Les Tumorothèques, aspects gestion de données et mutualisation

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1 Les Tumorothèques, aspects gestion de données et mutualisation Les tumorothèques, enjeu structurant des Cancéropôles Charline Frandemiche, chargée de mission pour la coordination des ressources biologiques Cancéropôle Nord-Ouest Rencontres annuelles des Data Managers Académiques 12 &13 Juin 2012

2 Les Cancéropôles Dans le but de structurer et coordonner la recherche en cancérologie au niveau national, le plan cancer a permis la création de 7 cancéropôles répartis sur le territoire national en 2003 et dotés d'un budget global de 16,5 M Axes de recherches du Cancéropôle Nord-Ouest : Axe 1 : Du développement & la validation de biomarqueurs pronostiques à l'innovation thérapeutique Axe 2 : Initiation et évolution tumorales des hémopathies malignes Axe 3 : Ciblage multimodalités en cancérologie Axe 4 : Cancer et neurosciences Axe 5 : Cancers, individu et société Rencontres Annuelles des Data Managers Académiques Carte de répartition des Carte de répartition des cancéropôles cancéropôles en en France France (source : INCa) (source : INCa)

3 Les Tumorothèques du Cancéropôle Nord-Ouest L accès à des échantillons biologiques humains, par la collecte ou la requalification de prélèvements obtenus dans le cadre des soins, se trouve au cœur du processus de recherche translationnelle et des avancées de la R&D biotechnologique et pharmaceutique. Il existe une soixantaine de Tumorothèques en France, soutiens du premier plan Cancer (DHOS). Cancéropôle Nord-Ouest (source : CNO) - Tumorothèque d Amiens ( Pr H. Sevestre) - Tumorothèque de Caen ( Pr F. Galateau-Sallé) - Tumorothèque de Lens ( Pr C. Fromentin) - Tumorothèque de Lille ( Pr MC. Copin) - Tumorothèque de Rouen ( Pr JC. Sabourin)

4 Les Tumorothèques du Cancéropôle Nord-Ouest Données des tumorothèques de Caen, Lille et Rouen : Année Tumorothèque de Lille Année Tumorothèque de de Caen Rouen Année Patients Patients Patients Echantillons Echantillons Echantillons utilisés pour le soins Echantillons utilisés pour le 105 Echantillons Echantillons utilisés utilisés pour pour le soins la soins recherche 270 Echantillons utilisés pour la 167 Echantillons utilisés pour la recherche recherche 197 * Les données de la tumorothèque de Lille prenennt en compte les données tissuthèque et cellulothèque

5 Les Tumorothèques du Cancéropôle Nord-Ouest Gestion des données (ressources biologiques et annotations): Tumorothèques Lille Amiens Lens Rouen Caen Gestion des données TD Biobank, TECHNIDATA DataBiotec, ORIAM Logiciels permettant la saisie de données enrichies par des annotations biologiques, cliniques et anatomo-pathologiques, la gestion des emplacements de stockage, des protocoles de recherche, la constitution de collections, le suivi des cessions, l'assurance qualité et l'efficacité opérationnelle requise pour gérer un centre de ressources biologiques mono ou multi-sites.

6 Valorisation des Tumorothèques - Recrutement en Septembre 2011 d un poste de chargée de mission pour la coordination des Ressources Biologiques du Cancéropôle Nord Ouest o Projet de l Axe 1 «Du développement et la validation de biomarqueurs pronostiques et prédictifs à l'innovation thérapeutique» o Projet Phare «Étude des mécanismes de résistance aux Anti-EGFR» (Coordinateurs : Véronique Fafeur, Pierre Michel, Gérard Zalcman) Echantillons avec critères restrictifs, mise en commun des ressources biologiques disponibles au sein des tumorothèques du Cancéropôle NO. - Nécessité d homogénéiser les protocoles de préparation d échantillons, renseigner, homogénéiser et grouper les données biologiques, cliniques et anatomo-pathologiques.

7 Valorisation des Tumorothèques, Exemple de celle de Caen Basse-Normandie o Les projets de Recherche : Qui? Demandes de médecins, projet de Recherche Clinique avec besoin de traçabilité des échantillons, Equipes de recherches etc.. Quoi? Les ressources biologiques : (tissus tumoraux ou non tumoraux, plasma, ADN, ARN, cellules en DMSO, culots sec) Photographie Cryoboite Source : TCBN

8 Valorisation des Tumorothèques, Exemple de celle de Caen Basse-Normandie Les outils de la plateforme Genecan (adossée à la TCBN) nous permettent de préparer nos échantillons en fonction des demandes : Contrôles histologiques (coupes et coloration HES) Préparation d acides nucléiques (Extraction ADN et ARN) Photo au microscope optique d un tissu tumoral (poumon) Source : Pr F.Galateau-Sallé QIAcube Source : Genecan

9 Valorisation des Tumorothèques, Exemple de celle de Caen Basse-Normandie Contrôles Qualité : - Dosage Spectrophotométrique (pureté des acides nucléiques) NanovueTM (Source Genecan) - Contrôle de l intégrité des ARN (gel electrophorèse sur puce, bioanalyser) Bioanalyzer (Source Genecan)

10 Les demandes d échantillons sont diverses à la TCBN 39 projets en cours Valorisation des Tumorothèques, Types de Projets Nombre Exemple de celle de Caen Basse-Normandie de Collaborations Locales (site de Caen) projets - Projets de recherche (fondations) (études de recherche clinique/équipes de recherche) au niveau local, - Programmes régionaux, nationaux ( TVN PNES poumon, AAP INCa, Projets IFCT, R&D UNICANCER 3 européens, internationaux (MESOBANK) etc..) - Les demandes peuvent Projets être en Ligue rétrospectif nationale ou en prospectif PHRC Nationaux 12 Projets INCa 9 Collaborations Privées Collaborations Industrielles 7 Autres Collaborations 5 INSERM 2 contre le cancer Rencontres Annuelles des Data Managers Académiques AAP Européens 2 ANR 1 Projets Cancéropôle Nord- Ouest Autres Projets 5 Total

11 Valorisation des Tumorothèques, Exemple de celle de Caen Basse-Normandie Répartition des projets par collection 2% - Collections d échantillons biologiques les plus sollicitées au sein de la Tumorothèque de Caen Basse-Normandie - 24 % des échantillons conservés sont sortis définitivement pour des projets. Collection Broncho-pulmonaire Collection Hématologie Collection Glandes mammaires Collection VADS Collection Neuropathologie Collection Foie et pancréas exocrine Collection Tube digestif

12 Qualité des échantillons de la TCBN (Bilan études 2010 à 2012) Pourcentage de répartition du RIN déterminé par les ARN extraits à partir d échantillons tumoraux de la TCBN en fonction des périodes (Études TCBN 2010, 2011 et 2012) Rencontres Annuelles des Data Managers Académiques RIN Exemples d applications 1 à 5 PCR (amplification de régions de petite taille <100pb) 5.1 à 6.9 qrt-pcr 7.0 à 10 Tous types d applications

13 Valorisation des Tumorothèques Comment? - Envois groupés en fonction du type de prélèvement (recommandations HAS, 2009) - Données associées demandées Quelles données? L'Institut National du Cancer a développé une base de données permettant de centraliser et d'afficher sur le site Internet de l'inca des données standardisées relatives aux prélèvements tumoraux collectés dans les tumorothèques à des fins scientifiques. Inauguration de la Tumorothèque Virtuelle Nationale en 2010 grâce au programme PNES Poumon (Membre du comité de coordination : IGR, CIRC et l 'IFCT)

14 La Tumorothèque Virtuelle Nationale Tumorothèques 1. Renseignent la TV Cancéropole Cancéropôles INCa 2. Administration et maintenance de la BDD Chercheurs 3. Consultation de la TVN Site Internet / Extranet de l INCa 4. Contacts entre les équipes de recherche et les responsables de tumorothèques Rencontres Annuelles des Data Managers Académiques D après P.Boucher, INCa, 2008, Modifié.

15 La Tumorothèque Virtuelle Nationale https://tvn.e-cancer.fr

16 Données du Catalogue : Catalogue National de l INCa - Données patient, maladie, prélèvement, échantillon tumoral, échantillon non tumoral, ressources biologiques associées, renseignements complémentaires - Renseignements contact tumorothèque - Renseignements spécifiques validés : questionnaire familial, professionnel, échantillon radio-naïf / chimio-naïf, statut tabac, NPA et cause de décès Rubrique Identifiant du site Renseignement sur le patient Renseignement sur la maladie Nom de champ Site Soins ID Patient Date naissance patient Sexe patient Etat du patient Date de l'état Diagnostic principal de la tumeur initiale Date du diagnostic Version ctnm ct : Taille de la tumeur cn : Env-ment ganglionnaire cm : Extension Métastatique Titre court* Site IDPatient DtNaissance Sexe Etat DtEtat Diagini DtDiag VcTNM ct cn cm Niveau de l'information Patient Patient Patient Patient Patient Patient Patient Patient Patient Patient Patient Patient N de champ dans le fichier d'échange vers la TVN Valeur ou format N finess Id patient de la Tmt aaaammjj M=Masculin F=Féminin V = vivant D = décédé I = inconnu aaaammjj CIM 10 aaaammjj vide si (siège initial de la inconnu tumeur) 4,5 ou 6 ou X X = inévaluable Z = définitivement inconnu 0 is vide si inconnu X = inévaluable Z = définitivement inconnu vide si inconnu X = inévaluable Z = définitivement inconnu 0 1 vide si inconnu Rencontres Annuelles des Data Managers Académiques

17 Catalogue National de l INCa Items INCa obligatoires - Patient

18 Catalogue National de l INCa Items INCa obligatoires Prélèvements

19 Catalogue National de l INCa Items INCa obligatoires - Echantillons

20 Catalogue National de l INCa Items INCa obligatoires renseignements complémentaires 65 items du catalogue Items INCa obligatoires renseignements spécifiques (PNES Poumon)

21 Conclusion La présence d annotations biologiques, cliniques, anatomopathologiques permet de décupler l' intérêt scientifique et de valoriser les collections des tumorothèques. Il est donc nécessaire d'établir des liens locaux entre services exploitants les mêmes données.

22 Merci de votre attention Remerciements - Cancéropôle Nord-Ouest - Les tumorothèques du Cancéropôle Nord-Ouest - Le Centre François Baclesse et le CHU de Caen - L'Institut National du Cancer - Ainsi que tous mes gentils collègues

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