Plate-forme Bio-informatique. Laboratoire de Bio-informatique et de Génomique intégratives. Utilisateurs (public, privé )

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2 Plate-forme Bio-informatique Valorisation et soutien Laboratoire de Bio-informatique et de Génomique intégratives Recherche et développement collaboration Utilisateurs (public, privé )

3 Proposer des solutions bio-informatiques à des problèmes biologiques Logiciels Banques de données Formation Encadrement Bio-analyse

4 Transmettre son savoir-faire : les Formations Formation Inserm en bio-informatique Cours de bio-informatique ReTNet Encadrement d étudiants stagiaires (Masters professionnels de Bio-informatique ) Ecole doctorale de l Université Louis Pasteur (Strasbourg I) Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg Master professionnel de Bio-informatique EGOISt de l Université de Rouen Cours Pasteur de bio-informatique

5 Partager son savoir-faire : Encadrement et Expertise Participation à des projets de recherche locaux, nationaux et internationaux EVI-Genoret : génomique fonctionnelle de la rétine Prima : PRostate cancer Integral Management Approach CytoCan : Étude des protéines du cytosquelette dans la progression du cancer(lbmag Luxembourg)

6 Soutien à la recherche : mise à disposition de ressources Matériel : CPU et espace disque Logiciels GenBank Banques de données Décrypthon

7 Serveur de calcul et de disque pour le haut-débit Cluster 6 Sun V40Z quadri-processeurs Optéron 2,6 GHz - 2 x 32 Go, 4 x 16 Go; - 2 x 1,5 To de disque; - Solaris 10, Fedora; - Gestionnaire de charge : Sun Grid Engine Serveur web Sun E450 Serveur FTP ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr Sun E450

8 Plus de 250 Go de données Plus de 120 Go d index Mise à jour hebdomadaire par procédure automatique hors ligne Validation manuelle avant mise en exploitation Un accès garanti et continu

9 Disponibles sur le Web et en ligne de commande pour le haut-débit EMBOSS SRS Blast, FastA, Hmmer Disponibles sur le site FTP Uniprot redistribuée entre autres à l intention de la Plate-forme de Protéomique de Strasbourg

10 Disponibles sur le Web et en ligne de commande pour le haut-débit Blast, FastA, Hmmer EMBOSS (interface EMBOSS-GUI) Clustal SRS (blast, clustalw et emboss inclus) PipeAlign DbW valid

11 interface Web EMBOSS-GUI

12 Mission et produits Banque de données Séquences DbClustal Blast/Ballast Plewniak F. et al. (2003) Nucleic Acids Res. 31 :

13 Mission et produits Rascal Plewniak F. et al. (2003) Nucleic Acids Res. 31 :

14 Mission et produits LEON Plewniak F. et al. (2003) Nucleic Acids Res. 31 :

15 Mission et produits Clustering Plewniak F. et al. (2003) Nucleic Acids Res. 31 :

16 Mission et produits

17 Nombreuses séquences prédites dans les banques Protéomes eucaryotes prédits en totalité ou peu s en faut Taux d erreurs important : pour certains organismes de 30% à 50% des protéines prédites ont besoin d être rectifiées Système automatique pour mettre en évidence les erreurs de prédiction potentielles Bianchetti L. et al. (2005) Journal of Bioinformatics and Computational Biology 3:

18 Banque de données Protéine prédite PipeAlign Bianchetti L. et al. (2005) Journal of Bioinformatics and Computational Biology 3:

19 Protéine la plus proche Groupe (DPC/Secator) Alignement total Protéines «expérimentales» Protéines prédites Bianchetti L. et al. (2005) Journal of Bioinformatics and Computational Biology 3:

20 Bianchetti L. et al. (2005) Journal of Bioinformatics and Computational Biology 3:

21 La quantité de séquences dans les banques de données augmente de manière exponentielle Il est de plus en plus malaisé de suivre l actualité et d identifier les nouveaux membres d une famille fonctionnelle dès qu ils sont disponibles Veille automatique pour la mise à jour d'alignements multiples de protéines spécifiques de familles fonctionnelles Prigent V. et al. (2005) Bioinformatics 21 :

22 Banque de données Famille fonctionnelle Recherche de similarité Prigent V. et al. (2005) Bioinformatics 21 :

23 Démarche Qualité? les normes ISO 9000 : qu'est-ce que c'est? Normes internationales Management organisationnel applicable à tous les domaines Orientation «client» : Comprendre les besoins des «clients» Satisfaire leurs exigences Aller au devant de leurs attentes

24 Optimiser l organisation de la Plate-forme pour assurer : la bonne compréhension des demandes l adéquation des solutions et moyens mis en œuvre la pérennité et la transmission du savoir-faire satisfaction de nos utilisateurs

25 Mise en place de la démarche en cours avec l aide active du Réseau National des Génopoles Certification prévue fin 2006

26 Plate-forme Bio-informatique Génopole Ouest Réseau National des Génopoles UMR 7104 IGBMC Mohamed Radouhane Aniba Guillaume Berthommier Laurent Bianchetti Yann Brélivet Annaïck Carles Olivier Poch Anne Friedrich Jean Muller Reddy Ravi Kiran Emmanuel Perrodou Aurélie Lardenois Laëtitia Poidevin Odile Lecompte Véronique Prigent Luc Moulinier Wolfgang Raffelsberger Raymond Ripp Jean-Claude Thierry Julie Thompson Serge Uge Nicolas Wicker

27 Répondre aux besoins

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