Mobyle. Bertrand Néron, Hervé Ménager, Pierre Tuffery, Catherine Letondal. Institut Pasteur, RPBS

Transcription

1 Mobyle Bertrand Néron, Hervé Ménager, Pierre Tuffery, Catherine Letondal Institut Pasteur, RPBS BWF 02/05/2007 p.1/21

2 Plan Pourquoi Mobyle? Pise Evolution technologique du domaine Conception de Mobyle Ateliers de conception participative Interface utilisateur Eléments d architecture Etat d avancement, démo Workflows : idées, prototypes, début d implémentation BWF 02/05/2007 p.2/21

3 Pise C. Letondal (2001), "A Web interface generator for molecular biology programs in Unix", Bioinformatics, Oxford University Press, 17(1), 2001 BWF 02/05/2007 p.3/21

4 Evolution technologique du domaine Services Web : Biomoby BWF 02/05/2007 p.4/21

5 Workflows Evolution technologique du domaine des systèmes... G-Pipe BioPipe ( MyGRID ( des workshops et groupes de travail... ISIBio : Intégration des Systèmes d Informations en Biologie NETTAB : Network Tools and Applications in Biology (depuis 2001) BWF 02/05/2007 p.4/21

6 Interface Web ou interface graphique? Plusieurs systèmes existants : Taverna BWF 02/05/2007 p.5/21

7 Interface Web ou interface graphique? Plusieurs systèmes existants : Panoramics BWF 02/05/2007 p.5/21

8 Interface Web ou interface graphique? Problème d accessibilité technique des environnements visuels il faut installer un logiciel, souvent complexe à mettre en route ce sont souvent de vrais environnements de programmation BWF 02/05/2007 p.5/21

9 Conception : Ateliers de conception participative conception participative : pas seulement des réunions avec les utilisateurs des entretiens dans le laboratoire (qu est-ce qu il vous arrive vraiment devant votre écran?)... des ateliers de brainstorming et de conception (et vous, comment voyez-vous les choses?) BWF 02/05/2007 p.6/21

10 Conception : Ateliers de conception participative Enchaînement d analyses BWF 02/05/2007 p.6/21

11 Conception : Ateliers de conception participative Historique et accès aux résultats voir les jobs lancés à partir de tel ou tel formulaire BWF 02/05/2007 p.6/21

12 Conception : Ateliers de conception participative Historique et accès aux résultats relancer une analyse sauver un paramétrage et le recharger BWF 02/05/2007 p.6/21

13 Conception : Ateliers de conception participative Filtrer les données BWF 02/05/2007 p.6/21

14 Conception : Ateliers de conception participative C. Letondal and W. E. Mackay (2004), Participatory Programming and the Scope of Mutual Responsibility: Balancing scientific, design and software commitment, in Proceedings of PDC 2004 (Participatory Design Conference), July 27-31, Toronto, Canada C. Letondal, O. Amanatian Participatory Design of Pipeline tools and Web services in bioinformatics, at Requirements Capture for Collaboration in escience Workshop, January 2004, NESC BWF 02/05/2007 p.6/21

15 Architecture Invocation interactive (formulaire Web) ou par programme (python, Web service) BWF 02/05/2007 p.7/21

16 Architecture Exécution en local ou à distance (serveur Web ou Web service) BWF 02/05/2007 p.7/21

17 Chargement et formattage de données boite de données fichier, DB, copier-coller chargement et contrôle de format dynamiques (Ajax) fichiers d analyses précédentes répétition de l analyse pour plusieurs séquences BWF 02/05/2007 p.8/21

18 Navigation et recherche dans le portail BWF 02/05/2007 p.9/21

19 Profils d utilisation login + mot de passe...? cookies, etc...? plutôt : profils d utilisation 2 solutions : coté serveur / coté client BWF 02/05/2007 p.10/21

20 Profils d utilisation Coté client : un fichier XML qu on peut sauver et recharger portail... utilisation... Save plus tard... XML (client) Load portail BWF 02/05/2007 p.10/21

21 Profils d utilisation Coté serveur : une clé d accès portail... utilisation... Ma cle? plus tard... cle ma cle : XML (serveur) portail BWF 02/05/2007 p.10/21

22 AJAX : le Web plus interactif requêtes dynamiques multiplexage de documents browser Ajax engine loading application Ajax XmlHttpRequests BWF 02/05/2007 p.11/21

23 Etat d avancement du projet Interface Web API client Workflows Serveur Web Web Service Lancement des services Definition des services BWF 02/05/2007 p.12/21

24 Formulaire BWF 02/05/2007 p.13/21

25 Databox (1) BWF 02/05/2007 p.14/21

26 Databox (2) BWF 02/05/2007 p.15/21

27 Databox (3) BWF 02/05/2007 p.16/21

28 Résultats BWF 02/05/2007 p.17/21

29 Workflows DTD <!ELEMENT mobyle (program pipeline)> BWF 02/05/2007 p.18/21

30 Workflows Prototype video BWF 02/05/2007 p.18/21

31 Prototype Web (js) Workflows BWF 02/05/2007 p.18/21

32 Workflows Prototype Web (CGI) (1) Aide pour remplir les champs d un formulaire BWF 02/05/2007 p.18/21

33 Workflows Prototype Web (CGI) (2) Utilisation en mode tutorial BWF 02/05/2007 p.18/21

34 Workflows Prototype Web (CGI) (3) On peut bookmarquer un pipeline! hmmbuild?gapmax=0.6 BWF 02/05/2007 p.18/21

35 Workflows Scripting from Mobyle import ClientAPI factory = ClientAPI.ClientFactory() clustalw = factory.createservice( clustal job1 = clustalw.createjob(phylip_alig=tru job1.run(infile=sys.argv[1]) dnapars = factory.createservice( dnapars job2 = dnapars.createjob() job2.makepipe(job1,outparamname= outfile inparamname= infile ) job2.run() print job2.getsomeresult( treefile ) BWF 02/05/2007 p.19/21

36 Workflows Architecture Web interface 1. Run save after run XML load Python run Pipe 2. define a priori emacs workflow editor 3. emacs 4. BWF 02/05/2007 p.20/21

37 Collaboration Institut Pasteur - RPBS Institut Pasteur études utilisateurs spécification et conception générales développements : core modules (Bertrand Néron) interface Web (Hervé Ménager, Catherine Letondal) serveur Web (Hervé Ménager) API python client (Catherine Letondal) outils d administration (Bertrand Néron) BWF 02/05/2007 p.21/21

38 RPBS Collaboration Institut Pasteur - RPBS développement parallèle d une plate-forme Web en Python (Alland et al) DTD commune RPBS / Mobyle / G-Pipe évaluation d aspects architecturaux ateliers de conception participative conception générale du système : une dizaine de10 réunions par an BWF 02/05/2007 p.21/21

39 RPBS Collaboration Institut Pasteur - RPBS développements : parseur et convertisseurs XML Pise<->Mobyle (Yan Wong) API biomoby en Python (Yan Wong) API PBS (Pierre Tuffery) moteur de workflow (Pierre Tuffery) BWF 02/05/2007 p.21/21