Numériser un herbier

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1 WIKWIO Weed Identificatin and Knwledge in the Western Indian Ocean Numériser un herbier Aruna Seechurn & Azaad Gaung Mauritius Sugarcane Industry Research Institute Réduit- Maurice (Septembre 2014)

2 1. Intrductin Les cllectins d'herbiers représentent une surce imprtante d'infrmatin pur l'identificatin des espèces, et autres activités liées aux études btaniques. Les cllectins snt cnstituées de spécimens de plantes récltés sur le terrain, étalés, séchés et mntés sur des feuilles d'herbier seln une prcédure précise pur référence future. Aujurd'hui, le référencement de spécimen d'herbier peut être fait par Internet à cnditin que les planches d herbier aient été numérisées et mises en ligne. Cela représente de nmbreux avantages et dépend en grande partie du prcessus de numérisatin des spécimens végétaux afin d'avir des images de haute qualité. Ceci peut être réalisé par un scanner à plat tel qu'il est utilisé à Kew Garden (Fig. 1A) u par phtgraphie L'bjectif principal de ce travail est de mettre au pint un prtcle pur la numérisatin d'un certain nmbre d échantillns d'herbier de l'herbier de Maurice dans le cadre de l'identificatin des mauvaises herbes du prjet WIKWIO ( Le travail est crdnné par le Mauritius Sugarcane Industry Research Institute (MSIRI) sus la crdinatin du CIRAD à Mntpellier, France. A B Fig. 1. A. L'utilisatin de scanner à plat pur la numérisatin des échantillns d'herbier de Kew Garden (Surce: B. Mise en place pur la phtgraphie numérique des échantillns d'herbier 2. Prtcle de numérisatin à l Herbier de Maurice avec un appareil pht numérique Un supprt a été cnçu afin d'éviter les erreurs de parallaxe lrs de la prise de vue. La dimensin du supprt est de 61 cm de lngueur et 46 cm de largeur. L épaisseur de la planche est de 3.25cm. Le supprt a été cnçu cmme le mntre la figure 2 ci-dessus. Une bande en bis a été placée sur la planche avec une légère «curbe» à sn extrémité. La bande de bis a été placée

3 cmme un cadre. Le supprt est placé sur une table de hauteur 1m17cm du niveau du sl. 46 cm 61 cm Figure 2: Supprt pur placer les échantillns d herbier Cmme le mntre la pht de la figure 3, une ptence en métal verticale avec un bras hrizntale mbile a été utilisée pur fixer l appareil pht au-dessus de l échantilln d herbier. L'avantage de cette psitin est qu il est facile de faire la mise au pint afin d'btenir de meilleures images. Appareil pht Ptence mbile Supprt Figure 3a: Installatin cmplète

4 Figure 3b: Installatin pur la prise de vue d échantillns d herbier Un mdèle d'appareil pht numérique Nikn P520 est utilisé. L appareil est fixé au bras hrizntal de la ptence en sn centre cmme le mntre la figure 3b et 4. La distance entre le supprt et le supprt est de 39 cm et la distance entre le niveau du centre de l'appareil pht et le supprt est de 33 cm. Un niveau à bulle, cmme le mntre la figure 4, a été utilisé pur vérifier l hrizntalité de l'appareil pht afin de le fixer à l'endrit apprprié. Cela permet d btenir des images crrectement centrées et de réduire un certain nmbre d'erreurs de parallaxe. Le plan de l installatin est présenté en figure 5.

5 Figure 4: Appareil pht fixé au bras de la ptence avec le niveau 41 cm Camera Mvable arm bard 33cm 39 cm table 17 cm 117cm Fig. 5 : Détails d installatin des différents cmpsants pur la phtgraphie numérique d échantillns d herbier à l Herbier de Maurice.

6 Lrsque la mise en place des équipements est terminée, placer l échantilln d'herbier sur le supprt bien centré dans le cadre afin de s'assurer qu'il est cnfrme à la grille. Afin d'btenir des images apprpriées parcurir la liste des prcédures et des espèces pur s'assurer que tut est cnfrme. Placer le guide Kdak de distinctin des culeurs, niveaux de gris, et règle (figure 6) Figure 5: Echantilln d herbier avec le guide Kdak de distinctin des culeurs 3. Résultats de la prise de vue Nus puvns cnstater sur une pht d échantilln d herbier prise sans l installatin (figure7a) qu'il y avait une imprtante erreur de parallaxe. Cela était lié à différents facteurs tels que le niveau de l appareil pht et le supprt nn vérifié. La quantité de lumière lrs de la prise de vue était assez élevée. Le supprt est cnçu cmme une grille; l'échantilln dit être placé et aligné en cnséquence afin que l image sit parfaitement centrée. Le cadre de bis est placé sur l échantilln afin d'éviter tute distrsin de l'image. La quantité de lumière a également été déterminée afin d'éviter tut ébluissement sur les phts. Les fichiers images snt enregistrés au frmat TIFF à haute réslutin. Cette qualité de l'image permet aux utilisateurs de visualiser les dnnées de l'étiquette de l échantilln.

7 A B Fig. 7. Améliratins de la qualité des prises de vue d échantillns d herbier. (pht B) après adptin de l installatin à l Herbier de Maurice. Les erreurs de parallaxe (base, smmet et cin gauche de la pht A) nt été crrigés. ainsi que les détails mrphlgiques qui ne puvaient autrement être accessibles qu en regardant l'échantilln lui-même. L'image (Figure 5) est celle qui a été prise après la mise en œuvre du nuveau prtcle. L'image est au frmat JPEG et n'a pas encre été cnvertis au frmat TIFF. 4. Cnclusins La mise en œuvre de cette installatin et de ce prtcle permet d'btenir des images de bnne qualité en peu de temps. De plus, cela facilite une manipulatin apprpriée des échantillns d'herbier sans risque de dégradatin. 5. Remerciements Nus exprimns ntre prfnde gratitude au Ministère de l'agriculture pur nus avir autrisé à accéder à l'herbier de Maurice et pur avir bénéficié de la cllabratin du Dr Claudia Baider, de Kersle Pynee et de M. Steven de l'herbier de Maurice que nus remercins pur leur aide et pur la furniture des échantillns d'herbier. Nus smmes également recnnaissants à Renga, Tajah et Sudhesh de la COWA Dept (MSIRI, MCIA) pur leur aide lrs des séances de phtgraphie.