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1 ActiveData, un modèle de programmation pour la gestion des cycles de vie des données A. Simonet 1, G. Fedak 1, M. Ripeanu 2 (1) {Anthony.Simonet, INRIA, University of Lyon, France (2) University of British Columbia, Canada Calcul intensif et Sciences des données VICHY 2014 G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

2 Plan 1 Introduction 2 Active Data Principes & fonctionnalités Implémentation 3 Etude de cas : Framework de surveillance des données pour APS 4 Discussion 5 Conclusion G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

3 Outline 1 Introduction 2 Active Data Principes & fonctionnalités Implémentation 3 Etude de cas : Framework de surveillance des données pour APS 4 Discussion 5 Conclusion G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

4 Big Data... Contexte: un déluge de données de sources multiples 0+1)*2+("2()!"#$%&'("$#) *+'&,-./"#)!"$(%"($) 34(")5-$-) Quelques exemples: Les grands instruments scientifiques (LSST 30TB/nuit, LHC 1.5PB/week, OOOI), mais pas seulement (sequencing machine) Internet et les réseaux sociaux (Google, Facebook, Twitter, etc.) Open Data (Bibliothèques ouvertes, gouvernementales, code source) impacte le processus de découverte scientifique (4 th paradigme de la science) G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

5 ... ou Big Bottleneck? La science des données produit de nouveaux défis : comment construire les infrastructures adéquates? infra complexes et hétérogènes, amélioration des performances de bout-en-bout, optimisations inter-systèmes. comment améliorer la productivité des scientifiques confrontés au Big Data? outils de gestion orientés données, qualité des jeux de données (provenance). comment implémenter une science des données collaborative? motivation pour la publications et le partage des jeux de données, réseaux sociaux et applications Web. De nouveaux outils conceptuels et logiciels sont nécessaires pour manipuler les jeux de données scientifiques à travers des infrastructures distribuées et hétérogènes. G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

6 Le cycle de vie des données Data Life Cycle (DLC): La succession de phases opérationnelles par laquelle passent les données entre le moment où elles entrent dans un ensemble de systèmes jusqu au moment où elles le quittent.!"#$%&%'()* +,-.,("-&&%)/* 01(,2/-*!)234&%&*!)234&%&* G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

7 Cas d étude : l expérience APS Exemple:Advanced Photon Source (APS) à Argonne National Lab 100TB de données brutes par jour Les données brutes sont pré-traitées et enregistrées dans un catalog Globus. Les données sont analysées par diverses applications Les résultats sont partagés entre les utilisateurs More analysis Upload result Transfer Remote Data Center Analysis Academic Cluster Instrument (Beamline) Transfer Local Storage Extract & Register Metadata Metadata Catalog Register result metadata G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

8 Nos objectifs Un système parfait devrait : capturer les étapes et les propriétées essentielles du cycle de vie : création, destruction, fautes, réplication, erreurs checking... Permettre aux systèmes existants d exposer leur DLC intrinsèque Raisonner sur des jeux de données répartis sur des ensembles d infrastructures et de systèmes hétérogènes. Simplifier la programmation d applications DLC. G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

9 Outline 1 Introduction 2 Active Data Principes & fonctionnalités Implémentation 3 Etude de cas : Framework de surveillance des données pour APS 4 Discussion 5 Conclusion G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

10 Active Data principles Le cycle de vie des données d un système est représenté par un modèle inspiré des réseaux de Petri : il contient des Places (états des données), des Transitions (actions sur les données) et des Tokens (une donnée). CREATED WRITTEN READ TERMINATED t 1 t 2 t 4 t 3 Chaque token a un identifiant unique qui correspond à la donnée dans le système. G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

11 Active Data principles Le cycle de vie des données d un système est représenté par un modèle inspiré des réseaux de Petri : il contient des Places (états des données), des Transitions (actions sur les données) et des Tokens (une donnée). CREATED WRITTEN READ TERMINATED t 1 t 2 t 4 t 3 Une transition est déclenchée lorsqu une donnée change d état. G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

12 Active Data principles Le cycle de vie des données d un système est représenté par un modèle inspiré des réseaux de Petri : il contient des Places (états des données), des Transitions (actions sur les données) et des Tokens (une donnée). CREATED WRITTEN READ TERMINATED public void handler() { computemd5(); } t 1 t 2 t 4 t 3 Du code peut-être associé aux transitions par le programmeur. Il est exécuté lorsque la transition est déclenchée. G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

13 Active Data features Le modèle de programmation Active Data et l environnement d exécution permettent : de réagir à la progression des données dans leur cycle de vie de représenter des jeux de données distribués de façon transparente peut être intégré dans des systèmes existants de façon non-intrusive performance scalable et surcoût minimal G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

14 Integration with Data Management Systems t12 CREATED t13 t14 t2 Deleted Created Created t1 To Place Created t1 Ready IN CREATE t1 IN MOVED FROM t3 IN MOVED TO t8 t1 t2 t2 t6 t9 t5 t4 t6 t8 t6 Deleted t3 Lost IN CLOSE WRITE t7 Put t6 Succeeded Failed t7 t8 Deleted t5 Invalid t2 t4 2 Placed t4 t7 t11 t9 t7 t8 t10 Get t5 t3 t4 Loop (a) Bitdew Scheduler t5 t3 Completed Started (b) Bitdew File Transfer DELETED (c) inotify Created (d) irods Deleted (e) Globus Online BitDew (INRIA), programmable environment for data management. Figure 3: Data life cycle models for four data management system. structed from its documentation. Reading the source code of BitDew, we observe that data items are managed by instances of the Data class, and this Globus Online (ANL) offers fast, simple class has the status variable which holds the data item state. system Therefore, for file wecreation, simply deduce modification, from the enumeration write, and reliable service to transfer large of the movement possible value and of status deletion. the set of corresponding places volumes of data. in the Petri Net (see Figure 2a and 2b). By further analyzing the G. Fedak(INRIA/UBC) source code, we construct the model and summarize Active Data Vichy /28 inotify Linux kernel subsystem: notification irods (DICE, Univ. North Carolina), rule-oriented data management system.

15 Implémentation Prototype développé en Java communications basées Publish/Subscribe 2 types of souscriptions: Toutes les transitions pour une donnée Toutes les données pour une transition Active Data Service Client subscribe Client subscribe Client G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

16 Implémentation Plusieurs possibilités pour publier une transition Instrumentation du code Analyse des logs Système de notification existant The service ordonne les transitions par leur heures d arrivée Active Data Service publish transition Client subscribe Client subscribe publish transition Client G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

17 Implémentation Clients exécute le code des transitions localement les codes des transitions sont exécutés séquentiellement de façon bloquante dans l ordre de publication des transitions notify Active Data Service publish transition Client subscribe Client subscribe notify publish transition Client G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

18 Evaluation de performances 35,000 Transitions per second 30,000 25,000 20,000 15,000 10,000 5, # clients Figure: Average number of transitions per second handled by the Active Data Service Le client publie une série de 10K transitions Le serveur plafonne à 30K transitions/sec. G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

19 Applications Dévelopement d applications distibuées en se basant sur un paradigme de programmation orienté transition. Optimisation ou coordination de plusieurs systèmes entre eux. Rendre des applications DLC-aware Monitorer le cycle de vie et reconstituer la provenance des données G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

20 Outline 1 Introduction 2 Active Data Principes & fonctionnalités Implémentation 3 Etude de cas : Framework de surveillance des données pour APS 4 Discussion 5 Conclusion G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

21 Etude de cas : Framework de surveillance des données pour APS Objectifs : monitorer la progression dans le DLC meilleure automatisation Notification et partage Détection et reprise sur erreurs G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

22 Extension à Active Data A. Progress Monitoring Associer des Tags aux données Scientists require mechanisms to monitor their workflows from a high level, generate reports on progress, and identify potential errors without painstakingly auditing every dataset. Monitoring is not limited to estimating completion time, but also: i) receiving a single relevant notification when several related events occurred in different systems; ii) quickly noticing that an operation failed within the mass of operations that completed normally; iii) identifying steps that take longer to run than usual, backtracking the chain of causality, fixing the problem at runtime and optimizing the workflow for future executions; iv) accelerating data sharing with the community by pushing notifications to collaborators and colleagues. Installer des Taggers sur les transitions Transitions guardées : ne s exécutent que pour les B. Automation tokens possédant certains tags. The APS workflow, like many scientific workflows, requires explicit human intervention to progress between stages and to recover from unexpected events. Such interventions include running scripts on generated datasets on the shared Handlers de notification: Push.co, Twitter, gdoc, ifttt etc... cluster, registering datasets in the Globus catalog, and executing Swift analysis scripts on the compute cluster Such interventions cannot be easily integrated in a traditional workflow system, because they reside a level of abstraction above the workflow system. In fact, they are the operations that start the workflow systems. File Dataset File transfer Metadata Code Execution Life Cycle View Guard } Tagged Notification Tokens C. Sharing and Notification Fig. 2: Data surveillance framework design Scientific sharing can be made more efficient by allowing other scientists to be notified of new datasets availability IV. SYSTEM DESIGN (in the catalog) with powerful filters to extract only the notifications they need, and even to start processes as soon We next present the data surveillance framework that we G. Fedak(INRIA/UBC) as files are available. We believe the best way Active for scientists Data designed to satisfy the APS users needs presented Vichy above We 18/28

23 Avalon Daniel Arnaud Anthony Vincent Modèle du cycle de vie des données de APS Use-case: APS data life cycle model Globus Catalog Created Update Failure Success Extract Created Remove Terminated Created Start transfer Failed Succeeded End transfer Created End End End End Start transfer Created Created Terminated Terminated Terminated Failure Success Start Swift Initialize Derive Detector Globus transfer Shared storage Failed Succeeded Failure Set End End End Terminated Terminated Data life cycle model composed of 6 systems. Globus transfer Swift G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

24 Exemple: Data Provenance Definition Historique complète des dérivations et des opérations sur une donnée Estimer la qualité du jeu de données Garder les conditions d acquisition et de transformation des données PASS: Provenance Aware Storage Systems What about heterogeneous systems? Example with Globus Online and irods File transfer service Data store and metadata catalog G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

25 Exemple: Data Provenance Definition Historique complète des dérivations et des opérations sur une donnée Estimer la qualité du jeu de données Garder les conditions d acquisition et de transformation des données PASS: Provenance Aware Storage Systems What about heterogeneous systems? Example with Globus Online and irods File transfer service Data store and metadata catalog G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

26 Exemple: Data Provenance Definition Historique complète des dérivations et des opérations sur une donnée Estimer la qualité du jeu de données Garder les conditions d acquisition et de transformation des données PASS: Provenance Aware Storage Systems What about heterogeneous systems? Example with Globus Online and irods File transfer service Data store and metadata catalog G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

27 Data events coming from Globus Online and irods TERMINATED Id: {GO: 7b9e02c4-925d-11e2} CREATED t 5 t 1 t 2 GET t 9 PUT t6 SUCCEEDED FAILED t 7 t8 t10 t 3 t 4 CREATED TERMINATED irods Globus Online G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

28 Data events coming from Globus Online and irods TERMINATED public void handler() { iput(...); } CREATED t 5 t 1 t 2 GET t 9 PUT t6 SUCCEEDED FAILED t 7 t8 t10 t 3 t 4 CREATED TERMINATED irods Globus Online G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

29 Data events coming from Globus Online and irods TERMINATED CREATED t 5 t 1 t 2 GET t 9 PUT t6 SUCCEEDED FAILED t 7 t8 t10 t 3 t 4 Id: {GO: 7b9e02c4-925d-11e2, irods: 10032} CREATED TERMINATED irods Globus Online G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

30 Data events coming from Globus Online and irods TERMINATED CREATED t 5 t 1 t 2 GET t 9 PUT t6 SUCCEEDED FAILED t 7 t8 t10 t 3 t 4 public void handler() { annotate(); } CREATED TERMINATED irods Globus Online G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

31 $ imeta ls -d test/out_test_4628 AVUs defined for dataobj test/out_test_4628: attribute: GO_FAULTS value: attribute: GO_COMPLETION_TIME value: :28:41Z ---- attribute: GO_REQUEST_TIME value: :28:17Z ---- attribute: GO_TASK_ID value: 7b9e02c4-925d-11e2-97ce f2e ---- attribute: GO_SOURCE value: go#ep1/ /test ---- attribute: GO_DESTINATION value: asimonet#fraise/ /out_test_4628 G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

32 Outline 1 Introduction 2 Active Data Principes & fonctionnalités Implémentation 3 Etude de cas : Framework de surveillance des données pour APS 4 Discussion 5 Conclusion G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

33 Façon simple et graphique de programmer des applications DLC Permets de vérifier formellement des propriétés du DLC Coordination entre les systèmes Facile à monitorer Facilite la tolérance aux pannes Intéraction fine avec le DLC G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

34 Complexité à raisonner en terme d évennements Manque de standardisation G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

35 Outline 1 Introduction 2 Active Data Principes & fonctionnalités Implémentation 3 Etude de cas : Framework de surveillance des données pour APS 4 Discussion 5 Conclusion G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

36 Active Data c est... Data-centric & Event-driven Intégration des données au niveau du système La suite Active Data comme spécification de composition de services Collection et flux de données G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

37 Merci! Questions? G. Fedak(INRIA/UBC) Active Data Vichy /28

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