Procédures qualité dans la gestion d une base de données et de l analyse statistique

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1 Procédures qualité dans la gestion d une base de données et de l analyse statistique 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty bjectif du : Des données de qualité et une analyse statistique rigoureuse pour porter des conclusions fiables 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 1

2 Fichier de données transmis au Data manager / Statisticien TTYA de la ase de Données 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty XMP 1 tude : pidémiologique Prospective Multicentrique bjectif principal : ptimisation de l interrogatoire de l angiologue envers le patient dans l évaluation du risque thrombo-embolique : par une définition plus précise, et adaptée aux formes cliniques actuelles de la MT, des facteurs de risque classiques ase de Données : 8256 observations variables Suivi : 1942 variables tude PTMV 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 2

3 Valeurs extrêmes ex : nombre d ATD de MT ex : durée de voyage > 24 h nombre Freq. Percent ATD Total voyage Freq. Percent Total Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty ncohérences grossesse sexe non oui Total ex : sexe et grossesse ex : âge d apparition des varices femme homme Total âge âge d apparition des varices Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 3

4 ncohérences ontre-indication aux A avk1 ex : contre-indication aux A ex : 412 patients avec alitement complet 1 PVSA 1 PVSA 1 AVK 1 PVSA 1 UMAD 1 PVSA 1 PVSA 1 PVSA 1 PVSA éduction de mobilité complète 321 importante 78 modérée 8 mobilté normale 5 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty ahier d observation électronique - noms des variables : * synt00 fiche de synthèse * chir00 fiche chirurgie récente * immo00 fiche immobilisation * - codages des variables : * ancer 0: non / 1: oui * Sexe 1: homme / 2: femme * Alitement 1: complet / 2: partiel / 3: occasionnel / 4: sans * 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 4

5 ommandes ogiciel Stata - tab : crée un tableau - count : compte le nombre de patients ayant une certaine caractéristique - list : liste les patients ayant une certaine caractéristique - generate : crée une nouvelle variable - 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty XMP 2 tude THMATHS tude : ssai clinique randomisé (traitement thermal vs poursuite du traitement habituel) bjectif principal : Mesurer l efficacité à 6 mois d'un traitement thermal dans la gonarthrose ase de Données initiale + Suivi : 630 observations variables 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 5

6 S D WMA - index de sévérité symptomatique de l arthrose des membres inférieurs - 22 questions - 3 sous échelles (Douleur/aideur/Difficulté) Douleur lors de - a marche - a montˇe dõescaliers - a nuit - Au repos - Debout aideur - e matin - Plus tard dans la journˇe Difficultˇs pour - Descendre lõescalier - Monter lõescalier - Se lever dõune chaise - ester debout É TTA Aucune Minime Modˇ rˇe Sˇv re Tr s sˇv re 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty VAUS MAQUATS 448 patients ont rempli le questionnaire WMA Pour 58 patients, au moins 1 valeur manquante impossible de calculer le score! Décision : pour chaque sous échelle, on estime les valeurs manquantes par la moyenne, pour tous les individus ayant répondu à plus de la moitié des questions Parmi les 58 patients, on obtient 42 scores de WMA : il reste uniquement 16 valeurs manquantes réelles 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 6

7 PPUAT TUD Arbre des inclusions 630 patients 168 patients non ˇligibles 223 patients A 207 ont re u la A 16 ont changˇ de groupe (Zelen) 187 patients avec crit re principal 6 mois 462 patients randomisˇs 451 patients ˇtudiˇs - 17 retraits consentement - 10 arrts - 9 questionnaires non re us 382 patients 11 refus des 2 groupes (Zelen) 228 patients U 204 ont re u la U 24 ont changˇ de groupe (Zelen) 195 patients avec crit re principal 6 mois - 13 retraits consentement - 12 arrts - 8 questionnaires non re us 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty Procédure D AS 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 7

8 bjectif : onsiste à arrêter une version de la base de données, servant de référence à l analyse statistique Quand : A la fin du nettoyage et avant l analyse statistique onditions nécessaires : * toutes les données ont été collectées, saisies, codées, validées * la base de données est conforme aux cahiers d observation * toutes des erreurs sont tracées et leur correction datée et signée * le codage est correctement effectué a dernière réunion du omité de oordination donne le feu vert pour le el de ase 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty a D est gelée ~ Plus d accès en écriture sur la base, les données natives ne sont plus modifiables ~ a version finale du fichier de données est remise au statisticien pour l analyse ~ analyse statistique peut-être réalisée possibilité de créer, recoder des variables 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 8

9 Dégel de la D ~ xceptionnel ~ A la demande du statisticien ~ ncohérence importante détectée dans les données ~ Autorisation écrite du responsable de l étude et du omité de oordination ~ Toutes les nouvelles corrections justifiées, datées et signées 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty Analyse statistique onformément au plan d analyse statistique et au protocole ~ e fichier de données gelé est archivé ~ n travaille sur une copie ~ Pour chaque calcul réalisé ou variable créée, on indique : * le logiciel utilisé ainsi que sa version * la commande effectuée * la version du fichier de données Une analyse doit pouvoir être réalisée à l identique à n importe quel moment 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 9

10 Procédure Plan d Analyse Statistique 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty e Plan d Analyse Statistique doit intégrer les chapitres suivants : Justification et descriptif du calcul d effectif nécessaire Méthodes générales d analyse statistique : - seuil statistique choisi (5%, 1% ) - statistique descriptive : * données continues (médianes, extrêmes, ) * données nominales (fréquence, à 95%, ) - analyse univariée + conditions d application (test du hi2, AVA, ) - analyse multivariée + conditions d application (modèle de régression logistique, qualité du modèle, méthode de classification, ) 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 10

11 xtrait : plan d analyse statistique THMATHS analyse est en TT (ntention de Traiter Per Protocole) Tests statistiques avec risque d erreur de 1 ère espèce usuel alpha = 0,05 Analyse descriptive : nombre et fréquence pour les variables qualitatives, médiane et interquartile pour les variables continues Un tableau montrant la comparabilité initiale des deux groupes randomisés sera présenté avec l ensemble des variables démographiques ou cliniques pertinentes sans test statistique e critère principal sera testé à l aide d un test du chi-deux sans correction de continuité si les conditions de validité sont vérifiées, ou sinon par un test exact de Fisher es critères secondaires, pour les variables continues, seront testés par analyse de variance pour mesures répétées Analyse de sous groupe prévue : patients sans ATD de cure thermale 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty QUST Protocole : nombre de patients à inclure 500 en 1 an Fin de la période d inclusion : 346 patients inclus n fait l analyse statistique, on prendra une décision en fonction des résultats DS??? n fait un amendement pour poursuivre les inclusions, ce qui implique un budget et du temps supplémentaire avant d obtenir des résultats 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 11

12 QUST Protocole : nombre de patients à inclure 500 en 1 an Fin de la période d inclusion : 346 patients inclus n fait l analyse statistique, on prendra une décision en fonction des résultats DS??? n fait un amendement pour poursuivre les inclusions, ce qui implique un budget et du temps supplémentaire avant d obtenir des résultats 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty a p valeur calculée isque de 1 ère espèce Probabilité que l on a de rejeter l hypothèse nulle lorsqu elle est vraie (probabilité que le résultat puisse être attribué au seul fait du hasard) est une variable fragile * hoix du test * onditions d application * Tests multiples (on ne contrôle plus le risque d erreur) 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 12

13 Multiplication des tests Simulation énération au hasard de deux populations fictives de 1000 mesures de la tension artérielle Donc, par construction, le test sur l ensemble de ces populations est on Significatif : p-valeur proche de 1 Analyses avec test et calcul d une p-valeur tous les 20 patients es 20 premiers, puis les 40 premiers 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty Analyses intermédiaires multiples Analyses intermédiaires non programmées 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 13

14 xclusions des sujets marginaux xpérience : simulation d un jeu de données énération de mesures pour 2 groupes de 30 sujets a différence entre les deux moyennes est significative avec p-valeur < 0,05 n enlève au hasard une des 60 mesures 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty Histogramme des p-valeurs observées après exclusion d une mesure sur Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 14

15 Une analyse intermédiaire est possible si : - elle est programmée - pour raison médicale : * détecter au plus tôt le bénéfice apporté par un traitement pour en faire bénéficier tous les patients le plus rapidement possible * détecter au plus tôt un éventuel effet délétère du traitement afin de limiter le nombre de patients exposés au risque 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty apport final ST statement (études randomisées) solidated Standards f eporting Trials TD statement (études non randomisées) Transparent eporting of valuations with onrandomized Designs ST statement (études épidémiologiques) STrengthening the eporting of servational studies in pidemiology 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 15

16 e statisticien * igueur * onfidentialité * Traçabilité * Méthode 11 Février Méthodologie de la recherche clinique - éline enty 16