 11 S S. 13 Enquête 10 Origine des souches Nombre Organe 1 Transport 1 Elevages 25 E-XbaI PFGE-XbaI PFGE-XbaI PFGE-XbaI S17MQ17 S17MQ16 S17MQ17 S17MQ Chiffonnette. 22 S17MQ16 S17MQ Chiffonnette. 22. Chiffonnette. 22V022FDK. Chiffonnette 13/02/2017 V022FDK V022FDK. 13/02/ /02/ Chiffonnette. 22V022FDK. Chiffonnette 08/02/2017 V022FDK V022FDK. 08/02/ /02/ Association possible avec le S17MQ22 S17MQ21 S17MQ22 S17MQ22. Italie. Italie. Italie IT170PVO12 14/02/2017 IT170PVO12 IT170PVO12 14/02/ /02/2017 S17MQ21 S17MQ21. Italie. Italie. Italie IT170PVO12 14/02/2017 IT170PVO12 IT170PVO12 14/02/ /02/2017 transport des animaux S17MQ20 S17MQ20 S17MQ20. Italie. Mousses. Italie. Mousses. Italie IT170PVO12. Mousses14/02/2017 IT170PVO12 IT170PVO12 14/02/ /02/2017 S17MQ19 S17MQ19 S17MQ19. Italie. Mousses. Italie. Mousses. Italie IT170PVO12. Mousses14/02/2017 IT170PVO12 IT170PVO12 14/02/ /02/2017 S17MQ18 S17MQ18 S17MQ18. Italie. Mousses. Italie. Mousses. Italie IT170PVO12. Mousses14/02/2017 IT170PVO12 IT170PVO12 14/02/ /02/2017 S17MQ11 S17MQ11 S17MQ S17MQ10 S17MQ10 S17MQ S17MQ09 S17MQ09 S17MQ S17MQ14 S17MQ14 S17MQ Camion. 45. Camion. 45. Camion 22/06/ /06/ /06/2016

18 Conclusions La souchothèque du LNR est un outil important Suivi des sérovars réglementés Détection des sérotypes émergents Aide à adapter le système de contrôle à des situations réelles Ces enquêtes révèlent l importance de l infection par S. Persistance à travers les années Persistance au sein des différentes étapes de la production Augmentation des cas depuis 2014 Ces résultats soulignent la nécessité de renforcer les barrières sanitaires et les mesures correctives tout au long de la chaîne alimentaire

19 MERCI Conférence Anses, SPACE, Septembre 2017, Rennes, France

20 Contamination à S. Isolats de S. S. a été identifiée circulant à travers Les années