Schéma de sélection caprin : état des lieux et perspectives
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- Jean-Charles Favreau
- il y a 5 ans
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1 Schéma de sélection caprin : état des lieux et perspectives
2 La sélection actuellement en caprin Capgènes est une union de coopérative ayant deux missions : Organisme de Sélection (O.S.) pour l espèce caprine agréé par le ministère de l agriculture Entreprise de Sélection (E.S), seul centre de production de semences caprines agréé aux normes européennes
3 Chiffres clés 2012 de l O.S. 24 associés coopérateurs, dont 17 coopératives d IA et 7 associations de races à petits effectifs 5 associés non coopérateurs (FNEC, FCEL, ANICAP, FNIL, FNCL) Dans la base de sélection: 667 éleveurs chèvres femelles pointées 8 races en programme de sélection 6 races en programme de conservation Nouveauté: Chèvre de Lorraine 9.45 Equivalents Temps Plein pour l O.S.
4 Chiffres clés de l E.S. 294 mâles collectés en mâles présents à la collecte journalière Production de semence stockée: doses inséminations réalisées 80 boucs mis en testage série H - pour la campagne boucs améliorateurs diffusés au catalogue d insémination pour la campagne Equivalents Temps Plein pour l E.S.
5 Le Contrat Gènes + Objectif : créer une base de sélection solide constitué d'éleveurs motivés par la sélection et engagés dans la création Un contrat tri-partite : Organisme de Conseil en élevage : contrôle laitier officiel Entreprise de mise en place : 30% d'ia minimum dont 30% de testage Capgènes: pointage morphologique, conseil génétique Historique : 1992 création, 1994 consolidation, 1998 développement, 2001 diffusion
6 La sélection actuellement en caprin Un objectif de sélection intégrant les caractères de production (quantitatif et qualitatif), la morphologie, la variabilité génétique Un critère de sélection évolutif: Index Combiné Caprin
7 Objectifs de sélection Evolution en 2012 ICC = IPC+0.6 IMC en saanen ICC= IPC IMC en alpine IPC = Matière Protéique Taux Protéique Matière Grasse Taux Butyreux IMC= avant pis + profil + plancher + largeur attache arrière + orientation des trayons Avant Pis Profil Position du plancher Qualité attache arrière Orientation 7
8 La sélection actuellement en caprin Le programme pyramidal
9 La sélection actuellement en caprin éleveurs au contrôle laitier officiel ( chèvres) éleveurs pratiquant l insémination ( IA), 650 éleveurs inscrits dans le programme gènes + ( chèvres) 80 boucs testés par an et 35 à 40 mâles agréés à l insémination Des résultats visibles depuis 20 ans
10 1100 Evolutions génétique, phénotypique et de milieu Race Saanen - LAIT Lait (kg) Index Performance Milieu Campagne de production Evolutions génétique, phénotypique et de milieu Race Alpine - LAIT 900 Lait (kg) Index Performance Milieu Campagne de production
11 Evolutions génétique, phénotypique et de milieu Race Alpine - MP MP (kg) Index Performance Milieu Campagne de production 32 Evolutions génétique, phénotypique et de milieu Race Saanen - TP 31 TP (g/kg) Index Performance Milieu Campagne de production
12 102 Evolution génétique de l'imc Race Saanen Index en base Année de naissance 102 Evolution génétique de l'imc Race Alpine Index en base Année de naissance
13 Niveau génétique des femelles accouplées Mars 2013 (série J) 577 SAANEN Dont 52 primipares 630 ALPINES Dont 79 primipares LAIT TP TB IPC IMC ICC
14 Performances des femelles accouplées Mars 2013 (série J) ADULTES SAANEN ALPINES Durée en j Laiten kg Lait/j en kg 4.1 kg 4.2 kg TP en g/kg TB en g/kg
15 Niveau génétique des accouplements Mars 2013 (série J) LAIT TP TB IPC IMC ICC Consanguinité Saanen % Alpine % 15
16 Cependant nous constatons que
17
18 Nombre de chèvres dans la base de sélection Nombre d'élevages dans la base de sélection Nombre de chèvres Nombre d'élevages Années 400
19 Nombre de chèvres inséminées par campagne 85 82, ,842 78,508 79,212 77, ,409 74,813 71, ,916 69,634 69, Années
20 Evolution des filiations dans les 2000 élevages du contrôle laitier % COMPLET L1 % COMPLET L2 % COMPLET L3 20
21 Compte tenu des avancées scientifiques et techniques sur le plan génétique: Sélection génétique possible sur les Cellules Somatiques du lait : index diffusable depuis février 2013 pour les mâles d IA Recherche en cours sur de nombreux caractères : Meilleure prise en compte de la composition du lait par l utilisation des spectres Moyen Infra Rouge (MIR) Aptitude au désaisonnement Résistance aux maladies ou aux parasitismes : découverte du gène de résistance à la tremblante Débit de traite : existence d un gène majeur responsable d un haut débit de traite Longévité, fécondance des mâles, fertilité 21
22 Compte tenu des avancées scientifiques et techniques sur le plan génétique: Amélioration des outils d analyses moléculaires: Développement d outils permettant dedifférencier les types cellulaires dans les cellules somatiques du lait Travaux sur la composition du plasma séminal des éjaculats de boucs Développement d outils permettant de lire le génome Création d une puce SNP spécifique caprine depuis fin
23 Qu est-ce qu un SNP? SNP : «Single NucleotidePolymorphism» = polymorphisme de l ADN à une base donnée 4 bases possibles sur l ADN : A -T -C G Un SNP a seulement 2 allèles possibles (2 formes = 2 lettres) Détection des SNP par comparaison de l ADN des individus Un SNP correspond à une mutation : modification irréversible et héréditaire de l ADN A T T T C A G C T C G A C G A C G T ADN animal 1 A T C T C A G C T C G A C G A C G T ADN animal 2 A T C T C A G C T C G A C A A C G T ADN animal 3 SNP avec 2 allèles : C ou T SNP avec 2 allèles : G ou A
24 Les conséquences d une mutation A T T T C A G C T C G A C G A C G T ADN animal 1 Acide Acide aminé 2 Acide aminé 3 aminé1 + + Protéine A Protéines différentes Phénotypes différents entre animaux 1 et 2 A T C T C A G C T C G A C G A C G T ADN animal 2 Acide Acide aminé 2 Acide aminé 3 Aminé1 + + Protéine B Intéressant pour les études génétiques Animaux de génotype ET phénotype différents
25 La sélection jusqu à aujourd hui Phénotypes Généalogies. Testage. Caractères? pas tous égaux face à l héritabilité!. Contrôle de performance : (OCL, IA ) grande échelle, exhaustivité, +/-tard dans la vie de l animal. Entreprises de sélection : protocole contraignant, long, coûts élevés. Et pour les femelles? faible précision Un frein pour les caractères «fonctionnels» ambitions limitées, précision faible longtemps.
26 Repérage des animaux intéressants X Accouplements Programmés Sélection des meilleurs mâles Prétestage, testage Prod. Semences, diffusion
27 Avec la génomique On sait lire directement le génome Génome Prélèvement d ADN Génotypage = déchiffrage Phénotypes Kg de lait, TP, TB, + Généalogies. + Génotypes atgcaatg gcaatgac. Index valeur génétique estimée d un animal Génome estimation directe
28 3 méthodes de sélection possibles Fonction de la nature de l information génomique utilisée gène Génotypes ADN Sélection assistée par gène (SAG) Nombre de SNP à génotyper Gène identifié? Nombre de caractères concernés Sélection classique? 1 par gène Oui 1 par gène Une dizaine en tout Oui, sur les autres caractères
29 3 méthodes de sélection possibles Fonction de la nature de l information génomique utilisée QTL QTL Génotypes ADN Sélection assistée par gène (SAG) Sélection assistée par marqueurs (SAM) Nombre de SNP à génotyper 1 par gène 2 à 10 par QTL Gène identifié? Nombre de caractères concernés Sélection classique? Oui 1 par gène Une dizaine en tout Oui, sur les autres caractères Non On cherche à le faire 1 par QTL Quelques dizaines en tout Oui, sur les autres caractères
30 3 méthodes de sélection possibles Fonction de la nature de l information génomique utilisée Génotypes SNP sur tout le génome ADN Sélection assistée par gène (SAG) Sélection assistée par marqueurs (SAM) Sélection génomique (SG) Nombre de SNP à génotyper 1 par gène 2 à 10 par QTL au total Gène identifié? Oui Non On cherche à le faire Non On ne cherche pas à le faire Nombre de caractères concernés 1 par gène Une dizaine en tout 1 par QTL Quelques dizaines en tout Très nombreux Sélection classique? Oui, sur les autres caractères Oui, sur les autres caractères Non
31 Compte tenu des évolutions de la filière caprine : De moins en moins d éleveurs avec de plus en plus de chèvres Une grande diversité de système De par leur orientation : Fromagers/ laitiers/mixtes De par leur degré de spécialisation: Spécialisés/ caprins et cultures de vente/ caprins et bovins viande De par leur taille : de moins de 50 chèvres à plus de 500 chèvres De par leur système alimentaire: de la paille aux systèmes pastoraux. 31
32 Il est nécessaire de faire évoluer le schéma de sélection De la collecte des données, à la gestion des accouplements programmés en passant par la diffusion du progrès génétique par la voie mâle 32
33 Exemple d organisation Éleveurs créateurs de boucs pour le schéma 33
34 Exemple d organisation Éleveurs créateurs de boucs pour le schéma Éleveurs impliqués dans la recherche sur la résistance à la fièvre Q 34
35 Exemple d organisation Éleveurs impliqués dans la recherche sur la résistance aux strongles Éleveurs créateurs de boucs pour le schéma Éleveurs impliqués dans la recherche sur la résistance à la fièvre Q 35
36 Exemple d organisation Éleveurs impliqués dans la recherche sur la résistance aux strongles Éleveurs créateurs de boucs pour le schéma Éleveurs créateurs de boucs pour le schéma Éleveurs impliqués dans la recherche sur la résistance à la fièvre Éleveurs Qimpliqués dans la recherche sur la résistance à la fièvre Q Éleveurs impliqués dans la recherche sur le désaisonnement 36 36
37 Exemple d organisation Éleveurs impliqués dans la recherche sur la résistance aux strongles Éleveurs créateurs de boucs pour le schéma Éleveurs créateurs de boucs pour le schéma Eleveurs utilisateurs de la génétique produite collectivement Éleveurs impliqués dans la recherche sur la résistance à la fièvre Éleveurs Qimpliqués dans la recherche sur la résistance à la fièvre Q Éleveurs impliqués dans la recherche sur le désaisonnement 37 37
38 L innovation apportera une nouvelle dynamique au schéma national de sélection avec un rôle à jouer par et pour tous les éleveurs 38
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